The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
120
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structure length |
120
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Chain Sequence |
PPEDLMQYEAMAQDALRGVVKAALKKAAAPGGLPEPHHLYITFKTKAAGVSGPQDLLSKYPDEMTIVLQHQYWDLAPGETFFSVTLKFGGQPKRLSVPYAALTRFYDPSVQFALQFSAPE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Caulobacter crescentus SspB ortholog
rcsb |
| molecule keywords |
Hypothetical protein
|
| molecule tags |
Hydrolase activator
|
| source organism |
Caulobacter vibrioides
|
| total genus |
27
|
| structure length |
120
|
| sequence length |
120
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-06-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1OU9 A; 1TWB A; 1OU8 A; 1OX9 A; 1ZSZ C; 2QAZ A; 1ZSZ B; 1ZSZ A; 1OUL A; 2NYS A; 1YFN A; 2QAS A; 1OX8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3GNF B; 1I81 A; 3MCA B; 3CXC S; 1IHW A; 4BY6 C; 4J6X A; 1D1A A; 2OTL T; 1GL5 A; 4LXC A; 4RG8 A; 2FO0 A; 3CME T; 3A8L B; 1VQO A; 4FSS A; 3R6N A; 4M77 D; 3CCU Q; 3KFV A; 1BU1 A; 4RTX A; 4M75 C; 4OGC A; 1OPK A; 1JEG A; 2V8I A; 2CGH A; 1C1A A; 1D1B A; 3WXM B; 1QKW A; 2BZY A; 1ZBX A; 2H3E B; 2RB6 A; 5FLX E; 1M5Q 1; 5CKD A; 1M8V A; 1VQ6 T; 3E9F A; 1WXU A; 1AVZ C; 1NEG A; 3GOX A; 2QG9 B; 2GFA A; 2KR3 A; 3I56 Q; 5KCO A; 4LUD A; 3G6E Q; 2IG0 A; 4QT7 A; 3A98 A; 3FEO A; 5CVI A; 2D8H A; 2F2W A; 4LUE A; 5DM7 R; 1FMK A; 3UF4 A; 2DEQ A; 2O9V A; 1LVK A; 2CP2 A; 1AD5 A; 1G3Y A; 4GY5 A; 1QCN A; 4M4Z A; 1QVP A; 3QG1 A; 2RNA A; 4EMK C; 3HRS A; 4LD9 K; 2MCN A; 3UPU A; 2P84 A; 4IKF A; 1PKT A; 4IUP A; 4M7D D; 3JCM J; 2KK4 A; 4CC2 A; 2L5Q A; 4PL6 A; 1VQL Q; 2OJ2 A; 3QUI A; 2J7I A; 1KHI A; 3X24 B; 1RLP C; 5A2Q E; 2HMA A; 3LLR A; 2P0Q A; 5I21 A; 5CK9 A; 3F70 A; 4LDX A; 2YLB A; 1VIE A; 1UB4 A; 5GAN 4; 1AWX A; 4ZTF A; 3OYD A; 3S3M A; 1RAA B; 2DBM A; 2EYX A; 8ATC B; 2WSF E; 1GBQ A; 1TS9 A; 1B07 A; 2QK0 A; 1FYN A; 1NPR A; 1VQO T; 1WHM A; 1Q86 C; 4KUL A; 2RK2 A; 6AT1 B; 2EWN A; 2KY9 