The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
|
sequence length |
59
|
structure length |
59
|
Chain Sequence |
GVTIFVALYDYEARTTEDLSFKKGERFQIINNTEGDWWEARSIATGKNGYIPSNYVAPA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystallographic structure of the SH3 domain of the human c-Yes tyrosine kinase: Loop flexibility and amyloid aggregation.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Yes
|
| total genus |
11
|
| structure length |
59
|
| sequence length |
59
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase. |
| pdb deposition date | 2006-06-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1FYN A; 2YUO A; 4AG1 C; 2LQN A; 3H0H A; 2DL5 A; 1X6G A; 3UA7 A; 4CC7 A; 2C0I A; 4OMM A; 1NEG A; 1NLO C; 2GTO A; 2GBQ A; 1TG0 A; 2O2O A; 2QDL A; 2DVJ A; 2F2V A; 1WXT A; 1PNJ A; 5FWB A; 1E6H A; 4JJC A; 3TVT A; 1S1N A; 2HEQ A; 2BZ8 A; 2L2P A; 2RMO A; 1TUD A; 1AWW A; 1WXU A; 2KRM A; 2EYW A; 3JV3 A; 2GGR A; 3EHQ A; 1SRM A; 2CT3 A; 1RUW A; 1N5Z A; 3THK A; 3TSZ A; 2DBK A; 2GTJ A; 2AZV A; 1QWF A; 2DNU A; 2L3P A; 5L23 A; 1AZE A; 1HSQ A; 1MV0 B; 2KR3 A; 2FO0 A; 1NEB A; 1H8K A; 2JM8 A; 2KXC A; 2D8H A; 2JS0 A; 3REA B; 1NG2 A; 3I9Q A; 2JT4 A; 2H8H A; 3KFV A; 3VRY A; 3VRZ A; 2ENM A; 2EYZ A; 2MIO A; 2JTE A; 3RBB B; 2CT4 A; 5IH2 A; 4IIM A; 1A0N B; 2RQV A; 3VS5 A; 4Z8A A; 3I35 A; 5FWC A; 1UEC A; 4KRT A; 5IHI A; 1KJW A; 1GFC A; 2W0Z A; 2KNB B; 4RTY A; 2J06 A; 4J9C A; 2O9V A; 2MCN A; 1YWO A; 2LZ6 B; 4CC4 B; 3ULR B; 3CQT A; 2GQI A; 2KRN A; 4RTU A; 2PZ1 A; 2VVK A; 1K0X A; 2KYM A; 2BTT A; 2JXB A; 2LJ1 A; 2SRC A; 1FMK A; 2CH4 A; 1PRM C; 2KEA A; 4F16 A; 2DIL A; 3VS7 A; 4HCK A; 1ZBJ A; 1OV3 A; 1UJ0 A; 5ECA A; 4D8D A; 4J9H A; 1UE9 A; 1X69 A; 1M8M A; 4HXJ A; 1HJD A; 1AEY A; 1GBQ A; 2DBM A; 4QT7 A; 1Y0M A; 2DX1 A; 1UJY A; 2X3X D; 2DMO A; 2PNI A; 2J7I