The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
|
sequence length |
79
|
structure length |
79
|
Chain Sequence |
GSSGSSGRLCKALYSFQARQDDELNLEKGDIVIIHEKKEEGWWFGSLNGKKGHFPAAYVEELPSNAGNTATKASGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of human Nostrin
rcsb |
| molecule tags |
Protein transport
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Nostrin
|
| total genus |
7
|
| structure length |
79
|
| sequence length |
79
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EYX A; 4Z89 A; 3VS6 A; 4J9H A; 2YUP A; 1U5S A; 2DA9 A; 2D8H A; 1IO6 A; 1CSK A; 1KJW A; 2GNC A; 2RPN A; 4OMP A; 1T3S A; 2GGR A; 2C0T A; 1SEM A; 5I22 A; 1K1Z A; 1E6H A; 4F14 A; 2B86 A; 1I0C A; 2GBQ A; 3M0P A; 3THK A; 3REA B; 1WXT A; 4HVW A; 1TUD A; 3EHR A; 2LZ6 B; 2FPE A; 1GBQ A; 1Y0M A; 2ABL A; 2LNH B; 4RTY A; 2HBW A; 2EKH A; 1QWE A; 2V1Q A; 2HEQ A; 2YSQ A; 1OPL A; 2JM8 A; 2OJ2 A; 3QWY A; 1NM7 A; 2CH4 A; 2MIO A; 1NLP C; 1AZE A; 1HJD A; 1K4U S; 3H0H A; 1K0X A; 4CC2 A; 2DX1 A; 1RUW A; 4RTZ A; 5L23 A; 2BZX A; 2DL7 A; 1AWJ A; 1EFN A; 2FO0 A; 2LQN A; 1WX6 A; 2J05 A; 1PRL C; 3SEM A; 2CUB A; 2EGE A; 1X27 A; 4HVV A; 1MUZ A; 2D1X A; 2FEI A; 4E6R A; 1SHG A; 3RBB B; 2DL3 A; 4ZNX A; 1GFC A; 1SHF A; 2DLP A; 2EGC A; 2DNU A; 1VYT A; 1B3Q A; 5FWB A; 1AEY A; 4J9G A; 2MCN A; 4AFZ C; 1VYV A; 5EC7 A; 1ZUK A; 2ED0 A; 3CQT A; 3TSZ A; 4LE9 A; 2ECZ A; 3NHN A; 1TG0 A; 2VVK A; 2CSI A; 2SEM A; 2DBM A; 2DJQ A; 2YT6 A; 3M0Q A; 2ROT A; 1K0S A; 2DMO A; 3H0I A; 1OV3 A; 5IH2 A; 4AG2 C; 3EG2 A; 2C0I A; 3ZL7 C; 3M0R A; 2J6F A; 2LJ3 A; 1WFW A; 2ESW A; 1KFZ A; 1UGV A; 2DRM A; 3EG1 A; 3I5S A; 2RQV A; 1NG2 A; 5FWC A; 1YCS B; 2FPD A; 2ENM A; 1MV0 B; 1YWP A; 1AZG B; 1ABQ A; 3NGP A; 3PVL A; 1ARK A; 2YUN A; 3NMZ C; 3JV3 A; 5GJW B; 3VRY A; 4AFU C; 1UE9 A; 4J9C A; 3ULR B; 1UDL A; 1NEB A; 2A28 A; 3O5Z A; 4JJB A; 1I07 A; 3TVT A; 2W10 A; 1X69 A; 2BZY A; 2A36 A; 1W1F A; 2O88 A; 1T0J A; 4RTU A; 4RUG A; 3UAT A; 2OAW A; 4A63 B; 2DYB A; 2AKK