The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
5
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sequence length |
72
|
structure length |
72
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Chain Sequence |
GSTMAEEVVVVAKFDYVAQQEQELDIKKNERLWLLDDSKSWWRVRNSMNKTGFVPSNYVERKNSARAAANSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Interaction between the N-terminal SH3 domain of Nckalpha and CD3epsilon-derived peptides: Non-canonical and canonical recognition motifs
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Cytoplasmic protein NCK1
|
| total genus |
5
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| structure length |
72
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| sequence length |
72
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-10-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2PZ1 A; 1K4U S; 3SEM A; 2EGC A; 5IHK A; 1AVZ C; 2DL8 A; 2GGR A; 2M51 A; 1E7O A; 2O31 A; 2L2P A; 2JMA A; 4CC2 A; 2LP5 A; 1CKA A; 2SEM A; 1KSW A; 2RQV A; 1PKT A; 4GLM A; 1X43 A; 2YDL A; 1T0J A; 3I35 A; 1NYF A; 2CH4 W; 1WIE A; 4KRT A; 4A63 B; 3VS4 A; 2CSQ A; 4ZNX A; 2PNI A; 4RTT A; 1B3Q A; 1XOV A; 2DL7 A; 4RTX A; 3TSW A; 2F2V A; 3SHW A; 3VRY A; 2LX7 A; 2F2X A; 2J6F A; 1RI9 A; 2AKK A; 2EYY A; 1YNZ A; 3O5Z A; 1H8K A; 1ARK A; 3R6N A; 1JEG A; 1JXO A; 1VYT A; 1ZBJ A; 2EYZ A; 4OMQ A; 5FWB A; 1B07 A; 2O2O A; 2AZV A; 1OEB A; 4DEY A; 2DRK A; 2H8H A; 2DVJ A; 1ZUY A; 2L3S A; 2EBP A; 1VYU A; 2KT1 A; 2KYB A; 1NYG A; 4J9I A; 5IH2 A; 2LNH B; 2JM8 A; 2V1R A; 1ZLM A; 1AWW A; 1UG1 A; 2FPD A; 1JU5 C; 3VS3 A; 1V1C A; 4RTV A; 4HVV A; 2AZS A; 4Z8A A; 1X2Q A; 2A28 A; 3RNJ A; 2CDT A; 2HBW A; 2EGA A; 3I5S A; 3M0T A; 1KIK A; 2NWM A; 2FRY A; 2K2M A; 1YWP A; 2KRS A; 1I07 A; 1N5Z A; 1E6H A; 1SPK A; 2YUQ A; 3U23 A; 1SHG A; 1I1J A; 1KFZ A; 4GBQ A; 1J3T A; 1G83 A; 4WCI A; 2EGE