A; 1MV3 A; 2KGT A; 1M27 C; 3NPF A; 2FG0 A; 2X3W D; 4FSS A; 4K11 A; 1UFF A; 1SRL A; 3NMZ C; 3VS2 A; 2EGA A; 2V1R A; 2ESW A; 3VS3 A; 2DM1 A; 1PKT A; 2EYX A; 4AG2 C; 3ZL7 C; 1BU1 A; 2A08 A; 3EG0 A; 2JMA A; 3NGP A; 2RN8 A; 1T3L A; 1SPK A; 4R0K A; 2EVR A; 2YUQ A; 2V1Q A; 2I0N A; 1WLP B; 2FPF A; 2KXD A; 2L3Q A; 5FW9 A; 1X43 A; 2MOX A; 4LE9 A; 1WIE A; 1T0H A; 2DYB A; 2DA9 A; 1TUC A; 3M0R A; 1M3B A; 3EHR A; 1I1J A; 2P4R A; 3VS4 A; 1NM7 A; 1QKW A; 5I22 A; 2G6F X; 1YN8 A; 2CRE A; 1U5S A; 2LJ3 A; 1JQQ A; 2EW3 A; 4J9G A; 4LUE A; 4Z88 A; 1Y57 A; 1YNZ A; 2DF6 A; 4A63 B; 1NYF A; 1PWT A; 1GCQ A; 2PTK A; 5IXB A; 1M3A A; 2DRM A; 2OJ2 A; 1B07 A; 2A37 A; 4EIK A; 1AWX A; 4DEX A; 2BZY A; 1AWJ A; 1ARK A; 3M0U A; 4AFU C; 2LMJ A; 4LUD A; 2FPD A; 1V1C A; 4LN2 A; 1UTI A; 2ROL A; 1E7O A; 4Y92 A; 1AD5 A; 1WA7 A; 2RF0 A; 5HCK A; 3H0F A; 4AFS C; 2ED1 A; 3RNJ A; 1JXO A; 2YUN A; 2LQW A; 5GJV B; 1UUE A; 1OPL A; 4X1V A; 2LCS A; 1YP5 A; 2K79 A; 2GNC A; 4RTX A; 1K9A A; 2RQR A; 1BK2 A; 1JU5 C; 2DL7 A; 2FRY A; 4JZ3 A; 1GCP A; 4J9F A; 2O88 A; 1VYU A; 1X6B A; 1RLQ C; 2OAW A; 2RQU A; 1SHG A; 2FEI A; 2HBW A; 5EC7 A; 1ZX6 A; 2CSI A; 4ORZ A; 2ABL A; 2RQT A; 2LJ0 A; 5IHK A; 1PKS A; 1SHF A; 2KT1 A; 3VS0 A; 4Z89 A; 2J6F A; 3QWY A; 5IXF A; 1G83 A; 2OI3 A; 1E6G A; 2L0A A; 1X2K A; 1YCS B; 2DRK A; 1AZG B; 2HCK A; 1EFN A; 1W1F A; 1AOJ A; 2DJQ A; 2KYB A; 4ESR A; 2AKK A; 4J9B A; 3H41 A; 3EG1 A; 3H0I A; 2EGC A; 2AK5 A; 2HDA A; 2KRS A; 1I07 A; 2JS2 A; 2M51 A; 2KT8 A; 2EKH A; 2L3S A; 4AFQ C; 2DLP A; 3IQL A; 1QKX A; 1K0S A; 2ECZ A; 1QWE A; 2AZS A; 2JW4 A; 1QLY A; 2CSQ A; 2YDL A; 4LNP A; 2IIM A; 2AKL A; 5GJW B; 4JJD A; 1U3O A; 3M0Q A; 1ZSG A; 4WCI A; 2K9G A; 1GL5 A; 1ZUY A; 3VS1 A; 4D8K A; 2CUB A; 1OEB A; 1T3S A; 1W6X A; 4J9D A; 4JZ4 A; 3VS6 A; 1Z9Z A; 1AVZ C; 2D8J A; 1X2Q A; 2XMF A; 1UGV A; 1NYG A; 