The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
KELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVKITVNGKTYERQGFVPAAYVKKLD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and thermodynamic studies of Bergerac-SH3 chimeras.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Structural protein
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| source organism |
Gallus gallus
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| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
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| total genus |
12
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| structure length |
65
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| sequence length |
65
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-12-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4M4Z A; 2GQI A; 4K11 A; 3PVL A; 1GCP A; 1PRM C; 2DX1 A; 2HBW A; 2V1R A; 4RTV A; 2AZS A; 1W1F A; 1AOJ A; 1Z9Z A; 1S1N A; 4F17 A; 1IO6 A; 3FJ5 A; 1I0C A; 2DE0 X; 4GBQ A; 2HEQ A; 4D8K A; 1YP5 A; 4J9B A; 2CUB A; 1N5Z A; 1AEY A; 2XMF A; 4AFZ C; 3SHW A; 1WX6 A; 4ZNX A; 5HCK A; 1T3L A; 2FG0 A; 1GCQ C; 2EYY A; 2FRW A; 1K76 A; 1NM7 A; 2CH4 W; 3GBQ A; 4DEY A; 1UTI A; 1E6H A; 1WA7 A; 1UUE A; 1NLP C; 1WXT A; 2JM8 A; 2PZ1 A; 2HSP A; 4AFS C; 1B3Q A; 3LH5 A; 1ZLM A; 3I5R A; 1JXM A; 1WI7 A; 4AG2 C; 2YUN A; 2J6K A; 1I1J A; 2C0T A; 5GJW B; 2KT1 A; 2CT3 A; 1M27 C; 3M0U A; 2X3X D; 4J9F A; 2RNA A; 4OMM A; 1UEC A; 5FWC A; 3C0C A; 3EGU A; 2ED0 A; 2DVJ A; 2NWM A; 4RTX A; 2GNC A; 2RQT A; 1HJD A; 1TG0 A; 3NPF A; 2H8H A; 1WFW A; 2EVR A; 1WDX A; 5IHI A; 2ESW A; 1I07 A; 2BZY A; 2LX7 A; 5GJV B; 3RBB B; 3H0I A; 5IXF A; 1GRI A; 2VWF A; 5IHK A; 2CT4 A; 2EGC A; 2JW4 A; 1FMK A; 3H0H A; 3NHN A; 2F2V A; 1NG2 A; 4RTT A; 3VS1 A; 1M8M A; 2JTE A; 3I5S A; 2KR3 A; 3SEM A; 2DL7 A; 2LJ3 A; 2RF0 A; 2FPE A; 2EKH A; 1QKW A; 1OEB A; 1PRL C; 2DRM A; 1Y0M A; 3M0R A; 1X27 A; 2KEA A; 4A63 B; 1GBR A; 1YWO A; 2YUQ A; 4X1V A; 2O9S A; 2X3W D; 2DNU A; 1ABQ A; 1ZX6 