A; 1SRM A; 1ZX6 A; 2JS2 A; 2F2X A; 2JXB A; 4D8D A; 2A37 A; 2GTJ A; 2X3X D; 1AWW A; 3VS4 A; 1SPK A; 2M51 A; 1E7O A; 2AZV A; 1JQQ A; 1UJ0 A; 2F2W A; 3VRZ A; 1I1J A; 1M3A A; 2JM9 A; 2G6F X; 5GJV B; 4Z8A A; 4F16 A; 2O31 A; 2DVJ A; 2L3Q A; 2K3B A; 1LCK A; 4CC3 A; 2EQI A; 5HCK A; 2LCS A; 2F2V A; 1JXO A; 1WXB A; 2L0A A; 2JMC A; 2X3W D; 2RN8 A; 1QLY A; 1OPK A; 4J9I A; 3M0T A; 1M8M A; 2DBK A; 4RTX A; 2VWF A; 1X2K A; 1VA7 A; 1M3C A; 1Z9Q A; 4LNP A; 1X6G A; 2P4R A; 1UTI A; 2FG0 A; 3UA7 A; 2CT3 A; 4GBQ A; 1WA7 A; 2NUZ A; 2JMA A; 1JU5 C; 4LUD A; 1GCQ A; 1QKX A; 2CSQ A; 2KT1 A; 1UFF A; 5IHI A; 1CKA A; 3UF4 A; 2A08 A; 1H92 A; 1Z9Z A; 3GBQ A; 2L2P A; 1H8K A; 2KEA A; 2JS0 A; 1GCQ C; 2J6O A; 4Z88 A; 1NLO C; 4FSS A; 2AZS A; 1MV3 A; 1WLP B; 2LJ0 A; 3EG0 A; 1Y57 A; 1W70 A; 2AKL A; 2KRM A; 1PKS A; 1AWO A; 4RTV A; 3R6N A; 4GLM A; 1UEC A; 3EGU A; 1BU1 A; 2K9G A; 4LN2 A; 2EBP A; 2BZ8 A; 2E5K A; 4AFQ C; 1ZSG A; 3U23 A; 3I35 A; 1M27 C; 3KFV A; 1ZUY A; 3TSW A; 1UJY A; 2JT4 A; 2OI3 A; 2YUQ A; 2DF6 A; 2EYY A; 2DIL A; 2O9V A; 1PRM C; 2O2O A; 1WXU A; 2J6K A; 1FYN A; 2FRW A; 2KRO A; 1OOT A; 3EHQ A; 3M0S A; 1E6G A; 1HD3 A; 2KXC A; 1KSW A; 2PNI A; 1U06 A; 3VS2 A; 1SRL A; 1JEG A; 2RQT A; 5I11 A; 3VS1 A; 2XMF A; 2RQR A; 2FRY A; 2RMO A; 3PE0 A; 1K9A A; 2EGA A; 4OMO A; 4F17 A; 1K76 A; 2CT4 A; 2J7I A; 2KRN A; 4IIM A; 3VS0 A; 3UA6 A; 1BB9 A; 2PTK A; 2L3S A; 1W6X A; 4J9F A; 1G2B A; 4AG1 C; 1WI7 A; 1T3L A; 2LX7 A; 1KIK A; 2DE0 X; 3SHW A; 4RTW A; 2QDL A; 3H0F A; 4OMN A; 1X2Q A; 4HXJ A; 1JO8 A; 2YDL A; 1X6B A; 2L3P A; 1YN8 A; 2KT8 A; 2GQI A; 4QT7 A; 4JJD A; 4ESR A; 1UHF A; 5IXF A; 4DEY A; 1G83 A; 3VS3 A; 4OML A; 5ECA A; 1QKW A; 2YUO A; 2SRC A; 2D0N A; 4J9E A; 1T0H A; 1H3H A; 1WDX A; 1WYX A; 1RLQ C; 1NYF A; 1GFD A; 1PHT A; 2KRS A; 1PWT A; 3REB B; 4Y92 A; 4JPB W; 2KBT A; 1BBZ A; 2RNA A; 5IXB A; 4J9B A; 4AFS C; 2C0O A; 2KR3 A; 2K7A A; 4DEX A; 1WIE A; 2IIM A; 2RQW A; 2HCK A; 2CDT A; 2K6D A; 1B07 A; 1ZBJ A; 3FJ5 A; 2ROL A; 1NEG