The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
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sequence length |
68
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structure length |
68
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Chain Sequence |
GSSGSSGPRAKALCNYRGKNPGDLKFNKGDVILLRRQLDENWYQGEINGVSGIFPASSVEVISGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The solution structure of the first SH3 domain of mouse SH3 domain containing ring finger 2
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Mus musculus
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| molecule keywords |
SH3 domain containing ring finger 2
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| total genus |
6
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| structure length |
68
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| sequence length |
68
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| ec nomenclature |
ec
2.3.2.27: RING-type E3 ubiquitin transferase. |
| pdb deposition date | 2006-04-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07653 | SH3_2 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VYT A; 3CQT A; 4HVU A; 1YWP A; 2SEM A; 2RPN A; 1RLQ C; 1GCP A; 1ZBJ A; 1AWJ A; 2AKL A; 2KRM A; 3NGP A; 2JXB A; 2CUD A; 1SPK A; 4OMQ A; 4D8D A; 3UF4 A; 1UE9 A; 1SRM A; 2V1R A; 2JS2 A; 2LX7 A; 2FEI A; 3H0H A; 2EKH A; 1AWW A; 4HVV A; 2LCS A; 5IXB A; 4AFS C; 1QCF A; 2EPD A; 2EYX A; 2GTJ A; 1UG1 A; 1OEB A; 2RQR A; 3EGU A; 2J6O A; 2K9G A; 2W0Z A; 1WXB A; 2O9V A; 4LUD A; 3RBB B; 2DVJ A; 4Z88 A; 1K4U S; 3A98 A; 2A08 A; 1JEG A; 3SEM A; 2BZY A; 1TUC A; 4LNP A; 3VS6 A; 2LJ1 A; 4J9D A; 2J05 A; 1YCS B; 1HD3 A; 2EVR A; 2KR3 A; 3UA7 A; 1ZX6 A; 2DL5 A; 1GFC A; 3KFV A; 2ROL A; 3H0F A; 1GCQ A; 2FPE A; 2O2O A; 4CC4 B; 3TVT A; 3NMZ C; 4D8K A; 2KYM A; 1WLP B; 4J9G A; 2YDL A; 5FWB A; 2F2W A; 3RNJ A; 2FRY A; 4CC7 A; 3TSZ A; 1ABO A; 2E5K A; 1NEG A; 1Y0M A; 2AK5 A; 1UJY A; 2A36 A; 1E6G A; 1NYG A; 2L3Q A; 1JXM A; 2FG0 A; 1PKS A; 3I35 A; 1K0X A; 1BU1 A; 1PHT A; 1CSK A; 1K76 A; 2OJ2 A; 4OMP A; 1KIK A; 3UAT A; 3EHR A; 3NHN A; 1M3A A; 2L2P A; 3VS1 A; 2F2V A; 2D8J A; 3M0U A; 2KT8 A; 2ECZ A; 1ZSG A; 3I5R A; 2K2M A; 1ZLM A; 4J9F A; 2J6F A; 2EGA A; 1IO6 A; 2FPF A; 2C0O A; 1GRI A; 2KT1 A; 4HVW A; 1KFZ A; 2CSQ A; 2CT4 A; 1JXO A; 3PVL A; 2ROT A; 1PWT A; 1X2Q