The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
|
sequence length |
90
|
structure length |
90
|
Chain Sequence |
GSSGSSGKPPTYQVLEYGEAVAQYTFKGDLEVELSFRKGEHICLIRKVNENWYEGRITGTGRQGIFPASYVQVSREPRLRLCDDSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the second SH3 domain of human Vinexin
rcsb |
| molecule keywords |
Vinexin
|
| molecule tags |
Cell adhesion
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
6
|
| structure length |
90
|
| sequence length |
90
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2CSI A; 1QLY A; 4DEX A; 3VS7 A; 1ZLM A; 2KRN A; 2L3S A; 4J9E A; 1JO8 A; 1T0J A; 2JMA A; 2IIM A; 2KRM A; 2EPD A; 2JMC A; 3UF4 A; 4CC2 A; 3VRZ A; 3QWX X; 2KT8 A; 2YSQ A; 1Y0M A; 1QCF A; 4GLM A; 2QDL A; 2DX1 A; 1BU1 A; 4OMO A; 1KFZ A; 1U3O A; 2DF6 A; 1QKW A; 2A36 A; 2J06 A; 4WCI A; 1CKB A; 2J6F A; 2VVK A; 1M30 A; 1VYV A; 2EGE A; 1AVZ C; 3I5R A; 4OML A; 4F17 A; 3TSW A; 1PKS A; 1HSQ A; 5HCK A; 2JTE A; 3IQL A; 1GRI A; 2GQI A; 2LCS A; 1UDL A; 4FSS A; 2JM8 A; 2RQV A; 2A08 A; 1FMK A; 1GBQ A; 1UHF A; 1AD5 A; 1S1N A; 3VS0 A; 3U23 A; 1UJY A; 4JZ4 A; 4JZ3 A; 4HVV A; 3FJ5 A; 4LUE A; 1WXB A; 1GFD A; 1OOT A; 2OAW A; 3A98 A; 4J9F A; 4AFQ C; 2LJ0 A; 3UA7 A; 2ESW A; 2FRW A; 1SHG A; 3LH5 A; 1Z9Z A; 1T0H A; 2YUP A; 4JJC A; 4OMN A; 1AWO A; 4F14 A; 2DYB A; 1ZSG A; 1FYN A; 3M0U A; 1UGV A; 1UTI A; 2YUO A; 2ROT A; 3M0R A; 1WXT A; 1GFC A; 2RF0 A; 2LJ1 A; 4X1V A; 4CC3 A; 2F2V A; 1KJW A; 1NG2 A; 1GBR A; 1NLP C; 3THK A; 2D1X A; 3H0H A; 3ZL7 C; 2DE0 X; 2DNU A; 2O88 A; 1UFF A; 4CC4 B; 3NGP A; 1X6B A; 2X3X D; 1AEY A; 1ZUY A; 1X2K A; 2H8H A; 2DVJ A; 2L0A A; 2DL5 A; 1J3T A; 2DL3 A; 1X69 A; 2O2O A; 2LQN A; 3EHR A; 4D8D A; 1PNJ A; 2KXC A; 2LP5 A; 3VS3 A; 5ECA A; 4HCK A; 2FO0 A; 2MOX A; 2PZ1 A; 1M27 C; 1E6H A; 4RUG A; 3H41 A; 2KE9 A; 3I5S A; 