A; 2KE9 A; 1QWF A; 1OEB A; 1N5Z A; 1QCF A; 3PVQ A; 2FPF A; 4CC4 B; 2LP5 A; 2GTO A; 1GCP A; 2DL4 A; 4K11 A; 1UHC A; 2HDA A; 2JW4 A; 1A0N B; 2LMJ A; 3H41 A; 2I0N A; 5IHN A; 2VKN A; 4J9D A; 1HSQ A; 4X1V A; 2EW3 A; 4JZ3 A; 2DM1 A; 1AWX A; 4KRT A; 1AOJ A; 4IIO A; 2M0Y A; 4JJC A; 1M3B A; 2BTT A; 3QWX X; 1NYG A; 4LUE A; 4RTT A; 2DL8 A; 2EYZ A; 3VS5 A; 2NWM A; 4D8K A; 2KGT A; 2PZ1 A; 2AK5 A; 2CUD A; 2V1R A; 4OMM A; 1ZLM A; 2RF0 A; 3IQL A; 1ZUU A; 1J3T A; 2DRK A; 2MOX A; 3A98 A; 3LH5 A; 1FMK A; 1AVZ C; 1U3O A; 1PNJ A; 1TUC A; 1UUE A; 2RQU A; 4EIK A; 1ABO A; 4WCI A; 1SSH A; 2KXD A; 4M4Z A; 1JXM A; 2EVR A; 1YP5 A; 2CH4 W; 3NPF A; 1XOV A; 1S1N A; 3C0C A; 1UG1 A; 1VYU A; 2D8J A; 4R0K A; 2KNB B; 3I5R A; 2O9S A; 1AD5 A; 3VS7 A; 3RNJ A; 1YWO A; 4HVU A; 2LJ1 A; 3M0U A; 2KYM A; 4JZ4 A; 1CKB A; 2ED1 A; 4OMQ A; 2JTE A; 3EG3 A; 4ORZ A; 5FW9 A; 2EPD A; 1GBR A; 4CC7 A; 1RI9 A; 2LQW A; 4HCK A; 1BK2 A; 1X43 A; 1M30 A; 1PKT A; 2H8H A; 2KYB A; 2CRE A; 3I9Q A; 2EYW A; 1RLP C; 2DL5 A; 1GL5 A; 2J06 A; 5IHK A; 2HSP A; 1V1C A; 1YNZ A; 2K2M A; 2W0Z A; 2K79 A; 1GRI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3MEW A; 4N4G A; 3HRS A; 2QTX A; 2EYX A; 2PU9 B; 1VQ8 A; 1W4S A; 4J9H A; 4ELZ C; 4N4I A; 5LL6 S; 2YUP A; 1U5S A; 3CEY A; 2DA9 A; 2KDS A; 1D3B B; 2NUP B; 2GNC A; 5CKF A; 3OS0 A; 2CZ7 B; 3M58 A; 4OMP A; 3QKJ A; 4NOY A; 1YIJ T; 2LQ8 A; 1T3S A; 1UGQ B; 1K1Z A; 1E6H A; 4F14 A; 3M0P A; 3CME Q; 5GMK j; 3OYK A; 1Y07 A; 3OYA A; 4OB0 B; 3N5B B; 1RL2 A; 4M7D G; 3CCR T; 2HBW A; 1QWE A; 2V1Q A; 4M7D E; 2E1H A; 2OTL T; 2JM8 A; 2RJC A; 4PJO C; 1KQS S; 1VQ6 T; 3QWY A; 4FCY A; 4FIB A; 2ZPH B; 4IUQ A; 4FM4 B; 4J6X A; 3OA6 A; 4A4F A; 4RTZ A; 1AWJ A; 1EFN A; 2VGN A; 4JRQ A; 2NUT A; 1JB0 E; 1KC8 R; 2I2L A; 3M55 A; 2DAQ A; 1MUZ A; 2D1X A; 3OYJ A; 3AHU A; 1O75 A; 2YRD A; 2DL3 A; 5KYU B; 2HD0 A; 4ME7 A; 4C8Q A; 5FWB A; 1VQ9 T; 5A0D A; 2JTF A; 2MCN A; 1VYV A; 2DTH A; 2VUB A; 2QQ9 A; 3TSZ A; 1YIJ Q; 2ECZ A; 2ZPE B; 4C92 A; 