The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
2
|
sequence length |
59
|
structure length |
59
|
Chain Sequence |
MKAARLKFDFQAQSPKELTLQKGDIVYIHKEVDKNWLEGEHHGRLGIFPANYVEVLPLE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the first SH3 domain of human vinexin and its interaction with vinculin peptides
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Vinexin
|
| molecule tags |
Cell adhesion
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
2
|
| structure length |
59
|
| sequence length |
59
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-11-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1W6X A; 2JMA A; 2JS0 A; 3M0P A; 4RTV A; 3UA7 A; 2O9V A; 2DBM A; 4J9H A; 1Z9Q A; 2J6O A; 1UTI A; 2C0I A; 1WLP B; 2KBT A; 2RQR A; 4Z8A A; 1X69 A; 1I1J A; 2M51 A; 2K9G A; 4OMP A; 2A36 A; 1HJD A; 2CUB A; 1YWP A; 2DX1 A; 2A37 A; 1BB9 A; 4OMO A; 5GJV B; 1AD5 A; 2NWM A; 4J9F A; 4E6R A; 2JM9 A; 2PZ1 A; 2PTK A; 5L23 A; 1K0X A; 4QT7 A; 1U5S A; 1OV3 A; 1M3C A; 3RBB B; 1UJ0 A; 2D8J A; 5IHI A; 1AZG B; 1BK2 A; 2EYW A; 2ED0 A; 4HXJ A; 1I07 A; 1W70 A; 1JO8 A; 2DRM A; 1WXT A; 2GGR A; 3VS5 A; 4F14 A; 4HCK A; 4JJD A; 1UUE A; 3VS3 A; 1G83 A; 2FRY A; 1GBR A; 1AWO A; 1S1N A; 1T3S A; 1VA7 A; 4HVU A; 4RUG A; 4ZNX A; 4EIK A; 4LE9 A; 1SHG A; 2LMJ A; 2YDL A; 3R6N A; 1Y57 A; 1GRI A; 4GBQ A; 2FPD A; 2KT1 A; 1UE9 A; 1YNZ A; 2CDT A; 1N5Z A; 1OPL A; 1GFC A; 2X3W D; 2ABL A; 1GFD A; 3M0R A; 2JM8 A; 2M0Y A; 1LCK A; 1VYU A; 2LJ1 A; 2SRC A; 4ORZ A; 2E5K A; 2DLP A; 2O31 A; 2YUP A; 4IIM A; 4JPB W; 2EGA A; 2JT4 A; 3NPF A; 2JS2 A; 2J6F A; 1K1Z A; 3UA6 A; 1GCQ A; 2J6K A; 1NYG A; 1JU5 C; 1WXB A; 1QWE A; 1RI9 A; 1QKW A; 1CSK A; 1UEC A; 2YUN A; 1TG0 A; 2O88 A; 1A0N B; 2X3X D; 3EHR A; 1JEG A; 4RTZ A; 1HSQ A; 1YCS B; 2FPF A; 2G6F X; 1X6B A; 2EBP A; 2O2O A; 1UJY A; 4J9B