The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
|
sequence length |
105
|
structure length |
105
|
Chain Sequence |
GSLYAIVLYDFKAEKADELTTYVGENLFICAHHNCEWFIAKPIGRLGGPGLVPVGFVSIIDIATGYATGNDVIEDIKSVNLPTVQEWKSNIARYKASNISLGSVE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of a novel Cdc42-binding module of Bem1 and its interaction with Ste20 and Cdc42
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
Bud emergence protein 1
|
| total genus |
7
|
| structure length |
105
|
| sequence length |
105
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JXB A; 2K7A A; 4RTV A; 4OMO A; 3M0U A; 4LUD A; 3SHW A; 2LX7 A; 3TVT A; 2DX1 A; 1SRM A; 2CT3 A; 1NLO C; 1JEG A; 5HCK A; 1K0X A; 4JPB W; 1OPK A; 1X69 A; 4J9E A; 1PHT A; 3IQL A; 2EBP A; 1E6H A; 1UHC A; 3TSZ A; 2L3S A; 4HVV A; 1A0N B; 1V1C A; 2JS0 A; 4R0K A; 2EYZ A; 2AKK A; 2PTK A; 1PKS A; 2CSI A; 2J6K A; 1Z9Q A; 2GBQ A; 2LJ0 A; 1QWE A; 4OMQ A; 4Z8A A; 1OPL A; 1K4U S; 1B07 A; 2LQN A; 1E7O A; 1K76 A; 1AD5 A; 2L3P A; 4QT7 A; 1M27 C; 1H8K A; 3I9Q A; 1AOJ A; 1WIE A; 5IHN A; 1JO8 A; 2B86 A; 2CT4 A; 4A63 B; 2E5K A; 1N5Z A; 1VYV A; 3PVL A; 1JU5 C; 1BK2 A; 2O9V A; 2FEI A; 4LN2 A; 2KGT A; 2HBW A; 2J6O A; 1UE9 A; 1EFN A; 2X3W D; 1K1Z A; 1RLP C; 2IIM A; 1K9A A; 1M30 A; 2DL4 A; 2MOX A; 1HD3 A; 5FW9 A; 1UHF A; 3M0T A; 1T3S A; 2D8J A; 2FRY A; 2DIL A; 3VS5 A; 2LNH B; 1OEB A; 1RI9 A; 2JMA A; 1PRL C; 4HVU A; 1M8M A; 2LP5 A; 2DBK A; 2EVR A; 1QKW A; 2BZX A; 2JT4 A; 5GJW B; 1WYX A; 2J05 A; 2EYW A; 3VRZ A; 2L3Q A; 3R6N A; 3VRY A; 2VKN A; 4HXJ A; 2EPD A; 2JTE A; 2ED0 A; 2EGA A; 2RQR A; 3EG0 A; 4OMP A; 1UUE A; 2BZ8 A; 4HCK A; 3UAT A; 3RBB B; 1W70 A; 4LUE A; 2GQI A; 2KYM A; 1W6X A; 2YT6 A; 1GCQ C; 1S1N A; 1NEG A; 2KR3 A; 1CSK A; 5IXF A; 4IIO A; 4DEX A; 2NWM A; 1BBZ A; 3GBQ A; 2AKL A; 1JXO A; 2EQI A; 