The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
61
|
structure length |
61
|
Chain Sequence |
MRRRVRAILPYTKVPDTDEISFLKGDMFIVHNELEDGWMWVTNLRTDEQGLIVEDLVEEVG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
High Resolution Crystal Structures of the P120 Rasgap SH3 Domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signal transduction
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
RAS GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1
|
| total genus |
13
|
| structure length |
61
|
| sequence length |
61
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-08-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OMO A; 2LQN A; 5FW9 A; 3KFV A; 2AK5 A; 1PKT A; 2JMA A; 1BK2 A; 4JJC A; 3REA B; 2AKL A; 3I5S A; 1JXO A; 1UJY A; 2MOX A; 2K7A A; 1G2B A; 2EW3 A; 4OMP A; 2RNA A; 3UA6 A; 3R6N A; 1IO6 A; 1WXB A; 1UHF A; 3VS3 A; 2EBP A; 2KE9 A; 2JS0 A; 3A98 A; 1ZUU A; 1UE9 A; 1YNZ A; 1ZLM A; 4J9D A; 3NMZ C; 3I5R A; 4X1V A; 1PRL C; 4WCI A; 5GJW B; 1CSK A; 1QLY A; 4RTW A; 2AZV A; 4Z89 A; 1NM7 A; 2FPD A; 1AEY A; 4JZ3 A; 1X69 A; 1MV0 B; 3EG0 A; 2NUZ A; 1UEC A; 5ECA A; 1QKX A; 1VYU A; 4HXJ A; 4K11 A; 1S1N A; 2KRS A; 3VS0 A; 2YUO A; 2DM1 A; 4DEX A; 2RQV A; 4Y92 A; 1QWF A; 1KIK A; 2HEQ A; 1MV3 A; 2DF6 A; 1M8M A; 3UF4 A; 5IHN A; 1HD3 A; 1AD5 A; 2HBW A; 2JM9 A; 4OMM A; 2J7I A; 1E7O A; 2DRK A; 1AWJ A; 5I22 A; 3TVT A; 2FG0 A; 2ENM A; 2J6O A; 3PVL A; 1UDL A; 3M0Q A; 1T0H A; 2J6F A; 2D8H A; 3VS4 A; 2KYB A; 5IH2 A; 4F14 A; 1JO8 A; 1H3H A; 1YN8 A; 2EGA A; 2K3B A; 4IIO A; 2IIM A; 2KGT A; 1X6G A; 2EVR A; 4LNP A; 3EGU A; 3ZL7 C; 2EGC A; 3EHR A; 1QCF A; 4E6R A; 1RLQ C; 3U23 A; 1RI9 A; 1GBQ A; 3EG3 A; 3O5Z A; 1VA7 A; 3H0I A; 1YWO A; 4JZ4 A; 4RTU A; 2F2X A; 2NWM A; 2O2O A; 4CC3 A; 1B07 A; 4JJB A; 2DMO A; 2ECZ A; 1NYG A; 1UGV A; 2KRM A; 4HCK A; 2DYB A; 