1G2B A; 3TSZ A; 1H8K A; 2BZ8 A; 3JV3 A; 3EGU A; 4DEY A; 5IHN A; 1OV3 A; 1AWX A; 2V1Q A; 3M0S A; 2YUQ A; 3C0C A; 1SPK A; 2RMO A; 1WXU A; 2J7I A; 2O9S A; 1BBZ A; 1UJ0 A; 1T3L A; 3PVQ A; 1B07 A; 2DBM A; 2OI3 A; 2C0T A; 1RUW A; 4F16 A; 3RBB B; 2DL4 A; 3VRY A; 2LZ6 B; 4JJB A; 1TUC A; 1YWP A; 2LMJ A; 4JJD A; 1PRM C; 2AKK A; 2ED1 A; 4LN2 A; 5IHI A; 4Z89 A; 1GCQ A; 1VYT A; 1V1C A; 3I35 A; 3QWY A; 1UEC A; 5IXF A; 2ROL A; 3M0T A; 1K76 A; 1K0X A; 2K9G A; 3SHW A; 2ENM A; 2JS0 A; 1VYU A; 1RLQ C; 2EW3 A; 4AFS C; 3VS5 A; 1NYG A; 3M0P A; 2OJ2 A; 3M0Q A; 2I0N A; 2YDL A; 2KT1 A; 2GBQ A; 2SEM A; 5FWB A; 1EFN A; 1K0S A; 2P4R A; 3VS4 A; 2A28 A; 1SEM A; 1YN8 A; 1LCK A; 1MV3 A; 2DA9 A; 2PNI A; 2CSQ A; 2C0O A; 1ZBJ A; 1I07 A; 1X2Q A; 2VWF A; 4LNP A; 3H0F A; 1UUE A; 4HVW A; 2DM1 A; 1QWF A; 2EGC A; 4OMQ A; 2NUZ A; 3PVL A; 1GCQ C; 3VS2 A; 2D0N A; 2FRY A; 4QT7 A; 5IHK A; 1W1F A; 1AOJ A; 2RQT A; 3EG0 A; 4RTX A; 2CDT A; 1W6X A; 2SRC A; 1CKA A; 2C0I A; 2EYZ A; 3PE0 A; 2EGA A; 2FPE A; 2PTK A; 2RN8 A; 2CT4 A; 2K79 A; 2E5K A; 1WA7 A; 2CUB A; 2DJQ A; 2W0Z A; 1GCP A; 1M3C A; 3TVT A; 3EG1 A; 1PRL C; 3EG2 A; 2EYW A; 1GL5 A; 1WX6 A; 2JW4 A; 1ABO A; 2EYY A; 2HCK A; 4A63 B; 4AFU C; 1WI7 A; 1K1Z A; 2LX7 A; 1PHT A; 1NEG A; 4J9C A; 2K7A A; 3O5Z A; 3EG3 A; 1WIE A; 3UA6 A; 2MCN A; 1PKT A; 2KNB B; 1IO6 A; 3NPF A; 2CH4 W; 2KGT A; 2CH4 A; 2DL8 A; 4LUD A; 3ULR B; 1W70 A; 1X43 A; 2YT6 A; 1ZUK A; 2L3Q A; 5L23 A; 2AZS A; 4GBQ A; 1MUZ A; 2VKN A; 1E6G A; 3I9Q A; 1WFW A; 5GJV B; 2JT4 A; 2BZX A; 4HXJ A; 2FPD A; 1I1J A; 4JPB W; 1NEB A; 4IIM A; 1JXM A; 4RTU A; 1JQQ A; 2HDA A; 1ZX6 A; 1K4U S; 1QWE A; 1X27 A; 1SRL A; 2HEQ A; 2DRK A; 2NWM A; 1NM7 A; 2CT3 A; 2EBP A; 1UG1 A; 2JXB A; 2K6D A; 1ABQ A; 1WYX A; 1K9A A; 2LNH B; 1JEG A; 2A37 A; 2GTO A; 1N5Z A; 5IXB A; 2AKL A; 2JS2 A; 4AG2 C; 1Y57 