The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
|
sequence length |
80
|
structure length |
80
|
Chain Sequence |
GSSGSSGHERVGNLNQPIEVTALYSFEGQQPGDLNFQAGDRITVISKTDSHFDWWEGKLRGQTGIFPANYVTMNSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of Hypothetical protein SH3YL1
rcsb |
| molecule tags |
Unknown function
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
SH3YL1 protein
|
| total genus |
8
|
| structure length |
80
|
| sequence length |
80
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-12-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DF6 A; 2ECZ A; 2J7I A; 2KT1 A; 1QWE A; 1X6B A; 2C0O A; 3VS6 A; 1TUD A; 2FPE A; 2ENM A; 1QKX A; 1ARK A; 2FRY A; 1GBR A; 2KR3 A; 4CC7 A; 3UAT A; 1SRL A; 1YCS B; 1QWF A; 4AG2 C; 2KYB A; 2OI3 A; 2YT6 A; 2GTJ A; 1UE9 A; 1WXB A; 2JXB A; 2BZ8 A; 1FYN A; 4ORZ A; 5HCK A; 1GCQ C; 1U3O A; 2DL4 A; 3TSZ A; 3I5S A; 1SEM A; 4LUE A; 5IHN A; 1GL5 A; 5IXB A; 2I0N A; 3VS1 A; 2LZ6 B; 4HXJ A; 1NG2 A; 3I9Q A; 1NEG A; 2RF0 A; 2SRC A; 2X3W D; 5IHK A; 1W6X A; 2K6D A; 1FMK A; 4R0K A; 3U23 A; 2A08 A; 4J9I A; 2DL3 A; 2O9S A; 2DNU A; 1BB9 A; 2D1X A; 2FG0 A; 2DRK A; 1QCF A; 3TSW A; 4OMP A; 1W1F A; 5FW9 A; 2DIL A; 4Z88 A; 2FEI A; 1Y0M A; 1JO8 A; 1OPK A; 2V1Q A; 1GBQ A; 1SRM A; 3M0T A; 4RTX A; 3VS4 A; 4J9H A; 2KE9 A; 1WFW A; 2PNI A; 1BBZ A; 3EG0 A; 2AK5 A; 4CC2 A; 3VS7 A; 2YUQ A; 2HDA A; 1ZUK A; 2XMF A; 3VS3 A; 1V1C A; 3EHQ A; 1OPL A; 1GCP A; 4JJD A; 2K3B A; 3EG2 A; 1WXT A; 4RTT A; 1H92 A; 3UF4 A; 5ECA A; 2PZ1 A; 1KIK A; 2DL5 A; 5L23 A; 2FPF A; 2ROT A; 4EIK A; 2YDL A; 1M30 A; 1WIE A; 1Z9Z A; 2G6F X; 1X69 A; 1EFN A; 4IIO A; 2EVR A; 2LX7 A; 1QLY A; 1VYT A; 1WYX A; 2BZY A; 5I11 A; 4IIM A; 3H0I A; 2EBP A; 4GBQ A; 1WXU A; 4OMM A; 4OMO A; 2SEM A; 5IHI A; 4JZ3 A; 2HCK A; 2F2X A; 2DMO A; 1I0C A; 1UG1 A; 1ZUU