The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
61
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structure length |
61
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Chain Sequence |
VRRVKTIYDCQADNDDELTFIEGEVIIVTGEEDQEWWIGHIEGQPERKGVFPVSFVHILSD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis of the recognition of the SAMP motif of adenomatous polyposis coli by the Src-homology 3 domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DDEF1_SH3
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| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
12
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| structure length |
61
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| sequence length |
61
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1K0X A; 1GBQ A; 2EGA A; 4LN2 A; 4RTV A; 1EFN A; 4J9H A; 5IXB A; 1U5S A; 2KNB B; 1S1N A; 2J6F A; 2D8J A; 4OMO A; 2YT6 A; 4HVV A; 3C0C A; 1NLO C; 2RN8 A; 1PHT A; 2EW3 A; 4DEX A; 1K9A A; 3JV3 A; 2JM9 A; 3VS5 A; 2H8H A; 2M51 A; 2O2O A; 1QWE A; 4QT7 A; 2O31 A; 2RNA A; 3A98 A; 1JXO A; 2LJ0 A; 1IO6 A; 2OJ2 A; 3EHQ A; 2JS2 A; 2KRM A; 2JS0 A; 2RQV A; 2CSQ A; 1Z9Q A; 2SRC A; 1T0H A; 1GCP A; 1KJW A; 2AKL A; 1E6H A; 2CT4 A; 3VS7 A; 3M0Q A; 5GJW B; 2LQN A; 1T3L A; 4KRT A; 2JW4 A; 3VRZ A; 1HJD A; 4CC3 A; 1BB9 A; 1HSQ A; 1NEB A; 2EQI A; 3H41 A; 2MOX A; 4J9I A; 3U23 A; 1WA7 A; 1WXB A; 2HEQ A; 2HBW A; 3RNJ A; 1QCF A; 2GTO A; 4OMN A; 2PTK A; 2IIM A; 4JJC A; 1NYG A; 1SHG A; 1QKX A; 1CSK A; 2K6D A; 1FMK A; 1AZE A; 2RQU A; 2LQW A; 2DYB A; 4LNP A; 1RLP C; 1A0N B; 1PWT A; 1OPK A; 1M8M A; 2DA9 A; 2KYM A; 4FSS A; 3I5R A; 1AOJ A; 1GCQ C; 3I9Q A; 3M0U A; 4AFU C; 1N5Z A; 3FJ5 A; 2K79 A; 4J9D A; 2EBP A; 4JZ4 A; 1WLP B; 4J9F A; 1H3H A; 3SHW A; 1X2Q A; 2X3W D; 4Z8A A; 2LJ1 A; 1ZUK A; 2MIO A; 2NWM A; 2DL7 A; 2V1R A; 4CC4 B; 1TUC A; 1AVZ C; 1NG2 A; 1AD5 A; 2KT1 A; 1QKW A; 2J7I A; 4DEY A; 2KRN A; 4ZNX A; 2BZY A; 3PVL A; 1AWO A; 1X2K A; 1KSW A; 1GRI A; 2YUQ A; 3NMZ C; 3TSW A; 2ECZ A; 4OML A; 