The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
61
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structure length |
61
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Chain Sequence |
VRRVKTIYDCQADNDDELTFIEGEVIIVTGEEDQEWWIGHIEGQPERKGVFPVSFVHILSD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis of the recognition of the SAMP motif of adenomatous polyposis coli by the Src-homology 3 domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Arf-GAP with SH3 domain, ANK repeat and PH domain-containing
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| total genus |
13
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| structure length |
61
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| sequence length |
61
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ED0 A; 3M0S A; 2O2O A; 2KEA A; 4J9D A; 4AG1 C; 4K11 A; 4Z88 A; 4AFS C; 2L2P A; 1UDL A; 3RBB B; 1ZUU A; 2YSQ A; 3VS5 A; 1M27 C; 1SSH A; 3NPF A; 1W6X A; 2KR3 A; 1NEB A; 4WCI A; 2CDT A; 1OPL A; 4F17 A; 1PKS A; 4QT7 A; 2J06 A; 1NLO C; 1N5Z A; 2K6D A; 2RNA A; 4J9I A; 2RF0 A; 1AZE A; 2RQV A; 3IQL A; 2ABL A; 1RI9 A; 1HJD A; 2AKK A; 1WA7 A; 1AWJ A; 2EYY A; 2EGA A; 4GBQ A; 2RMO A; 3THK A; 2EYW A; 3EG3 A; 2DRM A; 5HCK A; 2CH4 W; 1AEY A; 5IXF A; 1NYF A; 2DL3 A; 2YDL A; 4IIO A; 1K76 A; 1VYT A; 1KSW A; 2RN8 A; 4DEX A; 2GGR A; 2DIL A; 2KNB B; 1E6H A; 1G2B A; 1YCS B; 4LE9 A; 3VS2 A; 1AVZ C; 1JU5 C; 2KT1 A; 3ULR B; 3GBQ A; 3KFV A; 2LP5 A; 1NYG A; 2DBM A; 2DL5 A; 4ZNX A; 1GBQ A; 1PHT A; 2A36 A; 1I0C A; 2KE9 A; 2YUP A; 2X3W D; 2DMO A; 1UHF A; 3LH5 A; 2JMC A; 4AFQ C; 5I22 A; 1IO6 A; 2BZY A; 4GLM A; 2EPD A; 2GTJ A; 2LJ0 A; 2BTT A; 1K4U S; 1NM7 A; 1SRL A; 2CSQ A; 1UE9 A; 2B86 A; 5IXB A; 1ZUK A; 2ROT A; 3ZL7 C; 4D8K A; 1UG1 A; 2JMA A; 4IIM A; 1SEM A; 2ECZ A; 1I07 A; 2CH4 A; 1CKB A; 1M3A A; 2EVR A; 2PNI