A; 2LZ6 B; 1JO8 A; 2VVK A; 1QWE A; 1UE9 A; 3IQL A; 1UHF A; 2FEI A; 1PRL C; 1NLO C; 1MV0 B; 2EQI A; 2DIL A; 1BU1 A; 2RPN A; 4D8K A; 2DNU A; 2RN8 A; 2EYW A; 3ZL7 C; 4JJB A; 2MCN A; 2M0Y A; 2JTE A; 1MV3 A; 2L0A A; 2E5K A; 1YWO A; 4J9E A; 1ZX6 A; 2P4R A; 2CH4 A; 2LQN A; 4ORZ A; 2L3Q A; 1GL5 A; 3QWY A; 1JQQ A; 1T3L A; 4J9H A; 3EG0 A; 2DL5 A; 3VRZ A; 1UUE A; 1QCF A; 1Y0M A; 4JPB W; 5IXF A; 4RUG A; 4D8D A; 2GTO A; 3H0H A; 4J9B A; 2AK5 A; 3M0P A; 2YSQ A; 5IHN A; 2JM9 A; 4J9F A; 1WXT A; 2BZX A; 4LNP A; 3EG3 A; 3C0C A; 2J6O A; 3H41 A; 1M3C A; 1RLP C; 3GBQ A; 2YUP A; 4F14 A; 1K0X A; 1BK2 A; 2VKN A; 1K9A A; 4E6R A; 3M0Q A; 1W70 A; 2O9S A; 1AD5 A; 5IXB A; 2CT4 A; 2DF6 A; 2FPE A; 2RF0 A; 1W6X A; 3VS1 A; 2G6F X; 1TUD A; 1M30 A; 3EGU A; 2LJ1 A; 2FO0 A; 2EYX A; 4JJD A; 4LUD A; 1OV3 A; 2D1X A; 1AWO A; 1K1Z A; 1GCQ C; 2DRM A; 1SEM A; 3FJ5 A; 2ECZ A; 1Z9Z A; 1H3H A; 1X6B A; 2RQU A; 1GFC A; 2SRC A; 1VA7 A; 2DA9 A; 2KRM A; 5I11 A; 2KT8 A; 1G2B A; 1WA7 A; 3M0R A; 3VS6 A; 1YN8 A; 1T3S A; 1X2K A; 2EPD A; 2QDL A; 1U3O A; 2ABL A; 2KYM A; 2CUB A; 4Y92 A; 2FG0 A; 3KFV A; 3M0S A; 3VS2 A; 1OOT A; 1YP5 A; 5IHI A; 3NGP A; 2KRO A; 4HVW A; 2DYB A; 1UGV A; 2MIO A; 5L23 A; 2DM1 A; 2AKL A; 2DJQ A; 2EVR A; 3EHQ A; 2GNC A; 2W10 A; 1AEY A; 2F2W A; 1NLP C; 2JT4 A; 2J6K A; 1MUZ A; 1PHT A; 4RTZ A; 5EC7 A; 4Z89 A; 4RTU A; 1H92 A; 1X27 A; 4AFZ C; 1AWX A; 2KGT A; 4J9G A; 1CSK A; 2YUN A; 1PKS A; 2O88 A; 1WLP B; 4M4Z A; 1UJ0 A; 2JMC A; 2D8H A; 4Z88 A; 2K9G A; 1NEG A; 2OJ2 A; 3THK A; 3UAT A; 2RQW A; 4AG2 C; 3JV3 A; 2PTK A; 1QKW A; 2ESW A; 2IIM A; 4CC3 A; 3A98 A; 2K79 A; 2D8J A; 2ROL A; 3LH5 A; 4F17 A; 3UF4 A; 1ABO A; 1NG2 A; 1PNJ A; 1TG0 A; 1UHC A; 3UA6 A; 4AG1 C; 4J9D A; 2V1Q A; 1U06 A; 2BZY A; 3H0F A; 1TUC A; 1OPL A; 1UTI A; 3VS0 A; 4OMN A; 1HD3 A; 2I0N A; 2EKH A; 2KE9 A; 4CC4 B; 2DE0 X; 1ZSG A; 1AWJ A; 4OMO A; 1ABQ A; 2X3X