2DEQ A; 3X26 B; 2L89 A; 2ROT A; 2DMO A; 1DJ7 B; 3H0I A; 3EG2 A; 2C0I A; 5LJ3 j; 2ZPF B; 2LJ3 A; 2EYQ A; 2DRM A; 4M78 F; 3LLR A; 1F1B B; 3CCR Q; 2XID A; 1C0M A; 2QGG A; 5FWC A; 2QAS A; 4M77 G; 2OTL Q; 3J81 E; 1YWP A; 4BDZ A; 1ABQ A; 3PVL A; 4C8Q D; 1VQ6 Q; 1BYM A; 5DLO A; 4F7U E; 3TU4 K; 2P0P A; 2YUN A; 3JV3 A; 4IUP A; 3ULR B; 5GMK h; 1UDL A; 4C92 D; 1NEB A; 3HPW A; 1O9S A; 3G1J A; 2RHX A; 4RCB A; 4QVD A; 2W10 A; 2ZZD A; 3UAT A; 2Y4X A; 2AKK A; 2JZ2 A; 2JS2 A; 1W2B A; 5GAN j; 2DXU A; 2E65 A; 3HP9 A; 1OX9 A; 3QO3 A; 1QP2 A; 1VQ9 Q; 2XDD A; 1ACM B; 1VQP T; 1FMW A; 5A2Q E; 3VRZ A; 1I1J A; 1Q81 R; 2E3H A; 4FYW B; 1D3B A; 2NUP A; 2EQI A; 1U8R A; 4IUR A; 2F2V A; 3QJ6 A; 1KQS A; 4E7H A; 1M2V B; 5LJ5 j; 2BIV A; 4R55 A; 4E2F B; 1X6O A; 4XTU A; 1IHV A; 1RAA B; 3JCM Q; 1YFN A; 5LJ3 h; 2VWF A; 2E5Q A; 1Z9Q A; 1K8A C; 4LNP A; 2P4R A; 3A8H B; 2H3E B; 1LOJ A; 3AT1 B; 1JBM A; 4GBQ A; 4JLG A; 2QA4 T; 2DXT A; 2DXC A; 2DVE A; 2EFI A; 1UFF A; 2A08 A; 3V8L A; 3V7S A; 3UPU A; 1BKB A; 1YI2 A; 2YRC A; 4A4E A; 5CR2 A; 3CCS A; 4EDU A; 4PJL A; 1GCQ C; 3A8G B; 2PQW A; 4MZP A; 4CI0 C; 4FSS A; 1VQP Q; 2VV5 A; 3EGX B; 3PT9 A; 1YJN T; 3EG0 A; 5KYX B; 2E4H A; 5KYU A; 4KGX B; 5GAN h; 3J80 E; 1KD1 U; 5GAM d; 1NPR A; 4GLM A; 4M78 G; 3EGU A; 4HCC A; 1Y96 B; 2K9G A; 2EBP A; 2GFA A; 1TS9 A; 1K73 U; 2BUD A; 1QVP A; 3I35 A; 1M27 C; 2RI2 A; 3TSW A; 2JUF A; 2DIL A; 2YHT A; 2O2O A; 3G6E A; 2QA4 Q; 1FYN A; 2FRW A; 4FYY B; 4J6W A; 2FZK B; 5LJ5 h; 4FT4 A; 3E9F A; 4VUB A; 1OOT A; 3EHQ A; 3L2R A; 1Q7Y C; 1AHJ B; 1U06 A; 1VQK T; 4KBM B; 5CQY A; 3VS1 A; 3PE0 A; 4IIM A; 5GAO p; 4M75 A; 2LRQ A; 2V26 A; 4M77 C; 2H3J A; 5D6W A; 1N6A A; 2K4Y A; 1BB9 A; 2DJZ A; 1YJN Q; 4J9F A; 1G2B A; 4AG1 C; 2LX7 A; 1ZSZ C; 1KIK A; 3G71 A; 3MO8 A; 3JCM d; 4OMN A; 3CBM A; 4IUT A; 2D0Q B; 3L2Q A; 1WQW A; 5D6X A; 1N8R U; 4E7J A; 5ECA A; 2M9U A; 1QKW A; 2VC8 A; 5LJ3 g; 1OZ2 A; 2D0N A; 2DEU A; 4M75 D; 3S3N A; 1ZHI A; 3OSV A; 1RLQ C; 1NYF A; 2C06 A; 1M2O