The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
2
|
sequence length |
59
|
structure length |
59
|
Chain Sequence |
MKAARLKFDFQAQSPKELTLQKGDIVYIHKEVDKNWLEGEHHGRLGIFPANYVEVLPLE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the first SH3 domain of human vinexin and its interaction with vinculin peptides
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Cell adhesion
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Vinexin
|
| total genus |
2
|
| structure length |
59
|
| sequence length |
59
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-11-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4F16 A; 2DF6 A; 3I9Q A; 4OMO A; 4HCK A; 1G83 A; 1QWF A; 1UGV A; 2J05 A; 2EKH A; 3VS3 A; 1AZG B; 4M4Z A; 2OI3 A; 1JEG A; 1UE9 A; 1BU1 A; 1UFF A; 4RTW A; 2DM1 A; 2MCN A; 2RF0 A; 4OMQ A; 1ZUK A; 1NEG A; 1WA7 A; 4Z88 A; 1AD5 A; 2DE0 X; 5IHN A; 1UJ0 A; 3I5S A; 2EVR A; 4KRT A; 1T3L A; 1ZSG A; 2DL3 A; 4J9H A; 1UTI A; 3EG2 A; 1NG2 A; 4DEX A; 2DL5 A; 2E5K A; 2LJ0 A; 2GQI A; 1WFW A; 4GLM A; 4IIM A; 4Z8A A; 3TSW A; 1WIE A; 4J9I A; 2BZY A; 1ZUY A; 3VS2 A; 2LCS A; 2DBM A; 5FWB A; 2D1X A; 4LN2 A; 1YN8 A; 3ZL7 C; 4AFU C; 2EGE A; 2DA9 A; 5IH2 A; 5I11 A; 2JTE A; 4FSS A; 2K7A A; 2AKL A; 1K0S A; 3PE0 A; 4D8K A; 2A28 A; 1GCP A; 4JJC A; 4J9B A; 3QWX X; 2CRE A; 4K11 A; 2YT6 A; 2V1R A; 1E6G A; 2OAW A; 1I07 A; 3PVQ A; 5FWC A; 4LE9 A; 1PRM C; 1SPK A; 2OJ2 A; 2VVK A; 1AWJ A; 1JU5 C; 3JV3 A; 3M0P A; 2RQT A; 1WI7 A; 2RQV A; 1K76 A; 2L0A A; 1GCQ A; 2JM8 A; 1UUE A; 2DL4 A; 2GNC A; 3NMZ C; 3KFV A; 5ECA A; 1RUW A; 2RNA A; 4LNP A; 3EG3 A; 2H8H A; 4X1V A; 1HJD A; 2YDL A; 1OPL A; 1BBZ A; 2J6K A; 2LZ6 B; 1ABO A; 4RUG A; 1H8K A; 3U23 A; 1M3A A; 2DIL A; 1BK2 A; 2KNB B; 5IXF A; 2BZX A; 1J3T A; 1QCF A; 3H0F A; 1Z9Z A; 1X6G A; 2O9S A; 2CSQ A; 3M0U A; 2XMF A; 2J7I A; 