A; 1X43 A; 1K76 A; 2J05 A; 3DLM A; 2DBK A; 2GFU A; 1Q82 C; 2K9G A; 2FEI A; 2FG0 A; 3HRT A; 1T0H A; 1HK9 A; 3ASK A; 3NTI A; 1X69 A; 2E10 A; 4KBM B; 3MET A; 5IHI A; 3JB9 J; 4YTL A; 2E4H A; 1MGQ A; 1M2V B; 4LDU A; 1Q7Y U; 2P4R A; 4JRP A; 1BBZ A; 2R57 A; 5DLO A; 4M77 B; 2FYK A; 2D6F A; 1EFN A; 3EFS A; 2V1R A; 2VC8 A; 2LVM A; 3LX7 A; 4M75 G; 3TQ7 P; 4PJO G; 1JB0 E; 3CC4 A; 5KCH A; 3O8V A; 2ZPF B; 1IGQ A; 1Q7Y R; 1LCK A; 3URG A; 4RMO A; 2XK0 A; 1W4S A; 4J7F A; 2RJF A; 2EJG A; 1WI7 A; 2H8H A; 5KE2 A; 3ZL7 C; 3TU4 K; 3MHX A; 7AT1 B; 1TU0 B; 4OB0 B; 3M55 A; 3ME9 A; 2XIC A; 4UC4 A; 3MO8 A; 1VYV A; 4KUI A; 3UT1 A; 2EQM A; 2LP5 A; 1NEB A; 2LCL A; 1WLP B; 2R58 A; 2JTF A; 2XD0 A; 3RKW A; 4J6Y A; 3V8K A; 3JB9 G; 3V8J A; 5GAO q; 2RQU A; 3MPU B; 4M7D B; 3NGP A; 3NFC A; 5FW9 A; 3OYL A; 2FPF A; 3OYK A; 4OF1 A; 5LJ3 h; 5IHK A; 3RKX A; 2LDM A; 1NE8 A; 4C5I A; 1KFZ A; 1MMG A; 1QVG S; 2A28 A; 2F2X A; 2ZZD A; 2H3J A; 2QA4 Q; 5GAM h; 5GAM j; 3OYJ A; 5I2S A; 3S3O A; 3CCJ Q; 4ZGE B; 1Z9Z A; 3OQ5 A; 4C92 D; 4EMH A; 2K7A A; 4M77 C; 3A8M B; 1QVF P; 1VQ4 T; 2HL3 A; 4IUV A; 4D8D A; 2LQK A; 4LD6 A; 2EVR A; 2OTL Q; 1NJI U; 2GTJ A; 2DTH A; 2CKK A; 3CME Q; 3X26 B; 3IQL A; 5CAI A; 3QJ6 A; 1BKB A; 4L5G A; 3OSV A; 1WX6 A; 1J3T A; 1QQJ A; 1AT1 B; 1VQ6 Q; 2E41 A; 1NJI R; 2YRC A; 3CPF A; 2KRM A; 2COW A; 4JJD A; 2JTM A; 4OVA A; 5KYN A; 4OB3 B; 2M16 A; 3SEM A; 1MMN A; 2RHY A; 5GJW B; 1N9S A; 1KQS A; 2RI5 A; 2DL4 A; 5GAO m; 5CQX A; 2PQW A; 2CSI A; 2ZPE B; 4FYW B; 2V8K A; 2JMA A; 1VQ9 A; 4OB1 B; 2KXC A; 4M7D C; 1PCX A; 1WDX A; 2GNC A; 3G7Z A; 4TVR A; 2DE0 X; 5KYU B; 4J9D A; 2E3H A; 2LT1 A; 3ER0 A; 2V8J A; 3MKD A; 5KYY A; 1ZSZ B; 2PU9 B; 3L1A A; 3A8H B; 3GLX A; 3LYI A; 3Q1J A; 2K5I A; 2GF7 A; 2PTK A; 4F16 A; 4M78 G; 3I55 A; 3HFN A; 1PSE A; 5LJ5 h; 5LJ5 j; 1N8R U; 3EFO B; 2YDL A; 1VQN A; 4HXJ A; 4ZGJ B; 2PZ1 A; 1BCO A; 2YSQ A; 1OZ3 A; 1OZ2 A; 1VQO Q; 2HBP A; 2HKN A; 4Z89 A; 3FJP A; 4DA4 A; 2EQU A; 3HPW A; 1WHJ A; 3A8O B; 3J81 E; 1M1G A; 2VV5 A; 2JNG A; 1NYF A; 3CXC A; 