The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
55
|
structure length |
55
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Chain Sequence |
SVVRAKFNFQQTNEDELSFSKGDVIHVTRVEEGGWWEGTHNGRTGWFPSNYVREI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A novel interaction between atrophin-interacting protein 4 and beta-p21-activated kinase-interactive exchange factor is mediated by an SH3 domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Rho guanine nucleotide exchange factor 7
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| molecule tags |
Ligase
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| source organism |
Rattus norvegicus
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| total genus |
10
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| structure length |
55
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| sequence length |
55
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07653 | SH3_2 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1SHF A; 1M27 C; 2YUP A; 3TSW A; 2P4R A; 2KRO A; 2CT3 A; 2RQR A; 2DRK A; 2DX1 A; 2FRY A; 2W0Z A; 3ULR B; 1HD3 A; 2A28 A; 1XOV A; 4QT7 A; 1ZLM A; 2GGR A; 1VYT A; 1GCP A; 1X6B A; 4CC3 A; 2HBW A; 2CH4 A; 2YDL A; 1ZUY A; 4A63 B; 2V1R A; 2ED1 A; 1LCK A; 1UTI A; 3UA6 A; 4EIK A; 3NMZ C; 1PRL C; 2RMO A; 2L3S A; 1S1N A; 5IXB A; 1NM7 A; 1QKX A; 2DE0 X; 2MOX A; 4AFZ C; 4JJD A; 1ABQ A; 2O88 A; 2VKN A; 2J05 A; 3JV3 A; 2GBQ A; 2RQV A; 2K79 A; 2RQU A; 3NGP A; 2GTO A; 1MV3 A; 4J9B A; 1UE9 A; 1ZX6 A; 2JM9 A; 2HEQ A; 2PTK A; 2CUD A; 1U3O A; 2EW3 A; 1WA7 A; 2KT1 A; 4AG1 C; 2HDA A; 2EQI A; 2EYW A; 2G6F X; 2OI3 A; 3VS5 A; 1AZE A; 1H92 A; 1NG2 A; 2JMA A; 2KXC A; 2I0N A; 2ED0 A; 2GTJ A; 3EG2 A; 1Y0M A; 2LJ3 A; 4JJB A; 3REA B; 2AKL A; 4RTU A; 1UHF A; 1I1J A; 1J3T A; 2KE9 A; 2EBP A; 3VS3 A; 1M8M A; 2F2V A; 2O9V A; 2XMF A; 4RTW A; 1YWP A; 