The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
|
sequence length |
59
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structure length |
59
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Chain Sequence |
APWATAEYDYDAAEDNELTFVENDKIINIEFVDDDWWLGELEKDGSKGLFPSNYVSLGN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural, functional, and bioinformatic studies demonstrate the crucial role of an extended peptide binding site for the SH3 domain of yeast Abp1p
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
Actin-binding protein
|
| total genus |
8
|
| structure length |
59
|
| sequence length |
59
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-06-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4M4Z A; 2GQI A; 4K11 A; 3PVL A; 1GCP A; 1PRM C; 2DX1 A; 2HBW A; 2V1R A; 4RTV A; 2AZS A; 1W1F A; 1AOJ A; 1Z9Z A; 1S1N A; 4F17 A; 1IO6 A; 3FJ5 A; 1I0C A; 2DE0 X; 4GBQ A; 2HEQ A; 4D8K A; 1YP5 A; 4J9B A; 2CUB A; 1N5Z A; 1AEY A; 2XMF A; 4AFZ C; 3SHW A; 1WX6 A; 4ZNX A; 5HCK A; 1T3L A; 2FG0 A; 1GCQ C; 2EYY A; 2FRW A; 1K76 A; 1NM7 A; 2CH4 W; 3GBQ A; 4DEY A; 1UTI A; 1E6H A; 1WA7 A; 1UUE A; 1NLP C; 1WXT A; 2JM8 A; 2PZ1 A; 2HSP A; 4AFS C; 1B3Q A; 3LH5 A; 1ZLM A; 3I5R A; 1JXM A; 1WI7 A; 4AG2 C; 2YUN A; 2J6K A; 1I1J A; 2C0T A; 5GJW B; 2KT1 A; 2CT3 A; 1M27 C; 3M0U A; 2X3X D; 4J9F A; 2RNA A; 4OMM A; 1UEC A; 5FWC A; 3C0C A; 3EGU A; 2ED0 A; 2DVJ A; 2NWM A; 4RTX A; 2GNC A; 2RQT A; 1HJD A; 1TG0 A; 3NPF A; 2H8H A; 1WFW A; 2EVR A; 1WDX A; 5IHI A; 2ESW A; 1I07 A; 2BZY A; 2LX7 A; 5GJV B; 3RBB B; 3H0I A; 5IXF A; 1GRI A; 2VWF A; 5IHK A; 2CT4 A; 2EGC A; 2JW4 A; 1FMK A; 3H0H A; 3NHN A; 2F2V A; 1NG2 A; 4RTT A; 3VS1 A; 1M8M A; 2JTE A; 3I5S A; 2KR3 A; 3SEM A; 2DL7 A; 2LJ3 A; 2RF0 A; 2FPE A; 2EKH A; 1QKW A; 1OEB A; 1PRL C; 2DRM A; 1Y0M A; 3M0R A; 1X27 A; 2KEA A; 4A63 B; 1GBR A; 1YWO A; 2YUQ A; 4X1V A; 2O9S A; 2X3W D; 2DNU A; 1ABQ A; 1ZX6 A; 1K4U S; 4WCI A; 1KJW A; 1H8K A; 1JO8 A; 3NGP A; 2I0N A; 1AZE A; 4ORZ A; 4J9D A; 2GGR A; 2O9V