The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
64
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structure length |
64
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Chain Sequence |
GAMGAKEYCRTLFPYTGTNEDELTFREGEIIHLISKETGEAGWWKGELNGKEGVFPDNFAVQIS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution Structure, Dynamics and Thermodynamics of the three SH3 domains of CD2AP
rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Mus musculus
|
| molecule keywords |
CD2-associated protein
|
| total genus |
7
|
| structure length |
64
|
| sequence length |
64
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZUY A; 2LCS A; 2DE0 X; 1A0N B; 1GFD A; 1T0H A; 2BZX A; 2D8H A; 2HSP A; 1WDX A; 2RNA A; 4QT7 A; 4Y92 A; 1BBZ A; 4RTZ A; 1W70 A; 5FWC A; 1J3T A; 2JXB A; 1X6G A; 4JPB W; 3H0F A; 4KRT A; 2EYX A; 2I0N A; 1UUE A; 1ZUU A; 1OOT A; 4J9H A; 2RQV A; 4CC7 A; 1S1N A; 5IHK A; 1NEG A; 4HCK A; 3KFV A; 2FO0 A; 2MOX A; 2O9V A; 3I5S A; 3UAT A; 1AWW A; 1CKA A; 5FWB A; 2C0I A; 1MV0 B; 1RLP C; 1UGV A; 5ECA A; 1RUW A; 2L0A A; 5GJV B; 1E6G A; 2L3P A; 2KRM A; 4JZ4 A; 3VS6 A; 4HXJ A; 1JEG A; 2G6F X; 2H8H A; 1H8K A; 2KRS A; 4HVW A; 4LNP A; 2YUO A; 3U23 A; 3H0I A; 4F16 A; 2PZ1 A; 2DA9 A; 2EVR A; 2J06 A; 2PNI A; 2JT4 A; 2LZ6 B; 2K2M A; 3ZL7 C; 3M0R A; 1K0S A; 2LP5 A; 2EPD A; 3THK A; 2AKL A; 2QDL A; 2VKN A; 2YDL A; 1VYT A; 2RQW A; 2LQN A; 2RPN A; 1ARK A; 3JV3 A; 2RN8 A; 3PE0 A; 1KIK A; 2K3B A; 1U3O A; 4J9G A; 2EGC A; 1M8M A; 1M3C A; 3LH5 A; 1ABO A; 3M0S A; 2AK5 A; 2K7A A; 1ZUK A; 1AVZ C; 1NLP C; 1KFZ A; 4X1V A; 2YUQ A; 5L23 A; 2K6D A; 2EYW A; 2O88 A; 1I07 A; 1WXU A; 2DMO A; 2K79 A; 1UEC A; 3C0C A; 2KRO A; 3VS5 A; 2O31 A; 2OI3 A; 1IO6 A; 2EGE A; 1JXM A; 2M51 A; 3NPF A; 2K9G A; 1W6X A; 2FPF A; 4J9E A; 4AG1 C; 2M0Y A; 1AEY A; 2A08 A; 1UJY A; 1UJ0 