The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
|
sequence length |
70
|
structure length |
70
|
Chain Sequence |
MDETGKELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVKITVNGKTYERQGFVPAAYVKKLD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure and dynamics of the chimeric SH3 domains, SHH- and SHA-"Bergeracs".
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Gallus gallus
|
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
|
| total genus |
9
|
| structure length |
70
|
| sequence length |
70
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-04-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2FPD A; 4CC2 A; 1BB9 A; 2KXD A; 5L23 A; 3H0F A; 3RBB B; 1WFW A; 2NWM A; 1VYV A; 1KJW A; 1RLQ C; 1JXM A; 1VYT A; 2DVJ A; 2YSQ A; 1AZG B; 2W0Z A; 1RLP C; 2HBW A; 2A28 A; 1U3O A; 4J9D A; 1ABO A; 2DM1 A; 1RI9 A; 4J9H A; 2FRW A; 2YUO A; 1YN8 A; 2JS2 A; 2FO0 A; 1UJ0 A; 2EPD A; 1BBZ A; 1T0H A; 1SRM A; 2LJ1 A; 1M8M A; 4JZ3 A; 2CUB A; 2L2P A; 2F2V A; 2FG0 A; 4CC4 B; 2JMC A; 1K0S A; 1B07 A; 3C0C A; 2LNH B; 2KE9 A; 4J9E A; 2V1R A; 1J3T A; 2KRN A; 4J9C A; 3TSW A; 4OMO A; 2LCS A; 1A0N B; 4A63 B; 2LZ6 B; 2SRC A; 1T3S A; 1WXT A; 4OMM A; 4ZNX A; 2DYB A; 1ZUU A; 2L3S A; 2O31 A; 2CH4 A; 1PKT A; 3UF4 A; 2DL8 A; 2ECZ A; 1WA7 A; 2KEA A; 2HEQ A; 1AZE A; 4OMQ A; 4DEX A; 1PKS A; 3JV3 A; 4R0K A; 2XMF A; 4J9F A; 2K7A A; 3EG1 A; 1BK2 A; 5HCK A; 2DRK A; 1GCQ C; 2DRM A; 2BTT A; 4JJB A; 1PRL C; 1TUC A; 1GFD A; 2DMO A; 3NMZ C; 4JJC A; 1Y0M A; 1QKX A; 2YUN A; 5IHN A; 4Y92 A; 3I35 A; 4D8K A; 4AFU C; 2L3P A; 2DNU A; 2P4R A; 1AWO A; 2ESW A; 2G6F X; 2X3W D; 3TSZ A; 1UG1 A; 2K3B A; 4HVW A; 1WI7 A; 2VWF A; 5IXF A; 2D1X A; 2I0N A; 2DX1 A; 2ED1 A; 1JU5 C; 2GTO A; 2KGT A; 2YDL A; 1K4U S; 1PWT A; 2OJ2 A; 2M0Y A; 1G83 A; 4M4Z A; 2KT8 A; 4FSS A; 5FWC A; 2LQW