The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
2
|
sequence length |
59
|
structure length |
59
|
Chain Sequence |
MKAARLKFDFQAQSPKELTLQKGDIVYIHKEVDKNWLEGEHHGRLGIFPANYVEVLPLE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the first SH3 domain of human vinexin and its interaction with vinculin peptides
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Vinexin
|
| molecule tags |
Cell adhesion
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
2
|
| structure length |
59
|
| sequence length |
59
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-11-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NG2 A; 2JMA A; 1UJ0 A; 1XOV A; 1YWO A; 4QT7 A; 5IXF A; 1PHT A; 1I07 A; 2LX7 A; 1E6G A; 2EYX A; 1K0S A; 2A08 A; 1GCQ A; 3TVT A; 3A98 A; 4J9E A; 1X2Q A; 2L0A A; 2EGE A; 2KBT A; 1PRL C; 2DL5 A; 2FPF A; 4DEX A; 4AFU C; 4RTT A; 1IO6 A; 2ED0 A; 1JO8 A; 5EC7 A; 1UEC A; 1HJD A; 2CRE A; 2YUN A; 2CUB A; 1QCF A; 4JJB A; 1BBZ A; 2O9S A; 2LJ1 A; 3EHR A; 1M27 C; 2DM1 A; 1JQQ A; 2DE0 X; 1GFC A; 4HVV A; 2BZY A; 1B3Q A; 2GGR A; 4ORZ A; 1K76 A; 2O9V A; 1WXB A; 1X69 A; 1W1F A; 2KRM A; 3CQT A; 2L3S A; 2LJ0 A; 1AVZ C; 1AEY A; 2FO0 A; 2A36 A; 1NEB A; 2JT4 A; 4F16 A; 2AZS A; 1GBQ A; 2FPE A; 1E6H A; 3I5S A; 1T0H A; 2K79 A; 2D8J A; 4CC4 B; 5IHK A; 1RLQ C; 2O88 A; 1W6X A; 3VS7 A; 2CT3 A; 1AWW A; 2GNC A; 1TUD A; 1SHG A; 1ZX6 A; 2CT4 A; 3FJ5 A; 2V1Q A; 2EW3 A; 2YUO A; 1KJW A; 5ECA A; 2RQR A; 1RUW A; 1WYX A; 2EBP A; 4F14 A; 1GFD A; 1ZUK A; 1QKW A; 1FMK A; 2ED1 A; 2JM9 A; 1HSQ A; 1X2K A; 2E5K A; 1NYG A; 1VYU A; 2EQI A; 1G2B A; 5I11 A; 4OMQ A; 2J6O A; 3ULR B; 3QWY A; 1U3O A; 2OI3 A; 5IH2 A; 2AK5 A; 1SEM A; 1M30 A; 2K9G A; 2KT8 A; 2DMO A; 2I0N A; 2DRK A; 1HD3 A; 1VYT A; 4LNP A; 2CSI A; 2EYY A; 3THK A; 4RTU A; 2G6F X; 1JXM A; 1BU1 A; 1WX6 A; 2X3X D; 4EIK