1T3S A; 2EYZ A; 2RPN A; 2BZ8 A; 3UA6 A; 2ENM A; 3UA7 A; 2C0O A; 2DBK A; 1JXM A; 1SHF A; 4AG1 C; 2KEA A; 3EGU A; 2EYY A; 2EYX A; 3NGP A; 2FPE A; 5I22 A; 1HD3 A; 4HVW A; 4K11 A; 2YDL A; 2I0N A; 1RLQ C; 1MV3 A; 1NM7 A; 3NHN A; 1NYF A; 2O9V A; 1YWP A; 4IIM A; 1T0J A; 3SEM A; 2LP5 A; 3EHR A; 1ZSG A; 5I11 A; 2DNU A; 5FWB A; 2W10 A; 4J9C A; 2X3X D; 3QWX X; 2ESW A; 1FYN A; 2KE9 A; 2OAW A; 4J9B A; 2GBQ A; 2K7A A; 2LMJ A; 2J06 A; 2DL8 A; 1UUE A; 1WFW A; 4HVU A; 2FRY A; 1CKB A; 1UE9 A; 2SEM A; 2ROL A; 1W1F A; 1PNJ A; 5FWC A; 2BTT A; 2DE0 X; 1E7O A; 2CT3 A; 3NPF A; 4OMM A; 1LCK A; 4ESR A; 2B86 A; 5IHK A; 1YP5 A; 4EIK A; 2M0Y A; 1X69 A; 1YNZ A; 2A37 A; 2VKN A; 1H92 A; 4R0K A; 2JMA A; 2G6F X; 3I35 A; 1UHF A; 3CQT A; 2MCN A; 1RUW A; 4F14 A; 2E5K A; 1CKA A; 1SPK A; 1XOV A; 3VS1 A; 1UEC A; 1YN8 A; 4IIO A; 3TVT A; 4Z89 A; 1G83 A; 1ZUY A; 2V1Q A; 2YUN A; 1OV3 A; 4AFZ C; 1I0C A; 2LZ6 B; 3VS2 A; 2DLP A; 1WI7 A; 1B3Q A; 3PE0 A; 4JJB A; 2W0Z A; 2EGE A; 2F2X A; 4J9E A; 2CRE A; 2FPD A; 4JZ3 A; 1BU1 A; 1NEG A; 1UFF A; 2A08 A; 1G2B A; 2JM8 A; 2LCS A; 3UF4 A; 1PKT A; 1WXU A; 4D8K A; 1OPL A; 1WXT A; 2AZV A; 2A36 A; 1QLY A; 3TSZ A; 1AWW A; 2L3P A; 2RQW A; 2AKK A; 2DIL A; 4Y92 A; 1UGV A; 1VYT A; 1ZBJ A; 3LH5 A; 2GGR A; 1WX6 A; 2A28 A; 1Z9Z A; 3REB B; 1AWJ A; 2DJQ A; 2DVJ A; 3EG1 A; 2BZX A; 1YWO A; 2F2V A; 2RQR A; 2O88 A; 2DL4 A; 3I5S A; 1GFC A; 5GJV B; 4GLM A; 2VVK A; 4AG2 C; 3ZL7 C; 4RTW A; 2KYB A; 1WIE A; 2K3B A; 2NUZ A; 2LX7 A; 1YCS B; 3EG3 A; 2ROT A; 1UHC A; 1SEM A; 1UG1 A; 1SRL A; 2L2P A; 3M0P A; 4HXJ A; 1GL5 A; 2F2W A; 3H0I A; 1GFD A; 2FPF A; 2L0A A; 1K4U S; 1M30 A; 4JJD A; 3VS3 A; 1JQQ A; 2KBT A; 1JU5 C; 2C0T A; 1MV0 B; 2J6O A; 2K9G A; 1I1J A; 2RQT A; 2EGC A; 2DM1 A; 1PKS A; 2GTJ A; 1GBR A; 2DX1 A; 2YUP A; 3M0R A; 4GBQ A; 4ORZ A; 2VWF A; 1QWF A; 4AFQ C; 1E6G A; 2P4R A; 2J6K A; 2KXD A; 5HCK A; 4LUD A; 1ABO A; 1H8K A; 3IQL A; 2GNC A; 2YUO A; 2YSQ A; 4RTX A; 2HSP A; 2CDT A; 3VS0 A; 5IHN A; 1U3O A; 5EC7 A; 1W6X A; 2J05 A; 2DRM A; 1AZG B; 1BBZ A; 2JXB A; 1K0S A; 