A; 4F17 A; 1QWE A; 1AOJ A; 2SEM A; 1FYN A; 1ZSG A; 1HD3 A; 4AFQ C; 2O2O A; 4LN2 A; 4OMP A; 4RTZ A; 3REA B; 4Z88 A; 2EBP A; 1T3L A; 1JXO A; 1PRM C; 1H8K A; 1E6G A; 1KSW A; 2HDA A; 1YWP A; 1I1J A; 5I22 A; 3SHW A; 1T0J A; 2KNB B; 2RQU A; 1E6H A; 4CC7 A; 1K0X A; 4IIM A; 4AG1 C; 3VS6 A; 2RF0 A; 4HVV A; 3M0R A; 1X2K A; 1UGV A; 1ZLM A; 3O5Z A; 3PVQ A; 2KXC A; 2CH4 W; 5ECA A; 2PZ1 A; 4J9B A; 1W70 A; 2K2M A; 1HSQ A; 1WXU A; 1AWW A; 2JM8 A; 4Z8A A; 1W1F A; 1SSH A; 2L0A A; 3NHN A; 2X3X D; 2ROT A; 1UTI A; 1V1C A; 2RMO A; 4HCK A; 2LJ0 A; 2H8H A; 1GRI A; 2DF6 A; 4ORZ A; 1M3B A; 5GJW B; 1QWF A; 2MOX A; 1M30 A; 4X1V A; 2CRE A; 1CSK A; 3REB B; 1K1Z A; 2DJQ A; 2K6D A; 3PVL A; 2CDT A; 2LQN A; 4AG2 C; 2M51 A; 2QDL A; 3IQL A; 2AK5 A; 2HCK A; 2KR3 A; 1AD5 A; 2V1Q A; 2J06 A; 2EYX A; 2FRY A; 2DL3 A; 2HSP A; 2CT4 A; 3CQT A; 3M0S A; 1QKW A; 4RTT A; 1ZUY A; 4RTV A; 1X2Q A; 2YT6 A; 4JZ4 A; 2A37 A; 3QWY A; 5IXB A; 1MUZ A; 1LCK A; 1Z9Z A; 2EYZ A; 2KRS A; 1I07 A; 2LX7 A; 2OAW A; 2C0T A; 1OEB A; 3NGP A; 1TUD A; 2DBM A; 1OPK A; 2K9G A; 3ZL7 C; 1UHF A; 1RUW A; 1X6B A; 2BZX A; 1JQQ A; 4OMN A; 2DL7 A; 1TG0 A; 1YNZ A; 2AKL A; 2ROL A; 3QWX X; 1E7O A; 3VS3 A; 2JT4 A; 5EC7 A; 2CUD A; 3LH5 A; 3M0Q A; 1GFC A; 2GTJ A; 4OML A; 4EIK A; 1GL5 A; 1NLP C; 1M27 C; 1MV3 A; 2O88 A; 1NEG A; 4HVU A; 1YWO A; 1UE9 A; 4K11 A; 2RN8 A; 2YUQ A; 1BU1 A; 1ZUK A; 2FPF A; 2CT3 A; 2EVR A; 2ENM A; 1NLO C; 5IHI A; 1S1N A; 2JMA A; 1UFF A; 1YCS B; 1SHG A; 1X43 A; 1WXB A; 2JXB A; 2L3Q A; 1WLP B; 2J05 A; 2RQR A; 1QLY A; 2F2X A; 3M0U A; 1NM7 A; 2FPE A; 1CKB A; 3H0H A; 4HXJ A; 3I5S A; 2D8J A; 2J6O A; 1OOT A; 3H0I A; 1X27 A; 2RQV A; 1JO8 A; 3VS2 A; 3EHQ A; 2DIL A; 4J9G A; 1H3H A; 3EHR A; 1KFZ A; 2OI3 A; 5GJV B; 1AWJ A; 1ABQ A; 3I9Q A; 1XOV A; 1Z9Q A; 1OV3 A; 2MIO A; 1VYU A; 4JJD A; 3ULR B; 1NYG A; 1WDX A; 2BZY A; 2JTE