A; 3REB B; 2KRS A; 4CC7 A; 1UE9 A; 3REA B; 2HSP A; 2BZY A; 1AWW A; 1WLP B; 2G6F X; 5I22 A; 1CSK A; 2DBK A; 1U5S A; 3GBQ A; 1AWJ A; 4RTT A; 5EC7 A; 1M8M A; 2L2P A; 1A0N B; 2EVR A; 2F2X A; 4OMM A; 1M3A A; 4KRT A; 1U06 A; 2GGR A; 1ARK A; 1WDX A; 4J9G A; 3UAT A; 2RQR A; 1AZG B; 4D8K A; 2KEA A; 2M0Y A; 4LE9 A; 2KRO A; 1NYF A; 3SEM A; 2J6K A; 2ECZ A; 2B86 A; 5FWC A; 5IH2 A; 1E7O A; 2DLP A; 2MIO A; 2K3B A; 1SRM A; 3R6N A; 4Z88 A; 2DMO A; 2LJ3 A; 1X6G A; 4ORZ A; 3VS1 A; 1KIK A; 4J9I A; 2GNC A; 1YWO A; 1Z9Q A; 5GJW B; 1HJD A; 4AFZ C; 1BK2 A; 3VS6 A; 2FG0 A; 2L3P A; 4ESR A; 2O31 A; 1NLO C; 2RQW A; 2FEI A; 1PWT A; 1UHC A; 1KSW A; 1YNZ A; 4J9H A; 1YP5 A; 2DL7 A; 2D8H A; 1TG0 A; 4R0K A; 4RTY A; 2AZV A; 2EKH A; 3RNJ A; 2M51 A; 2RPN A; 4RTV A; 1G83 A; 1ZUU A; 2XMF A; 2J05 A; 4EIK A; 2F2W A; 2ABL A; 4J9B A; 4OMP A; 1T3S A; 4J9D A; 3CQT A; 1RLP C; 1HD3 A; 2GTJ A; 4ZNX A; 4Y92 A; 1BB9 A; 2CUD A; 2YUN A; 3KFV A; 1YCS B; 2KBT A; 2HBW A; 1OPK A; 2X3W D; 2J6O A; 5I11 A; 2D8J A; 1SHF A; 1SSH A; 1M3B A; 1RI9 A; 3NHN A; 4RTW A; 4M4Z A; 2ED0 A; 1B3Q A; 1VA7 A; 2W10 A; 2DIL A; 2CRE A; 2DRM A; 1OPL A; 1H92 A; 4K11 A; 2K2M A; 2EQI A; 2KR3 A; 2JM9 A; 1MV0 B; 4HVU A; 2BTT A; 1JU5 C; 2V1R A; 2RQU A; 2AK5 A; 4RTZ A; 4AG1 C; 1AZE A; 1TUD A; 1QKX A; 1OEB A; 2LQW A; 3NMZ C; 4Z8A A; 2RNA A; 1I0C A; 4E6R A; 1H3H A; 3H0I A; 2KYB A; 1XOV A; 2KXD A; 3EHQ A; 2EYX A; 2FPF A; 1JXO A; 5FW9 A; 2KYM A; 2O9V A; 4IIO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2IPO B; 1YJW A; 3VS7 A; 4M75 F; 3OA6 A; 5KYW B; 3QXE B; 2D6F A; 2JMC A; 3CCV A; 4CC2 A; 1OZ2 A; 1R0B G; 3M56 A; 3VRZ A; 3JCM h; 2ZGW A; 2YRV A; 2ZZD A; 2KT8 A; 4A4E A; 1FMV A; 2P0P A; 3L1A A; 3H9N A; 2GFA A; 3JCM X; 1PG5 B; 1K73 C; 3QZ5 B; 2A3L A; 5LJ3 e; 4VUB A; 3BY7 A; 3SB2 A; 2EQK A; 2E5Q A; 4J8O A; 2JTE