A; 1QLY A; 3CQT A; 4J9C A; 2MIO A; 3SHW A; 2VVK A; 1B07 A; 3M0S A; 1T0J A; 3GBQ A; 3ZL7 C; 1NLP C; 1G2B A; 3EG3 A; 1ZSG A; 1PHT A; 2C0O A; 2KRM A; 2JMC A; 2RQT A; 1PKS A; 1WFW A; 2DL4 A; 2FG0 A; 2PNI A; 1ZUU A; 1CKB A; 1PNJ A; 1KIK A; 1GCP A; 4LNP A; 5FWB A; 1CKA A; 4J9D A; 2KRN A; 1OPK A; 2L2P A; 5GJW B; 1NM7 A; 1GBQ A; 3REB B; 1T3L A; 1Y0M A; 5IHK A; 2DM1 A; 4LUD A; 1H92 A; 2ECZ A; 2YT6 A; 1YN8 A; 2J06 A; 2DBK A; 3I35 A; 2DL3 A; 1J3T A; 4DEY A; 4F16 A; 1V1C A; 1H8K A; 5I22 A; 2GTJ A; 1JQQ A; 1B3Q A; 4M4Z A; 2FRW A; 1X43 A; 1E6G A; 4OMQ A; 2AKL A; 1WA7 A; 1JXM A; 2DMO A; 3VS1 A; 1RLP C; 1MUZ A; 1U06 A; 2GQI A; 2HDA A; 4J9I A; 2BTT A; 4LN2 A; 4AFU C; 4D8K A; 2O9S A; 2D0N A; 1K0S A; 2L3P A; 2J7I A; 2DL7 A; 1YWO A; 2LQN A; 1UG1 A; 1M8M A; 1ZLM A; 2L0A A; 1X2K A; 2DIL A; 1ZUY A; 1AVZ C; 1NYF A; 1RUW A; 2KT8 A; 2ROT A; 4J9G A; 2AKK A; 4JJC A; 1K4U S; 4J9E A; 3TSZ A; 2H8H A; 2K2M A; 4RTU A; 1AEY A; 2EKH A; 2OJ2 A; 5HCK A; 2CUD A; 2EVR A; 1AWJ A; 1OEB A; 4K11 A; 2CT4 A; 2DA9 A; 5FWC A; 1VYT A; 1UDL A; 1KSW A; 3I5R A; 4LUE A; 2JW4 A; 2F2W A; 1M30 A; 1IO6 A; 4Y92 A; 1NG2 A; 2DL5 A; 2B86 A; 3UF4 A; 4RTW A; 2KXC A; 1GL5 A; 4WCI A; 3M0T A; 3REA B; 2ED1 A; 2RN8 A; 3ULR B; 3EG2 A; 2LP5 A; 4FSS A; 2ENM A; 4AFZ C; 2KE9 A; 4CC2 A; 4AFS C; 1FMK A; 1EFN A; 2GNC A; 2D8H A; 5IH2 A; 1GCQ C; 1VYV A; 2C0T A; 4AFQ C; 1AWX A; 2K7A A; 2BZX A; 2EYZ A; 4GLM A; 2KNB B; 2KYB A; 1SPK A; 4OMN A; 1KJW A; 2DNU A; 2AZV A; 2W10 A; 1WDX A; 2KEA A; 3TVT A; 4OML A; 2V1R A; 2CRE A; 2I0N A; 3EG0 A; 3M0Q A; 3VS4 A; 5IXF A; 1FYN A; 2DYB A; 1ZX6 A; 2CSQ A; 2HBW A; 2VWF A; 2HCK A; 1QKX A; 2DL8 A; 2DRK A; 1ZBJ A; 4RTT A; 1JXO A; 1AWW A; 1NLO C; 3EGU A; 3EHQ A; 4IIO A; 3FJ5 A; 1M3B A; 3I5S A; 2RNA A; 1SRM A; 1NEB A; 2EW3 A; 2KRO A; 1YP5 A; 3NHN A; 1M3A A; 4Z89 A; 2DVJ A; 4AG1 C; 4Z88 A; 