A; 2NUZ A; 1JQQ A; 1PKT A; 1QKX A; 3PVQ A; 4ZNX A; 5GJW B; 1UJ0 A; 1H8K A; 1N5Z A; 2AKK A; 2KXD A; 2CUB A; 1PNJ A; 2C0I A; 2GGR A; 4EIK A; 3QWY A; 4OML A; 2K6D A; 1W1F A; 4Y92 A; 1WDX A; 1W6X A; 1M3C A; 1BBZ A; 2HEQ A; 2HSP A; 3VRZ A; 4JZ3 A; 3FJ5 A; 3M0R A; 1UFF A; 1PRM C; 2HBW A; 4AG2 C; 3VS7 A; 4ESR A; 2EW3 A; 2M0Y A; 2EBP A; 1V1C A; 1GBQ A; 1Z9Z A; 1RI9 A; 1XOV A; 4RTX A; 3VS3 A; 4RTV A; 2J7I A; 2BZ8 A; 4AG1 C; 1SHF A; 2SRC A; 3REA B; 2HDA A; 2K7A A; 2A28 A; 4A63 B; 2P4R A; 1G2B A; 5GJV B; 4JPB W; 3THK A; 2AZV A; 4J9B A; 3EG2 A; 2EYW A; 1H92 A; 3H41 A; 3LH5 A; 5IXF A; 5IHI A; 2AZS A; 2LQW A; 1X6G A; 4AFU C; 3EG0 A; 1I0C A; 2DL4 A; 2JW4 A; 4IIO A; 2V1Q A; 3VS2 A; 1AD5 A; 3H0I A; 1T0H A; 4RTW A; 4AFZ C; 2EQI A; 1FYN A; 3UA6 A; 4OMO A; 1M3B A; 1Z9Q A; 2DX1 A; 1UUE A; 1UEC A; 1S1N A; 1GCQ C; 4HXJ A; 4GBQ A; 2NWM A; 2K79 A; 1GFD A; 1WX6 A; 1ZUY A; 1I07 A; 2YUQ A; 1QKW A; 1NG2 A; 1K0S A; 1YN8 A; 2D1X A; 2DRK A; 2JMC A; 3NPF A; 2RMO A; 4KRT A; 4Z89 A; 1WIE A; 2EGC A; 2RQV A; 1YWO A; 1WXT A; 3VRY A; 3GBQ A; 4F14 A; 1SHG A; 2DL8 A; 5I11 A; 2JM9 A; 1SRL A; 4HCK A; 1MV3 A; 1U06 A; 4F17 A; 1VYV A; 4J9H A; 2HCK A; 3M0S A; 1KJW A; 4RTZ A; 2XMF A; 2JMA A; 2L3P A; 2DBM A; 1X43 A; 1J3T A; 4ORZ A; 3EHQ A; 4RUG A; 2LJ3 A; 4JJD A; 3I5S A; 1NEB A; 2CRE A; 1VA7 A; 4RTT A; 2ABL A; 2QDL A; 4LE9 A; 2M51 A; 1GBR A; 1LCK A; 3JV3 A; 1EFN A; 2O31 A; 2ENM A; 2OAW A; 2DL3 A; 1VYU A; 5IHK A; 1WA7 A; 2F2X A; 2GTO A; 1SEM A; 1M30 A; 3SHW A; 1M8M A; 3U23 A; 2JS0 A; 1UTI A; 2RQT A; 4J9I A; 1UHC A; 2GQI A; 2DM1 A; 4F16 A; 2W10 A; 1QLY A; 1AWO A; 1B3Q A; 1U5S A; 1MUZ A; 2LJ0 A; 3PE0 A; 2PTK A; 2A37 A; 5FWC A; 1WYX A; 4E6R A; 1ZUK A; 4GLM A; 2DYB A; 2RF0 A; 1OV3 A; 4DEX A; 1G83 A; 4X1V A; 2RQU A; 1CKB A; 2KGT A; 2KE9 A; 4JZ4 A; 1YNZ A; 1OOT A; 2D0N A; 1W70 A; 2GNC A; 2LQN A; 2CSI A; 1OPL A; 1K1Z A; 4CC2 A; 4DEY A; 2O88 A; 2FO0 A; 1RUW A; 1Y57 A; 1NLP C; 4QT7 A; 4WCI A; 2LMJ A; 3QWX X; 1AEY A; 1HJD A; 4RTU A; 4OMM A; 2L3S A; 5HCK A; 2KXC A; 2J06 A; 1KSW A; 2RQW A; 2CDT A; 5EC7 A; 3TSW A; 2KRO A; 3EG3 A; 3VS4 A; 1TG0 A; 1GL5 A; 2LZ6 B; 2PNI A; 2DJQ A; 2EGE A; 4LN2 A; 1UDL A; 2EYY A; 2DMO A; 2J6K A; 1ARK A; 1QWE A; 1YP5 A; 2X3X D; 1X27 A; 2ESW A; 1ZUU A; 4OMN A; 1PRL C; 3VS5 A; 5IH2 A; 1WI7 A; 1UGV A; 2JTE A; 3M0P A; 2I0N A; 2DE0 X; 1X69 A; 3O5Z A; 1AZG B; 2DA9 A; 2IIM A; 1MV0 B; 2B86 A; 1BB9 A; 5IHN