The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
5
|
sequence length |
59
|
structure length |
59
|
Chain Sequence |
GSSGSSGEPVLCSRTTCRAVLNPLCQVDYRAKLWACNFCYQRNQFPPSYAGISELNQPA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the zf-Sec23_Sec24 from human Sec23A
rcsb |
| molecule keywords |
Protein transport protein Sec23A
|
| molecule tags |
Protein transport
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
5
|
| structure length |
59
|
| sequence length |
59
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04810 | zf-Sec23_Sec24 | Sec23/Sec24 zinc finger |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Zn-finger domain of Sec23/24 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5KYU B; 2NUP A; 3EFO A; 5KYW B; 5KYX A; 3EG9 B; 1PCX A; 5KYY B; 3EGD B; 5KYW A; 1PD0 A; 5KYU A; 3EG9 A; 5KYN A; 3EGX B; 3EGD A; 5KYY A; 3EGX A; 2NUT B; 1M2V B; 1PD1 A; 1M2O A; 2YRD A; 3EH2 A; 2NUT A; 2NUP B; 3EFO B; 5KYX B; 2YRC A; 1M2V A; 2QTV A; 3EH1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DJQ A; 3M4Y A; 1W2B P; 2AKK A; 2O9V A; 3QWY A; 1TS9 A; 1YJ9 A; 4X1V A; 4DEX A; 3GP8 A; 3OYH A; 5GAN 8; 1G83 A; 4LXC A; 1UEB A; 3M55 A; 2F2X A; 2I2L A; 3MP6 A; 2XU8 A; 4ELZ C; 1OU9 A; 5CKD A; 4N0A C; 1I81 A; 3L1A A; 3TSZ A; 2QA4 A; 1VYT A; 1T0H A; 3F70 A; 3I35 A; 5GAN g; 1VQ8 A; 2QGG A; 2KNB B; 1K73 C; 2EVR A; 1KD1 R; 1XNI A; 3CME T; 4PK4 A; 1YFN A; 1K8A C; 2RPN A; 1VQL Q; 2LJ0 A; 2XD0 A; 3QDF A; 1B34 B; 1K9M U; 2DM1 A; 4M7A E; 2VWF A; 2R57 A; 1YIJ T; 2YUP A; 4GBQ A; 1U06 A; 5GAM j; 3S3N A; 4C92 B; 2VVK A; 3CPW P; 1SSH A; 3SB2 A; 4LDY A; 3CCU T; 4PFP A; 1NE8 A; 3JB9 H; 1VIE A; 3FC3 A; 4FSS A; 4IIO A; 1X6O A; 4E7S A; 1Y96 A; 1ZA1 B; 3JB9 D; 4A4E A; 1IHV A; 2D9T A; 4A54 A; 2EQI A; 3C0C A; 1SKU B; 1GXI E; 4KGV B; 1ZSZ C; 2F1L A; 2MAM A; 2K7A A; 1R0C B; 2LCC