A; 3IQL A; 1GRI A; 1YJ9 T; 4B9W A; 2V8I A; 4IUR A; 4ATO A; 1UDL A; 1PD1 A; 2JM8 A; 3CCJ Q; 4M7D C; 5IN1 A; 4HCB A; 3O8V A; 3CCJ A; 3JCM g; 1I5L A; 2QQA A; 2QTV A; 4NOY A; 1VQM A; 4FCY A; 2COW A; 3UDC A; 3FJ5 A; 4LUE A; 4B9X A; 1OOT A; 2OAW A; 4J6X A; 4J9F A; 5LJ3 f; 4QKU A; 2ZPH B; 2FRW A; 3LH5 A; 3L42 A; 2JOY A; 1G3T A; 1AWO A; 4F14 A; 1UGP B; 1NZ9 A; 3QSU A; 2K5L A; 2VB6 A; 2YUO A; 2QYZ A; 1OX8 A; 4KGZ B; 1WXT A; 3NTK A; 1N8R R; 2K3Y A; 5GAO p; 2KVQ G; 3THK A; 7AT1 B; 2D1X A; 4OB3 B; 2DE0 X; 4M75 D; 2O4X A; 2PUK B; 3T9N A; 5HY6 A; 1X6B A; 3CC4 T; 2XKO C; 2X35 A; 2L0A A; 4JLG A; 4N4I A; 2DL5 A; 1W2B A; 2RJC A; 1X69 A; 4QQG A; 3X20 B; 4M7D F; 3EHR A; 1RAF B; 4LD9 K; 2KXC A; 5ECA A; 4F7U A; 3UPU A; 2MOX A; 1M27 C; 4RG2 A; 2DTO A; 1UGQ B; 2HQE A; 1Q82 C; 1QP2 A; 5IHN A; 4CI0 C; 4R55 A; 1EX4 A; 3M55 A; 3A5Z B; 4J6W A; 3CME T; 2VXE A; 1W4S A; 4C5G A; 2L8D A; 1BBZ A; 3WXM B; 4M75 E; 3PVQ A; 2E10 A; 1XTD A; 2OI3 A; 2H3E B; 2C0T A; 1V29 B; 1RUW A; 2JZ2 A; 5CAI A; 5CKD A; 4F16 A; 3RBB B; 2RB6 A; 2HSE B; 1YIT A; 2MI6 A; 2E3I A; 5GAO m; 4XAX B; 3KUF A; 4F7U B; 5CK9 A; 4IKF A; 1NJI C; 5GAN 5; 4BDY A; 4Z89 A; 2FVU A; 3QWY A; 3SWN B; 2ROL A; 1K73 R; 2EQJ A; 2NUT A; 2COY A; 3QKJ A; 2ENM A; 3OW2 P; 2WSC E; 1VYU A; 2EW3 A; 5KE2 A; 1NYG A; 2RH2 A; 1RAH B; 3GNF B; 2NYS A; 3HRT A; 2YDL A; 3I56 A; 5A0G A; 4E7I A; 4C92 A; 2P84 A; 2KT1 A; 4BI3 A; 1S72 T; 2GBQ A; 1K0S A; 2P4R A; 4EMK C; 2CSQ A; 2C0O A; 4MML A; 1C6V X; 1MGQ A; 2YXY A; 1IRX A; 4M7D D; 2QTX A; 2E6N A; 2RHY A; 2QEX T; 4OMQ A; 1WHL A; 3VS2 A; 3MEU A; 1TXQ A; 2NUT B; 4QT7 A; 5GAN 3; 1AOJ A; 2RQT A; 3EG0 A; 4RTX A; 2CDT A; 3QDR B; 3CCS A; 3PT9 A; 4ZN1 A; 3WVE B; 1OX9 A; 2C0I A; 3PE0 A; 3G71 T; 2FPE A; 4LDW A; 4BDZ A; 1G3Y A; 2EKO A; 2QGG A; 1WA7 A; 3M53 A; 1GCP A; 5D6X A; 2AT1 B; 3M4Y A; 