A; 1NLO C; 1QWF A; 2KYB A; 2GTO A; 1PKT A; 2KRN A; 2JXB A; 5FWC A; 1SRL A; 2J7I A; 1KSW A; 2DYB A; 1RI9 A; 1PNJ A; 2KRO A; 1M3C A; 2JS0 A; 2ROT A; 4J9I A; 2NWM A; 1BK2 A; 4OMO A; 5FWB A; 2LMJ A; 4E6R A; 3JV3 A; 1GCQ C; 3C0C A; 4R0K A; 4HCK A; 2DRM A; 1X6G A; 1ABO A; 1UGV A; 2JS2 A; 5IHI A; 1X43 A; 2V1R A; 4DEY A; 2DX1 A; 3H0H A; 1W70 A; 4D8K A; 2LZ6 B; 4AFQ C; 4AFZ C; 2P4R A; 1WXU A; 3REB B; 1UTI A; 4JPB W; 1GL5 A; 2CH4 W; 3NMZ C; 2H8H A; 1YNZ A; 2K3B A; 4D8D A; 1Y57 A; 1QKX A; 3EHQ A; 4Y92 A; 1MUZ A; 2YUQ A; 1CKB A; 3VS1 A; 4J9H A; 2LNH B; 1SSH A; 2JM8 A; 2VWF A; 3EG0 A; 2MCN A; 2K2M A; 1H92 A; 1ZSG A; 1OOT A; 1CKA A; 4X1V A; 1NYF A; 2C0I A; 2RQW A; 1MV0 B; 3VS2 A; 4GLM A; 2EPD A; 2DLP A; 1AD5 A; 1OEB A; 2EVR A; 3VRZ A; 3M0U A; 2BTT A; 1K0X A; 2D0N A; 2F2W A; 1U5S A; 2AKL A; 1V1C A; 2DA9 A; 2F2V A; 2QDL A; 1GRI A; 2J6K A; 2OAW A; 2M51 A; 3UA6 A; 2KGT A; 2MIO A; 3EG3 A; 1J3T A; 3UF4 A; 2KXD A; 1H8K A; 3GBQ A; 1AWO A; 3H0F A; 1AWJ A; 2HSP A; 2B86 A; 2DBK A; 3VRY A; 4CC2 A; 1ZLM A; 4F17 A; 2DJQ A; 2EYZ A; 3TSZ A; 4AG2 C; 1CSK A; 4RUG A; 4IIM A; 1LCK A; 2LJ3 A; 5L23 A; 4HVW A; 4LE9 A; 3PVQ A; 3QWX X; 4AFS C; 2RQT A; 1A0N B; 1PKS A; 2KRS A; 4J9G A; 1WA7 A; 1E7O A; 1N5Z A; 3VS6 A; 5FW9 A; 3VS3 A; 4J9D A; 1Y0M A; 1NEG A; 1VA7 A; 2ROL A; 2DL4 A; 4WCI A; 3SEM A; 1JU5 C; 1UHF A; 3VS0 A; 5GJW B; 1RLP C; 3EG2 A; 2X3W D; 4JZ4 A; 2J06 A; 1KFZ A; 2FRY A; 1T3L A; 2BZX A; 2KYM A; 1X6B A; 1KIK A; 3H41 A; 2RQV A; 4IIO A; 2J6F A; 2PTK A; 3NPF A; 2KT1 A; 1SRM A; 1AZG B; 2SEM A; 2BZ8 A; 2EGA A; 3LH5 A; 1EFN A; 3I5R A; 4RTX A; 2MOX A; 3M0T A; 2ESW A; 2CDT A; 1JXO A; 1YN8 A; 2L3Q A; 3M0R A; 2DVJ A; 1PRM C; 4AG1 C; 1ZUU A; 2HBW A; 2C0T A; 2FPD A; 4A63 B; 2FEI A; 1WDX A; 2FG0 A; 1UE9 A; 2DF6 A; 3I35 A; 2ECZ A; 1AZE A; 1K1Z A; 2RN8 A; 2PNI A; 4HXJ A; 4JZ3 A; 2A37 A; 