The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
61
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structure length |
61
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Chain Sequence |
VRRVKTIYDCQADNDDELTFIEGEVIIVTGEEDQEWWIGHIEGQPERKGVFPVSFVHILSD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis of the recognition of the SAMP motif of adenomatous polyposis coli by the Src-homology 3 domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
DDEF1_SH3
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| total genus |
12
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| structure length |
61
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| sequence length |
61
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UDL A; 4EIK A; 2MIO A; 5ECA A; 3EG0 A; 2VKN A; 3NMZ C; 1TUD A; 3VS6 A; 1K9A A; 1YNZ A; 4M4Z A; 1W70 A; 2AZV A; 4LE9 A; 1UUE A; 1FMK A; 1YCS B; 1U5S A; 1NYG A; 2CH4 W; 1H92 A; 1NM7 A; 2E5K A; 1W1F A; 2FO0 A; 1PHT A; 4K11 A; 2DYB A; 3FJ5 A; 1IO6 A; 4LN2 A; 2GGR A; 2DBM A; 3VRZ A; 3PVL A; 1H3H A; 1X6G A; 1M3C A; 3VS0 A; 2HDA A; 2ED1 A; 3TVT A; 2DRM A; 1KJW A; 5EC7 A; 4ESR A; 1M27 C; 3TSZ A; 3PE0 A; 2LJ3 A; 1J3T A; 2B86 A; 2LJ0 A; 1YWP A; 1AWJ A; 2RQT A; 1AVZ C; 3ZL7 C; 1KIK A; 2L2P A; 2JS0 A; 3I5R A; 1UTI A; 2BZ8 A; 1AZE A; 1AZG B; 1E6H A; 3EG2 A; 3SEM A; 2EQI A; 1PKS A; 3VRY A; 4GBQ A; 2KYM A; 3RBB B; 2BTT A; 4AFU C; 2DBK A; 1NYF A; 1BB9 A; 2RQR A; 2JXB A; 2LMJ A; 2ROT A; 2OI3 A; 2DVJ A; 2D8H A; 2RN8 A; 3VS4 A; 4LUD A; 4J9F A; 3UF4 A; 2DF6 A; 3H41 A; 3PVQ A; 1ZUK A; 2FPD A; 2OJ2 A; 1VYV A; 2RPN A; 2FRW A; 2HBW A; 1WFW A; 2NWM A; 1I0C A; 2FRY A; 3O5Z A; 4LUE A; 4F17 A; 1CKA A; 1SRL A; 1UEC A; 2VWF A; 1ZBJ A; 1MUZ A; 2DX1 A; 1SHF A; 4CC2 A; 1NLO C; 1WDX A; 3NGP A; 1HD3 A; 4HVW A; 2RMO A; 2KBT A; 1GBR A; 1WA7 A; 2YUQ A; 2GNC A; 2DLP A; 4DEX A; 3SHW A; 4LNP A; 1JXM A; 2MOX A; 3ULR B; 5HCK A; 1YP5 A; 2L3S A; 4GLM A; 2EYX A; 2JMA A; 1UJ0 A; 1SHG A; 2ROL A; 3REA B; 4IIM A; 4OMP A; 3TSW A; 1ABO A; 2O9S A; 1RLP C; 1JU5 C; 1PRL C; 4HVV A; 1T0J A; 2DE0 X; 3THK A; 1GCQ A; 2JM8 A; 1G2B A; 1K0S A; 1UHC A; 1QKX A; 1ZSG A; 3VS3 A; 1T3L A; 2DL5 A; 2EYZ A; 2K7A A; 1ARK A; 5IXB A; 1RI9 A; 1WXT A; 2DL4 A; 1ZUY A; 1GFD A; 2D8J A; 2W0Z A; 5IH2 A; 1CKB A; 3M0T A; 4FSS A; 3I5S A; 1SEM A; 2JTE A; 4DEY A; 2F2X A; 1MV0 B; 2LZ6 B; 2KRM A; 4J9B A; 1NEG A; 1OOT A; 2YSQ A; 1BU1 A; 1T3S A; 2F2W A; 1K4U S; 2J7I A; 1WI7 A; 3R6N A; 2K2M A; 2CRE A; 3I9Q A; 4J9G A; 1AWX A; 4Z88 A; 1UHF A; 2DL3 A; 4J9C A; 2PZ1 A; 2SRC A; 4JZ3 A; 1RUW A; 4ZNX A; 2J6F A; 1OPK A; 2AKL A; 2RNA A; 3CQT A; 1OEB A; 4IIO A; 4RUG A; 2GQI A; 1U3O A; 2SEM A; 1H8K A; 1SPK A; 2KRO A; 2ECZ A; 4J9I A; 1WXB A; 3QWX X; 2KNB B; 4ORZ A; 3M0R A; 1S1N A; 4X1V A; 3EHQ A; 2KRN A; 2PTK A; 2YUN A; 2KXC A; 1E7O A; 5I11 A; 4D8K A; 3A98 A; 2JW4 A; 2AKK A; 2CT4 A; 2FPF A; 2KGT A; 4CC7 A; 4HCK A; 2H8H A; 1W6X A; 2DA9 A; 3UAT A; 1VYT A; 1QWF A; 1V1C A; 2F2V A; 3REB B; 2LX7 A; 2KT1 A; 2DM1 A; 2DMO A; 2ABL A; 2A08 A; 2CSQ A; 2DL8 A; 2JMC A; 2M51 A; 2RQV A; 1CSK A; 1GBQ A; 1UGV A; 4JPB W; 4CC4 B; 1EFN A; 2CDT A; 2EGC A; 5FW9 A; 3NHN A; 2L3P A; 2CH4 A; 1VYU A; 1ABQ A; 2L0A A; 4RTW A; 1N5Z A; 1PKT A; 3H0H A; 1QLY A; 3KFV A; 4OML A; 2I0N A; 2J6O A; 1ZUU A; 2A37 A; 1LCK A; 2O31 A; 2YUP A; 4D8D A; 2CUD A; 1UJY A; 2V1Q A; 3NPF A; 1X43 A; 2DJQ A; 4JJC A; 2C0O A; 1M30 A; 3EG1 A; 1NEB A; 1XOV A; 1M3B A; 1GFC A; 2RQW A; 2EGA A; 2V1R A; 1WIE A; 1PRM C; 2HEQ A; 2LQN A; 1WXU A; 1M3A A; 2LCS A; 1I1J A; 4JJD A; 2EYY A; 1BBZ A; 4OMM A; 2YUO A; 3VS7 A; 3UA6 A; 1U06 A; 2KXD A; 1B07 A; 2CUB A; 2GBQ A; 3M0Q A; 1FYN A; 1E6G A; 2CT3 A; 2AK5 A; 5IHN A; 3M0S A; 1KSW A; 1YWO A; 2BZY A; 4KRT A; 2K6D A; 4RTX A; 2OAW A; 2MCN A; 1Z9Z A; 2A36 A; 1GCQ C; 1PNJ A; 2XMF A; 1QKW A; 2O2O A; 4F14 A; 4J9D A; 2EVR A; 2G6F X; 2C0I A; 1ZX6 A; 3LH5 A; 1JXO A; 3C0C A; 2DRK A; 2J05 A; 1ZLM A; 3H0I A; 2KE9 A; 4AFS C; 2FG0 A; 2EYW A; 2KEA A; 1YN8 A; 5FWB A; 1Z9Q A; 5IHI A; 4AG2 C; 1QCF A; 1KFZ A; 2ENM A; 2DNU A; 4AFZ C; 2D0N A; 2HCK A; 1AEY A; 