A; 1K0S A; 1NEB A; 1UJ0 A; 2MIO A; 2EYZ A; 2JS0 A; 4F17 A; 2JW4 A; 2MOX A; 2AKK A; 2D8H A; 2JM9 A; 2DX1 A; 2LQW A; 1JXM A; 2RQR A; 4HVW A; 2GNC A; 3H41 A; 2KRO A; 2KRM A; 1UDL A; 3NHN A; 4ESR A; 2CT3 A; 3THK A; 1CKA A; 1G83 A; 1GCQ A; 4Z8A A; 1HJD A; 3QWX X; 4JJC A; 1AEY A; 1M3A A; 1PWT A; 2EYW A; 3RBB B; 2K7A A; 2C0I A; 2AKL A; 2LP5 A; 2DBK A; 3PVQ A; 2YSQ A; 4X1V A; 2J05 A; 2BTT A; 1E6H A; 1SHG A; 2W10 A; 4FSS A; 3ZL7 C; 1M8M A; 1UFF A; 4A63 B; 3PE0 A; 1YNZ A; 1IO6 A; 1J3T A; 2GQI A; 2DL8 A; 2QDL A; 2EGC A; 1NYG A; 1Z9Q A; 2PTK A; 2M51 A; 4J9G A; 1QKW A; 2RMO A; 4AFQ C; 3VS0 A; 2KXC A; 4Z89 A; 1AWJ A; 1K9A A; 4QT7 A; 4J9C A; 2KRS A; 2YUO A; 4Y92 A; 2EYY A; 2O2O A; 1AWO A; 3C0C A; 4KRT A; 1JXO A; 1UHC A; 2L3S A; 1X27 A; 3I5R A; 2GTO A; 4J9E A; 1KJW A; 3H0F A; 5IH2 A; 1A0N B; 4GLM A; 2JMC A; 5IXF A; 1NLP C; 5FWB A; 2DA9 A; 2LJ0 A; 2DL7 A; 1I07 A; 5GJV B; 4F16 A; 1T0J A; 2KNB B; 2LJ1 A; 1AZG B; 2EYX A; 2YUP A; 2CUD A; 2L2P A; 3QWY A; 1OEB A; 2RQU A; 2RPN A; 1N5Z A; 4RUG A; 4RTW A; 3LH5 A; 4OML A; 2A37 A; 3NPF A; 2KT8 A; 2F2W A; 2HBW A; 2X3X D; 2JT4 A; 1OV3 A; 2K2M A; 2HEQ A; 2FPD A; 1RI9 A; 2KRN A; 2VVK A; 3VS2 A; 1TG0 A; 1M27 C; 1YWP A; 4RTU A; 1UJY A; 1G2B A; 3PVL A; 1AOJ A; 2EW3 A; 4K11 A; 2E5K A; 1PNJ A; 1PRL C; 2L3Q A; 1ZBJ A; 2O88 A; 2KEA A; 1H3H A; 1E6G A; 2CSQ A; 2CRE A; 3UA6 A; 2YUN A; 2LJ3 A; 2K79 A; 3I35 A; 4WCI A; 4AFU C; 2EPD A; 3M0Q A; 1NLO C; 2RN8 A; 2OAW A; 2EGE A; 2ABL A; 3IQL A; 1AD5 A; 3NMZ C; 2J6K A; 1ZSG A; 4DEX A; 4D8K A; 2JS2 A; 1UGV A; 5EC7 A; 2DJQ A; 3KFV A; 1PHT A; 3SHW A; 2D0N A; 2O9V A; 3REB B; 3EGU A; 4OMQ A; 2FO0 A; 1ABQ A; 2B86 A; 2HSP A; 5GJW B; 2ED1 A; 1BK2 A; 1MUZ A; 1YN8 A; 2J06 A; 4D8D A; 1E7O A; 1K4U S; 3GBQ A; 3SEM A; 3JV3 A; 1AZE A; 2GBQ A; 2DYB A; 2ROL A; 2LQN A; 3M0U A; 2L3P A; 2A36 A; 4RTZ A; 