The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
66
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structure length |
66
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Chain Sequence |
QSLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPSRPVSH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for RNA 3' End Recognition by Hfq
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PROTEIN HFQ
|
| molecule tags |
Rna binding protein
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| source organism |
Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
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| total genus |
17
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| structure length |
66
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| sequence length |
66
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-06-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF17209 | Hfq | Hfq protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5GAM f; 3EFS A; 3QHS A; 4M7A D; 4X9D A; 3RIR A; 4NL3 A; 3RES A; 2DTO A; 3JCM e; 4MMK A; 5LJ5 d; 2RD1 A; 3SB2 A; 4HA8 A; 4X9C A; 4M78 E; 1I4K 1; 4M78 B; 4XU3 A; 5GMK i; 4RCC A; 3V7C A; 5GMK l; 4F7U B; 2DKG A; 5LJ5 e; 4XU2 A; 3JCM W; 3GIB A; 4HT9 A; 4M7A F; 1N9S A; 5GAO r; 2QTX A; 1WPY A; 4M75 E; 3JB9 G; 5GAN 5; 3V8K A; 1HXD A; 5GAM j; 5LJ5 f; 4M7D C; 4M77 E; 4JRI A; 4EMK C; 3JCM b; 3SWN B; 4M7D G; 1M5Q 1; 3JCM d; 4V2S A; 5LJ3 g; 3EFR A; 3FJP A; 1D3B B; 3L2Z A; 3V7R A; 3V8L A; 4C8Q E; 4C92 E; 5LJ3 h; 4M75 A; 1I5L A; 3JCM V; 4QVC A; 3JB9 D; 4XTY A; 4QVD A; 2DEQ A; 1WQW A; 4J6X A; 1B34 A; 3HFN A; 4M7D D; 4XQ3 A; 2FYK A; 2I2L A; 2RA2 A; 3RER A; 3V8J A; 5GMK h; 4PJO A; 2YHT A; 3JCM g; 4A53 A; 5LJ5 j; 5GAO n; 2VC8 A; 3RKX A; 1U1S A; 3JB9 F; 4XU1 A; 2E65 A; 1KQ1 A; 1U1T A; 4Y91 A; 1H64 1; 4PJO D; 2JN0 A; 4M7D F; 2ZGW A; 4M7D B; 1Y96 B; 4EMK B; 4F7U E; 5GAN g; 4M7A B; 2DXU A; 5GAN h; 5GAO m; 5GAN 2; 4M75 C; 4M78 A; 2FB7 A; 4N0A C; 4M75 G; 2E64 A; 4WF2 A; 4PJO F; 4M77 C; 3M4G A; 2RM4 A; 3BDU A; 2YLB A; 5GAN 