The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
66
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structure length |
66
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Chain Sequence |
QSLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPSRPVSH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for RNA 3' End Recognition by Hfq
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PROTEIN HFQ
|
| molecule tags |
Rna binding protein
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| source organism |
Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
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| total genus |
17
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| structure length |
66
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| sequence length |
66
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-06-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF17209 | Hfq | Hfq protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1U1S A; 4XTW A; 3V7R A; 4M78 E; 1H64 1; 3JCM W; 4J6W A; 1HK9 A; 4C8Q D; 4C8Q B; 4C92 G; 4J5Y A; 3SWN A; 3JCM X; 5GAN j; 3EFS A; 1I81 A; 4M77 D; 4M77 B; 4XU3 A; 2EJF A; 1B34 A; 4WF2 A; 4M7D C; 4X9C A; 2RD1 A; 5CAI A; 4XTX A; 4PJO C; 5LJ3 f; 4F7U E; 1WNL A; 1WQ7 A; 5GAN 8; 5GAM g; 2DKG A; 1D3B A; 3BY7 A; 3RKX A; 5GAM h; 3JCM g; 4RCB A; 4XU0 A; 1M8V A; 3V8L A; 4M75 E; 1N9S A; 4A53 A; 1N9R A; 1U1T A; 4C8Q A; 2RA2 A; 5GMK h; 5GAO r; 2YLB A; 3JB9 J; 4M77 A; 1I5L A; 4DQ2 A; 3RIR A; 4V2S A; 3M4G A; 4M7A D; 5LJ5 g; 4M78 C; 2VXF A; 1BIB A; 2JN0 A; 2EJ9 A; 4N0A C; 2E1H A; 1D3B B; 5LJ3 j; 5LJ5 h; 1HXD A; 1WPY A; 4XU1 A; 2HNI A; 5GAN 3; 3JB9 D; 4M7D D; 2E41 A; 1MGQ A; 4C8Q F; 4JLI A; 4C92 E; 4PJO D; 2FYK A; 2DEQ A; 4M77 F; 4EMH A; 2E65 A; 2DZC A; 1BIA A; 3HFN A; 3JCM Q; 4M7A C; 3QUI A; 4M75 D; 3HFO A; 4J6X A; 5GAM d; 3RER A; 4X9D A; 1TH7 A; 3HSB A; 5GAO m; 2EWN A; 5GAN 2; 4OP0 A; 4QVD A; 2RM4 A; 3RKW A; 4C8Q G; 1Y96 A; 3JB9 I; 4M7A A; 3PGG A; 3JCM c; 2ZGW A; 3FIF A; 4M77 G; 2E64 A; 4M75 C; 5GAN g; 5GAN 5; 4M78 