2LQW A; 2V1R A; 1AZG B; 1KJW A; 2OI3 A; 2MCN A; 2YDL A; 4Z88 A; 1AWX A; 2VVK A; 2JTE A; 2W0Z A; 4CC4 B; 2DL7 A; 1E6H A; 1T3S A; 1LCK A; 2P4R A; 4RTY A; 2L3S A; 2DL8 A; 2DX1 A; 1AZE A; 1YP5 A; 2JW4 A; 1SRM A; 2L3Q A; 4AG2 C; 1UHC A; 3UAT A; 1T0J A; 4D8K A; 1PHT A; 1W70 A; 2W10 A; 1VYT A; 4R0K A; 1N5Z A; 4JPB W; 2ABL A; 3RNJ A; 3IQL A; 4KRT A; 2KRN A; 3THK A; 2EYX A; 1G83 A; 2RQW A; 2DNU A; 1KSW A; 3NPF A; 2YUQ A; 2ESW A; 1ZX6 A; 1QWE A; 1I0C A; 2RMO A; 2KT8 A; 3I9Q A; 1WLP B; 1VYV A; 4ZNX A; 5IXF A; 4AFZ C; 4ESR A; 1U06 A; 2KR3 A; 3EHQ A; 5EC7 A; 2KYM A; 2O9S A; 2A28 A; 2YUP A; 1Z9Z A; 4CC7 A; 2EQI A; 4AG1 C; 2L3P A; 2SEM A; 1GCP A; 2A36 A; 2BZ8 A; 1FYN A; 1PRM C; 2PTK A; 4F16 A; 4M4Z A; 2LJ1 A; 1V1C A; 1EFN A; 1AVZ C; 1OPL A; 3EG2 A; 1UG1 A; 3VS5 A; 4AFU C; 1JQQ A; 1X43 A; 2A08 A; 2CUD A; 1ABQ A; 1GFD A; 2JMC A; 1Y57 A; 1UUE A; 4F17 A; 1H8K A; 5IXB A; 2LX7 A; 2DRM A; 1WFW A; 2GQI A; 2O31 A; 1GBR A; 2CT3 A; 2DL3 A; 1UFF A; 3I35 A; 1X2Q A; 4J9I A; 2EYW A; 1GCQ C; 1T3L A; 2C0T A; 2LNH B; 3ULR B; 1M27 C; 1M30 A; 2M51 A; 2EYY A; 1NLP C; 3UA7 A; 2OAW A; 4HVU A; 3PE0 A; 4A63 B; 1AOJ A; 3H0F A; 5L23 A; 1W6X A; 2I0N A; 1AWW A; 2BZX A; 5IHK A; 2RQR A; 4RTT A; 5GJV B; 1OEB A; 1BU1 A; 2CSQ A; 2JS2 A; 4AFQ C; 2B86 A; 4HVW A; 1NG2 A; 4ORZ A; 3JV3 A; 3VS7 A; 2FRW A; 1ARK A; 2LCS A; 3M0U A; 2D8J A; 1XOV A; 1OV3 A; 1SHF A; 2ROT A; 2KT1 A; 2K79 A; 3M0P A; 4RUG A; 2RF0 A; 4IIM A; 2AKK A; 3TSW A; 2EPD A; 4AFS C; 1OPK A; 3H0H A; 2DBM A; 1U5S A; 2XMF A; 4OMN A; 1UJ0 A; 2YT6 A; 4RTZ A; 1SHG A; 2CT4 A; 2L0A A; 4LN2 A; 3M0S A; 2A37 A; 2JXB A; 1K9A A; 4OML A; 5IHI A; 3PVQ A; 2KBT A; 4LUE A; 1GRI A; 1JXM A; 2F2V A; 2GBQ A; 3VS6 A; 1ZBJ A; 2RQT A; 1B3Q A; 1FMK A; 1NYF A; 1WYX A; 2DIL A; 3CQT A; 2EGE A; 3M0T A; 2KXD A; 1W1F A; 4EIK A; 4OMQ A; 2J6K A; 2HSP A; 2K2M A; 1NEB