The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
GSSGSSGRLLDLENIQIPDAPPPIPKEPSNYDFSGPSSGIEGRGSSGSSGSSGSSGDKERHGVAIYNFQGSGAPQLSLQIGDVVRIQETCGDWYRGYLIKHKMLQGIFPKSFIHIKEVT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The solution structure of human DOCK2 SH3 domain - ELMO1 peptide chimera complex
rcsb |
| molecule keywords |
Engulfment and cell motility protein 1, linker, Dedicator of
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| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens, synthetic, homo sapiens
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| total genus |
10
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-10-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5I22 A; 1B07 A; 2KT1 A; 2EYX A; 2RNA A; 2K79 A; 1X6B A; 3VS1 A; 2D1X A; 3IQL A; 1PWT A; 4RTY A; 2JXB A; 2FRW A; 1ZUU A; 2KRO A; 1MV3 A; 2KT8 A; 4Y92 A; 1GCQ A; 2KRN A; 2KRM A; 5EC7 A; 2KXD A; 2YSQ A; 1NYF A; 1WYX A; 1M27 C; 2O2O A; 3CQT A; 4R0K A; 2FG0 A; 2HCK A; 1NEB A; 1KJW A; 4HCK A; 2RN8 A; 3EHR A; 1VYV A; 2JMA A; 5IXF A; 2J6K A; 1XOV A; 3THK A; 1SPK A; 1Y0M A; 1AVZ C; 2RQV A; 2CSQ A; 1SSH A; 4IIO A; 1YWO A; 4HVU A; 4AFQ C; 2KEA A; 2F2W A; 1YNZ A; 2KE9 A; 2VKN A; 1OOT A; 2J6F A; 4GLM A; 2CH4 W; 3PE0 A; 4RTZ A; 1JEG A; 2ENM A; 2O9S A; 2F2V A; 2KGT A; 4JJD A; 1GL5 A; 4Z88 A; 1WI7 A; 1KFZ A; 5ECA A; 2DL3 A; 2DVJ A; 4RTU A; 1NLP C; 3JV3 A; 4ESR A; 1FMK A; 1SEM A; 2FEI A; 2LJ1 A; 2LNH B; 1GRI A; 5HCK A; 1IO6 A; 1T3L A; 2O9V A; 4JZ4 A; 4LUD A; 5IHK A; 2CSI A; 1SRM A; 3SEM A; 1OPL A; 2JMC A; 1OPK A; 2M0Y A; 1AWX A; 1GBR A; 2OJ2 A; 4HVW A; 1H3H A; 4OMN A; 4JJB A; 2DJQ A; 4Z89 A; 2L2P A; 2JTE A; 1TUC A; 1U3O A; 2YUN A; 4M4Z A; 2KYM A; 2V1R A; 1BB9 A; 1GFC A; 2RQR A; 4RUG A; 1BK2 A; 2PNI A; 3TVT A; 2J6O A; 1HD3 A; 2P4R A; 2NUZ A; 1FYN A; 1X2K A; 2GBQ A; 1KIK A; 2KYB A; 2BZY A; 1ZLM A; 2X3X D; 1WIE A; 4J9G A; 4ORZ A; 1ZSG A; 2IIM A; 1K1Z A; 2GTJ A; 4F14 A; 3SHW A; 3H0H A; 4FSS A; 4IIM A; 3H41 A; 2K6D A; 2AZS A; 1OV3 A; 4LNP