3VS6 A; 1UGV A; 3VS2 A; 2F2V A; 2DJQ A; 3PVL A; 1ABQ A; 2A08 A; 4JZ4 A; 3O5Z A; 3H41 A; 3I9Q A; 2KRS A; 3QWY A; 2FEI A; 3JV3 A; 1WIE A; 1QCF A; 3H0H A; 1PWT A; 1SHF A; 2JXB A; 4CC3 A; 2AZS A; 1NEG A; 1TUC A; 1UHC A; 5IHN A; 4CC7 A; 1MV0 B; 2KXD A; 3H0F A; 1Z9Z A; 5IXB A; 2D1X A; 2AK5 A; 3SEM A; 2VKN A; 3THK A; 1ZUK A; 2CT3 A; 3KFV A; 1AZE A; 2RQU A; 2YUQ A; 3QWX X; 3A98 A; 3VS0 A; 4HVV A; 3NMZ C; 2MOX A; 2DF6 A; 2EYX A; 2L3Q A; 4DEX A; 1H3H A; 4D8D A; 2EGC A; 1QWF A; 2RMO A; 1XOV A; 3RNJ A; 3TSW A; 1KFZ A; 2HEQ A; 1ABO A; 5ECA A; 1PRL C; 2BZ8 A; 2K79 A; 3U23 A; 1X2Q A; 4AG2 C; 1SEM A; 1K76 A; 2V1Q A; 1HD3 A; 1W1F A; 4JZ3 A; 3UAT A; 2LCS A; 1WYX A; 4KRT A; 3LH5 A; 1AOJ A; 2GBQ A; 1ARK A; 5FW9 A; 2RQW A; 1T0H A; 2FO0 A; 2CH4 W; 1UFF A; 2OAW A; 2OI3 A; 2CH4 A; 1WI7 A; 1BBZ A; 1PKT A; 4ESR A; 1PRM C; 3VRY A; 3VS7 A; 1OOT A; 1SRL A; 1M27 C; 2K6D A; 3VRZ A; 2K3B A; 2MCN A; 2NUZ A; 3C0C A; 4A63 B; 3IQL A; 1RLQ C; 2LQW A; 2IIM A; 2FPE A; 2BZY A; 2LZ6 B; 1TUD A; 2KR3 A; 2GTO A; 2LJ3 A; 2RF0 A; 2YSQ A; 1U3O A; 4F17 A; 5EC7 A; 2LX7 A; 3NGP A; 2EGE A; 4R0K A; 2JTE A; 2EQI A; 2HSP A; 1SSH A; 2KGT A; 4OMM A; 2ESW A; 1E7O A; 1X6G A; 4RTX A; 2YUO A; 2LNH B; 2RQV A; 1E6H A; 3EG1 A; 4X1V A; 2EPD A; 2ROL A; 2SEM A; 4CC4 B; 2F2X A; 2LJ0 A; 4JJB A; 2RPN A; 1UHF A; 1WXU A; 3M0U A; 4RTY A; 4HVW A; 2KYM A; 1BU1 A; 1MV3 A; 2EYY A; 2DE0 X; 2P4R A; 2W0Z A; 1K9A A; 2J05 A; 1I0C A; 3PVQ A; 1X27 A; 2XMF A; 5I11 A; 3H0I A; 2A28 A; 2L3S A; 2QDL A; 2CSI A; 1WX6 A; 3PE0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1N6A A; 4IUV A; 1W6X A; 1M5Q 1; 2HKQ B; 2JS0 A; 2CP6 A; 2K2V A; 3ASK A; 1WQW A; 1WJR A; 5LJ5 d; 3UT1 A; 2ZAE A; 5CKD A; 2E64 A; 3OMG A; 4OB2 B; 4Z8A A; 4DBQ A; 1I1J A; 2M51 A; 2K9G A; 4OMP A; 5IN1 A; 2CUB A; 2EFI A; 3NTK A; 1PD1 A; 4OMO A; 3HPW A; 2KVQ G; 5KYW