2KXC A; 2YUP A; 2AK5 A; 1UDL A; 2FPD A; 2A28 A; 2RQV A; 3M0Q A; 3O5Z A; 5I22 A; 2FPE A; 2DL8 A; 3VS0 A; 1ZUK A; 1X27 A; 1QWF A; 2RQW A; 1PKT A; 2RNA A; 1MUZ A; 3ZL7 C; 2O31 A; 5I11 A; 2P4R A; 2HSP A; 3UA6 A; 1TUC A; 2D1X A; 1ABO A; 4Z89 A; 2KXD A; 1FMK A; 1RLQ C; 2PZ1 A; 2O2O A; 2CUB A; 3VS7 A; 2EYY A; 2ABL A; 4CC2 A; 1PNJ A; 2SEM A; 2ENM A; 2FG0 A; 1CKA A; 3PE0 A; 5EC7 A; 1SPK A; 2W10 A; 5IXB A; 1NM7 A; 2X3X D; 2NUZ A; 3FJ5 A; 4FSS A; 2C0I A; 3H0H A; 3REA B; 1B3Q A; 2DE0 X; 2JM9 A; 2M0Y A; 3EHQ A; 2RPN A; 4CC7 A; 3M0R A; 1WXB A; 1YCS B; 4RTZ A; 2RQT A; 1OV3 A; 5L23 A; 3H0I A; 1SEM A; 2V1Q A; 2LQW A; 2A37 A; 1UEC A; 2EGE A; 3I35 A; 1JXM A; 1X2Q A; 4GBQ A; 4JJD A; 2LZ6 B; 2J7I A; 2KT8 A; 1X43 A; 1G2B A; 2DL7 A; 2BZY A; 2GNC A; 2L0A A; 2FO0 A; 4AG1 C; 3UF4 A; 4F16 A; 2HEQ A; 1PWT A; 2G6F X; 1NG2 A; 2KRO A; 2KT1 A; 4WCI A; 2KE9 A; 2JS2 A; 1HSQ A; 1SHG A; 1WXT A; 1Y57 A; 2LMJ A; 2K2M A; 1Y0M A; 1WX6 A; 1ZSG A; 2DA9 A; 4JJC A; 4J9B A; 2DM1 A; 1GFC A; 3TSW A; 2DLP A; 2C0O A; 4K11 A; 2LJ1 A; 4OML A; 2J6F A; 4RTW A; 5IHK A; 4JZ3 A; 3EG1 A; 4J9D A; 4F17 A; 4D8K A; 3CQT A; 4AG2 C; 2CH4 A; 1WI7 A; 2KRN A; 2DBM A; 4LNP A; 2MIO A; 5GJV B; 1I07 A; 4OMM A; 5ECA A; 2D0N A; 1BB9 A; 2F2V A; 1T0J A; 1K0S A; 1TUD A; 1ABQ A; 4HVW A; 1WLP B; 2I0N A; 2CUD A; 4RUG A; 2BTT A; 1YNZ A; 1NLP C; 1GBR A; 2YUO A; 2DRK A; 3VS3 A; 2DVJ A; 2K9G A; 1UJY A; 1AVZ C; 2DF6 A; 1KFZ A; 1X6B A; 2GTJ A; 3QWX X; 1QKX A; 1JQQ A; 1KIK A; 1AEY A; 1TG0 A; 1AWO A; 3THK A; 1XOV A; 5IHI A; 3VS1 A; 2K6D A; 3PVQ A; 3QWY A; 2F2X A; 3SEM A; 2JMC A; 1GCQ A; 1AWX A; 1WXU A; 3I5S A; 1RUW A; 3A98 A; 2VVK A; 3EG3 A; 2EKH A; 4JZ4 A; 1I0C A; 2J06 A; 1YWP A; 2O88 A; 2PNI A; 2MCN A; 1AWJ A; 1AZG B; 2EGC A; 2YDL A; 4RTX A; 2K3B A; 3ULR B; 4J9I A; 1H3H A; 1ARK A; 1GL5 A; 1CKB A; 1W1F A; 2V1R A; 3VS2 