A; 4RTX A; 4J9F A; 3M0P A; 1WLP B; 2LJ0 A; 2ED1 A; 1I1J A; 2AZV A; 3QWY A; 1MV0 B; 5GJV B; 2M51 A; 1UFF A; 2KNB B; 4AFU C; 1Z9Q A; 1N5Z A; 4J9E A; 3A98 A; 3UF4 A; 2DL8 A; 1AZE A; 3VS2 A; 4X1V A; 2I0N A; 3M0S A; 1A0N B; 1SHG A; 2GQI A; 2PZ1 A; 4J9D A; 1SHF A; 3O5Z A; 4GBQ A; 1GCQ C; 4KRT A; 1BBZ A; 1G2B A; 3C0C A; 2L3P A; 2DL5 A; 2J7I A; 1K4U S; 3I35 A; 4RTW A; 1PRL C; 2RQT A; 1RI9 A; 1I07 A; 2A08 A; 2AKL A; 2D8J A; 4J9I A; 2CDT A; 3VRY A; 3TSW A; 1E7O A; 4OMQ A; 2X3W D; 2EKH A; 2RF0 A; 4J9C A; 2D8H A; 3KFV A; 5I11 A; 2ROL A; 2AKK A; 2DL7 A; 3ULR B; 4CC4 B; 1K9A A; 1ZBJ A; 4LN2 A; 4LUE A; 1UHF A; 4OMM A; 2YDL A; 5L23 A; 5IHI A; 1QCF A; 2JS0 A; 2QDL A; 2RMO A; 3VS0 A; 1JQQ A; 1QWF A; 1GBQ A; 1HSQ A; 4AG2 C; 2CH4 A; 1V1C A; 3U23 A; 1WDX A; 1J3T A; 2J06 A; 2JS2 A; 2DBK A; 5FW9 A; 4DEX A; 1GFD A; 2EGE A; 3I5S A; 1CKB A; 3NMZ C; 4RTT A; 3VS4 A; 2A37 A; 4HVV A; 2FPF A; 4A63 B; 2LMJ A; 2DRM A; 2LX7 A; 3EG3 A; 3I5R A; 2DLP A; 3H0I A; 1TG0 A; 1NLO C; 5GJW B; 1BU1 A; 2EW3 A; 1E6G A; 1QKW A; 2OAW A; 1RLP C; 1M8M A; 1M30 A; 2C0O A; 2ECZ A; 4CC3 A; 1VYT A; 2HSP A; 3VS3 A; 1GCP A; 2J05 A; 2BZ8 A; 2C0T A; 2KRS A; 3M0T A; 1PKT A; 1UHC A; 3R6N A; 2HDA A; 4F17 A; 4OMP A; 2CRE A; 1TUD A; 2V1Q A; 1YP5 A; 2LQW A; 2EVR A; 2DL4 A; 1G83 A; 2CUB A; 2K2M A; 2HEQ A; 2L3S A; 2YUP A; 1UGV A; 2L3Q A; 2LZ6 B; 2DNU A; 1W6X A; 1OEB A; 4OMO A; 3EGU A; 1M3A A; 2MCN A; 2DF6 A; 4JJC A; 1EFN A; 3UA7 A; 3FJ5 A; 2XMF A; 2B86 A; 1X2Q A; 2VWF A; 1X27 A; 2RQU A; 3ZL7 C; 5IH2 A; 4OML A; 1S1N A; 2K9G A; 3H0F A; 2EYZ A; 2C0I A; 1PRM C; 2YUO A; 1ZUY A; 4D8D A; 1QLY A; 3QWX X; 2JT4 A; 1CKA A; 5IHN A; 3VS7 A; 4E6R A; 1RLQ C; 2FRY A; 3LH5 A; 2AK5 A; 1AOJ A; 3REB B; 2RPN A; 3RBB B; 4J9H A; 2F2X A; 2MIO A; 4K11 A; 1ARK A; 3RNJ A; 3EG1 A; 4QT7 A; 1WX6 A; 2MOX A; 4JPB W; 2O31 A; 1Z9Z A; 3M0R A; 3PVQ A; 2LCS A; 3VRZ A; 1PNJ A; 2O88 A; 2RQW A; 3NPF A; 2SEM A; 3M0Q A; 2EYY A; 1U5S A; 2HBW A; 5FWB A; 2EGA A; 1K0S A; 1WXU A; 1LCK A; 2DMO A; 3EG2 A; 3VS6 A; 4CC7 A; 1YCS B; 2A36 