2DL5 A; 2ED0 A; 2CUB A; 2DBM A; 1X6G A; 1ZUU A; 2K2M A; 2KT8 A; 2HCK A; 5L23 A; 2ABL A; 2CUD A; 1AEY A; 2ED1 A; 2KR3 A; 2KRS A; 5ECA A; 2OI3 A; 3EG2 A; 2RMO A; 3REA B; 1MUZ A; 2L3Q A; 5FW9 A; 1VYU A; 3THK A; 2FRW A; 2PZ1 A; 1TG0 A; 1VYV A; 1Y0M A; 2EPD A; 2EYW A; 1ARK A; 1M3B A; 1ZX6 A; 4RUG A; 3PVQ A; 4LE9 A; 4RTT A; 4J9G A; 1K1Z A; 1J3T A; 2DL3 A; 2D1X A; 2GQI A; 1UJ0 A; 3M0S A; 4JPB W; 5IXF A; 1I07 A; 1GCQ A; 2L3S A; 1X27 A; 1U06 A; 1JO8 A; 2JT4 A; 1M3A A; 1TUD A; 4OMQ A; 3M0T A; 2EVR A; 4WCI A; 2PNI A; 1BK2 A; 1JEG A; 4M4Z A; 2FG0 A; 4HCK A; 2C0I A; 2RF0 A; 4RTY A; 2JMC A; 1WYX A; 2CH4 A; 2D8H A; 4F16 A; 2XMF A; 1ZLM A; 2CH4 W; 2FEI A; 4RTZ A; 3R6N A; 4A63 B; 5IH2 A; 4LUE A; 3QWY A; 2DRK A; 1OEB A; 2DMO A; 2DF6 A; 1X6B A; 2HDA A; 3RBB B; 1UDL A; 4RTU A; 3KFV A; 2KGT A; 2LJ3 A; 1NLP C; 1SSH A; 4CC2 A; 2KRO A; 3H0F A; 3EG0 A; 3VRY A; 1OOT A; 1W70 A; 1PRL C; 1V1C A; 1KIK A; 2LNH B; 1WDX A; 1AWX A; 2CSI A; 1KFZ A; 2FO0 A; 2QDL A; 4OMP A; 1K76 A; 2AK5 A; 1M3C A; 3ULR B; 1UJY A; 2JTE A; 1SRM A; 1M27 C; 2EKH A; 3VS4 A; 2AZS A; 2D0N A; 1VA7 A; 4E6R A; 2KXC A; 1UTI A; 3UAT A; 1B07 A; 4X1V A; 2O9S A; 3VS6 A; 3H0H A; 4CC7 A; 3O5Z A; 1RI9 A; 4Z88 A; 4AFS C; 1PRM C; 4D8D A; 4F17 A; 1Y57 A; 1X43 A; 3GBQ A; 5IHI A; 1ABQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NJI U; 2CP6 A; 1GBQ A; 3OYL A; 4LN2 A; 5HY6 A; 1EFN A; 2EJG A; 1XJW B; 2LQK A; 2BE7 D; 2J6F A; 1WHM A; 4R56 A; 5GAM g; 4OMO A; 3BFM A; 5GMK e; 3C0C A; 2RN8 A; 1PHT A; 1C6V X; 3CXC P; 4DEX A; 1K9A A; 3JV3 A; 4E7I A; 1M2O A; 1Q7Y C; 3ER0 A; 2VGM A; 4LXC A; 1IXD A; 1VQ9 Q; 2XU8 A; 2LJ0 A; 2E65 A; 1TUG B; 2KRM A; 2RQV A; 3VV0 A; 5AT1 B; 4C8Q G; 4ZGJ B; 3CCQ T; 1GCP A; 2CT4 A; 5GAN 4; 4XTZ A; 3VS7 A; 4GLK A; 7AT1 B; 2A0F B; 5CO7 A; 2QEX A; 3PMI A; 4MDX A; 1HJD A; 3G71 T; 1BB9 A; 2EQI A; 1BI2 A; 5GMK l; 1AHJ B; 2HEQ A; 4E2F B; 2HBW A; 2ZPI B; 1KD1 U; 1MHN A; 1VQ9 T; 3CME A; 3OYC A; 5KYW A; 3V8L A; 1Q86 C; 2DXB A; 1QKX A; 2K6D A; 4C92 A; 1FMK A; 2RQU A; 4OP0 A; 1A0N B; 3OYD A; 1PWT A; 