The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
|
sequence length |
70
|
structure length |
70
|
Chain Sequence |
MDETGKELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVKATANDKTYERQGFVPAAYVKKLD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Chimeric SHA-D domain "SH3-Bergerac": 3D structure and dynamics studies
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Gallus gallus
|
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
|
| total genus |
9
|
| structure length |
70
|
| sequence length |
70
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZUU A; 2EVR A; 2YT6 A; 5GJW B; 2AKL A; 2YUN A; 1CKB A; 2KYM A; 1VYV A; 3M0P A; 2CT4 A; 2DA9 A; 1QKX A; 1H8K A; 2O9S A; 2ESW A; 3H0H A; 4M4Z A; 1WXT A; 3VS4 A; 2X3W D; 2DJQ A; 1CKA A; 4AFZ C; 2LZ6 B; 2O2O A; 1J3T A; 4Z89 A; 1B3Q A; 1VYU A; 1AVZ C; 2KRN A; 2KXD A; 2J06 A; 1KJW A; 1WX6 A; 3REA B; 1JXM A; 2OJ2 A; 1W70 A; 2FPE A; 2A36 A; 1QLY A; 2AZS A; 3VS1 A; 5IXB A; 1V1C A; 4RTW A; 4J9B A; 3IQL A; 4IIM A; 2CT3 A; 1K4U S; 3LH5 A; 3QWY A; 4LE9 A; 1PHT A; 2DL8 A; 1SPK A; 1UEC A; 4LUE A; 3UA7 A; 2PTK A; 5HCK A; 1H3H A; 2DL5 A; 2W0Z A; 3FJ5 A; 1ZUY A; 1ABO A; 2DL4 A; 2CDT A; 4EIK A; 1QWF A; 4RUG A; 2K2M A; 2O31 A; 1MUZ A; 1SRL A; 4J9I A; 2B86 A; 1T3S A; 3H41 A; 4R0K A; 2DF6 A; 4F17 A; 1TUC A; 2L3S A; 5FWB A; 1K0X A; 2JM9 A; 4GBQ A; 1BBZ A; 2DBK A; 2JMA A; 4RTV A; 2DE0 X; 1UDL A; 2ECZ A; 1YWO A; 2YDL A; 2CH4 W; 1AWW A; 1U06 A; 2KRS A; 5I11 A; 1FMK A; 1M3A A; 2HEQ A; 2VKN A; 1M8M A; 2L2P A; 4DEY A; 2K3B A; 4AG1 C; 1OV3 A; 2JW4 A; 3I9Q A; 2AK5 A; 2BZX A; 1EFN A; 2JXB A; 2CUD A; 2RQT A; 3PE0 A; 1T0J A; 2JS2 A; 2F2X A; 2EKH A; 1MV3 A; 1LCK A; 1I1J A; 2KT1 A; 2LJ1 A; 2ROT A; 2GBQ A; 3TSZ A; 1A0N B; 2KE9 A; 2OI3 A; 1UG1 A; 2FRY A; 3M0T A; 1PNJ A; 1AOJ A; 1OPK A; 2M0Y A; 2X3X D; 