A; 5KYW B; 4OMP A; 5LJ5 g; 4XTV A; 3BDL A; 2X4Y A; 4MML A; 2QTX A; 3EFS A; 5GAM h; 3CC2 T; 1E7O A; 1EZZ B; 2DRM A; 4CC2 A; 2XDD A; 2KMT A; 4C0D B; 4M77 E; 1YJ9 T; 2O2O A; 2EQK A; 3JCM h; 3JCM W; 1UG1 A; 3KFV A; 1NYG A; 2DYI A; 2V26 A; 4N0A A; 1ZLM A; 3SWN C; 1RAA B; 4J9H A; 3I55 A; 1QQJ A; 1AWX A; 1M3B A; 4M75 E; 1Q81 R; 2LC4 A; 3PGG A; 1MGQ A; 5KCO A; 2QA4 T; 3CD6 Q; 4LDV A; 1VQ8 T; 3OW2 P; 5LJ3 d; 2O88 A; 2IIM A; 2V8I A; 2ZPI B; 1YN8 A; 1JU5 C; 3SFM A; 1YP5 A; 4DOW A; 3CCL A; 2COY A; 2EKO A; 2GQV A; 3FB9 A; 1WHL A; 5CCA A; 2X9H A; 1UHC A; 2M16 A; 2M0O A; 4M77 A; 4A4K A; 3JCM b; 4HT9 A; 1FMV A; 1ZBJ A; 1KFZ A; 3VS2 A; 4MDW A; 1BYM A; 2RH2 A; 4M75 A; 2RA2 A; 3JB9 F; 3DLM A; 4LE9 A; 4JJB A; 2L3R A; 1MNE A; 2QG9 B; 4ATO A; 3INZ A; 2RQV A; 4RUG A; 3M54 A; 1UGQ B; 3EFO A; 2LTO A; 2X4J A; 1WQW A; 3ASK A; 4X9C A; 3LX7 A; 2EYY A; 1ZSZ A; 4FSX A; 1NG2 A; 3E2U A; 4J8O A; 1KC8 U; 4WCI A; 5D6X A; 3H8Z A; 4C0Z A; 1K0S A; 1WJR A; 2BE9 B; 3L42 A; 3JCM Q; 4E7L A; 1T0J A; 3EG2 A; 1M2V B; 4PFO A; 2V8J A; 2COW A; 1TOV A; 3CCE Q; 2RNA A; 3MEU A; 3L2V A; 5GAN d; 1BK2 A; 3CC7 Q; 3GNF B; 2FEI A; 5FW9 A; 2ED1 A; 3S3M A; 1R77 A; 1VYV A; 2AT1 B; 2LCL A; 1YJN A; 1VQP Q; 1UTI A; 2A0F B; 3G4S A; 3H41 A; 2OTJ Q; 2EYX A; 4J9C A; 4IUP A; 2LQ8 A; 3I55 T; 1KG1 A; 4NOY A; 5IXB A; 3VS5 A; 1QVF S; 3N5B B; 3L2Q A; 1RAF B; 2HMA A; 1PRL C; 1PKS A; 1PWT A; 3CCL T; 3G6E A; 2XI9 A; 4BE1 A; 3OS1 A; 1PKT A; 1U3O A; 4IKF A; 3EG0 A; 3CCR Q; 2DL3 A; 5GAM g; 2H8H A; 3CCS A; 1ZSG A; 4F7U A; 1RLP C; 3GLX A; 1IXD A; 3DB3 A; 2DLP A; 1FYN A; 5LJ5 d; 3CD6 A; 1KK7 A; 2E65 A; 1YIT A; 2SRC A; 3JCM g; 2K5L A; 3WVE B; 1B07 A; 2EPD A; 2ZPF B; 4ZGD B; 2DD5 A; 2JTM A; 1YHQ Q; 4F14 A; 3OYA A; 4HVU A; 3LH0 A; 3OB9 A; 4A63 B; 1PSE A; 3G7Z A; 3A8L B; 2HSP A; 3VS4 A; 2QYZ A; 5J26 A; 1D0Y A; 3EHR A; 2EW3 A; 4XTY A; 4Z89 