A; 1M30 A; 2DE0 X; 3M0T A; 2MCN A; 1JEG A; 1GCQ C; 1X27 A; 2VWF A; 2LCS A; 1QKW A; 4JZ3 A; 3TVT A; 4RTZ A; 3NHN A; 5ECA A; 1JQQ A; 2DL4 A; 3EG2 A; 2W10 A; 4R0K A; 1HSQ A; 3U23 A; 1UFF A; 1QCF A; 1W1F A; 2LQW A; 2MOX A; 3EGU A; 3RNJ A; 2I0N A; 2DA9 A; 5GJV B; 1VA7 A; 3H0I A; 1WXB A; 1OV3 A; 3NGP A; 1PWT A; 2A37 A; 4KRT A; 2ENM A; 5I11 A; 2NWM A; 2O88 A; 1ZSG A; 4X1V A; 3EHR A; 4FSS A; 2EBP A; 4D8D A; 4OMQ A; 2FPF A; 1KIK A; 2VKN A; 1YWP A; 2J7I A; 1H8K A; 2D0N A; 3M0P A; 1B07 A; 1WI7 A; 1K9A A; 1UGV A; 2HEQ A; 2JT4 A; 2JXB A; 2YT6 A; 1I1J A; 2JS0 A; 1H92 A; 2BZ8 A; 4RTX A; 2X3X D; 2KRO A; 1LCK A; 2AKL A; 4CC4 B; 3A98 A; 2LJ1 A; 2FPD A; 4A63 B; 2PZ1 A; 5FWB A; 1AWW A; 1Z9Z A; 1TG0 A; 3H41 A; 2QDL A; 2C0O A; 2DYB A; 2HCK A; 4OMP A; 2EGE A; 1AZG B; 2H8H A; 4LN2 A; 2F2W A; 3FJ5 A; 3VRZ A; 1M3B A; 2D8H A; 2V1R A; 2AZV A; 2DL7 A; 2E5K A; 1NG2 A; 1JXO A; 1WLP B; 1JO8 A; 1Z9Q A; 3I35 A; 1ZX6 A; 2EQI A; 1UTI A; 1MUZ A; 1K0S A; 2EGC A; 1CSK A; 3EG1 A; 1OPK A; 1X6G A; 1W70 A; 3VS6 A; 4RUG A; 3I5S A; 3UA6 A; 3VS1 A; 2L0A A; 2HBW A; 1M8M A; 2OAW A; 2YUO A; 4OMM A; 1UJY A; 1RUW A; 1ARK A; 3VRY A; 4F16 A; 2GQI A; 2M0Y A; 2DM1 A; 1AOJ A; 4ORZ A; 1Y57 A; 3QWX X; 1T0H A; 1K1Z A; 1RLP C; 1GFC A; 2EW3 A; 2CSI A; 2CUB A; 2EYX A; 1QKX A; 2KBT A; 5FWC A; 4RTT A; 2EKH A; 2L3Q A; 2O9S A; 1X6B A; 1ZUY A; 2DLP A; 2HDA A; 2J6F A; 1ABO A; 3C0C A; 2DF6 A; 2OJ2 A; 1M3C A; 4JJB A; 2KRM A; 2NUZ A; 2CUD A; 1A0N B; 2KT8 A; 2RQW A; 3TSW A; 3UF4 A; 3M0R A; 2K79 A; 2DVJ A; 2DNU A; 1XOV A; 5L23 A; 1WFW A; 2J6O A; 1X69 A; 1WYX A; 4CC3 A; 2KXD A; 2A28 A; 1PNJ A; 2SRC A; 1PRL C; 4RTV A; 1YNZ A; 2JW4 A; 2JM9 A; 1FMK A; 1ZLM A; 1G83 A; 2MIO A; 2FO0 A; 2ED1 A; 4HVU A; 2L3P A; 4EIK A; 1GCP A; 3SHW A; 4J9C A; 2C0T A; 2EYZ A; 3PVL A; 3JV3 A; 3SEM A; 3PVQ A; 2LX7 A; 3O5Z A; 4OML A; 2HSP A; 4OMO A; 4DEY A; 1TUD A; 4AFU