1O9S A; 3M0U A; 1N8R R; 4BI4 A; 2WAC A; 2LCS A; 2EGE A; 3JCM P; 2X4Y A; 4A4G A; 2NUT A; 1I0C A; 4F17 A; 1Y96 A; 1KSW A; 2SRC A; 4F7U B; 4C92 B; 2DEU A; 2M0O A; 2HQE A; 1WHK A; 1T3S A; 3SFM A; 4M77 G; 3HL8 A; 1NZ9 A; 2RF0 A; 4L6V 5; 1K8A U; 4HCC A; 3M0R A; 2FZC B; 2HCK A; 3G71 T; 1GFC A; 2ZAE A; 3CPW A; 1PD1 A; 1KD1 U; 5FRM A; 3QO3 A; 2ESW A; 2ZCF B; 1ZHI A; 4M7A G; 1M1K U; 2F69 A; 5GMK l; 3RNJ A; 4PJO D; 1UGR B; 4D8K A; 2J6O A; 5KYW B; 2F5K A; 1K8A R; 4B6M A; 2X9H A; 4KH1 B; 1KD1 R; 1ZSZ C; 1LNX A; 3HKS A; 1K73 U; 2ED1 A; 1M1K R; 2YWW A; 3E1S A; 3I55 T; 5LJ3 e; 1M4Z A; 1M30 A; 2GCX A; 1TH7 A; 1SPK A; 2DYI A; 4C5E A; 1VQN T; 5FU6 B; 2CP3 A; 5GAN 6; 3S3N A; 5GAM e; 2DX1 A; 1QKX A; 3DKM A; 2O01 E; 3MP6 A; 2D8J A; 2DTI A; 2HDA A; 1K73 R; 3O5Z A; 4BAC A; 3JCM c; 2C0T A; 1K9A A; 3QZ5 B; 2AK5 A; 2PUO B; 1Y7X A; 3CCM A; 3GPL A; 1YI2 T; 5CIU A; 3EH1 A; 2F5T X; 3NTK A; 2A37 A; 1OEB A; 4XU1 A; 4C92 C; 3A8G B; 3EHQ A; 1N6A A; 4OMP A; 3M54 A; 1YJW A; 2K5F A; 2XI9 A; 1JQQ A; 3PFS A; 4DOV A; 5GAM d; 1X2Q A; 3EG9 B; 2D9T A; 4BE2 A; 3RDV A; 4FT4 A; 2DLP A; 2Y4Y A; 1VA7 A; 2PVG B; 1VQ4 Q; 2W10 A; 3VJP A; 4QW2 A; 3QBY A; 1JBM A; 1VYU A; 1AZG B; 4A53 A; 4AT1 B; 4BUG A; 3VS6 A; 2DAQ A; 1M8M A; 1TTH B; 3CC4 Q; 1M9S A; 3CQT A; 2XDB A; 3QZ9 B; 4DQ2 A; 1TXQ A; 2Z0W A; 2ENM A; 3CCS A; 1YJN A; 2LQ8 A; 1ZA2 B; 4KH0 B; 1UDL A; 1G3W A; 4C8Q F; 1RAG B; 3QKJ A; 2JM9 A; 1H3Z A; 4QVZ A; 2DM1 A; 2YHT A; 2HNI A; 4HT8 A; 1U06 A; 5GAO n; 1BB9 A; 1D3B B; 2M51 A; 4P5N A; 5AYF A; 3OYH A; 2L3R A; 4A63 B; 1SF9 A; 5FU6 C; 1U8R A; 1WYX A; 4PJL A; 2QQS A; 2ZPI B; 2O9S A; 3AHU A; 1N9R A; 3R6O A; 3OYA A; 4R55 A; 4PJO B; 3EGX A; 3EH2 A; 3VYH B; 5LJ5 e; 1M2O A; 3LGL A; 3QDF A; 2E3I A; 3CCM T; 1QP2 A; 2EW3 A; 2JS0 A; 2V26 A; 2DPP B; 3CBP A; 5GJV B; 4EDU A; 1Q81 C; 1NBE B; 3FIF A; 4V2S A; 3L2Q A; 1QCF A; 2DL3 A; 1YJW T; 2CP6 A; 1K0X A; 4M75 F; 3RES A; 3SHW A; 2CZ6 B; 2RA2 A; 3L42 A; 4E7J A; 2YRV A; 4Z88 A; 5KYX A; 1IGU A; 4Y91 A; 3MP1 A; 3VS2 A; 4PJJ A; 1YHQ A; 3SWN C; 2CYZ B; 