A; 1WXU A; 3VRY A; 2SRC A; 2BTT A; 1UTI A; 2FEI A; 2OJ2 A; 4JJD A; 2CRE A; 1WA7 A; 2DE0 X; 2CDT A; 1GL5 A; 1ZUY A; 2LJ0 A; 1ZUK A; 1JU5 C; 2YSQ A; 1Y0M A; 2CH4 A; 2LZ6 B; 1M3C A; 2EYZ A; 1WI7 A; 2X3X D; 3VRZ A; 2GGR A; 1SPK A; 1TUD A; 2K9G A; 2CH4 W; 1X6B A; 1X2K A; 4Z8A A; 4HVV A; 1YWP A; 5I11 A; 2QDL A; 2LP5 A; 3VS1 A; 2KEA A; 4GBQ A; 3VS2 A; 2LMJ A; 4LUD A; 4CC2 A; 2FO0 A; 2DBK A; 2KRO A; 2AZS A; 1K0X A; 2VKN A; 2HDA A; 1HSQ A; 4LE9 A; 2H8H A; 2EKH A; 2L2P A; 1WDX A; 1WXT A; 3REB B; 1A0N B; 2HCK A; 2JM8 A; 2RPN A; 1WX6 A; 2PNI A; 2C0O A; 2C0I A; 2LJ3 A; 1BB9 A; 4J9B A; 2JT4 A; 4DEY A; 3QWX X; 2GTJ A; 2ED1 A; 3GBQ A; 2DL4 A; 2PZ1 A; 1K1Z A; 2M0Y A; 4RTX A; 2CSI A; 3C0C A; 1TUC A; 1I07 A; 1CKB A; 3NHN A; 2DL5 A; 4J9E A; 1X27 A; 1YCS B; 3NGP A; 2F2W A; 1TG0 A; 4D8D A; 2RQU A; 2GNC A; 5HCK A; 1HJD A; 3H41 A; 2KXC A; 1M3A A; 4QT7 A; 1K76 A; 1K0S A; 1NEG A; 4RTV A; 3LH5 A; 1AWO A; 1RLP C; 2ED0 A; 4GLM A; 4J9H A; 2BZY A; 2O88 A; 2YUN A; 2FPE A; 2X3W D; 1PNJ A; 1K4U S; 4FSS A; 1GFC A; 1H92 A; 4J9G A; 1OOT A; 4J9C A; 1SRL A; 3SEM A; 2DLP A; 1KFZ A; 5FWC A; 2GTO A; 2RN8 A; 3QWY A; 3RBB B; 3FJ5 A; 1GCQ A; 1M3B A; 1I1J A; 3EG1 A; 2V1Q A; 2FPF A; 1WIE A; 2J05 A; 1Z9Q A; 1RUW A; 2DJQ A; 1E6G A; 2DVJ A; 1JEG A; 1NLO C; 1QKW A; 1ABO A; 1SSH A; 2G6F X; 2E5K A; 2CUB A; 2KNB B; 2VWF A; 2J06 A; 5FWB A; 1J3T A; 2DA9 A; 3M0R A; 1ZSG A; 2D1X A; 4J9F A; 3TSZ A; 1SEM A; 1PWT A; 2K6D A; 2O9V A; 1BBZ A; 2ROL A; 2D0N A; 1U3O A; 1CKA A; 1MUZ A; 2FRY A; 3SHW A; 2MIO A; 1PKS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4PJO E; 4OMO A; 5LJ3 g; 1TUG B; 1VQ8 T; 2CYZ B; 1KQS A; 3I5S A; 5L8R E; 5I21 A; 4YTL A; 1JXO A; 1MHN A; 4OMP A; 2CP0 A; 2RNA A; 1YCY A; 2BIV A; 1QCN A; 3VS3 A; 3D7S B; 1PG5 B; 2KE9 A; 2NUP B; 3QJ6 A; 1KC8 C; 3OSS C; 2PVO B; 3SDZ A; 4J9D A; 3NMZ C; 