2FPE A; 1BBZ A; 1M3A A; 4HXJ A; 1KIK A; 2DF6 A; 4RTZ A; 3VRY A; 1T3S A; 1PWT A; 2EKH A; 1M3C A; 3CQT A; 1QKW A; 4CC4 B; 1HJD A; 2V1Q A; 2PZ1 A; 2RQT A; 3QWY A; 2YUQ A; 1UGV A; 2A08 A; 2NUZ A; 1OV3 A; 4OML A; 2D1X A; 2ABL A; 2FEI A; 2CH4 W; 1QLY A; 2VWF A; 3EG1 A; 3KFV A; 4F16 A; 2W10 A; 2DL5 A; 4KRT A; 2E5K A; 2YT6 A; 2NWM A; 1I07 A; 1RLQ C; 3RNJ A; 2EPD A; 2DBK A; 1QWF A; 1KSW A; 1OPL A; 3THK A; 2J6O A; 2SEM A; 3VS2 A; 1UFF A; 4AFU C; 3NPF A; 1AVZ C; 1T0J A; 2LZ6 B; 2DMO A; 2J7I A; 3VS7 A; 2AKK A; 3M0R A; 4LN2 A; 3EG3 A; 1PNJ A; 2DM1 A; 2KRS A; 2YSQ A; 2KNB B; 4IIM A; 4J9H A; 2C0O A; 1AWW A; 2AZV A; 4E6R A; 2ECZ A; 4IIO A; 5FW9 A; 2J6K A; 2L3P A; 1JXO A; 1RLP C; 1MV0 B; 1IO6 A; 2LQW A; 2VVK A; 2FO0 A; 1I0C A; 3UAT A; 2LCS A; 1TG0 A; 2D8H A; 2RN8 A; 2F2X A; 2DL3 A; 2BTT A; 2FG0 A; 1SPK A; 5IHI A; 4CC2 A; 4RTT A; 3R6N A; 1JXM A; 4Z89 A; 1RUW A; 4DEX A; 2EYX A; 2K6D A; 3VS6 A; 3H0F A; 3H0I A; 2LP5 A; 3M0T A; 4J9D A; 1M30 A; 1FMK A; 3I35 A; 1WI7 A; 2O2O A; 1GL5 A; 3TSZ A; 4HVU A; 1ZBJ A; 3EG0 A; 1BU1 A; 2F2W A; 2QDL A; 1ARK A; 5EC7 A; 4FSS A; 2AZS A; 2D0N A; 1ZSG A; 1G83 A; 2B86 A; 2EGA A; 2LJ1 A; 2DJQ A; 2KYM A; 1X2Q A; 3I9Q A; 2LJ0 A; 1AEY A; 4F14 A; 3U23 A; 4J9F A; 5GJV B; 4CC7 A; 1UG1 A; 5I11 A; 1W1F A; 1H8K A; 2YUO A; 1ZUK A; 4JZ3 A; 4LE9 A; 1KFZ A; 4LNP A; 1ZUU A; 4M4Z A; 4JPB W; 1WXB A; 2EVR A; 2FPF A; 1B07 A; 2GNC A; 2JS0 A; 2LMJ A; 2M51 A; 2H8H A; 2O31 A; 1SEM A; 4F17 A; 1X69 A; 3M0P A; 2KBT A; 1K0X A; 1TUC A; 3PVL A; 1AWO A; 2CSI A; 1QWE A; 2X3X D; 2OJ2 A; 1GCQ A; 1X27 A; 2K2M A; 4J9E A; 2LX7 A; 1BK2 A; 1E7O A; 4HVV A; 1WYX A; 2LQN A; 2SRC A; 1Z9Q A; 4DEY A; 3I5S A; 1X2K A; 3C0C A; 1YN8 A; 2DL8 A; 3PVQ A; 1NYG A; 2DRM A; 1SSH A; 3SEM A; 5L23 A; 4OMN A; 1K0S A; 5IHK A; 1YP5 A; 4Y92 A; 3VRZ A; 1X6G A; 2LNH B; 1Y57 A; 1X43 A; 1AWJ A; 2EYY A; 1NLP C; 1M3B A; 1W6X A; 2DIL A; 1VA7 A; 4D8K A; 1YNZ A; 