A; 4Z88 A; 4ORZ A; 4E6R A; 1YP5 A; 1I1J A; 2KBT A; 4F14 A; 2LCS A; 1GRI A; 4M4Z A; 2JM8 A; 4J9G A; 2DYB A; 2RN8 A; 3RNJ A; 1G83 A; 2YUN A; 1GCP A; 1H92 A; 4AFZ C; 2CH4 W; 1AZE A; 2L2P A; 2GGR A; 2H8H A; 4Y92 A; 3REB B; 4AFU C; 2EW3 A; 2ROT A; 4J9C A; 3EGU A; 2HCK A; 1BU1 A; 4ZNX A; 1VYU A; 1YN8 A; 3H41 A; 2KYB A; 4IIM A; 3VS4 A; 3H0F A; 2DJQ A; 5IH2 A; 3VS6 A; 2DL5 A; 3UA7 A; 2C0T A; 1X2K A; 2DNU A; 4AFQ C; 2RF0 A; 2YSQ A; 3NHN A; 4EIK A; 3NGP A; 1AWW A; 1WFW A; 1UTI A; 2OI3 A; 2KEA A; 1M3B A; 1SHF A; 2SRC A; 1GBQ A; 3KFV A; 1PRM C; 2A08 A; 2O9S A; 1NYG A; 2CRE A; 2EYX A; 1VA7 A; 4DEY A; 3C0C A; 2DRM A; 2VWF A; 1ZX6 A; 1VYT A; 2RMO A; 2CDT A; 3EG2 A; 2F2W A; 1MV3 A; 4JJB A; 1KJW A; 2A36 A; 1QCF A; 2GTO A; 1HJD A; 1SSH A; 1UJ0 A; 1ZUU A; 4D8D A; 4X1V A; 2XMF A; 1OOT A; 4OMN A; 4RTT A; 4AFS C; 1SRL A; 2ESW A; 2K79 A; 2ED1 A; 2FRW A; 2ECZ A; 3NPF A; 1M3A A; 1U06 A; 1GFD A; 3LH5 A; 3M0S A; 4J9F A; 1X6G A; 3U23 A; 1ZUY A; 1IO6 A; 1LCK A; 3M0P A; 1J3T A; 1Z9Z A; 2YUQ A; 1WA7 A; 4KRT A; 4RTY A; 3NMZ C; 2OAW A; 3I5R A; 1KSW A; 1UG1 A; 1NYF A; 1ZLM A; 2JW4 A; 1MV0 B; 1M3C A; 1ZBJ A; 4LE9 A; 5FWC A; 1YWO A; 2W0Z A; 2CSQ A; 1E6G A; 2AZS A; 2HDA A; 4ESR A; 1UFF A; 4CC3 A; 2FPF A; 1FYN A; 1UGV A; 2M51 A; 3JV3 A; 2ROL A; 4RTU A; 2KRS A; 3EHR A; 4CC4 B; 1NEB A; 2AZV A; 2OJ2 A; 4GLM A; 4J9H A; 1QLY A; 2DL3 A; 2D8H A; 1U3O A; 1U5S A; 2LJ3 A; 1T0H A; 1WDX A; 5FWB A; 2DMO A; 2QDL A; 2RQU A; 2KNB B; 2KRM A; 1T3L A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1QVF P; 1C1A A; 3PT9 A; 4RTV A; 3LWI A; 1G3W A; 4EMH A; 2JTM A; 2ZPB B; 1RAD B; 5GAM e; 2CT3 A; 3CCJ Q; 1VQ7 A; 3LGF A; 3GF5 A; 2EBP A; 1UHC A; 6AT1 B; 1VQ9 Q; 1UGR B; 4R0K A; 1YHQ Q; 4L59 A; 3JCM P; 2AKK A; 4PJO F; 2YRV A; 1VQ6 T; 3JCM Q; 3MEA A; 1H64 1; 1WHH A; 5GAN 8; 5GAN 4; 4HCB A; 