4J5Y A; 1OPK A; 1Y96 B; 4ME7 A; 2MYS A; 4PKC C; 2L3R A; 2KYM A; 3M0U A; 4AFU C; 4F7U A; 4X34 A; 3TQ7 P; 5IT9 E; 4MZM A; 1N5Z A; 4C0G A; 3FJ5 A; 3HRT A; 2EBP A; 4BI4 A; 1Q81 U; 1HXD A; 5LJ5 d; 2HD0 A; 3WVD B; 2XDB A; 3GIB A; 1YIT A; 3CMA Q; 3EG9 A; 4Z8A A; 2LJ1 A; 4OGE A; 3I56 A; 2DL7 A; 1W4S A; 3SFM A; 3QZ5 B; 4OB1 B; 1AVZ C; 5A2Q E; 1AD5 A; 4C8Q B; 2LVM A; 2KT1 A; 4HT8 A; 1X6O A; 2KY9 A; 4JRP A; 3CMA T; 2YXY A; 4ZNX A; 3PVL A; 2YUQ A; 3NMZ C; 5FU7 C; 2KSS A; 1QVF A; 3TSW A; 4OML A; 5GAO r; 2ENM A; 2C0O A; 2COY A; 3CEY A; 2DBK A; 2YLC A; 1JXM A; 4AG1 C; 2P0Q A; 4EMK C; 2RHI A; 1NE8 A; 3G4S A; 2QXF A; 3NGP A; 2FPE A; 4RKU E; 2YDL A; 2ZPE B; 1RLQ C; 2Z0W A; 1MV3 A; 3NHN A; 4IIM A; 3SEM A; 2L89 A; 2W10 A; 1FYN A; 2HKN A; 2GBQ A; 4C5G A; 3OB9 A; 2J06 A; 3KUF A; 4M77 G; 3RKY A; 3I55 A; 1UE9 A; 2RI5 A; 2AIR B; 3R6O A; 2ZZD A; 4N0A A; 2GQV A; 1PNJ A; 2BTT A; 3CXC A; 1E7O A; 2CT3 A; 2FB7 A; 3JCM d; 1WJQ A; 4EIK A; 3SWN C; 2DZC A; 4KUD K; 1Q82 R; 2RI3 A; 1OI1 A; 5C6S A; 3E1S A; 3PIO A; 4N4G A; 4R0K A; 1Y96 A; 1D09 B; 3PFS A; 5GAN f; 1S72 A; 4PK4 A; 5D6Y A; 1RUW A; 4F14 A; 1UGP B; 1RAH B; 2LX9 A; 1SPK A; 1UEC A; 4BY6 C; 4PLL A; 3P8D A; 4IIO A; 2V1Q A; 3HP9 A; 2QEX T; 4PJO E; 1I0C A; 1WI7 A; 2PQW A; 5GAN h; 1QMC A; 1LPL A; 2X4W A; 3E19 A; 4UC4 A; 2LTO A; 1VQN Q; 3OA6 A; 1VQ6 A; 4J9E A; 4M7D E; 2FPD A; 2LCS A; 1BU1 A; 4C8Q A; 2P84 A; 1N9S A; 2E4H A; 2JM8 A; 3UF4 A; 2M02 A; 3M54 A; 2L3P A; 2RQW A; 4M77 B; 2DIL A; 1UGV A; 2DXU A; 1UEB A; 2RJE A; 1ZBJ A; 3CBM A; 4JLG A; 4EDU A; 3L2V A; 5CQY A; 3L2Q A; 3LLR A; 1VQN T; 3WXM B; 1QVG S; 1QCO A; 2DVJ A; 4M75 G; 1LNX A; 2BZX A; 4TVR A; 5CQX A; 5KCH A; 2F2V A; 2ZPB B; 1OZ3 A; 3I5S A; 1NJI R; 4GLM A; 4AG2 C; 3ZL7 C; 1G3Y A; 2KYB A; 4EMH A; 1RI0 A; 2DKG A; 2P4T A; 2HBP A; 3EG3 A; 1H64 1; 3TCJ A; 4XTU A; 1QW1 A; 4PJN A; 4J6X A; 3OYE A; 1GFD A; 1JB0 E; 2FPF A; 2L0A A; 2FL7 A; 1VQ7 Q; 4XTW A; 2L5Q A; 5D7U A; 1PD0 A; 4QQG A; 5FU7 B; 3VS3 A; 3CC2 Q; 2KBT A; 2HL3 A; 5AYF A; 4FYW B; 1VQO A; 2J6O A; 4ATO A; 1I1J A; 