The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
|
sequence length |
76
|
structure length |
76
|
Chain Sequence |
GSSGSSGRRMVALYDYDPRESSPNVDVEAELTFCTGDIITVFGEIDEDGFYYGELNGQKGLVPSNFLEEVSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Endocytosis/exocytosis
|
| molecule keywords |
RIM binding protein 2
|
| publication title |
Solution structure of the third SH3 domain of human RIM-binding protein 2
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
8
|
| structure length |
76
|
| sequence length |
76
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1M3C A; 3H0I A; 4J9E A; 3TSW A; 2K79 A; 2EGC A; 2CSQ A; 2KRN A; 1RLQ C; 2YDL A; 2K6D A; 2DRK A; 1YWP A; 3R6N A; 3H41 A; 1NEB A; 3ZL7 C; 2VKN A; 2DVJ A; 2AZV A; 1WA7 A; 4HVU A; 1X43 A; 2CH4 A; 2DL3 A; 2BZY A; 1PRM C; 1E6H A; 3O5Z A; 1BK2 A; 2JW4 A; 3H0F A; 1S1N A; 2RQT A; 3QWX X; 2KEA A; 2JS2 A; 2O2O A; 4M4Z A; 2RN8 A; 1KFZ A; 4WCI A; 2KRO A; 2OI3 A; 3REB B; 3TVT A; 1M3A A; 1Y0M A; 2BZ8 A; 1AZG B; 2AK5 A; 2FPE A; 4HVW A; 1YP5 A; 1TG0 A; 1UEC A; 3QWY A; 1UHC A; 2RNA A; 2O88 A; 2RQW A; 2C0O A; 2LZ6 B; 1BB9 A; 2NWM A; 1MV3 A; 5FWC A; 1T3L A; 2A08 A; 1U3O A; 2RMO A; 2VVK A; 2JM9 A; 2H8H A; 1B3Q A; 4AFS C; 2MIO A; 3VS2 A; 1J3T A; 1T0H A; 4JPB W; 1SHF A; 3NHN A; 1I0C A; 4J9D A; 5FWB A; 3UAT A; 3EG3 A; 2NUZ A; 2D8J A; 3VS0 A; 2D0N A; 1V1C A; 1G83 A; 3SEM A; 4GLM A; 1I1J A; 4Z88 A; 4LNP A; 2EGE A; 1QWF A; 1UHF A; 1ZLM A; 2FEI A; 3EG2 A; 4E6R A; 4EIK A; 2DX1 A; 2EYY A; 2V1Q A; 3VS5 A; 1ABO A; 2CT3 A; 2B86 A; 4R0K A; 2K3B A; 3RBB B; 2KGT A; 3A98 A; 3M0R A; 1AEY A; 1NG2 A; 2GNC A; 2J7I A; 1AWX A; 2KXC A; 3EG1 A; 3LH5 A; 1OPL A; 2HBW A; 2KBT A; 2V1R A; 1GRI A; 4JZ4 A; 2DM1 A; 5L23 A; 2HDA A; 2F2X A; 1WX6 A; 2KYM A; 2F2W A; 4LN2 A; 1WIE A; 1E7O A; 4CC3 A; 2EKH A; 1GCP A; 2DMO A; 2QDL