1M3C A; 4RTV A; 1GBR A; 2RPN A; 2YSQ A; 3CQT A; 2JMC A; 2C0I A; 2KBT A; 3VS0 A; 3UF4 A; 1CSK A; 2RQR A; 2EQI A; 2GTO A; 1XOV A; 1UDL A; 1AWO A; 2JS0 A; 4RTT A; 1PWT A; 3EG0 A; 1X6B A; 2D8H A; 1UEC A; 4Y92 A; 1CKB A; 1FYN A; 2DNU A; 2CH4 A; 1CKA A; 1ZX6 A; 4J9F A; 4AFQ C; 2EYZ A; 1WX6 A; 2QDL A; 1YCS B; 1X27 A; 2X3W D; 4CC2 A; 2KT1 A; 2HDA A; 3C0C A; 2O88 A; 2AZS A; 2ABL A; 1K0X A; 2F2V A; 1PRL C; 2EBP A; 4JJB A; 1QWE A; 1YNZ A; 1Y57 A; 2GBQ A; 2M0Y A; 1N5Z A; 1G2B A; 1QKW A; 1PNJ A; 1UHC A; 2VWF A; 1OEB A; 2EYX A; 3VS5 A; 1PKS A; 1X69 A; 3ULR B; 4J9G A; 1ZUU A; 2L3S A; 3NHN A; 1UHF A; 2EYW A; 2ROL A; 1PHT A; 1NLP C; 2KEA A; 3O5Z A; 1QLY A; 1I1J A; 4J9E A; 3M0S A; 4AFS C; 1AVZ C; 3UAT A; 1TG0 A; 2K2M A; 5HCK A; 1IO6 A; 2KRO A; 1SHF A; 1SSH A; 2EW3 A; 1AWX A; 3IQL A; 4OMN A; 2KXD A; 1KFZ A; 1T3S A; 2CDT A; 3REB B; 2JT4 A; 2CUD A; 2KXC A; 2LJ3 A; 2DMO A; 3RBB B; 1GRI A; 2LP5 A; 3LH5 A; 2DRM A; 2LX7 A; 1FMK A; 2HBW A; 1T0J A; 4OMM A; 2DX1 A; 4RTU A; 1RLP C; 1X2K A; 1LCK A; 2DLP A; 1BB9 A; 2RQW A; 2MIO A; 3I35 A; 2EGC A; 4ESR A; 2L3P A; 2C0T A; 2EYY A; 1W70 A; 1VYU A; 2CT3 A; 4JJD A; 2W10 A; 3EHR A; 4ORZ A; 1TUC A; 2PNI A; 1S1N A; 1JQQ A; 2FPD A; 3UA6 A; 1YWP A; 2SRC A; 4Z89 A; 1AOJ A; 2AZV A; 3SHW A; 2RN8 A; 1NM7 A; 3A98 A; 2CH4 W; 4JZ3 A; 1X2Q A; 3QWY A; 3M0T A; 3THK A; 1RLQ C; 5IXB A; 4A63 B; 4QT7 A; 1E7O A; 2PZ1 A; 1YWO A; 2ED1 A; 2YUN A; 1NEB A; 2CT4 A; 4CC4 B; 4R0K A; 2DJQ A; 1WXB A; 1NLO C; 1UJY A; 1YP5 A; 2IIM A; 2O9V A; 3NGP A; 1HD3 A; 5IHI A; 1GFD A; 2FPF A; 4E6R A; 4D8D A; 2FEI A; 3R6N A; 4EIK A; 2HSP A; 1VYV A; 4J9D A; 4OML A; 3RNJ A; 3FJ5 A; 2FPE A; 3H0H A; 2MOX A; 1M27 C; 2JMA A; 4LUD A; 1H3H A; 2L3Q A; 2ROT A; 2JW4 A; 5GJV B; 2VKN A; 2F2X A; 2JXB A; 1KJW A; 1SHG A; 1SEM A; 2DL7 A; 2ECZ A; 5GJW B; 1KIK A; 1VA7 A; 2YUQ A; 3EG1 A; 3TVT