D; 2D0N A; 2ENM A; 4JZ4 A; 1M3B A; 1SSH A; 2K3B A; 2LQW A; 3UA7 A; 2NUZ A; 4DEX A; 4QT7 A; 3ULR B; 2C0O A; 2KEA A; 2K7A A; 4HCK A; 1S1N A; 1NM7 A; 2L3P A; 4OMP A; 1X6G A; 1K76 A; 2OAW A; 4IIO A; 4JJC A; 2ROT A; 3M0U A; 2HSP A; 1IO6 A; 1WXB A; 2DMO A; 1GBR A; 1PWT A; 5FW9 A; 4EIK A; 2GTJ A; 5HCK A; 4HVU A; 1LCK A; 1UFF A; 2RQR A; 4AFS C; 2CSI A; 2GQI A; 2KR3 A; 2CUD A; 2LMJ A; 3NHN A; 3TVT A; 2KXC A; 4OML A; 1GCQ A; 2YUO A; 2MOX A; 3CQT A; 3EG2 A; 1GFD A; 1A0N B; 1WDX A; 2RNA A; 3EG1 A; 5I22 A; 1QLY A; 1Z9Q A; 2HCK A; 1UDL A; 2ED0 A; 4RTY A; 2RQT A; 3QWX X; 2J06 A; 2BTT A; 1FYN A; 1GBQ A; 1SHF A; 1WI7 A; 2HDA A; 4LE9 A; 4RTW A; 2OI3 A; 2A08 A; 2DL3 A; 2KRN A; 3H0I A; 4LUE A; 5ECA A; 1AZG B; 3TSZ A; 1E6G A; 2DL4 A; 2LCS A; 1AZE A; 1PRM C; 2ED1 A; 1SRM A; 2HEQ A; 1QWF A; 2W0Z A; 3PVQ A; 4HXJ A; 2YT6 A; 1ZUK A; 1GCP A; 1AOJ A; 2JS0 A; 2DLP A; 1W1F A; 1RUW A; 2O9V A; 2A36 A; 2J7I A; 3PE0 A; 1RLQ C; 4J9C A; 1M3A A; 1M8M A; 2RMO A; 1BBZ A; 4AFQ C; 3NMZ C; 2JS2 A; 4F16 A; 1WXU A; 4AFU C; 2VWF A; 2DX1 A; 2C0I A; 2DBM A; 3I9Q A; 3I5R A; 1HJD A; 4CC7 A; 1HSQ A; 4X1V A; 3VS5 A; 2DBK A; 1YCS B; 2J05 A; 2FPF A; 2A37 A; 2CRE A; 1UEC A; 2K6D A; 1X69 A; 2X3W D; 1I0C A; 4JZ3 A; 3VS7 A; 1T0H A; 3REB B; 2JXB A; 1GRI A; 1WYX A; 2C0T A; 2EW3 A; 2XMF A; 4K11 A; 1Y57 A; 4OMM A; 1ZUU A; 5GJW B; 1CKB A; 1UJY A; 2CT3 A; 3PVL A; 1QKX A; 1U5S A; 3NPF A; 1VYV A; 1FMK A; 1BB9 A; 1OPK A; 5GJV B; 1KJW A; 1WX6 A; 1M27 C; 1K0S A; 2KBT A; 1WFW A; 1SRL A; 5FWC A; 4FSS A; 2KNB B; 4R0K A; 3EHR A; 1EFN A; 1NEB A; 2KXD A; 2LJ3 A; 2JW4 A; 2GBQ A; 4IIM A; 1JXM A; 2FRW A; 3REA B; 2BZ8 A; 2B86 A; 2LJ0 A; 3RBB B; 4ESR A; 4LN2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2RHU A; 3SWN C; 4LDX A; 1NBE B; 4M75 E; 2DL8 A; 2Y90 A; 2V8J A; 4KGZ B; 2FL7 A; 2ZCF B; 2LP5 A; 2RM4 A; 3PMI A; 4QQD A; 3QYG B; 2DYI A; 1M1F A; 1BYM