2O9S A; 3M0S A; 1IO6 A; 4E6R A; 3R6N A; 3UA6 A; 2HSP A; 4F14 A; 1VA7 A; 1W70 A; 2K7A A; 1WFW A; 3FJ5 A; 3M0P A; 3SHW A; 1CKA A; 2FRW A; 1OOT A; 3UF4 A; 2DL4 A; 2LX7 A; 1KFZ A; 2DE0 X; 1UDL A; 4HVW A; 4JPB W; 1LCK A; 1WXB A; 4RTT A; 3I5S A; 1X27 A; 3UAT A; 2YT6 A; 2KE9 A; 1M30 A; 1H3H A; 4RTZ A; 4OMQ A; 2JMC A; 2RPN A; 1GBR A; 1SSH A; 4OML A; 3LH5 A; 1AWO A; 1ZLM A; 4GLM A; 3EG2 A; 1K1Z A; 1MUZ A; 2K6D A; 1J3T A; 4CC3 A; 1KIK A; 2NWM A; 1U06 A; 2FPE A; 1KSW A; 3C0C A; 1RI9 A; 2A28 A; 5I11 A; 2YSQ A; 3TSW A; 4HVU A; 1M3C A; 2RNA A; 1GCQ C; 1XOV A; 4OMO A; 4OMN A; 2C0T A; 2EYY A; 4RUG A; 1ABO A; 4J9I A; 4F17 A; 3PVL A; 2JM9 A; 2DL3 A; 3PVQ A; 2J6O A; 2K3B A; 2EBP A; 3O5Z A; 4J9E A; 2KRO A; 1WX6 A; 4JJB A; 4ZNX A; 2SEM A; 1ABQ A; 3QWX X; 1WYX A; 3NHN A; 2C0O A; 2EGE A; 2BZX A; 2VWF A; 3M0T A; 1JEG A; 2F2W A; 3A98 A; 2B86 A; 2KBT A; 2RQW A; 1WDX A; 4RTW A; 2DL8 A; 4RTV A; 2VKN A; 3GBQ A; 2YUP A; 1B3Q A; 2ED0 A; 2D0N A; 1QCF A; 3EG3 A; 2EPD A; 1K4U S; 1GRI A; 1Z9Q A; 1VYT A; 4HVV A; 1UHF A; 1PHT A; 1NLP C; 1CKB A; 1UHC A; 3EGU A; 3SEM A; 2LNH B; 4OMP A; 4M4Z A; 2E5K A; 1K76 A; 1JO8 A; 2EQI A; 2NUZ A; 1CSK A; 1UG1 A; 2J6K A; 5IHN A; 2K2M A; 1WI7 A; 3PE0 A; 4CC2 A; 4DEY A; 1BB9 A; 4AFZ C; 2J05 A; 1GFD A; 1HD3 A; 2D1X A; 2O31 A; 1RLP C; 1ZUU A; 1I0C A; 3I5R A; 2A36 A; 1ZUK A; 2ROT A; 2M0Y A; 1OPK A; 2CH4 W; 4IIO A; 1JXM A; 2CUD A; 1BBZ A; 1H92 A; 2W10 A; 1T0J A; 1YWP A; 1VYV A; 1SEM A; 1G2B A; 3U23 A; 3REB B; 2CDT A; 1PRL C; 2LP5 A; 2F2X A; 4GBQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1FYN A; 1LJO A; 2DD5 A; 3H0H A; 2AIR B; 2VGN A; 3RER A; 1TU0 B; 4M7A C; 2GBQ A; 2P0K A; 1NJI U; 2O2O A; 2QDL A; 2DVJ A; 2QXF A; 4IUT A; 2F2V A; 1PNJ A; 2DZ9 A; 4J7I A; 1E6H A; 4JJC A; 4KGV B; 2HEQ A; 2BZ8 A; 4J6X A; 1TUD A; 1AWW A; 2EYW A; 2GGR A; 2DKG A; 3EHQ A; 3CME T; 1M8V A; 3S6W A; 1YIJ Q; 3RES A; 4RKU E; 2YRC A; 4PJL A; 1QWF A; 1VQK Q; 3CME Q; 1HSQ A; 4XU0 A; 3JCM X; 1VQO A; 2FO0 A; 1JJ2 S; 1H8K A; 4RG2 A; 2ZPI B; 5DY9 A; 1NG2 A; 2H8H A; 5CO7 A; 4ZGE B; 1OI1 A; 4MZP A; 1QVG A; 5CQY A; 4KGX B; 3E9G A; 3LLR A; 2JTE A; 2K2V A; 4PJN A; 3RBB B; 2QAZ A; 5IH2 A; 4TVR A; 1A0N B; 2RQV A; 2OTJ T; 3QHS A; 4C8Q E; 2PVD B; 1ZSZ B; 4KRT A; 3CPF A; 5IHI A; 1GFC A; 1YIT T; 2HKN A; 2KNB B; 3I55 T; 1YJN Q; 1YWO A; 4CC4 B; 3CQT A; 3QBY A; 1YIT Q; 2GQI A; 1C6V X; 2OTL T; 3I55 Q; 2HZY A; 2PVO B; 1MND A; 5KE2 A; 2NYS A; 1OYX A; 5DM7 R; 2P0Q A; 2BTT A; 4BE2 A; 4M7D C; 2LJ1 A; 2M9U A; 2CH4 A; 1PCX A; 2KEA A; 4DBF A; 1Y7X A; 4DQ2 A; 4LXC A; 2OTL Q; 3MEU A; 4HCK A; 5FRO A; 4C8Q B; 1UJ0 A; 1M90 U; 3D7S B; 3P8D A; 2XIC A; 1FX7 A; 1BI1 A; 1UE9 A; 4FL6 A; 3Q1J A; 1HJD A; 1GBQ A; 2JTM A; 1Y0M A; 1N8R C; 2MYS A; 2J7I A; 3GNF B; 3NPF A; 5GMK h; 1VQL T; 2IPO B; 4DOW A; 3FB9 A; 1B34 A; 1R8O B; 2HQE A; 4PJO E; 4BAC A; 3GP8 A; 5A2Q E; 5CKB A; 2LCL A; 5LJ5 f; 3MKD A; 1KK7 A; 2K5I A; 2L3R A; 3CCL T; 3VUZ A; 4ZGD B; 3LH0 A; 4HCB A; 5GAM g; 3J81 E; 4DBH A; 3PMI A; 5J26 A; 3EHR A; 3MEA A; 4EMK A; 5GMK j; 2P4R A; 6AT1 B; 3VS4 A; 1G3Y A; 2VXE A; 1QKW A; 4PJO B; 1KC8 U; 4UC4 A; 5I2M A; 4BY6 B; 2G6F X; 2CRE A; 1VIE A; 5LL6 S; 3CC4 A; 1U5S A; 1BI2 A; 1LVK A; 1OZ2 A; 1YNZ A; 4A4E A; 1NYF A; 1VQ7 Q; 5IXB A; 1M3A A; 2DRM A; 4FYX B; 1FMW A; 3OYI A; 2RI2 A; 2A7Y A; 3JCM d; 1AWJ A; 5LJ5 h; 3OYN A; 5KYX A; 4AFU C; 2LMJ A; 4PJJ A; 4LDY A; 2CP3 A; 2QDY B; 2X4X A; 5HCK A; 2BE9 B; 5FU7 B; 3CCR A; 3LX7 A; 2ED1 A; 2MAM A; 1YJW A; 3JCM J; 3C12 A; 2EWN A; 2ZPF B; 4X1V A; 2VV5 A; 2LCS A; 3L2Q A; 2K79 A; 2GNC A; 4JDS A; 1K9A A; 2DL7 A; 4JJN K; 1VOM A; 4ELZ C; 4HKE A; 1R0B G; 2DET A; 1VYU A; 1X6B A; 5LJ3 d; 1Q95 G; 3I56 A; 1K73 C; 1SHG A; 3OSV A; 2XKO C; 