A; 1GBQ A; 1AWW A; 1JO8 A; 1NYG A; 2FRY A; 2LQN A; 4JZ4 A; 2K6D A; 4CC3 A; 2K79 A; 4HXJ A; 3REA B; 3VRZ A; 1AEY A; 1OPK A; 2M51 A; 1B07 A; 2DRK A; 2F2W A; 4CC7 A; 1T0H A; 4RTX A; 1GL5 A; 2KRM A; 1WXT A; 2KGT A; 1V1C A; 2BZ8 A; 3PVL A; 1I0C A; 1X43 A; 1SRL A; 1HSQ A; 2B86 A; 4AG1 C; 2A08 A; 2JM9 A; 3UA7 A; 4OMP A; 2LNH B; 1NYF A; 2YUP A; 2C0O A; 2NWM A; 2YUO A; 1ARK A; 4GBQ A; 4F17 A; 3GBQ A; 2G6F X; 1ABQ A; 2BTT A; 4IIO A; 2KYM A; 1GCQ C; 1JXO A; 2D0N A; 2EGA A; 1WDX A; 1PKT A; 2JS2 A; 1M8M A; 3VS6 A; 2KYB A; 1TUD A; 2DL8 A; 3EGU A; 2HEQ A; 1M30 A; 1WLP B; 4LUE A; 2CSI A; 4HVW A; 1VYT A; 1KSW A; 1WYX A; 2HCK A; 2I0N A; 2DBK A; 5I22 A; 2NUZ A; 2J06 A; 1B3Q A; 1OOT A; 1WXU A; 3M0R A; 1MV3 A; 2KRS A; 2KR3 A; 1QKX A; 4J9C A; 2LMJ A; 1W1F A; 2ED0 A; 1ZBJ A; 1ZLM A; 2KRN A; 4AG2 C; 2P4R A; 2A36 A; 1H92 A; 2K3B A; 3VS1 A; 1GFC A; 2V1Q A; 2L2P A; 1OV3 A; 1UG1 A; 4JPB W; 3I5R A; 2SEM A; 3H0I A; 2LQW A; 5IHK A; 1RI9 A; 4RTY A; 2A37 A; 4HVU A; 3VRY A; 2D8J A; 2KE9 A; 4DEY A; 3SEM A; 5FW9 A; 2AK5 A; 3VS7 A; 2DYB A; 2LJ1 A; 1MV0 B; 3NPF A; 2ESW A; 3TSZ A; 2O2O A; 3EHQ A; 1W6X A; 2O31 A; 5L23 A; 2X3X D; 1K1Z A; 4ZNX A; 3VS4 A; 2GGR A; 2FO0 A; 2FG0 A; 1MUZ A; 2W0Z A; 4WCI A; 2J6F A; 2DVJ A; 2AKK A; 5EC7 A; 4AFZ C; 2RQU A; 1U3O A; 2KT8 A; 1U5S A; 2RMO A; 2FRW A; 2PTK A; 1K9A A; 1EFN A; 1U06 A; 2ENM A; 1K4U S; 1M3B A; 1E6H A; 4F14 A; 1A0N B; 1Y0M A; 3H41 A; 1SRM A; 1AZE A; 2EPD A; 2K9G A; 1JXM A; 2GTJ A; 3M0Q A; 4RTZ A; 1Z9Q A; 2J6O A; 2CUB A; 4HVV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5IAY A; 5HK3 A; 2RB6 A; 3QSU A; 3EH1 A; 1M4Z A; 3HFO A; 2RJE A; 2J05 A; 4MZT A; 2RM4 A; 2EKH A; 1W4S A; 1YJ9 A; 2QYZ A; 5FU6 C; 4PKC C; 1UE9 A; 3CC2 T; 3FC3 A; 1UFF A; 3I56 A; 1YHQ T; 2DM1 A; 2MCN A; 1ZUK A; 1WA7 A; 4Z88 A; 4A54 A; 1AD5 A; 2CS7 A; 4XTW A; 4ZTJ A; 2DPP B; 2EVR A; 3DLM A; 2VYT A; 2O4X A; 3PTA A; 4M7D G; 1EZZ B; 3E19 A; 2E70 A; 2QDY B; 3HTR A; 2VXE A; 3CMA A; 1JJ2 S; 4C92 C; 1NG2 A; 1IRX A; 3PGG A; 1WFW A; 2XG8 D; 1XTD A; 4GLM A; 1D09 B; 4IIM A; 2OTJ Q; 3TSW A; 1KC8 U; 4C8Q F; 1WIE A; 2EYQ A; 3V7S A; 5GAN 5; 5FWB A; 1RAA B; 3ZL7 C; 3JAM E; 3J81 E; 4JDS A; 4C0Z A; 2CP3 A; 4XTZ A; 1ZBX A; 2R57 A; 2PVG B; 2JTE A; 4FSS A; 3URG A; 4BY6 B; 1K0S A; 1GCP A; 4BB7 A; 1VQ9 A; 3JCM Q; 1M2O A; 3QWX X; 2CRE A; 2EAY A; 4O6J A; 3CEY A; 4EMH A; 1YHQ Q; 1RAF B; 1QP3 A; 3JCM f; 4X9D A; 2OAW A; 3JCM P; 3E1S A; 1KK7 A; 4L5G A; 1Q86 R; 4QQD A; 1LNX A; 3OYL A; 2HNI A; 3JB9 G; 4FYX B; 3TQ7 P; 1GCQ A; 2RHU A; 3RKW A; 3M58 A; 2JM8 A; 2XHC A; 2GNC A; 5CKE A; 4M78 E; 2RNA A; 1OU9 A; 5KYN A; 3CME A; 4RG2 A; 4X1V A; 1M1G A; 5KYY A; 2LZ6 B; 4M75 E; 1ABO A; 2QQS A; 5GAN 8; 1JJ2 A; 1M3A A; 1IGQ A; 2FVU A; 2RHX A; 4M7A B; 5IXF A; 1UB4 A; 3E9G A; 4RKU E; 5CR2 A; 1Z9Z A; 4OVA A; 4BUG A; 2DJZ A; 4RMO A; 1ZSZ A; 3OBY A; 3M0U A; 5DLO A; 5LJ5 j; 2J7I A; 4PLL A; 1M8V A; 1DJ7 B; 4OB2 B; 2JMC A; 2KBT A; 4PNO A; 2P0K A; 2CZ0 B; 2VV5 A; 3PIO A; 2RQR A; 3JCM e; 1VQN T; 1UDL A; 3CCE T; 4N0A C; 3EG0 A; 3MJX A; 1TOV A; 1UEC A; 3KUF A; 4PJO A; 4Y92 A; 3WVE B; 1FYN A; 2R58 A; 3JCM W; 3M55 A; 8ATC B; 3P8B B; 2CP2 A; 2X3W D; 2VUB A; 2O88 A; 2F2V A; 1PRL C; 3QJ6 A; 2EBP A; 2PQW A; 1QWE A; 4KUL A; 3RKX A; 1G2B A; 1PNJ A; 1WNL A; 3CCU A; 2CZ7 B; 3UDC A; 2MWO A; 1FXX A; 1H3Z A; 1YI2 A; 2IPO B; 4ATO A; 3OY9 A; 2FHD A; 3EGX A; 1VQO T; 3X26 B; 1MNE A; 1UHF A; 1Y07 A; 3RMS A; 1PHT A; 2EJG A; 3FDR A; 1YIT A; 2X4W A; 4J7I A; 4DBQ A; 5HCK A; 2KRO A; 2GF7 A; 1MMA A; 2D6F A; 2DXT A; 1YI2 Q; 1JB0 E; 3CCE Q; 2X4X A; 1T3S A; 3CCM T; 2CUD A; 2KXC A; 3LLR A; 4DOW A; 4IKF A; 5I21 A; 2X51 A; 4FYV B; 3G1J A; 1G3T A; 1N8R R; 1Q86 U; 1I4K 1; 1IHV A; 4RTU A; 