The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
117
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structure length |
117
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Chain Sequence |
GSSGSSGLNDELLGKVVSVVSATERTEWYPALVISPSCNDDITVKKDQCLVRSFIDSKFYSIARKDIKEVDILNLPESELSTKPGLQKASIFLKTRVVPDNWKMDISEILESGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the RBB1NT domain of human RB(retinoblastoma)-binding protein 1
rcsb |
| molecule keywords |
AT-rich interactive domain-containing protein 4A
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| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
10
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| structure length |
117
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| sequence length |
117
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08169 | RBB1NT | RBB1NT (NUC162) domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3M9Q A; 2X4X A; 3MET A; 5KCH A; 3CEY A; 2LDM A; 3OA6 A; 3EAE A; 3MP1 A; 2M16 A; 3QJ6 A; 2XK0 A; 2RJC A; 3P8D A; 5CIU A; 2EQJ A; 4E7K A; 4N4G A; 2O4X A; 3ME9 A; 5C6S A; 4GY5 A; 4E7J A; 3LH0 A; 5D6W A; 3H6Z A; 4PLL A; 4B9X A; 2DAQ A; 4BE1 A; 3OYH A; 5KE3 A; 5IAY A; 1WJR A; 3OMG A; 1OYX A; 2XDP A; 3OYL A; 2R57 A; 4QQ6 A; 1H3Z A; 4E7I A; 3FDR A; 4QQG A; 2LCC A; 4C5G A; 2QQR A; 2R5A A; 4C5E A; 4A4E A; 3Q1J A; 2DIQ A; 2PQW A; 2B8A A; 2YRV A; 3NTH A; 2LRQ A; 5FRM A; 4QVZ A; 2X4Y A; 3GOX A; 3LLR A; 3BDL A; 4A4F A; 2EQK A; 4N4H A; 2GFA A; 4E7L A; 4Q5W A; 3MP6 A; 3LYI A; 4BD3 A; 2RJD A; 3L42 A; 2GF7 A; 4QQD A; 3MP8 A; 2NLU A; 4OVA A; 1WJS A; 3OMC A; 2M0O A; 3MEA A; 2RHI A; 3MO8 A; 4C5I A; 3UT1 A; 3DB3 A; 2R5M A; 3FC3 A; 3O8V A; 4IUT A; 1N27 A; 5KE2 A; 2IG0 A; 2LTO A; 5IN1 A; 1OZ3 A; 2EKO A; 3OYM A; 2RJE A; 2X35 A; 2RHZ A; 4BE2 A; 5C0M A; 4FU6 A; 3S3M A; 4C5H A; 4E7H A; 2JTF A; 3QKJ A; 3F70 A; 4A4H A; 2L8D A; 2MWO A; 3S6W A; 1XNI A; 3DLM A; 1KHC A; 3ZEH A; 2RI3 A; 5M9O A; 1WJQ A; 2BIV A; 4FL6 A; 4IUQ A; 4RG2 A; 3L2U A; 2QQS A; 5FRN A; 3OYD A; 3PNW C; 2F5K