C; 3NMZ C; 3PE0 A; 2V1Q A; 4J9H A; 2AZS A; 2RQR A; 1E7O A; 1FYN A; 1Y0M A; 2KYB A; 3I9Q A; 1U3O A; 2ROL A; 2F2V A; 5IHI A; 2CT3 A; 1GL5 A; 2K9G A; 2RQU A; 1QWE A; 1HD3 A; 1B3Q A; 2SEM A; 3H0F A; 2DJQ A; 2L3S A; 2GNC A; 1GFD A; 2KYM A; 5IHN A; 1T3S A; 1OOT A; 2M51 A; 1WIE A; 4LNP A; 4JPB W; 2LJ3 A; 3UA7 A; 4HCK A; 3REA B; 2YUQ A; 4CC7 A; 2GTO A; 1GRI A; 1ABQ A; 1K0X A; 2RQT A; 2KRS A; 2LQN A; 1J3T A; 3M0Q A; 1NEG A; 5IH2 A; 2PTK A; 2O9V A; 4RTW A; 3EHQ A; 1QWF A; 2VVK A; 2O31 A; 4E6R A; 1QLY A; 4AFZ C; 2RPN A; 2K3B A; 3VS0 A; 2FRY A; 1SHF A; 3EG0 A; 2IIM A; 3R6N A; 4OMN A; 2JS2 A; 1BBZ A; 4Z89 A; 3QWY A; 1T3L A; 1T0J A; 1V1C A; 1CKA A; 1MV3 A; 4Z8A A; 1BK2 A; 1TUC A; 2KRN A; 1WDX A; 2K2M A; 1UHC A; 1U06 A; 1MV0 B; 4J9F A; 1X43 A; 1X2Q A; 3VS4 A; 1SRM A; 2C0I A; 3M0U A; 1EFN A; 3I5R A; 2D8J A; 2FPE A; 3REB B; 1UJ0 A; 4JZ4 A; 1NLP C; 3UAT A; 2LZ6 B; 2AK5 A; 5EC7 A; 4ESR A; 2CRE A; 2J05 A; 2DBK A; 2D1X A; 5IHK A; 2ESW A; 4RTY A; 1OEB A; 1AD5 A; 1UUE A; 2GBQ A; 2K7A A; 1WXT A; 1WX6 A; 2LMJ A; 2YUN A; 1VYV A; 1SHG A; 2BZX A; 1UEC A; 3VS3 A; 2OI3 A; 1VYU A; 1BB9 A; 1BU1 A; 4CC2 A; 4RTU A; 2LNH B; 2P4R A; 2G6F X; 2KGT A; 3TSZ A; 2DX1 A; 2KXC A; 2XMF A; 2F2X A; 2DRK A; 2JM8 A; 3VS7 A; 4F14 A; 4J9G A; 4JJD A; 1SPK A; 1S1N A; 1ZBJ A; 1GBR A; 1U5S A; 4J9E A; 1YWO A; 3H0H A; 4LUE A; 2DL8 A; 1YP5 A; 5FW9 A; 1YN8 A; 1X2K A; 1H3H A; 4HVW A; 4Y92 A; 2CT4 A; 1RLQ C; 1PKT A; 3CQT A; 2A08 A; 1E6G A; 1JXM A; 4LUD A; 5GJW B; 2FG0 A; 2FRW A; 1PRM C; 2JTE A; 4HXJ A; 4J9B A; 1KJW A; 1GCQ A; 2J6K A; 1WXU A; 4HVV A; 1KFZ A; 4AG2 C; 4JJC A; 4M4Z A; 2W0Z A; 2FEI A; 1AWO A; 1AWX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4E7K A; 4XU0 A; 2ZPB B; 3M0S A; 2O2O A; 2YLC A; 2L3R A; 4Z88 A; 4HT9 A; 2QQR A; 1JJ2 P; 4FYY B; 4IUP A; 1ZUU A; 4E2F B; 3UT1 A; 1KD1 C; 1M27 C; 4PK4 A; 1D3B B; 3X28 B; 1Q82 