7; 3JB9 H; 5LJ3 f; 4C92 C; 4C8Q C; 1TH7 A; 3QO3 A; 4C8Q G; 4EMG A; 4N0A A; 5GAM g; 2E1H A; 4M77 A; 5GAM h; 4PJO C; 4PJO G; 1JRI A; 5GAN 4; 3JB9 J; 1D3B A; 4M75 D; 3RUX A; 4C8Q A; 4C92 A; 5GAN 6; 3HSB A; 4M77 D; 1LNX A; 2EAY A; 4NL2 A; 4C92 D; 5DY9 A; 4C8Q D; 3JCM h; 2HNI A; 4XTZ A; 2K57 A; 2DTH A; 3JCM c; 4XTW A; 3V7S A; 4XTU A; 5LJ3 j; 1WQ7 A; 4M75 F; 2Y90 A; 3JCM Q; 5LJ5 g; 3QSU A; 4M7D E; 5LJ3 d; 1HK9 A; 4J6Y A; 4M78 C; 3VU3 C; 4M77 F; 5LJ5 h; 3FIF A; 3BFM A; 2RB6 A; 4M78 G; 4XTV A; 4RCB A; 5GAN f; 1KQ2 A; 4M7A E; 4A54 A; 4C92 F; 1B34 B; 4C8Q F; 2DZC A; 5LJ3 e; 1I81 A; 3L1A A; 2EJG A; 1BIA A; 4F7U A; 1BIB A; 1X01 A; 4PJO B; 1LOJ A; 4M7A A; 5I21 A; 4M77 G; 3INZ A; 2YLC A; 3JCM P; 1WNL A; 4M78 D; 4C92 G; 2EJF A; 3BY7 A; 5GAN 8; 3RKY A; 3AHU A; 5GMK e; 3SWN A; 1JBM A; 3JCM X; 1YCY A; 3JB9 I; 4XTX A; 5CAI A; 5GAN j; 4HT8 A; 1M8V A; 5GAN d; 4J5Y A; 2VXE A; 1MGQ A; 2DTI A; 4M78 F; 2EJ9 A; 2E10 A; 3JCM f; 2DZ9 A; 4OP0 A; 4F7U F; 3HFO A; 4JRK A; 5GAO p; 5GMK m; 5GAN e; 2DXT A; 4XU0 A; 4EMH A; 4NOY A; 4JUV A; 4M75 B; 4DQ2 A; 3PGG A; 2CGH A; 1I8F A; 4JLI A; 2EWN A; 5GAO l; 4PNO A; 2VXF A; 4M77 B; 3RKW A; 3JCM J; 4M7A C; 5GAM d; 4F7U G; 1N9R A; 3BW1 A; 4C92 B; 4C8Q B; 4M7A G; 5GMK j; 2DVE A; 4M7D A; 1LJO A; 5GAO q; 1Y96 A; 4EMK A; 5GAN 3; 2E41 A; 3FB9 A; 5GAM e; 3SWN C; 4PJO E; 4MML A; 4J6W A; 3QUI A; 2DJZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WHG A; 2NLU A; 3OYY A; 3QJY A; 3PIO A; 1BI3 A; 1KSW A; 3CME Q; 3CD6 T; 3E19 A; 4MDX A; 3GNG A; 3T9N A; 2R5M A; 5I2M A; 5M9O A; 2D1X A; 1YIJ Q; 5HKC A; 3JCM b; 3OYD A; 2EBP A; 4J7F A; 2JZ2 A; 2DA9 A; 3G6E A; 3V7R A; 4ZNX A; 1Q95 G; 2EW3 A; 4QVC A; 1N6A A; 2PQW A; 5KYW A; 1B7T A; 1Q86 R; 5A0D A; 1Q86 C; 2RA2 A; 2C0O A; 2XDD A; 1JXO A; 2VC8 A; 1O9S A; 1K8A U; 2OTL T; 1U1T A; 2JN0 A; 2LX9 A; 2W10 A; 5GAN g; 1E7O A; 1KQS P; 2JW4 A; 2HQX A; 3CPW P; 3CBP A; 5IHK A; 1SHF A; 2X3W D; 4EMG A; 1VQ5 Q; 2FRY A; 3ZBD A; 3JB9 J; 3S6W A; 2K5I A; 2RQW A; 2JTE A; 3VS6 A; 3MJX A; 1TS9 A; 1X43 A; 1PD0 A; 2QEX Q; 1RAB B; 1JJ2 P; 2ZZD A; 1RL2 A; 2AT1 