5FW9 A; 1NYG A; 2GTO A; 4HCK A; 3VRZ A; 3KFV A; 2V1R A; 2G6F X; 2EYY A; 2RPN A; 3VS5 A; 2OAW A; 4ORZ A; 1YP5 A; 2W10 A; 1JU5 C; 2KEA A; 4AFQ C; 4CC2 A; 1OPL A; 2SRC A; 3ULR B; 1YCS B; 1GCQ A; 2J05 A; 1AWX A; 2DL3 A; 3VS7 A; 1GFC A; 1HSQ A; 1PWT A; 3I5S A; 2DRM A; 1Z9Z A; 2DX1 A; 1AZE A; 2DYB A; 2GTJ A; 3I5R A; 1M30 A; 1K9A A; 2CSQ A; 1BB9 A; 1KFZ A; 2EGC A; 1W6X A; 1X69 A; 3VS2 A; 2EBP A; 3RNJ A; 3UA6 A; 4J9C A; 1NEG A; 1KIK A; 1X6G A; 2AZV A; 2EQI A; 1GFD A; 3THK A; 1YNZ A; 1UHC A; 1U5S A; 1HJD A; 2D1X A; 5IHK A; 2PNI A; 2JS0 A; 1PRL C; 2BZ8 A; 3JV3 A; 1PKS A; 2FRW A; 1GCP A; 4HVW A; 2RQU A; 2FO0 A; 2L3P A; 2LP5 A; 1UGV A; 2KXC A; 2DMO A; 3EGU A; 4J9H A; 2EPD A; 2RMO A; 1B07 A; 1GBQ A; 2XMF A; 1SEM A; 1JEG A; 4RTU A; 1UHF A; 4OMM A; 3NMZ C; 3EHR A; 2P4R A; 2YUQ A; 2KGT A; 4A63 B; 4OMQ A; 3VRY A; 4K11 A; 4KRT A; 2I0N A; 1UJ0 A; 4CC3 A; 2D8J A; 2LQW A; 2ED0 A; 2O88 A; 1Y57 A; 1GRI A; 2VVK A; 1WXB A; 1T3L A; 2CSI A; 4LNP A; 5GJV B; 2KNB B; 2CRE A; 4ESR A; 2QDL A; 1TG0 A; 1YN8 A; 2ROL A; 1UUE A; 4WCI A; 2KRM A; 1JXO A; 4AFS C; 1SSH A; 2FEI A; 4JZ3 A; 1NEB A; 2EYX A; 1XOV A; 4JJC A; 2A37 A; 5IH2 A; 2DRK A; 2K9G A; 1AD5 A; 1GL5 A; 2EYZ A; 1AZG B; 3VS3 A; 2A08 A; 2MCN A; 4HVV A; 1K0S A; 2CH4 A; 2V1Q A; 1FYN A; 2C0O A; 4D8K A; 1JQQ A; 4J9D A; 4CC7 A; 4AG2 C; 3C0C A; 1BK2 A; 2LJ0 A; 2M51 A; 3TVT A; 3RBB B; 2DBM A; 4QT7 A; 3SEM A; 1AWO A; 2K79 A; 3EG3 A; 4Z8A A; 2RNA A; 1VA7 A; 2AKK A; 2KRO A; 2VWF A; 1ZBJ A; 4OML A; 2KYB A; 3H0F A; 1MV0 B; 1TUD A; 2EGE A; 2JT4 A; 3I35 A; 1ARK A; 1BU1 A; 2J6O A; 1VYT A; 1QWE A; 2DM1 A; 3EG2 A; 3CQT A; 1AWJ A; 1WYX A; 2FPD A; 1E6G A; 1WDX A; 1ZUK A; 2YUO A; 2HDA A; 3PVQ A; 4OMN A; 2K7A A; 2C0T A; 4J9F A; 1K1Z A; 1CSK A; 2HBW A; 3NHN A; 2KT8 A; 2RQW A; 4CC4 B; 2LQN A; 3EG0 A; 2D0N A; 3EG1 A; 2GQI A; 1QKW A; 