A; 2C0T A; 4FSS A; 3R6N A; 3M0Q A; 3M0T A; 1ABQ A; 1AWX A; 2VWF A; 1A0N B; 1QWF A; 1X6B A; 2DNU A; 4K11 A; 1H3H A; 2GBQ A; 2H8H A; 4J9E A; 1E7O A; 1T0J A; 1NLO C; 4IIM A; 3IQL A; 4JJB A; 1UHF A; 3I9Q A; 1FMK A; 2DF6 A; 2YUN A; 2MCN A; 2KYB A; 2KEA A; 2YT6 A; 4AFQ C; 1U3O A; 2D8H A; 2DRM A; 4Z8A A; 2VVK A; 1X2K A; 1NM7 A; 1OPK A; 3EG1 A; 5I22 A; 4J9C A; 2K3B A; 4RTY A; 2MOX A; 2RNA A; 2CH4 A; 2KRN A; 2O9S A; 1CKA A; 2YUP A; 1JO8 A; 1NYF A; 2FRW A; 1K9A A; 4CC3 A; 1E6H A; 2EYZ A; 2G6F X; 5ECA A; 4JJC A; 2LP5 A; 2X3W D; 2CT3 A; 1AVZ C; 2DIL A; 2KNB B; 1AZE A; 2VKN A; 1WFW A; 2BTT A; 1SSH A; 3ULR B; 2BZX A; 1M27 C; 2DL7 A; 5FW9 A; 2DBK A; 2FPD A; 1B07 A; 2MIO A; 5L23 A; 2YSQ A; 1TUD A; 2JT4 A; 1JU5 C; 1BK2 A; 2PZ1 A; 1T3L A; 3VS0 A; 2JM8 A; 1RLP C; 2OI3 A; 3ZL7 C; 1AOJ A; 2CH4 W; 1I1J A; 2L0A A; 3C0C A; 3REB B; 1WXU A; 2ED1 A; 2KRS A; 1T3S A; 2RN8 A; 2ED0 A; 2YUO A; 4LUE A; 4R0K A; 4M4Z A; 2LNH B; 2KBT A; 1HSQ A; 2DLP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YWP A; 1VQO A; 4QQG A; 2EJF A; 5LJ5 e; 5KYN A; 5KYU A; 1AWJ A; 3NGP A; 4KH1 B; 1X01 A; 3RES A; 1SRM A; 2NUT A; 4C5G A; 4EMH A; 1M90 C; 1VQM T; 3CCE A; 1QCF A; 2EYX A; 2P0P A; 3LYI A; 3JCM Q; 1UG1 A; 3EGU A; 2J6O A; 3UWN A; 3OYH A; 4M7D G; 2VAS A; 4Z88 A; 1D0Z A; 2X4W A; 3BDU A; 4C8Q C; 3TU4 K; 2K2V A; 1I5O B; 1VIF A; 3H8Z A; 2BZY A; 1TUC A; 2HL5 C; 3LX7 A; 2DAQ A; 4J9D A; 1SKU B; 2ZPE B; 3JCM W; 3UA7 A; 3G6E Q; 1G3S A; 3KFV A; 1M2V A; 1VQ6 Q; 3EGX B; 2K3Y A; 1GCQ A; 2FPE A; 2O2O A; 4CC4 B; 1NJI R; 4FYW B; 1AT1 B; 1WLP B; 4JRQ A; 4JRK A; 1W2B P; 1I8F A; 2F2W A; 2FZG B; 3X24 B; 4UC4 A; 2E5K A; 1Y0M A; 4JLG A; 1QCO A; 4BDZ A; 1UJY A; 3OYJ A; 2X51 A; 3QDR B; 2XK0 A; 1E6G A; 2CZ6 B; 1JXM A; 1EX4 A; 1VQN T; 1PHT A; 3CCJ T; 1W4S A; 5LJ5 j; 2OJ2 A; 1M1K C; 4M77 F; 3EHR A; 4M7A A; 2DD5 A; 1M3A A; 2PVD B; 3VS1 A; 5LJ3 g; 2F2V A; 3DKM A; 3WVD B; 1N8R C; 2WSC E; 1ZLM A; 2J6F A; 1IO6 A; 1KHI A; 4PJL A; 2CSQ A; 3TCJ A; 5LJ5 f; 2CP7 A; 1WJQ A; 1PWT A; 2M02 A; 3KBG A; 4PJM A; 3X26 B; 1X2Q A; 2RK2 A; 1JQQ A; 2EQM A; 3MHX A; 2COZ A; 2E6N A; 2ZPH B; 2KXD A; 3UDC A; 1PNJ A; 3QDF A; 2O4X B; 2XDB A; 1N8R R; 2VXF A; 1KQS P; 5GAN 8; 2DET A; 4ZN3 A; 2K6D A; 2EFI A; 3BY7 A; 1K9M C; 2HSP A; 3VRZ A; 1UFF A; 3V8J A; 3R6O A; 2DEU A; 2Y4X A; 1JBM A; 2EW3 A; 1KK7 A; 3QKJ A; 2EBP A; 1BIB A; 5GAN 6; 1VQM A; 1XOV A; 3UT1 A; 3CCM Q; 5A0D