1KC8 R; 1OU9 A; 4X1V A; 1N9R A; 3FLG A; 2FL7 A; 4WCI A; 1QLY A; 4RTW A; 2MYS A; 4KGX B; 2LCC A; 4KUI A; 3CCM A; 2LT1 A; 3QYH B; 5GAN 4; 3A8G B; 2PQW A; 1VQ5 T; 2QA4 Q; 2YHT A; 1QKX A; 1VYU A; 4K11 A; 1M5Q 1; 2PUO B; 2PUK B; 2CP6 A; 3CC4 A; 1R8O B; 4Y92 A; 3QPH A; 1KIK A; 2QAS A; 3CC7 A; 1VQL Q; 5C6S A; 4ANJ A; 3T9N A; 4QVD A; 1YJN Q; 1E7O A; 1GXI E; 4F7U F; 2DRK A; 4FCY A; 3RKX A; 1HK9 A; 1D1A A; 2FG0 A; 1O9S A; 3CC2 T; 2ZZD A; 3G4S Q; 2HKN A; 6AT1 B; 3M0Q A; 4HA8 A; 3QKJ A; 3L42 A; 1JJ2 P; 3PT9 A; 2L3R A; 4NOY A; 3H9N A; 1Y7X A; 2RK1 A; 1TH7 A; 3ZL7 C; 4RKU E; 4JRK A; 2F5K A; 4Y28 E; 5J39 A; 3EG3 A; 3O5Z A; 2QQB A; 5EG2 A; 4JZ4 A; 1F1B B; 2YRD A; 3HRS A; 1VQP A; 3BDL A; 3J81 E; 3OA6 A; 2HL5 C; 2O2O A; 4CC3 A; 1B07 A; 3S3M A; 2DMO A; 3OYG A; 1YHQ A; 3CCM T; 3P8D A; 2XID A; 4C8Q C; 2YLC A; 2OI3 A; 1VQK A; 4J7F A; 4M78 A; 2VVK A; 4FYY B; 2W0Z A; 1M1K U; 4IUT A; 4WTO B; 1LCK A; 2L3S A; 3CC4 T; 4PJN A; 1AZE A; 5A0G A; 2E6N A; 2M02 A; 4KT0 E; 3CC7 T; 4PKC C; 2MI6 A; 1M2O A; 1Q86 U; 2COY A; 3QYG B; 1LOJ A; 1M1G A; 3LH0 A; 4D6W A; 2CZ6 B; 2D9T A; 4M78 B; 1X01 A; 1X75 C; 4OB3 B; 1Y96 A; 1N9S A; 2KRN A; 2MWP A; 3THK A; 1BIB A; 3NPF A; 4KGZ B; 2ESW A; 1QWE A; 1UGQ B; 1EIF A; 3WVE B; 1H3Z A; 2KT8 A; 3I9Q A; 1WLP B; 4AFZ C; 3EHQ A; 5EC7 A; 3TEE A; 2QQA A; 2KYM A; 2RO0 A; 1PCX A; 2A28 A; 4IUQ A; 3CCR A; 2A0F B; 2WSF E; 3FRN A; 2E10 A; 4F16 A; 1VQP T; 2LJ1 A; 1OPL A; 1I5O B; 1Y96 B; 4M7A D; 2RJD A; 2A08 A; 1ABQ A; 1GFD A; 1YHQ T; 5D6Y A; 5A2Q E; 3MJX A; 5GAN 2; 2DIQ A; 1YIT Q; 2DRM A; 3OYH A; 1VQK T; 2JTF A; 1GBR A; 1YI2 A; 3CCU A; 1UFF A; 2DER A; 2RM4 A; 4M75 F; 3VYG A; 1M30 A; 2M51 A; 4M77 A; 1K8A C; 1G3S A; 3H8Z A; 4JLG A; 3E9G A; 3QBY A; 3CCQ A; 1K8A R; 4M7A E; 2IPO B; 2MF2 A; 3URG A; 2XG8 D; 4NS5 A; 3PGG A; 2CZ7 B; 4RTT A; 5GAN j; 5CKF A; 1MNE A; 1VQN Q; 