A; 1K4U S; 4WCI A; 1KJW A; 1H8K A; 1JO8 A; 3NGP A; 2I0N A; 1AZE A; 4ORZ A; 4J9D A; 2GGR A; 2O9V A; 2L3P A; 2VVK A; 2BZ8 A; 1H3H A; 2JS2 A; 3PVQ A; 2DL5 A; 1UJY A; 4LN2 A; 2O2O A; 2F2X A; 1PKT A; 1WLP B; 2A08 A; 1MV0 B; 2CRE A; 1E6G A; 1U06 A; 2QDL A; 3EHQ A; 2YUO A; 1CSK A; 2L2P A; 2RQR A; 1WYX A; 1ZUK A; 4J9H A; 1X2Q A; 3ULR B; 2L3Q A; 2K79 A; 1A0N B; 3A98 A; 3CQT A; 1AWX A; 1QLY A; 1B07 A; 1WXU A; 4F14 A; 2C0I A; 4J9G A; 1SPK A; 1YWP A; 2L3S A; 2RPN A; 3EHR A; 2J7I A; 1JEG A; 1PNJ A; 1UHC A; 2AKL A; 4RTW A; 1RLP C; 1Z9Q A; 2KBT A; 4Z8A A; 1YNZ A; 1UFF A; 2AK5 A; 2MCN A; 1UHF A; 1G83 A; 4Z89 A; 1GBQ A; 2EGE A; 3VRY A; 3RNJ A; 2F2W A; 4AFU C; 1AVZ C; 1M3C A; 3H41 A; 2KGT A; 2GBQ A; 1VA7 A; 2EYX A; 2J05 A; 2EBP A; 5FW9 A; 2B86 A; 2L0A A; 4JPB W; 4J9I A; 3M0P A; 3O5Z A; 2CUD A; 3VS2 A; 2FO0 A; 3UF4 A; 1UG1 A; 2YUP A; 4E6R A; 4OMQ A; 1VYT A; 1M30 A; 1KSW A; 2KRN A; 2JXB A; 2LCS A; 1GCQ A; 2KYB A; 2O88 A; 2K3B A; 2M0Y A; 2PTK A; 4RTU A; 1EFN A; 1PKS A; 1KFZ A; 4HCK A; 3UAT A; 2OI3 A; 2DJQ A; 4CC3 A; 1RLQ C; 1QWF A; 1AWW A; 1GL5 A; 2SEM A; 1XOV A; 2YDL A; 1LCK A; 2YT6 A; 1SSH A; 1ZSG A; 1HD3 A; 2EGA A; 2ABL A; 1X6G A; 1T3S A; 5I22 A; 2K2M A; 2EPD A; 2A28 A; 1AWJ A; 5ECA A; 2EQI A; 1QKX A; 4J9C A; 2HDA A; 1SRL A; 1YCS B; 1AD5 A; 3M0T A; 2DL8 A; 1BK2 A; 3ZL7 C; 1OPL A; 1U3O A; 2JMA A; 3UA7 A; 2DLP A; 4JZ4 A; 4CC2 A; 4HVW A; 3EG0 A; 2J06 A; 1BB9 A; 2E5K A; 2KRS A; 2LZ6 B; 1RUW A; 4LUE A; 2G6F X; 4JJB A; 1PWT A; 1YN8 A; 2GTO A; 3M0Q A; 2AZV A; 2D0N A; 3H0F A; 1NEB A; 4QT7 A; 4Y92 A; 4OMO A; 1WIE A; 2JMC A; 3REA B; 2KRO A; 1E7O A; 2C0O A; 2RMO A; 4FSS A; 2CSI A; 2KNB B; 2RQU A; 4Z88 A; 2JT4 A; 1VYU A; 3NMZ C; 1GFD A; 2NUZ A; 2ED1 A; 1SHG A; 1CKB A; 2W10 A; 2K7A A; 2LMJ A; 1W6X A; 2ROL A; 4RTZ A; 2J6O A; 5IHN A; 2VKN A; 1V1C A; 2SRC A; 1TUC A; 1NEG A; 2EW3 A; 2LP5 A; 4OML A; 2KT8 A; 3EG1 A; 2JM9 A; 2DF6 A; 2OJ2 A; 3KFV A; 2K6D A; 1QCF A; 2MIO A; 3UA6 A; 2O31 A; 4OMN A; 1NYF A; 2ECZ A; 2KXD A; 2LJ0 A; 2KRM A; 1H92 A; 2D8H A; 1OOT A; 3EG2 A; 1W70 