3M0S A; 2DBM A; 1VYU A; 3SHW A; 2GQI A; 1B3Q A; 4AFQ C; 3VS4 A; 2C0T A; 2JM8 A; 2KGT A; 4ZNX A; 1UEC A; 1WLP B; 2K7A A; 2K3B A; 2DA9 A; 4OMQ A; 5GJW B; 1TUD A; 5ECA A; 5HCK A; 1WDX A; 2EYZ A; 1A0N B; 1CSK A; 2K9G A; 1HSQ A; 2RPN A; 1V1C A; 4RTV A; 1JU5 C; 2MCN A; 1ABO A; 1CKA A; 1RI9 A; 2ESW A; 1K9A A; 3TVT A; 4RTX A; 1VYV A; 1SRM A; 3IQL A; 2YUN A; 1UJY A; 2KXD A; 1OEB A; 4LUE A; 2DYB A; 3LH5 A; 3EHR A; 1KJW A; 3VS0 A; 4J9G A; 1WFW A; 1UUE A; 1SHG A; 2CRE A; 2J06 A; 2KRM A; 1AOJ A; 2L2P A; 2JTE A; 1G2B A; 2DL7 A; 4HVW A; 4J9C A; 2FPD A; 1GFD A; 1AD5 A; 2DNU A; 1UJ0 A; 1H3H A; 5I22 A; 2BZ8 A; 2CSQ A; 2CT4 A; 1QCF A; 2CDT A; 2FRW A; 2BZY A; 1E6H A; 3A98 A; 1NLO C; 1YWO A; 1W70 A; 2O9S A; 1JO8 A; 3PE0 A; 1K4U S; 4Z8A A; 5IXF A; 1GCQ C; 2HSP A; 1PKT A; 1WIE A; 2JS2 A; 1WXT A; 5FWC A; 4WCI A; 2A36 A; 3NHN A; 2DL4 A; 1PKS A; 3VS1 A; 2MIO A; 4JZ4 A; 3H0H A; 3FJ5 A; 2ENM A; 1SRL A; 1OOT A; 1PRM C; 1EFN A; 4D8D A; 4OMP A; 1UHC A; 2ROT A; 1BB9 A; 2CUB A; 3I5R A; 2L3Q A; 4OMM A; 2KEA A; 2JMC A; 2RNA A; 3M0Q A; 1NEB A; 4RTY A; 4X1V A; 1U5S A; 2ROL A; 4J9I A; 4Z88 A; 4LUD A; 1WX6 A; 3GBQ A; 5IHN A; 1YCS B; 1NYF A; 2HCK A; 4ORZ A; 2JT4 A; 2M0Y A; 1U06 A; 2J6F A; 1N5Z A; 1GBR A; 2D8J A; 4RUG A; 4AFS C; 1JEG A; 4K11 A; 5FWB A; 3UF4 A; 3ZL7 C; 4GLM A; 1FYN A; 2X3W D; 2BZX A; 2JXB A; 2OAW A; 1AWX A; 1GFC A; 1Z9Z A; 1T0H A; 2PNI A; 2EGC A; 3O5Z A; 2A37 A; 3H41 A; 2DVJ A; 1MUZ A; 2KR3 A; 1WXU A; 5IH2 A; 2C0I A; 2EGE A; 3EGU A; 3QWX X; 1K76 A; 1GBQ A; 1UDL A; 3M0U A; 2L0A A; 4GBQ A; 2KYB A; 1T3L A; 1CKB A; 1K1Z A; 4AG2 C; 2KRN A; 1E6G A; 3EHQ A; 2DLP A; 3REB B; 1PHT A; 1AZG B; 3UA7 A; 3RBB B; 4ESR A; 1JQQ A; 4JJC A; 4HCK A; 2KT8 A; 2AK5 A; 2JW4 A; 1GRI A; 1NEG A; 2RF0 A; 2RQW A; 4OMO A; 2IIM A; 4R0K A; 1OPK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SHF A; 1OU9 A; 3V7C A; 1JJ2 A; 1M27 C; 2YUP A; 2NUP B; 3P8B B; 3ULR