1WIE A; 3VS0 A; 1NM7 A; 5EC7 A; 3PVL A; 1T0H A; 2C0I A; 1I07 A; 3R6N A; 4J9E A; 4RTT A; 1RLP C; 2DL7 A; 2MIO A; 3NPF A; 2GNC A; 2J7I A; 2MOX A; 3UF4 A; 3VS6 A; 1SHG A; 3NGP A; 2FG0 A; 2NWM A; 2YSQ A; 1M3B A; 1N5Z A; 3A98 A; 2PZ1 A; 2KR3 A; 1ZX6 A; 2EGA A; 4RTX A; 2E5K A; 2HCK A; 1OEB A; 1U3O A; 4X1V A; 1WA7 A; 1H92 A; 1HD3 A; 1RUW A; 4RTY A; 1WI7 A; 1M27 C; 5FWC A; 1ZLM A; 1WXU A; 3M0R A; 2J6F A; 1NYF A; 4D8D A; 2JMC A; 4FSS A; 2DLP A; 2RF0 A; 3EHQ A; 4AFU C; 2DNU A; 1OOT A; 4ZNX A; 4HVU A; 1RLQ C; 2LJ3 A; 2O9V A; 1X43 A; 1X2K A; 1W1F A; 3SHW A; 1K76 A; 1RI9 A; 2CUB A; 3M0S A; 4F16 A; 1UJY A; 4F14 A; 4LUD A; 1Z9Q A; 2LCS A; 2ENM A; 1WLP B; 2LX7 A; 1E7O A; 4JJB A; 2J6K A; 1PRM C; 5I22 A; 3REB B; 1G2B A; 2ABL A; 1WFW A; 2DVJ A; 4Z88 A; 1KSW A; 1UTI A; 2EYW A; 1NLP C; 2NUZ A; 1ABQ A; 2SEM A; 5IHN A; 2H8H A; 2JM8 A; 2YUP A; 4JZ4 A; 2GGR A; 2BZY A; 2JTE A; 1YWP A; 2EW3 A; 5L23 A; 4GLM A; 3ZL7 C; 4IIO A; 1X2Q A; 2LMJ A; 1X27 A; 1AEY A; 3GBQ A; 2KBT A; 2K6D A; 1JO8 A; 2DIL A; 2RQR A; 5ECA A; 2A28 A; 3QWX X; 3UAT A; 1SRM A; 4J9G A; 1I0C A; 2F2W A; 4JJD A; 3U23 A; 1IO6 A; 2LNH B; 1UFF A; 4OMO A; 3O5Z A; 4HXJ A; 1ZSG A; 3TSW A; 4RTZ A; 1NG2 A; 3M0Q A; 2FPF A; 1X6B A; 4E6R A; 2L0A A; 2RN8 A; 1M3C A; 1NLO C; 1Y0M A; 4Y92 A; 1QCF A; 2HSP A; 2D8H A; 2RQV A; 2L3Q A; 1GBR A; 4LN2 A; 1E6H A; 1SHF A; 1G83 A; 2ED1 A; 4OMP A; 5IXF A; 2F2V A; 1S1N A; 3H0I A; 5IHI A; 3M0U A; 1PKT A; 4JPB W; 2BTT A; 2IIM A; 1UE9 A; 1GCQ C; 4DEX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ZUU A; 1KQS S; 5D6Y A; 2YT6 A; 2EFI A; 1YHQ T; 2YUN A; 4M78 G; 2RJD A; 4M78 F; 4PJO E; 2WSE E; 3AHU A; 5D6W A; 4M7A D; 4EDU A; 3CPF A; 3QZ5 B; 2ESW A; 4HKE A; 1OQK A; 1RL2 A; 1XNI A; 1WXT A; 3VS4 A; 2X3W D; 5KYX A; 2DJQ A; 5I2M A; 2LZ6 B; 2OTJ Q; 4N4H A; 1B3Q A; 1AVZ C; 3OBY A; 4IUV