A; 2DIG A; 3OQ5 A; 5J26 A; 4PLI A; 3OY9 A; 2RI5 A; 4ZTJ A; 3OYJ A; 4ZTF A; 3LGL A; 2HQE A; 3OYI A; 2RHX A; 4IUP A; 2M1H A; 3UWN A; 2E6N A; 2K3Y A; 2RHY A; 3FLG A; 3MEW A; 2MWP A; 2BKD N; 3E9F A; 5FRO A; 3L2W A; 4BDZ A; 4HCZ A; 4N4I A; 3OB9 A; 5KH6 A; 2O4X B; 2EQM A; 3NTK A; 3SD4 A; 2K3X A; 2L89 A; 3S3O A; 4IUU A; 2HQX A; 2EFI A; 4B9W A; 3OYF A; 3P8H A; 4PL6 A; 4EDU A; 3L2V A; 2P0K A; 1OZ2 A; 2WAC A; 4L59 A; 2RJF A; 3PFS A; 3MEU A; 2RHU A; 3H8Z A; 4IUR A; 1MHN A; 3OS1 A; 2JZ2 A; 3LGF A; 4II1 A; 2G3R A; 2EQU A; 3OYG A; 3OYE A; 4NS5 A; 4CRI A; 4BE0 A; 2CKK A; 3DB4 A; 4QW2 A; 3S3N A; 1G5V A; 3PMI A; 2VYT A; 3ASK A; 2L3R A; 2R58 A; 3OS0 A; 1OI1 A; 3L2R A; 3QII A; 5KCO A; 5D6X A; 4IUV A; 5J39 A; 4IKF A; 2GFU A; 2D9T A; 3C4S A; 2BUD A; 3FEO A; 5D6Y A; 2LVM A; 4UC4 A; 3OYB A; 3KUF A; 1SSF A; 2FHD A; 1WGS A; 2X4W A; 3E9G A; 4BDY A; 3NTI A; 3OYA A; 3PMT A; 2RO0 A; 3QBY A; 3L2Q A; 4X34 A; 3LX7 A; 4BAC A; 2E5Q A; 3MEV A; 2RI2 A; 1RI0 A; 3OYN A; 4LD6 A; 4Z02 A; 3OYK A; 3OS2 A; 3OYC A; 4A4G A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CQT A; 3R6N A; 2OJ2 A; 3THK A; 2XK0 A; 5CIU A; 2EQJ A; 2Y4Y A; 5C6S A; 3CC4 T; 5HCK A; 2DYB A; 5CAI A; 4C92 A; 2OX7 A; 3EH2 A; 1Q81 C; 4A4E A; 1M90 C; 3AHU A; 3JCM X; 1PHT A; 1Q82 R; 2ZAE A; 4J6Y A; 1FWZ A; 3JCM g; 4C5I A; 2R5M A; 2O2O A; 5KE2 A; 3CC4 Q; 1BB9 A; 2A0F B; 3SWN C; 3EG2 A; 3VS4 A; 1BI1 A; 1K9M C; 5GAO q; 2HNI A; 3QXE B; 2E3I A; 1GFC A; 4ZN1 A; 3BE3 A; 3KFV A; 1X6B A; 2E64 A; 2VB6 A; 2NWM A; 1JU5 C; 1NJI C; 5AYF A; 3ULR B; 2CGH A; 2Z0W A; 1M3A A; 2LNH B; 1VYT A; 2AT1 B; 3OBY A; 5CQX A; 5GJW B; 2QA4 A; 1YI2 T; 2QEX T; 3V7C A; 1FMV A; 4IUR A; 3HRS A; 2KR3 A; 4M4Z A; 2H3J A; 1TUD A; 2ZPF B; 4HVU A; 1BIB A; 2QGF B; 4RTT A; 2VYT A; 4KUD K; 1GCP A; 3L2R A; 1JXO A; 1TTH B; 2YRD A; 4Z89 A; 2XID A; 1WHL A; 8AT1 B; 1YI2 Q; 2QEX Q; 1K8A C; 2M0Y A; 2X9H A; 4RTW A; 1RI0 A; 3GNF B; 4Z02 A; 3MPU B; 1VQN T; 4M7A F; 2MYS A; 1XJW B; 2JT4 A; 3EAE A; 1TWB A; 3I55 A; 2QAS A; 1UEC A; 4M7A D; 5FU6 B; 3OYH A; 4ZGE B; 1OYX A; 4MDW A; 4DBQ A; 4QQG A; 1Q82 U; 1ZBJ A; 4QVZ A; 2X4Y A; 1D0X A; 1LPL A; 1WXB A; 4FYY B; 4E7L A; 3QHS A; 3ER0 A; 4F7U E; 1ZUU A; 1BIA A; 2Y4X A; 4JJN K; 2OAW A; 1VQN Q; 3CPW A; 1QP3 A; 2LX9 A; 1ZHI A; 3MEA A; 3CCQ A; 1BBZ A; 4C8Q C; 2EYW A; 1N27 A; 3M54 A; 1RAF B; 1R0B G; 3JAM E; 1M2V A; 4FIB A; 2C06 A; 2HKN A; 3F70 A; 3H0I A; 1C0M A; 4RTU A; 1OEB A; 1WJQ A; 1NYG A; 4BI3 A; 3PNW C; 5GJV B; 1OOT A; 2HAX A; 2J6O A; 4JS4 A; 3EH1 A; 2RI5 A; 5IHN A; 3OYJ A; 4F04 B; 2HQE A; 2GBQ A; 1M1K R; 2K3Y A; 4BY6 C; 3URG A; 2MWP A; 2DMO A; 2QAZ A; 4GLM A; 4N4I A; 1AZE A; 4HVV A; 1BCM A; 2K5F A; 1G8X A; 1NBE B; 4F14 A; 3SFM A; 4M77 E; 3RKY A; 1OZ2 A; 2ENM A; 1O75 A; 1VQ7 A; 3QDR B; 2FEI A; 5EC7 A; 3H0H A; 1PSE A; 2EQU A; 3QO3 A; 3C95 A; 3WVD B; 5CVI A; 3U23 A; 1G5V A; 1I5O B; 3PMI A; 4C8Q G; 3GP8 A; 1RLQ C; 1WZO A; 1PRL C; 4XU3 A; 4RKU E; 2LCS A; 2X4W A; 1PSF A; 3EGD B; 4BI4 A; 2YXY A; 4OMQ A; 2LJ0 A; 4PJO F; 1VQ9 A; 2J7I A; 2QQ9 A; 1H92 A; 4Y91 A; 4PJO D; 1RAC B; 4JRP A; 4E7K A; 4LUE A; 3V8L A; 3RIR A; 1U5S A; 1AVZ C; 3VS3 A; 2ZPI B; 4F7U B; 4OMF B; 1YHQ A; 2KGT A; 5FRM A; 4F7U G; 2WSE E; 2BTT A; 4BD3 A; 2RJD A; 1VA7 A; 5GMK i; 3M58 A; 1ZSG A; 4HCC A; 4MZP A; 2DL4 A; 2RHI A; 5GAN 3; 1Q81 R; 2QXF A; 3TCJ A; 1OUL A; 1M90 R; 3O5Z A; 1UG1 A; 2X35 A; 1MGQ A; 1PCX A; 3V7S A; 1W70 A; 1FX7 A; 1OQK A; 1GCQ C; 2K57 A; 2RN8 A; 2BE9 B; 4FSS A; 3TU4 K; 1Y0M A; 2RI3 A; 4IUQ A; 4PK4 A; 4J9C A; 3JCM J; 2COZ A; 2RQU A; 1M1K U; 2DIG A; 1JRI A; 3LGL A; 1K9M R; 2QQB A; 3VS2 A; 1VQ8 A; 4PKC C; 1ABQ A; 4M77 B; 2BKD N; 3L2W A; 1ZA1 B; 5KYU A; 2RH2 A; 2L89 A; 3A8M B; 2MAM A; 1QLY A; 4L59 A; 1NJI R; 3PFS A; 4N0A A; 2WSC E; 3QWX X; 2DTI A; 4II1 A; 1G3S A; 1TOV A; 4QW2 A; 1B7T A; 3FIF A; 4C0G A; 7AT1 B; 4F17 A; 2YRC A; 2VAS A; 2KK4 A; 2DA9 A; 4LDY A; 2YLC A; 4PNO A; 2CP3 A; 2VGM A; 1YWP A; 2K3B A; 3EG9 B; 3JB9 F; 5KYY B; 3V7R A; 5LJ5 d; 1UEB A; 2LNV A; 2D8J A; 1TG0 A; 3M9Q A; 4IIO A; 3MP1 A; 2F1L A; 3UA7 A; 2GTJ A; 3A8G B; 5GMK j; 5A2Q E; 2EJ9 A; 1K8A R; 3BW1 A; 1WHH A; 2LCC A; 2D8H A; 1I07 A; 2QQR A; 1MMA