2DL3 A; 2RPN A; 2RQU A; 2DBM A; 1SPK A; 1WFW A; 4J9C A; 2CSQ A; 1T3S A; 1SHF A; 2DNU A; 1MV3 A; 2O2O A; 3PVL A; 2DL8 A; 4LUD A; 2RNA A; 2AKK A; 2VKN A; 2VVK A; 2F2X A; 2D1X A; 2K6D A; 3H0I A; 2CH4 A; 2SRC A; 3SHW A; 5I22 A; 2CUD A; 2C0O A; 4OMP A; 4Z88 A; 3M0S A; 1FYN A; 2XMF A; 2RMO A; 3UA7 A; 1UHC A; 2A28 A; 1X27 A; 3I9Q A; 2YSQ A; 1ZBJ A; 1U06 A; 1PWT A; 3O5Z A; 1VYV A; 2L2P A; 1Z9Z A; 2W10 A; 3NHN A; 1WI7 A; 2EYW A; 3TSW A; 2YT6 A; 1OPL A; 3KFV A; 4Z89 A; 4ZNX A; 3VS5 A; 1NM7 A; 3PE0 A; 1S1N A; 1WXT A; 3U23 A; 3NGP A; 1YCS B; 3EG1 A; 1G83 A; 2O31 A; 2OJ2 A; 3UAT A; 3RBB B; 1T0J A; 4CC7 A; 5IHN A; 1AOJ A; 1WLP B; 1UJY A; 2GBQ A; 2D8H A; 1OV3 A; 1UFF A; 2JW4 A; 2DIL A; 2DL7 A; 4RTV A; 4OMM A; 4LN2 A; 1AWX A; 2J05 A; 1K4U S; 2RF0 A; 1QLY A; 1OPK A; 4LUE A; 2YUP A; 4OMN A; 2LCS A; 1BB9 A; 2KEA A; 1K9A A; 1Z9Q A; 4Z8A A; 2L3P A; 3R6N A; 4KRT A; 2W0Z A; 2JTE A; 4ESR A; 3REA B; 1M3B A; 2KE9 A; 2LP5 A; 1I0C A; 2NUZ A; 2HDA A; 2PZ1 A; 4J9F A; 2HEQ A; 1ABQ A; 2YDL A; 4K11 A; 2FRW A; 4RTZ A; 4JJD A; 3VS4 A; 3IQL A; 2LQW A; 1TG0 A; 4OML A; 2AZV A; 1H3H A; 1I1J A; 1B07 A; 1NLP C; 2ENM A; 5IXB A; 2KNB B; 1YP5 A; 1WIE A; 2HCK A; 2EKH A; 3M0P A; 1ARK A; 3ZL7 C; 2M0Y A; 1QWE A; 2ABL A; 4FSS A; 2EGC A; 4J9B A; 4HVU A; 1M8M A; 3M0Q A; 4RTY A; 4RTW A; 2KXC A; 4CC3 A; 4GBQ A; 1JEG A; 3RNJ A; 2KR3 A; 5GJV B; 2GQI A; 2LQN A; 2K7A A; 1UDL A; 3EGU A; 1YWP A; 1M3A A; 4M4Z A; 1UG1 A; 1GCP A; 1TUC A; 4JJC A; 2GTJ A; 1UUE A; 2JMC A; 1GBR A; 5HCK A; 1ZUY A; 2IIM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NG2 A; 3OSV A; 5J26 A; 1MHN A; 1I07 A; 1PHT A; 5LJ5 f; 1N8R R; 2QGG A; 1GCQ A; 3JCM X; 1X2Q A; 3WVE B; 2EGE A; 4LDY A; 4DEX A; 4AFU C; 3CMA Q; 1S72 T; 2VGM A; 2ZPF B; 2XKO C; 1JO8 A; 2DPP B; 1MMA A; 4JLG A; 1EZZ B; 1ZA1 B; 4RCB A; 3OB9 A; 2ZPE B; 5LJ5 h; 2O9S