2WAC A; 5LJ5 j; 5C0M A; 1PKS A; 2K4Y A; 4VUB A; 4MDW A; 3CBP A; 2KT1 A; 5FU6 B; 3VS0 A; 4A4K A; 3ER0 A; 1F1B B; 4Z89 A; 1WHK A; 3QWY A; 1E6G A; 2DRK A; 3L2U A; 4M75 D; 1WQ7 A; 2RHY A; 2QYZ A; 1K8A U; 4ESR A; 2AKK A; 2VYT A; 3GOX A; 2HDA A; 2RO0 A; 1I07 A; 1UGS B; 2KT8 A; 4QVC A; 1HXD A; 1Y71 A; 1N6A A; 2L3S A; 2DLP A; 2GFU A; 1YBY A; 3R6O A; 1K0S A; 3OS2 A; 1DJ7 B; 2ECZ A; 2JW4 A; 3X28 B; 1QLY A; 3S3O A; 4LNP A; 1VUB A; 2AKL A; 5GJW B; 2OAU A; 1HK9 A; 4E47 A; 1TUG B; 1MGQ A; 3GLX A; 4GY5 A; 2Y90 A; 3EGX B; 5CCA A; 3OSS C; 5CKH A; 3OYG A; 3SB2 A; 2CUB A; 1W6X A; 4JZ4 A; 1Z9Z A; 1Q7Y C; 3UDC A; 2DK3 A; 4E6R A; 4M78 D; 3QUI A; 3R6N A; 1KHI A; 1Q82 U; 2EJG A; 4F14 A; 1W70 A; 2FL7 A; 1RAA B; 1WFW A; 2K7A A; 2L89 A; 3RUX A; 4HT8 A; 2DPP B; 4M7A F; 1OOT A; 4HT9 A; 4ZGJ B; 2D6F A; 2JJ9 A; 5A0G A; 4OB3 B; 3P8H A; 4MZT A; 1JJ2 A; 4PJO A; 1SSF A; 5GAO n; 1M30 A; 3X24 B; 4RTZ A; 2JMC A; 2CGH A; 1RAD B; 4PNO A; 1VQN A; 1MUZ A; 2IVW A; 4CC3 A; 2X51 A; 1VQ8 Q; 3A8O B; 2BE7 D; 5GAM f; 2RJF A; 3C0C A; 2BIV A; 4OMN A; 2JNG A; 4F17 A; 3CCJ T; 3KBG A; 2PVG B; 2RD1 A; 3V7C A; 4M77 D; 1YJ9 Q; 2E3H A; 2K3Y A; 2NUT B; 2KRO A; 3CCJ Q; 3CCS T; 2SEM A; 3NTI A; 3QWX X; 1JBM A; 1WYX A; 3CXC S; 2X4W A; 3VKI A; 3MP8 A; 1VQK A; 5FRN A; 3CCS Q; 4BI8 B; 1TSF A; 3A1P A; 1ZQ1 A; 4PFO A; 4RTW A; 2QQB A; 2BKD N; 3QDF A; 1D3B B; 2VKN A; 3NTH A; 2Z0W A; 3OYE A; 1IZ6 A; 8ATC B; 1NJI R; 1B3Q A; 3JCM e; 5GAN d; 4C0Z A; 3WXM B; 2E5Q A; 2EPD A; 1K4U S; 1KD1 C; 1MHN A; 5HK3 A; 1GRI A; 3ASK A; 4XU3 A; 1PHT A; 1CKB A; 3JB9 D; 4C0D C; 2CP5 A; 2LNH B; 2FZK B; 4M4Z A; 3HFN A; 1VQ9 T; 1JO8 A; 1CSK A; 1YJN A; 3QZ5 B; 1UG1 A; 4IKF A; 2K2M A; 2KVQ G; 4B9X A; 4JS4 A; 1OU8 A; 3OB9 A; 4M78 C; 3CCQ Q; 3I5R A; 1ZUK A; 3TEE A; 1OPK A; 3CD6 A; 2CUD A; 1H92 A; 5LJ3 e; 5GAM j; 2QTV A; 4ZN1 A; 5J39 A; 