A; 4GLM A; 2VVK A; 3VRZ A; 2KBT A; 2ABL A; 1SHF A; 3THK A; 3VS7 A; 4RTW A; 2W10 A; 2FEI A; 1WYX A; 2DBK A; 5FW9 A; 5I11 A; 5IHK A; 1UUE A; 1N5Z A; 1SPK A; 4J9I A; 2JW4 A; 3M0P A; 4RTX A; 4CC3 A; 1ARK A; 1NG2 A; 1Y57 A; 2ED0 A; 2DA9 A; 4QT7 A; 2EQI A; 2KYM A; 2NUZ A; 2EYW A; 3FJ5 A; 2DE0 X; 4LNP A; 2PNI A; 2LMJ A; 4LE9 A; 2RPN A; 2KRO A; 3EG2 A; 1QCF A; 2EYY A; 1UEC A; 1KIK A; 2KYB A; 3EG3 A; 1M3A A; 1GCQ A; 4F16 A; 2EGC A; 1OPL A; 1ZX6 A; 1H92 A; 4RUG A; 2IIM A; 1K9A A; 3PE0 A; 1JEG A; 3EGU A; 2A08 A; 2BZ8 A; 5FWB A; 1B3Q A; 3SEM A; 1YP5 A; 2LJ3 A; 3VS0 A; 1UJY A; 2AKK A; 2C0I A; 2JM9 A; 3GBQ A; 3I5R A; 3U23 A; 4AFS C; 1FMK A; 1WIE A; 1W6X A; 2VKN A; 2GBQ A; 1GCP A; 2EGA A; 1SEM A; 3VS5 A; 2EGE A; 3UA7 A; 2E5K A; 2J6F A; 2RQT A; 4E6R A; 2D8H A; 4F14 A; 1U5S A; 4LUE A; 3A98 A; 2GGR A; 4JPB W; 2EKH A; 2PTK A; 4DEY A; 2MCN A; 1AEY A; 3R6N A; 1AWX A; 3M0T A; 3VS4 A; 3VRY A; 2AZV A; 2JS0 A; 1MV0 B; 1K76 A; 2CSQ A; 1SRL A; 1X69 A; 1EFN A; 2AZS A; 4LUD A; 1X6G A; 1GBR A; 3UA6 A; 1NEB A; 4RTY A; 3H41 A; 1U06 A; 2B86 A; 2DL4 A; 2CSI A; 3EG0 A; 1CKA A; 1M3C A; 2GNC A; 2F2W A; 3RNJ A; 3TVT A; 1HJD A; 1AVZ C; 2J6K A; 4IIO A; 2O9S A; 1UDL A; 2K79 A; 2J7I A; 1PHT A; 1GBQ A; 3KFV A; 2GQI A; 2KRM A; 4KRT A; 2KT1 A; 2RQW A; 3VS1 A; 2O9V A; 1ZBJ A; 2DLP A; 2RNA A; 2LP5 A; 4AFZ C; 1NYF A; 2EW3 A; 4GBQ A; 1IO6 A; 4D8D A; 1G2B A; 3UAT A; 1WX6 A; 1PNJ A; 2A36 A; 2C0O A; 4RTU A; 4ESR A; 5IH2 A; 1I0C A; 2YUP A; 2D0N A; 3NPF A; 4Z89 A; 1UHC A; 2DL5 A; 4WCI A; 1VA7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DXB A; 1BB9 A; 2E10 A; 5L23 A; 4C92 E; 3FEO A; 2NYS A; 3RBB B; 1WFW A; 2COZ A; 1KJW A; 2RA2 A; 4KUD K; 3AT1 B; 1W2B A; 1Q81 C; 1VQ7 T; 2HBW A; 5KYX B; 1U3O A; 4PJO A; 4FW2 A; 2NUT B; 3T9N A; 4FU6 A; 3L2Z A; 3QO3 A; 2FO0 A; 3X28 B; 4UC4 A; 3S3O A; 1M8M A; 