5KE3 A; 3P8D A; 1RLP C; 2DLP A; 1Q81 C; 2RQW A; 4M7A E; 2MIO A; 5IT9 E; 1C6V X; 3S6W A; 2L3P A; 4XU0 A; 4L6V 5; 4A4F A; 2RHY A; 2E1H A; 2K5F A; 4C5H A; 2E6N A; 1VQ7 T; 4X34 A; 2QEX T; 2P0P A; 2FPD A; 4PJJ A; 1YJN T; 1YWP A; 4M77 C; 4C92 A; 1QVP A; 4F7U A; 4F04 B; 1AOJ A; 2RD1 A; 1VQO Q; 2E12 A; 2HKQ B; 1NM7 A; 2RH2 A; 1ACM B; 2L8D A; 4AMC A; 1VOM A; 1BCO A; 2V8K A; 1Q81 R; 3INZ A; 2QA4 A; 1UGS B; 4DBH A; 3DKM A; 3G71 Q; 2CT4 A; 2DTI A; 2O9V A; 3CC4 T; 1GFD A; 4XTX A; 2QGF B; 1GXI E; 4C92 D; 2HSP A; 1VYV A; 1M1K C; 3PFS A; 3R6O A; 4HA8 A; 2WSF E; 3JCM V; 3CCV Q; 4E2F B; 2FPE A; 4C5G A; 3M53 A; 3OMG A; 3OW2 S; 5CKD A; 2F2X A; 5GAM d; 2KAF A; 2JXB A; 3RER A; 2DL7 A; 5GJW B; 1MND A; 3PMI A; 1QVF S; 1VA7 A; 2IG0 A; 3EG1 A; 1K8A C; 3QHS A; 1AWW A; 4HCB A; 2MPX C; 2DAQ A; 2K6D A; 4CC3 A; 5FRN A; 3CCS T; 2HMA A; 1VQ7 Q; 2DKG A; 3REA B; 1YJN Q; 1Y96 A; 4PLI A; 1M1K R; 3PIP A; 2F2W A; 1RAI B; 4QVD A; 2LRQ A; 3EAE A; 1WXT A; 1N9S A; 1V1C A; 2NUP A; 1X43 A; 1HSQ A; 2B86 A; 3EG9 B; 2A08 A; 4QVZ A; 4ZN3 A; 4M7D E; 4PJO G; 2RJF A; 4C8Q C; 4E7L A; 5LJ5 d; 2KY9 A; 1BI3 A; 2YUO A; 3OYF A; 4XU3 A; 2COY A; 4IIO A; 2JTM A; 4BI8 B; 2LDM A; 1WDX A; 3CBP A; 1FMW A; 3VS6 A; 1V29 B; 1R77 A; 4E47 A; 2DXC A; 4C92 F; 3GNG A; 1N8R U; 3C95 A; 3MEA A; 1KSW A; 4BE0 A; 4P5N A; 5KYX A; 1S72 T; 4LXC A; 2GFA A; 2XK0 A; 5I22 A; 5KYU B; 2CZ6 B; 3OW2 A; 5GAN 4; 3L2Z A; 4EDU A; 1QVF A; 3MEU A; 2ED0 A; 5LJ5 h; 2WAC A; 1YIJ A; 1SKU B; 3MO8 A; 2K2V A; 1NPR A; 2FYK A; 1QP2 A; 2L2P A; 2OX7 A; 4D6W A; 1QCO A; 3I55 T; 5IHK A; 2VGM A; 1Q81 U; 4RTY A; 2D8J A; 4RCB A; 3OYN A; 1BIA A; 3F70 A; 2OTL A; 2M9U A; 3VS7 A; 3OW2 P; 2XDP A; 3CCQ Q; 1I81 A; 1OZ2 A; 5KYW A; 2X3X D; 4ZNX A; 3QUI A; 2GGR A; 1C1A A; 1WHG A; 2AKK A; 3GP8 A; 4EMK C; 4F7U G; 3EFO B; 3ZFJ A; 2FRW A; 4V2S A; 2HKN A; 2LCL A; 