A; 2L3P A; 2VVK A; 2BZ8 A; 1H3H A; 2JS2 A; 3PVQ A; 2DL5 A; 1UJY A; 4LN2 A; 2O2O A; 2F2X A; 1PKT A; 1WLP B; 2A08 A; 1MV0 B; 2CRE A; 1E6G A; 1U06 A; 2QDL A; 3EHQ A; 2YUO A; 1CSK A; 2L2P A; 2RQR A; 1WYX A; 1ZUK A; 4J9H A; 1X2Q A; 3ULR B; 2L3Q A; 2K79 A; 1A0N B; 3A98 A; 3CQT A; 1AWX A; 1QLY A; 1B07 A; 1WXU A; 4F14 A; 2C0I A; 4J9G A; 1SPK A; 1YWP A; 2L3S A; 2RPN A; 3EHR A; 2J7I A; 1JEG A; 1PNJ A; 1UHC A; 2AKL A; 4RTW A; 1RLP C; 1Z9Q A; 2KBT A; 4Z8A A; 1YNZ A; 1UFF A; 2AK5 A; 2MCN A; 1UHF A; 1G83 A; 4Z89 A; 1GBQ A; 2EGE A; 3VRY A; 3RNJ A; 2F2W A; 4AFU C; 1AVZ C; 1M3C A; 3H41 A; 2KGT A; 2GBQ A; 1VA7 A; 2EYX A; 2J05 A; 2EBP A; 5FW9 A; 2B86 A; 2L0A A; 4JPB W; 4J9I A; 3M0P A; 3O5Z A; 2CUD A; 3VS2 A; 2FO0 A; 3UF4 A; 1UG1 A; 2YUP A; 4E6R A; 4OMQ A; 1VYT A; 1M30 A; 1KSW A; 2KRN A; 2JXB A; 2LCS A; 1GCQ A; 2KYB A; 2O88 A; 2K3B A; 2M0Y A; 2PTK A; 4RTU A; 1EFN A; 1PKS A; 1KFZ A; 4HCK A; 3UAT A; 2OI3 A; 2DJQ A; 4CC3 A; 1RLQ C; 1QWF A; 1AWW A; 1GL5 A; 2SEM A; 1XOV A; 2YDL A; 1LCK A; 2YT6 A; 1SSH A; 1ZSG A; 1HD3 A; 2EGA A; 2ABL A; 1X6G A; 1T3S A; 5I22 A; 2K2M A; 2EPD A; 2A28 A; 1AWJ A; 5ECA A; 2EQI A; 1QKX A; 4J9C A; 2HDA A; 1SRL A; 1YCS B; 1AD5 A; 3M0T A; 2DL8 A; 1BK2 A; 3ZL7 C; 1OPL A; 1U3O A; 2JMA A; 3UA7 A; 2DLP A; 4JZ4 A; 4CC2 A; 4HVW A; 3EG0 A; 2J06 A; 1BB9 A; 2E5K A; 2KRS A; 2LZ6 B; 1RUW A; 4LUE A; 2G6F X; 4JJB A; 1PWT A; 1YN8 A; 2GTO A; 3M0Q A; 2AZV A; 2D0N A; 3H0F A; 1NEB A; 4QT7 A; 4Y92 A; 4OMO A; 1WIE A; 2JMC A; 3REA B; 2KRO A; 1E7O A; 2C0O A; 2RMO A; 4FSS A; 2CSI A; 2KNB B; 2RQU A; 4Z88 A; 2JT4 A; 1VYU A; 3NMZ C; 1GFD A; 2NUZ A; 2ED1 A; 1SHG A; 1CKB A; 2W10 A; 2K7A A; 2LMJ A; 1W6X A; 2ROL A; 4RTZ A; 2J6O A; 5IHN A; 2VKN A; 1V1C A; 2SRC A; 1TUC A; 1NEG A; 2EW3 A; 2LP5 A; 4OML A; 2KT8 A; 3EG1 A; 2JM9 A; 2DF6 A; 2OJ2 A; 3KFV A; 2K6D A; 1QCF A; 2MIO A; 3UA6 A; 2O31 A; 4OMN A; 1NYF A; 2ECZ A; 2KXD A; 2LJ0 A; 2KRM A; 1H92 A; 2D8H A; 1OOT A; 3EG2 A; 1W70 A; 1TUD A; 2EYW A; 2V1Q A; 2DL4 A; 3QWY A; 1OV3 A; 1MV3 A; 1JU5 C; 4HVV A; 4GLM A; 