A; 2IIM A; 4DEY A; 3EHQ A; 2O9S A; 1CKB A; 4RTZ A; 1K0S A; 1Z9Z A; 4QT7 A; 1AZE A; 2A37 A; 4J9H A; 2MOX A; 1PKS A; 2DL4 A; 2GTO A; 4OMQ A; 2LX7 A; 2O9V A; 2KT8 A; 4J9I A; 2RQV A; 1X2Q A; 2DBM A; 1K4U S; 2LQW A; 1SRL A; 4DEX A; 1NLO C; 2YUQ A; 2ESW A; 4J9F A; 1X69 A; 2L3Q A; 1ZBJ A; 3M0P A; 1H8K A; 2FRW A; 5FW9 A; 5IXF A; 2GTJ A; 2EBP A; 2EPD A; 2CRE A; 1CSK A; 2GBQ A; 2JT4 A; 1K1Z A; 2GGR A; 2DL8 A; 2A28 A; 1PNJ A; 2AKK A; 3H0H A; 1ARK A; 1N5Z A; 1G2B A; 1WXT A; 2KT1 A; 1QKX A; 2SRC A; 3UF4 A; 1UFF A; 2CUD A; 3U23 A; 2JXB A; 2JTE A; 1EFN A; 1T3S A; 2JMC A; 2ENM A; 4AFQ C; 4OMM A; 2L3P A; 5IHI A; 1W1F A; 2LP5 A; 1VYV A; 2DE0 X; 3M0Q A; 2J6O A; 3VS4 A; 1YNZ A; 4J9B A; 1HD3 A; 2LNH B; 2YUP A; 1W70 A; 1M8M A; 2P4R A; 3RNJ A; 3VS3 A; 1NYF A; 4A63 B; 2EYX A; 2D1X A; 1NEG A; 2BZX A; 2M51 A; 2C0T A; 2YUO A; 4CC7 A; 2KE9 A; 4J9G A; 1JXM A; 4LUD A; 5HCK A; 4AFZ C; 2DL5 A; 4AFU C; 2RQR A; 1AD5 A; 2J06 A; 3NGP A; 2LMJ A; 1YN8 A; 2W0Z A; 4Z89 A; 2FPF A; 2ECZ A; 2YT6 A; 2K2M A; 1X6B A; 3I35 A; 4GBQ A; 1XOV A; 4RTY A; 1QWE A; 2DIL A; 1LCK A; 3I5R A; 2X3W D; 4JZ3 A; 4OMO A; 1PKT A; 4IIM A; 2ED1 A; 2ABL A; 1X27 A; 1YCS B; 3ULR B; 4F14 A; 2A36 A; 4JJD A; 3M0S A; 2CDT A; 3EHR A; 1KSW A; 1HJD A; 2CH4 W; 2JS0 A; 4RTV A; 3UA7 A; 4RTX A; 2KRS A; 2ROL A; 4J9C A; 1NYG A; 2LCS A; 1RI9 A; 1WFW A; 2GQI A; 1W6X A; 1CKA A; 3CQT A; 3EG0 A; 1UGV A; 1H92 A; 2DBK A; 1JXO A; 1AVZ C; 2FG0 A; 1WLP B; 4RTW A; 4IIO A; 3VS1 A; 1WXU A; 2CUB A; 2DRM A; 1BU1 A; 1OV3 A; 2E5K A; 2J6F A; 2KYB A; 1T0J A; 2DA9 A; 5IHK A; 3VRZ A; 1GCQ A; 1UG1 A; 3KFV A; 2K9G A; 2O31 A; 1QKW A; 1KIK A; 1NM7 A; 5ECA A; 2I0N A; 2EVR A; 1GL5 A; 1WYX A; 2K7A A; 4OMN A; 1OPK A; 4CC2 A; 2OJ2 A; 2EYZ A; 1WI7 A; 1E6G A; 1RUW A; 1UUE A; 3TSZ A; 1JQQ A; 4HCK A; 1UDL A; 2EYW A; 3I9Q A; 2BTT A; 1SRM A; 2FO0 