A; 1BI0 A; 2DIQ A; 1KQS P; 2HZY A; 1WXT A; 1ZSZ A; 2QGG A; 2DZC A; 2C0T A; 1QVP A; 4LE9 A; 2JNG A; 1IRX A; 1Q81 U; 4QQD A; 4J7F A; 1WIE A; 1M90 U; 2DRM A; 3UA6 A; 2HEQ A; 1WXU A; 2IG0 A; 4C0D C; 2YUQ A; 4DBH A; 2LMJ A; 3QZ9 B; 3VU3 C; 2DL5 A; 1WDX A; 3EGX A; 2V8J A; 2NUT B; 3S6W A; 3DLM A; 3ZL7 C; 5GAM f; 1KHC A; 4JRQ A; 2IVW A; 3L2U A; 3I55 T; 5FWC A; 1K9M U; 4ZGJ B; 3OQ5 A; 2HSE B; 2OTJ A; 2FPE A; 3RKX A; 2M02 A; 3QG1 A; 4DA4 A; 3MKD A; 1MV3 A; 3UWN A; 3FLG A; 2JUF A; 2HKQ B; 4RCB A; 3NTK A; 4JJD A; 4M7D C; 4PJO E; 3L2V A; 3CCQ T; 1N8R C; 4NL2 A; 2FG0 A; 1X75 C; 3I55 Q; 2DYI A; 3NMZ C; 4NS5 A; 3KXT A; 3GBQ A; 3OYY A; 4FM4 B; 5GAN h; 2ED1 A; 1M30 A; 3SB2 A; 3EFS A; 5LJ3 h; 4OGC A; 2CDT A; 5GMK e; 3OYB A; 3A5Z B; 1WX6 A; 3PMT A; 2DVE A; 3QBY A; 2ATC B; 5KYW A; 4XQ3 A; 3CCQ Q; 3MEV A; 3EG3 A; 4DBR A; 4FSX A; 2EBP A; 5ECA A; 1X6O A; 3CCL T; 4XU2 A; 3P8D A; 2LT1 A; 3CCS A; 4N4G A; 2DXB A; 2HDA A; 1NEG A; 1IHV A; 4M7D A; 4OMO A; 5D6W A; 2H3E B; 4PLL A; 4B9X A; 5GAO l; 4LN2 A; 3VUZ A; 2IIM A; 2C0I A; 2YT6 A; 1VQ7 T; 2LQN A; 4OGE A; 2LJ3 A; 3RKW A; 1YIJ A; 2EQK A; 2GFA A; 1M4Z A; 4JUV A; 3M0Q A; 1F1B B; 2M0O A; 3CCL Q; 1ZUK A; 4PFO A; 3UT1 A; 1RAI B; 2JS0 A; 3VS6 A; 2NUZ A; 2F2X A; 4C8Q F; 2EGA A; 2CP7 A; 4J8O A; 4E7H A; 1VQ7 Q; 4RTY A; 4C8Q D; 3UPU A; 3CMA Q; 2DTO A; 3VRZ A; 4JZ4 A; 5LJ5 g; 3EFO B; 1QVG P; 3NGP A; 3X24 B; 1PKT A; 1AEY A; 4ZTF A; 1M27 C; 3X25 B; 4Y28 E; 2RHX A; 2RK2 A; 4IUP A; 4CC7 A; 5L8R E; 4PJO B; 4ELY C; 1IZ6 A; 1ACM B; 2RK1 A; 4LDV A; 1VQ5 T; 4LNP A; 3S3O A; 3MHX A; 1VOM A; 4M75 C; 1K0S A; 3TSW A; 3LW5 E; 1LNX A; 4F7U F; 4A4K A; 3ASK A; 1OI1 A; 3EFR A; 5CKD A; 5J39 A; 2D9T A; 2J05 A; 3JCM f; 2A08 A; 2ECZ A; 1M9S A; 5GAM j; 1VQ5 Q; 1Z9Z A; 1SSF A; 1G83 A; 2RO0 A; 2P4T A; 2J06 A; 2RI2 A; 1VQ8 T; 4C92 C; 4C5G A; 1DJ7 B; 2X4X A; 2I0N A; 2O9V A; 1UHC A; 2XKO C; 4J9H A; 3QWY A; 4XAX B; 4M78 C; 3M0R A; 2VGN A; 4EMH A; 2DL8 A; 5IAY A; 4D6W A; 2R57 A; 1H3Z A; 1TSF A; 2DO3 A; 2ROT A; 2CUB A; 2E65 A; 4M75 G; 5GAN 7; 1KC8 U; 3BDL A; 4HKE A; 1NZ9 