1SRM A; 4ESR A; 3I35 A; 2ROT A; 2DRK A; 1GFC A; 2LQN A; 2W0Z A; 3VS3 A; 1K0X A; 2OAW A; 2GTJ A; 2J6F A; 2KE9 A; 1UGV A; 1ZBJ A; 1CKA A; 1SEM A; 4RUG A; 2LJ1 A; 4HXJ A; 4JJD A; 2YSQ A; 2KYM A; 4RTY A; 4AFQ C; 3I9Q A; 3U23 A; 1K0S A; 4JJC A; 1VYV A; 1BU1 A; 1KIK A; 2PNI A; 2MOX A; 2CSQ A; 2IIM A; 2DL3 A; 3PE0 A; 2A37 A; 4HVU A; 2M51 A; 1ZUY A; 5L23 A; 1QWE A; 4J9E A; 3VS7 A; 1AZG B; 1M3B A; 2DM1 A; 3EG3 A; 1FYN A; 2K9G A; 4LUD A; 2RN8 A; 1Y57 A; 3REB B; 4LNP A; 4LE9 A; 2AKK A; 5IXB A; 4JZ3 A; 5FWB A; 3TSZ A; 3JV3 A; 1J3T A; 1OPK A; 1MUZ A; 2LNH B; 1UE9 A; 4OMP A; 1G2B A; 1X6B A; 4KRT A; 1U5S A; 1X2K A; 3M0S A; 1RI9 A; 5I11 A; 3VS4 A; 4DEX A; 1ZUU A; 2RQV A; 1X43 A; 1UJ0 A; 3VRZ A; 4CC4 B; 2DBM A; 2FEI A; 3TVT A; 2BTT A; 2DMO A; 4IIO A; 2P4R A; 1X69 A; 3VS5 A; 2A36 A; 1NLO C; 1NYG A; 3VS6 A; 4AG1 C; 1K1Z A; 2FRY A; 1AWO A; 3TSW A; 2CH4 A; 2FPF A; 2DBK A; 5EC7 A; 5IH2 A; 2JS0 A; 1T0H A; 2LQW A; 2BZX A; 2D1X A; 2DA9 A; 2CDT A; 3IQL A; 1UDL A; 1ABO A; 4EIK A; 3R6N A; 4F16 A; 1SHF A; 1ARK A; 1M3A A; 2HCK A; 4R0K A; 1HSQ A; 1JQQ A; 2DYB A; 2FPD A; 2D8J A; 1PHT A; 1JXO A; 1BBZ A; 1K9A A; 1T0J A; 4CC7 A; 2DIL A; 3THK A; 4D8D A; 1WXB A; 4IIM A; 2RQW A; 2EYZ A; 2KXC A; 3QWX X; 3VS0 A; 2ENM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YFN A; 1U1T A; 1PRM C; 2HBW A; 2K5F A; 4X9D A; 1PSE A; 1Z9Z A; 4EMH A; 4M7A C; 2YRD A; 1QVP A; 5LJ5 g; 3H9N A; 4GBQ A; 3HRU A; 2DZ9 A; 4KGZ B; 3A1P A; 2HEQ A; 3OW2 S; 3EG9 B; 4C92 G; 4A4K A; 4CI0 C; 1AEY A; 1NM7 A; 4DEY A; 3J81 E; 3DKM A; 1UTI A; 1WA7 A; 5FU7 C; 2EAY A; 3CC7 T; 2JM8 A; 2XID A; 5CVI A; 1ZLM A; 3EGX A; 2CP7 A; 2X35 A; 2YUN A; 3CME T; 2XI9 A; 2C0T A; 3PTA A; 2KT1 A; 4J7I A; 4J9F A; 2RNA A; 1UEC A; 4M78 A; 3EGU A; 3JCM c; 2NWM A; 5GAN g; 3OYC A; 3CPW P; 9ATC B; 3UT1 A; 5LL6 S; 1TG0 A; 4QVZ A; 2K57 A; 2EVR A; 4RMO A; 1I07 A; 2BZY A; 3OYB A; 1GRI A; 2E5Q A; 2YLC A; 2O4X A; 3H0H A; 2E4H A; 5FU6 C; 3NHN A; 2VYT A; 3MEW A; 3VS1 A; 1VQ8 T; 3I5S A; 2LVM A; 3M55 A; 4HA8 A; 4AMC A; 4IUU A; 1YJ9 A; 