A; 2LJ1 A; 4MZP A; 4MDX A; 3OS1 A; 2DE0 X; 3X20 B; 2PVO B; 4E7I A; 4HVV A; 3OYC A; 3CPW P; 1B3Q A; 1K73 C; 4YTL A; 3SB2 A; 1NPR A; 2R58 A; 2YWW A; 5KYW A; 1VQ4 A; 1QQJ A; 3I56 A; 3CBP A; 4PFZ A; 1AEY A; 2FO0 A; 3MEU A; 1NPP A; 3JCM d; 1VQ7 T; 2JT4 A; 2LTO A; 4M7D F; 4P5N A; 1MMG A; 5GAN 8; 1VQM A; 1Q86 R; 1KQ1 A; 1U1T A; 4BUG A; 1W6X A; 4ME7 A; 5CKH A; 2GNC A; 4N4H A; 2HD0 A; 2RJF A; 3V7C A; 1YFN A; 2EW3 A; 2V1Q A; 4DQ2 A; 1KJW A; 2HQX A; 5ECA A; 2COZ A; 1RUW A; 2EBP A; 1GFD A; 4X9C A; 1KC8 R; 2JJ9 A; 2JM9 A; 2JVV A; 5FRM A; 5CAI A; 3G71 A; 4IUP A; 2FZG B; 1FMV A; 4M7A G; 1ZSZ A; 1G2B A; 3RKX A; 3ULR B; 2OI3 A; 1Y96 A; 4LDW A; 2K9G A; 3M4Y A; 1VQ8 T; 1OX9 A; 2OTL Q; 3MHX A; 3H9N A; 1K8A R; 1UGQ B; 2QA4 T; 2GCX A; 1WHM A; 3THK A; 2DVE A; 4RTU A; 4C92 F; 2EWN A; 3MEA A; 4A54 A; 2X4X A; 5LL6 S; 4EIK A; 1WX6 A; 1QWF A; 2RJC A; 4UC4 A; 2GTO A; 3CCL T; 2KQW A; 1Q82 R; 4PKC C; 3QPH A; 4FYV B; 1EX4 A; 1VQN Q; 2C06 A; 4BDY A; 4XTY A; 1KSW A; 2DYB A; 1OZ2 A; 3M56 A; 3GPL A; 4PJO F; 1KQS S; 4TVR A; 2EJG A; 2LCL A; 4JRQ A; 3I55 Q; 1BI0 A; 1M3C A; 5FWB A; 2LMJ A; 2K3X A; 4MMK A; 2YRC A; 1GCQ C; 4B9X A; 2X4W A; 2DRM A; 1NJI R; 3CC7 A; 1UGV A; 1Y96 B; 2JS2 A; 4C5H A; 5GAM e; 5IHI A; 2LZ6 B; 3V8L A; 3PTA A; 3V7R A; 4XQ3 A; 1WXU A; 1UTI A; 5GAM j; 4JPB W; 3OW2 A; 2H8H A; 1KQS P; 4PK4 A; 4JDS A; 1Q81 U; 3VS1 A; 3QJY A; 2JM8 A; 1QVP A; 3EG0 A; 2K2M A; 2CP0 A; 1H92 A; 1GXI E; 1KD1 C; 2QGF B; 2L8D A; 2X9H A; 2C0I A; 2MK5 A; 1MV0 B; 4GLM A; 1OEB A; 3CCR A; 2F2W A; 1U5S A; 1V1C A; 3QO3 A; 1BKB A; 1SSF A; 2DA9 A; 2F2V A; 2J6K A; 2OAW A; 2DIQ A; 3EG3 A; 2KXD A; 1AWO A; 2EYQ A; 3H0F A; 2CYZ B; 3QDR B; 4FW2 A; 4F17 A; 1NZ9 A; 4MZM A; 2QAS A; 1CSK A; 5EG2 A; 1FX7 A; 5LJ3 d; 1YJ9 T; 3PVQ A; 3QWX X; 2RHI A; 2RQT A; 4AFS C; 3OYD A; 2KRS A; 5DM7 R; 1VQP T; 4M7D A; 4J9G A; 