2PU9 B; 1UGP B; 4Z8A A; 2EKO A; 3LH0 A; 1OPL A; 3NTI A; 1Q82 R; 3E1S A; 2ZPH B; 4Y91 A; 4MZP A; 1K76 A; 4BE0 A; 5GAN e; 4QT7 A; 3CC2 Q; 1JO8 A; 2RJC A; 5C0M A; 3QII A; 3M54 A; 3X28 B; 3HL8 A; 1K73 C; 1V76 A; 2L89 A; 1VQP A; 2FEI A; 3PFS A; 3P8D A; 2QEX Q; 4MZM A; 1NBE B; 1K1Z A; 2VGM A; 1RLP C; 4ELY C; 4M77 C; 1W2B P; 1HD3 A; 2DZ9 A; 1T3S A; 2D8J A; 1QVF A; 1OEB A; 3BE3 A; 1VQK Q; 4M7D B; 2QQS A; 3MET A; 2I2L A; 2VC8 A; 4RG2 A; 2YWW A; 1QVG A; 3QZ9 B; 2IG0 A; 5GAN 3; 4LDX A; 1GXI E; 2L5Q A; 3L2V A; 1VQO Q; 3CCJ A; 2CKK A; 3VRZ A; 1B34 B; 1K73 U; 1WJR A; 2VKN A; 4HXJ A; 1VQ9 A; 3CCR T; 1YHQ A; 1FWZ A; 2EPD A; 2HL3 A; 1ZQ1 A; 1VQM Q; 3VUB A; 2EFI A; 1UUE A; 2BZ8 A; 1SKU B; 3L2Q A; 3SB2 A; 4J5Y A; 1W2B S; 2Y4X A; 1M90 C; 2GQI A; 4DBR A; 1YIJ Q; 3CC2 A; 3HFO A; 1GCQ C; 1Q7Y C; 2FVU A; 1MGQ A; 3M59 A; 1M1G A; 2KR3 A; 3G7Z A; 1CSK A; 2QQ9 A; 4IIO A; 5D6W A; 2NWM A; 2NLU A; 1JXO A; 4JS4 A; 2DET A; 2BIV A; 2QEX A; 4JRP A; 2A28 A; 2RQV A; 3O5Z A; 5KYW A; 3JB9 F; 2FPE A; 2DL8 A; 4QVD A; 5IN1 A; 1DJ7 B; 1FX7 A; 1PKT A; 1MUZ A; 1OYX A; 4DQ2 A; 5I11 A; 1VQK A; 3M9Q A; 5GMK h; 2D1X A; 1Y7X A; 1M90 U; 2EYY A; 2E41 A; 3CC4 T; 1VQO A; 1Q7Y U; 2DVE A; 5A0L A; 3A8G B; 1M2V B; 3CCV T; 2JVV A; 4NL3 A; 1NM7 A; 2X3X D; 1KC8 R; 5CCA A; 4DOW A; 5CKF A; 2XDD A; 1N9R A; 3HFN A; 4M75 C; 3VJP A; 2C0I A; 1K9M R; 2KI7 A; 1B3Q A; 2DE0 X; 4EPC A; 1VQM A; 4IKF A; 4J6Y A; 2M0Y A; 4BE1 A; 1D0X A; 3CCM T; 4CC7 A; 2CZ7 B; 5GMK m; 3OYH A; 1YIJ A; 1I4K 1; 3E9G A; 4F04 B; 2LQW A; 2QTX A; 1D1B A; 2EGE A; 2DXU A; 1IXD A; 3G1J A; 3MPU B; 3TU4 K; 1OZ2 A; 5J26 A; 1X2Q A; 4GBQ A; 2KT8 A; 2AIR B; 1G2B A; 4E7J A; 2BZY A; 3C95 A; 2L0A A; 4C5E A; 4XTX A; 3HRU A; 4M77 B; 5AT1 B; 4M78 A; 1PSF A; 1VQL Q; 3RDV A; 1PWT A; 4HT8 A; 3KUF A; 2EJF A; 3JB9 I; 4KUI A; 1K8A U; 3OW2 S; 2ZPE B; 4IUT