A; 1X6G A; 4DEY A; 4HXJ A; 2GTO A; 1W1F A; 1K76 A; 2GGR A; 2G6F X; 1CSK A; 1ZUK A; 2L0A A; 3I9Q A; 1AWW A; 2BTT A; 2EGC A; 1ABO A; 1JXO A; 1RUW A; 2EQI A; 2GNC A; 3M0U A; 2FO0 A; 2A28 A; 2DE0 X; 2JW4 A; 1W70 A; 1JO8 A; 2FPD A; 1AWO A; 1H92 A; 2DM1 A; 4EIK A; 1PKS A; 2FPE A; 2KBT A; 1Y57 A; 2PTK A; 3EG0 A; 3UAT A; 4D8K A; 1UEC A; 2CUD A; 1UTI A; 1NEG A; 1U06 A; 1UJY A; 2JM8 A; 1AEY A; 1UUE A; 1VA7 A; 1YN8 A; 2CT4 A; 4LE9 A; 3NGP A; 2ABL A; 5IXB A; 2LJ3 A; 2DRK A; 2DBM A; 1UE9 A; 2K3B A; 2KR3 A; 2SRC A; 4ZNX A; 4Z8A A; 2W0Z A; 1WFW A; 1ZX6 A; 1AWJ A; 2VVK A; 3EHQ A; 3NHN A; 1HJD A; 2JM9 A; 4WCI A; 2BZX A; 2EYW A; 1JU5 C; 1T0J A; 1UDL A; 1PHT A; 1NM7 A; 2W10 A; 3REA B; 1H8K A; 1KSW A; 1QKX A; 2DIL A; 2CT3 A; 1NYG A; 2LQN A; 5FWC A; 1YWP A; 1WA7 A; 1NG2 A; 2YUQ A; 1M3C A; 2H8H A; 2EPD A; 1M3B A; 1WXB A; 2LP5 A; 1AZG B; 1E6H A; 2DYB A; 3TSZ A; 1T0H A; 4F16 A; 1T3S A; 1UJ0 A; 4AFS C; 2EBP A; 2ESW A; 2DA9 A; 2OI3 A; 2ED0 A; 2DX1 A; 2KXC A; 3GBQ A; 1WXT A; 4AFZ C; 1MUZ A; 2E5K A; 1JXM A; 1AD5 A; 4JZ3 A; 1X43 A; 2YT6 A; 1ABQ A; 3UA6 A; 3PVL A; 4CC2 A; 2K7A A; 2D0N A; 1K0X A; 3VS5 A; 2ROT A; 4J9B A; 1VYU A; 1X69 A; 4RTV A; 2NWM A; 1B3Q A; 1QWE A; 1UG1 A; 1SRL A; 1I0C A; 4AG1 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2RNA A; 4FW1 A; 4RTY A; 1X75 C; 4N4I A; 3CCM T; 2KRO A; 3H6Z A; 2K5L A; 1VQ6 T; 2MWO A; 5FLX E; 3ER0 A; 3HKS A; 2LX9 A; 3DB3 A; 3M5A A; 1VQP A; 5FU6 C; 2M02 A; 4FYY B; 1NEB A; 1KJW A; 3PFS A; 3JB9 D; 2E1H A; 1SKU B; 2VUB A; 3CCR Q; 4JRQ A; 4ZN3 A; 3S3O A; 1S72 Q; 5IXF A; 2X51 A; 1XOV A; 3OW2 A; 3THK A; 1N8R C; 2HAX A; 5IAY A; 2CSQ A; 3SFM A; 1OX8 A; 1VQ9 T; 4OP0 A; 1K73 R; 1Y96 A; 2KEA A; 1YNZ A; 2CGH A; 2CYZ B; 2VKN A; 4PLL A; 3JCM f; 1OOT A; 2CH4 W; 2ZGW A; 3JCM g; 2KGT A; 4M7D F; 2QQA A; 1YBY A; 2VB6 A; 2FL7 A; 1WI7 A; 1RAG B; 2XD0 A; 1LNX A; 2AIR B; 3OYI A; 4NL3 A; 2L8D A; 1IGQ A; 1NLP C; 4RG2 A; 2RHZ A; 3JV3 A; 3OSS C; 1KHC A; 1FMK A; 2RJE A; 3P8D A; 1IO6 A; 1T3L A; 4PNO A; 1NJI R; 2FZK B; 1BYM A; 2XIC