B; 5GMK e; 3CPW P; 1VQO Q; 2JM9 A; 2PZ1 A; 3HKS A; 3LYI A; 3GLX A; 3OYH A; 3MPU B; 3OYY A; 5GAO q; 1H64 1; 1AZG B; 1BK2 A; 1VQ6 T; 2OTL A; 4HXJ A; 4DOV A; 2VXF A; 4XU3 A; 3EFO A; 2WSF E; 1G83 A; 3HFO A; 4J83 A; 1FMW A; 1U1T A; 1MMA A; 2COY A; 3RR6 A; 1VA7 A; 4HVU A; 4RCB A; 4GLK A; 1TXQ A; 4RUG A; 4ZNX A; 1M1G A; 2DFU A; 3HTR A; 4EIK A; 1VQ8 Q; 1I4K 1; 3CCS A; 2YDL A; 3R6N A; 4GBQ A; 2FPD A; 4WTO B; 3HRU A; 1YNZ A; 2CDT A; 3BW1 A; 1GFD A; 3M0R A; 2M0Y A; 1LCK A; 4DBR A; 2BKD N; 2VAS A; 3DLM A; 2JN0 A; 1IB8 A; 4ORZ A; 2DLP A; 2K57 A; 5LJ3 g; 4B9X A; 2YUP A; 4XK8 E; 1W2B P; 3E1S A; 4E2F B; 4BAC A; 3RKY A; 3A8L B; 4EMH A; 1K1Z A; 2PU9 B; 1C6V X; 1GCQ A; 2J6K A; 2DXB A; 4OGE A; 3HRT A; 3QYG B; 1G3S A; 1QKW A; 1CSK A; 4C92 C; 3PNW C; 2YUN A; 3X20 B; 1VQ7 A; 2X3X D; 2XDD A; 2K4Y A; 4BI4 A; 1U8R A; 2YLB A; 2KI7 A; 2EBP A; 2M02 A; 1VQN Q; 3CME Q; 2RJC A; 3MEV A; 2VVK A; 1M2V A; 2DEQ A; 3JCM d; 2IPO B; 3HRS A; 4Z02 A; 1NLP C; 1G2B A; 3EG3 A; 1YHQ Q; 1ZSG A; 1MGQ A; 1W2B A; 2H3E B; 2RQT A; 1PD0 A; 3RIR A; 1CKB A; 1KIK A; 5EG2 A; 2CZ6 B; 1YCY A; 4M7D F; 2L89 A; 4J9D A; 2KRN A; 5FU7 B; 1OPK A; 2L2P A; 5GJW B; 1GBQ A; 1T3L A; 4M7D A; 3QG1 A; 2QAZ A; 1SG5 A; 4QVZ A; 5KYU B; 2OTL T; 1M2V B; 2JJ9 A; 2M0O A; 1M8V A; 2DBK A; 1QCN A; 3FC3 A; 4F16 A; 1ZBX A; 1H8K A; 5I22 A; 2GTJ A; 3L2W A; 2ZPB B; 1X43 A; 4M7D D; 3CC2 Q; 2DER A; 3GIB A; 3G71 A; 1MUZ A; 2F5T X; 2HMA A; 3CCS T; 4AFU C; 4D8K A; 1KD1 U; 5GAM j; 4M7D B; 1I8F A; 2D0N A; 2J7I A; 3CD6 Q; 2CZ7 B; 1VQ5 Q; 4F04 B; 2EQM A; 2LQ8 A; 1BI2 A; 1YWO A; 4EPC A; 4ZN1 A; 4C92 E; 1ZLM A; 3CBM A; 2FHD A; 1X2K A; 1LJO A; 4FYW B; 4ELZ C; 1RUW A; 3PFS A; 2AKK A; 4BD3 A; 4KH0 B; 1Y71 A; 3JCM c; 4RTU A; 5HCK A; 4EMK B; 4XU0 A; 4PKC C; 2CT4 A; 5FWC A; 1RI0 A; 1M1K R; 3FEO A; 1ZSZ A; 3SFM A; 1M30 A; 2CP7 A; 2K3Y A; 1VQ4 