A; 4J7F A; 4C0F A; 1LPL A; 4DQ2 A; 4ZNX A; 2PNI A; 4OGE A; 3G6E T; 1KD1 R; 1B3Q A; 3TSW A; 2L8D A; 5GAO m; 2DTI A; 2LNV A; 1MMN A; 1TH7 A; 1ZA2 B; 3LYI A; 2E3H A; 5GAN 4; 4OB1 B; 3HKS A; 1YNZ A; 3M56 A; 1ARK A; 4C8Q F; 3HSB A; 1JXO A; 1OQK A; 3FIF A; 4BB7 A; 5FWB A; 2P4T A; 2O2O A; 2O01 E; 5LJ3 f; 4X9C A; 1YFN A; 4XU2 A; 4FYY B; 4BUG A; 1Y07 A; 4PL6 A; 2DVJ A; 2L3S A; 3V7C A; 1N8R U; 1NYG A; 1KQS A; 1D0Y A; 1TSF A; 1ZLM A; 1AWW A; 1UG1 A; 4Q5W A; 3VS3 A; 1V1C A; 2HSE B; 4HVV A; 3P8D A; 3CC2 T; 2CDT A; 5D6W A; 1WPY A; 3I5S A; 4QVC A; 1VQK A; 1ZA1 B; 3G71 Q; 5GMK j; 1NPR A; 3QHS A; 2K2M A; 1FXX A; 3NTI A; 2KMT A; 3PIO A; 5GAO l; 4N0A A; 2COY A; 3U23 A; 5GAN f; 4PKC C; 2RK1 A; 1KFZ A; 3CCU Q; 2LZ6 B; 1JO8 A; 5J26 A; 4ZTJ A; 1F1B B; 3TRE A; 4HT9 A; 1PSF A; 1QW1 A; 3FRN A; 2E1H A; 2DIL A; 3OS0 A; 2HQE A; 3CCJ A; 2RN8 A; 1GXI E; 3ZL7 C; 2RHY A; 3V8K A; 5DLQ E; 1MV3 A; 3LX7 A; 3V8L A; 2E5K A; 4C8Q C; 4M7D B; 3V7R A; 3MET A; 2CH4 A; 3CPW A; 2DFU A; 2LQN A; 2G3R A; 5CKH A; 1GL5 A; 1VQ7 T; 1ACM B; 1JQQ A; 5J39 A; 1M8V A; 1RAH B; 2DIG A; 2QTV A; 2DL5 A; 5IXF A; 4RUG A; 3P8H A; 4QVD A; 1VQ6 A; 4UC4 A; 4VUB A; 4LNP A; 1Q7Y R; 2LCC A; 3PT9 A; 2KAF A; 1MGQ A; 5KCH A; 3GBQ A; 3JRZ A; 2C06 A; 2E10 A; 3D7S B; 1K9A A; 4E6R A; 4LD9 K; 1M1K C; 2O9S A; 5IXB A; 1YBY A; 1Q82 C; 2X4W A; 2KSS A; 1W6X A; 2RF0 A; 3AHU A; 1P92 A; 1I8F A; 3CCL Q; 1D0X A; 1W4S A; 4C92 D; 1OV3 A; 4FYV B; 3FJ5 A; 2OTJ Q; 5FU6 B; 2CS7 A; 3CCR Q; 3VYH B; 4BD3 A; 1RAD B; 1X6B A; 2RQU A; 1GFC A; 2SRC A; 1VA7 A; 3OSV A; 3RKW A; 1TUG B; 1YHQ T; 3URG A; 1XTD A; 4Y92 A; 2FG0 A; 3E9G A; 3VS2 A; 3CCE A; 4BE2 A; 2DPP B; 3DB3 A; 4J7I A; 2X4Y A; 1YIJ T; 3OBY A; 4XTY A; 5DY9 A; 4C92 G; 5KE2 A; 1FMV A; 1UGV A; 2MIO A; 5L23 A; 3G6E A; 2AKL A; 2EJF A; 4QW2 A; 1R77 A; 1S72 T; 3TCJ A; 1AEY A; 1K73 C; 3JCM Q; 2RI3 A; 1MUZ A; 2QI2 A; 2GQV A; 4RTU