A; 4MMK A; 4BY6 B; 1D1A A; 3PTA A; 3Q1J A; 2M16 A; 4MML A; 1IXD A; 2CGH A; 5GAO q; 4NS5 A; 1W4S A; 1N27 A; 3M5A A; 2D6F A; 2A36 A; 3CME T; 1V1C A; 3CME Q; 2CT3 A; 2EQK A; 1K4U S; 3LH5 A; 4LE9 A; 1WHK A; 3OYG A; 3RER A; 2COY A; 1S72 Q; 4M77 A; 2PTK A; 5HCK A; 1H3H A; 2DPP B; 1D0Y A; 3MEU A; 2W0Z A; 1VQO Q; 4C8Q E; 4EIK A; 3PIO A; 1QWF A; 4RUG A; 2K2M A; 3A1P A; 3FC3 A; 3M59 A; 1IHV A; 1SRL A; 4J9I A; 2K57 A; 2RHI A; 3H41 A; 3OYA A; 3FIF A; 1TUC A; 1K73 C; 2M1H A; 3PMI A; 2EIF A; 4A4E A; 1S72 A; 2JMA A; 4O6J A; 3OW2 P; 1MMD A; 2E4H A; 3OYF A; 4JDS A; 2ECZ A; 3PGG A; 2CH4 W; 2CZ7 B; 1AWW A; 1Q81 R; 5CKF A; 1WJR A; 1M3A A; 5GAM h; 3OYI A; 1R77 A; 1OV3 A; 2JW4 A; 1KHI A; 5KYW A; 2BZX A; 2CUD A; 1EFN A; 2HQE A; 1T0J A; 5GMK i; 2F2X A; 4M7A G; 2KT1 A; 4M7A F; 1HYO A; 2GBQ A; 2OI3 A; 3M0T A; 3MP1 A; 3MCA B; 2QGF B; 4E2F B; 1NYG A; 5LJ5 f; 4MDX A; 5GAM g; 1Y96 B; 3G4S Q; 4XTW A; 3SWN C; 4M77 D; 1JU5 C; 4CC2 A; 3CXC A; 2RO0 A; 3I56 T; 2SRC A; 1N8R U; 1YCS B; 4V2S A; 4EMK C; 3OS1 A; 2ZPI B; 2QDY B; 3VS7 A; 2JNG A; 3S3N A; 1Z9Z A; 1YBY A; 2DYB A; 1BIB A; 3CCQ T; 2LCC A; 2EGC A; 4C0Z A; 2LT1 A; 5KYY B; 3TQ7 P; 1VQ4 T; 5I2S A; 1KIK A; 1X6G A; 2EQI A; 4DQ2 A; 1YNZ A; 1UHC A; 1U5S A; 1HJD A; 1YJN Q; 3NTI A; 5LJ3 h; 3MKD A; 2JS0 A; 2QG9 B; 3CCL Q; 3RES A; 1ZSZ B; 2BZ8 A; 1M90 U; 3I55 T; 4M78 B; 4JRP A; 1GCP A; 4HVW A; 4AMC A; 1UGS B; 2FO0 A; 3I55 Q; 2LP5 A; 3EGU A; 2RI2 A; 5GAM j; 4J9H A; 2PU9 B; 3TEE A; 3JCM W; 1GBQ A; 1VQP Q; 3KXT A; 1VQ6 Q; 1OU8 A; 1OU9 A; 2E70 A; 4OB0 B; 1UHF A; 2NUP A; 4OMM A; 3NMZ C; 3EHR A; 1TH7 A; 4KRT A; 4B6M A; 3M54 A; 1ZBX A; 5LJ3 g; 1UJ0 A; 2EJ9 A; 2LQW A; 4M78 E; 3QYG B; 4ZN1 A; 2O88 A; 1Y57 A; 1VQP A; 4XAX B; 1RAH B; 1G8X A; 4LNP A; 1VQN A; 4PJM A; 5A0G A; 4A4H A; 2KVQ G; 3M56 A; 3LYI A; 2FVU A; 3MHX A; 2ZPF B; 4BI8 B; 