1NPP A; 1N9S A; 2RHZ A; 4J6W A; 1YJW T; 4CC4 B; 1VQL Q; 4C8Q D; 3UWN A; 4LXC A; 4DBF A; 2QI2 A; 3TSW A; 1W2B P; 2EJG A; 4J8O A; 3LWH A; 2LCS A; 1KHC A; 1Q81 R; 4A53 A; 3MCA B; 1OX9 A; 3FC3 A; 2LZ6 B; 3M57 A; 3CC2 Q; 4ZNX A; 1Q82 U; 4OB0 B; 3URG A; 5LJ3 e; 2VUB A; 2OAU A; 2QEX T; 5EG2 A; 2XG8 D; 5KYY B; 2KEA A; 1AZE A; 4OMQ A; 1RAB B; 1SG5 A; 3EG1 A; 2DRK A; 4NS5 A; 4M7D D; 1PRL C; 3VV0 A; 3LLR A; 4KGZ B; 1QKX A; 1I81 A; 5GAN 5; 3MEA A; 4D8K A; 2L3P A; 2CP0 A; 2O01 E; 2X3W D; 4PKC C; 1UG1 A; 1WI7 A; 2K3X A; 3DLM A; 3LYI A; 4RMO A; 3EFO A; 2E6Z A; 1IXD A; 3SWN A; 4HCZ A; 2GTO A; 1PWT A; 2OJ2 A; 4HCC A; 2KT8 A; 5LJ3 h; 3OQ5 A; 4OVA A; 5GAM h; 1RI0 A; 1JJ2 P; 1VQM T; 4E7K A; 1M1K C; 2SEM A; 3VKI A; 2I2L A; 5FLX E; 4OMP A; 4RTZ A; 4Z88 A; 3H9N A; 3D7S B; 5KCH A; 3CD6 T; 2Y4Y A; 1H8K A; 1YIT T; 1IHV A; 1YWP A; 2JTF A; 5I2S A; 5GAO m; 1I1J A; 3CPW A; 4XQ3 A; 3BE3 A; 1KK7 A; 3I55 A; 1H3Z A; 1OU9 A; 3OW2 A; 1K0X A; 1RAE B; 4M75 A; 5GMK i; 1NPR A; 4HVV A; 2QA4 A; 1M90 C; 1WJR A; 4A54 A; 4PJM A; 2KXC A; 2CH4 W; 5ECA A; 4AT1 B; 2PZ1 A; 2DXT A; 3JB9 J; 1FMW A; 3RUX A; 5M9O A; 2LVM A; 4F7U E; 4Z8A A; 2F1L A; 1U8R A; 2LRQ A; 3L2Q A; 1WPY A; 4N4G A; 3OW2 P; 1MNE A; 1VQ7 A; 4HCK A; 3EG9 B; 3X26 B; 1GRI A; 4J7I A; 2ZGW A; 1M3B A; 4E47 A; 3CXC A; 1K8A R; 2CRE A; 2YRC A; 2VGN A; 4M77 D; 3REB B; 1K1Z A; 1YIJ T; 2DJQ A; 3HL8 A; 4M78 C; 2CDT A; 1YJW A; 2MF2 A; 3OYA A; 2V1Q A; 4JRK A; 3JCM d; 2J06 A; 2EYX A; 4BY6 C; 2CT4 A; 3BFM A; 3HPW A; 1WHJ A; 3GP8 A; 2YT6 A; 1Q7Y U; 2A37 A; 1M2V A; 1LCK A; 2EYZ A; 3CXC P; 2EIF A; 2PU9 B; 3EGX B; 3V8J A; 1W4S A; 3NGP A; 3FLG A; 3OS1 A; 1TG0 A; 1FMV A; 4FT2 A; 3JCM g; 1N27 A; 1OX8 A; 2IVW A; 2G3R A; 4PJO E; 2RHI A; 3FB9 A; 1GFC A; 3A8O B; 4E7L A; 1NLP C; 3OYY A; 1WNL A; 2F69 A; 3MET A; 1MV3 A; 2O88 A; 5DLO A; 1YWO A; 4BI3 A; 2RN8 