A; 1M1G A; 1H92 A; 4ZN1 A; 4AFZ C; 1JJ2 S; 3RR6 A; 4OB3 B; 1K9M R; 4FYX B; 1RAE B; 2O88 A; 3CBP A; 3CD6 T; 1NEG A; 2QTX A; 2RJE A; 4RKU E; 2Z0W A; 2LQK A; 3EFR A; 4AG2 C; 3JV3 A; 2IIM A; 5FU7 B; 4A53 A; 2AIR B; 3A98 A; 3E9F A; 3I55 Q; 4CI0 C; 5CIU A; 4C92 E; 2QQS A; 5EG2 A; 4F17 A; 1ABO A; 3M4G A; 2BKD N; 1PNJ A; 5LJ3 h; 4JRQ A; 1TG0 A; 3JCM W; 1U06 A; 3CXC A; 1MMA A; 4RCC A; 4V2S A; 1XQH A; 2KI7 A; 3H0F A; 1RL2 A; 2CZ7 B; 4XAX B; 2K2V A; 4IUQ A; 2KK4 A; 1X6O A; 1PC0 A; 3OYF A; 3KXT A; 1ABQ A; 4TVR A; 3EG9 A; 1BIB A; 3QDF A; 1M3B A; 1SSH A; 2LQW A; 1KC8 U; 1C6V X; 4M77 A; 1PD0 A; 3L2V A; 1RI0 A; 4L5G A; 4OMP A; 1NJI U; 4M7A E; 2OAW A; 4IIO A; 4PJO B; 4JJC A; 2ROT A; 1LJO A; 2HSP A; 3SWN B; 1WXB A; 3EG9 B; 4LXC A; 3QPH A; 5GAN 3; 1VQ7 A; 1GBR A; 1PWT A; 1PM3 A; 5HCK A; 4HVU A; 1MNE A; 4OMF B; 2CP6 A; 2RQR A; 4FYW B; 4M77 B; 1QVF A; 3RUX A; 2CUD A; 4M78 A; 3RKX A; 1ZHI A; 1GCQ A; 2DTO A; 2E64 A; 2CZ1 B; 4PFZ A; 2MOX A; 3CQT A; 2HD0 A; 4X34 A; 1GFD A; 1Q95 G; 1NE8 A; 3MHX A; 2EJG A; 3G71 T; 2DXC A; 4J5Y A; 4BDY A; 1M90 R; 1UDL A; 5GAM e; 4M78 B; 2R57 A; 2ZPF B; 1G3T A; 4O6J A; 2AHJ B; 5CAI A; 1PD1 A; 2HDA A; 4LE9 A; 3CCU T; 1PSE A; 1YI2 Q; 3X25 B; 3M4Y A; 3LGL A; 1AZG B; 4DOW A; 1BI0 A; 2DL4 A; 5LJ3 g; 9ATC B; 1FX7 A; 3J7A F; 3LWI A; 2ED1 A; 3QBY A; 2FZK B; 2VYT A; 3OS2 A; 2K57 A; 3X26 B; 2YT6 A; 3EGD B; 1AOJ A; 2BUD A; 3OW2 P; 1MMD A; 2A36 A; 2RHI A; 2J7I A; 4N0A C; 2L5Q A; 3OB9 A; 1YHQ A; 1RLQ C; 4J9C A; 4PLI A; 2RMO A; 5CO7 A; 4F7U E; 1BBZ A; 1NJI R; 3OYB A; 3HTR A; 4AFU C; 3M58 A; 3CC2 Q; 1ZBX A; 1HJD A; 4CC7 A; 2EFI A; 1KD1 C; 2DBK A; 1YCS B; 2FPF A; 2A37 A; 1VQL A; 1NPP A; 1UEC A; 2OTL Q; 4FW1 A; 3OYY A; 3REB B; 4QQG A; 3OYD A; 1WYX A; 2C0T A; 2VV5 A; 4A4G A; 1WHM A; 2EW3 A; 2XMF A; 4JS5 A; 1IRE B; 4M75 A; 3PVL A; 1U5S A; 3GP8 A; 3CMA Q; 2YRD A; 1YJW A; 5GJV B; 2PVO B; 1M27 