The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
61
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structure length |
61
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Chain Sequence |
VRRVKTIYDCQADNDDELTFIEGEVIIVTGEEDQEWWIGHIEGQPERKGVFPVSFVHILSD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis of the recognition of the SAMP motif of adenomatous polyposis coli by the Src-homology 3 domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
DDEF1_SH3
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| total genus |
12
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| structure length |
61
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| sequence length |
61
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3JV3 A; 1M30 A; 5EC7 A; 2KT1 A; 1UTI A; 2EW3 A; 2NUZ A; 1UFF A; 4AG2 C; 2ABL A; 2FPE A; 1B3Q A; 1E6G A; 2ED0 A; 2L2P A; 5IXB A; 3FJ5 A; 4GBQ A; 2A28 A; 1B07 A; 2W10 A; 2CSQ A; 1TUD A; 3H41 A; 1PKT A; 1WXT A; 1CKB A; 4RTY A; 2A08 A; 5I22 A; 1I07 A; 1GFC A; 4FSS A; 4J9D A; 4RTZ A; 1X2Q A; 2GTO A; 3H0F A; 2F2W A; 2V1Q A; 1W1F A; 4ESR A; 1I0C A; 1NLO C; 1JXO A; 3UAT A; 2DL8 A; 2GQI A; 4EIK A; 1ZUY A; 1N5Z A; 4CC2 A; 1KJW A; 2DMO A; 2JW4 A; 2L3Q A; 2BZX A; 2ECZ A; 3RBB B; 4J9F A; 4RUG A; 1WX6 A; 1WDX A; 2OAW A; 1SEM A; 2AZV A; 2D0N A; 2O2O A; 2YUO A; 4LUD A; 3ZL7 C; 1YN8 A; 4ORZ A; 3PVQ A; 1GCP A; 2KYM A; 3M0P A; 1RI9 A; 1ZSG A; 1AWW A; 2K79 A; 3QWY A; 2EYY A; 2YUQ A; 4OMM A; 2LJ1 A; 1NG2 A; 1JU5 C; 3VS1 A; 1AWX A; 1T3S A; 2KXD A; 3TSW A; 3VS5 A; 1WFW A; 1UDL A; 2YSQ A; 1KSW A; 2LQN A; 2RN8 A; 1ZX6 A; 1NEB A; 2IIM A; 4JZ3 A; 1QKX A; 3GBQ A; 2KRS A; 4AFQ C; 1VYT A; 5IH2 A; 2LX7 A; 1WLP B; 2VKN A; 1K1Z A; 1YWP A; 2LNH B; 1OOT A; 1E6H A; 2EYZ A; 4ZNX A; 5HCK A; 1H3H A; 2OI3 A; 3PE0 A; 1M3C A; 2G6F X; 1UHC A; 1XOV A; 4J9G A; 3EG3 