A; 4AMC A; 2DL5 A; 3UF4 A; 3DB4 A; 4KGZ B; 3CC4 A; 3ME9 A; 2R58 A; 3NFC A; 3I55 T; 2RN8 A; 3EG2 A; 2YRC A; 2YLC A; 4CC2 A; 2LX9 A; 1YJ9 Q; 1FMK A; 1EFN A; 2FVU A; 1D0Z A; 3G7Z A; 1VYV A; 3MEU A; 5GAO p; 5LJ5 h; 2DPP B; 3QDF A; 2FZK B; 2EYZ A; 3CCJ A; 4C0F A; 3OY9 A; 1FMV A; 2KNB B; 2KYB A; 3KUF A; 2L3R A; 1QW1 A; 2DNU A; 4M78 E; 1OU8 A; 4MDX A; 1IHV A; 1KC8 R; 5CKH A; 2CRE A; 2E1H A; 2FL7 A; 3EG0 A; 3M59 A; 5CCA A; 1FYN A; 2ATC B; 4M7D G; 2DL8 A; 2DTH A; 1AWW A; 2RI2 A; 1IGQ A; 5GAN 3; 3I56 Q; 1NEB A; 1PSE A; 3CCM Q; 1YP5 A; 3NHN A; 3OW2 P; 5GAN 7; 2X4J A; 2D0Q B; 4AG1 C; 3JSC A; 2V8I A; 3EAE A; 1UGV A; 3VS2 A; 3VS6 A; 4LDX A; 3FRN A; 1Q7Y R; 2F2V A; 3VUB A; 3OMC A; 3O5Z A; 3VUZ A; 1JB0 E; 4JRK A; 5HK3 A; 3X24 B; 1WIE A; 4BE1 A; 2QQA A; 3OYE A; 4M78 D; 3H0H A; 2MYS A; 2PQW A; 5FU6 B; 1I5L A; 5CR2 A; 4C0G A; 1S72 Q; 5J3B A; 4FW1 A; 1VQ4 T; 2NLU A; 2MWO A; 2EJG A; 2YUQ A; 1YI2 A; 3S3M A; 3CC4 T; 1G5V A; 3VS0 A; 3GP8 A; 4HVV A; 3OS2 A; 1VQP A; 2MOX A; 3OW2 A; 3H6Z A; 3C4S A; 1PCX A; 1D3B A; 4D8D A; 2QAS A; 2RMO A; 1KFZ A; 1ZQ1 A; 2HEQ A; 1KK7 A; 3EH1 A; 3ZEH A; 5DLO A; 2HQH A; 3L1A A; 4L6V 5; 4XTU A; 4HT8 A; 3AHU A; 3JCM h; 1X2Q A; 4UC4 A; 4AG2 C; 2HQE A; 3A5Z B; 3M56 A; 2XIC A; 3CCJ T; 3OYI A; 3GNG A; 3JCM g; 3UAT A; 3JCM b; 2LCS A; 1KD1 R; 1EIF A; 3OQ5 A; 4M77 E; 5FW9 A; 4C0Z A; 2RQW A; 2QGG A; 1D3B B; 4A4G A; 4KUL A; 2CH4 A; 2DXT A; 2R5M A; 4JRQ A; 1BBZ A; 2D6F A; 1NE8 A; 3LLR A; 5GAM h; 3E2U A; 2IVW A; 3VS7 A; 5I2M A; 4V2S A; 2K6D A; 1YJN A; 1VQ9 A; 5CIU A; 9ATC B; 1WGS A; 1KHC A; 4DA4 A; 3CCQ Q; 1TUD A; 2GTO A; 2LJ3 A; 1U3O A; 4F17 A; 4XU1 A; 4ANJ A; 1UEB A; 1HYO A; 5GMK l; 2EGE A; 2EQI A; 2KGT A; 2KSS A; 3RMQ A; 1KQS S; 3TQ7 P; 1RAB B; 5LJ5 f; 5GAO n; 1MNE A; 3WVD B; 4II1 A; 4JRP A; 3EG1 A; 4X1V A; 5DM7 R; 2SEM A; 1M90 R; 1G3W A; 3MP1 A; 