A; 1QVG A; 2KQW A; 3LYI A; 3N5B B; 1VQ8 Q; 1HYO A; 2DKG A; 2NLU A; 1W2B P; 4M77 D; 2DTH A; 2CZ6 B; 2KXD A; 4FCY A; 3VS5 A; 1AZG B; 9ATC B; 4P5N A; 2PU9 B; 4C5H A; 2RMO A; 2JTF A; 3VS7 A; 2ABL A; 4R55 A; 2GTO A; 2KNB B; 2LX7 A; 3JSC A; 4M78 A; 3JCM W; 5FRN A; 4EMK B; 3OYD A; 3CBP A; 2KVQ G; 4PJN A; 3CCE A; 4C92 G; 1HD3 A; 3AT1 B; 1QCO A; 3BFM A; 1SG5 A; 2OTL A; 4XU0 A; 5LJ5 h; 2LQK A; 1QQJ A; 2RHY A; 4ATO A; 3PTA A; 3JB9 G; 1PM3 A; 2YHT A; 1NM7 A; 3R6O A; 4J9B A; 2EFI A; 2H8H A; 5GAM e; 1Y96 A; 4OMN A; 2YUO A; 1D3B A; 4C0Z A; 3OSV A; 1WQW A; 2L2P A; 1T3L A; 1B34 B; 2QG9 B; 3CPW P; 1CKA A; 1EIF A; 4A63 B; 2EAY A; 1C1A A; 1W6X A; 2MIO A; 1N8R R; 2F2V A; 3C4S A; 4JDS A; 1R77 A; 3SEM A; 2EKH A; 2QQA A; 3OW2 S; 2OAU A; 2MCN A; 4J83 A; 1R0C B; 2DLP A; 2Y90 A; 3I56 A; 4LDU A; 2E5Q A; 3GIB A; 2F2W A; 3G6E A; 1W2B A; 2PZ1 A; 3OA6 A; 1I1J A; 2ED0 A; 2LQ8 A; 2AKK A; 2DK3 A; 2VVK A; 3SWN B; 4C8Q E; 1FYN A; 3SDZ A; 3G71 A; 2CT4 A; 1KK7 A; 5I22 A; 3VV0 A; 2RQV A; 2EJG A; 4OF1 A; 2E70 A; 1U1S A; 4O6J A; 5FU7 C; 4DBF A; 2HMA A; 3GOX A; 2HBW A; 2DBM A; 2EW3 A; 4N4H A; 4J6X A; 8ATC B; 2DIL A; 4CC2 A; 3V8J A; 3M4Y A; 1IXD A; 1WJS A; 4EPC A; 1N6A A; 2FZK B; 4R56 A; 2LTO A; 1OZ3 A; 4J5Y A; 3HFN A; 1JJ2 S; 1G3W A; 2X3W D; 3S3M A; 4L6V 5; 5GAN d; 2JTM A; 1SHF A; 1VQP T; 3ZEH A; 3CCS T; 2BIV A; 4B6M A; 5LJ3 d; 2WSF E; 2VV5 A; 1VYU A; 1UJ0 A; 2KRM A; 2EYQ A; 2E6N A; 1YIJ T; 1W1F A; 1PNJ A; 4FW1 A; 4VUB A; 5HK3 A; 5HY6 A; 1BYM A; 2O4X B; 2JVV A; 2JTE A; 1M2O A; 1TUC A; 2VKN A; 1VQP Q; 1QKW A; 2WAC A; 2LP5 A; 3CCS Q; 3MEU A; 2HCK A; 4PFP A; 1NLO C; 2JZ2 A; 5IXF A; 3HTR A; 3J7A F; 2DD4 A; 2EYZ A; 4CRI A; 3X26 B; 1Y7X A; 1ZX6 A; 2DPP B; 1M8V A; 1TU0 B; 3RR6 A; 1N8R U; 2P4R A; 4IUV A; 1YIJ Q; 4IKF A; 3LH5 A; 4KRT A; 4HCB A; 4OMP A; 2L3Q A; 1TS9 A; 2DBK A; 1WGS A; 1D1B A; 3OYA A; 4OMM A; 4J6W A; 2E1H A; 3HRU A; 3OS2 A; 1QP2 A; 4A4G A; 4C8Q B; 4ELZ C; 1PWT A; 3CME A; 2HBP A; 3QJ6 A; 3QZ5 B; 1C6V X; 5DLQ E; 1XQH A; 4E7J A; 4LUD A; 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