A; 2JMC A; 1OPK A; 1WJS A; 2XHC A; 2CP0 A; 1AWX A; 2OJ2 A; 5DLO A; 3HRU A; 2JTE A; 4BAC A; 1H64 1; 1TUC A; 2ZAE A; 4M4Z A; 2LT4 A; 3SB2 A; 4ZGD B; 4FYX B; 4M7D G; 4Q5W A; 1LVK A; 5GAO p; 3LH0 A; 3BDL A; 3TVT A; 1QVP A; 4PJO E; 4QQG A; 4C5H A; 4C92 D; 4FCY A; 2FZG B; 2P4R A; 2NUZ A; 1X2K A; 2JN0 A; 2KYB A; 5A0D A; 1G3W A; 2BZY A; 1Y96 B; 1WIE A; 4E7L A; 3EGX A; 3MP1 A; 3EFS A; 3SHW A; 1VQM Q; 5KYN A; 3CC2 Q; 2KDS A; 3JCM b; 1BCM A; 3H41 A; 2E4H A; 1M1G A; 4J9F A; 1C6V X; 3OS2 A; 1D0X A; 3X24 B; 1RAA B; 2ED1 A; 3V8L A; 1I1J A; 2AZV A; 1Q7Y U; 1K73 C; 1MV0 B; 1K8A U; 2P84 A; 5GJV B; 2RM4 A; 2KNB B; 3CXC P; 4XQ3 A; 2QGG A; 2RJF A; 2I0N A; 3GNF B; 3M0S A; 1A0N B; 3RKW A; 1M5Q 1; 4FT4 A; 2P0P A; 2GQI A; 2OTJ Q; 2RHU A; 3O5Z A; 3AT1 B; 4PLI A; 4O5V A; 1HYO A; 5LJ3 f; 3CCL Q; 5LJ3 g; 2FVU A; 4PJO A; 2RI2 A; 2ZPI B; 2RH2 A; 1PRL C; 4XTU A; 3UDC A; 3CME T; 1YJ9 Q; 2A08 A; 5GAO m; 3JCM J; 2AKL A; 4PJO C; 3PIP A; 5IN1 A; 3TCJ A; 1NJI C; 1YJW Q; 3NFC A; 2CZ0 B; 4HA8 A; 2DAQ A; 1E7O A; 1D1B A; 2X3W D; 3CPW P; 4ANJ A; 2DZC A; 1C1A A; 3L2W A; 2MK5 A; 3EGX B; 2RHY A; 3C12 A; 4LUE A; 1UHF A; 4WTO B; 4LDY A; 4PJL A; 1PC0 A; 5IHI A; 2DIQ A; 2QDL A; 4OB2 B; 3VS0 A; 4D6W A; 1JQQ A; 2QGF B; 3RKY A; 4E7S A; 3A8H B; 1U1S A; 2EJ9 A; 3A5Z B; 1GBQ A; 2G3R A; 4EMH A; 2M1H A; 3E1S A; 1TH7 A; 1WDX A; 3INZ A; 1J3T A; 3L2Z A; 2H3J A; 1QVF P; 1GFD A; 2EGE A; 3I56 T; 4RTT A; 1SF9 A; 2A37 A; 4HVV A; 2FPF A; 1R77 A; 2QTV A; 1MMD A; 1W2B P; 2LMJ A; 3WVE B; 3EH1 A; 2LX7 A; 2D9T A; 1KQS A; 2E5Q A; 4RCC A; 4EMG A; 2P0K A; 1TG0 A; 1BU1 A; 1RI0 A; 3R6O A; 4MMK A; 4PJN A; 2BE7 D; 3EH2 A; 5LJ3 j; 1XJW B; 2E64 A; 1I8F A; 2C0O A; 5CR2 A; 2HSP A; 1GCP A; 2NLU A; 1UHC A; 2LQ8 A; 2CRE A; 1EIF A; 1TUD A; 4Y91 A; 4C8Q E; 1M2V A; 2V1Q A; 2H3E B; 1I5L A; 1PD1 A; 4J83 A; 3L2U A; 3OBY A; 1G83 A; 3CD6 Q; 3DB4 A; 2L3S A; 3X25 B; 2L3Q A; 1W6X A; 4M7D D; 1OEB A; 2DF6 A; 4JJC A; 4JRK A; 3VYG A; 1G3S A; 1SSF A; 2XMF A; 1PSF A; 2B86 A; 2VWF A; 2KVQ G; 3CCV A; 4KH0 B; 3UT1 A; 1C0M A; 