1WXU A; 4RTY A; 4HVW A; 4D6W A; 2MAM A; 1VQL A; 2GFA A; 1YIJ A; 2J05 A; 3PVQ A; 1X27 A; 2XMF A; 3VKI A; 3H0I A; 8AT1 B; 3OYB A; 5KYY A; 2L3S A; 3CCR A; 2QQS A; 1YI2 T; 4AT1 B; 3UWN A; 4RTV A; 3M0P A; 5LJ3 j; 1VQP T; 2O9V A; 2DBM A; 4J9H A; 2RHZ A; 4BB7 A; 1Z9Q A; 2J6O A; 1WLP B; 3HSB A; 1Y7X A; 5LL6 S; 3RES A; 4RKU E; 1BI0 A; 4P5N A; 2DX1 A; 2L5Q A; 4J9F A; 3BDL A; 1Q81 C; 3EGX A; 5L23 A; 1QQJ A; 4A4F A; 1BI3 A; 5IHI A; 2HKN A; 2EYW A; 4KUI A; 2GGR A; 2X4X A; 3M9Q A; 4HCK A; 1UUE A; 3M4G A; 1OZ2 A; 2DYI A; 3HHT B; 1D1A A; 2FRY A; 2HBP A; 3JB9 H; 1T3S A; 4FYY B; 2ZPH B; 4QVD A; 1YJN T; 1VQ9 T; 2EAY A; 1SHG A; 1QP2 A; 3R6O A; 1Y57 A; 2KT1 A; 2JUF A; 2DTI A; 4CRI A; 1N5Z A; 1GFC A; 4J6X A; 1RAI B; 2DZ9 A; 3SB2 A; 4NS5 A; 2SRC A; 1Q82 R; 2O4X B; 2E5K A; 2RK2 A; 4IIM A; 3JCM f; 2JT4 A; 3EG9 A; 5KCH A; 2J6F A; 3C12 A; 3UA6 A; 1KQ1 A; 3CC7 A; 2LQK A; 1NYG A; 1Q86 C; 2QGF B; 4HKE A; 2E12 A; 3L2R A; 1WXB A; 1QWE A; 4JS4 A; 1RI9 A; 3CCU A; 1UEC A; 1VQL T; 1OI1 A; 2O88 A; 1YIJ T; 2MMP A; 4QW2 A; 4RTZ A; 2FPF A; 3CCR T; 1UJY A; 1VQN A; 3CME A; 2RHU A; 1NJI C; 1B07 A; 4M75 A; 4ZGE B; 3J80 E; 4MZT A; 3GBQ A; 4A54 A; 5FU7 C; 3CCE Q; 1Y07 A; 4R56 A; 1AHJ B; 3EFS A; 1YHQ A; 1PHT A; 2JMC A; 2ZZD A; 2FG0 A; 4B6M A; 2ZGW A; 1BIA A; 1PNJ A; 1K73 C; 2QI2 A; 4ZTF A; 1GCP A; 1UGR B; 1TH7 A; 2LCC A; 5A2Q E; 4X9D A; 5IHK A; 5IT9 E; 1N9S A; 2ECZ A; 1WHL A; 2PVO B; 1WQ7 A; 1X01 A; 4N0A A; 2DL3 A; 1V1C A; 3CXC P; 4M7D C; 1JJ2 A; 1JQQ A; 2EIF A; 4M4Z A; 4NL3 A; 1NZ9 A; 3ZBD A; 1E6G A; 2OTJ A; 4OMQ A; 4PJN A; 3G6E Q; 3CC2 A; 1RLP C; 2GQI A; 1B34 A; 3LX7 A; 5CQX A; 2YHT A; 1N9R A; 1UGQ B; 1WJS A; 5LJ5 j; 2L3P A; 2XDP A; 1M1F A; 4EMK C; 3QZ5 B; 3CD6 A; 5GAN 6; 1M8M A; 3LWI A; 2VV5 A; 1ZUY A; 1AVZ C; 1NYF A; 2KT8 A; 2ROT A; 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