3OYB A; 5GMK h; 2FEI A; 4M77 G; 3OYH A; 3CCR T; 2EYX A; 3CPW S; 4JJC A; 3OYL A; 2A37 A; 2DRK A; 4QVC A; 1D3B A; 1NBE B; 2JZ2 A; 2IG0 A; 4X34 A; 1AZG B; 4WF2 A; 1R0B G; 2MCN A; 1KD1 C; 3EFR A; 5KH6 A; 1WGS A; 2K5I A; 4AG2 C; 2ZPE B; 2LQ8 A; 3LWI A; 3UPU A; 2C06 A; 3G71 Q; 5C0M A; 5GAN 8; 3LGL A; 4FYX B; 1W2B A; 5GAN h; 1VA7 A; 2AKK A; 3RMS A; 1ZBJ A; 1V76 A; 4OML A; 2OAU A; 1MV0 B; 2JT4 A; 2RHZ A; 1ARK A; 1QWE A; 3EG2 A; 3OMC A; 4M75 A; 4BI3 A; 1ZUK A; 2DFU A; 4OMN A; 3EGX B; 2K7A A; 2C0T A; 1VIE A; 2AT1 B; 4M7A B; 3CBM A; 3FLG A; 2RHU A; 1H64 1; 2YRC A; 1G5V A; 2IVW A; 2H3E B; 2GQI A; 3M57 A; 3CBO A; 5GAN g; 2C0I A; 4J9E A; 4A4F A; 1D1B A; 4M7D D; 1KQS A; 3HKS A; 2MOX A; 3VS6 A; 2FG0 A; 2HZY A; 3OYN A; 1M3B A; 4KH0 B; 2XK0 A; 5A2Q E; 2PZ1 A; 1ZX6 A; 2EGA A; 4RTX A; 1U3O A; 1QP3 A; 2DO3 A; 5GMK j; 1RUW A; 4BDY A; 4RTY A; 1YIT Q; 4C0D B; 3HTR A; 2FZC B; 1ZLM A; 3M0R A; 1YJ9 T; 1MNE A; 2DKG A; 4D8D A; 1MMG A; 1PSE A; 2XDB A; 3JCM h; 3V8L A; 3RR6 A; 4RG8 A; 1M1K U; 1TU0 B; 4P5N A; 4ZNX A; 2QQR A; 3J80 E; 3CCS A; 3CC7 Q; 3O8V A; 4C5I A; 2LJ3 A; 4ZN3 A; 1X2K A; 2PVO B; 1VQ7 T; 1VOM A; 1WJQ A; 1F1B B; 3HRT A; 4M75 D; 4LD9 K; 2BE9 B; 4FT4 A; 1P92 A; 4QVD A; 3E1S A; 1KHC A; 3CC2 A; 1G3S A; 3INZ A; 3FJP A; 4VUB A; 3JCM V; 2DTH A; 2LX7 A; 2RHX A; 1E7O A; 4JJB A; 2HL5 C; 3JCM g; 1G2B A; 2DVJ A; 5KYX B; 3ME9 A; 1XTD A; 1UTI A; 4E7L A; 3NFC A; 5KE2 A; 2JM8 A; 3A8O B; 3CD6 T; 4FW2 A; 5GMK m; 2ZAE A; 4BE1 A; 2OTL A; 1YIJ Q; 5CQY A; 1AEY A; 3GBQ A; 2KBT A; 1VQM A; 1JO8 A; 3X24 B; 4PFZ A; 2E5Q A; 4QVZ A; 5ECA A; 3QWX X; 3V7R A; 3UAT A; 1YJW A; 8AT1 B; 4J9G A; 1I0C A; 1IRE B; 3QUI A; 3CXC S; 3EH2 A; 4BE0 A; 4E7Z A; 1VQK Q; 4GLK A; 5DLO A; 3M0Q A; 1K9M C; 4E6R A; 3HRS A; 2L0A A; 4M77 B; 3ZEH A; 1NLO C; 4L6V 5; 1Q7Y U; 3VV0 A; 4DBQ A; 2KY9 A; 4C8Q C; 