B; 2A0F B; 2PTK A; 3VU3 C; 1G8X A; 3JAM E; 1JEG A; 1OX8 A; 2COZ A; 4C92 F; 4C8Q F; 4ATO A; 2DF6 A; 3AT1 B; 3TCJ A; 3OS5 A; 4E7S A; 2OJ2 A; 3M4Y A; 4EDU A; 1YN8 A; 3G6E T; 1OZ2 A; 4A4E A; 4ELZ C; 2HD0 A; 4ORZ A; 3UA7 A; 2NUT B; 4JRQ A; 5CKD A; 1BU1 A; 4JS4 A; 1GBQ A; 4F7U G; 4Z8A A; 4ZGD B; 1WIE A; 1ZSZ C; 3A5Z B; 1NLO C; 1U5S A; 2HBW A; 1SPK A; 3OYE A; 2D9T A; 1QVF S; 2RD1 A; 4BE1 A; 3CXC P; 1OYX A; 1UJY A; 4HA8 A; 1K0X A; 4RCC A; 5LJ5 e; 3GIB A; 4M7A F; 3REA B; 2DM1 A; 3OYA A; 1TG0 A; 2VAS A; 2QK0 A; 1UG1 A; 2IPO B; 3CCL A; 2HL5 C; 2VKN A; 2RJD A; 4OMO A; 4HVW A; 1FWZ A; 2FYK A; 2M02 A; 5KCO A; 1BKB A; 4Y28 E; 1VYU A; 4IUP A; 3RDV A; 2X35 A; 8ATC B; 5FWB A; 4F7U E; 3OMC A; 3VRZ A; 2A37 A; 1I5O B; 2KAF A; 1VYT A; 3M0U A; 2Y4X A; 5FU6 C; 3OQ5 A; 1YJ9 Q; 5GAM h; 1WX6 A; 4LDY A; 4BDY A; 3RR6 A; 1GFC A; 4XTZ A; 1AWO A; 4E7J A; 1WQ7 A; 2A28 A; 2R58 A; 2PNI A; 3LWH A; 2RB6 A; 2DFU A; 3CCS A; 2JT4 A; 1OPL A; 5LJ3 e; 2HAX A; 3LGL A; 2VWF A; 4F7U A; 3G7Z A; 1HJD A; 3OYC A; 3AHU A; 4ZN3 A; 2NYS A; 3UA6 A; 1YCY A; 3CD6 Q; 5GAN d; 2LQN A; 1IZ6 A; 5GAO p; 1JU5 C; 1KC8 R; 2DXT A; 1D1A A; 4EMH A; 1KC8 C; 2QGF B; 3SDZ A; 2OX7 A; 3GBQ A; 3A98 A; 4JZ3 A; 2DVE A; 2E41 A; 4AFQ C; 1YJN Q; 2W0Z A; 3MHX A; 3CBO A; 2EYX A; 2DJZ A; 1JB0 E; 3EGD B; 1RAF B; 2OTL Q; 4C0Z A; 3L2W A; 1UTI A; 3SB2 A; 1S72 Q; 2XID A; 1PD1 A; 1X2Q A; 1QVG P; 3KBG A; 2C0T A; 2HEQ A; 3JB9 G; 2OTJ T; 4EIK A; 2GTO A; 2J05 A; 5IAY A; 5C0M A; 3EFR A; 3OSS C; 4OF1 A; 3EG1 A; 2MPX C; 2DPP B; 1AEY A; 2D0Q B; 3JB9 D; 2J7I A; 4HVV A; 1IO6 A; 2FHD A; 4KRT A; 5KYU A; 5FRO A; 4PJO D; 3M0R A; 2KE9 A; 4IUR A; 2DXU A; 3QZ9 B; 1FMK A; 3L2U A; 4ESR A; 2E64 A; 1KK7 A; 2CT3 A; 1BK2 A; 2BE7 D; 5LJ3 f; 3CCE T; 2BZY A; 1VIF A; 5D6W A; 4PLL A; 3HRT A; 2ZAE A; 1K9A A; 2M51 A; 5CQY A; 4CRI A; 2EYW A; 4JLG A; 3CC2 A; 1VQ4 T; 4J9E A; 4MZP A; 1HK9 A; 2E5Q A; 4M77 F; 5KYW B; 2YUP A; 4F14 A; 4O5V A; 2BUD A; 5C6S A; 1K1Z A; 1X01 A; 3INZ A; 2K3X A; 3ZL7 C; 2HMA A; 3I56 A; 2GFU A; 3HP9 A; 2E70 A; 1X69 A; 2O9V A; 4CC2 A; 2H3J A; 5CCA A; 2COY A; 2EJ9 A; 2LJ1 A; 