4JZ4 A; 2K9G A; 2J6O A; 1B3Q A; 1JEG A; 2CT4 A; 2EKH A; 2LNH B; 1KFZ A; 2EGA A; 1WDX A; 4LUD A; 1OOT A; 4RTY A; 4RTV A; 4HCK A; 1X43 A; 1NM7 A; 2KXD A; 1MV0 B; 1AWW A; 3REA B; 2BZX A; 4F14 A; 3M0P A; 1KSW A; 3RNJ A; 1CKB A; 2EQI A; 3H0H A; 1X2Q A; 4LE9 A; 3NGP A; 2AZS A; 1H8K A; 3FJ5 A; 2IIM A; 3R6N A; 1T3L A; 4DEY A; 2H8H A; 2NUZ A; 1WX6 A; 2NWM A; 1XOV A; 2JMA A; 1RUW A; 1M3C A; 1U06 A; 1TUC A; 1UEC A; 5I22 A; 1VYV A; 2LMJ A; 1VA7 A; 4J9D A; 1ZX6 A; 1SSH A; 1SHF A; 4LNP A; 2DE0 X; 1ZLM A; 2J6F A; 4AFS C; 2CDT A; 2VKN A; 4J9B A; 2VWF A; 1JQQ A; 1WI7 A; 1W70 A; 2P4R A; 4M4Z A; 4CC4 B; 1HD3 A; 2A28 A; 2DBM A; 2DRM A; 2CUB A; 4ZNX A; 3EG1 A; 4LN2 A; 1AWX A; 2DM1 A; 1PKT A; 4JJB A; 2RQT A; 1CSK A; 1PKS A; 1T0H A; 1B07 A; 3A98 A; 3O5Z A; 1I1J A; 1LCK A; 1JU5 C; 1AVZ C; 1YWO A; 1U5S A; 2ED0 A; 4AG1 C; 3EG3 A; 4HVV A; 1YP5 A; 2FRW A; 1K1Z A; 1M3B A; 3M0R A; 4CC3 A; 2CSI A; 1VYU A; 1RLP C; 1WLP B; 1Y57 A; 1GRI A; 4J9F A; 4JPB W; 3M0S A; 2CH4 A; 1UUE A; 3CQT A; 1MV3 A; 4OMN A; 2LCS A; 1BU1 A; 3VS5 A; 1X2K A; 3UA7 A; 1NYF A; 1K76 A; 4AFZ C; 2CH4 W; 1S1N A; 2RQV A; 1WA7 A; 2JTE A; 3ULR B; 2OJ2 A; 3EHR A; 2M0Y A; 2ESW A; 4HVU A; 2V1R A; 3TVT A; 5FWC A; 2DVJ A; 2O31 A; 1ABO A; 1X6G A; 2AZV A; 2F2V A; 2KGT A; 1GFC A; 2KBT A; 1PRM C; 1K0X A; 2JM8 A; 4E6R A; 1HSQ A; 1UTI A; 1T3S A; 3VRY A; 2L0A A; 1RLQ C; 2RNA A; 2D8J A; 3VRZ A; 2GGR A; 2KYM A; 2C0T A; 2RQW A; 2DLP A; 1GFD A; 1UHF A; 2W0Z A; 2MCN A; 1SPK A; 1ZUY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5GAO r; 1VQP Q; 5KYX A; 1RAA B; 5M9O A; 2CZ1 B; 1KG1 A; 1ARK A; 3CBO A; 2FRY A; 4XTV A; 2KR3 A; 4QVD A; 4C0D B; 4C5H A; 4E7L A; 2RI3 A; 4CC7 A; 3OYD A; 1SRL A; 2CP5 A; 4L5G A; 4JS4 A; 2OI3 A; 4KH1 B; 2DTI A; 3JCM h; 2BZ8 A; 4M77 B; 1GCQ C; 3EG9 B; 1JJ2 S; 4M77 A; 1WHG A; 2DL4 A; 2X4J A; 