D; 4M7D A; 4M78 B; 1KQ2 A; 1I4K 1; 5GAN h; 5GAM e; 5GMK m; 3JCM h; 3GIB A; 4PJO A; 2Y90 A; 1JRI A; 5GAN 7; 3INZ A; 4JUV A; 1M5Q 1; 5GAN 6; 4XQ3 A; 4M7A B; 1Y96 B; 4EMK C; 2EAY A; 5DY9 A; 4M7D F; 3EFR A; 4C92 C; 5GAO q; 4HT8 A; 2EJG A; 5LJ5 e; 4M7D B; 4F7U B; 2VXE A; 4PJO F; 2YHT A; 2CGH A; 4PJO B; 4M78 A; 1YCY A; 5GAN 4; 4JRK A; 3JB9 H; 4N0A A; 4PNO A; 4M75 B; 1LNX A; 4MMK A; 4XTU A; 3SB2 A; 5GMK i; 4M7D G; 5LJ3 g; 5I21 A; 3JCM d; 2DJZ A; 5LJ3 h; 4C8Q E; 2E10 A; 4PJO G; 4HT9 A; 5GAM f; 4M77 E; 3RKY A; 4EMG A; 4NOY A; 4M78 F; 2DTO A; 4MML A; 4NL3 A; 3AHU A; 4A54 A; 4F7U A; 1I8F A; 5LJ5 d; 2DTH A; 4EMK B; 3V8J A; 4C92 D; 5GAN e; 4C92 B; 3V7S A; 5GAO p; 3SWN C; 4HA8 A; 3JCM e; 3BDU A; 3JCM b; 3FB9 A; 5GMK e; 1KQ1 A; 3QHS A; 3QO3 A; 4M75 A; 3L1A A; 4QVC A; 5GAO n; 2I2L A; 3BFM A; 3JCM V; 5LJ5 f; 4M7A F; 4M78 G; 5GMK l; 4XTY A; 4F7U F; 3JB9 F; 2K57 A; 3L2Z A; 3V7C A; 1JBM A; 5GAM j; 4JRI A; 5LJ3 d; 4J6Y A; 1LJO A; 2DTI A; 3V8K A; 2FB7 A; 3FJP A; 5GMK j; 4M7A E; 4M75 F; 4EMK A; 2DZ9 A; 4M7A G; 1WQW A; 4XTV A; 4C92 A; 4Y91 A; 1X01 A; 3VU3 C; 4C8Q C; 5GAN d; 4M7D E; 4RCC A; 2DXU A; 2QTX A; 4M77 C; 3RUX A; 4F7U G; 5LJ5 j; 3JB9 G; 4PJO E; 3JCM P; 5LJ3 e; 3SWN B; 2YLC A; 3RES A; 1LOJ A; 2VC8 A; 4NL2 A; 5GAN f; 4XTZ A; 3JCM J; 1B34 B; 4M75 G; 5GAO l; 3JCM f; 3BW1 A; 4C92 F; 3QSU A; 2DVE A; 2DXT A; 2RB6 A; 4XU2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YWO A; 4J6W A; 4Z88 A; 4JLG A; 5CIU A; 3CBP A; 5CKB A; 3JCM X; 3EFS A; 1JXM A; 2DIL A; 3NPF A; 3TSZ A; 1I0C A; 1SHG A; 2RHU A; 4Q5W A; 4C5I A; 4Y92 A; 7AT1 B; 3VS1 A; 3G7Z A; 5FLX E; 4CI0 C; 2V8I A; 2RO0 A; 2K3B A; 4DOW A; 2DPP B; 3CD6 A; 3LGF A; 1KSW A; 4GBQ A; 3O5Z A; 4RG2 A; 4E2F B; 3OBY A; 1BB9 A; 1T0H A; 2BZY A; 2XDP A; 5GAN 2; 4QW2 A; 1VQP A; 2RM4 A; 5J26 A; 2GTJ A; 4RTX A; 3PGG A; 2DL4 A; 2E64 A; 2K5F A; 4PL6 A; 3OW2 S; 4ORZ A; 1TS9 A; 5GMK m; 1WJS A; 3S3N A; 1QKW A; 3EFO A; 4HCK A; 1ZUY A; 2ZPE B; 3CBM A; 3INZ A; 4PKC C; 1BBZ A; 5CKE A; 3QG1 A; 3KXT A; 2QQ9 A; 1TUG B; 1Q7Y R; 1HYO A; 1KC8 U; 2PTK A; 4J9I A; 4M7D B; 4MDX