2EKH A; 2RQU A; 4Y92 A; 1T0H A; 1B3Q A; 1GCP A; 2FEI A; 1UG1 A; 2FPE A; 1G83 A; 2YT6 A; 2EGE A; 2KR3 A; 4Z8A A; 2L3Q A; 4CC3 A; 1AD5 A; 4WCI A; 1NLP C; 1QWE A; 2PNI A; 5GJW B; 1OV3 A; 2P4R A; 2O9V A; 4R0K A; 2JS2 A; 3I35 A; 2A28 A; 2KRS A; 2VVK A; 4J9E A; 4AFQ C; 4RTV A; 4A63 B; 1NG2 A; 3VS1 A; 4AG1 C; 1WLP B; 1JEG A; 2DIL A; 2EPD A; 2LNH B; 4HXJ A; 1JQQ A; 1GL5 A; 1UE9 A; 2YDL A; 2NUZ A; 2J06 A; 1AWO A; 5GJV B; 2LJ1 A; 1UFF A; 2O88 A; 1SSH A; 2M0Y A; 1MV3 A; 2EW3 A; 2BZX A; 2J6K A; 1HJD A; 2KYB A; 5FWC A; 1SRM A; 1BK2 A; 3H0F A; 1AWW A; 1X2Q A; 4HVU A; 2AZS A; 2GTO A; 1JO8 A; 2LQW A; 3RNJ A; 1X2K A; 3EHR A; 1TUC A; 3QWY A; 2K9G A; 2X3W D; 4RTU A; 4OMO A; 2C0T A; 3U23 A; 2CSI A; 1K0X A; 4JJB A; 2X3X D; 3EGU A; 1TG0 A; 4Z89 A; 1OPL A; 1HSQ A; 3JV3 A; 1Y0M A; 1K76 A; 2K3B A; 5I22 A; 5IHK A; 4F16 A; 4OMN A; 4JZ4 A; 2EBP A; 2JM9 A; 1A0N B; 2K79 A; 1VA7 A; 4QT7 A; 1X6B A; 2ED0 A; 4J9H A; 4RTT A; 2QDL A; 1Y57 A; 3IQL A; 3GBQ A; 4RTZ A; 1AOJ A; 1K1Z A; 3VS2 A; 5L23 A; 3VS5 A; 5IXF A; 2IIM A; 2W10 A; 2RF0 A; 1GRI A; 2DL7 A; 2ESW A; 1RLQ C; 1I07 A; 1M8M A; 2JT4 A; 2GTJ A; 1X69 A; 4E6R A; 2LP5 A; 1PWT A; 2D1X A; 1X27 A; 3UA7 A; 3EG3 A; 2KT8 A; 4RTY A; 3M0U A; 3M0P A; 1WX6 A; 2HSP A; 1WYX A; 4OMQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3OBY A; 4EIK A; 5ECA A; 4M7D E; 4MZP A; 1K9A A; 4M4Z A; 1VQM T; 4LE9 A; 1UUE A; 1FMK A; 1YCS B; 4M78 D; 1U5S A; 4RCC A; 2CH4 W; 3MP6 A; 2FL7 A; 2PVG B; 1PHT A; 3OYY A; 3LGF A; 2F69 A; 2DBM A; 1LJO A; 1M1G A; 1M3C A; 3MEA A; 3CCM A; 2CP5 A; 1B34 A; 2E41 A; 1GXI E; 4HCB A; 3CXC P; 2QEX Q; 2WSE E; 4QKU A; 1EIF A; 1AWJ A; 2RQT A; 2IPO B; 2LVM A; 3MP8 A; 2NUT A; 1KIK A; 2AHJ B; 1N6A A; 2EWN A; 2BZ8 A; 3ZEH A; 1AZE A; 3HSB A; 1YJ9 T; 3SEM A; 2CGH A; 2K5L A; 4FSX A; 3V7S A; 3VRY A; 4GBQ A; 4MMK A; 3CCQ A; 2LQK A; 4C92 G; 1VQ6 Q; 4AFU C; 2DBK A; 1NYF A; 4C5I A; 2LMJ A; 1UB4 A; 3A8L B; 3E1S A; 3OSV A; 1K73 R; 1OUL A; 1WHH A; 1VQN A; 4J6Y A; 2DD4 A; 1VQ8 A; 1TXQ A; 3CCR T; 1G3S A; 3CCJ A; 2DTO A; 3H41 A; 