A; 1O9S A; 2CS7 A; 4RKU E; 2EVR A; 3VU3 C; 2X35 A; 1EX4 A; 3CMA Q; 4XTZ A; 2V8I A; 1YCS B; 5GAN 2; 4WF2 A; 1WXB A; 1VQL T; 4M7A C; 1VQM A; 1JRI A; 1QVF S; 3G6E Q; 2J05 A; 2RQR A; 3O8V A; 3GNG A; 1OQK A; 2P0K A; 1NM7 A; 1CKB A; 2KY9 A; 3CC2 T; 3E2U A; 3I5S A; 3CD6 A; 2D8J A; 1YIT A; 1OOT A; 2X4X A; 2RQV A; 4M7D C; 4OB1 B; 2A0F B; 1Y96 A; 3OYG A; 1QP2 A; 3VS2 A; 4J9G A; 4C92 C; 1YBY A; 1KFZ A; 1AHJ B; 4KBM B; 2E3H A; 3C95 A; 1XOV A; 4C8Q B; 2QGG A; 1VYU A; 2JTE A; 2VVK A; 5CKH A; 2ABL A; 2XU8 A; 3THK A; 4DBR A; 4ZGJ B; 1WYX A; 2DBK A; 5I11 A; 5IHK A; 5AYF A; 1N5Z A; 2M9U A; 4M78 G; 4J9I A; 3A8M B; 3M0P A; 1OU8 A; 4PLL A; 1ARK A; 2RD1 A; 2ED0 A; 5LJ3 j; 2XHC A; 3FJ5 A; 2EYW A; 1H64 1; 1ZA2 B; 2DE0 X; 3CCU Q; 4M7D B; 4LE9 A; 1Q82 R; 2Z0W A; 3CEY A; 4FM4 B; 1YIJ A; 1VQO Q; 1BI2 A; 1K73 C; 3GOX A; 2XID A; 1QCF A; 3JRZ A; 2QAS A; 2DEQ A; 1WHL A; 3J7A F; 1SSF A; 4M75 E; 2M1H A; 3A8H B; 4HCB A; 2IIM A; 4JLI A; 3LX7 A; 1I5O B; 2NUP A; 4J6Y A; 5FWB A; 1BIB A; 4AMC A; 2DAQ A; 1VQN T; 2QG9 B; 3NTI A; 3ZFJ A; 3EGD B; 5GAN 4; 1UJY A; 4KH1 B; 2C0I A; 2FZC B; 4AFS C; 5LL6 S; 5GMK h; 1FMK A; 1RAG B; 1G3S A; 3UA7 A; 2J6F A; 2RQT A; 2HNI A; 4E6R A; 3F70 A; 3OYH A; 2D8H A; 4JPB W; 4M77 C; 4ZTJ A; 2EKH A; 1LNX A; 3LGL A; 3PT9 A; 3CCS A; 1UGS B; 3VRY A; 4M7A G; 5CK9 A; 2K5I A; 2CSQ A; 3OS0 A; 1X69 A; 1NE8 A; 4LUD A; 1X6G A; 3ASK A; 3CCR T; 4DQ2 A; 3QG1 A; 1GBR A; 3UA6 A; 3VYG A; 5GMK l; 1RAD B; 2DO3 A; 4EMG A; 1U06 A; 2ZPB B; 1QCO A; 5CAI A; 4PFO A; 2CSI A; 2OTL Q; 3EG0 A; 3FDR A; 1CKA A; 2RHU A; 1VQL A; 1MGQ A; 3G71 Q; 2F2W A; 3JB9 I; 2FZG B; 5LJ3 f; 1KD1 U; 5GAM f; 4IIO A; 4C92 G; 1UDL A; 2DXC A; 2J7I A; 3RER A; 4KGV B; 1GBQ A; 4HT9 A; 4PFZ A; 3CC2 A; 2GQI A; 3QJ6 A; 3C12 A; 4JRQ A; 4KT0 E; 1C6V X; 2O9V A; 4R56 A; 2DLP A; 3HHT B; 4M77 B; 3JCM h; 2EW3 A; 4LDV A; 