A; 2KR3 A; 2RHZ A; 3MEA A; 4M75 B; 2E70 A; 3OYI A; 4PJO G; 3I56 T; 1QVF A; 1I8F A; 1PHT A; 2L5Q A; 1JQQ A; 4HA8 A; 1KQ1 A; 2E12 A; 4E7Z A; 5LJ5 f; 5IHN A; 4E6R A; 4A4E A; 3J7A F; 3L2Z A; 2DTI A; 1TUC A; 2J7I A; 5KYY A; 2DZ9 A; 1WQW A; 2ED1 A; 5GAN d; 1VA7 A; 1NYF A; 3G1J A; 1VQ6 T; 5KYX B; 2QTV A; 3H0F A; 2KY9 A; 1MMD A; 1NLO C; 4XTZ A; 3QJY A; 4R0K A; 2RJD A; 3OSV A; 1K8A R; 3VS6 A; 2JXB A; 3LGL A; 4BI3 A; 4FSX A; 4FT2 A; 4XU3 A; 4CC3 A; 1K73 C; 5KYW B; 1QKX A; 1WNL A; 4OB1 B; 4YTL A; 5GAM h; 4RCB A; 5A2Q E; 3H41 A; 4RG8 A; 3VYG A; 3M4G A; 3R6N A; 1RUW A; 1QMC A; 1D3B B; 3QZ5 B; 2FYK A; 1OZ3 A; 4M7A C; 1R0C B; 3CPF A; 1NZ9 A; 4J7I A; 2DK3 A; 2YUQ A; 2K2V A; 2P4R A; 2COZ A; 4M7D A; 4O5V A; 5GAN h; 2K3Y A; 4AFZ C; 4AG2 C; 3L2R A; 2XHC A; 2JTM A; 1PWT A; 1VQ7 Q; 1Q82 U; 2PZ1 A; 3CCV A; 4C92 C; 3G71 Q; 3GNG A; 1BCM A; 1KQS A; 2CGH A; 3MEU A; 3OYM A; 2HSP A; 1TSF A; 4JJB A; 2M0O A; 1S72 T; 4C8Q E; 4A4F A; 1OPL A; 1Q7Y C; 3OYJ A; 3PFS A; 1ZHI A; 3MP1 A; 4C92 D; 2O9S A; 1YI2 A; 3CCE Q; 2ROT A; 1UB4 A; 4FYV B; 5HKC A; 1H92 A; 2QQB A; 3MPU B; 4B6M A; 1AWW A; 4LN2 A; 3C0C A; 2C06 A; 1Q81 R; 1Q86 R; 4JRI A; 3V8K A; 4MZM A; 3L2U A; 2EYX A; 5EC7 A; 2HQH A; 2OAU A; 3VRZ A; 1PRM C; 2MYS A; 4RTY A; 5IT9 E; 3M55 A; 3RUX A; 1QVG S; 3CCR A; 4NL2 A; 1N5Z A; 3M0T A; 3NTH A; 3C95 A; 4C5E A; 3FLG A; 1YFN A; 1VQ9 A; 1BI0 A; 2LRQ A; 4JJD A; 1YJ9 T; 1QVF S; 2D6F A; 4JPB W; 1I5O B; 1QP2 A; 1K8A C; 3ASK A; 1D3B A; 1VQK Q; 2BTT A; 3M59 A; 1SPK A; 2AHJ B; 2RA2 A; 1OV3 A; 3BDL A; 2QI2 A; 1ABO A; 4R56 A; 3S3M A; 4LUD A; 4JZ4 A; 2LTO A; 5GAN 3; 3JB9 D; 3A8L B; 1ZX6 A; 1PSE A; 1AVZ C; 2LQK A; 2RI2 A; 1UGV A; 2XU8 A; 2FZK B; 1YJN Q; 5AT1 B; 2DZC A; 2F5T X; 1OU8 A; 1E6G A; 1OX8 A; 2ECZ A; 2E6N A; 2ESW A; 4XK8 E; 3SHW A; 2RI3 A; 5CKH A; 2A7Y A; 2WAC A; 3CCQ Q; 1RAA B; 2ENM A; 1BYM A; 5GAN 7; 2GQV A; 4L6V 5; 4EMK C; 1RI0 A; 4KUL A; 5GAO q; 1RAD B; 1QCF A; 5CKF A; 3SDZ A; 3VKI A; 3H0H A; 1WZO A; 3C94 A; 5ECA A; 1BKB A; 4PNO A; 5GMK i; 1T3L A; 1F1B B; 3CME T; 3DB4 A; 1RAG B; 4JZ3 A; 4P5N A; 3L2Q A; 1ZSZ A; 4EMG A; 