The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
|
sequence length |
87
|
structure length |
87
|
Chain Sequence |
KPDETRVKQFLEGFNIETFEMVGTLSNAQGTFALVKGAGGVHRVRVGDYLGRNDGKVVGISEGKIDVIEIVPDGEGNWLERPRSLTL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a Domain from the Type Iv Pilus Biogenesis Lipoprotein Pilp
rcsb |
| molecule keywords |
PILP PROTEIN
|
| molecule tags |
Biosynthetic protein
|
| source organism |
Pseudomonas aeruginosa pao1
|
| total genus |
11
|
| structure length |
87
|
| sequence length |
87
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-01-11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LC4 A; 2Y4Y A; 2LNV A; 2Y4X A; 3OSS C; 2IVW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3DB3 A; 1AZE A; 2F5T X; 1YJN T; 1ZA2 B; 4C92 B; 2L3R A; 1UGR B; 1V29 B; 3Q1J A; 3A98 A; 5CQX A; 1UGQ B; 3OS2 A; 4R56 A; 5C0M A; 1N8R R; 2XDP A; 2DVE A; 2CP5 A; 1AOJ A; 3ER0 A; 2VB6 A; 2VGN A; 4M7A E; 3JCM f; 4LXC A; 4LDU A; 2LX7 A; 3CCR Q; 3PVQ A; 4BDY A; 1KHI A; 2AHJ B; 1V1C A; 3G71 A; 3RIR A; 4HA8 A; 3AT1 B; 5GAM e; 2RJF A; 4EIK A; 1U1S A; 4AFZ C; 2CYZ B; 2GTJ A; 4OMF B; 1Y57 A; 1AT1 B; 4PJO C; 2MI6 A; 2KY9 A; 4BE1 A; 2VAS A; 1WX6 A; 3L2W A; 2CZ0 B; 4OMM A; 3A8H B; 5LJ5 j; 2ENM A; 3OQ5 A; 2OJ2 A; 3A8L B; 5HK0 A; 2O9S A; 4PJO D; 2JN0 A; 5AYF A; 4J9D A; 3CCE T; 4J83 A; 4FYW B; 5HK3 A; 2I0N A; 2WSF E; 4X9D A; 3CCJ A; 2VYT A; 4ELZ C; 3OYC A; 3TQ7 P; 3MPU B; 1Y07 A; 1QVF S; 2PVO B; 1WHG A; 2DL3 A; 4DOV A; 3P8H A; 2AKK A; 2K2M A; 4CI0 C; 2ZPB B; 2LVM A; 3GPL A; 3OYA A; 4XU0 A; 5LJ5 e; 4A4F A; 3E9G A; 4TVR A; 2CP0 A; 2RK2 A; 1WXB A; 2DTO A; 1PCX A; 1W2B A; 3JCM J; 1NJI C; 4J6X A; 1R77 A; 1U3O A; 2EAY A; 1LVK A; 5I2S A; 4KGX B; 4FT2 A; 4RG8 A; 2RA2 A; 2LT1 A; 1K4U S; 2A0F B; 2RB6 A; 1TTH B; 4JJD A; 1OPK A; 3CCJ Q; 2BZX A; 3X24 B; 1G5V A; 1OX8 A; 2JZ2 A; 3DKM A; 4M78 A; 1Q7Y U; 1U06 A; 2JM8 A; 4E7I A; 2A28 A; 4QT7 A; 2QG9 B; 4HXJ A; 3E9F A; 2RN8 A; 4OMN A; 5IHI A; 1M3C A; 4C5I A; 2NUT B; 