4D8D A; 1G2B A; 1VQP Q; 2RI5 A; 1WX6 A; 4FIB A; 2C0O A; 4RTU A; 3V7S A; 1I0C A; 2ATC B; 2YUP A; 2D0N A; 3NPF A; 4Z89 A; 2QXF A; 1YJ9 Q; 1IB8 A; 2XMF A; 2O4X B; 5GAO n; 3PIP A; 4NL3 A; 2KXD A; 3H0F A; 1M1K U; 2WSC E; 4BD3 A; 2YSQ A; 4XTV A; 3CMA T; 2W0Z A; 1RLP C; 2A28 A; 1QW1 A; 2DM1 A; 1RI9 A; 1Q7Y R; 3JB9 F; 4JLG A; 4J9H A; 2FRW A; 3CC4 Q; 1D3B B; 2JS2 A; 2YWW A; 1UJ0 A; 3G6E T; 5FU7 C; 4JZ3 A; 2CUB A; 3QSU A; 3KBG A; 3BW1 A; 1IHW A; 4ELZ C; 1K0S A; 1B07 A; 4QW2 A; 3C0C A; 2LNH B; 2QYZ A; 1G5V A; 2LCL A; 1M90 U; 2BUD A; 3WXM B; 1N6A A; 4PJO C; 3JCM P; 1DJ7 B; 2CYZ B; 1PKT A; 1KC8 C; 2ECZ A; 1VQN A; 1QVG P; 3MPU B; 4DEX A; 1PKS A; 3JV3 A; 4CRI A; 5IT9 E; 4J9F A; 2FHD A; 2K7A A; 1PC0 A; 1BK2 A; 1GCQ C; 4JJB A; 3VUZ A; 2DK3 A; 2DMO A; 1ZSZ B; 4WTO B; 3OYB A; 3I35 A; 4AFU C; 2MI6 A; 2COW A; 2P4R A; 1MHN A; 3TSZ A; 1O75 A; 3OY9 A; 3QDF A; 2K3B A; 4HVW A; 1VQ4 Q; 3CCU T; 5KYW B; 1KQS S; 5IXF A; 3V8L A; 1U1S A; 4Q5W A; 3CCR A; 2ED1 A; 3QJY A; 1VQO T; 1K4U S; 3DB4 A; 3QDR B; 3JCM b; 4M78 F; 4F17 A; 1QWE A; 2YHT A; 1OI1 A; 4N4H A; 2E6N A; 4AFQ C; 4F7U G; 3PMT A; 4VUB A; 1JJ2 S; 2EBP A; 1T3L A; 1PRM C; 4M78 D; 2COY A; 6AT1 B; 1E6G A; 1KSW A; 5I22 A; 1F1B B; 1XJW B; 3SWN C; 3A8G B; 4BE1 A; 4MMK A; 1S72 T; 4EMK A; 4AG1 C; 3VS6 A; 3M0R A; 4ZGD B; 4XU2 A; 3E9F A; 1VQ9 Q; 2RJE A; 1ZLM A; 2JJ9 A; 2WAC A; 3CC7 Q; 3QZ5 B; 3EFS A; 4FL6 A; 2KMT A; 4J9B A; 3L2U A; 2V8J A; 2K2M A; 2CP3 A; 1WXU A; 3ZBD A; 2JM8 A; 3RKW A; 1K9M C; 1LJO A; 2P0P A; 1W1F A; 2XKO C; 3DKM A; 3NHN A; 5LJ5 d; 2X3X D; 4C8Q F; 3OYJ A; 2LJ0 A; 2OTL T; 4QVZ A; 1WZO A; 5FRM A; 2FB7 A; 4M75 C; 5GJW B; 1QWF A; 2VYT A; 2GFA A; 2MOX A; 4A4F A; 3GNF B; 3HTR A; 2ZPH B; 3LW5 E; 4X1V A; 2DD5 A; 4M7A F; 4Z02 A; 3SWN B; 2KSS A; 4PJO G; 2LQN A; 2QDL A; 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