A; 1VQ9 T; 2KY9 A; 4M7D B; 3RER A; 1WPY A; 1X69 A; 1SHG A; 5IN1 A; 3EGX A; 1X01 A; 2CRE A; 3HKS A; 1D3B A; 3VYH B; 1DJ7 B; 1M2O A; 2YRD A; 3G4S T; 2YWW A; 3REA B; 2KE9 A; 4HT8 A; 3C4S A; 3R6N A; 4KGX B; 2DK3 A; 1JRI A; 3CCE A; 2QEX A; 4M77 G; 2QXF A; 2Z0W A; 3G1J A; 2DF6 A; 5IHI A; 4YTL A; 2HQE A; 1NLP C; 1GCQ A; 1V1C A; 2EGC A; 2YDL A; 2JT4 A; 3CC4 Q; 3GBQ A; 4ZNX A; 3S6W A; 3G6E T; 2RHY A; 2XIC A; 4M75 G; 3L2U A; 4F04 B; 4PJO E; 2E70 A; 3I5R A; 5KYU B; 2BUD A; 5KH6 A; 5FU6 C; 1SF9 A; 2BZY A; 3M4G A; 5KYY B; 2GFA A; 1UHF A; 2DL7 A; 3CCS T; 4D8K A; 2RHU A; 2M0Y A; 5FU7 B; 4IUU A; 3UT1 A; 4DBR A; 1X2Q A; 3NTK A; 4OB0 B; 1YIT T; 1GBR A; 4FU6 A; 2PQW A; 2L0A A; 1KC8 C; 2BIV A; 3VKI A; 1TU0 B; 1VQO Q; 1VQ4 A; 2VGM A; 4PJO A; 1AWW A; 1UGP B; 4QW2 A; 1OQK A; 1WJQ A; 4PKC C; 1RAI B; 5IHN A; 5KE3 A; 3RKW A; 3QG1 A; 5GMK h; 1MMG A; 4R0K A; 4EIK A; 3JCM c; 1I07 A; 2ZGW A; 2PVD B; 2K3X A; 2OI3 A; 5LJ3 h; 1TUG B; 4OMN A; 4RTU A; 1I5L A; 3OQ5 A; 2CT3 A; 2JVV A; 2E41 A; 1VIF A; 4ELY C; 5GAM d; 3PMT A; 3GIB A; 1KD1 U; 2QEX T; 4N4G A; 2K3Y A; 2HBW A; 2FG0 A; 3M57 A; 4BI4 A; 3QBY A; 2EBP A; 1ARK A; 3CXC S; 1OV3 A; 2ROT A; 4F7U G; 6AT1 B; 3EG9 A; 2KT8 A; 2KRN A; 3NGP A; 4LD6 A; 3RDV A; 2BZ8 A; 1X27 A; 3OW2 A; 2DRK A; 3BFM A; 3G71 Q; 3E19 A; 2HL5 C; 1UGV A; 3RR6 A; 2QK0 A; 2CS7 A; 2NUT A; 2FZG B; 1Y57 A; 1VQN Q; 4RTV A; 1QCO A; 1PRM C; 4RTT A; 5IH2 A; 5HCK A; 1M30 A; 5D7U A; 5CVI A; 4JS5 A; 4ORZ A; 4NL3 A; 3OY9 A; 1I4K 1; 1ZUY A; 3R6O A; 2BTT A; 2YUQ A; 4AFQ C; 1FX7 A; 3CMA Q; 1VQ4 T; 2GBQ A; 5GAN h; 1XQH A; 1ZUK A; 3VUB A; 2NUZ A; 1YJW Q; 3L2W A; 2JW4 A; 3V8L A; 5GAN 5; 1WFW A; 1VQ6 A; 3CCM Q; 1Q82 U; 3FLG A; 1C6V X; 5GMK m; 2F69 A; 4C8Q E; 3VV0 A; 4XU3 A; 1ZX6 A; 2VXF A; 2EJ9 A; 2K9G A; 4FYY B; 2JTE A; 4MDX A; 3CCJ Q; 1UGS B; 4JLI A; 5FRN A; 1W6X A; 3VRY A; 1UJY A; 4AFS C; 