A; 1QVG S; 4JRI A; 2NUP A; 2J7I A; 2DER A; 1TSF A; 4AG1 C; 1WQ7 A; 2QQS A; 1NBE B; 4OGC A; 2HDA A; 3NTI A; 2K7A A; 2AHJ B; 2A28 A; 5DLQ E; 4A63 B; 5GAN d; 5GJV B; 1S72 T; 4IUR A; 4JPB W; 5GMK m; 3E9G A; 2AZV A; 2C06 A; 2GFU A; 4C92 A; 2EYW A; 5KYW B; 1H92 A; 2DTH A; 2DZC A; 3ZEH A; 1X6G A; 4BE2 A; 1I0C A; 4MDX A; 3MCA B; 1VOM A; 2L5Q A; 1VQ9 T; 3G71 A; 1K73 C; 2V1Q A; 5FU7 C; 4FW2 A; 3L42 A; 4CI0 C; 1M3B A; 1ACM B; 5CKD A; 2JUF A; 1S1N A; 3A8H B; 3M54 A; 4HXJ A; 2NWM A; 2K79 A; 1GFD A; 1WX6 A; 2YUQ A; 3QZ5 B; 2ZPF B; 1NG2 A; 4FU6 A; 5I2S A; 1YN8 A; 4M7A F; 3NPF A; 3HKS A; 1Q81 U; 2EGC A; 2WSF E; 4F14 A; 4J8O A; 5FU6 C; 1VQN A; 2JM9 A; 4HCK A; 3FB9 A; 1IXD A; 4KGV B; 2RHX A; 4F17 A; 4J9H A; 1Q7Y R; 3MPU B; 1VQP T; 4RTZ A; 2RD1 A; 4F04 B; 1NEB A; 2CRE A; 3OYI A; 3HPW A; 3JB9 H; 2XG8 D; 2DJZ A; 1KHC A; 4C5H A; 3RKX A; 4L5G A; 3JV3 A; 1EFN A; 5M9O A; 4M75 B; 2ENM A; 4M77 D; 3X28 B; 2VXE A; 3KUF A; 2F2X A; 4DOW A; 1QVF P; 1TXQ A; 2DVE A; 1R8O B; 2JS0 A; 4XK8 E; 4F16 A; 2EQU A; 3CCV T; 2CP3 A; 1B3Q A; 4EMG A; 3MKD A; 4RKU E; 3JCM P; 1ZUK A; 4GLM A; 3GIB A; 3CPF A; 1MGQ A; 2M16 A; 2DYB A; 2ZPG B; 2RF0 A; 1OV3 A; 4X1V A; 2E5Q A; 3BDL A; 1OOT A; 4VUB A; 3BE3 A; 2RJC A; 3GLX A; 3MEU A; 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3QPH A; 2QDY B; 1B07 A; 4J6Y A; 4E7K A; 3EFS A; 2LX9 A; 3V7R A; 2JT4 A; 4ZGD B; 5GMK i; 1ZA2 B; 4F7U A; 3E9F A; 1PC0 A; 1T3L A; 5HK3 A; 3VS0 A; 1UGQ B; 2VUB A; 2O4X A; 3OYG A; 5IT9 E; 5GAN f; 1I1J A; 1YJW Q; 3REB B; 5GAM j; 1WXU A; 2KRS A; 3OYY A; 1T3S A; 3PIP A; 2DLP A; 1VYT A; 2SEM A; 3SFM A; 1RLQ C; 2DIQ A; 3CXC P; 3A8L B; 1ZBJ A; 1NE8 A; 3I55 Q; 4XTU A; 1VQK T; 3CCQ T; 1C1A A; 4MZP A; 3M56 A; 4XTY A; 4X34 A; 3RUX A; 1KQS S; 2V1R A; 2LX7 A; 4C92 D; 2GCX A; 3VUZ A; 1VQO Q; 1BI0 A; 4AFS C; 2JTF A; 2GTJ A; 5KYW A; 3RR6 A; 2MI6 A; 1WXB A; 3L2R A; 5DM7 R; 3RBB B; 2R5M A; 1U8R A; 2M0O A; 4M7A G; 3VV0 A; 1PCX A; 3S3M A; 3L2Z A; 1JEG A; 1RAI B; 3RDV A; 2LJ1 A; 3CCE Q; 2IPO B; 1WNL A; 2HKQ B; 4R56 A; 5GAO n; 2ROL A; 2OTJ A; 1IHV A; 3DLM A; 3H0F A; 4EDU A; 1M1F A; 2RM4 A; 3FIF A; 1Q81 R; 2KDS A; 3NMZ C; 4IUQ A; 2HQH A; 4J9G A; 2YDL A; 5FRO A; 4OB3 B; 2HMA A; 1BCO A; 2V8K A; 4PJJ A; 2DK3 A; 3TSZ A; 1ABO A; 1QMC A; 4EPC A; 2AK5 A; 2Y90 A; 4PLI A; 5CKB A; 2L3Q A; 1V76 A; 3I35 A; 4L6V 5; 1K0X A; 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