3OYM A; 3MKD A; 2M1H A; 2QYZ A; 4BI3 A; 2E10 A; 1NEG A; 1VA7 A; 2DEQ A; 1VOM A; 1JU5 C; 1UHF A; 1D0X A; 1RLP C; 5CVI A; 4JZ4 A; 1O9S A; 3M55 A; 1TWB A; 3CCE T; 2KYM A; 5DY9 A; 1D0Y A; 3NPF A; 4HCZ A; 2K3Y A; 3V8J A; 4JRP A; 4ZGD B; 3OBY A; 1VQ4 Q; 4JRI A; 1VQL T; 3I56 Q; 1VQ7 A; 3BW1 A; 4KH1 B; 1G5V A; 1B34 A; 3NTK A; 4M7D B; 3X28 B; 4AG1 C; 5GAN 7; 1ZUU A; 2C0T A; 3JCM J; 2FPD A; 1KK7 A; 2L5Q A; 1VQM Q; 3JCM c; 3JB9 G; 2ECZ A; 4KUL A; 1AZE A; 3RR6 A; 2WSE E; 1K1Z A; 1LOJ A; 3QXE B; 4C92 A; 4E7S A; 5AYF A; 4PLI A; 2COY A; 4ATO A; 1UGP B; 2DL3 A; 2RPN A; 1SPK A; 1WFW A; 4IKF A; 3PIP A; 1PSF A; 3CD6 T; 2NYS A; 1MV3 A; 1TXQ A; 4BE0 A; 4PJL A; 2AKK A; 1VQ9 A; 3G71 Q; 2YHT A; 1TH7 A; 1TU0 B; 5AT1 B; 2CP7 A; 2CH4 A; 2A7Y A; 1B34 B; 3SHW A; 4E2F B; 4OMP A; 4M75 D; 5I2S A; 1FYN A; 1PG5 B; 2XU8 A; 2NLU A; 2EQM A; 3JCM Q; 4GLK A; 1X27 A; 2YSQ A; 1ZBJ A; 5KYN A; 3O5Z A; 2R57 A; 3NHN A; 4X9D A; 1WI7 A; 3TSW A; 4HT9 A; 4C92 B; 2H3E B; 4M7D E; 2KI7 A; 3CCL A; 3LLR A; 3CCM A; 3JB9 I; 3U23 A; 2QXF A; 3E9F A; 1VIE A; 1LPL A; 4M77 A; 3OYL A; 4FU6 A; 2OJ2 A; 3RER A; 3UAT A; 1WQW A; 4PJO B; 1C0M A; 1T0J A; 9ATC B; 4CC7 A; 3E19 A; 5IHN A; 4E7L A; 1OYX A; 1WLP B; 2BIV A; 2GBQ A; 1OV3 A; 1UFF A; 5CIU A; 3OYB A; 1AWX A; 1YIT T; 2IVW A; 4M7D C; 1OPK A; 4LUE A; 3BDL A; 4M7D G; 3EFO A; 3CC7 Q; 4QVD A; 2KEA A; 4Z8A A; 4QKU A; 4JJN K; 5GAN d; 5A0L A; 5IAY A; 3CCU Q; 4KRT A; 2P0Q A; 2LP5 A; 3G6E T; 1BI3 A; 2PZ1 A; 3P8D A; 3DKM A; 4M77 B; 2G3R A; 5LJ5 e; 3CC4 T; 4DBF A; 3MP6 A; 3LW5 E; 4C92 E; 2PUK B; 2AZV A; 1W2B S; 5IXB A; 5LJ5 j; 3JCM W; 1WIE A; 3M59 A; 3M0P A; 2DXT A; 3CCR Q; 4PJO E; 2ABL A; 3MP8 A; 4JLI A; 4PJJ A; 1M8M A; 2DO3 A; 4HA8 A; 4RTW A; 4EPC A; 5GAO p; 1JEG A; 5KYX A; 4NS5 A; 4C92 C; 3MP1 A; 1HXD A; 3M54 A; 2GQI A; 4OB3 B; 3FLG A; 1TTH B; 4C92 G; 3EGU A; 