A; 1HSQ A; 2WAC A; 1KK7 A; 4CI0 C; 4C0G A; 2DLP A; 2C0O A; 4K11 A; 2DEU A; 2E3I A; 3A8M B; 3EG1 A; 4KT0 E; 4M7D E; 3CQT A; 3P8B B; 1KQ1 A; 1WI7 A; 1B7T A; 4PLI A; 1BI3 A; 1I07 A; 1MMG A; 4OB0 B; 5A2Q E; 4QKU A; 5ECA A; 2FHD A; 1ABQ A; 2DTI A; 3BDU A; 3EH2 A; 1S72 T; 2BTT A; 4XTY A; 2E65 A; 5CQY A; 1AVZ C; 4LDV A; 4PJO C; 4AMC A; 5LJ5 e; 1QKX A; 2HBP A; 1AEY A; 2DAQ A; 1C0M A; 2H3E B; 3X24 B; 3EGD A; 2K6D A; 4M78 F; 3PVQ A; 3QWY A; 2F2X A; 2QA4 T; 2JMC A; 1RAF B; 5CK9 A; 1BI2 A; 3BW1 A; 1VQL A; 2EKH A; 3L2Z A; 1I0C A; 1M9S A; 4C8Q D; 2DIQ A; 2J06 A; 3TRE A; 1YWP A; 2O88 A; 2PNI A; 2MCN A; 1AZG B; 2YDL A; 3CD6 Q; 4M7D D; 3ULR B; 5GAM h; 2KMT A; 2RK1 A; 1ARK A; 1CKB A; 1W1F A; 4ORZ A; 4NL2 A; 2RHI A; 1GRI A; 3RKY A; 2IPO B; 1EZZ B; 4M75 B; 2OTL T; 1G83 A; 3Q1J A; 2X4X A; 1YJ9 T; 1GCP A; 1PM3 A; 4AFZ C; 2ZPI B; 1G8X A; 1AZE A; 5GMK i; 3SFM A; 5GAN h; 4M7A A; 1OQK A; 4Y92 A; 3REB B; 2VAS A; 1BU1 A; 1VYU A; 5KE2 A; 1N27 A; 3QBY A; 4RKU E; 3ME9 A; 3VS4 A; 1M5Q 1; 2E6N A; 1X2K A; 2DNU A; 2PQW A; 2YSQ A; 3QO3 A; 4X9D A; 4ANJ A; 4ZTJ A; 1SHF A; 2SRC A; 1PRM C; 4OF1 A; 4XU0 A; 2NUT B; 4F7U B; 4M77 E; 3QYH B; 1M1K R; 3CD6 A; 1VQ7 T; 2VWF A; 4C92 D; 2DO3 A; 2RM4 A; 2DK3 A; 5KH6 A; 2DYI A; 2CDT A; 2AT1 B; 3ZBD A; 2XIC A; 4FCY A; 3RUX A; 4C0D C; 2XID A; 5FLX E; 3M4G A; 3EFR A; 1RAH B; 2K3X A; 2F69 A; 4FYV B; 1OOT A; 4OMN A; 4M7A F; 3AT1 B; 3OYM A; 2LQ8 A; 1SRL A; 4PJO B; 2QK0 A; 3RR6 A; 1VQP T; 3NPF A; 2DEQ A; 1D0Y A; 1M2O A; 3JB9 H; 3LH5 A; 2PVO B; 4OB3 B; 2ZAE A; 1O75 A; 3P8H A; 1PD1 A; 2X4Y A; 3URG A; 4LE9 A; 5FWC A; 2VUB A; 4TVR A; 5KYX B; 1YI2 Q; 2KK4 A; 1JJ2 S; 1M1F A; 3MP6 A; 2BE9 B; 3CCJ T; 2HDA A; 3GLX A; 4CC3 A; 4CRI A; 2F1L A; 3PMI A; 2ROL A; 2XDB A; 4CC4 B; 3LYI A; 3I56 T; 4GLM A; 2OJ2 A; 4KBM B; 1QLY A; 3RKW A; 2D8H A; 4HKE A; 2DMO