4OP0 A; 3DB3 A; 3LLR A; 1FXX A; 2KR3 A; 2V26 A; 5HCK A; 1YJW A; 1AZE A; 4XK8 E; 1X6G A; 2RQU A; 1TWB A; 4EMK A; 1KQS A; 2JS0 A; 3MET A; 3CPW A; 3NFC A; 1IRX A; 1X6O A; 3CME A; 2LQK A; 5GAM f; 4PJL A; 1D0X A; 1YWP A; 2DTO A; 1WDX A; 2F69 A; 1AT1 B; 4OVA A; 5HK0 A; 1C0M A; 2ED1 A; 2HKQ B; 1YIJ A; 3OBW A; 3CCM T; 2XKO C; 2DL3 A; 1TTH B; 2GCX A; 5KE3 A; 1HSQ A; 2VGN A; 2YRC A; 2KVQ G; 3OYI A; 4BY6 C; 1Q82 C; 1G83 A; 4JPB W; 2NUP B; 1V1C A; 2JOY A; 1U1S A; 3NTI A; 5KH6 A; 3HTR A; 1YIT Q; 4B9W A; 1WJR A; 1BCO A; 2GTJ A; 2FVU A; 5GAN 2; 1CKA A; 2WSF E; 3F70 A; 3VRY A; 4M75 G; 1VQ5 A; 1QQJ A; 2MMP A; 3ASK A; 1WFW A; 3OYJ A; 3WVE B; 2M1H A; 1VQM T; 5AT1 B; 4AMC A; 1JRI A; 4M75 D; 4LD6 A; 2QXF A; 4OMQ A; 2EPD A; 2QEX A; 4OB2 B; 2RI5 A; 2LJ3 A; 3QYH B; 4J9D A; 2MK5 A; 2YXY A; 3EG2 A; 1QCF A; 5LJ3 j; 1VQP T; 3CME T; 1G2B A; 2X4W A; 1ZLM A; 1M1K U; 2DMO A; 2LTO A; 1RAD B; 2X4J A; 5CQX A; 2QDL A; 2WSE E; 1MV0 B; 1NEB A; 1PRM C; 2JM9 A; 4C0G A; 1V76 A; 2E12 A; 2JXB A; 3BE3 A; 4ZN1 A; 2EYZ A; 2D8H A; 3HRU A; 3VS4 A; 1G3W A; 3LX7 A; 2ZPG B; 5D7U A; 4LUE A; 4J5Y A; 2L3S A; 2RI3 A; 3PMI A; 2E10 A; 4II1 A; 3H8Z A; 1D0Y A; 5GAN e; 2OTJ Q; 3THK A; 3CPF A; 2K6D A; 3PT9 A; 5EG2 A; 4FSX A; 1OOT A; 3HHT B; 1Q7Y R; 4MML A; 2M0Y A; 2FO0 A; 3G71 T; 1QKW A; 1RAE B; 1MMA A; 2EIF A; 4X9D A; 4D6W A; 1I1J A; 2RQV A; 2L8D A; 3NTK A; 1NYF A; 4HT9 A; 2KGT A; 2DKG A; 3TQ7 P; 4F7U B; 3MO8 A; 1K9M R; 1K9M C; 5GAM j; 1BI2 A; 4DOW A; 4M7D G; 1M5Q 1; 2PUK B; 2FPD A; 3CCE Q; 4M75 A; 1I5L A; 1XTD A; 3DLM A; 1WLP B; 2ZPB B; 4C5E A; 4M7D D; 3P8D A; 5IHN A; 1Q7Y U; 4X1V A; 3H6Z A; 4KGX B; 2COW A; 2F5K A; 1VQ4 Q; 3SHW A; 4FL6 A; 5KCH A; 4RKU E; 2MWP A; 5CR2 A; 1PC0 A; 5GAO m; 2AZS A; 2M9U A; 2BZ8 A; 2EGA A; 3MP6 A; 2RJC A; 1YJ9 A; 2EKO A; 2RHU A; 1ZBX A; 3LWI A; 1TH7 A; 1TSF A; 4A4F A; 2KXD A; 1RLQ C; 1UGR B; 1D1B A; 4FT4 A; 3VS0 A; 2CH4 A; 4B9X A; 2EAY A; 1ZSG A; 3L2Q A; 1MND A; 3JCM c; 1B07 A; 3V7S A; 4XTU A; 4R55 A; 2XDP A; 3QSU A; 4M7D E; 4J6Y A; 5GAN f; 2DBK A; 2AKK A; 4JJD A; 3CC4 Q; 1KJW A; 5CKH A; 2LCL A; 2RK2 A; 