A; 2PZ1 A; 1AOJ A; 4RTT A; 1I07 A; 3NMZ C; 2FPD A; 1PHT A; 1VYT A; 2PNI A; 3THK A; 1SEM A; 1UJ0 A; 1VYU A; 2AKL A; 4HVV A; 1JO8 A; 1K0X A; 4ORZ A; 2L3S A; 4AG2 C; 4K11 A; 3JV3 A; 2W10 A; 4OML A; 1ZX6 A; 2DYB A; 2J6K A; 1X2K A; 1IO6 A; 2ED0 A; 2YUN A; 3FJ5 A; 1PWT A; 1K9A A; 1AWJ A; 2L0A A; 5GJV B; 2LJ1 A; 1VA7 A; 3EGU A; 4RTU A; 1QLY A; 1KJW A; 2LJ3 A; 1UTI A; 3REA B; 1Z9Q A; 1YWO A; 1SSH A; 1M27 C; 2DL7 A; 1GFC A; 4RUG A; 2KNB B; 1H3H A; 5IHN A; 2VWF A; 4AG1 C; 1TUD A; 2J05 A; 3IQL A; 3UA6 A; 3NPF A; 3VS7 A; 4Y92 A; 1WDX A; 1X6G A; 1RLP C; 2FRY A; 1Y57 A; 4JJC A; 5I22 A; 2HEQ A; 2MCN A; 2DLP A; 1MV0 B; 1ZUK A; 2L2P A; 1UJY A; 1HSQ A; 2PTK A; 1M30 A; 2SEM A; 1ZSG A; 4D8D A; 2CT4 A; 1GFD A; 4JJB A; 5IH2 A; 4OMP A; 2CSI A; 2DF6 A; 4HXJ A; 1M3B A; 1JEG A; 2JM8 A; 2M0Y A; 1FYN A; 3PVL A; 3SHW A; 2C0I A; 4LE9 A; 4Z8A A; 2D8H A; 1GCQ C; 2HCK A; 2HSP A; 2EGA A; 3I5S A; 3M0T A; 2RPN A; 2YSQ A; 2EW3 A; 4D8K A; 2OAW A; 2LQN A; 2JMA A; 4LUE A; 2KR3 A; 1SPK A; 4CC4 B; 3PE0 A; 1ZUU A; 1WXB A; 1BBZ A; 2ROT A; 1UE9 A; 1ZUY A; 2G6F X; 3PVQ A; 5I11 A; 4ESR A; 3M0U A; 1SHG A; 5EC7 A; 1NLP C; 1A0N B; 2F2V A; 1AWW A; 3GBQ A; 5GJW B; 4F16 A; 1OEB A; 4KRT A; 2EQI A; 1QCF A; 2DNU A; 1U06 A; 1JU5 C; 2RQU A; 3C0C A; 2X3X D; 1MUZ A; 2XMF A; 4X1V A; 4ZNX A; 3VRY A; 2DJQ A; 1GBR A; 2KXD A; 2LJ0 A; 4F17 A; 2AZS A; 1TUC A; 1GBQ A; 1K76 A; 3VS6 A; 1B07 A; 4FSS A; 1U5S A; 1FMK A; 1ABQ A; 1OOT A; 1PRL C; 2RF0 A; 5IXB A; 2KRM A; 1AWO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2Z0W A; 4M78 B; 2WSC E; 1M1K C; 2CYZ B; 2EIF A; 1YJ9 Q; 1YWP A; 2KMT A; 3H41 A; 5CKF A; 1NEB A; 2DVJ A; 5GAN e; 5GAN 3; 2AZV A; 3CXC P; 3M58 A; 3PNW C; 2QAS A; 4C5E A; 4L5G A; 2BZY A; 1PRM C; 4JRK A; 3P8D A; 1S1N A; 2KEA A; 2JS2 A; 4XU2 A; 1N8R U; 4C8Q E; 4YTL A; 3CCS Q; 5M9O A; 2VC8 A; 