1BI1 A; 2DM1 A; 1PKS A; 3V7S A; 1GBR A; 4GBQ A; 4XU1 A; 1VQ4 A; 3VUB A; 2KMT A; 4ELY C; 2P4R A; 2J6K A; 1EX4 A; 4PJO D; 2KXD A; 3CC2 T; 4LUD A; 1H8K A; 2F5K A; 4M75 B; 2GNC A; 3G4S T; 3JB9 G; 2YSQ A; 4B6M A; 4Q5W A; 5HK0 A; 2CDT A; 4M7D D; 5KYY B; 5EC7 A; 1W6X A; 2PVO B; 1KD1 R; 2XDD A; 4M7A C; 3JB9 H; 2RD1 A; 3CBP A; 2JXB A; 1K0S A; 2DL5 A; 3GF5 A; 1ACM B; 5L23 A; 1KC8 C; 2KT8 A; 2HCK A; 5GAM d; 4C0D B; 1YFN A; 3PMT A; 2CZ7 B; 2OI3 A; 3JB9 F; 1B34 B; 3HRS A; 4D6W A; 3J7A F; 1VQL A; 1UB4 A; 4OF1 A; 3I55 T; 2LT1 A; 3M58 A; 2DVE A; 4DOW A; 1QVG P; 4P5N A; 1ZX6 A; 4LE9 A; 3FRN A; 3X28 B; 4J9G A; 5D6W A; 3OW2 S; 4EPC A; 4M77 A; 2COW A; 2VXF A; 1Q7Y U; 1Q81 C; 4J6W A; 1FWZ A; 2NUT B; 1HYO A; 2DTO A; 2EQM A; 2EVR A; 2PNI A; 2RHZ A; 1BK2 A; 1JEG A; 4M4Z A; 2DER A; 3JCM b; 2C0I A; 5IAY A; 2RF0 A; 1QVP A; 3VYH B; 1LOJ A; 2JMC A; 4XTX A; 4ZGE B; 3JB9 I; 3C4S A; 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2GTO A; 5HKC A; 4JJC A; 2CYZ B; 2HAX A; 2CP5 A; 3A5Z B; 2E3H A; 3LGF A; 3CPW S; 1NYG A; 3O8V A; 1CSK A; 3CD6 T; 3SDZ A; 5GAN 8; 1PSF A; 4LNP A; 1RLP C; 2V8I A; 4BDZ A; 5LJ5 e; 1M5Q 1; 3H9N A; 3CC4 T; 1M8M A; 1GCQ C; 1KQS P; 4BAC A; 2E1H A; 3QPH A; 3HFN A; 4QVC A; 1WLP B; 2AT1 B; 4J9F A; 3CMA A; 3CCR Q; 3OYA A; 1M9S A; 4KH1 B; 2YRV A; 1VIF A; 2QI2 A; 2NWM A; 4CC4 B; 3TU4 K; 1TUC A; 1N8R C; 4M78 G; 2OTL Q; 1NG2 A; 4C0Z A; 4NS5 A; 4F7U B; 4IKF A; 4PJO C; 1I4K 1; 1WGS A; 3MP6 A; 3CCR T; 4DEY A; 3EG9 B; 4M7D C; 5LJ3 f; 1FMV A; 2ECZ A; 3M4Y A; 2OTL T; 2V26 A; 2RPN A; 2BZ8 A; 1PCX A; 3A8O B; 2CP3 A; 1ZSZ A; 1OUL A; 3BW1 A; 3DLM A; 4DOV A; 2KEA A; 3EGU A; 3CCS Q; 2EYY A; 5LJ3 h; 4BDY A; 3FJP A; 4QVD A; 2EYX A; 3QSU A; 1M8V A; 4M7A A; 4K11 A; 2I0N A; 1N27 A; 1MND A; 4MZT A; 1U1S A; 3PT9 A; 3EHR A; 3OSV A; 5GAN 3; 2X3X D; 1Q7Y R; 2ESW A; 3CCS T; 1VQ5 Q; 2K7A A; 3M56 A; 1ZHI A; 2P0P A; 4M78 B; 2DL8 A; 3JCM e; 2OAU A; 1UUE A; 3FIF A; 1CKB A; 4ZTF A; 3M5A A; 1G5V A; 2SEM A; 4DBF A; 3CCM Q; 1W1F A; 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