The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
2
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sequence length |
59
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structure length |
59
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Chain Sequence |
MKAARLKFDFQAQSPKELTLQKGDIVYIHKEVDKNWLEGEHHGRLGIFPANYVEVLPLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Cell adhesion
|
| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
Solution structure of the first SH3 domain of human vinexin and its interaction with vinculin peptides
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Vinexin
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| total genus |
2
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| structure length |
59
|
| sequence length |
59
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-11-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JPB W; 4Z89 A; 1KFZ A; 5ECA A; 4F17 A; 3PVL A; 2LP5 A; 1YN8 A; 2DIL A; 1UDL A; 4LN2 A; 2HSP A; 2D8H A; 2ED0 A; 2C0T A; 2YT6 A; 5FW9 A; 1GCQ C; 3EG0 A; 2EYY A; 3M0U A; 5EC7 A; 3FJ5 A; 2J05 A; 2D0N A; 2O88 A; 4OML A; 4CC2 A; 1PHT A; 3NMZ C; 1PRM C; 1YP5 A; 2C0I A; 2P4R A; 4EIK A; 1GFD A; 2JW4 A; 2LJ0 A; 2A37 A; 2GBQ A; 2LJ3 A; 3EG2 A; 3A98 A; 1SPK A; 1M3A A; 2A28 A; 3I9Q A; 5FWC A; 1QWE A; 2AKK A; 2KT8 A; 3VS5 A; 1GCP A; 4JJD A; 1G2B A; 2QDL A; 2KNB B; 1HSQ A; 2DYB A; 3TSW A; 1WDX A; 3VS1 A; 2DRK A; 2FG0 A; 2AK5 A; 2K3B A; 1X6B A; 1WX6 A; 2D8J A; 2KRM A; 4OMN A; 4J9C A; 1HD3 A; 5IXB A; 3VS6 A; 2ED1 A; 3TVT A; 2FPF A; 4K11 A; 1X69 A; 2BZX A; 1E6G A; 1Y0M A; 1PNJ A; 1PWT A; 2ABL A; 2ROL A; 1YCS B; 2K7A A; 2YSQ A; 2NUZ A; 2VVK A; 2EGA A; 2KBT A; 1NEG A; 1NM7 A; 1WYX A; 2HDA A; 5FWB A; 2VKN A; 3REA B; 5IH2 A; 2LMJ A; 1MV3 A; 2OI3 A; 4OMP A; 2RMO A; 1KIK A; 4AFS C; 1YWO A; 2EGC A; 4LUE A; 3O5Z A; 3NGP A; 1Z9Q A; 2AZV A; 2JM9 A; 2CDT A; 3LH5 A; 2MIO A; 4RTZ A; 2F2W A; 2E5K A; 1A0N B; 2O2O A; 4GBQ A; 1UHF A; 1N5Z A; 2KEA A; 2X3W D; 1PRL C; 3PE0 A; 5IHK A; 1BU1 A; 2M0Y A; 2K79 A; 4LNP A; 1UHC A; 1Y57 A; 3QWX X; 5IHN A; 1SSH A; 3VS4 A; 4CC4 B; 3EG3 A; 2LJ1 A; 1MUZ A; 4RTT A; 2CUB A; 3EHQ A; 4OMO A; 2JT4 A; 1ABQ A; 1RLQ C; 2LCS A; 2HBW A; 2KT1 A; 2CT3 A; 2DM1 A; 3M0Q A; 3VS3 A; 1B3Q A; 1H3H A; 1AEY A; 1WLP B; 2AZS A; 3ZL7 C; 3NHN A; 1GCQ A; 3U23 A; 1NYF A; 4WCI A; 1E6H A; 3PVQ A; 1SRL A; 1BB9 A; 1M27 C; 2KXD A; 1B07 A; 1SEM A; 1JXM A; 2LZ6 B; 1OPK A; 4DEY A; 3EG1 A; 4IIO A; 3SHW A; 2OJ2 A; 3M0S A; 2DA9 A; 1UUE A; 2YUO A; 2CRE A; 2YUQ A; 3UAT A; 2L2P A; 2RQU A; 1UG1 A; 4OMQ A; 1WIE A; 1X2K A; 2GTO A; 2MOX A; 2L0A A; 2A08 A; 1GRI A; 4ZNX A; 4HVU A; 2V1R A; 2DNU A; 4RTV A; 2RQV A; 1TUD A; 2JM8 A; 2KE9 A; 1E7O A; 4RTU A; 4M4Z A; 1ZBJ A; 4J9D A; 5L23 A; 1GL5 A; 1I0C A; 1T0H A; 3I5S A; 2CH4 A; 1ZUU A; 1BBZ A; 2ECZ A; 3CQT A; 1SRM A; 2V1Q A; 1I07 A; 1W6X A; 1K1Z A; 3H0F A; 3EGU A; 2PZ1 A; 1M30 A; 2RF0 A; 4RTW A; 2RQR A; 2JXB A; 1ZUY A; 4J9I A; 5IXF A; 3R6N A; 1X43 A; 4F14 A; 2DLP A; 3NPF A; 2LQW A; 2L3S A; 1AWO A; 1NYG A; 1ABO A; 1RI9 A; 1JQQ A; 4Z8A A; 2HEQ A; 1QKW A; 1RUW A; 2FO0 A; 2DVJ A; 2EQI A; 1WA7 A; 1TG0 A; 1XOV A; 3UA6 A; 2J6O A; 2K2M A; 1UGV A; 1YWP A; 2F2X A; 4QT7 A; 2K9G A; 5GJV B; 4KRT A; 2ROT A; 1U06 A; 1ZUK A; 1UE9 A; 1AZE A; 1K0X A; 1HJD A; 1UEC A; 2MCN A; 2I0N A; 2VWF A; 1VYT A; 1PKT A; 1WXU A; 5HCK A; 1AOJ A; 1GBQ A; 2SRC A; 5I11 A; 4D8K A; 3KFV A; 3VRZ A; 1YNZ A; 2D1X A; 4J9F A; 1WXB A; 4LE9 A; 2H8H A; 3VS2 A; 4JZ3 A; 2J7I A; 2CT4 A; 1GBR A; 2NWM A; 4RUG A; 2L3P A; 1GFC A; 4R0K A; 2CSQ A; 1AWX A; 2EYX A; 4X1V A; 2B86 A; 1SHF A; 1LCK A; 3REB B; 2KRN A; 1NG2 A; 2FRW A; 2KR3 A; 1QKX A; 2DL4 A; 3I35 A; 2DL7 A; 2BZY A; 2GNC A; 2LX7 A; 2JS2 A; 1RLP C; 4A63 B; 1FYN A; 2DRM A; 1FMK A; 4OMM A; 2DL5 A; 2FRY A; 4J9E A; 4ORZ A; 2KYB A; 1VYV A; 2PTK A; 3UF4 A; 4RTX A; 1PKS A; 1J3T A; 1JO8 A; 2SEM A; 2KYM A; 3M0T A; 2DBM A; 1T3S A; 1X27 A; 1ZLM A; 1NLP C; 1UTI A; 2RN8 A; 2EBP A; 3C0C A; 1OPL A; 1CKA A; 2J6F A; 1AZG B; 1AVZ C; 3M0P A; 1Z9Z A; 1VA7 A; 4J9B A; 1U3O A; 1SHG A; 2GGR A; 1T3L A; 1QLY A; 1AWW A; 1K76 A; 1M8M A; 2RPN A; 1H8K