3ZEH A; 4KH1 B; 1YJN Q; 2EKH A; 2RJE A; 1WQW A; 5FU7 B; 1SG5 A; 1OEB A; 2ZPG B; 2CGH A; 5DLO A; 3BE3 A; 2CZ7 B; 4BAC A; 2E41 A; 4A63 B; 1VQ9 A; 1YWO A; 3G6E A; 2YUQ A; 4M7A D; 2DNU A; 1BI1 A; 1KC8 U; 1BIB A; 2LQ8 A; 3D7S B; 1AZE A; 2RB6 A; 2E64 A; 4J9D A; 2O9V A; 1H3H A; 4WTO B; 5CR2 A; 2PVD B; 2YWW A; 1S72 A; 2EJG A; 1M2O A; 1RAF B; 2KSS A; 3L2R A; 5GAN j; 1PCX A; 3HRS A; 3MHX A; 5HK0 A; 3EHQ A; 2QDL A; 3CC4 Q; 1WYX A; 4GY5 A; 4M75 A; 2PUO B; 4E7J A; 1YI2 T; 4BI3 A; 2R5M A; 2RI5 A; 2COW A; 5KYY A; 1QVF A; 2VB6 A; 4GLK A; 4J6X A; 4F14 A; 5J39 A; 2DKG A; 4IKF A; 3VUZ A; 3M5A A; 2EQU A; 2F1L A; 2RPN A; 4FT4 A; 4RTW A; 5HKC A; 4C92 F; 2XHC A; 2WAC A; 3QJY A; 1D09 B; 2MCN A; 1UHF A; 2FZC B; 3C94 A; 2QEX T; 4V2S A; 4O6J A; 3VRY A; 3RNJ A; 1LOJ A; 1KHI A; 2D0Q B; 3H41 A; 3LW5 E; 4X34 A; 3OMG A; 5CKH A; 2KGT A; 4FCY A; 3L2Q A; 3CD6 T; 1B7T A; 4JPB W; 4J9I A; 3O5Z A; 3QBY A; 2CUD A; 2FO0 A; 3QXE B; 1UG1 A; 3FEO A; 1I8F A; 4M77 B; 2LCS A; 1K73 U; 1ZSZ C; 2Y90 A; 3SD4 A; 3Q1J A; 4JS4 A; 2OTJ A; 2PTK A; 1FMV A; 2YLB A; 3CMA A; 1KFZ A; 4HCK A; 2DZC A; 2EWN A; 5KYX A; 4MML A; 3I55 Q; 3KUF A; 1AWW A; 5LJ5 f; 1GL5 A; 2QA4 A; 2YDL A; 2YT6 A; 1OX9 A; 3G7Z A; 4O5V A; 1VQL T; 1HD3 A; 1AT1 B; 2ABL A; 4RG8 A; 4DBQ A; 2XKO C; 2EPD A; 3M9Q A; 3V8L A; 3QSU A; 2MYS A; 2GCX A; 1AWJ A; 5ECA A; 4Z02 A; 3GIB A; 3DB4 A; 3M58 A; 2DL8 A; 2DO3 A; 2OTL A; 3UA7 A; 1NE8 A; 1VQM A; 2DD5 A; 2HMA A; 4LUE A; 4JJB A; 3H8Z A; 2DPP B; 3GP8 A; 2GTO A; 2RM4 A; 3M59 A; 2R5A A; 2E6N A; 3LX7 A; 4J8O A; 4Y92 A; 5GAN 7; 3MPU B; 2JMC A; 1I81 A; 3O8V A; 1IHW A; 2C0O A; 3QG1 A; 5GAN f; 3SDZ A; 4LDW A; 2DK3 A; 3OYJ A; 3JB9 D; 3CPW S; 5D6X A; 1VYU A; 5GAM f; 1OUL A; 4PKC C; 2DTH A; 4PJO E; 2HNI A; 2L8D A; 1XTD A; 4BDZ A; 4L5G A; 2QQB A; 2K3X A; 4N4H A; 1D3B A; 5CAI A; 4D6W A; 1Q86 C; 1NEG A; 2EW3 A; 4OML A; 3FIF A; 2DJZ A; 3EG1 A; 2A7Y A; 1IGU A; 2DF6 A; 1MMD A; 4LD6 A; 4C0D B; 3OQ5 A; 2ZZD A; 3UA6 A; 1B34 A; 4OMN A; 2HQE A; 4E7I A; 1PSF A; 2KXD A; 4ZTJ A; 1OOT A; 1IRX A; 3EG2 