A; 1TUD A; 2EYW A; 2V1Q A; 2DL4 A; 3QWY A; 1OV3 A; 1MV3 A; 1JU5 C; 4HVV A; 4GLM A; 1SRM A; 4ESR A; 3I35 A; 2ROT A; 2DRK A; 1GFC A; 2LQN A; 2W0Z A; 3VS3 A; 1K0X A; 2OAW A; 2GTJ A; 2J6F A; 2KE9 A; 1UGV A; 1ZBJ A; 1CKA A; 1SEM A; 4RUG A; 2LJ1 A; 4HXJ A; 4JJD A; 2YSQ A; 2KYM A; 4RTY A; 4AFQ C; 3I9Q A; 3U23 A; 1K0S A; 4JJC A; 1VYV A; 1BU1 A; 1KIK A; 2PNI A; 2MOX A; 2CSQ A; 2IIM A; 2DL3 A; 3PE0 A; 2A37 A; 4HVU A; 2M51 A; 1ZUY A; 5L23 A; 1QWE A; 4J9E A; 3VS7 A; 1AZG B; 1M3B A; 2DM1 A; 3EG3 A; 1FYN A; 2K9G A; 4LUD A; 2RN8 A; 1Y57 A; 3REB B; 4LNP A; 4LE9 A; 2AKK A; 5IXB A; 4JZ3 A; 5FWB A; 3TSZ A; 3JV3 A; 1J3T A; 1OPK A; 1MUZ A; 2LNH B; 1UE9 A; 4OMP A; 1G2B A; 1X6B A; 4KRT A; 1U5S A; 1X2K A; 3M0S A; 1RI9 A; 5I11 A; 3VS4 A; 4DEX A; 1ZUU A; 2RQV A; 1X43 A; 1UJ0 A; 3VRZ A; 4CC4 B; 2DBM A; 2FEI A; 3TVT A; 2BTT A; 2DMO A; 4IIO A; 2P4R A; 1X69 A; 3VS5 A; 2A36 A; 1NLO C; 1NYG A; 3VS6 A; 4AG1 C; 1K1Z A; 2FRY A; 1AWO A; 3TSW A; 2CH4 A; 2FPF A; 2DBK A; 5EC7 A; 5IH2 A; 2JS0 A; 1T0H A; 2LQW A; 2BZX A; 2D1X A; 2DA9 A; 2CDT A; 3IQL A; 1UDL A; 1ABO A; 4EIK A; 3R6N A; 4F16 A; 1SHF A; 1ARK A; 1M3A A; 2HCK A; 4R0K A; 1HSQ A; 1JQQ A; 2DYB A; 2FPD A; 2D8J A; 1PHT A; 1JXO A; 1BBZ A; 1K9A A; 1T0J A; 4CC7 A; 2DIL A; 3THK A; 4D8D A; 1WXB A; 4IIM A; 2RQW A; 2EYZ A; 2KXC A; 3QWX X; 3VS0 A; 2ENM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YFN A; 1U1T A; 1PRM C; 2HBW A; 2K5F A; 4X9D A; 1PSE A; 1Z9Z A; 4EMH A; 4M7A C; 2YRD A; 1QVP A; 5LJ5 g; 3H9N A; 4GBQ A; 3HRU A; 2DZ9 A; 4KGZ B; 3A1P A; 2HEQ A; 3OW2 S; 3EG9 B; 4C92 G; 4A4K A; 4CI0 C; 1AEY A; 1NM7 A; 4DEY A; 3J81 E; 3DKM A; 1UTI A; 1WA7 A; 5FU7 C; 2EAY A; 3CC7 T; 2JM8 A; 2XID A; 5CVI A; 1ZLM A; 3EGX A; 2CP7 A; 2X35 A; 2YUN A; 3CME T; 2XI9 A; 2C0T A; 3PTA A; 2KT1 A; 4J7I A; 4J9F A; 2RNA A; 1UEC A; 4M78 A; 3EGU A; 3JCM c; 2NWM A; 5GAN g; 3OYC A; 3CPW P; 9ATC B; 3UT1 A; 5LL6 S; 1TG0 A; 4QVZ A; 2K57 A; 2EVR A; 4RMO A; 1I07 A; 2BZY A; 3OYB A; 1GRI A; 2E5Q A; 2YLC A; 2O4X A; 3H0H A; 2E4H A; 5FU6 C; 3NHN A; 2VYT A; 3MEW