1N8R R; 1G3Y A; 4HVW A; 3VJP A; 1UEC A; 4C0Z A; 1WHG A; 4P5N A; 4C8Q G; 1VQN A; 3CCM T; 1BB9 A; 2LX9 A; 5LJ5 g; 2A08 A; 1ZHI A; 2VVK A; 2H8H A; 1QVG P; 2XD0 A; 3JCM V; 2QEX Q; 4MZM A; 2P84 A; 5C0M A; 2PVO B; 4DBQ A; 4M7D F; 3JB9 G; 3CCE A; 1V76 A; 3DLM A; 4O6J A; 4EMK C; 1V1C A; 3CCV T; 4Z88 A; 2RHX A; 2MF2 A; 3NTK A; 1LOJ A; 1ZLM A; 1WGS A; 4J7I A; 4E6R A; 1G5V A; 2QGG A; 2HMA A; 1Q81 U; 3CPW P; 1ABO A; 4R0K A; 3MO8 A; 4XAX B; 3BE3 A; 1FXX A; 3QYG B; 1Q81 R; 3JCM h; 1SSF A; 1K8A U; 2E3I A; 1M4Z A; 1NG2 A; 3OW2 P; 1K8A R; 3CEY A; 1OPL A; 3MHX A; 1GRI A; 3TQ7 P; 1WX6 A; 3CBM A; 4LD9 K; 3KBG A; 1GCP A; 2FYK A; 1IRE B; 2NUT B; 3EHQ A; 1CKB A; 3E1S A; 3MJX A; 4J9H A; 3ME9 A; 4X9D A; 1F1B B; 5IN1 A; 2QA4 A; 4J9I A; 2IPO B; 1D1B A; 5GMK i; 4ZGE B; 4BI8 B; 2DBM A; 2DXT A; 1M1G A; 4LDU A; 5GAO m; 3VV0 A; 4A54 A; 3OBY A; 4J83 A; 3LWH A; 3GNG A; 3JCM W; 3M0P A; 2NUT A; 4M7A E; 5GAN 4; 2EQJ A; 2GTJ A; 2CRE A; 4BAC A; 2E10 A; 1CSK A; 4ZGJ B; 3DKM A; 2JT4 A; 2DPP B; 2JVV A; 3QJ6 A; 4LDX A; 1VQ8 T; 2MYS A; 5CIU A; 1WQW A; 4JS4 A; 1PSF A; 1QKX A; 2OTJ A; 1YJW A; 3JCM g; 2SRC A; 1UFF A; 3OYJ A; 3L2Q A; 4F7U B; 1M2V B; 4M77 D; 2L3P A; 3MCA B; 3A8G B; 4PKC C; 4FU6 A; 2BIV A; 1KQS P; 4KBM B; 2DE0 X; 2GF7 A; 3PIO A; 2COY A; 1B7T A; 3VS4 A; 5HKC A; 1QMC A; 1YNZ A; 3BDL A; 4VUB A; 3QII A; 2JJ9 A; 1MHN A; 2DFU A; 2LNH B; 4FW2 A; 1W70 A; 1M8M A; 1HYO A; 2QXF A; 2M1H A; 4F7U A; 3QJY A; 1M2V A; 4BD3 A; 2KE9 A; 4FYW B; 1JXM A; 4J9G A; 3LX7 A; 5HCK A; 4AFU C; 2LQ8 A; 2J06 A; 2X51 A; 2VGN A; 4M77 A; 2LVM A; 2QK0 A; 3MP8 A; 4PJN A; 3J7A F; 3EFS A; 2YT6 A; 3HHT B; 4LDW A; 1OZ2 A; 1XOV A; 1YIT A; 5GMK m; 1QWE A; 3I5R A; 3G71 Q; 4E7L A; 4OMO A; 1BI0 A; 2CZ7 B; 4M78 F; 3CMA A; 2ED1 A; 3JB9 I; 4F14 A; 1KD1 C; 2RK1 A; 4KGX B; 2CP5 A; 2VUB A; 3M0S A; 1HJD A; 3PGG A; 