A; 2QQR A; 2P0Q A; 4PJO B; 2RH2 A; 2E12 A; 2JTM A; 2KBT A; 1IB8 A; 2F69 A; 4AFS C; 1VQK Q; 1OU9 A; 4N4H A; 2JJ9 A; 3EG9 A; 1UEB A; 3RES A; 1TOV A; 1ZBJ A; 3FJ5 A; 3CCE T; 2O4X B; 2JOY A; 1VQL A; 3M54 A; 5CO7 A; 2FPF A; 2LP5 A; 2GTO A; 5GAN g; 5J39 A; 2LMJ A; 5IHN A; 4Q5W A; 2XDB A; 4LXC A; 2YLC A; 3RKX A; 4J9D A; 2RO0 A; 4IUU A; 4X1V A; 2FHD A; 2EQJ A; 1WJQ A; 3EGX A; 5KYY B; 4AMC A; 5KYX A; 4MZM A; 1AWX A; 3BW1 A; 3CXC S; 3V8J A; 1M4Z A; 3HL8 A; 3CD6 A; 2LTO A; 4LUE A; 5KE3 A; 2RHI A; 2IPO B; 1WJR A; 4EMG A; 1Y96 A; 3VS5 A; 3CC2 T; 4XU0 A; 3S3M A; 2KGT A; 3JB9 F; 1OI1 A; 5LJ5 g; 4BB7 A; 1ZUU A; 2MOX A; 3HHT B; 4WTO B; 1TUC A; 2RQU A; 4OB1 B; 1EX4 A; 4N0A A; 2HAX A; 4M78 C; 1BIA A; 4M4Z A; 5A0G A; 1XOV A; 3CCE Q; 4BD3 A; 1Q82 U; 2D8J A; 1B34 A; 1SSF A; 4R0K A; 1QVF S; 4JRI A; 3PMT A; 1AD5 A; 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2DJQ A; 2Y4Y A; 2YT6 A; 4KH0 B; 3JCM e; 3PNW C; 1LNX A; 1OV3 A; 5IH2 A; 3I56 Q; 4LDX A; 4HCB A; 3M0R A; 2F1L A; 4M7A E; 3GLX A; 1M1K C; 1KFZ A; 5GAN 4; 1FX7 A; 3EG1 A; 3I5S A; 1VQ6 A; 2FPD A; 1MV0 B; 4DBH A; 3G4S T; 4PJM A; 4M77 B; 3NMZ C; 5GJW B; 3VRY A; 2WSF E; 4LDV A; 1X75 C; 2DD4 A; 4BE0 A; 4J9C A; 5M9O A; 1QMC A; 4F7U F; 4C5G A; 5EG2 A; 4HCZ A; 2Z0W A; 3VJP A; 2QQS A; 4DOW A; 4LDY A; 3UWN A; 2BZY A; 2A36 A; 4KUL A; 3BY7 A; 3E19 A; 2OAW A; 4A63 B; 2DYB A; 1VQ9 A; 4DBQ A; 2E6N A; 3RUX A; 1AWW A; 3ER0 A; 2M51 A; 4E7Z A; 1E7O A; 4XTZ A; 1I5O B; 1YJW Q; 4HT9 A; 2F2W A; 1W2B S; 1RAI B; 4B6M A; 4PJJ A; 5KYW B; 3M9Q A; 3CCJ T; 3MP8 A; 1PCX A; 2O31 A; 2K3X A; 1KC8 C; 4XU2 A; 1NJI C; 2LCS A; 5FRM A; 1VQ7 A; 1JXO A; 3GOX A; 1WXB A; 3QJY A; 3UT1 A; 3JCM P; 1QLY A; 3FJP A; 4J9I A; 3G4S Q; 1K8A U; 1Q82 R; 1VA7 A; 1M3C A; 1VQ4 A; 3CBP A; 4YTL A; 1KQ2 A; 3CCL T; 1MMD A; 2CT3 A; 2DTO A; 1GCQ A; 5IHI A; 3QUI A; 1PG5 B; 3TCJ A; 4FW2 A; 1CKA A; 1Y71 A; 3SD4 A; 5L8R E; 1H92 A; 2HNI A; 4OMF B; 4DQ2 A; 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