A; 2D1X A; 2O88 A; 1G2B A; 2LJ0 A; 1M3A A; 2KXC A; 2CUB A; 4JJC A; 1UUE A; 2EVR A; 1GBQ A; 2HBW A; 2SEM A; 2J06 A; 1RLQ C; 1PRM C; 1AVZ C; 4Z88 A; 4JJB A; 2F2V A; 2SRC A; 2HCK A; 3LH5 A; 2J05 A; 2YUP A; 1ABQ A; 2LP5 A; 5I11 A; 4IIO A; 4R0K A; 4RTV A; 3VS7 A; 1TUC A; 2CDT A; 2JXB A; 1QCF A; 2B86 A; 1AEY A; 2GTJ A; 1CSK A; 2FRW A; 2LMJ A; 4JPB W; 2VVK A; 2C0T A; 1UJ0 A; 2DL7 A; 1GFD A; 4J9B A; 3UA7 A; 2X3W D; 3NGP A; 4QT7 A; 1M8M A; 1X69 A; 2RPN A; 2A37 A; 2EYW A; 2BTT A; 2KE9 A; 3M0U A; 2KNB B; 1W70 A; 4HCK A; 1QWE A; 1E7O A; 1SHF A; 2FPD A; 4Y92 A; 4RTU A; 2PTK A; 3I35 A; 1OV3 A; 2AKK A; 2JTE A; 3H0I A; 4J9E A; 2DX1 A; 4CC4 B; 1PRL C; 2F2X A; 2KYB A; 1VYU A; 2DA9 A; 2BZY A; 2RMO A; 2NWM A; 2EQI A; 3SEM A; 3PVL A; 2K3B A; 2ROL A; 1BK2 A; 5IXF A; 4LE9 A; 2FPF A; 2MOX A; 2J6F A; 2HEQ A; 3EHQ A; 2EBP A; 2AK5 A; 4Z89 A; 1ZUK A; 2K6D A; 3O5Z A; 2E5K A; 1WXU A; 3EHR A; 4LNP A; 2DL5 A; 1T3L A; 1U3O A; 1HD3 A; 1H92 A; 1YCS B; 1OPL A; 2CUD A; 1K9A A; 3SHW A; 4OMP A; 4Z8A A; 4A63 B; 4E6R A; 3A98 A; 2FRY A; 2LZ6 B; 1LCK A; 1M3B A; 1OPK A; 2GBQ A; 1NYF A; 2H8H A; 1VA7 A; 2JM8 A; 2BZ8 A; 1JEG A; 1YP5 A; 2MIO A; 1SHG A; 1K4U S; 3IQL A; 4RTX A; 2LCS A; 1ZLM A; 2DRK A; 1K0S A; 5ECA A; 2FG0 A; 2PZ1 A; 3REA B; 3KFV A; 4M4Z A; 1HJD A; 1WI7 A; 1WXB A; 3QWX X; 1PNJ A; 2X3X D; 4RTW A; 3VS6 A; 1QLY A; 2J6O A; 2L3P A; 2FO0 A; 5GJV B; 3VS3 A; 1AD5 A; 4WCI A; 2J6K A; 2C0I A; 3TVT A; 2O9V A; 3EG1 A; 1AWO A; 2JS2 A; 1X27 A; 2CT4 A; 2KGT A; 4HXJ A; 3I5R A; 1T0H A; 4DEX A; 5IHK A; 3THK A; 1MUZ A; 1Z9Z A; 1YNZ A; 4X1V A; 4OML A; 1HSQ A; 1TG0 A; 2XMF A; 1RLP C; 2K2M A; 2KEA A; 3C0C A; 1Y57 A; 2ENM A; 2YT6 A; 2DM1 A; 4JJD A; 1PKS A; 3NPF A; 2CT3 A; 1GRI A; 2DNU A; 5L23 A; 2AKL A; 1U5S A; 4JZ4 A; 2KRM A; 1I1J A; 2O9S A; 1MV3 A; 4HVV A; 2LJ3 A; 4AFU C; 2JM9 A; 4HVW A; 1GBR A; 2YDL A; 3ULR B; 1AWJ A; 5IHI A; 3H0H A; 2DJQ A; 3I5S A; 1FYN A; 3M0T A; 5FWB A; 5IHN A; 1ARK A; 3EG2 A; 1ABO A; 4F14 A; 2KRN A; 1NLP C; 2DLP A; 2JMA A; 1A0N B; 2KR3 A; 2J7I A; 4CC3 A; 1BBZ A; 1AOJ A; 2DF6 A; 5FWC A; 2K9G A; 1FMK A; 2C0O A; 1J3T A; 2L0A A; 2AZS A; 2DL3 A; 1BB9 A; 2V1R A; 2CRE A; 1S1N A; 2DL4 A; 2K7A A; 2P4R A; 1KIK A; 1U06 A; 2QDL A; 2DBM A; 1AZG B; 2DBK A; 1ZUU A; 2EKH A; 1UEC A; 2EPD A; 1Y0M A; 2A36 A; 2VWF A; 1AZE A; 2DIL A; 3VRY A; 3R6N A; 1X6G A; 3VS0 A; 2HSP A; 4OMO A; 1JXM A; 1BU1 A; 1W6X A; 3EGU A; 1SPK A; 1CKA A; 1IO6 A; 5FW9 A; 2D8J A; 2ROT A; 4LN2 A; 2EYX A; 2RF0 A; 1G83 A; 3EG0 A; 4J9C A; 2KT8 A; 1SSH A; 1X43 A; 1Z9Q A; 1SRL A; 1SRM A; 2M0Y A; 2FEI A; 4D8D A; 3NHN A; 2RQW A; 4K11 A; 4HVU A; 1GCQ C; 1JQQ A; 1VYV A; 2DRM A; 4CC7 A; 3UF4 A; 2D8H A; 2M51 A; 1WA7 A; 1T0J A; 1QKW A; 1PWT A; 2DE0 X; 2CH4 A; 3TSZ A; 2ESW A; 2O31 A; 3VRZ A; 2W0Z A; 2RQV A; 2GNC A; 2I0N A; 2CH4 W; 1UE9 A; 2GGR A; 2EGE A; 2KRO A; 3CQT A; 2HDA A; 3M0Q A; 1UJY A; 4DEY A; 4F16 A; 1NEG A; 2KBT A; 3UA6 A; 4KRT A; 1K76 A; 3M0R A; 1MV0 B; 2RQU A; 4J9H A; 5GJW B; 4IIM A; 1X2K A; 3U23 A; 2DYB A; 4AFS C; 2LQW A; 4AG1 C; 4AFZ C; 2RQR A; 1RUW A; 3VS4 A; 2EGC A; 2EGA A; 4OMN A; 2MCN A; 1M27 C; 2JS0 A; 2RNA A; 2CSI A; 1PHT A; 1V1C A; 2JMC A; 1WIE A; 2PNI A; 4GLM A; 1EFN A; 1UG1 A; 3I9Q A; 4OMQ A; 3VS2 A; 1YWO A; 1GL5 A; 1OEB A; 2ED1 A; 1GCQ A; 3NMZ C; 2YUN A; 3RNJ A; 4F17 A; 1UGV A; 1NM7 A; 3M0S A; 1QWF A; 1NYG A; 4J9I A; 1K0X A; 4RTT A; 2JT4 A; 2RQT A; 4LUE A; 1UHF A; 2OJ2 A; 1WYX A; 1JO8 A; 1X6B A; 2DVJ A; 1H8K A; 1ZBJ A; 4D8K A; 3REB B; 1KFZ A; 2L3S A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3JV3 A; 1M30 A; 4YTL A; 1YI2 A; 1UTI A; 2NUZ A; 3JCM d; 2PU9 B; 1M90 C; 3HFN A; 3H41 A; 3A8H B; 4E7Z A; 3DLL A; 2CZ6 B; 2DTH A; 5IAY A; 3UT1 A; 4EMK B; 4ZGD B; 3QSU A; 4FSS A; 4RTZ A; 2E70 A; 1W1F