A; 1D0Z A; 2K7A A; 4XU1 A; 3CC2 T; 3M0U A; 4M75 E; 1QMC A; 4LUD A; 3OSS C; 4BI4 A; 4DBH A; 4A4G A; 2KAF A; 3CXC P; 3HRT A; 2DX1 A; 1SRM A; 2ZZD A; 1NLO C; 5HCK A; 3GPL A; 2P0K A; 3GNG A; 3CCL Q; 1PHT A; 3IQL A; 2L3S A; 2CP0 A; 2FZK B; 3NTK A; 1A0N B; 2JS0 A; 5M9O A; 1PKS A; 1XNI A; 3M57 A; 1Z9Q A; 1QW1 A; 4FSX A; 1VQK T; 3OS1 A; 2DTO A; 1K4U S; 2LQN A; 1HXD A; 2JTF A; 2ZPG B; 2E3H A; 1YI2 A; 1Q95 G; 1M27 C; 3I9Q A; 4IUP A; 2ZGW A; 3BDL A; 4FL6 A; 1WIE A; 1VQO T; 2JNG A; 5IHN A; 4JRI A; 4M78 C; 3V7S A; 3CXC S; 1VYV A; 2QGG A; 1JU5 C; 3L1A A; 4C0D B; 2KGT A; 4QQG A; 3OSV A; 3X26 B; 1UE9 A; 4F7U E; 1VQM T; 2DXB A; 2O01 E; 2MPX C; 4ATO A; 5FW9 A; 1UHF A; 1WNL A; 4C8Q G; 2P0Q A; 3LGL A; 3VS5 A; 1YIJ T; 2LNH B; 3MEU A; 1PRL C; 3OYL A; 4M7D G; 3KXT A; 2E12 A; 1M8M A; 2LP5 A; 2XHC A; 1RAE B; 2DBK A; 1G3S A; 1N6A A; 2COW A; 4FYY B; 3CXC A; 5GAM f; 2JT4 A; 5GJW B; 1TTH B; 2QQB A; 3QDR B; 3CCL A; 2RHY A; 4A4F A; 1WGS A; 1QVP A; 1X75 C; 4PJO E; 1ACM B; 1BIB A; 3OYY A; 1IZ6 A; 2EGA A; 3CME Q; 4OMP A; 3VV0 A; 3DB3 A; 1XQH A; 3RBB B; 3MJX A; 3OS0 A; 4LUE A; 3JCM e; 5KYW B; 3CC7 T; 2KYM A; 5GAN f; 2YT6 A; 2JZ2 A; 1Q81 R; 2BKD N; 2DFU A; 4C5I A; 1WQW A; 4C5H A; 5IXF A; 4QQD A; 3G4S Q; 5GAM g; 4DEX A; 1BBZ A; 3GBQ A; 2M16 A; 3QKJ A; 4MML A; 4BY6 C; 2EQK A; 8ATC B; 3ASK A; 3M55 A; 2EYQ A; 2LCC A; 5LJ5 j; 1UDL A; 1LPL A; 3M0Q A; 3DLL A; 4RG8 A; 5I22 A; 3HRS A; 3CBP A; 3OQ5 A; 3RIR A; 1ZUK A; 5D6X A; 2QG9 B; 2RO0 A; 2DJZ A; 2RQW A; 2P84 A; 2E70 A; 3UT1 A; 5DM7 R; 3LWH A; 1QVG P; 3FJP A; 4ZN1 A; 3RER A; 4C92 G; 5FRN A; 3S3M A; 2KXD A; 3AHU A; 2PZ1 A; 5GAN g; 3VS7 A; 2E10 A; 2HQE A; 2SEM A; 2FG0 A; 3TQ7 P; 5GAO n; 4M7A C; 3M58 A; 2W10 A; 5IXB A; 4UC4 A; 3E9F A; 5CKH A; 2AHJ B; 3FJ5 A; 3PTA A; 1KHC A; 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