2CZ7 B; 2FRW A; 1ZSZ A; 1WFW A; 3EG9 A; 2NWM A; 1I0C A; 3O5Z A; 5J39 A; 4F17 A; 1SRL A; 1UEC A; 3M4G A; 2DZ9 A; 1LOJ A; 3ER0 A; 1SHF A; 2XD0 A; 4M77 E; 2OTL A; 1NLO C; 5GAO p; 3NGP A; 2RMO A; 3HFN A; 3A5Z B; 3P8D A; 1UGQ B; 1YJW Q; 2DLP A; 2CYZ B; 2EQM A; 4C8Q D; 3SHW A; 4LNP A; 1JXM A; 4J6W A; 3NTI A; 3CCU T; 4HCZ A; 3X26 B; 4AMC A; 2WSC E; 1SHG A; 2X4X A; 4ZGJ B; 1JJ2 A; 2DXC A; 2CP7 A; 1QMC A; 5GAN g; 1ABO A; 4HVV A; 1JU5 C; 2D9T A; 2DE0 X; 2FZK B; 3E2U A; 1M1F A; 2RHU A; 4KUD K; 2M16 A; 4A4F A; 5CKH A; 3JRZ A; 2DL5 A; 1ARK A; 5GAM j; 1WZO A; 1Q86 U; 3A8M B; 4JS5 A; 2DL4 A; 1SG5 A; 1ZUY A; 2W0Z A; 5IH2 A; 4KGZ B; 3ZBD A; 3M0T A; 2LNV A; 2LT4 A; 2VGM A; 4DEY A; 2XKO C; 4XU3 A; 2QQ9 A; 5GAM f; 5LJ5 e; 1VQL Q; 3R6N A; 3V7C A; 4MZT A; 4V2S A; 2DO3 A; 2CKK A; 4C92 E; 4OF1 A; 2DL3 A; 2PZ1 A; 2SRC A; 4JZ3 A; 4ZNX A; 1OPK A; 3FJP A; 3CMA Q; 2Z0W A; 3M59 A; 5GMK m; 5KYY B; 1SPK A; 2CP6 A; 2KRO A; 4ORZ A; 3OS5 A; 3CC2 A; 1E7O A; 5I11 A; 2JW4 A; 2DER A; 3JSC A; 1I5L A; 3L1A A; 2OTJ Q; 3RKX A; 1W6X A; 2CP3 A; 3REB B; 4M75 D; 2KT1 A; 4PNO A; 1YHQ T; 4OVA A; 5KCH A; 2CSQ A; 2A08 A; 2DL8 A; 1CSK A; 1GBQ A; 4JPB W; 1EFN A; 4OP0 A; 4BUG A; 1M4Z A; 1NPP A; 2HL5 C; 3NHN A; 1KD1 U; 7AT1 B; 3J7A F; 2PUO B; 3OYH A; 1VQ7 Q; 1LPL A; 1PKT A; 2E4H A; 1QLY A; 2K3Y A; 4XU2 A; 1ZUU A; 2V26 A; 2A37 A; 4E7L A; 1VQ4 Q; 1LCK A; 4C0Z A; 3MP1 A; 4M7A D; 2VUB A; 3KBG A; 1VQO T; 5CIU A; 4QQD A; 1X43 A; 1M30 A; 3EG1 A; 1M3B A; 1MND A; 2RJC A; 1YCY A; 3GPL A; 2JOY A; 2EJG A; 3QKJ A; 4OMM A; 2YUO A; 3VYG A; 1JJ2 P; 3UA6 A; 4NOY A; 3S3O A; 3M0Q A; 3CCE T; 5LJ3 j; 4BD3 A; 4E2F B; 2DIQ A; 1KG1 A; 1YWO A; 4KRT A; 3JCM J; 1D1C A; 4B9X A; 3BW1 A; 3EH2 A; 2RK2 A; 1QKW A; 1PD0 A; 5LJ3 f; 4FL6 A; 3I55 A; 2G6F X; 3CCL T; 3LH5 A; 4M77 C; 1WHM A; 2MWP A; 4M78 B; 5GAN 2; 1MHN A; 2FG0 A; 4IUP A; 3JB9 F; 3L2V A; 1OU9 A; 2KDS A; 1Z9Q A; 4AG2 C; 5EG2 A; 4LDU A; 1LVK A; 2ENM A; 1W2B P; 3MEU A; 4KGV B; 1VQ5 A; 2RD1 A; 2X51 A; 2EQK A; 3CME A; 1GCP A; 2JVV A; 3P8H A; 3VYH B; 1KQS S; 