2MIO A; 4RTZ A; 4DEX A; 3CC2 Q; 3A8G B; 3EG2 A; 2P0Q A; 1IRE B; 3JB9 J; 3CCJ T; 1OUL A; 1M90 R; 1Q82 R; 4M7A F; 3OS2 A; 2V1R A; 4J9F A; 5CVI A; 1W2B A; 1Y57 A; 2DA9 A; 3VU3 C; 1PKT A; 3NFC A; 4PJJ A; 8ATC B; 1M3C A; 3RES A; 2VC8 A; 1Q81 C; 1Q86 C; 2QDY B; 3MKD A; 2RHY A; 4C92 F; 1VQ8 T; 3QSU A; 1VQM T; 3CEY A; 4CC4 B; 1B3Q A; 1YJW A; 3CPW P; 3E9F A; 4PJN A; 5LJ3 f; 4F7U E; 2Y4Y A; 2FEI A; 3ZBD A; 1YIT T; 3CCM A; 1VQN A; 2P0K A; 4C8Q A; 2DER A; 2RMO A; 1XJW B; 3CC7 Q; 3VS0 A; 2E1H A; 1VQ5 T; 2OTJ Q; 2E41 A; 3MO8 A; 5IH2 A; 3I5S A; 2DYI A; 1VQL Q; 4X9D A; 2CP0 A; 2YUP A; 2DE0 X; 1QWE A; 3IQL A; 1YIJ T; 5HCK A; 2JVV A; 4J9G A; 4M77 G; 4OMO A; 1MND A; 3EG3 A; 3JCM h; 1M1G A; 4RUG A; 3HTR A; 2EYY A; 4JUV A; 1G83 A; 1MMG A; 1CKB A; 1SG5 A; 3G6E T; 2HAX A; 4ZGE B; 2X4J A; 2J6F A; 1NM7 A; 1NJI R; 1CKA A; 5M9O A; 4C5G A; 1VQO A; 3OYH A; 1UJY A; 3ULR B; 5AYF A; 2EQI A; 1IXD A; 1YHQ A; 4M78 G; 1IGQ A; 3RBB B; 3CC4 A; 5FU6 B; 1RLQ C; 2HEQ A; 9ATC B; 4B9W A; 2X4X A; 2CZ6 B; 1TUD A; 1K1Z A; 3DKM A; 3QYG B; 1M90 C; 1Q82 C; 4IIM A; 3NTK A; 1OPK A; 5IHI A; 3A1P A; 3URG A; 2JM8 A; 2OTL Q; 4F17 A; 1K73 U; 3CCL T; 4BY6 B; 2JM9 A; 2RJC A; 1VQ4 Q; 2OI3 A; 1ZA1 B; 4XU2 A; 2EIF A; 4Z89 A; 4E7S A; 2WSE E; 4JDS A; 4AFS C; 2E3H A; 3JAM E; 1WHG A; 4FU6 A; 1QVP A; 1NEG A; 3CQT A; 4M77 B; 3LLR A; 3CCU T; 4M7D C; 1X43 A; 2YRV A; 3EG1 A; 3TSW A; 1QQJ A; 4DOV A; 2LCS A; 1ZUU A; 4XU0 A; 3BE3 A; 1W1F A; 2LMJ A; 2SRC A; 2L0A A; 2YLB A; 4V2S A; 3I55 T; 2XI9 A; 3GP8 A; 3CXC S; 4M7D D; 3NMZ C; 1YBY A; 4JLI A; 2RHI A; 5A0L A; 3HFN A; 3OW2 A; 4M75 D; 1TH7 A; 5GAO m; 2EWN A; 2LT4 A; 2QYZ A; 4A4K A; 1NLP C; 5KYN A; 4JJC A; 4M78 B; 2W10 A; 2HZY A; 3DLM A; 1UDL A; 4JS5 A; 4ANJ A; 4ELZ C; 4ZN1 A; 2V8K A; 3EFR A; 2CSQ A; 3LH0 A; 3MET A; 4N4G A; 2QA4 T; 4CRI A; 3CMA A; 1Q7Y U; 2JTE A; 1SKU B; 5CQY A; 4J9B A; 3J81 E; 1R77 A; 4PFP A; 4JJN K; 2E10 A; 1JU5 C; 5GAM f; 4FYX B; 5HY6 A; 4F7U A; 5FWB A; 2V8J A; 2BE9 B; 5KYU B; 1OEB A; 3UA6 A; 2DIQ A; 5FW9 A; 3JCM b; 1NJI C; 3QO3 A; 4GLK A; 2RQR A; 5GMK l; 2KNB B; 1IO6 A; 3V7C A; 