B; 2M16 A; 2RJC A; 3EFO B; 1M90 C; 3L2Q A; 1ZLM A; 2VXF A; 2E41 A; 4M78 E; 3CCQ Q; 2QA4 A; 2MK5 A; 1LCK A; 1ACM B; 1VQO Q; 1TWB A; 2RMO A; 1WJR A; 2L3S A; 1S1N A; 1WHG A; 3CC7 T; 1QKX A; 2DE0 X; 1ABQ A; 5KH6 A; 2X4J A; 2RQU A; 2GTO A; 1UE9 A; 1ZX6 A; 2JM9 A; 2KVQ G; 4PJO E; 4C8Q E; 2VC8 A; 2EW3 A; 2XID A; 4AG1 C; 2HDA A; 1KQS A; 4KBM B; 3TQ7 P; 2F1L A; 1R0C B; 3J7A F; 4QQD A; 2GTJ A; 2LX9 A; 2LJ3 A; 3QZ5 B; 4FSX A; 2XD0 A; 3CCU T; 3CXC S; 4C92 C; 1YHQ T; 3URG A; 2JN0 A; 5GAM f; 1J3T A; 2KE9 A; 4HT8 A; 4BE0 A; 1Y7X A; 4RTW A; 2HD0 A; 3JCM e; 1PG5 B; 1M3A A; 1WNL A; 1PWT A; 4PFZ A; 3CQT A; 2K4Y A; 1V76 A; 3CME A; 2D0Q B; 1VIF A; 4CC4 B; 8ATC B; 1R77 A; 3FIF A; 1K8A U; 1JJ2 P; 1N8R U; 1QW1 A; 3X25 B; 5FU6 C; 3G6E T; 2CH4 W; 2VWF A; 3EG1 A; 1VQP T; 1KD1 C; 4KRT A; 1KK7 A; 1RLQ C; 1NJI U; 4LDU A; 3VUZ A; 5LJ3 d; 1OPL A; 2J6O A; 2ZZD A; 3MCA B; 4F7U G; 2QEX A; 3CCM A; 3VS2 A; 2ZAE A; 1X6O A; 3CCQ A; 2VUB A; 1I5O B; 2BE9 B; 4KGX B; 1LVK A; 5GAM g; 1T0J A; 3NTH A; 1S72 T; 3VS7 A; 2AKK A; 3M0R A; 1VQO A; 4A53 A; 3EG3 A; 5D6X A; 3QYH B; 5GAN f; 2DM1 A; 2KRS A; 2FHD A; 4IIM A; 4J9H A; 4XTW A; 4IKF A; 3WXM B; 4XTX A; 4E6R A; 2DIG A; 2QG9 B; 2ZPH B; 3OYM A; 4N4G A; 2J6K A; 2YLC A; 1GXI E; 4JJN K; 2P0P A; 2EKO A; 3G71 Q; 1MV0 B; 2LQW A; 3TU4 K; 2QXF A; 1BYM A; 4A54 A; 1ZSZ A; 2LCS A; 1KQS P; 3JCM J; 2D8H A; 2D6F A; 2FG0 A; 1SPK A; 1PSE A; 5AT1 B; 2E5Q A; 4RTT A; 3CCV Q; 4ME7 A; 4DEX A; 4RCB A; 2K6D A; 1C0M A; 1UGQ B; 4M7A B; 2VXE A; 3EG0 A; 1BU1 A; 4FW2 A; 1YIJ T; 2O01 E; 5GAN g; 2D0N A; 1G83 A; 5CKE A; 2EGA A; 1AEY A; 3OS5 A; 1FMW A; 3M57 A; 4X9D A; 4M75 G; 2PVG B; 5I11 A; 4ZGJ B; 1H8K A; 1K9M U; 5J26 A; 3QJ6 A; 2YUO A; 3QZ9 B; 1FXX A; 4LE9 A; 1KFZ A; 2QGF B; 1ZUU A; 3HRS A; 4OB2 B; 2FPF A; 1K73 R; 2JS0 A; 2M51 A; 4M7D C; 3PTA A; 3OB9 A; 3CEY A; 1N27 A; 4ZTJ A; 3CC4 A; 1X27 A; 2K2M A; 2LX7 A; 5CKF A; 3KXT A; 3CCR T; 