2R5M A; 2P0Q A; 4M78 F; 2RJD A; 1YBY A; 2PNI A; 3AHU A; 1ACM B; 3PIO A; 3PNW C; 3G71 Q; 4PL6 A; 2KRS A; 4XTW A; 4AFQ C; 1VQ9 Q; 5GAN d; 5D7U A; 4AG1 C; 1JEG A; 2DIL A; 4P5N A; 2EPD A; 2LNH B; 2COW A; 2F5T X; 4PJO D; 4BE0 A; 2X4J A; 2XID A; 1SSH A; 1RL2 A; 2M0Y A; 1O9S A; 2LTO A; 2BZX A; 3HRT A; 3PIP A; 1KHC A; 1YIT Q; 2KYB A; 4OMF B; 1AWW A; 1BK2 A; 5CKB A; 2LQW A; 3EHR A; 2X3W D; 1WHK A; 2KY9 A; 1OQK A; 3RR6 A; 1WQ7 A; 5IT9 E; 1TG0 A; 1OPL A; 1VQ6 T; 3CC4 Q; 1JB0 E; 3JV3 A; 4M78 A; 5I22 A; 2BE7 D; 2K3B A; 2RB6 A; 4JZ4 A; 1X01 A; 2X9H A; 3VUZ A; 2JJ9 A; 2QA4 A; 1X6B A; 2EQJ A; 3PGG A; 4C8Q B; 1VQM A; 2QDL A; 2FZG B; 3GBQ A; 4J5Y A; 2V8K A; 4RTZ A; 1IHV A; 3VS5 A; 3O8V A; 4PJJ A; 2IIM A; 5DLO A; 2RF0 A; 2BKD N; 1GRI A; 5D6Y A; 2ESW A; 3VU3 C; 2JT4 A; 2VV5 A; 5GAO q; 2GTJ A; 3M55 A; 3QJ6 A; 2P0K A; 1YI2 Q; 4EMK A; 3V8K A; 4Y28 E; 2O4X B; 4C8Q F; 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2HSE B; 3SWN A; 1VQ8 Q; 2QQR A; 4BE1 A; 1QVF A; 2E65 A; 5I21 A; 1WA7 A; 1IXD A; 3OYB A; 2MOX A; 3JCM d; 2RK1 A; 1Q82 R; 3OMG A; 1M1K U; 1YP5 A; 4BI3 A; 1G8X A; 2PUK B; 2DD5 A; 3OYI A; 1QCN A; 2DK3 A; 4DBQ A; 3CPW A; 2ROL A; 4IIM A; 1VQ4 T; 1WQW A; 4HKE A; 3QG1 A; 2DZC A; 4E7H A; 5KYX B; 4M7A F; 4F7U A; 2MYS A; 3QYG B; 3EG9 B; 3VS3 A; 3M4Y A; 3UT1 A; 3CC7 T; 3GNG A; 4BDY A; 1RAE B; 2ZGW A; 3WVE B; 1RI9 A; 4M75 A; 2QQS A; 1RAC B; 3ME9 A; 3MKD A; 2KRM A; 4J9B A; 3OBW A; 2KAF A; 1NEG A; 1OOT A; 3QPH A; 3OW2 A; 1WI7 A; 4M75 C; 3QO3 A; 5GAO m; 2CRE A; 1PD1 A; 3I9Q A; 3QYH B; 1KQ1 A; 2QAZ A; 1UHF A; 4QW2 A; 1G3Y A; 2PVO B; 4WF2 A; 5KE2 A; 4BDZ A; 2K57 A; 3OYD A; 2BE9 B; 4A4K A; 1OEB A; 4IIO A; 4M7A A; 3R6O A; 1K9M R; 2GQI A; 5GMK j; 1U3O A; 2R5A A; 4GLK A; 3JCM b; 4ANJ A; 3V8L A; 2ECZ A; 2FHD A; 2KNB B; 3M0R A; 4NL3 A; 3A8H B; 2YXY A; 3EHQ A; 3BE3 A; 4PJO B; 3A98 A; 2NLU A; 2CT4 A; 2KGT A; 4CC7 A; 1VQO A; 1VQP Q; 4M7A C; 4HCK A; 2H8H A; 3UAT A; 4PKC C; 3JB9 G; 3RER A; 4EMG A; 1M2O A; 3QJY A; 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