A; 1ABQ A; 1GBR A; 1SPK A; 1BB9 A; 4OML A; 2FG0 A; 2AZS A; 2L3S A; 2B86 A; 1NM7 A; 2DF6 A; 3UF4 A; 4CC2 A; 1YP5 A; 2ROT A; 2SRC A; 1K1Z A; 2VVK A; 1NYG A; 3H0H A; 2IIM A; 2JTE A; 4ESR A; 5IXF A; 2JM9 A; 4A63 B; 2MIO A; 3RNJ A; 1K76 A; 3R6N A; 3QWX X; 2BTT A; 2RQU A; 3GBQ A; 1H3H A; 5FW9 A; 1WFW A; 3NGP A; 3VS3 A; 2KGT A; 1BK2 A; 2LNH B; 4RTV A; 1V1C A; 3I9Q A; 2NUZ A; 4GBQ A; 3A98 A; 1M3A A; 5EC7 A; 4AFU C; 4Z88 A; 1AWX A; 2HDA A; 2NWM A; 4AG2 C; 1GFC A; 2DIL A; 1QKW A; 3UA7 A; 1YWP A; 1G83 A; 1UHC A; 3TSW A; 2F2X A; 1JQQ A; 2CT3 A; 1UFF A; 1UTI A; 1GRI A; 1AZG B; 1X2Q A; 1ZSG A; 2CUB A; 1UHF A; 1VA7 A; 2DM1 A; 1E7O A; 1PKT A; 2LJ1 A; 2JMA A; 2CSI A; 4RTY A; 5IHN A; 1YCS B; 2JW4 A; 4RUG A; 5HCK A; 1X69 A; 1GBQ A; 2CH4 W; 2DVJ A; 4Z89 A; 3VS2 A; 5GJW B; 4IIO A; 3REB B; 4F17 A; 2BZY A; 2CT4 A; 1CKB A; 2RQR A; 3I5R A; 2KRN A; 1X27 A; 4OMM A; 2EQI A; 1WXB A; 1BU1 A; 1ZBJ A; 1NG2 A; 2EW3 A; 3VRZ A; 2FEI A; 1N5Z A; 2JMC A; 2EGA A; 3M0P A; 4OMN A; 1SHF A; 1ZLM A; 1SHG A; 2DL8 A; 4AFQ C; 1JO8 A; 2YUN A; 3VRY A; 1G2B A; 3EG1 A; 2DL3 A; 1KSW A; 2GTO A; 2AZV A; 2KYM A; 1WIE A; 4HVV A; 1QLY A; 1T3L A; 1T3S A; 3VS7 A; 4M4Z A; 3FJ5 A; 2KE9 A; 3EHR A; 4J9D A; 5I11 A; 4AFS C; 1WA7 A; 1B3Q A; 1WLP B; 1X43 A; 4OMQ A; 2GNC A; 1OPK A; 1W1F A; 1PNJ A; 4DEX A; 4IIM A; 2J6O A; 4RTX A; 3M0Q A; 4ZNX A; 2RF0 A; 2EBP A; 3REA B; 3IQL A; 2J7I A; 2SEM A; 1UG1 A; 1GL5 A; 1NLO C; 3SEM A; 2GBQ A; 1HD3 A; 2LX7 A; 1AZE A; 3I35 A; 1JU5 C; 1TUC A; 1QWF A; 1YNZ A; 4DEY A; 4OMP A; 5IH2 A; 4F14 A; 4ORZ A; 1M30 A; 3O5Z A; 2RMO A; 2KYB A; 2DL4 A; 2HCK A; 2YT6 A; 2EYY A; 1YWO A; 2DNU A; 2A36 A; 2F2W A; 2YSQ A; 4Z8A A; 3CQT A; 4RTT A; 2D8J A; 4RTU A; 1H92 A; 3M0U A; 2X3X D; 4K11 A; 2KT8 A; 3EG3 A; 2V1R A; 2KBT A; 4AFZ C; 2GQI A; 1VYV A; 1PHT A; 3PVL A; 1SEM A; 1U5S A; 2EYZ A; 4RTW A; 2J05 