4EMK C; 1QLY A; 1Q82 C; 1VQ4 A; 1H8K A; 2K6D A; 4KRT A; 5GAN 7; 2RQU A; 3LWH A; 1PG5 B; 3BDL A; 1YNZ A; 2ABL A; 1K76 A; 4C8Q A; 2COY A; 1VQM T; 4UC4 A; 4LE9 A; 3H8Z A; 5FWB A; 3G6E A; 3QUI A; 4M77 E; 5GMK h; 1PWT A; 3JCM g; 3HFO A; 1IXD A; 3I56 T; 1K9M R; 1S72 Q; 3HL8 A; 1E7O A; 2CUD A; 5FRM A; 2MOX A; 3CCM A; 3QDR B; 4A63 B; 3CCV A; 3RMQ A; 3GLX A; 4OVA A; 3EFO B; 5KYW B; 2L0A A; 1QWF A; 1CKB A; 1R0B G; 3OYF A; 1UHF A; 2GQI A; 3HHT B; 2BKD N; 2ED1 A; 2Y4Y A; 3EG0 A; 1B3Q A; 2NLU A; 2ROL A; 3ASK A; 3SWN C; 2RM4 A; 1TSF A; 2RQV A; 1M90 R; 3THK A; 4J7F A; 2DMO A; 1T0H A; 1WNL A; 4J9G A; 4JRQ A; 1U5S A; 4PJO B; 2W0Z A; 4OML A; 1YCY A; 1ZUK A; 1PSE A; 5KCO A; 1WQ7 A; 4MML A; 5A0L A; 2R58 A; 1AVZ C; 2DIL A; 3OYJ A; 4OB2 B; 1LNX A; 3SEM A; 3G6E Q; 5GJV B; 4QQ6 A; 3OBW A; 1X6G A; 1YBY A; 1WXU A; 1M30 A; 3NTI A; 4BUG A; 2OAW A; 3CEY A; 1UGS B; 4C8Q G; 4LDV A; 4RG2 A; 3CCV Q; 1YJ9 A; 2MWP A; 2E6N A; 4HT9 A; 1N9S A; 3SDZ A; 3OS0 A; 3CC4 T; 4M78 F; 4C92 E; 2R5M A; 3CC2 A; 2A7Y A; 2DXU A; 4XAX B; 5D6X A; 4XU2 A; 4BE2 A; 2JS2 A; 2BIV A; 5CK9 A; 1Y0M A; 2COZ A; 2QTX A; 3JSC A; 3N5B B; 3OYL A; 3MEW A; 2AK5 A; 1IZ6 A; 4DBF A; 3CD6 A; 3PIO A; 3CME A; 1NM7 A; 2LP5 A; 2JOY A; 1KD1 U; 2V1Q A; 5D7U A; 2KAF A; 4C8Q F; 2RHI A; 1PKT A; 1BI0 A; 2O2O A; 1GCQ C; 2XU8 A; 1IRX A; 5GAO q; 3C0C A; 5EC7 A; 5KYU B; 1WHH A; 3JCM V; 1VQP Q; 4RKU E; 3CXC P; 5GAM d; 2EQM A; 2XG8 D; 4ZTF A; 2YUO A; 2HDA A; 1WFW A; 2RJD A; 2QQ9 A; 3MHX A; 4PKC C; 3CC2 Q; 2OTL Q; 2MK5 A; 4EMK B; 4M75 A; 3OYG A; 1VQO A; 1NE8 A; 4F7U B; 2D9T A; 4D8K A; 3EFS A; 1T3L A; 2LMJ A; 5L23 A; 4D8D A; 3CME Q; 2NUP B; 5I2M A; 1UEB A; 2EWN A; 5FLX E; 5GAM f; 4J9F A; 2FB7 A; 5CR2 A; 1AWX A; 3M0T A; 4HKE A; 4J6W A; 4A53 A; 2VXF A; 4BAC A; 4FIB A; 3DLL A; 2P84 A; 4E7S A; 3CCU A; 2HQE A; 2L3S A; 1MGQ A; 2YWW A; 2RJC A; 4A4K A; 3JCM W; 4PFO A; 3EAE A; 1Y96 A; 3GOX A; 4OB1 B; 3G4S T; 4O6J A; 1FX7 A; 2KK4 A; 1YHQ A; 2RQR A; 1NEB A; 3HRT A; 1RI9 A; 4PFP A; 4IUQ A; 3CCS A; 3WVD B; 3OW2 A; 1Q7Y C; 5LJ5 d; 6AT1 B; 2E1H A; 1QVG A; 1IHV A; 1M3A A; 1NG2 A; 2K5F A; 3JCM Q; 3SWN B; 1HYO A; 1PM3 A; 2LC4 A; 4QVD A; 4BI4 A; 1VQK A; 4YTL A; 2CP3 A; 1D3B B; 3D7S B; 3RES A; 5KYY B; 4GLM A; 3C95 A; 5CIU A; 3OYM A; 5A0D A; 1Q86 U; 3CCU Q; 1NPP A; 3I9Q A; 3I5S A; 5LJ5 f; 2B86 A; 2K4Y A; 1BCO A; 4ANJ A; 3PIP A; 4HCB A; 4CC7 A; 2DLP A; 2KEA A; 2X51 A; 3VS0 A; 1YHQ Q; 2V8K A; 2X3W D; 3CCS Q; 3H9N A; 2CSQ A; 3OSV A; 1WHK A; 4RTU A; 4FSS A; 4LUD A; 2RO0 A; 2F1L A; 2DRK A; 1QVG P; 1K1Z A; 2X35 A; 4RUG A; 4N4I A; 4Y92 A; 4M75 F; 4RTT A; 1C1A A; 4M7D C; 1WYX A; 1VQ5 A; 1T3S A; 1YWO A; 4JJB A; 5I21 A; 3HRS A; 2YLB A; 2H3J A; 1VQK Q; 3VKI A; 9ATC B; 1PKS A; 3RKY A; 2GGR A; 2LJ1 A; 3CC7 Q; 2LX9 A; 4DBR A; 5IHK A; 1YI2 Q; 1KC8 U; 4M78 C; 2FL7 A; 4Z88 A; 4ZTJ A; 4JZ4 A; 1G2B A; 3FJ5 A; 2X4X A; 2LDM A; 3VS7 A; 2QAZ A; 2JJ9 A; 1MV3 A; 3C94 A; 5CAI A; 4R0K A; 1YIT A; 1VQ8 T; 4MZP A; 4DBH A; 3EHR A; 3OW2 S; 2VC8 A; 4J9E A; 4PJO E; 4BY6 C; 2QA4 Q; 4DA4 A; 5FRN A; 4OP0 A; 2QQS A; 4C0Z A; 1M5Q 1; 2LQN A; 2JXB A; 3KBG A; 1I1J A; 5IT9 E; 1QVG S; 2C0I A; 5FRO A; 4JDS A; 3U23 A; 3M57 A; 5GAN j; 4XK8 E; 4C8Q D; 4RTW A; 1EZZ B; 1QCN A; 3QHS A; 4Q5W A; 3AHU A; 1KD1 C; 1UE9 A; 2M51 A; 1IHW A; 1TG0 A; 3OSS C; 2E6Z A; 2VV5 A; 1WLP B; 3V7S A; 4GBQ A; 3CCL A; 3OMC A; 2PZ1 A; 2O31 A; 2CP6 A; 2EGA A; 1U8R A; 2R5A A; 1KJW A; 1Q81 U; 1Q82 U; 1M1K C; 2BUD A; 3EG2 A; 3NGP A; 2OTJ A; 3A5Z B; 1M1G A; 2L3Q A; 2BE7 D; 1PC0 A; 2EKO A; 4LNP A; 2Z0W A; 2RHY A; 3QJY A; 3QG1 A; 1TH7 A; 3M54 A; 3S3N A; 5C6S A; 5ECA A; 3UDC A; 3VS5 A; 5GAN e; 1NBE B; 4ZGD B; 2PU9 B; 3BY7 A; 5DM7 R; 2KVQ G; 3UAT A; 1JQQ A; 2L89 A; 5FW9 A; 1H92 A; 3UA6 A; 1FMV A; 5L8R E; 4FT4 A; 2EFI A; 3OY9 A; 1M90 C; 2RI2 A; 1HXD A; 3KUF A; 1VQ9 A; 3QZ9 B; 3QXE B; 4C0D C; 2AKL A; 4M7A G; 4KGV B; 5FU7 C; 2MYS A; 2HD0 A; 3NPF A; 3ULR B; 3TRE A; 2PQW A; 5LJ3 j; 3OYE A; 3ZFJ A; 5HY6 A; 5CO7 A; 4F7U E; 2OTJ Q; 3WXM B; 8ATC B; 1WPY A; 2HL3 A; 5GJW B; 1FMK A; 4IKF A; 2YHT A; 1VQN T; 3RNJ A; 2VGM A; 1ABO A; 4M7D B; 4MDX A; 1WHL A; 4M4Z A; 3R6O A; 4HCK A; 2X3X D; 2VWF A; 2QK0 A; 2MIO A; 1YIJ T; 4FCY A; 1JU5 C; 3DLM A; 2F2V A; 5I22 A; 1WDX A; 1SSF A; 2LJ0 A; 5GAO n; 2E65 A; 2DNU A; 5IN1 A; 4FSX A; 4M78 B; 3EGD A; 1BIB A; 2RK1 A; 4NL2 A; 1MMG A; 1TUD A; 1E6G A; 1Q86 C; 1VQ9 Q; 3PFS A; 1ZX6 A; 5LL6 S; 1WIE A; 1O75 A; 4M75 C; 1PHT A; 1VUB A; 5LJ3 e; 2RHX A; 3I5R A; 3JCM b; 2XK0 A; 2ZZD A; 2QQB A; 1QVF P; 2P4R A; 2F69 A; 3MEA A; 4XTW A; 3HP9 A; 4FW1 A; 3M59 A; 3A1P A; 4PJN A; 1VQL Q; 2QXF A; 2CT3 A; 5KYX A; 2DBK A; 1QKW A; 4BB7 A; 1HK9 A; 1I5O B; 4M75 D; 2KYB A; 4BY6 B; 2CP2 A; 3OS5 A; 5GAO p; 1QMC A; 4IUR A; 3RDV A; 5GMK m; 1BIA A; 2XDD A; 4OB0 B; 1OV3 A; 2PVG B; 4FW2 A; 1UFF A; 1JJ2 A; 1OEB A; 4M77 A; 2DIQ A; 1F1B B; 3F70 A; 4DEX A; 4RTY A; 1XNI A; 3MJX A; 1B34 B; 3PE0 A; 1Y7X A; 1KC8 C; 4Z02 A; 4AFU C; 1JBM A; 2DPP B; 2JNG A; 1TUC A; 3I55 A; 4JJN K; 2XD0 A; 3CCM T; 2K5L A; 3QBY A; 3UA7 A; 3V8K A; 1K73 C; 1XOV A; 3QPH A; 4FL6 A; 2C06 A; 2WAC A; 2QGG A; 4QKU A; 2VXE A; 3MCA B; 2K3Y A; 3EG3 A; 4HCZ A; 1BI1 A; 2O4X A; 3G1J A; 2MF2 A; 3UF4 A; 2P4T A; 3EH1 A; 2K79 A; 1AWW A; 3GIB A; 1WQW A; 1C6V X; 1K8A R; 5GAN 6; 1VYT A; 2KYM A; 2HL5 C; 1RAA B; 1GFD A; 2M0Y A; 3O8V A; 1WGS A; 2K3X A; 2XID A; 2MPX C; 1I4K 1; 1S72 A; 1M2V A; 3BFM A; 2KGT A; 2CGH A; 1SKU B; 4M77 G; 2NUZ A; 4C0D B; 1OZ3 A; 1OZ2 A; 3I55 Q; 3UT1 A; 4L6V 5; 5FU7 B; 4HVV A; 1YJ9 T; 1U1T A; 1Q81 C; 3X20 B; 1WJR A; 4JZ3 A; 1EFN A; 1R0C B; 4JPB W; 4AFS C; 4ZGE B; 2YUN A; 2IG0 A; 2YRD A; 2XIC A; 3M5A A; 4J9H A; 4N4G A; 2J6O A; 1W2B P; 1MND A; 2F2X A; 1G3T A; 3M9Q A; 3QWX X; 4WTO B; 4HVU A; 1FYN A; 1JJ2 S; 1YJN Q; 4M77 F; 5HCK A; 1UJY A; 3M4Y A; 1NEG A; 3QYG B; 3M55 A; 1RAF B; 2DYB A; 3CPW A; 3G7Z A; 2SRC A; 1YCS B; 3MEU A; 1HJD A; 2CKK A; 1PRM C; 5FU6 C; 3V7R A; 1GBQ A; 1M4Z A; 1Z9Q A; 3REB B; 4M75 B; 3PVL A; 2KT1 A; 3L2R A; 2GFA A; 1JRI A; 4IUT A; 3M0R A; 3RBB B; 5GAN d; 4MMK A; 2VUB A; 4C92 G; 2RQW A; 4N0A A; 2YUQ A; 4C0F A; 2IVW A; 2XHC A; 