U; 4PFP A; 5KYN A; 2J06 A; 1VQ6 T; 4M75 A; 3VYH B; 1NLO C; 5CQY A; 3ZEH A; 1ZQ1 A; 2K6D A; 1RAF B; 5HK3 A; 2RF0 A; 4C92 F; 1AWJ A; 1OZ3 A; 2EYY A; 2RI2 A; 4AMC A; 1EX4 A; 3THK A; 2EYW A; 1AHJ B; 1BI2 A; 3ME9 A; 2DL3 A; 4IIO A; 1ACM B; 1VYT A; 4KGX B; 4DEX A; 2GGR A; 2DIL A; 2Y90 A; 3OYL A; 5GAN 2; 2JJ9 A; 2OAU A; 4XTZ A; 3L2Z A; 1M2V A; 4C5G A; 1JU5 C; 3O8V A; 3ULR B; 3TEE A; 4ZNX A; 2DBM A; 2DL5 A; 4MML A; 4EMK C; 2A36 A; 2BIV A; 2EAY A; 3JCM h; 4PLI A; 1YJ9 A; 2EPD A; 2QA4 T; 3OYC A; 1VIE A; 5IXB A; 4D8K A; 1ZSZ C; 2JMA A; 3VKI A; 3G71 T; 2RHU A; 4L59 A; 1I07 A; 1CKB A; 5GAN 7; 4XK8 E; 1M30 A; 2H3E B; 3M0T A; 1X27 A; 1W2B P; 4DOW A; 2COZ A; 1B7T A; 4OVA A; 2VWF A; 1VQP T; 2K5L A; 4PJO B; 3NHN A; 1K73 U; 2DL4 A; 2OTL A; 3U23 A; 4B9X A; 3LGL A; 1VQ4 T; 2XDB A; 3EG9 B; 1I5L A; 1N27 A; 2MOX A; 3RNJ A; 2XDP A; 3CCR Q; 2XG8 D; 2QTV A; 5CK9 A; 3V7S A; 1VA7 A; 4L5G A; 4M75 C; 4XAX B; 2Z0W A; 4C5I A; 4KRT A; 5I11 A; 1VQK T; 1ZSG A; 3QZ9 B; 2DEU A; 1VQL A; 3M5A A; 2P0K A; 3CD6 Q; 1MGQ A; 1ZSZ B; 5IT9 E; 2KK4 A; 4ZTF A; 2GCX A; 1YJN T; 1IRX A; 2VKN A; 2VGN A; 3A8M B; 2J7I A; 1S72 A; 2E6Z A; 1WI7 A; 1Q81 U; 2PVO B; 4NS5 A; 2H3J A; 2CP3 A; 2JT4 A; 1G3Y A; 3T9N A; 3CCU T; 1M1F A; 4DBQ A; 3G4S Q; 2L89 A; 1LCK A; 5GMK h; 4CC4 B; 3A98 A; 2LJ1 A; 2L5Q A; 2QAZ A; 2PZ1 A; 2LX9 A; 1AWW A; 2LNV A; 1IZ6 A; 3RMS A; 4JUV A; 5GMK l; 3CMA A; 2EGE A; 3H9N A; 3M59 A; 3FJ5 A; 1TXQ A; 4M75 B; 2ZPE B; 3CPF A; 1M3B A; 4E7S A; 2D8H A; 2HSE B; 3GNG A; 4N4H A; 5GAN 4; 3I35 A; 2RHZ A; 2HBP A; 5CCA A; 1UTI A; 4XTX A; 2OAW A; 1WJQ A; 1UJY A; 1RUW A; 3VRY A; 3GNF B; 2HQH A; 2M0Y A; 4DOV A; 4ORZ A; 1UEB A; 1Y57 A; 1GFC A; 2EJF A; 1N9R A; 2KBT A; 5FWC A; 2JZ2 A; 3C4S A; 1R77 A; 1X6B A; 1M2V B; 1ZUY A; 1RAI B; 2EQM A; 3KUF A; 2HDA A; 4CRI A; 4C0D C; 3S3O A; 2OJ2 A; 1IGU A; 4B9W A; 4JJB A; 3OYJ A; 1BKB A; 2E3H