A; 1Z9Q A; 3SHW A; 1RLQ C; 2DLP A; 2MCN A; 1CSK A; 4LUE A; 1NYF A; 4CC3 A; 2KR3 A; 2D0N A; 3EHQ A; 2ESW A; 1WYX A; 2LMJ A; 2HEQ A; 1GCQ C; 1PRM C; 2DYB A; 1PWT A; 2PTK A; 3EG0 A; 3VS0 A; 4JJB A; 2O9S A; 1XOV A; 4FSS A; 2C0T A; 2AKK A; 2FPE A; 2V1Q A; 1EFN A; 1AWJ A; 1RI9 A; 3M0T A; 1LCK A; 1U06 A; 2KXC A; 1B07 A; 4LN2 A; 2VWF A; 3NMZ C; 2CRE A; 3H41 A; 1HSQ A; 2ED1 A; 4J9F A; 1PKS A; 1FYN A; 5IXB A; 1WI7 A; 2C0O A; 2ED0 A; 1TUD A; 2KXD A; 1M27 C; 4JJC A; 2F2V A; 4J9I A; 2HBW A; 1K4U S; 3PVQ A; 4R0K A; 1Y0M A; 2GTJ A; 3TVT A; 1OV3 A; 1Y57 A; 2W10 A; 1X6B A; 1K0X A; 4CC4 B; 2GGR A; 2L2P A; 2LJ3 A; 2LQW A; 2DJQ A; 2ENM A; 1WXT A; 2A37 A; 1AD5 A; 1MV3 A; 2X3W D; 3EGU A; 2DRM A; 4D8D A; 3TSZ A; 2DX1 A; 2XMF A; 4GLM A; 1OPL A; 1AWO A; 1QWE A; 1M3B A; 2OAW A; 1T0J A; 2ECZ A; 2J6F A; 1WX6 A; 2CDT A; 4JZ3 A; 1PRL C; 2E5K A; 2JM8 A; 4LUD A; 2W0Z A; 2O2O A; 3ULR B; 2A28 A; 4D8K A; 1QKX A; 2OJ2 A; 2LJ0 A; 3NHN A; 1TG0 A; 4OMO A; 1SRM A; 1KJW A; 1MUZ A; 1OEB A; 3RBB B; 2FRW A; 2CSQ A; 2KEA A; 1SSH A; 2DL5 A; 3QWY A; 1ZX6 A; 2ROL A; 2KNB B; 1GCP A; 2J6K A; 4JJD A; 2YUP A; 2ABL A; 5IHI A; 1K9A A; 2CUD A; 1VYU A; 1I0C A; 1UE9 A; 4EIK A; 4J9B A; 2DBM A; 3EG2 A; 1GCQ A; 2FPD A; 1X2K A; 2DL7 A; 4HVU A; 1E6H A; 2BZ8 A; 2L3Q A; 1YN8 A; 1Z9Z A; 1QCF A; 4LE9 A; 1FMK A; 1I1J A; 3VS1 A; 2JS0 A; 3UA6 A; 4J9C A; 2D1X A; 2EKH A; 2RQT A; 2DBK A; 2P4R A; 2DRK A; 2CH4 A; 1NEB A; 1JXO A; 4WCI A; 4E6R A; 2FRY A; 1AOJ A; 1SRL A; 5I22 A; 2KT1 A; 1UDL A; 1HJD A; 2JS2 A; 3VS4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DD4 A; 3JRZ A; 2VC8 A; 1Y07 A; 1WQW A; 2NUP A; 3S3O A; 2BZX A; 2D8H A; 4QT7 A; 3LLR A; 1BBZ A; 2JTF A; 1W70 A; 1J3T A; 4IKF A; 4A4H A; 2ZPE B; 3H0F A; 1UUE A; 1QVG S; 1SKU B; 3L2Z A; 1NEG A; 1WZO A; 1YIT Q; 3NFC A; 2A7Y A; 2LQK A; 1Q81 R; 2O9V A; 3UAT A; 1D0Z A; 2R5A A; 4TVR A; 3TU4 K; 1RUW A; 1JRI A; 2G3R A; 1LNX A; 1E6G A; 2F1L A; 2O01 E; 5J26 A; 2FB7 A; 2QQA A; 4LDX A; 3CME T; 3OYK A; 2K5L A; 3I55 T; 1FXX A; 2KRS A; 1QVG A; 1VQ4 A; 4LNP A; 3OSV A; 4C8Q C; 4F16 A; 2DA9 A; 2EVR A; 2LZ6 B; 2OTL Q; 1OX9 A; 2LP5 A; 2EPD A; 3THK A; 2AKL A; 4UC4 A; 4M77 C; 2QDL A; 2YDL A; 3QO3 A; 1ARK A; 3JCM c; 1KIK A; 2K3B A; 1YHQ A; 4J9G A; 1G3W A; 2QDY B; 1Y96 A; 3M0S A; 2K7A A; 1W2B P; 1KG1 A; 2DXU A; 1I8F A; 1M4Z A; 4RG8 A; 5L23 A; 2EYW A; 2O88 A; 1I07 A; 2DMO A; 4EMK A; 1R0C B; 1UEC A; 2KRO A; 1O75 A; 2O31 A; 4XTV A; 2QQR A; 1QVF S; 2P0P A; 1GXI E; 3OYA A; 3I56 T; 3CCR Q; 1Q95 G; 3CCU Q; 1YJW Q; 1VOM A; 3M5A A; 4N0A A; 1UJY A; 1UJ0 A; 2M0O A; 1U8R A; 1BB9 A; 1XJW B; 2FG0 A; 1K73 U; 3V8J A; 5GAN 5; 3CD6 Q; 2B86 A; 3JCM J; 2DF6 A; 1ZQ1 A; 3OYJ A; 1FWZ A; 3GPL A; 2VGN A; 5LJ5 f; 2SRC A; 1PD0 A; 4E7K A; 2NLU A; 2JTE A; 4OMF B; 2COZ A; 2EKO A; 5IXF A; 1QVF A; 4A63 B; 3ER0 A; 5GAN 3; 2Y4X A; 3R6N A; 4RCC A; 3QWX X; 2BTT A; 2RQU A; 2CP2 A; 5KYN A; 3JCM g; 1C1A A; 3BY7 A; 2KGT A; 1BK2 A; 4IUT A; 4ZTJ A; 1V1C A; 4C8Q B; 4AFU C; 4C92 D; 1AWX A; 3R6O A; 4AG2 C; 4DA4 A; 3E19 A; 2I2L A; 1QKW A; 1YWP A; 1JQQ A; 3GLX A; 1UTI A; 2IVW A; 2DTH A; 1GRI A; 5D6X A; 2XDP A; 1VA7 A; 4J8O A; 3DB4 A; 1YIT A; 3A8M B; 2LJ1 A; 2JMA A; 1V29 B; 2CSI A; 4RTY A; 2MK5 A; 5IHN A; 1YCS B; 3L2R A; 2CH4 W; 4Z89 A; 3OS2 A; 1C6V X; 1UB4 A; 2CT4 A; 2X51 A; 4OP0 A; 2DD5 A; 3S6W A; 1CKB A; 3TCJ A; 2RQR A; 3L42 A; 4X34 A; 1N8R U; 1WHH A; 3OYF A; 3MP8 A; 1BCO A; 3QBY A; 3BDU A; 3JCM f; 3JB9 J; 2OTL A; 4OMN A; 3HFO A; 4AFQ C; 2YUN A; 3VRY A; 3OYC A; 6AT1 B; 1OX8 A; 4OF1 A; 2KI7 A; 4M4Z A; 2RJE A; 2KE9 A; 1B34 B; 2MAM A; 2VXF A; 4J9D A; 2RK2 A; 5I11 A; 4AFS C; 1X43 A; 3V7R A; 4M7D F; 2GNC A; 2EAY A; 3G1J A; 1PNJ A; 4DEX A; 5IAY A; 3VUZ A; 4HCZ A; 4EMG