5GAO m; 1LJO A; 4L5G A; 2P84 A; 4LN2 A; 4E7J A; 2QEX A; 1IGQ A; 1SHF A; 2VGM A; 1I8F A; 5IXF A; 5FRM A; 3CCM T; 3H0I A; 5J39 A; 2X4W A; 5IHI A; 1VQK A; 1PKT A; 1PM3 A; 3QBY A; 1UE9 A; 1VQ9 Q; 4FSS A; 2EVR A; 2RA2 A; 3G6E A; 3G1J A; 1Q86 C; 3QDR B; 1RAF B; 4C5E A; 3DB4 A; 4FCY A; 1SF9 A; 4M75 G; 5KYW B; 2LVM A; 1RAA B; 4M75 F; 2V8I A; 4JRK A; 1VQL T; 2RH2 A; 1VQL Q; 2O2O A; 2CYZ B; 1J3T A; 2EQJ A; 4Z89 A; 2RD1 A; 3JCM J; 2F69 A; 1NE8 A; 2KXD A; 2LCL A; 1YI2 T; 1KJW A; 4FT2 A; 2EWN A; 1QVF S; 4OGC A; 1RAD B; 3JB9 F; 1W70 A; 2FPE A; 3VS1 A; 2Y4X A; 4RTW A; 2CP0 A; 2YLC A; 4J83 A; 1RAI B; 4C92 E; 1O75 A; 4XU3 A; 1N8R R; 4IUT A; 2QAS A; 3UA7 A; 3CMA A; 2FZG B; 3M55 A; 2DXC A; 1D0X A; 2JUF A; 3FJ5 A; 2DL4 A; 1EX4 A; 2CDT A; 4BE2 A; 4LDW A; 2X9H A; 1T3S A; 3J81 E; 4R0K A; 4C5H A; 3V8J A; 4XTX A; 4OB3 B; 1VQ5 A; 2R5M A; 3CCJ Q; 1M4Z A; 2MYS A; 3S6W A; 1YWO A; 2H3J A; 1M90 R; 2E3I A; 2KRS A; 5I11 A; 2L89 A; 5A0L A; 4DEY A; 5GAO n; 1W2B S; 4XTV A; 3AT1 B; 1UEB A; 1I81 A; 4AG1 C; 1EIF A; 2QTX A; 2DVE A; 2RJF A; 3PMT A; 2LC4 A; 3BFM A; 3QPH A; 2DZC A; 3PE0 A; 3MPU B; 4OF1 A; 4A54 A; 3CPW A; 3E9G A; 1LCK A; 3TU4 K; 2CP3 A; 2ROT A; 1MGQ A; 1ZSZ C; 1TTH B; 2FRY A; 1O9S A; 4KUI A; 4M78 C; 2X3X D; 3DB3 A; 5KCH A; 1RAC B; 2GTO A; 4HCK A; 3VRZ A; 4HT9 A; 1B34 A; 2DYI A; 3CC4 A; 1PC0 A; 3VS5 A; 1B7T A; 2OAW A; 1TXQ A; 2HAX A; 1M2O A; 2KEA A; 3NTH A; 1PSF A; 3JB9 J; 1G3T A; 1OPL A; 5CKE A; 4LD6 A; 2O4X A; 1AWX A; 2DL3 A; 2E6Z A; 1GFC A; 5KYN A; 1R8O B; 2DRM A; 2DX1 A; 5C6S A; 2GTJ A; 1M30 A; 2CSQ A; 4X9D A; 1W6X A; 1X69 A; 2EBP A; 1X6O A; 1D3B B; 2OTJ T; 2LTO A; 1GFD A; 2HBP A; 3A8H B; 3HRU A; 3CCU A; 2XG8 D; 3QYH B; 1SG5 A; 3D7S B; 3RUX A; 3QJ6 A; 1BIA A; 3BE3 A; 4OB1 B; 4C0G A; 4XU1 A; 4BI4 A; 2CP6 A; 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