1YFN A; 4QVC A; 2CGH A; 2FYK A; 3I5S A; 3CCE T; 1B7T A; 4DBQ A; 2DL8 A; 1RI0 A; 1NYG A; 1VQL Q; 2DRM A; 3OW2 A; 4PJO A; 2JTM A; 1YP5 A; 4Y92 A; 1Q7Y R; 2M9U A; 4LDW A; 2LNH B; 1Y57 A; 1X43 A; 3G71 A; 2EYY A; 2XDD A; 1VA7 A; 4D8K A; 3BY7 A; 2E3I A; 4ZTF A; 1OQK A; 3OQ5 A; 1AHJ B; 1JB0 E; 2DKG A; 1M1G A; 2C0T A; 3VYH B; 3VJP A; 2GQV A; 1WLP B; 1YJN Q; 2QI2 A; 4OB0 B; 2DA9 A; 5GAN 6; 4OMQ A; 3OYE A; 3MEA A; 1TUD A; 4PJJ A; 3S3N A; 1WDX A; 2EYZ A; 2CP3 A; 5CO7 A; 4Z02 A; 1A0N B; 3QG1 A; 5FU6 B; 4M7A E; 2RM4 A; 3CD6 T; 3CMA T; 3QBY A; 2MCN A; 3KUF A; 4DA4 A; 1M4Z A; 2RHU A; 3OYG A; 5FLX E; 4NL3 A; 4BDZ A; 2FL7 A; 3E1S A; 3JCM d; 1Q82 U; 4LUE A; 3EHR A; 1UGR B; 4PNO A; 1PCX A; 5LJ3 f; 4J9G A; 3X28 B; 4OP0 A; 2CRE A; 4E7K A; 2F5T X; 2J06 A; 1NBE B; 2DD5 A; 1AOJ A; 2JTE A; 1VQ7 A; 4JS4 A; 4J9C A; 1GFD A; 4M78 C; 1UJ0 A; 3HL8 A; 1RAG B; 2CSQ A; 2ZPB B; 4FYV B; 3F70 A; 2CDT A; 2F69 A; 1M1K C; 1E6H A; 3A98 A; 2OTL T; 4QQ6 A; 1JO8 A; 1IRX A; 2MAM A; 2NLU A; 1Q86 U; 2HSP A; 3OW2 P; 1VQL A; 3PIO A; 1WIE A; 3QDF A; 5GMK l; 4WCI A; 2A36 A; 3C12 A; 3VS1 A; 4L59 A; 4LD9 K; 3S3M A; 2EQM A; 4C0Z A; 2E65 A; 4PJO C; 4C8Q C; 2PUO B; 3TCJ A; 2X4W A; 2X4Y A; 3I5R A; 4II1 A; 5LJ3 g; 2KEA A; 4BE1 A; 3M0Q A; 2PU9 B; 1C6V X; 1YJ9 A; 2RI3 A; 3H9N A; 1YJN A; 4J9I A; 5GAM h; 2MI6 A; 4LUD A; 2NUT B; 2ZGW A; 3GBQ A; 4BDY A; 1RAA B; 4E7Z A; 2JT4 A; 3OYD A; 4XU1 A; 1QVG S; 1Q95 G; 1VQ6 T; 2RHX A; 3CC2 T; 2HBP A; 3MEV A; 4EMG A; 5CAI A; 2D9T A; 4L6V 5; 4N0A C; 5D6Y A; 2QYZ A; 3CC7 Q; 2QTX A; 1QMC A; 1QP2 A; 3NFC A; 2OAW A; 2HKQ B; 1N9S A; 2PNI A; 4PJN A; 3GNG A; 2A37 A; 2KR3 A; 3QUI A; 1KG1 A; 2BKD N; 2C0I A; 3CCL T; 2DEU A; 2EGE A; 2VYT A; 3G1J A; 1VQ5 T; 4GBQ A; 1OU8 A; 1T3L A; 2KRN A; 3CCU Q; 3QPH A; 5GAM j; 3SWN C; 1E6G A; 2DLP A; 3MP8 A; 1PHT A; 1YHQ Q; 2QAZ A; 3RBB B; 4IUR A; 4JJC A; 3VU3 C; 2ZPI B; 3QSU A; 2AK5 A; 2MYS A; 1Q82 C; 