2O4X A; 4ZTF A; 4BB7 A; 3VUZ A; 2LVM A; 2E6N A; 4A4G A; 1PCX A; 4JJC A; 4PL6 A; 4PJO C; 1WHJ A; 1GBR A; 1R0C B; 4PJO G; 5HCK A; 3S3N A; 1UB4 A; 5KH6 A; 1UJ0 A; 4M77 E; 1XOV A; 3GLX A; 1YWO A; 3BDU A; 4QT7 A; 4C0D B; 2EYX A; 3GNF B; 1K0S A; 4C5I A; 2PVG B; 3A98 A; 1PRL C; 2DL5 A; 2FPF A; 2RHY A; 1I5L A; 2F69 A; 5KYX B; 2MF2 A; 1IO6 A; 1VQ6 T; 2ED0 A; 2DYI A; 4OF1 A; 5KYY A; 3OYE A; 2RO0 A; 2X4J A; 2CUB A; 4Z02 A; 3E9G A; 5A0G A; 1BBZ A; 4M77 C; 4LD6 A; 1VQL A; 1JQQ A; 2LNV A; 1RI0 A; 2GGR A; 1VQ7 Q; 2O9V A; 5M9O A; 3CME T; 1X69 A; 2CP3 A; 1KD1 R; 1Y7X A; 2XD0 A; 2KRM A; 1QVF A; 3CCQ T; 1VQN A; 4FT4 A; 1AVZ C; 1K9M C; 3G4S T; 2AZS A; 1GBQ A; 2FPE A; 1E6H A; 3MO8 A; 4V2S A; 2D8J A; 3CC2 A; 5IHK A; 3CD6 A; 2O88 A; 3VS7 A; 5KYY B; 2Z0W A; 3BFM A; 1QMC A; 1IGQ A; 2K57 A; 2JNG A; 2CT4 A; 1XTD A; 2YUO A; 5GAO n; 2YRD A; 3A8L B; 1VQ9 Q; 5GAN 4; 1ZUK A; 1B7T A; 1HSQ A; 2E5K A; 1IHW A; 4C8Q D; 1VYU A; 3SDZ A; 1WJR A; 5I11 A; 4M7A A; 4C0D C; 1U3O A; 5GMK h; 3OYF A; 4HKE A; 2QA4 Q; 3VUB A; 1Q82 U; 1OUL A; 3NTI A; 1YJW A; 1OU8 A; 1SEM A; 3V7S A; 2KT8 A; 3CCL Q; 3CCM Q; 1VYT A; 2CSI A; 2HL3 A; 1NLO C; 1U1S A; 2KYB A; 2QDY B; 3ME9 A; 2XIC A; 2QEX T; 2HQH A; 1SRL A; 2IG0 A; 3H6Z A; 2DAQ A; 2FVU A; 4A4E A; 4FCY A; 3DLM A; 1PNJ A; 2KRO A; 2JS0 A; 2CS7 A; 2MMP A; 4M7A B; 1BK2 A; 4FIB A; 5CR2 A; 2ZCF B; 2X4Y A; 3C0C A; 2ZPI B; 2VUB A; 4R0K A; 2DTO A; 3MET A; 4HCK A; 1G3Y A; 1OU9 A; 1RAC B; 1X6G A; 2OAU A; 3EAE A; 1W70 A; 5FLX E; 4FM4 B; 3CCJ T; 2BUD A; 1U8R A; 1RAA B; 3REB B; 4PJM A; 1GL5 A; 2CH4 W; 3NMZ C; 5FU7 B; 4D8D A; 1Y57 A; 2RI2 A; 3S3M A; 3PMI A; 2CP5 A; 4IUU A; 1MUZ A; 2JUF A; 1CKB A; 5GMK m; 2LNH B; 3CCS T; 3LYI A; 3JSC A; 2CZ6 B; 2O01 E; 1UGS B; 3X24 B; 1ZSG A; 3X25 B; 1M90 R; 3C94 A; 1NYF A; 3RUX A; 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