4JRI A; 3I5S A; 1SEM A; 2ZAE A; 5IHN A; 3CCL Q; 2I0N A; 1Q81 C; 4YTL A; 4DBQ A; 4HXJ A; 2HZY A; 3E1S A; 3RIR A; 5LJ5 j; 1VQL T; 1NEG A; 2FYK A; 5IAY A; 4C8Q F; 1VQO Q; 3P8H A; 5KCH A; 2DL3 A; 5LJ5 e; 9ATC B; 1I5O B; 2FG0 A; 2DRK A; 3NTK A; 4C92 G; 2DIL A; 5I21 A; 1IXD A; 4JLG A; 3CCJ A; 3RKY A; 1JO8 A; 1OPK A; 4LDV A; 1SRM A; 1WFW A; 2KE9 A; 3OB9 A; 1Q86 C; 3WXM B; 1VQN A; 2K2V A; 3EG0 A; 1VQ8 Q; 2EWN A; 5GAO q; 4X9D A; 3VS7 A; 1PM3 A; 1PC0 A; 2BKD N; 4BE0 A; 5KYW A; 2MK5 A; 3FDR A; 4A4F A; 5GAM f; 5GAN 7; 2H3E B; 1GCP A; 5IN1 A; 1YHQ T; 3CC2 Q; 4RTT A; 1H92 A; 2C06 A; 3AHU A; 5ECA A; 3ME9 A; 1K9M U; 2FPF A; 1XTD A; 1N6A A; 1M30 A; 2ZCF B; 5L8R E; 3CCV A; 1M1F A; 4IIO A; 2EVR A; 1I8F A; 5IT9 E; 1VYT A; 2BZY A; 2JJ9 A; 1C1A A; 5I11 A; 2KAF A; 4IIM A; 3H0I A; 2EBP A; 4GBQ A; 4OMM A; 4IUQ A; 4OMO A; 2QTX A; 1N8R C; 3MP6 A; 4JZ3 A; 4BDZ A; 2DMO A; 1UG1 A; 2IG0 A; 1YJW Q; 3ZBD A; 3CCE Q; 1K73 R; 3WVE B; 3PFS A; 4HCB A; 3QDR B; 3MP8 A; 2JW4 A; 4PJO A; 3JB9 H; 1M90 U; 1EX4 A; 2LQW A; 2RQR A; 5CIU A; 2QAS A; 1D3B A; 1G83 A; 4C0G A; 5LJ3 d; 2D6F A; 2YWW A; 4JJC A; 1AEY A; 1PSF A; 4KH0 B; 3RBB B; 1JRI A; 2EKO A; 3M55 A; 4EMH A; 4M7A E; 2AKL A; 2LP5 A; 4XTW A; 4X1V A; 2ZPB B; 3SB2 A; 2E64 A; 2RHY A; 2HQE A; 1QW1 A; 3CPW A; 1RAC B; 5A0D A; 3PE0 A; 1G3S A; 1IHV A; 2GQI A; 5A0L A; 2K5I A; 1TS9 A; 3QII A; 5GAN 6; 2EGC A; 1Z9Q A; 3LWI A; 2PTK A; 2M51 A; 4J9G A; 1WJQ A; 1VQK A; 4MML A; 4M78 G; 1S72 A; 3E9F A; 2KXC A; 3CMA T; 1K9A A; 3JB9 I; 3JB9 G; 3CCL A; 4J9C A; 2NUT A; 2YUO A; 3MEV A; 1W2B P; 2O2O A; 1UGR B; 4KT0 E; 1BKB A; 4KRT A; 1X27 A; 3I5R A; 4BI4 A; 3CCQ A; 3X25 B; 5KCO A; 4N4H A; 1D1C A; 4B6M A; 2XD0 A; 5KYN A; 1M9S A; 5IXF A; 2M1H A; 2LJ0 A; 2DL7 A; 2QA4 A; 5GAN 3; 1I07 A; 3JCM d; 5GAO l; 4F16 A; 2LJ1 A; 5I2M A; 4PFZ A; 2EYX A; 2CUD A; 