1PD0 A; 1WJS A; 1B34 B; 1HK9 A; 4EMK A; 2K3Y A; 3TSW A; 1YJW A; 2RJF A; 3V8J A; 4E7H A; 2DX1 A; 2HQH A; 2JNG A; 1VQK Q; 2HZY A; 1XOV A; 4BE2 A; 1OX9 A; 3G6E Q; 4C0G A; 4HCB A; 1VQP Q; 2HBW A; 3HRT A; 3M4Y A; 1ZUY A; 2V1R A; 2ED1 A; 1KD1 R; 1UTI A; 2MWO A; 4EIK A; 4M7A A; 1FX7 A; 1XJW B; 3ASK A; 2KDS A; 1PRL C; 3FC3 A; 3GIB A; 3MKD A; 4OB3 B; 1S72 Q; 5L8R E; 1HXD A; 1MMG A; 2MOX A; 4AFZ C; 4JJD A; 5GAN j; 2O88 A; 4Y91 A; 3JCM f; 3NGP A; 2A3L A; 3OBY A; 5GMK h; 2KMT A; 4J9B A; 3CC7 A; 4Q5W A; 1U3O A; 4BAC A; 2QK0 A; 2DXU A; 2EYW A; 2OI3 A; 3VS5 A; 1H92 A; 1Y96 B; 4BI8 B; 3C4S A; 3DLM A; 4PK4 A; 3REA B; 4B9X A; 3EAE A; 1EIF A; 1I1J A; 3VS3 A; 3CCU A; 5GMK i; 1TUG B; 1YHQ A; 3MEU A; 5KYW B; 5GAN d; 1BBZ A; 4HXJ A; 1IGU A; 2DF6 A; 4RTZ A; 1T3S A; 3PGG A; 1QKW A; 3I56 T; 2FVU A; 2DD4 A; 5D6W A; 3I55 A; 1YIJ Q; 2RK1 A; 4Y28 E; 5CKD A; 2NYS A; 2V1Q A; 4M75 F; 3JCM g; 1AT1 B; 4C92 A; 3RUX A; 5GMK j; 1KC8 C; 2IPO B; 2NUZ A; 3FJP A; 3QKJ A; 4OML A; 3OW2 S; 4XTZ A; 1QLY A; 3KFV A; 4F16 A; 2W10 A; 4JLG A; 2E5K A; 1VQK A; 3UT1 A; 2EPD A; 3G6E A; 1QWF A; 1XNI A; 5A0L A; 3M5A A; 1IB8 A; 4DOW A; 1TTH B; 1D1B A; 5IAY A; 2M02 A; 1OX8 A; 4HCZ A; 2LZ6 B; 2CP2 A; 2DMO A; 3D7S B; 4E2F B; 2KK4 A; 4LN2 A; 3EH2 A; 4C92 F; 3PMT A; 1H64 1; 4LD6 A; 1S72 A; 1AWW A; 4E7S A; 2ECZ A; 4C0D B; 1F1B B; 3CCR Q; 3CCE Q; 2XDB A; 4A4K A; 5J3B A; 2VVK A; 2FO0 A; 3UAT A; 3CCS T; 1W2B S; 4PL6 A; 4MMK A; 1N8R R; 2ZPF B; 4ELY C; 4ZN3 A; 2DL3 A; 2K5I A; 3SWN B; 5LJ3 h; 4CC2 A; 4PFP A; 3HTR A; 1RUW A; 3VUB A; 4NL2 A; 1NJI R; 2DPP B; 1OZ2 A; 3ER0 A; 3H0F A; 3M0T A; 4JLI A; 2P84 A; 1WI7 A; 4M77 B; 2O2O A; 1GL5 A; 1WHJ A; 1IHW A; 3PT9 A; 1RAB B; 1BI3 A; 4HVU A; 1ZBJ A; 4XQ3 A; 2QDL A; 2KQW A; 3EG9 B; 3OMC A; 4GY5 A; 1JBM A; 4JUV A; 2RI5 A; 1VOM A; 2DJQ A; 2KYM A; 1X2Q A; 3CD6 Q; 2LJ0 A; 3CMA Q; 1YIJ A; 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