A; 3VS1 A; 1VQ8 T; 3I5S A; 2LVM A; 3M55 A; 4HA8 A; 4AMC A; 4IUU A; 1YJ9 A; 3ZEH A; 4KH1 B; 1YJN Q; 2EKH A; 2RJE A; 1WQW A; 5FU7 B; 1SG5 A; 1OEB A; 2ZPG B; 2CGH A; 5DLO A; 3BE3 A; 2CZ7 B; 4BAC A; 2E41 A; 4A63 B; 1VQ9 A; 1YWO A; 3G6E A; 2YUQ A; 4M7A D; 2DNU A; 1BI1 A; 1KC8 U; 1BIB A; 2LQ8 A; 3D7S B; 1AZE A; 2RB6 A; 2E64 A; 4J9D A; 2O9V A; 1H3H A; 4WTO B; 5CR2 A; 2PVD B; 2YWW A; 1S72 A; 2EJG A; 1M2O A; 1RAF B; 2KSS A; 3L2R A; 5GAN j; 1PCX A; 3HRS A; 3MHX A; 5HK0 A; 3EHQ A; 2QDL A; 3CC4 Q; 1WYX A; 4GY5 A; 4M75 A; 2PUO B; 4E7J A; 1YI2 T; 4BI3 A; 2R5M A; 2RI5 A; 2COW A; 5KYY A; 1QVF A; 2VB6 A; 4GLK A; 4J6X A; 4F14 A; 5J39 A; 2DKG A; 4IKF A; 3VUZ A; 3M5A A; 2EQU A; 2F1L A; 2RPN A; 4FT4 A; 4RTW A; 5HKC A; 4C92 F; 2XHC A; 2WAC A; 3QJY A; 1D09 B; 2MCN A; 1UHF A; 2FZC B; 3C94 A; 2QEX T; 4V2S A; 4O6J A; 3VRY A; 3RNJ A; 1LOJ A; 1KHI A; 2D0Q B; 3H41 A; 3LW5 E; 4X34 A; 3OMG A; 5CKH A; 2KGT A; 4FCY A; 3L2Q A; 3CD6 T; 1B7T A; 4JPB W; 4J9I A; 3O5Z A; 3QBY A; 2CUD A; 2FO0 A; 3QXE B; 1UG1 A; 3FEO A; 1I8F A; 4M77 B; 2LCS A; 1K73 U; 1ZSZ C; 2Y90 A; 3SD4 A; 3Q1J A; 4JS4 A; 2OTJ A; 2PTK A; 1FMV A; 2YLB A; 3CMA A; 1KFZ A; 4HCK A; 2DZC A; 2EWN A; 5KYX A; 4MML A; 3I55 Q; 3KUF A; 1AWW A; 5LJ5 f; 1GL5 A; 2QA4 A; 2YDL A; 2YT6 A; 1OX9 A; 3G7Z A; 4O5V A; 1VQL T; 1HD3 A; 1AT1 B; 2ABL A; 4RG8 A; 4DBQ A; 2XKO C; 2EPD A; 3M9Q A; 3V8L A; 3QSU A; 2MYS A; 2GCX A; 1AWJ A; 5ECA A; 4Z02 A; 3GIB A; 3DB4 A; 3M58 A; 2DL8 A; 2DO3 A; 2OTL A; 3UA7 A; 1NE8 A; 1VQM A; 2DD5 A; 2HMA A; 4LUE A; 4JJB A; 3H8Z A; 2DPP B; 3GP8 A; 2GTO A; 2RM4 A; 3M59 A; 2R5A A; 2E6N A; 3LX7 A; 4J8O A; 4Y92 A; 5GAN 7; 3MPU B; 2JMC A; 1I81 A; 3O8V A; 1IHW A; 2C0O A; 3QG1 A; 5GAN f; 3SDZ A; 4LDW A; 2DK3 A; 3OYJ A; 3JB9 D; 3CPW S; 5D6X A; 1VYU A; 5GAM f; 1OUL A; 4PKC C; 2DTH A; 4PJO E; 2HNI A; 2L8D A; 1XTD A; 4BDZ A; 4L5G A; 2QQB A; 2K3X A; 4N4H A; 1D3B A; 5CAI A; 4D6W A; 1Q86 C; 1NEG A; 2EW3 A; 4OML A; 3FIF A; 2DJZ A; 3EG1 A; 2A7Y A; 1IGU A; 2DF6 A; 1MMD A; 4LD6 A; 4C0D B; 3OQ5 A; 2ZZD A; 3UA6 A; 1B34 A; 4OMN