4M75 F; 3FJP A; 2XU8 A; 4OML A; 4M7A F; 2KT8 A; 4OGE A; 5D6X A; 1OV3 A; 1RI0 A; 3EGX A; 3VYH B; 3QO3 A; 2DIQ A; 3CC2 A; 4MZT A; 4MMK A; 2V8K A; 2H3J A; 2VVK A; 3A8H B; 1EIF A; 1SSF A; 4RCC A; 3R6O A; 4F7U B; 2LC4 A; 4PFO A; 3X28 B; 4N4I A; 1AOJ A; 4RKU E; 4C5I A; 3TQ7 P; 2EW3 A; 5D6Y A; 4K11 A; 5GAM j; 2E5K A; 1RAH B; 1PRL C; 3I55 A; 3PMT A; 2L3Q A; 4LDW A; 2CSQ A; 2NUP A; 5GMK j; 3QSU A; 2XDD A; 2E1H A; 2YUN A; 1YJW A; 2X51 A; 4EMK C; 1Q82 U; 5I2S A; 4AFU C; 2EPD A; 3M0Q A; 2RN8 A; 2OAW A; 2EGE A; 2COY A; 5GMK e; 3CCJ T; 3IQL A; 4ZGD B; 1AD5 A; 4PFP A; 2J6K A; 3S3N A; 1VQN T; 4M7D E; 2LT4 A; 4KUL A; 3V7S A; 3FRN A; 1TOV A; 1VQL Q; 2YRV A; 2QQA A; 4C8Q C; 1JJ2 A; 2ED1 A; 1MUZ A; 4C8Q D; 3ZFJ A; 3MEU A; 3NTI A; 3PIP A; 2GBQ A; 4C5E A; 2ZPH B; 4ZN3 A; 2E6N A; 1TH7 A; 4RTZ A; 5GAN f; 3M9Q A; 3CCV T; 2DEQ A; 2P0Q A; 2Y4Y A; 2K9G A; 2CT4 A; 5FLX E; 1O9S A; 2EKH A; 4BD3 A; 4FCY A; 4PLL A; 4RTY A; 2CZ0 B; 1X43 A; 2LQK A; 3G6E A; 1K8A R; 1YHQ Q; 4XU1 A; 2YRC A; 3M0P A; 1KSW A; 1M1K U; 3H0H A; 3RER A; 2JOY A; 2V26 A; 4XTZ A; 1OU9 A; 3FJ5 A; 1QVF A; 4C92 A; 1KD1 U; 2H8H A; 4XU2 A; 3JB9 J; 5GAN 4; 4FW2 A; 2NWM A; 1XOV A; 2JMA A; 3I56 A; 4DOW A; 1FWZ A; 1U06 A; 2WSC E; 4PNO A; 1LJO A; 1VYV A; 2WAC A; 2EQM A; 5DM7 R; 2COW A; 4M7D F; 2EAY A; 2XKO C; 2LMJ A; 2VGN A; 1TU0 B; 4J9D A; 3FLG A; 1SHF A; 4FU6 A; 3HKS A; 1GXI E; 2J6F A; 3UWN A; 4BAC A; 5CKD A; 1RAB B; 1JQQ A; 1WI7 A; 1I5L A; 3OYH A; 1ZQ1 A; 3V7C A; 1IHW A; 5LJ5 h; 5GAN d; 1HD3 A; 2LRQ A; 4ZGJ B; 3MCA B; 1VQK T; 3CEY A; 3AT1 B; 1S72 T; 1PKT A; 1R8O B; 2QK0 A; 2OAU A; 4DQ2 A; 3OYG A; 3HRS A; 3CCL T; 1T0H A; 3A1P A; 2RK1 A; 2QGG A; 2MWO A; 1I1J A; 1LCK A; 2RD1 A; 3J80 E; 1G8X A; 4RMO A; 2V8J A; 3CCQ T; 2DD4 A; 1VYU A; 3EFS A; 4JPB W; 2DK3 A; 2CH4 A; 1QVP A; 1MV3 A; 2X4Y A; 5CKE A; 2QA4 T; 1ZSZ C; 1BU1 A; 5GAN 2; 1UEB A; 5HY6 A; 1K76 A; 4AFZ C; 3CMA Q; 2RQV A; 1U1T A; 3ULR B; 4OP0 A; 2ESW A; 3A5Z B; 4XTU A; 5GAM g; 3VUB A; 3RR6 A; 4QW2 A; 8AT1 B; 1GFC A; 2NYS A; 1M90 C; 3OYF A; 3VRY A; 4M77 F; 3M4Y A; 4PJO G; 3CC2 T; 2D8J A; 2GGR A; 2PVD B; 1NZ9 A; 3V8L A; 1ZUY A; 3L2R A; 3QKJ A; 2C0O A; 2JVV A; 4FYY B; 4M78 B; 4QKU A; 1TUD A; 1QKX A; 3I55 T; 4O6J A; 1BIA A; 4E2F B; 4M75 C; 2FVU A; 2QI2 A; 3QG1 A; 3PMI A; 4M7A C; 4M75 D; 3JCM Q; 1M2V B; 4F04 B; 1YJW T; 1IZ6 A; 4KBM B; 4M7A D; 4AG2 C; 2P0K A; 2GTJ A; 1YI2 A; 1UE9 A; 1WXB A; 1FYN A; 2CZ6 B; 4ORZ A; 1KQS P; 5HCK A; 3JCM W; 2XI9 A; 4AMC A; 3GPL A; 2RI5 A; 1TXQ A; 3X20 B; 2BIV A; 5IXB A; 1RAI B; 3F70 A; 2RF0 A; 1W6X A; 2K6D A; 1ACM B; 4QQ6 A; 2DNU A; 1BB9 A; 2D1X A; 1XNI A; 4L6V 5; 4OMP A; 5FW9 A; 3CCJ Q; 3M54 A; 3MHX A; 3X24 B; 1FXX A; 3OYN A; 2A3L A; 2V1Q A; 2DFU A; 1VQN Q; 3PGG A; 1Y7X A; 1MNE A; 4CC2 A; 2YUQ A; 3ER0 A; 3G6E T; 1V1C A; 4NS5 A; 4FM4 B; 3SWN A; 1B34 B; 1PD1 A; 3A8O B; 3EHQ A; 2DEU A; 3G1J A; 2WSF E; 3LYI A; 4JJN K; 3EG2 A; 3GF5 A; 5D6W A; 2RI2 A; 3KBG A; 3UF4 A; 5L23 A; 3SD4 A; 2E3H A; 1Q86 R; 4EIK A; 4V2S A; 1K73 U; 3CCV Q; 4BY6 B; 1EFN A; 3I56 T; 1KQ2 A; 1BIB A; 3GOX A; 3L2Q A; 5FU7 C; 3PIO A; 5CKB A; 5LJ5 d; 2VXF A; 1WYX A; 1SF9 A; 2SEM A; 1YJ9 A; 1NJI R; 2HCK A; 2F2X A; 2F5T X; 2DXT A; 1I0C A; 3GIB A; 4C8Q E; 1ZUU A; 1OX9 A; 2HD0 A; 2MIO A; 2EYZ A; 3EH2 A; 2JS0 A; 5KYY A; 3JRZ A; 4X34 A; 3NFC A; 2D8H A; 2E10 A; 2DX1 A; 5CO7 A; 3H41 A; 1UDL A; 3CBM A; 2X4X A; 3NHN A; 4JUV A; 4ESR A; 3THK A; 5KE2 A; 1N8R R; 5KYX B; 5GMK h; 1JBM A; 3C4S A; 1GCQ A; 4Z8A A; 2CP6 A; 1HJD A; 4M7D C; 3CME Q; 4KGV B; 1RAE B; 1M3A A; 3OYI A; 4M7D D; 3T9N A; 5EG2 A; 2DBK A; 3OSS C; 2J05 A; 3P8B B; 2BTT A; 4LXC A; 1E6H A; 3P8D A; 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