A; 1W70 A; 1TUD A; 3QWY A; 1SRM A; 3M57 A; 2RI3 A; 1K8A R; 1TS9 A; 1ACM B; 4M7A A; 3VS3 A; 5LJ3 g; 2LQK A; 1UGV A; 4CRI A; 1W4S A; 2LJ1 A; 1FXX A; 4AFQ C; 1YJ9 Q; 3I9Q A; 2FZK B; 1HXD A; 1G8X A; 4N0A A; 2EQM A; 1Q82 C; 1VYV A; 4QVD A; 1JJ2 A; 2PNI A; 3EGX B; 1QVF P; 2K4Y A; 3P8H A; 1W2B A; 2DL3 A; 3PE0 A; 2P0P A; 4DBF A; 1TUG B; 3WVD B; 4LDV A; 1ZUY A; 5L23 A; 1QWE A; 1MMN A; 4J9E A; 2HL3 A; 4KH0 B; 3CCS T; 3G6E Q; 1FYN A; 3E9G A; 1TXQ A; 3CXC P; 4M78 B; 3CCQ T; 5LJ5 e; 3JCM g; 3REB B; 4LNP A; 2PVO B; 1XQH A; 4B9W A; 1OPK A; 2P84 A; 1MUZ A; 2RHZ A; 2DTI A; 4OP0 A; 4L6V 5; 4HCZ A; 1X01 A; 3M0S A; 1OX8 A; 4M77 G; 3CC2 T; 3M56 A; 2O4X B; 1ZUU A; 3RKY A; 1X43 A; 2DBM A; 3F70 A; 2BTT A; 3N5B B; 4IIO A; 2P4R A; 1NPP A; 1VUB A; 1NYG A; 5D6Y A; 2EFI A; 2LCL A; 1AWO A; 4M78 D; 2FPF A; 3X25 B; 2DBK A; 5IH2 A; 3OS1 A; 4M7D C; 3QJ6 A; 3CCU Q; 5LJ5 h; 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5GAN 6; 5KYX B; 3JCM J; 3PIO A; 3ZBD A; 1GBR A; 2K2V A; 4M77 F; 1VQN T; 3JAM E; 4M78 G; 2X3W D; 3I55 A; 1JJ2 P; 1ABQ A; 4QQD A; 1M1G A; 3ME9 A; 1K4U S; 1DJ7 B; 1W2B P; 1H8K A; 3NGP A; 3QDF A; 4FM4 B; 1VQ4 A; 3A8O B; 5LJ3 f; 2GGR A; 1C6V X; 4BB7 A; 2JTF A; 4PFO A; 2VC8 A; 4FYX B; 6AT1 B; 1UJY A; 1YIT T; 5CIU A; 3V7S A; 1K73 C; 2F2X A; 2V26 A; 3HPW A; 3DLL A; 3LGF A; 3A8M B; 1NZ9 A; 3R6O A; 2CRE A; 1QVF S; 1E6G A; 3KXT A; 2DD4 A; 1VQO Q; 1CSK A; 3VV0 A; 2QTX A; 1F1B B; 4J9H A; 5GMK m; 3CXC S; 2BUD A; 1C1A A; 2K79 A; 3NTK A; 3CQT A; 1AWX A; 1B07 A; 4N0A C; 2DFU A; 4J9G A; 5GAN 5; 3I56 Q; 2EJ9 A; 3EHR A; 2HZY A; 1G3T A; 5A0L A; 1D3B B; 2M9U A; 3VUB A; 1YNZ A; 4E7H A; 2FYK A; 2HSE B; 2AK5 A; 2JUF A; 4A54 A; 1YIJ T; 1N8R U; 2JNG A; 1GBQ A; 2ZAE A; 1B34 B; 3CCE Q; 2F2W A; 3BW1 A; 4AFU C; 3QYG B; 1AVZ C; 2VUB A; 1M3C A; 2GBQ A; 1VA7 A; 1VQP Q; 1WQ7 A; 2COZ A; 4M75 G; 2B86 A; 2HL5 C; 3S3N A; 2CP3 A; 4BY6 C; 5IAY A; 2XDP A; 5GAN 8; 1VQ9 T; 5I21 A; 4OMQ A; 1VYT A; 1OQK A; 4M7A B; 2X4W A; 1QP2 A; 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