A; 4ESR A; 3C95 A; 1WJR A; 1B34 B; 1KD1 U; 2RM4 A; 1ZUY A; 1N8R C; 2L3Q A; 3RBB B; 4PLL A; 3P8B B; 5A2Q E; 2VAS A; 4M75 B; 1WX6 A; 4A4H A; 2X4J A; 1D0X A; 2O2O A; 4X9D A; 1OU8 A; 3E9G A; 1SSF A; 4DOV A; 2KYM A; 4KGX B; 1JB0 E; 2OTL T; 3OYY A; 3JAM E; 4JRK A; 4M7D C; 1KK7 A; 2RJF A; 2LJ1 A; 1NG2 A; 3MO8 A; 2EAY A; 4M7D D; 1WJS A; 4L59 A; 1VQ5 A; 3BY7 A; 1VQO Q; 1S72 Q; 1KC8 U; 4M77 A; 3EFO A; 3JCM g; 3VS5 A; 1WFW A; 2RHU A; 3HL8 A; 1UDL A; 4C5G A; 1YI2 T; 2XI9 A; 2YSQ A; 1KSW A; 2LQN A; 2RN8 A; 1ZX6 A; 5LJ5 h; 2WSC E; 1QKX A; 2ATC B; 2RK2 A; 3GBQ A; 2PQW A; 5KYN A; 2MYS A; 4EPC A; 1K1Z A; 1YCY A; 2LNH B; 1OOT A; 2QTV A; 2EYZ A; 1UGR B; 3NTH A; 5GAN 3; 2E12 A; 5HCK A; 2JVV A; 3PE0 A; 1WHK A; 2LQ8 A; 5GAM h; 1QVF A; 1M3C A; 2G6F X; 2KSS A; 4D6W A; 4QKU A; 3EG3 A; 2PUK B; 2VB6 A; 4LDU A; 2DTO A; 1Q81 C; 3OY9 A; 3PIP A; 1XQH A; 1QMC A; 1YJ9 Q; 3RMS A; 1GBQ A; 1JJ2 P; 1RLQ C; 4Z88 A; 3AT1 B; 2SRC A; 3CPW P; 1PD1 A; 2LP5 A; 1TUC A; 2P0P A; 2JXB A; 4B6M A; 2VVK A; 3I56 T; 2B8A A; 3X20 B; 1UJ0 A; 1VQO A; 1S72 A; 1MND A; 3M57 A; 3OYN A; 5FU6 B; 5FU7 B; 3RMQ A; 3V7C A; 1NJI C; 2A37 A; 2CP2 A; 3M0U A; 1W70 A; 2COY A; 1SHF A; 2EQM A; 2ZZD A; 1OV3 A; 1VQ5 T; 5LJ3 d; 2HNI A; 2DXB A; 4QQ6 A; 4KUD K; 1PD0 A; 2KYB A; 3EH2 A; 1OQK A; 4BDZ A; 4F7U B; 1U1S A; 2COW A; 2MOX A; 4C92 G; 3WXM B; 4C92 F; 3EHQ A; 1YJ9 A; 2E5K A; 3CCV Q; 1WXU A; 2DL5 A; 1BIB A; 5GAN 6; 1T3L A; 1HD3 A; 4IKF A; 1H92 A; 1YCS B; 2YRD A; 3RKX A; 4JLG A; 4OMP A; 4A63 B; 1VUB A; 4J6X A; 3VJP A; 5HY6 A; 2DJZ A; 1OPK A; 1Q86 R; 1Y96 B; 3G4S T; 1YP5 A; 2MIO A; 5A0L A; 2JTF A; 5KYX B; 1M1F A; 2HQX A; 3IQL A; 5CKF A; 4C8Q E; 3JCM e; 3JCM b; 2LCS A; 3QBY A; 4M78 C; 1K0S A; 3OBY A; 2FG0 A; 4M7A G; 4M7A F; 1HJD A; 1WI7 A; 1WXB A; 4M78 D; 2OAU A; 3QWX X; 1PNJ A; 1M90 U; 2P0Q A; 3WVE B; 4RTW A; 4VUB A; 5LJ3 g; 3OYH A; 2HQE