1X01 A; 1VOM A; 3I55 Q; 2KRS A; 2ROL A; 4XTV A; 1WFW A; 3VKI A; 5GAO q; 3OQ5 A; 2JUF A; 1Q7Y C; 1UGV A; 4BY6 B; 2DBK A; 2RJC A; 1JXO A; 5CQY A; 4RTW A; 2R5A A; 2DRM A; 3VU3 C; 3JB9 H; 2J6F A; 2DA9 A; 1M90 U; 3VRZ A; 1YJN Q; 3KFV A; 1IGQ A; 2K9G A; 5LJ3 e; 3WXM B; 3OSS C; 4AT1 B; 1M90 R; 1ZA2 B; 1NE8 A; 1OPK A; 2MPX C; 2OJ2 A; 4NS5 A; 1RUW A; 1UUE A; 1YI2 T; 4M75 B; 3TSZ A; 3HFO A; 2ZPF B; 4GY5 A; 3V8K A; 3HP9 A; 1SRM A; 3CD6 Q; 4ZGD B; 1I8F A; 3NMZ C; 1PHT A; 1VYT A; 2PNI A; 4J5Y A; 3N5B B; 4M75 A; 3THK A; 4BE1 A; 1SEM A; 2HD0 A; 2LRQ A; 1K0X A; 2E41 A; 4K11 A; 3VUB A; 1PCX A; 2CP2 A; 4OML A; 1ZX6 A; 3G7Z A; 4BI4 A; 4JJN K; 2J6K A; 2CP7 A; 3A1P A; 2WSE E; 1PWT A; 1K9A A; 1R0C B; 2V8K A; 3EGU A; 3EH1 A; 4L59 A; 1UTI A; 2XIC A; 2D0Q B; 1YHQ A; 1YWO A; 2BE9 B; 1YIT Q; 3RR6 A; 3M5A A; 2K5F A; 1TUD A; 1M2O A; 2J05 A; 1QP3 A; 3CMA Q; 4KUD K; 2FHD A; 1WDX A; 2QI2 A; 3C4S A; 5GAO r; 3A8H B; 8ATC B; 2DXB A; 2O01 E; 5I22 A; 2QAZ A; 2MCN A; 1K9M C; 4FL6 A; 4E7H A; 1MMA A; 1MV0 B; 1ZUK A; 4Y91 A; 2OX7 A; 4KT0 E; 1QCN A; 2VAS A; 2ZPI B; 1TOV A; 4F7U E; 5C6S A; 2NUP A; 2DTH A; 1C6V X; 1VQL A; 1NPP A; 3M55 A; 5IH2 A; 1D0Y A; 4C0F A; 4M77 E; 4OMP A; 4PJL A; 4DBH A; 4HXJ A; 1JEG A; 2M0Y A; 5CAI A; 4Z8A A; 2D8H A; 2HCK A; 2HSP A; 1BIB A; 3FLG A; 4HT9 A; 5J39 A; 1OX9 A; 3RKW A; 2M0O A; 4EMH A; 4D8K A; 3CCL T; 2OAW A; 2LQN A; 4KGZ B; 4M77 G; 5LJ5 e; 2HZY A; 2KR3 A; 3QPH A; 3UT1 A; 2QQS A; 3HKS A; 1WPY A; 2ROT A; 1IZ6 A; 3MPU B; 1ZUY A; 2G6F X; 5I21 A; 1KQ1 A; 3PVQ A; 3V8J A; 5I11 A; 1SHG A; 1A0N B; 2JNG A; 1VQ9 A; 1AWW A; 4J6X A; 2XDP A; 3G6E A; 1TSF A; 4CI0 C; 1UGQ B; 1EX4 A; 3C0C A; 4AMC A; 2X3X D; 3OYE A; 2XMF A; 4X1V A; 1Q86 U; 3FIF A; 2KXD A; 3E19 A; 4M7D B; 3VYG A; 3VS6 A; 4FSS A; 4A53 A; 3H0I A; 3URG A; 2EGC A; 4RCB A; 2CSQ A; 3M53 A; 3F70 A; 3MEV