1BIB A; 2K5F A; 5KYU B; 1PM3 A; 3LGF A; 2L5Q A; 2EJF A; 3CD6 A; 2QAZ A; 1IB8 A; 1GCQ A; 1QKX A; 3CCM Q; 2KBT A; 1AWJ A; 2QA4 Q; 1Y71 A; 2GQV A; 1CKB A; 1VQO Q; 2AHJ B; 3E9G A; 5A2Q E; 3C4S A; 4M7D A; 4OGE A; 3QUI A; 4J9H A; 2OTL A; 1D09 B; 1TUG B; 1WHK A; 2HKN A; 1S72 A; 3CCV T; 2XD0 A; 1VOM A; 2LT1 A; 3JCM W; 4RTW A; 4OMM A; 2VV5 A; 3P8B B; 2DD4 A; 3MCA B; 2V1R A; 5GJV B; 4DBH A; 1VQM Q; 4BD3 A; 2A7Y A; 3PIP A; 1K8A R; 2I2L A; 3OSV A; 1K8A C; 2YHT A; 5CVI A; 4A53 A; 1VQP Q; 2E65 A; 1KQ1 A; 2OAU A; 1PSE A; 2D0N A; 4J8O A; 4FYV B; 4EMK B; 2ECZ A; 2CZ6 B; 2DIG A; 4WF2 A; 3UPU A; 1GRI A; 3MEA A; 4EPC A; 2PZ1 A; 2DL5 A; 1S1N A; 5IH2 A; 4C8Q G; 4N0A A; 1BBZ A; 1NPR A; 4IUT A; 1VQK T; 1KIK A; 1YJN T; 1NLP C; 4PJM A; 4C92 D; 4C8Q D; 1ZQ1 A; 1M2V A; 1U3O A; 3QDF A; 1YFN A; 4E7Z A; 1S72 T; 2KT8 A; 4M78 C; 5LJ5 h; 2RK1 A; 3BFM A; 3CC7 Q; 1AVZ C; 3QWX X; 2K3B A; 2EJG A; 2DBM A; 3I5S A; 1A0N B; 3G71 Q; 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4WTO B; 2EQU A; 2RF0 A; 4RTX A; 5J26 A; 2OTJ A; 4FIB A; 2R57 A; 3KUF A; 4CC7 A; 2DTI A; 4F7U F; 1WHL A; 4XU0 A; 1MV3 A; 4NOY A; 1YIT T; 4JLI A; 2XMF A; 2CP5 A; 2K5L A; 4RTV A; 5DLQ E; 2P0Q A; 3EH2 A; 3QKJ A; 2GNC A; 1HYO A; 3VS5 A; 2JMC A; 2P84 A; 2G3R A; 1QP3 A; 4RTZ A; 4M78 B; 1G3Y A; 1R0B G; 3TVT A; 1NM7 A; 2AKL A; 2QTX A; 3CCE A; 4DBQ A; 5LJ5 f; 1NJI U; 2BE9 B; 4MZT A; 3V8L A; 2NWM A; 1M1G A; 3CMA Q; 1YBY A; 2MIO A; 1U8R A; 1VQK Q; 3GP8 A; 4L6V 5; 1RUW A; 2RHI A; 5L8R E; 2ZCF B; 1VQ4 A; 2E6Z A; 5FW9 A; 4OMN A; 4FU6 A; 4OGC A; 3X20 B; 4LE9 A; 2L0A A; 1PG5 B; 4M7D B; 3DB4 A; 1M3B A; 2L89 A; 2EFI A; 3EG3 A; 3FJ5 A; 2FB7 A; 2YT6 A; 2XI9 A; 5FLX E; 1N8R U; 2KNB B; 2RMO A; 4PJO G; 1BI1 A; 1D3B A; 2HBP A; 3ER0 A; 4M77 D; 2X51 A; 1MMG A; 2P0K A; 1AHJ B; 3CCU Q; 5DY9 A; 2DRM A; 2K57 A; 1VQ9 Q; 2KYM A; 3M59 A; 4GLK A; 3MP1 A; 1M9S A; 3M9Q A; 2VGM A; 1AOJ A; 3JCM P; 2DET A; 2CS7 A; 4J9G A; 3CCM A; 2FL7 A; 1MNE A; 6AT1 B; 2CZ0 B; 4HVU A; 3MKD A; 4FT2 A; 2QAS A; 4Y92 A; 1NZ9 A; 1VQN Q; 4ANJ A; 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