A; 1VQ6 Q; 2FO0 A; 1FX7 A; 5C0M A; 3EFR A; 3PTA A; 1AD5 A; 1WGS A; 3I55 Q; 4BE0 A; 3CD6 T; 2KMT A; 3A8O B; 4NL3 A; 1IB8 A; 1KHC A; 1EIF A; 2FB7 A; 3A8G B; 1N8R U; 1VOM A; 5IHK A; 1MGQ A; 1LNX A; 1MUZ A; 1Z9Z A; 2YRV A; 1N9S A; 3THK A; 1YNZ A; 4JLI A; 4FCY A; 4O6J A; 1RLP C; 5D7U A; 2ENM A; 2YT6 A; 3HSB A; 4N0A C; 5GAO n; 3VYH B; 2MI6 A; 3CCJ Q; 1GRI A; 4CRI A; 1PM3 A; 2AKL A; 1PSE A; 4OGE A; 1I1J A; 2RH2 A; 4HVV A; 4JUV A; 3VV0 A; 2JM9 A; 1YBY A; 4EMK A; 2JJ9 A; 1GBR A; 2IPO B; 3HRT A; 4C0D B; 2K5L A; 3CMA A; 3GLX A; 2MAM A; 2DER A; 5KYU B; 4RG8 A; 5GAN 2; 1AWJ A; 3QKJ A; 3H0H A; 2DJQ A; 1B34 A; 3I5S A; 4TVR A; 4BUG A; 1PCX A; 4C8Q B; 1ABO A; 4F14 A; 4XTU A; 2JMA A; 2KR3 A; 3I55 A; 1YJW Q; 2WSF E; 4M75 A; 3CCS T; 1LPL A; 4BAC A; 4X9C A; 2C0O A; 1MNE A; 2X51 A; 1YJN Q; 1RI0 A; 2V1R A; 2CRE A; 1S1N A; 2DL4 A; 1KIK A; 2QDL A; 1AZG B; 2DBK A; 2MF2 A; 3OYJ A; 3EG9 B; 5GMK h; 4E7J A; 1ZUU A; 2EKH A; 3QDF A; 2A36 A; 1FWZ A; 4DBR A; 2VUB A; 1AZE A; 3RKW A; 3KBG A; 3CCJ A; 5LJ5 g; 3QUI A; 2HSP A; 2ZGW A; 4FT4 A; 1M2V A; 4WF2 A; 2WAC A; 3EGU A; 2VGN A; 1AT1 B; 2DTI A; 1CKA A; 2EQK A; 4LN2 A; 3LWI A; 5GAM g; 1NZ9 A; 3VUZ A; 2DEU A; 1X43 A; 1ZQ1 A; 1UGQ B; 1NJI U; 3PMI A; 2M0Y A; 3OYB A; 5LJ3 e; 1VQM Q; 3HKS A; 1VYV A; 4HCC A; 1YJW A; 3UF4 A; 2G3R A; 3OYF A; 4PFP A; 3OS0 A; 1WA7 A; 3ER0 A; 3CMA T; 1PWT A; 2QQ9 A; 2CH4 A; 3TSZ A; 2O31 A; 3E1S A; 3VRZ A; 2GFU A; 3MEU A; 4E47 A; 1YJN A; 2CP3 A; 2GGR A; 5AYF A; 5KYY B; 4PK4 A; 2LDM A; 3UA6 A; 1K76 A; 3HPW A; 1X2K A; 1ZA1 B; 3EGX A; 1KQS A; 2EWN A; 2QQR A; 4AG1 C; 1RUW A; 2F69 A; 2MCN A; 2E6N A; 3CC4 Q; 4OB2 B; 3FC3 A; 2E5Q A; 2ZPG B; 2VC8 A; 2K5F A; 1VQP Q; 1V1C A; 2JMC A; 5AT1 B; 2PNI A; 4GLM A; 1UG1 A; 4FW2 A; 3I9Q A; 4A4G A; 1Q86 C; 3MEV A; 3SDZ A; 1UGP B; 3CCM A; 1OEB A; 4O5V A; 3HFO A; 3HRU A; 5DLQ E; 3CC7 T; 1UGV A; 1V76 