3TSZ A; 1VQO T; 1KQS A; 4AFQ C; 1NYG A; 1VQ7 T; 1VQ6 T; 4JS5 A; 2CT4 A; 1ARK A; 2DD5 A; 4M7A D; 2X4Y A; 1W2B S; 2RF0 A; 4PLL A; 2ATC B; 2KXD A; 4PFZ A; 2JUF A; 1VQP A; 4XTY A; 3FDR A; 5GAN f; 2PTK A; 1UG1 A; 1TWB A; 4E7Z A; 4RTV A; 2DET A; 3NHN A; 1BI2 A; 2LQK A; 2DKG A; 4Y91 A; 1ZSZ A; 3JCM X; 2JTM A; 3CCE Q; 4M7D E; 2XKO C; 2OTL A; 1ZQ1 A; 3OYH A; 1ZLM A; 2HKQ B; 3RKX A; 1WHM A; 2EYW A; 1OYX A; 2D8J A; 4IIM A; 4QVZ A; 5GAM h; 2OI3 A; 3LH5 A; 4V2S A; 1UTI A; 1M8V A; 4O5V A; 4M78 E; 3SFM A; 2KR3 A; 2CH4 W; 4CC4 B; 3GF5 A; 3JB9 H; 2L2P A; 4LDW A; 5LJ3 d; 3CPW S; 1RLP C; 2NUT A; 4OMO A; 3EHQ A; 3LGL A; 1VQM A; 2ZPE B; 2V8I A; 3REA B; 4XTU A; 2QI2 A; 2JW4 A; 1M1K U; 1X2Q A; 3VUB A; 3JB9 J; 3I56 A; 1AZG B; 3L1A A; 2LZ6 B; 4N4H A; 2W10 A; 2JM9 A; 4RCC A; 3GNF B; 3PTA A; 1YJW T; 1B07 A; 2B8A A; 1NLP C; 1N6A A; 1KQ2 A; 3EGX A; 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3E19 A; 4E7H A; 2NWM A; 4PJO G; 2KNB B; 3RKW A; 2BTT A; 1DJ7 B; 2E3H A; 2RH2 A; 2A37 A; 2LQ8 A; 4E7L A; 1QVP A; 1VIF A; 3M58 A; 3X26 B; 2CRE A; 2KRM A; 1WZO A; 4M75 E; 1ZSG A; 1X01 A; 2AZV A; 4J8O A; 3CCR T; 4EMK A; 4RTZ A; 3TU4 K; 4OMP A; 1G3S A; 1K8A C; 1K73 U; 2DZC A; 1BKB A; 4ELY C; 1JXO A; 1SHF A; 2EQU A; 2HBW A; 4A54 A; 3VRZ A; 2M16 A; 4ORZ A; 5FWC A; 2M1H A; 2EKH A; 5CKF A; 2DF6 A; 2FRW A; 4KH1 B; 1MMN A; 1PNJ A; 1V76 A; 4C8Q C; 3L2V A; 4PL6 A; 2HNI A; 4DOW A; 5CKD A; 3E2U A; 1RUW A; 4DBQ A; 1G8X A; 1D1A A; 2K9G A; 3NTH A; 3VUZ A; 4B6M A; 2EQK A; 3EGD B; 5GAM g; 1OOT A; 1NPR A; 1EX4 A; 4M7A A; 4ATO A; 1RAE B; 2EGC A; 3SHW A; 2E10 A; 3DB4 A; 2ECZ A; 5J39 A; 2JTE A; 2KRN A; 1JXM A; 2G6F X; 3FC3 A; 4IIO A; 5KYX B; 4OMQ A; 5GMK j; 3H41 A; 2PUO B; 3SWN A; 2I2L A; 4J6Y A; 4N0A C; 4A4G A; 3LLR A; 2EGE A; 4XTZ A; 2DL7 A; 2BE9 B; 2MCN A; 3VS1 A; 3G71 T; 2QGF B; 2WSC E; 1K9M C; 3MET A; 2ZPI B; 2D0Q B; 1RL2 A; 3V8L A; 3G4S Q; 1JO8 A; 1IB8 A; 1NLO C; 4DEY A; 1GCP A; 2DYI A; 4ESR A; 5KYY A; 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