1OPL A; 1KHC A; 2MYS A; 2GF7 A; 2DAQ A; 1VQM Q; 1Q81 U; 2DXC A; 1BIA A; 4JRQ A; 1ABQ A; 2DIL A; 4O5V A; 5DY9 A; 4C0G A; 4E7Z A; 3V8K A; 2YRV A; 2LT4 A; 1VQ7 T; 4C8Q A; 4AG2 C; 3GOX A; 1D1C A; 1WHJ A; 4ZN3 A; 4JUV A; 3HSB A; 3M0S A; 5LJ5 h; 1SRM A; 3QJ6 A; 2A28 A; 1LCK A; 3GNG A; 2DIG A; 1UEC A; 2GGR A; 4L6V 5; 5EC7 A; 1N9S A; 4XTZ A; 1HSQ A; 4LD9 K; 2EGE A; 1F1B B; 3X25 B; 4GLM A; 2E1H A; 2KRO A; 3HHT B; 1IRX A; 4PJO G; 5M9O A; 3TVT A; 1BKB A; 4BD3 A; 3JCM J; 4DEY A; 1MMD A; 1SSF A; 1IGU A; 5C6S A; 2I0N A; 1WX6 A; 2FO0 A; 3I56 A; 2O31 A; 4J9D A; 4IUQ A; 5HK3 A; 1FWZ A; 4J7F A; 4F17 A; 2A3L A; 1S72 A; 1VQ6 T; 3X20 B; 2HQH A; 2H3J A; 1ABO A; 4QQ6 A; 2G6F X; 2A7Y A; 5GAN 6; 4FW2 A; 1MMN A; 3GPL A; 4QQD A; 3FDR A; 1T3L A; 4A4F A; 2Y90 A; 2RQR A; 2OJ2 A; 2E3I A; 3PMI A; 3VS7 A; 4M78 E; 1NLO C; 1SPK A; 1WYX A; 3RKY A; 2RN8 A; 2LJ3 A; 4FYW B; 1K4U S; 2PUO B; 5D6Y A; 4PFZ A; 4E6R A; 2JUF A; 5EG2 A; 1KIK A; 2AHJ B; 4JDS A; 5L8R E; 1YI2 A; 4J6Y A; 4E2F B; 2PUK B; 3QZ5 B; 1ZA2 B; 5HY6 A; 3L2R A; 1Y7X A; 4OMQ A; 4KUD K; 1YWO A; 4Z88 A; 1GFC A; 2OTL Q; 3V7R A; 4M78 A; 3A1P A; 1GRI A; 3OBW A; 3M56 A; 3EG3 A; 2FZK B; 4M77 C; 2GCX A; 3PT9 A; 1G2B A; 1XTD A; 4LN2 A; 2KI7 A; 3UAT A; 1HK9 A; 4JZ3 A; 1ZSZ B; 3LH5 A; 3QYH B; 4M75 C; 2RI3 A; 4OGE A; 5IT9 E; 2O4X A; 8ATC B; 5AT1 B; 3VYG A; 5FWC A; 2ZPH B; 4WF2 A; 1X6G A; 5FLX E; 1K73 R; 1Q82 C; 3I9Q A; 2RQT A; 2CZ7 B; 5GAN 3; 1MV0 B; 3I56 T; 1K8A R; 4M7A A; 4J83 A; 2NUP B; 1M3A A; 2MIO A; 2YRC A; 2LX7 A; 1VQK T; 2F2V A; 1VQ9 Q; 2DZC A; 1S72 T; 2DL4 A; 2COZ A; 3WVD B; 3SWN B; 3VU3 C; 2JM9 A; 5GJV B; 4HCC A; 3BDU A; 2CT4 A; 3EGD A; 1TUD A; 1WHM A; 5CIU A; 4JS4 A; 4FT2 A; 5L23 A; 3C95 A; 2CZ0 B; 2J6O A; 2DYB A; 3V8J A; 2JXB A; 4HXJ A; 3AHU A; 4C8Q G; 2EYZ A; 3HFN A; 2KSS A; 4XTU A; 2W10 A; 4EMK A; 3OYD A; 4EMG A; 1PHT A; 3RKX A; 