A; 4KH0 B; 3V8L A; 2DAQ A; 3LYI A; 4Y28 E; 1TTH B; 2OJ2 A; 1VQM A; 4PL6 A; 1WYX A; 4P5N A; 4C0F A; 1JO8 A; 1X6B A; 3F70 A; 1XJW B; 4D8K A; 4N4G A; 5DY9 A; 1KFZ A; 2E1H A; 2NUT B; 3MEA A; 1UB4 A; 4MMK A; 3JCM X; 5EC7 A; 2RHX A; 3ZBD A; 2EW3 A; 2Y4Y A; 1UFF A; 2ABL A; 3CPF A; 4L6V 5; 2L2P A; 2HZY A; 3FJ5 A; 2VXF A; 5IXB A; 3CCL A; 2A28 A; 1K9M R; 2VV5 A; 2W10 A; 4NS5 A; 3SFM A; 3RER A; 2QYZ A; 2BE7 D; 3BW1 A; 1CKB A; 2COZ A; 4RTY A; 2E65 A; 1GFC A; 3CC4 A; 5LJ5 e; 2E64 A; 2QQA A; 5I2S A; 5DLO A; 2DL8 A; 3EFS A; 3VUB A; 5KYX A; 1VQP A; 2GQI A; 3DLM A; 2KY9 A; 4M78 G; 4LXC A; 4M78 F; 1N5Z A; 1RL2 A; 4HKE A; 1C1A A; 4RUG A; 2KQW A; 1Q81 R; 5CQY A; 5GAM e; 4E7I A; 1WDX A; 2OAW A; 3Q1J A; 2AZV A; 2D0N A; 1BCO A; 5CAI A; 2OTL Q; 1IHW A; 1OI1 A; 3CBO A; 3PVQ A; 2EYQ A; 4XTV A; 4M7A B; 4J8O A; 3CCM T; 3QJY A; 4PJM A; 2QAZ A; 2QQS A; 2CZ1 B; 4J7F A; 3NFC A; 1BCM A; 4OMM A; 3N5B B; 2RO0 A; 1JU5 C; 1I5O B; 2JZ2 A; 3A8M B; 4FYX B; 1YI2 Q; 1AWX A; 3L2R A; 5FRM A; 1IZ6 A; 4EDU A; 3WVD B; 3EGD A; 5J3B A; 4PJO B; 2ZPB B; 3M55 A; 1X6O A; 2QGG A; 2IIM A; 4BI4 A; 2DXC A; 5DM7 R; 2FYK A; 4AFQ C; 1VYT A; 1BI2 A; 1ZBX A; 5KH6 A; 3QJ6 A; 3CCL T; 1V29 B; 4QVC A; 1O9S A; 3OB9 A; 3LWH A; 4R56 A; 1KQS S; 3QZ5 B; 1H3H A; 2OI3 A; 4M75 E; 4JJN K; 4KT0 E; 1R8O B; 1XOV A; 3SWN B; 5GAO r; 3LLR A; 2O88 A; 3JB9 H; 5KCO A; 4C8Q A; 2OTL A; 5KE3 A; 5J26 A; 2CP7 A; 2KXC A; 1ZA2 B; 1D1A A; 4JJC A; 1HYO A; 1UUE A; 1VQL T; 2EVR A; 2HBW A; 1PRM C; 3CEY A; 1WHM A; 2RI5 A; 3OW2 S; 2JN0 A; 1ZSZ A; 1MMG A; 4R0K A; 3I56 Q; 3OYI A; 2FZK B; 2KAF A; 1K73 R; 2B86 A; 2GTJ A; 5IT9 E; 3CCQ T; 3UA7 A; 2LT1 A; 4ATO A; 2EQJ A; 1X69 A; 3KUF A; 2KE9 A; 3OQ5 A; 4QVD A; 1VQ5 Q; 2CKK A; 4HCK A; 2FPD A; 1E7O A; 3JB9 G; 2FHD A; 4RTU A; 3MEW A; 3JB9 F; 3I35 A; 1YHQ T; 4J7I A; 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