A; 1WFW A; 1WXT A; 2KRS A; 1T0J A; 1JXO A; 2DF6 A; 1M3B A; 2CH4 W; 2JS0 A; 1VYU A; 2EKH A; 2ENM A; 1K9A A; 2J6K A; 3H0H A; 3JV3 A; 2EVR A; 4J9G A; 2O31 A; 2X3X D; 5GJW B; 2JMA A; 1BK2 A; 1I1J A; 2DL3 A; 2HCK A; 2RNA A; 4AG1 C; 2JTE A; 1NLO C; 4F16 A; 4RTY A; 1W70 A; 1IO6 A; 1QCF A; 4JJB A; 1H92 A; 4LUD A; 3H0I A; 2GTJ A; 3VS0 A; 3RNJ A; 1CKB A; 1TUC A; 2O9V A; 2GQI A; 2W0Z A; 3UA7 A; 1UJ0 A; 3THK A; 2DBK A; 1X2Q A; 2F2V A; 1OV3 A; 1EFN A; 2EYZ A; 3IQL A; 3RBB B; 4Y92 A; 3TSZ A; 3VS7 A; 4HVV A; 3EHR A; 2BTT A; 1OEB A; 2KXC A; 1WI7 A; 2FEI A; 4GLM A; 1K4U S; 4J9H A; 1KSW A; 5I22 A; 2CSI A; 2RQT A; 2JMC A; 3QWY A; 1U5S A; 2ESW A; 2K6D A; 2LNH B; 4HCK A; 2W10 A; 3H41 A; 2EYW A; 3GBQ A; 3I5R A; 4DEX A; 2XMF A; 2DX1 A; 2EPD A; 2BZ8 A; 1JU5 C; 2YDL A; 4Z88 A; 2L3Q A; 1UJY A; 4AFQ C; 2DL8 A; 2KGT A; 1AWJ A; 2DMO A; 4JZ4 A; 4AFZ C; 3VRY A; 3M0R A; 2FPD A; 2DE0 X; 1QWF A; 1V1C A; 4AFU C; 2RQW A; 1ARK A; 1MV0 B; 1OOT A; 2A36 A; 1S1N A; 2KRO A; 2OAW A; 4FSS A; 1CSK A; 2M51 A; 2FPE A; 2IIM A; 1W1F A; 1UFF A; 2EW3 A; 2G6F X; 4HVW A; 2AKL A; 1M3C A; 1ZSG A; 4HXJ A; 3ULR B; 4JJC A; 4IIM A; 1NEB A; 1ZX6 A; 2DJQ A; 2PNI A; 5IHI A; 2J06 A; 2YUP A; 4E6R A; 2O9S A; 1G83 A; 2C0O A; 2EGE A; 4ESR A; 2YUN A; 1KJW A; 2CUD A; 1K0S A; 2LQN A; 4CC7 A; 1JEG A; 1X6G A; 3SEM A; 4AG2 C; 1AD5 A; 4CC3 A; 4D8D A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YLB A; 2HQE A; 1RAF B; 3X28 B; 3JAM E; 2OTJ A; 2DIL A; 3CCR T; 2QTX A; 1M90 C; 1UDL A; 4LN2 A; 4M78 E; 4J7F A; 4M7D B; 4C0D B; 5CKF A; 3CCJ Q; 3OYK A; 3UT1 A; 4C0G A; 1VQ9 Q; 4OML A; 3LWH A; 1PHT A; 1PRM C; 2X35 A; 3CCS Q; 1Q7Y U; 2C0I A; 1GFD A; 3NTI A; 5GMK e; 5GAN f; 2JW4 A; 2LJ0 A; 1X6O A; 2GBQ A; 3I55 T; 2OX7 A; 3A98 A; 1M3A A; 5KYU B; 4BB7 A; 4O6J A; 1KC8 C; 1QWE A; 1Q81 R; 2V26 A; 1GCP A; 4ME7 A; 2DIG A; 3RER A; 2QDL A; 4EMH A; 2KNB B; 5GAN j; 5GAN g; 2QEX Q; 2EYQ A; 4IUV A; 5D7U A; 2WSE E; 1FXX A; 1WX6 A; 3CC7 A; 1Q82 C; 3FLG A; 4N4I A; 4OMN A; 1VQ4 T; 3EH1 A; 4J9C A; 5GMK h; 1YIJ Q; 1VQ5 Q; 3RKY A; 5KH6 A; 3JCM Q; 3VS6 A; 3VKI