1YI2 T; 2ECZ A; 2DNU A; 2DE0 X; 4B9W A; 2WSE E; 1G3W A; 4F7U B; 1UB4 A; 2OAW A; 4XTX A; 1UJ0 A; 2HAX A; 1RI9 A; 2O01 E; 2L3S A; 2ZPB B; 3M9Q A; 1WI7 A; 3PTA A; 2E5K A; 2E3H A; 2VKN A; 2WSC E; 2FPF A; 2LDM A; 1G5V A; 1BIB A; 5HKC A; 2BE7 D; 4ZN1 A; 1FMW A; 4RKU E; 2RHX A; 2W0Z A; 2RQU A; 1AOJ A; 3SDZ A; 4PJM A; 1H8K A; 2CH4 A; 1QKX A; 1VA7 A; 2D0Q B; 1RAG B; 4C92 E; 4NS5 A; 2QI2 A; 2YLB A; 1YNZ A; 1VQL A; 3QPH A; 1TWB A; 3OYF A; 2CP6 A; 3H0F A; 5I2M A; 5CQY A; 1JQQ A; 1QW1 A; 1WHH A; 1D3B B; 2M51 A; 2LMJ A; 3CBP A; 2HSE B; 4L5G A; 3EFR A; 1QCN A; 3KXT A; 1V76 A; 4OB2 B; 1MHN A; 3CCV Q; 4LDW A; 1X6B A; 5DLQ E; 1VQ5 Q; 4P5N A; 2PZ1 A; 4C92 A; 1YCS B; 1RAC B; 4M77 D; 4KH1 B; 2FVU A; 2BKD N; 3ZFJ A; 2CZ1 B; 1NJI U; 2CSI A; 2X4X A; 4FCY A; 2FRW A; 4J9F A; 4M75 D; 1U1S A; 4MZT A; 4M78 G; 3X24 B; 2IG0 A; 2DBM A; 1K9M C; 4M7A F; 2J6K A; 2FB7 A; 1QP2 A; 4OMO A; 1M9S A; 4OB3 B; 5KYW A; 3I5S A; 1GCQ C; 2F2W A; 1M5Q 1; 3JCM V; 2XK0 A; 2NWM A; 1MMA A; 1UFF A; 1M8M A; 5FWB A; 2FPE A; 3LWI A; 3BY7 A; 1MUZ A; 1PM3 A; 1QVF A; 4B9X A; 2RMO A; 1PCX A; 3UA7 A; 2JOY A; 1MND A; 4OB1 B; 4M7A G; 1GBQ A; 2EJG A; 3OYM A; 2DET A; 3H0I A; 2K5F A; 3VJP A; 1VQL T; 3OA6 A; 2CYZ B; 2AZS A; 3JRZ A; 4JRK A; 5GAO q; 4QVZ A; 2L5Q A; 2DKG A; 1ACM B; 1H3H A; 1Z9Q A; 4CC3 A; 3JB9 J; 3CPF A; 4PJO C; 1UE9 A; 2DFU A; 2J6F A; 3SD4 A; 1TXQ A; 4ZGJ B; 3VRZ A; 3C94 A; 2KGT A; 3MEV A; 2LRQ A; 4M77 F; 3NFC A; 2MCN A; 2FHD A; 3OS0 A; 4Y91 A; 4QVC A; 1RUW A; 2X51 A; 4MMK A; 3JSC A; 4ANJ A; 4M75 F; 1YJN T; 2DBK A; 4O6J A; 4DQ2 A; 2QAZ A; 5KYX B; 1OYX A; 1W2B S; 2HCK A; 2RB6 A; 2WAC A; 1VQ7 Q; 1D0Z A; 1VOM A; 3MEA A; 4DA4 A; 3M53 A; 5FU6 B; 2J06 A; 2LJ1 A; 5ECA A; 2JTF A; 1BB9 A; 1NYF A; 2MWP A; 1LJO A; 3CC7 A; 1BCO A; 1OZ3 A; 1KQS S; 4KRT A; 4RCC A; 1VQP A; 4J9B A; 3CCQ Q; 2DXU A; 1I0C A; 2OTJ A; 1HYO A; 1ZHI