1GL5 A; 2LT4 A; 2JW4 A; 2HCK A; 4A63 B; 2VXF A; 4KUD K; 1K73 U; 4DBH A; 4QQD A; 2CZ1 B; 4R56 A; 1KQS P; 4O5V A; 2QQ9 A; 2DK3 A; 2K7A A; 3OYH A; 3MO8 A; 4M7D E; 3NPF A; 2QEX Q; 2CH4 W; 2KGT A; 4LUD A; 3ULR B; 4FM4 B; 2F5K A; 1SG5 A; 1VQ9 T; 1VOM A; 1ZA2 B; 2H3J A; 2YT6 A; 3JCM W; 1Y96 A; 1MUZ A; 3QDF A; 2LQ8 A; 2BZX A; 3JB9 J; 1I1J A; 1NEB A; 5CVI A; 1VQL T; 1X27 A; 1SRL A; 3CBO A; 4MDW A; 2HEQ A; 2V26 A; 2NWM A; 3DB4 A; 5FU7 C; 2CT3 A; 2M9U A; 4KT0 E; 3M58 A; 2LT1 A; 5GAN 6; 4DOW A; 1M4Z A; 2K6D A; 1ABQ A; 1X75 C; 2QGF B; 3DKM A; 2LNH B; 3E19 A; 4JS4 A; 5GAN e; 3V7C A; 2JS2 A; 1Y57 A; 3RMQ A; 1NJI R; 2BE9 B; 4M77 C; 2KRS A; 4PJJ A; 2BZY A; 1WLP B; 4E7L A; 2G6F X; 2LNV A; 5I22 A; 2DBK A; 5I2M A; 1A0N B; 2EVR A; 3KXT A; 1VQP A; 2CKK A; 1M8V A; 1LJO A; 4MZT A; 1VQL Q; 2DXT A; 2K5I A; 3JCM c; 4J9G A; 4M78 B; 3CPW A; 4RCB A; 3DB3 A; 2RQR A; 1AZG B; 4D8K A; 1EIF A; 1Q82 U; 2X4X A; 1VQ8 Q; 8AT1 B; 4C0D B; 1NYF A; 3SEM A; 3QG1 A; 5KYX A; 1VQ8 A; 3HPW A; 4C8Q D; 1TTH B; 4L6V 5; 4M75 A; 4OVA A; 4BY6 C; 4BE0 A; 2DTI A; 4Z88 A; 3LGF A; 1TOV A; 2PVD B; 2DMO A; 2LJ3 A; 1KHI A; 1X6G A; 3CCR T; 4JRI A; 3CC2 T; 2BE7 D; 5GAM d; 1OI1 A; 5GJW B; 4AFZ C; 1I81 A; 1BK2 A; 4M77 F; 1G8X A; 3R6O A; 2FG0 A; 2FZG B; 1VQ5 T; 1PWT A; 1UHC A; 2OX7 A; 1VQ4 A; 3H6Z A; 1NJI U; 1YP5 A; 1D1C A; 4KH0 B; 4RTY A; 2GQV A; 4UC4 A; 3CCQ T; 4C8Q E; 5FRM A; 1ZUU A; 2PU9 B; 5CO7 A; 3OYA A; 3QBY A; 4A4F A; 1KG1 A; 4KBM B; 4LDV A; 1Q81 C; 2XDB A; 4M75 B; 3CCR Q; 5LJ5 e; 1BB9 A; 3KFV A; 4DA4 A; 1VQ5 Q; 2X3W D; 5KYU A; 2OTL A; 4HA8 A; 2EJ9 A; 3P8D A; 2KK4 A; 4F7U G; 1MNE A; 3OMC A; 3OSS C; 1QQJ A; 2W10 A; 2DRM A; 4J7F A; 1N9S A; 2BTT A; 5HK0 A; 1VQK A; 2HZY A; 3FRN A; 4RTZ A; 1AZE A; 1D0X A; 5GAM h; 3EGX A; 1QKX A; 4XTZ A; 4MZM A; 4C5I A; 3CXC P; 2RJF A; 2KI7 A; 3PTA A; 