A; 5FRN A; 2KT8 A; 3EH2 A; 4FYX B; 4PJJ A; 2QG9 B; 3UF4 A; 1PG5 B; 2LQK A; 1KC8 R; 5LJ3 g; 3MEW A; 2DVJ A; 1WFW A; 5LJ3 f; 1V29 B; 4MDW A; 1X69 A; 4Q5W A; 3QZ5 B; 1N9S A; 5CO7 A; 4YTL A; 3OYG A; 1UGP B; 3CCE A; 1NJI C; 4GY5 A; 2COW A; 5CKF A; 3LLR A; 1G83 A; 3A8H B; 1WHG A; 1VQ7 T; 1GCP A; 3GP8 A; 5A0G A; 3DLM A; 1QMC A; 3PIO A; 4Y28 E; 3JV3 A; 3PVQ A; 1M90 U; 1RI0 A; 4WTO B; 3GIB A; 2GFU A; 3O5Z A; 4QQD A; 4M7D A; 1IRE B; 2HSP A; 1D0X A; 3OYY A; 1SG5 A; 4C0D B; 3JB9 H; 2AZS A; 1Y0M A; 2VAS A; 1G3T A; 3GLX A; 3NFC A; 4MZM A; 2ROL A; 1Y07 A; 1GL5 A; 4C0Z A; 3BY7 A; 5J3B A; 4M7A D; 3LWI A; 2DJQ A; 2L3S A; 4M77 A; 3OMG A; 2KYM A; 2BKD N; 1BIA A; 3N5B B; 1T3S A; 2QYZ A; 2AHJ B; 4JPB W; 4BE2 A; 1YHQ A; 4Y91 A; 1VQ9 A; 2HD0 A; 3OSS C; 2GTO A; 1MHN A; 4PJO F; 3G6E A; 3MP1 A; 1QW1 A; 3SB2 A; 3OYN A; 4BDZ A; 1VQ5 Q; 2EKO A; 4A4F A; 3OBW A; 2DYI A; 3CXC A; 3SWN A; 1D1C A; 1QWF A; 3OSV A; 4AFZ C; 4C8Q F; 3VS0 A; 2EJ9 A; 4C8Q D; 1Q95 G; 2FRY A; 5AYF A; 2IIM A; 4E7J A; 5FLX E; 2HL5 C; 2JTM A; 3G7Z A; 1R0C B; 3QWY A; 5CKH A; 3HRS A; 4M78 E; 5GAM d; 2KRN A; 1TUC A; 1YI2 T; 1WDX A; 2K2M A; 1UHC A; 3CBM A; 5GMK m; 3EGX A; 4RG2 A; 1MV0 B; 2C0I A; 3M0U A; 3VUZ A; 4F7U E; 5GAO n; 5KYU A; 1NLP C; 2DXC A; 3OYM A; 3CCJ T; 4BD3 A; 1UGQ B; 2J05 A; 5GAO m; 2A3L A; 2D1X A; 4J7F A; 1UUE A; 1PSE A; 4QKU A; 3OYB A; 2KMT A; 3CC7 T; 2A7Y A; 2LMJ A; 1X75 C; 2BZX A; 1UEC A; 1I5O B; 2CZ7 B; 3FB9 A; 3QYG B; 1DJ7 B; 4M75 F; 3OQ5 A; 1VYU A; 2CKK A; 2JUF A; 4CC2 A; 3CCQ A; 3CC2 A; 2LNH B; 1WJR A; 3JCM e; 2JM8 A; 5GAM h; 3VS7 A; 1OUL A; 2WSF E; 2HQX A; 2QK0 A; 4XTW A; 4BUG A; 2OTJ A; 1S1N A; 4OGE A; 1Q82 R; 3EFS A; 3VJP A; 3RIR A; 3M9Q A; 1KG1 A; 1I4K 1; 2E3I A; 2MMP A; 2X35 A; 2DL8 A; 4LUE A; 3L42 A; 3MJX A; 2QEX A; 1OU9 A; 3OYF A; 1X2K A; 3I56 Q; 3CBO A; 1RLQ C; 4M7D B; 1VQO A; 2A08 A; 3CCM T; 1E6G A; 4LUD