2LC4 A; 4XU3 A; 1BYM A; 1QVG A; 5LJ5 d; 4HCZ A; 4Q5W A; 3QPH A; 4KRT A; 1JXM A; 2JXB A; 1Y0M A; 2NUP A; 1EIF A; 1QW1 A; 4B9W A; 1ZSG A; 2K3Y A; 4B9X A; 2MWP A; 1YJN T; 1W70 A; 5LJ5 g; 1RAI B; 2K6D A; 4F7U G; 3CCJ T; 1JU5 C; 1M1F A; 4C92 G; 2XMF A; 2B8A A; 4MMK A; 1G8X A; 2AHJ B; 3NHN A; 2V1Q A; 1SRM A; 2COY A; 3OS5 A; 2IIM A; 2ED0 A; 4DBH A; 2QXF A; 4BB7 A; 2HZY A; 3PMI A; 1G5V A; 3EG2 A; 3UAT A; 4J9F A; 3G71 Q; 5J3B A; 1WHH A; 4PJO C; 1OX9 A; 2WSE E; 2L2P A; 1IRE B; 2EGC A; 4EMG A; 4KGX B; 3QYG B; 3JAM E; 2LMJ A; 2FZK B; 4M7A D; 3RMS A; 2EAY A; 1XJW B; 3EG1 A; 2XDD A; 1UTI A; 1BIB A; 2L3Q A; 1X6B A; 5CCA A; 2AZV A; 5CQY A; 1ABO A; 1F1B B; 3E2U A; 3G1J A; 2DL5 A; 2HKQ B; 4X1V A; 1WJR A; 4XK8 E; 1VUB A; 4R0K A; 2JUF A; 1NPP A; 3QWX X; 1W2B S; 2VVK A; 4GLM A; 3QDR B; 1MND A; 1VYT A; 3I55 Q; 2O4X A; 3L2W A; 2RN8 A; 1YHQ T; 3TEE A; 4N0A C; 2FPD A; 1T0J A; 3JCM V; 3HP9 A; 2QAZ A; 1VQN Q; 1HD3 A; 2YUN A; 1OU8 A; 1VQ7 A; 2COZ A; 2LT4 A; 3PNW C; 3EFR A; 2VXF A; 4FIB A; 2R5M A; 3HTR A; 5GAN 5; 2M0Y A; 1I1J A; 4JLI A; 3SD4 A; 1KIK A; 1A0N B; 1JJ2 S; 5IXF A; 1GCQ C; 3M0S A; 1PRM C; 1NG2 A; 2CT3 A; 3VV0 A; 2RH2 A; 2E5Q A; 4RUG A; 3OW2 P; 1YI2 Q; 2VWF A; 4XTZ A; 4M78 B; 2JTE A; 1RAE B; 5A0L A; 1YWP A; 2ZPG B; 4OB2 B; 3OMG A; 4IUU A; 1X6O A; 4J7I A; 3RR6 A; 3BY7 A; 2DYB A; 1X27 A; 5J39 A; 1OYX A; 5IH2 A; 3L2U A; 5KE3 A; 2RD1 A; 4E7K A; 2DMO A; 2XID A; 1PSF A; 3G4S A; 3EAE A; 2JMC A; 1ACM B; 1R0C B; 1AEY A; 3CC7 A; 3ZEH A; 1Q7Y C; 2RQR A; 2YUQ A; 1YBY A; 2FVU A; 4O6J A; 1D0Y A; 1PG5 B; 3D7S B; 3GBQ A; 2HQX A; 3M9Q A; 4DEX A; 5GMK e; 4HCB A; 4ATO A; 2F1L A; 4C0D B; 3OYY A; 4D6W A; 1Q95 G; 1U1S A; 2KE9 A; 4AFZ C; 4ZNX A; 4EPC A; 3REB B; 3OY9 A; 3VS4 A; 2YRD A; 2E12 A; 3CCV A; 3TSW A; 1P92 A; 1U1T A; 2HSP A; 5GAN 2; 3CCE A; 1Q82 U; 3UA7 A; 4M7A B; 3LWI A; 2X4W A; 4JUV A; 3CMA A; 1BCM A; 4M77 F; 5CKE A; 4PKC C; 1GFD A; 3CCM Q; 3GP8 A; 2E1H A; 2EKO A; 3EG3 A; 3FDR A; 1Q82 R; 1YP5 A; 1LPL A; 4M78 C; 3EG9 A; 3H9N A; 3CEY A; 5D6W A; 1D1C A; 4C8Q