1PD0 A; 1KC8 C; 4IIO A; 2CSI A; 5KYU B; 3EG9 A; 3JB9 G; 4P5N A; 1QVF A; 4OGC A; 2KRN A; 2L3S A; 4M7D A; 4M77 D; 2JMA A; 2VV5 A; 4BUG A; 2DKG A; 3OYE A; 2E3H A; 2JUF A; 4MDX A; 3PNW C; 3QHS A; 2QDL A; 4BE1 A; 2M02 A; 3BFM A; 4IUP A; 3JAM E; 3EGX B; 1KFZ A; 2E64 A; 1QVG P; 1QKW A; 1BYM A; 2J06 A; 3P8H A; 2MK5 A; 4C92 G; 4J83 A; 1OU8 A; 2JVV A; 1VYV A; 4NS5 A; 2EGE A; 1AVZ C; 4OML A; 3RIR A; 2JTF A; 2MWP A; 1PKS A; 2OTJ Q; 1HSQ A; 3BW1 A; 5HCK A; 2EIF A; 3J80 E; 1MMN A; 2GQI A; 3SD4 A; 3EG9 B; 3FJP A; 4M77 E; 2LCS A; 5FU6 C; 2RI3 A; 2OTJ A; 1WJR A; 4LDX A; 3MCA B; 2L89 A; 4BAC A; 1GBQ A; 3CD6 Q; 1AD5 A; 3EFS A; 3JRZ A; 5CCA A; 1VQN T; 5CR2 A; 3U23 A; 4JZ3 A; 1BI3 A; 3CD6 A; 2BUD A; 1K8A C; 1WXB A; 1IHW A; 4AFQ C; 5AYF A; 3UA7 A; 2ESW A; 2CP0 A; 3CCL A; 2X4Y A; 1W2B S; 1Z9Z A; 1T0H A; 2YUP A; 1Q81 R; 3V8J A; 3OS2 A; 1EZZ B; 2K57 A; 4OMN A; 1UGV A; 5GAN j; 4ANJ A; 1JBM A; 1M1K C; 1GFC A; 2LJ1 A; 4LDU A; 1N8R C; 2HQH A; 1ZSZ B; 2X4J A; 1YJW T; 4XTX A; 1VQN Q; 3ZL7 C; 4FYY B; 2DNU A; 3NTH A; 3DLM A; 2DVE A; 2YRD A; 3OBY A; 3G7Z A; 1RAC B; 2MMP A; 3URG A; 3CCV T; 2F1L A; 3HFO A; 2DL3 A; 3LWI A; 3M9Q A; 5A0D A; 2LP5 A; 5IT9 E; 3X26 B; 1U8R A; 1KHC A; 3H41 A; 2KE9 A; 2DJZ A; 1G2B A; 4HCZ A; 1H8K A; 2BZ8 A; 3JV3 A; 3EGU A; 4DEY A; 3X28 B; 1OV3 A; 2AHJ B; 2GFU A; 4BB7 A; 3C4S A; 1KK7 A; 1YJW Q; 1KC8 R; 2DIQ A; 4YTL A; 2E1H A; 5GAN 7; 4L59 A; 2HAX A; 4C8Q A; 3J7A F; 3CCV Q; 4EMK A; 5GAM e; 1Q81 U; 3OYY A; 1MHN A; 3CCJ T; 1VQM T; 4OB0 B; 4D6W A; 4JRQ A; 1PRM C; 4LN2 A; 2XU8 A; 2RD1 A; 3I35 A; 1UEC A; 2A0F B; 3M0T A; 4PJO C; 1K76 A; 2K9G A; 3SHW A; 3QII A; 1RLQ C; 4WTO B; 4AFS C; 3VS5 A; 5A2Q E; 4HT8 A; 3M0P A; 2XI9 A; 1K9M C; 4ELY C; 2I0N A; 2K2V A; 4RMO A; 5LJ5 j; 5GAM f; 4BD3 A; 4C8Q B; 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