A; 3P8B B; 1VQ8 A; 2EQJ A; 1MMN A; 3SWN C; 3H8Z A; 1KJW A; 3WVE B; 3A1P A; 1QVG A; 4HVV A; 4AG2 C; 4EMG A; 1TOV A; 1ZA2 B; 2GQV A; 2RI5 A; 3A8G B; 5D6W A; 5LJ3 d; 4J9D A; 4AG1 C; 1FMV A; 2HKN A; 4AFS C; 3RBB B; 4M77 B; 3VS5 A; 1D0Z A; 2KDS A; 1IHV A; 4WCI A; 2CDT A; 1LNX A; 1YIT A; 4DQ2 A; 2R57 A; 3BE3 A; 4F17 A; 1PKS A; 4QT7 A; 1Q7Y C; 1VQM T; 1N5Z A; 5KYX A; 4XTU A; 3CME A; 4RMO A; 1AZE A; 3JCM c; 1RI9 A; 2AKK A; 2EGA A; 2MI6 A; 2FB7 A; 3PT9 A; 4GBQ A; 2RMO A; 4PL6 A; 2DRM A; 1K9M U; 5HCK A; 3SWN B; 2DD5 A; 4JRQ A; 2YDL A; 3CCV T; 4KGZ B; 1KSW A; 3P8H A; 1K73 R; 3VUB A; 2KNB B; 2CP0 A; 1Q86 C; 1YCS B; 1UGR B; 2XID A; 4JLG A; 3VS2 A; 3I55 T; 3GBQ A; 4O5V A; 2LP5 A; 1QVF A; 2VXE A; 3EGX B; 1GBQ A; 8AT1 B; 2KE9 A; 2YUP A; 4HKE A; 2RA2 A; 5A0D A; 2NLU A; 1IO6 A; 2KAF A; 4GLM A; 5KYU B; 1YJ9 Q; 4XU2 A; 1M1G A; 2CS7 A; 1ZUK A; 1M1K C; 3CCL T; 1SEM A; 2ECZ A; 4IUQ A; 3QXE B; 1KQS P; 2EVR A; 2VUB A; 5GAN j; 1Q81 R; 3ZBD A; 9ATC B; 1QKW A; 4EMK A; 3NTK A; 2NUP A; 4M78 A; 4M7A G; 3ZFJ A; 3SDZ A; 1W1F A; 2X9H A; 4D6W A; 1YIJ T; 2LQW A; 2OTL Q; 2MPX C; 4E7H A; 2LT4 A; 4OP0 A; 1IB8 A; 3L1A A; 2DA9 A; 1TTH B; 2VGM A; 2X4W A; 2DEQ A; 1WXB A; 5KCH A; 1PWT A; 3MHX A; 1RAG B; 5D7U A; 2ENM A; 2CP6 A; 1XQH A; 3EHR A; 3CC4 A; 3FEO A; 4LDY A; 1VQL Q; 4F7U G; 2XK0 A; 4HCC A; 1KIK A; 4LDV A; 2EIF A; 3HKS A; 4PJN A; 5CIU A; 4Z02 A; 1YWP A; 1H8K A; 5A2Q E; 4FCY A; 4C8Q G; 3CPW A; 1K9A A; 4HA8 A; 1UGV A; 1S72 Q; 2HAX A; 4A4E A; 2RB6 A; 1I1J A; 1H92 A; 2X3X D; 6AT1 B; 4ZGD B; 2HNI A; 4FW2 A; 4A63 B; 5FWB A; 5LJ5 d; 1HYO A; 1TG0 A; 3H41 A; 4ZN3 A; 2C0O A; 2HCK A; 3JCM Q; 4C92 D; 2DJZ A; 1KQS A; 4QQG A; 2F2W A; 2E5Q A; 5KYX B; 3CMA Q; 2QGF B; 2DL7 A; 2E5K A; 1NG2 A; 1QCN A; 2DFU A; 4LDW A; 3MP8 A; 1ZX6 A; 1K0S A; 2EGC A; 4M7D F; 1OPK A; 3CCS A; 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