A; 1PM3 A; 1WFW A; 1YJW Q; 4KGZ B; 2JZ2 A; 2JJ9 A; 3SWN A; 2EIF A; 1WXT A; 3M0P A; 1RAF B; 4JJN K; 4CI0 C; 1B34 B; 4JRI A; 1ZUK A; 3CBO A; 2K2V A; 3L2V A; 2YLC A; 2PVD B; 1YCY A; 2NLU A; 3VRZ A; 3JRZ A; 3JB9 H; 2JOY A; 5L23 A; 3OS0 A; 3VYG A; 1Y71 A; 2DZ9 A; 2G6F X; 1OV3 A; 1D09 B; 2K4Y A; 2XHC A; 3CCR A; 1OQK A; 1YJN Q; 4ELZ C; 2OTJ A; 4C0D C; 1NJI C; 5I11 A; 3C94 A; 3M53 A; 2XG8 D; 4M7D F; 3QSU A; 2D0N A; 3REA B; 3CCV T; 4M75 A; 2A36 A; 3T9N A; 1N27 A; 3PT9 A; 3PE0 A; 4J9H A; 4ZN3 A; 3CCE T; 4OGE A; 3CC4 T; 4M7A C; 4LDY A; 1YWO A; 4KGV B; 2DD5 A; 3LW5 E; 2BTT A; 4FSX A; 2GQI A; 3OA6 A; 3E19 A; 5CR2 A; 3EGD A; 5HY6 A; 4J83 A; 1YFN A; 2QAS A; 4C8Q E; 3VRY A; 5CKB A; 4MDW A; 5A0D A; 2KYB A; 4X9D A; 4N0A A; 1IXD A; 2KAF A; 2KRS A; 2QI2 A; 4FU6 A; 4EMK A; 2AT1 B; 2Y90 A; 2DER A; 2K5L A; 4FYY B; 1YHQ Q; 1ZA1 B; 1VQP A; 3OBY A; 3QXE B; 1AWJ A; 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2KT8 A; 3VS1 A; 2MYS A; 3UDC A; 1S72 T; 2AIR B; 2OI3 A; 2HSE B; 2LNH B; 1YNZ A; 3BFM A; 5DY9 A; 3HFO A; 3A1P A; 2OX7 A; 1SHG A; 2JM8 A; 2LJ1 A; 3JB9 I; 5LJ3 f; 4NS5 A; 2MPX C; 2RQT A; 3LH5 A; 4XTW A; 1OI1 A; 1KC8 C; 3MEA A; 5GAO l; 3J80 E; 5GAM f; 1GRI A; 2CS7 A; 1N5Z A; 1JO8 A; 3RKY A; 4R56 A; 1KQS P; 4RTZ A; 5EG2 A; 1JJ2 A; 1IO6 A; 2RMO A; 4BE1 A; 3HSB A; 3MP8 A; 1CSK A; 2DD4 A; 1QP3 A; 1VIF A; 1CKA A; 2MF2 A; 1G3T A; 3HRU A; 3G4S Q; 3I5S A; 1PWT A; 4E7L A; 2FZG B; 1V1C A; 1VQK T; 1M2V A; 2OAW A; 2RI3 A; 5GAN 3; 1MUZ A; 5GAN f; 4HT9 A; 4M77 A; 3VS7 A; 3M59 A; 1IZ6 A; 1U5S A; 4FL6 A; 4MML A; 4HVW A; 3OS1 A; 4RCB A; 3PGG A; 1O75 A; 2VXE A; 2CP5 A; 2C0I A; 3CCV Q; 1ZX6 A; 1D0X A; 1SG5 A; 4AG1 C; 3CCE Q; 4LNP A; 3OS2 A; 2DTO A; 4QQD A; 3H0H A; 2RM4 A; 4MZT A; 1SRL A; 3OYN A; 3CXC P; 2O31 A; 1PNJ A; 2PNI A; 2LNV A; 3H41 A; 4M78 E; 4FT2 A; 5FWB A; 2A0F B; 3PVL A; 4KUD K; 4E6R A; 3P8H A; 1AHJ B; 2GTO A; 1UEC A; 4JRK A; 5I2M A; 4X9C A; 3JCM X; 1I5L A; 2CZ1 B; 4X34 A; 2QA4 A; 1WNL A; 2DK3 A; 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