A; 2HKQ B; 1TU0 B; 2MK5 A; 4FM4 B; 8AT1 B; 2YDL A; 4O5V A; 1V29 B; 3R6N A; 1YBY A; 3X24 B; 4M7D A; 5FRM A; 3CC7 A; 2CH4 A; 1PSE A; 1MGQ A; 1E6H A; 3OYK A; 3H0F A; 3QWX X; 2O2O A; 4M4Z A; 2RN8 A; 4JLI A; 3C94 A; 4M75 E; 2KRO A; 4WCI A; 3G4S Q; 2EKO A; 3RKX A; 3OSV A; 3OYC A; 3REB B; 1Y0M A; 5GAO n; 2OTL T; 2BZ8 A; 2DTO A; 1WHH A; 4RG8 A; 4XU1 A; 1TG0 A; 3QWY A; 4F04 B; 1UHC A; 4ELZ C; 4C0D C; 4MZP A; 2RQW A; 3CCS A; 3Q1J A; 3OS1 A; 3SWN C; 4M75 F; 2NYS A; 3JCM e; 2RMO A; 2L8D A; 2JM9 A; 4JUV A; 1YCY A; 2MWO A; 2MIO A; 4DBR A; 3OB9 A; 3CCQ T; 4GLK A; 1SHF A; 2DER A; 1I0C A; 4E7Z A; 3AHU A; 1ZA1 B; 4J9D A; 5FWB A; 3EG3 A; 3CCJ T; 2NUZ A; 3VS0 A; 3RMS A; 2LCL A; 2D0N A; 2DKG A; 4GLM A; 1ZSZ C; 4PJO F; 2QEX A; 1BKB A; 2HQE A; 3EG2 A; 2LC4 A; 4M7A D; 1WQ7 A; 1VQP Q; 4EIK A; 2DX1 A; 1KD1 U; 2EYY A; 3A5Z B; 4PJJ A; 2V1Q A; 2JTM A; 2CT3 A; 4M7A C; 2B86 A; 4J6W A; 4OB3 B; 3V8L A; 4A4F A; 3OS0 A; 1KD1 R; 3RER A; 1G3W A; 3GPL A; 1VQ9 Q; 3RBB B; 4HCC A; 2KGT A; 1K73 C; 3M59 A; 3M0R A; 2P0Q A; 5GAM h; 1LVK A; 2A7Y A; 3LYI A; 1H3Z A; 1AEY A; 2J7I A; 1PD0 A; 3EG1 A; 4MZT A; 3LH5 A; 2X4J A; 4BI3 A; 1D09 B; 3BW1 A; 2MI6 A; 3CCR Q; 3ASK A; 1WZO A; 5L23 A; 5GAN 8; 2HDA A; 5HK0 A; 2F2W A; 4LN2 A; 1Q7Y R; 6AT1 B; 1YIJ T; 2EKH A; 3QZ9 B; 4UC4 A; 2IIM A; 2QQA A; 3JAM E; 2O9S A; 3CCJ Q; 2L89 A; 4RTZ A; 2FZG B; 1K0S A; 1W2B A; 2K3Y A; 2DL4 A; 5GAN d; 2O9V A; 2KT8 A; 3TEE A; 2RQV A; 4M78 D; 2R57 A; 1TUG B; 2X4X A; 1K4U S; 3R6O A; 5A2Q E; 1NLO C; 3HRU A; 4J9F A; 1X69 A; 3CC2 Q; 3CCV A; 1H8K A; 1VQ6 T; 3CC7 Q; 4ZN3 A; 1VQ5 T; 5IXF A; 4NL3 A; 4FYV B; 2EPD A; 2RI5 A; 1K1Z A; 3X26 B; 3P8H A; 4KUI A; 1VQ4 T; 3MEU A; 1O9S A; 1ARK A; 2YRD A; 1S72 T; 1G2B A; 1MMG A; 3JB9 J; 3M9Q A; 4Q5W A; 2KT1 A; 2GQV A; 2X4Y A; 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