1Q86 U; 2HKQ B; 3ZL7 C; 1KC8 R; 5GAN e; 3G71 T; 1FMV A; 3JCM e; 2K9G A; 4OB0 B; 1VUB A; 1S72 A; 4FU6 A; 3RKX A; 3QWX X; 3OYJ A; 2DVE A; 3VS7 A; 4J7I A; 2FRY A; 1K8A R; 2AK5 A; 2GF7 A; 1PCX A; 4M7A F; 3RBB B; 3RNJ A; 1KD1 R; 1WX6 A; 2PVD B; 2CP2 A; 4IUT A; 2F5K A; 4MZM A; 2RQW A; 1W4S A; 2SEM A; 3L2R A; 4C8Q A; 5FWB A; 1FX7 A; 3CXC S; 1K0S A; 1MMG A; 1WXU A; 2DMO A; 2EQK A; 3MET A; 1K76 A; 1M2V B; 4FM4 B; 3J80 E; 1IRE B; 5I21 A; 2EGC A; 1KK7 A; 5LJ5 h; 3CCM Q; 4B9X A; 4JJN K; 2V8I A; 3OYY A; 1VQ6 Q; 3OS1 A; 2CKK A; 2LCC A; 4ATO A; 2K3X A; 3ZBD A; 4M7A G; 3G6E Q; 4IUU A; 1B7T A; 4BE0 A; 5KYU A; 1AWO A; 4C92 A; 4EIK A; 3CPW S; 4D8K A; 2FPE A; 2KBT A; 2PTK A; 3UAT A; 1UEC A; 1KQ2 A; 4ZGJ B; 1UJY A; 1TS9 A; 1VA7 A; 2CT4 A; 3VJP A; 4XTX A; 1WQW A; 2YRC A; 2ABL A; 1VQ9 Q; 3CC4 A; 1D09 B; 1UE9 A; 5LJ5 d; 1UGR B; 3L1A A; 5GAM h; 2KK4 A; 3OYH A; 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2V8K A; 3L2V A; 1M90 U; 2ENM A; 1VQ7 A; 4JJD A; 4PFO A; 3CME Q; 4M7A D; 4E7K A; 3CCS Q; 4DBQ A; 2LT1 A; 3KBG A; 3OYM A; 3Q1J A; 1KFZ A; 4EMK A; 5ECA A; 2DL3 A; 2IVW A; 3PGG A; 1V76 A; 1G5V A; 3FEO A; 3JAM E; 4DOW A; 1GRI A; 5HCK A; 2O9V A; 5CQY A; 3OYC A; 2CSI A; 2X35 A; 2A0F B; 1FXX A; 4Z02 A; 3SEM A; 2E6Z A; 3LLR A; 1Q86 C; 4FT2 A; 1XNI A; 4ELZ C; 2BE9 B; 2KSS A; 3BY7 A; 2ZCF B; 4OMN A; 2DJQ A; 3JCM P; 4F7U G; 2OTL A; 3I56 Q; 2YUN A; 2XI9 A; 3G4S T; 3FRN A; 4PL6 A; 2KYM A; 5CKB A; 5A2Q E; 2PNI A; 3OYG A; 1HD3 A; 1FYN A; 2XK0 A; 1QMC A; 3MEW A; 2PVG B; 4KGV B; 3N5B B; 5CCA A; 1ZLM A; 2AT1 B; 4M77 F; 2X3X D; 2DXB A; 3MCA B; 1ZSG A; 4ORZ A; 1TOV A; 2GTJ A; 4RKU E; 3BW1 A; 2QA4 A; 4L5G A; 2CZ1 B; 4OF1 A; 4JLG A; 2AZS A; 1OV3 A; 4M7D B; 4ZGE B; 2EWN A; 4EMK B; 1D1C A; 3M0P A; 1WLP B; 1VQL A; 3OMC A; 1ACM B; 4FYW B; 3QWY A; 1UFF A; 1Z9Q A; 1N5Z A; 1R0C B; 1VQO Q; 2RB6 A; 1Q82 R; 4BY6 B; 1VQ5 A; 2DL8 A; 1P92 A; 3G6E A; 3CC7 A; 2RK2 A; 1SHF A; 2HQX A; 2P4T A; 4GBQ A; 2E3I A; 3G71 Q; 1YI2 Q; 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