1SEM A; 3REB B; 4A4H A; 4X34 A; 3CCE A; 4BI4 A; 3CC7 Q; 2DIQ A; 3CCM T; 2LP5 A; 1VQ4 A; 2YWW A; 3S3M A; 2YUO A; 3LGF A; 2LQN A; 2QQR A; 2FZG B; 4ZTJ A; 1X6G A; 4JLI A; 3UA7 A; 5KH6 A; 4NL3 A; 3CCM Q; 2C0I A; 4OMM A; 1NEG A; 2GTO A; 5GAN 8; 1U8R A; 4B9W A; 1TG0 A; 4Z02 A; 1UGQ B; 3OW2 P; 1FXX A; 1RAH B; 3FC3 A; 1U1T A; 2YXY A; 3CCR T; 1S1N A; 4XU2 A; 1RAF B; 1YJW T; 2LVM A; 2QG9 B; 4JRQ A; 3S3N A; 3VU3 C; 3QPH A; 3GIB A; 1RUW A; 1N5Z A; 1VQM A; 2PUO B; 4PJO G; 3PNW C; 2F69 A; 3CC2 A; 4LDV A; 3CXC P; 4ANJ A; 2L3P A; 4M77 C; 4FSX A; 1BI3 A; 3EFR A; 1NEB A; 4L59 A; 2B8A A; 5IAY A; 5GMK i; 4FYW B; 2DXC A; 5AYF A; 2QA4 A; 2EYZ A; 1X75 C; 3AT1 B; 3V8L A; 3OS0 A; 2CT4 A; 4QVD A; 5GAN 7; 3BFM A; 2EJF A; 2VGM A; 2X9H A; 2K57 A; 2K3X A; 5HKC A; 2E3I A; 5FWC A; 1UEC A; 2L5Q A; 3MEW A; 3J7A F; 4BE0 A; 3VV0 A; 3TU4 K; 2MCN A; 2FYK A; 3FIF A; 4CI0 C; 2KRN A; 2COY A; 3PFS A; 2PZ1 A; 2CP7 A; 1K0X A; 3QKJ A; 2QGF B; 1D3B A; 3E1S A; 5CIU A; 1FMK A; 4F16 A; 4WTO B; 4N4H A; 2DIL A; 1KC8 R; 5A0D A; 2QQA A; 3SWN A; 4M7D D; 5ECA A; 3LWH A; 4MMK A; 4Q5W A; 1M8M A; 2KK4 A; 4M7A E; 1PD1 A; 3VUB A; 2DBM A; 3UPU A; 2DX1 A; 1UJY A; 2X3X D; 2ZAE A; 2DJZ A; 1NBE B; 3FLG A; 5KYN A; 4HCC A; 1SRL A; 4E2F B; 2HBP A; 2V1R A; 1LOJ A; 2DM1 A; 1GXI E; 3JCM W; 3INZ A; 2KDS A; 4AG2 C; 2DYI A; 1YFN A; 3T9N A; 4RCB A; 3JB9 I; 2DTO A; 2RN8 A; 2EVR A; 2LT1 A; 3E19 A; 1IB8 A; 4M7A B; 3CMA A; 5GAN e; 3G71 Q; 4Y91 A; 1WLP B; 2KXD A; 1FWZ A; 3QDR B; 2DEU A; 5GAO l; 4PFZ A; 4RG8 A; 1X43 A; 4EMK B; 4QQD A; 1WIE A; 1I1J A; 1KQ2 A; 4PLL A; 2E64 A; 2OX7 A; 2CYZ B; 1QP3 A; 1NM7 A; 2DXU A; 1N27 A; 4XTV A; 3CCU A; 1TXQ A; 2LC4 A; 1M1G A; 2RHI A; 1K8A R; 2CP2 A; 4A63 B; 1QVF P; 8AT1 B; 3DB4 A; 3PT9 A; 1PWT A; 4XTY A; 3QXE B; 1B07 A; 2A37 A; 3QYH B; 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