A; 1YIT T; 3S3M A; 5CVI A; 4BAC A; 1C0M A; 2BZX A; 4C92 B; 1E6G A; 1BI1 A; 1M90 U; 1NJI R; 1K73 R; 5GAM j; 1YCS B; 2ZPH B; 2YWW A; 2H3J A; 2K7A A; 2YSQ A; 2E6N A; 3GPL A; 4XTU A; 5FWB A; 2VKN A; 3REA B; 5IH2 A; 3JB9 G; 5LJ3 e; 1YHQ T; 1SF9 A; 1MV3 A; 4OMP A; 2FVU A; 4LUE A; 4C8Q B; 3NGP A; 2YHT A; 1NPP A; 2JM9 A; 2KMT A; 3QJ6 A; 4KH1 B; 2F2W A; 2RHU A; 1Y96 B; 2P0P A; 4KUD K; 2O2O A; 2JUF A; 4M7D A; 2X3W D; 4A53 A; 1KC8 U; 3PE0 A; 1BU1 A; 1IGU A; 1Y57 A; 4CC4 B; 1H3Z A; 1MUZ A; 1N27 A; 2CUB A; 3CCV T; 1IRE B; 3M57 A; 2XU8 A; 1RAG B; 3TQ7 P; 3MEV A; 5DM7 R; 3I56 Q; 4RG2 A; 4PJO G; 2CT3 A; 2DM1 A; 4PFZ A; 1YJN A; 1Q82 U; 1Q7Y R; 1H3H A; 1VQP Q; 4C5H A; 2QG9 B; 1M9S A; 2AZS A; 2OAU A; 1NYF A; 3OYN A; 2M02 A; 2RI2 A; 1SRL A; 1VQN A; 2LDM A; 1B07 A; 1SEM A; 4FCY A; 1S72 Q; 1JXM A; 2LZ6 B; 4KH0 B; 4DEY A; 3GOX A; 4M75 D; 4EMK B; 1I4K 1; 2OJ2 A; 3LYI A; 1QP2 A; 2YUO A; 4YTL A; 2LX9 A; 2YUQ A; 3VYH B; 2L2P A; 2RQU A; 1UG1 A; 1BCO A; 4OMQ A; 3DKM A; 4O5V A; 4F7U B; 2L0A A; 1VQL T; 2BKD N; 4X9C A; 3CCQ Q; 2RM4 A; 2VUB A; 1ZBJ A; 4M4Z A; 1M90 R; 3PGG A; 1I0C A; 3X24 B; 1G3S A; 4ZN3 A; 1SRM A; 1UGP B; 3EGU A; 2PZ1 A; 2QK0 A; 1N8R C; 3CD6 A; 2JXB A; 1LOJ A; 1ZUY A; 1AHJ B; 2DK3 A; 4J9I A; 1BIA A; 5IXF A; 1YI2 A; 3CC2 T; 1NYG A; 3A8G B; 4PJO E; 4Z8A A; 2HEQ A; 2FO0 A; 1KHI A; 2DVJ A; 2QGF B; 1KC8 R; 3FDR A; 3P8D A; 2HSE B; 4M7D G; 3CPW A; 2LTO A; 3UA6 A; 4MDX A; 4QT7 A; 2R5A A; 3CME T; 2ROT A; 1M1K C; 1U06 A; 5I21 A; 4PJN A; 1UE9 A; 1HJD A; 1Q82 R; 4OP0 A; 1PC0 A; 2E3H A; 1AOJ A; 3CCR A; 1GBQ A; 5I11 A; 2R57 A; 2JVV A; 4CI0 C; 3VRZ A; 1NE8 A; 3MP8 A; 3OYB A; 2D1X A; 3M53 A; 3OYG A; 3A8L B; 4OGC A; 5HKC A; 1M8V A; 4LE9 A; 3GIB A; 4M7A G; 2FZK B; 1KQ2 A; 2J7I A; 3NFC A; 5EG2 A; 1GBR A; 2NWM A; 2R58 A; 2L3P A; 2VAS A; 1N8R U; 4HT9 A; 1AWX A; 3FB9 A; 1QP3 A; 1H64 1; 1NG2 A; 1QKX A; 2BZY A; 2XK0 A; 3PIP A; 3O8V A; 1RLP C; 2Y90 A; 2DRM A; 1FMK A; 4OMM A; 4J6Y A; 2FRY A; 4FYV B; 4C92 G; 3A8M B; 4M78 C; 2DZC A; 2E4H A; 5D6Y A; 1J3T A; 1OYX A; 1JO8 A; 2NYS A; 1IGQ A; 1G3Y A; 