5GAO q; 4EDU A; 5LJ5 e; 4PJM A; 4DOW A; 2MPX C; 1SF9 A; 2R5A A; 3M58 A; 1NE8 A; 3HSB A; 3S3O A; 1W2B P; 4M77 B; 3OQ5 A; 3MCA B; 2ROT A; 4Y91 A; 3TSW A; 3CXC A; 1SHG A; 4LN2 A; 3M0S A; 2A37 A; 4BI8 B; 5IHI A; 4LUE A; 1GRI A; 3CCR T; 5DLO A; 3OYA A; 1FMW A; 1KD1 C; 3L2U A; 3LGL A; 1UGS B; 3VS6 A; 1KD1 R; 2CP3 A; 1B3Q A; 3UT1 A; 5GAN 5; 1D1C A; 1TXQ A; 3G7Z A; 2K2M A; 1NEB A; 1LPL A; 2QK0 A; 3VRY A; 2BTT A; 1UTI A; 2FEI A; 2PVG B; 1YI2 T; 4OF1 A; 1M4Z A; 4O5V A; 2CS7 A; 3CCU T; 3M59 A; 3CCV A; 1KC8 U; 1GL5 A; 3C95 A; 1ZUK A; 2HQX A; 1Y0M A; 4PNO A; 4JUV A; 1KG1 A; 3CCQ T; 3VRZ A; 1SPK A; 1TUD A; 3ZBD A; 3E1S A; 4C0D B; 1X6B A; 1G3W A; 1X2K A; 1XJW B; 3OBY A; 1EZZ B; 2L8D A; 1ACM B; 2KEA A; 2LMJ A; 3G71 A; 2AZS A; 2VKN A; 2DZC A; 2A7Y A; 3MP1 A; 2AT1 B; 3M9Q A; 4C5I A; 1JB0 E; 1WXT A; 3GIB A; 2DXT A; 2HCK A; 2RPN A; 1WX6 A; 2RJE A; 2DPP B; 3CCE A; 2QQR A; 2P0Q A; 3QWX X; 4FIB A; 4PLL A; 3GBQ A; 5CKH A; 4L5G A; 2DEU A; 2DL4 A; 1TSF A; 5I2M A; 4NL3 A; 3C0C A; 4PFP A; 4PJO F; 1CKB A; 2DL5 A; 4C5G A; 4C0G A; 3JCM b; 1YCS B; 2MK5 A; 3VKI A; 4C5E A; 3NGP A; 2F2W A; 1ZSZ A; 5CKD A; 4A4K A; 3CCV T; 1HJD A; 2BUD A; 3O8V A; 2QTX A; 2R57 A; 1D3B B; 5J26 A; 3PIP A; 3GPL A; 1YBY A; 3R6O A; 3BY7 A; 1N8R U; 4F7U A; 1NEG A; 4LDY A; 2DIG A; 2P0K A; 2CP7 A; 4RTV A; 4C92 E; 1YJ9 Q; 2X35 A; 1OZ2 A; 2FPE A; 4FSS A; 3ZFJ A; 1H92 A; 1OOT A; 4J9C A; 2DLP A; 1QVF S; 1ZSZ B; 2QQS A; 4BE2 A; 3G71 T; 3OW2 S; 1I1J A; 2C06 A; 3EG1 A; 2FPF A; 1K9M C; 1WIE A; 5KH6 A; 3QHS A; 2LVM A; 1K9M R; 5LJ5 d; 1VQL A; 2DET A; 1TU0 B; 5GAN f; 2DJQ A; 4F7U B; 3OYI A; 2WSC E; 3I55 A; 1VQO Q; 1NLO C; 2G6F X; 3SD4 A; 1OQK A; 3UWN A; 4ZN3 A; 3CCE T; 4ELZ C; 3G4S A; 3G6E A; 3FB9 A; 3M0R A; 1ZSG A; 4J9F A; 5GAN g; 1SEM A; 1PWT A; 2O9V A; 1DJ7 B; 5GAN 3; 1CKA A; 1FWZ A; 2MIO A; 5IAY A; 1I0C A; 3OW2 A; 