3MEW A; 1GCQ C; 3LWI A; 1WIE A; 2ZPG B; 3QWX X; 2JUF A; 1X75 C; 1M1K R; 1AWO A; 2QTX A; 3UWN A; 5LJ5 j; 4D8D A; 1OX9 A; 1X2K A; 5GAN f; 2CUB A; 3HKS A; 4KGZ B; 1YCS B; 3E19 A; 2IG0 A; 1D0X A; 3JRZ A; 2QQA A; 3OYL A; 1PKS A; 2EKO A; 4OML A; 1VQ4 A; 4ZGJ B; 3QYH B; 2NWM A; 4RTV A; 2BE7 D; 3Q1J A; 4X9C A; 3VJP A; 2RD1 A; 1KJW A; 2QAS A; 3A8M B; 3G4S A; 1VQ6 Q; 1AZG B; 1N8R U; 1EIF A; 4M75 E; 3M57 A; 4HCB A; 2RQT A; 2EVR A; 1YN8 A; 4HVW A; 1KHC A; 2GTO A; 4PFO A; 1U5S A; 3GLX A; 4KUD K; 1ACM B; 1ZSZ C; 3VUZ A; 2KRO A; 5D7U A; 1G3T A; 2EQJ A; 1RL2 A; 1SSH A; 2XMF A; 4QVD A; 1VIF A; 4C0D B; 2J06 A; 3MHX A; 1WDX A; 2VB6 A; 2DIG A; 5FU7 B; 1W70 A; 3MP6 A; 5KH6 A; 3UPU A; 3GIB A; 3R6O A; 2MCN A; 2KT1 A; 3PVL A; 2B86 A; 4ME7 A; 2LC4 A; 2D8H A; 4M7D F; 3GNF B; 2YUN A; 5LJ5 e; 2CRE A; 3JB9 H; 3M53 A; 1X27 A; 3EH2 A; 2FRY A; 3ZEH A; 5HK3 A; 2PNI A; 1NPR A; 4NL3 A; 3CD6 T; 2E4H A; 4LXC A; 3GBQ A; 4A63 B; 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4EDU A; 2OJ2 A; 5LL6 S; 3VV0 A; 1XTD A; 3QDF A; 4K11 A; 4M75 A; 2IPO B; 1UGS B; 1TXQ A; 1M90 U; 2CZ7 B; 2PUO B; 2HQX A; 1D1C A; 3GOX A; 1KQS P; 4FT4 A; 4LNP A; 2KT8 A; 3UF4 A; 2EGE A; 1IZ6 A; 3CME Q; 4KT0 E; 2DD4 A; 2CZ0 B; 3JCM f; 1TOV A; 3CCV T; 1ABQ A; 2JNG A; 3V8L A; 1NYG A; 2R58 A; 2EGA A; 3MJX A; 5KYX A; 1KD1 U; 3ME9 A; 3OQ5 A; 4E7I A; 3REB B; 2CH4 A; 2LQN A; 4EIK A; 1YI2 T; 3RKX A; 2LJ0 A; 3UAT A; 1K76 A; 2ZZD A; 2M1H A; 1VQ8 Q; 5KYW A; 3OYA A; 1UGR B; 3HP9 A; 1VQM Q; 2EJ9 A; 1FYN A; 5LJ3 j; 2M9U A; 4C8Q F; 2ED0 A; 2KRN A; 4EMH A; 2D1X A; 3VYH B; 3QUI A; 1TU0 B; 3CCR T; 1PCX A; 2VKN A; 4IUV A; 1NPP A; 2ZPF B; 1IHW A; 1OU9 A; 1Z9Z A; 4KBM B; 1AOJ A; 2YDL A; 3M4Y A; 2DX1 A; 2ZGW A; 1C0M A; 3FJ5 A; 2Z0W A; 2K6D A; 5EG2 A; 4PJO A; 3NGP A; 1VQ9 T; 1JRI A; 4DA4 A; 4LUE A; 4BY6 C; 1UGQ B; 4EPC A; 1DJ7 B; 2DBM A; 1N8R C; 2HKN A; 2A08 A; 1SRL A; 2FPD A; 2K3X A; 2YUO A; 3QBY A; 1NJI U; 1YIJ Q; 2AZV A; 3OSS C; 4IKF A; 1WHH A; 4JRP A; 2HBW A; 3OYB A; 4IUR A; 1WHL A; 3V8J A; 4C5H A; 1ZUK A; 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