1KQS A; 1X27 A; 1UTI A; 1UGQ B; 5GAO q; 1YFN A; 4M7D E; 3MP6 A; 3M55 A; 1VQ8 T; 1QVF A; 1M1K U; 2J6F A; 1AVZ C; 1VA7 A; 1VQ4 A; 2K5I A; 4C8Q G; 2RI3 A; 2KVQ G; 3E2U A; 1SHG A; 1YIT A; 1B34 A; 4ELY C; 1K76 A; 1M8M A; 4XU1 A; 3P8B B; 1H8K A; 5D6X A; 3D7S B; 1SSF A; 1JXO A; 1M3B A; 1YJ9 T; 3NTH A; 1UGS B; 2GF7 A; 2GCX A; 3FRN A; 3SDZ A; 4XAX B; 1K9A A; 3JV3 A; 1YHQ A; 4FYX B; 2QA4 T; 1G5V A; 2JMA A; 1I1J A; 2RNA A; 2G3R A; 2M1H A; 2XIC A; 5FU6 C; 4RTY A; 2RK1 A; 2KQW A; 2GTJ A; 3ZEH A; 2X51 A; 1PD1 A; 1TUC A; 3OYM A; 2COZ A; 3V7C A; 4FSX A; 2GQI A; 2W0Z A; 4M7A F; 1PCX A; 5GAN d; 4L5G A; 1UJ0 A; 3THK A; 4C92 E; 3CCV A; 2IPO B; 1MND A; 4Y92 A; 3VS7 A; 3CCL T; 1VIF A; 4HVV A; 1D3B A; 1QVG A; 2BTT A; 2MWO A; 2A7Y A; 3A8O B; 1N8R R; 3C4S A; 1PSF A; 4GLM A; 4PK4 A; 1OQK A; 3CPF A; 1IB8 A; 1U1S A; 4F7U G; 4C8Q E; 2R5M A; 3HRS A; 3OYF A; 5GAN h; 5GAM d; 3GBQ A; 3EGD A; 2YXY A; 4M75 F; 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3H8Z A; 4A4E A; 2DZ9 A; 4WF2 A; 1HD3 A; 2QAZ A; 3OSV A; 3EG9 A; 1PNJ A; 4JRI A; 2NUZ A; 2QEX T; 2VVK A; 2EGA A; 2KBT A; 1NEG A; 1NM7 A; 1WYX A; 2HDA A; 1OU8 A; 1VQ8 A; 2DPP B; 2LMJ A; 4Y91 A; 2NUT B; 3QXE B; 2OI3 A; 1ZA1 B; 1YWO A; 2EGC A; 1YIJ T; 1Z9Q A; 1KQS P; 2WSC E; 4VUB A; 3Q1J A; 3BE3 A; 1BYM A; 2VXE A; 1QVF P; 1MNE A; 1YJ9 A; 3CC7 Q; 2M0O A; 3KUF A; 4GBQ A; 2CP5 A; 4X34 A; 3LH0 A; 2M9U A; 3CMA A; 1PRL C; 2RO0 A; 2K79 A; 4HCB A; 1UHC A; 3SD4 A; 1K73 U; 2QA4 A; 5IHN A; 3QWX X; 3VS4 A; 9ATC B; 4PL6 A; 1WHG A; 4RTT A; 4QW2 A; 3EHQ A; 2XD0 A; 4LDW A; 3S6W A; 1ABQ A; 2LCS A; 2F1L A; 2PQW A; 3MET A; 1K9M U; 2DD4 A; 3VS3 A; 1B3Q A; 1UB4 A; 3ZBD A; 2RHI A; 3RES A; 1YCY A; 1WLP B; 5HY6 A; 4KUL A; 1OI1 A; 3NHN A; 1KD1 R; 3ASK A; 4WCI A; 1BB9 A; 1AT1 B; 2KXD A; 3AT1 B; 4E7Z A; 5KYX B; 3EG1 A; 4IIO A; 3G4S T; 3I56 T; 2CP0 A; 2CRE A; 1MMD A; 2DEQ A; 2VV5 A; 4PJO A; 1WIE A; 1VQP T; 4M7A C; 1X2K A; 3SB2 A; 2GTO A; 3JB9 H; 3CXC A; 2A08 A; 1GRI A; 3AHU A; 1QVG P; 3H6Z A; 4ZNX A; 2DNU A; 2GQV A; 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