2AHJ B; 2EQJ A; 4NL2 A; 4E7J A; 5FW9 A; 2CKK A; 2AK5 A; 1QW1 A; 2KVQ G; 3EFO A; 3V7S A; 2K2V A; 3REA B; 3OYM A; 1N27 A; 4PK4 A; 2VAS A; 3V7C A; 4EMK A; 1IO6 A; 1WXB A; 3HPW A; 3M5A A; 4QKU A; 1UEB A; 1ZLM A; 3A8O B; 2JTM A; 1LJO A; 3GLX A; 2KK4 A; 1Q7Y R; 2DVE A; 4J6W A; 3EFO B; 4Z89 A; 4C8Q D; 1X69 A; 1MV0 B; 3EG0 A; 1WHM A; 2VGN A; 4EMK B; 2NUZ A; 4ZGD B; 2JUF A; 4HXJ A; 1VQ6 Q; 4DOV A; 2E3H A; 4DEX A; 1VQL T; 1QWF A; 4QQ6 A; 3OYY A; 2HEQ A; 2DF6 A; 3I55 T; 1O75 A; 2MWO A; 1M8M A; 2LC4 A; 3OYL A; 2X9H A; 1HD3 A; 1AD5 A; 2HBW A; 3X20 B; 3G4S T; 3G6E T; 3AHU A; 2RI3 A; 3TVT A; 2V26 A; 2JJ9 A; 4X34 A; 2ZPE B; 4C8Q E; 2EAY A; 5CVI A; 2DFU A; 4PJL A; 1T0H A; 2JN0 A; 3OS0 A; 5IH2 A; 1YN8 A; 4M7D E; 4R55 A; 2IIM A; 5GAM e; 4XTX A; 1NPR A; 2EVR A; 1QMC A; 2X4W A; 2X4Y A; 3QG1 A; 3EHR A; 3RMS A; 4E6R A; 1RLQ C; 4M75 A; 4E7Z A; 4ZGJ B; 1S72 Q; 5FLX E; 2XHC A; 1VOM A; 3H0I A; 1YFN A; 1YWO A; 4RTU A; 2F2X A; 2RI5 A; 4WF2 A; 1KD1 U; 1TS9 A; 4JRP A; 2NWM A; 1X6O A; 1RI0 A; 1WHJ A; 1P92 A; 2ECZ A; 1NYG A; 1UGV A; 4QQD A; 4ELY C; 4LD6 A; 3Q1J A; 5GAN 8; 2X51 A; 4B9W A; 2RHI A; 2V1R A; 4M75 B; 2MCN A; 2YDL A; 4Z88 A; 4RG2 A; 4XK8 E; 2JTE A; 2FZC B; 4CC4 B; 2DL7 A; 2P4R A; 4MZM A; 3L2R A; 3OYE A; 1VQ9 Q; 4JDS A; 1YP5 A; 2EFI A; 2DTO A; 1BI0 A; 4MDW A; 4C92 C; 2OTJ A; 4PFO A; 4M7A F; 4FL6 A; 4BY6 B; 4D8K A; 4M78 G; 3JCM h; 4MDX A; 2W10 A; 3RUX A; 3VUB A; 1VYT A; 3CPW S; 1QVG A; 5CR2 A; 2PVD B; 1N5Z A; 1M90 C; 2LT4 A; 1TWB A; 4XU1 A; 4XTV A; 3RNJ A; 1M90 R; 3IQL A; 1RAE B; 3JRZ A; 4X9C A; 2DNU A; 1BYM A; 1ZX6 A; 4GLK A; 2RMO A; 2ZAE A; 4ZNX A; 4ESR A; 3UPU A; 5AYF A; 4CC7 A; 5KYW A; 2RHZ A; 1PSE A; 2QEX A; 1FYN A; 1VQM Q; 1PRM C; 5HK0 A; 1EX4 A; 1V1C A; 3MP8 A; 2YRC A; 3EG2 A; 1UG1 A; 4AFU C; 2HSE B; 1X43 A; 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