A; 2X4X A; 3M0Q A; 1Y7X A; 5HK0 A; 4ZGE B; 1RAC B; 2K2V A; 4M78 D; 3REA B; 4M7A D; 2J7I A; 2SEM A; 4FW1 A; 1N27 A; 4FM4 B; 3MP1 A; 3H8Z A; 3CCR A; 3CCU A; 1YJW A; 3QXE B; 1TUC A; 1QWF A; 1JJ2 P; 4DEY A; 2EQM A; 2X9H A; 5GAM f; 5IH2 A; 1M30 A; 4JRQ A; 1SSF A; 2EYQ A; 3CD6 A; 3CCL Q; 2EYY A; 2A36 A; 2F2W A; 4Z8A A; 2D8J A; 2X3X D; 1VQL T; 1R8O B; 2GQI A; 2KAF A; 2MI6 A; 3E1S A; 4RTW A; 2LDM A; 2DLP A; 2RJD A; 3M57 A; 4OVA A; 4LDU A; 4M77 A; 2DXC A; 4N4H A; 4C0D B; 4C0G A; 3EHQ A; 1WYX A; 3VYH B; 1GCQ C; 3MCA B; 2K3Y A; 3OMG A; 3VS0 A; 3EG0 A; 2YWW A; 1K9M R; 1XOV A; 2AKK A; 4BI8 B; 3EFR A; 1AWJ A; 1WQ7 A; 3M0T A; 1LCK A; 3LGL A; 4M7D E; 4QQ6 A; 3WXM B; 3NMZ C; 2CRE A; 2ED1 A; 3HTR A; 3MJX A; 1SF9 A; 4JJC A; 4J9I A; 1K4U S; 2NYS A; 3CEY A; 3CMA T; 3J80 E; 2EJF A; 2VXE A; 1M2V B; 2OTJ T; 3QZ5 B; 3A8H B; 3G6E A; 2LQW A; 4D6W A; 5LJ5 d; 1KHC A; 2K5F A; 4J6X A; 4D8D A; 3TSZ A; 4ME7 A; 1WNL A; 4GLM A; 1PSF A; 1BI0 A; 3VKI A; 2XID A; 2J6F A; 4IUP A; 2JVV A; 2PUK B; 2E5K A; 1OZ3 A; 4PJO F; 2LJ0 A; 1KJW A; 2QAZ A; 1MUZ A; 2V8I A; 3BE3 A; 3RBB B; 2FRW A; 2CSQ A; 2KEA A; 3OYY A; 5L8R E; 1VQ5 A; 3CCM A; 4ELY C; 2CZ1 B; 2FZG B; 2ROL A; 1GCP A; 4JJD A; 2ABL A; 4E7S A; 1YFN A; 3M53 A; 3URG A; 3CC7 T; 1G5V A; 5GAN d; 2JJ9 A; 5GAO n; 2NUT B; 1Q7Y U; 1RAI B; 2BZ8 A; 2BE7 D; 1D1C A; 2QEX Q; 4MMK A; 1Z9Z A; 4JUV A; 4O6J A; 2EQU A; 3CCL A; 2E3I A; 1KQ2 A; 1K73 C; 3VS1 A; 5KYY B; 1P92 A; 3LGF A; 4HCB A; 3ZBD A; 1I5O B; 2R57 A; 3N5B B; 3BW1 A; 2JS0 A; 2KMT A; 2MWP A; 1MMD A; 2EJG A; 2DBK A; 4C8Q D; 4EDU A; 1WHL A; 5KYU B; 4EMK C; 2EWN A; 3MEU A; 2RHI A; 2NUP B; 5I22 A; 1N6A A; 4FYY B; 1KQS P; 1M1G A; 3VS4 A; 4BDY A; 1A0N B; 3MET A; 3ASK A; 1GFD A; 1T0H A; 5GAN 8; 2RNA A; 4Y92 A; 1LVK A; 4N0A C; 4JPB W; 1WHJ A; 2DJZ A; 3RMS A; 1ZUU A; 1RAF B; 4ZGJ B; 5GMK h; 4KT0 E; 