A; 1M1K R; 2RI2 A; 1Y71 A; 2EJF A; 1WHG A; 3M59 A; 2RO0 A; 5LL6 S; 4HVW A; 2A37 A; 1G8X A; 3CD6 T; 2KXD A; 2XG8 D; 2YLC A; 2HKQ B; 3CPW S; 2E4H A; 3REB B; 3OYJ A; 1NPP A; 3PVQ A; 3LWH A; 1RAH B; 2GQI A; 5CKB A; 1X2K A; 2J05 A; 3OYG A; 4C5E A; 3BE3 A; 1M1F A; 1OX9 A; 1AHJ B; 2YT6 A; 3CCR A; 1N8R R; 4C92 G; 4LDU A; 4II1 A; 4IIM A; 3QSU A; 2GFU A; 3P8H A; 1Q86 U; 4AT1 B; 3A8M B; 4EDU A; 4QT7 A; 2YUO A; 1U1T A; 1NJI C; 2XDB A; 4F7U F; 2J7I A; 4Z02 A; 1O9S A; 4HA8 A; 1YHQ A; 3OBY A; 4M7D E; 1D1A A; 2E6N A; 2VV5 A; 4D6W A; 1KC8 R; 2L3P A; 2NLU A; 4DBF A; 2K2V A; 1KHI A; 1Q7Y R; 3FRN A; 5GAO r; 3KUF A; 4ESR A; 3RES A; 3CME Q; 1QVG S; 4J9G A; 4J5Y A; 3CCE T; 1VUB A; 2G3R A; 3OYL A; 1WIE A; 4C8Q C; 3ULR B; 1U5S A; 2D1X A; 3CC7 T; 1PD0 A; 3MP1 A; 5FRO A; 1AZG B; 2KBT A; 2LP5 A; 4DBH A; 1K9A A; 1YIJ Q; 1OI1 A; 2GNC A; 4PJO D; 1VQP T; 3A8H B; 2R58 A; 3ZBD A; 5GMK e; 1AZE A; 4C0F A; 3HL8 A; 2RJC A; 4D8D A; 3WXM B; 4M7D A; 2OTJ T; 2QQ9 A; 1U8R A; 3CCU Q; 2DJZ A; 2P4T A; 3E9F A; 2DXB A; 5LJ3 e; 3LGF A; 2K5I A; 3HRT A; 2HZY A; 4Y92 A; 3MP8 A; 3CXC A; 2D6F A; 1TG0 A; 3EHQ A; 3NMZ C; 3TEE A; 1K73 U; 4FW1 A; 2DTO A; 4R55 A; 3CC4 A; 1NZ9 A; 2JS0 A; 2JNG A; 4OF1 A; 4ME7 A; 2VYT A; 4BAC A; 1K8A U; 2HDA A; 1VQK Q; 1EFN A; 1PD1 A; 4JJN K; 3RMQ A; 2DA9 A; 3CCR T; 2RJE A; 2E5Q A; 2FPD A; 1JB0 E; 3CC2 Q; 5A0G A; 3QII A; 3QWX X; 2A08 A; 5KYN A; 4FM4 B; 1M1G A; 2DVE A; 1YJ9 Q; 1BI0 A; 2LQN A; 3CBM A; 2R5M A; 1T3S A; 3A8O B; 4L59 A; 1VQO A; 1G3S A; 3QKJ A; 3V7C A; 1H92 A; 5CK9 A; 1JBM A; 1YHQ T; 1RI0 A; 3DB4 A; 3QO3 A; 2WSF E; 3Q1J A; 1AEY A; 2V1Q A; 2P0Q A; 5J39 A; 2QA4 Q; 2FRY A; 1VQ8 Q; 4RG8 A; 3OYE A; 4C5G A; 3HRS A; 4KT0 E; 1SG5 A; 2NYS A; 1JXM A; 4PJO F; 5GAN e; 3JB9 I; 2M1H A; 2F5T X; 2PVO B; 2M02 A; 2ZZD A; 3AT1 B; 5IXF A; 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