C; 4C8Q B; 5C6S A; 3CD6 A; 4N4G A; 4IIM A; 1JXM A; 2FRW A; 4M75 B; 3REA B; 1VUB A; 1K73 R; 3M59 A; 1KQS S; 4RG8 A; 4XK8 E; 3CCR T; 1K4U S; 3SEM A; 1VQN T; 2RI2 A; 4PFP A; 2YRC A; 5IHK A; 2M51 A; 2L2P A; 2JMA A; 4BAC A; 1CKA A; 1VQ5 Q; 2RQV A; 3ZFJ A; 4GLK A; 1X43 A; 1VQP T; 1ZSZ A; 3I35 A; 1NYF A; 4FSX A; 3OYE A; 1WIE A; 4II1 A; 4A63 B; 3VS4 A; 2CSQ A; 3HRU A; 2M02 A; 4KUL A; 4RTX A; 2F2V A; 3CME A; 3SHW A; 2QQB A; 3ER0 A; 2VC8 A; 4PJM A; 1RI9 A; 2PUK B; 2AKK A; 4MML A; 1G8X A; 2DXT A; 3R6N A; 1ZSZ B; 1IZ6 A; 1VYT A; 1YCY A; 1ZBJ A; 3L2U A; 1B07 A; 3EAE A; 3F70 A; 2AZV A; 3P8B B; 2H8H A; 2M1H A; 1YIT A; 2EBP A; 4LDV A; 4FL6 A; 2KT1 A; 3N5B B; 2LNH B; 4OF1 A; 1V29 B; 2H3J A; 4PJO F; 4E7H A; 3CCV Q; 2BE9 B; 5IAY A; 4Z8A A; 1WJQ A; 2A28 A; 2EQK A; 3RNJ A; 1H3Z A; 2IVW A; 5LL6 S; 3M0T A; 3J80 E; 3I55 T; 1Q7Y C; 2JN0 A; 4E7S A; 3HL8 A; 4M77 F; 5D6X A; 3CCM A; 1N5Z A; 2QA4 Q; 1E6H A; 1G5V A; 2YUQ A; 3L42 A; 5FU7 C; 1SHG A; 1I1J A; 3PFS A; 1VQ8 Q; 1BI2 A; 1J3T A; 2LVM A; 3CCU A; 3INZ A; 2HAX A; 2COZ A; 3OYC A; 1NLO C; 5CKF A; 3QZ9 B; 2ZPG B; 4M78 F; 1HK9 A; 1MHN A; 5HKC A; 3CPF A; 4JJB A; 2MCN A; 2ATC B; 4C5H A; 1N27 A; 2M0Y A; 4Z02 A; 3OYN A; 2L0A A; 1YWO A; 4J9E A; 4O5V A; 1ZX6 A; 2EQJ A; 3O8V A; 2K5L A; 2P4R A; 3JCM P; 1IRX A; 2RJF A; 3UT1 A; 2L3Q A; 2E65 A; 2EAY A; 1T3L A; 2ZPE B; 3QDR B; 4B9W A; 1Y0M A; 1W2B A; 2QYZ A; 4PJO C; 4OGC A; 2IG0 A; 2EYQ A; 1VIF A; 4J9F A; 5GMK e; 3MCA B; 3EG3 A; 3C0C A; 2DXB A; 3H41 A; 1WHG A; 2YUP A; 2QEX Q; 4M77 C; 2O4X A; 2OAU A; 7AT1 B; 2M0O A; 2VKN A; 1K9M C; 3SDZ A; 3M0Q A; 1W70 A; 2EIF A; 4AMC A; 1AD5 A; 2ZGW A; 1XJW B; 2G6F X; 4NL2 A; 1K8A R; 1M30 A; 4A54 A; 1YI2 T; 4RCB A; 1SF9 A; 4OB2 B; 3CCL A; 2DEQ A; 2LQ8 A; 4ATO A; 2D1X A; 1M2O A; 3CBM A; 4M78 C; 3LLR A; 2FZG B; 1GCQ C; 3CCQ Q; 2XDP A; 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