A; 2HQE A; 4E7I A; 1PSF A; 2KXD A; 4ZTJ A; 1OOT A; 1IRX A; 3EG2 A; 1W70 A; 1TUD A; 3QWY A; 1SRM A; 3M57 A; 2RI3 A; 1K8A R; 1TS9 A; 1ACM B; 4M7A A; 3VS3 A; 5LJ3 g; 2LQK A; 1UGV A; 4CRI A; 1W4S A; 2LJ1 A; 1FXX A; 4AFQ C; 1YJ9 Q; 3I9Q A; 2FZK B; 1HXD A; 1G8X A; 4N0A A; 2EQM A; 1Q82 C; 1VYV A; 4QVD A; 1JJ2 A; 2PNI A; 3EGX B; 1QVF P; 2K4Y A; 3P8H A; 1W2B A; 2DL3 A; 3PE0 A; 2P0P A; 4DBF A; 1TUG B; 3WVD B; 4LDV A; 1ZUY A; 5L23 A; 1QWE A; 1MMN A; 4J9E A; 2HL3 A; 4KH0 B; 3CCS T; 3G6E Q; 1FYN A; 3E9G A; 1TXQ A; 3CXC P; 4M78 B; 3CCQ T; 5LJ5 e; 3JCM g; 3REB B; 4LNP A; 2PVO B; 1XQH A; 4B9W A; 1OPK A; 2P84 A; 1MUZ A; 2RHZ A; 2DTI A; 4OP0 A; 4L6V 5; 4HCZ A; 1X01 A; 3M0S A; 1OX8 A; 4M77 G; 3CC2 T; 3M56 A; 2O4X B; 1ZUU A; 3RKY A; 1X43 A; 2DBM A; 3F70 A; 2BTT A; 3N5B B; 4IIO A; 2P4R A; 1NPP A; 1VUB A; 1NYG A; 5D6Y A; 2EFI A; 2LCL A; 1AWO A; 4M78 D; 2FPF A; 3X25 B; 2DBK A; 5IH2 A; 3OS1 A; 4M7D C; 3QJ6 A; 3CCU Q; 5LJ5 h; 3TRE A; 2CDT A; 4FSX A; 3CCR T; 1UDL A; 5GAN e; 4F16 A; 4PFZ A; 2BKD N; 3TCJ A; 3OYF A; 1K8A U; 4A4E A; 2CZ6 B; 1KQ1 A; 3CCL A; 1BBZ A; 1K9A A; 1VOM A; 4C8Q C; 1IHV A; 3TEE A; 1K9M R; 5FRO A; 2DEQ A; 3G71 A; 2I2L A; 2EYZ A; 2F5K A; 3VS0 A; 4E7S A; 3CCJ T; 3CPF A; 2MWO A; 4B9X A; 1W1F A; 1QMC A; 2RJF A; 4C5G A; 3MEU A; 1M90 U; 1Q95 G; 2DXU A; 4D8K A; 4JLG A; 1RI0 A; 4HCB A; 4M75 B; 5GAN h; 5A2Q E; 2XMF A; 4AFZ C; 1KHC A; 2DVE A; 3SHW A; 3CC4 A; 1ZQ1 A; 4ZNX A; 1T3L A; 4C92 E; 3P8B B; 1KC8 C; 2DEU A; 3WXM B; 1E6H A; 5KYY B; 2OTJ Q; 1WXT A; 1VQ7 Q; 1Y07 A; 2CZ1 B; 1X6O A; 1M4Z A; 3I5R A; 1WI7 A; 2J6K A; 2RI2 A; 1I1J A; 4PK4 A; 3HL8 A; 2PU9 B; 1M27 C; 3M0U A; 2QA4 Q; 7AT1 B; 4OMM A; 3C0C A; 1VIE A; 4M75 D; 2EQK A; 5FLX E; 2E6Z A; 4JLI A; 5DY9 A; 2V8K A; 3NPF A; 3PMT A; 2ZPE B; 3G1J A; 4M7D D; 4HT9 A; 4DA4 A; 5IXF A; 1VQM Q; 5IHK A; 3FRN A; 1U8R A; 2EGC A; 2JN0 A; 5IN1 A; 2JTE A; 3BY7 A; 3OB9 A; 2YRC A; 2KR3 A; 2NLU A; 1K9M U; 2GFA A; 3MJX A; 1IXD A; 1QKW A; 1N8R R; 2Y4X A; 1ZSZ A; 3EH1 A; 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