4ZTF A; 2R5M A; 5IHK A; 1OYX A; 4HCK A; 3KFV A; 2MOX A; 2MYS A; 2M02 A; 1W4S A; 3I5S A; 3CCE Q; 4KH0 B; 1AWW A; 1CKA A; 1LPL A; 4RMO A; 1MV0 B; 2KQW A; 3PTA A; 1BI3 A; 4PJO E; 1WJS A; 3VJP A; 2DER A; 2RHY A; 4F7U G; 1WJQ A; 4XU3 A; 1K8A U; 3M4G A; 4FIB A; 2G6F X; 4C5G A; 4M78 G; 5GAM d; 1SG5 A; 4DQ2 A; 3CCS Q; 2RI2 A; 2LCC A; 2HQE A; 4M75 G; 1D0Y A; 1FMV A; 3GF5 A; 5DY9 A; 3JB9 G; 3CCJ T; 2PNI A; 2HL5 C; 4E7H A; 2YRD A; 2K2M A; 1RAE B; 2RQW A; 1N8R C; 1EX4 A; 3CPW P; 1KHI A; 1Y96 B; 1M3C A; 3OQ5 A; 2ZPB B; 4Y28 E; 1VQK Q; 1M1F A; 3JCM b; 3LH5 A; 2XD0 A; 2LQ8 A; 2AK5 A; 2DXB A; 3LW5 E; 1AVZ C; 1NLP C; 4OB2 B; 3RIR A; 2YUQ A; 4EMK B; 1HK9 A; 1G3T A; 2E4H A; 1QP2 A; 5FRM A; 2K79 A; 3C0C A; 4KBM B; 3E9G A; 2CZ0 B; 5CQY A; 1YIJ T; 5KYX A; 4XU2 A; 1VQ7 T; 4J9E A; 3HKS A; 4AG1 C; 4XU1 A; 5I2S A; 2M0Y A; 2KY9 A; 1WGS A; 2A08 A; 1VQ9 A; 1ABQ A; 2M1H A; 4PFO A; 2AZS A; 3VYG A; 4RKU E; 4MML A; 2L3S A; 1NM7 A; 3UF4 A; 1IRE B; 4CC2 A; 2QEX A; 3T9N A; 1VQM Q; 1K1Z A; 2D9T A; 4C5I A; 1HXD A; 2KSS A; 1NYG A; 3E9F A; 2IIM A; 2JM9 A; 1RAH B; 3M9Q A; 4BAC A; 1TWB A; 3RNJ A; 1K76 A; 4Q5W A; 2DAQ A; 1M90 R; 1OQK A; 1H3H A; 1VQN Q; 2LT4 A; 5FW9 A; 5GMK m; 1WFW A; 2P4T A; 2EQJ A; 1XTD A; 5FLX E; 3I9Q A; 2NUZ A; 2BKD N; 2RO0 A; 2DK3 A; 3CBP A; 1S72 Q; 2RHZ A; 2D0Q B; 4Z88 A; 1MMN A; 1VQ4 T; 2NWM A; 2ZPH B; 3OYG A; 2DIL A; 4JRP A; 3UA7 A; 3OYE A; 1G83 A; 2A3L A; 1ZSZ A; 1YJ9 Q; 2QA4 Q; 1UFF A; 5IN1 A; 2YLC A; 1UGQ B; 1X2Q A; 3FIF A; 3QYH B; 1BIA A; 1MND A; 2DM1 A; 1E7O A; 3CC4 T; 1YHQ T; 1UGP B; 2GFU A; 4PJO C; 5GAN 4; 2BUD A; 3CCE A; 4C92 A; 4RUG A; 5HCK A; 3LX7 A; 1M1K R; 2HMA A; 1X69 A; 2QI2 A; 3A8O B; 2L89 A; 2JZ2 A; 3MEV A; 3O8V A; 2BZY A; 3WVD B; 3CCS A; 2CP3 A; 4DOW A; 2LVM A; 2LCL A; 4XTY A; 1X27 A; 2DZ9 A; 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