2GCX A; 1K4U S; 2K3Y A; 1A0N B; 2A0F B; 1SRM A; 4IUP A; 4FL6 A; 5GAM g; 3M0Q A; 3QYH B; 3P8H A; 1QMC A; 2LT1 A; 4ZGJ B; 1YFN A; 1PM3 A; 2DEU A; 1K9M U; 1G3W A; 5DM7 R; 3OMC A; 2ZPB B; 4OGE A; 3I55 Q; 1Q7Y C; 1G83 A; 4A4K A; 5GAO r; 1QWF A; 2V8J A; 2JUF A; 1VIF A; 4M77 A; 2DFU A; 2DIQ A; 3OA6 A; 3OYD A; 2RF0 A; 1WHM A; 4OMQ A; 2BIV A; 2GFU A; 2BE7 D; 1NEG A; 2LC4 A; 4LD6 A; 3CCL T; 1UJ0 A; 5LJ5 g; 1VQ8 A; 1R0B G; 1T3L A; 4MMK A; 1FWZ A; 1NPP A; 1D1C A; 2QTV A; 4ZN1 A; 1Q7Y R; 1N9R A; 4DEX A; 2LT4 A; 2DL5 A; 1WGS A; 2E5K A; 4M77 D; 5GAN h; 1KQ1 A; 4FW2 A; 2LJ0 A; 4LDX A; 2NUT A; 3L1A A; 1WQ7 A; 4JRI A; 5GAN 3; 3VS2 A; 4OMF B; 2LCS A; 5HY6 A; 2DBM A; 4LN2 A; 2AIR B; 1YN8 A; 2E6Z A; 2XD0 A; 5LJ3 h; 2LNV A; 5I11 A; 3MEV A; 4UC4 A; 2AKL A; 2VB6 A; 3C94 A; 3FLG A; 2A28 A; 3CCR T; 4FSX A; 4X9C A; 3LGL A; 1VQM Q; 1OUL A; 1ZHI A; 5J3B A; 2YT6 A; 5LJ5 e; 1IRE B; 2HZY A; 3JCM d; 1Q82 C; 3LW5 E; 4A4G A; 1HK9 A; 1H64 1; 4TVR A; 4C8Q A; 1I07 A; 5FWC A; 3EGX B; 1SPK A; 1JU5 C; 3M0P A; 1N6A A; 4ELZ C; 2RQT A; 2RQV A; 1K76 A; 2L0A A; 2ATC B; 2E65 A; 3VJP A; 1LJO A; 4PL6 A; 1VQ4 A; 5DLQ E; 3NMZ C; 1EX4 A; 3QG1 A; 5ECA A; 4LNP A; 3RUX A; 2H8H A; 4GLK A; 4M77 F; 3RR6 A; 1H8K A; 3O8V A; 1O75 A; 2DIL A; 1BK2 A; 1I5O B; 1B7T A; 2KNB B; 3PMT A; 2BZX A; 2RK2 A; 2E4H A; 3C4S A; 3MET A; 1J3T A; 1VQ5 Q; 1D3B B; 2XMF A; 5GAN f; 2HD0 A; 4RTV A; 2QQ9 A; 2YWW A; 2JOY A; 3CCR Q; 1M90 C; 3CQT A; 4BDZ A; 1NJI U; 2BUD A; 4FYW B; 3CPW P; 1CSK A; 2GTO A; 1RAH B; 1XOV A; 4M75 B; 2KVQ G; 4OB0 B; 4RTT A; 3RES A; 1PWT A; 4C0F A; 5LJ3 f; 2DNU A; 2EQJ A; 1CKA A; 4F7U B; 1U8R A; 1ZX6 A; 4A53 A; 2EYZ A; 1K73 R; 1WX6 A; 4HCZ A; 2QDL A; 1X27 A; 2DVE A; 2KT1 A; 2HDA A; 2OTJ A; 3C0C A; 3J80 E; 2AZS A; 2ABL A; 2R5A A; 2L5Q A; 4PJO E; 2EQU A; 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