The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
66
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structure length |
66
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Chain Sequence |
DNFIYKAKALYPYDADDDDAYEISFEQNEILQVSDIEGRWWKARRANGETGIIPSNYVQLIDGPEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Genomics of Yeast SH3 Domains
rcsb |
| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
PROTEIN SSU81
|
| total genus |
13
|
| structure length |
66
|
| sequence length |
66
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-12-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DBM A; 1PWT A; 2NUZ A; 4DEY A; 2B86 A; 2K9G A; 2O2O A; 3O5Z A; 4CC2 A; 1ABQ A; 2LJ1 A; 2X3W D; 4HCK A; 3UA7 A; 1N5Z A; 2KNB B; 3VS1 A; 4GLM A; 3UF4 A; 3TVT A; 3R6N A; 2OI3 A; 1UUE A; 1I0C A; 5ECA A; 2RNA A; 2RQW A; 4J9C A; 2DA9 A; 1X27 A; 4K11 A; 1WFW A; 2L0A A; 2SRC A; 1YNZ A; 3GBQ A; 2LJ3 A; 3UAT A; 3M0S A; 1NLP C; 2JS2 A; 2ROT A; 5FWC A; 4FSS A; 2ED0 A; 3FJ5 A; 2KEA A; 2DL8 A; 2J7I A; 1ZX6 A; 2VVK A; 2DRM A; 3I5S A; 2C0O A; 4E6R A; 3VS6 A; 2XMF A; 4A63 B; 1OOT A; 1UEC A; 1CKB A; 3NPF A; 4F16 A; 2V1Q A; 2SEM A; 1BK2 A; 1NG2 A; 2RMO A; 2KYM A; 2JMC A; 5EC7 A; 2J6O A; 1J3T A; 2RQT A; 1PKS A; 4J9F A; 2PNI A; 4OMN A; 2J6F A; 3EHR A; 5IHN A; 2J06 A; 1A0N B; 3M0Q A; 1SSH A; 1MUZ A; 4CC4 B; 1AVZ C; 2VWF A; 4M4Z A; 2DYB A; 2KRO A; 4RTV A; 1TUD A; 5IH2 A; 1PHT A; 1T3S A; 1WXB A; 1ABO A; 4JJB A; 1YCS B; 1UHF A; 2E5K A; 2RQU A; 2MOX A; 4OMQ A; 5HCK A; 1B07 A; 1K76 A; 2CT4 A; 3I35 A; 2K7A A; 2AKK A; 3EG3 A; 1Y0M A; 3H0F A; 2O31 A; 1FMK A; 1VYT A; 1YWP A; 2OJ2 A; 1CSK A; 1M3C A; 1M3A A; 1H8K A; 3VS3 A; 4KRT A; 1Z9Q A; 4JJC A; 2AZS A; 2EGA A; 1KIK A; 4JPB W; 2FO0 A; 4RTU A; 2DL4 A; 1QKW A; 5I11 A; 4OMO A; 2KRM A; 1CKA A; 3IQL A; 3UA6 A; 1X6B A; 1PKT A; 1EFN A; 1UG1 A; 1U3O A; 1H92 A; 2CUD A; 3REA B; 2CDT A; 2F2X A; 1PRL C; 2BZY A; 1M27 C; 2W10 A; 2KR3 A; 3EG2 A; 1QLY A; 1QKX A; 2JXB A; 2EPD A; 2L3P A; 3VRZ A; 1UFF A; 4RTY A; 1AWX A; 2A37 A; 3M0P A; 1U06 A; 2PTK A; 5FW9 A; 1T0J A; 4F17 A; 4D8D A; 1FYN A; 2FPE A; 2YUP A; 2KT1 A; 1SHG A; 1GCP A; 2J05 A; 2DE0 X; 1AWO A; 1MV3 A; 1NYF A; 2AZV A; 1GBR A; 4CC7 A; 2CH4 A; 1T3L A; 4OMP A; 1SEM A; 1YP5 A; 3PVQ A; 2DMO A; 3H0H A; 2DX1 A; 2AKL A; 2EBP A; 2O9S A; 1ARK A; 1RUW A; 1Z9Z A; 2KRN A; 1JQQ A; 1K9A A; 2EKH A; 4R0K A; 3NGP A; 2ENM A; 1WXT A; 1WIE A; 4HXJ A; 2OAW A; 4WCI A; 3SHW A; 2JS0 A; 1U5S A; 1NYG A; 2H8H A; 2LQN A; 1UE9 A; 1WYX A; 3RBB B; 2ESW A; 2EYY A; 2EYW A; 2G6F X; 1YN8 A; 2DJQ A; 4Z8A A; 3QWY A; 1XOV A; 2F2V A; 2K2M A; 1JO8 A; 3PVL A; 4J9B A; 1I07 A; 2KT8 A; 4RTT A; 4AG1 C; 2DL3 A; 1B3Q A; 1K0X A; 2DBK A; 2JW4 A; 1WI7 A; 3JV3 A; 2A28 A; 3TSW A; 1SHF A; 2AK5 A; 5GJV B; 1K4U S; 1H3H A; 1VA7 A; 2JMA A; 2EQI A; 4Z89 A; 4J9I A; 2DRK A; 1NLO C; 2KXC A; 1OPK A; 4F14 A; 2A08 A; 1QCF A; 3I9Q A; 3ULR B; 2KBT A; 3VS5 A; 2HCK A; 4ESR A; 4LUE A; 1M30 A; 1S1N A; 1YWO A; 2CH4 W; 2HEQ A; 2I0N A; 1E6H A; 1QWE A; 1IO6 A; 4RTW A; 4LUD A; 4EIK A; 1AZE A; 1AOJ A; 4AFU C; 1GFC A; 4X1V A; 2DNU A; 2KYB A; 4RTX A; 4IIO A; 1HSQ A; 3H0I A; 4HVW A; 1WXU A; 1WLP B; 3REB B; 2YDL A; 1X6G A; 2CUB A; 1RI9 A; 1QWF A; 1NEB A; 2GTJ A; 1HD3 A; 2LP5 A; 1K0S A; 4AG2 C; 1HJD A; 2BZ8 A; 2LMJ A; 3I5R A; 2D0N A; 2DM1 A; 4J9G A; 4CC3 A; 2ROL A; 1M3B A; 2GQI A; 2IIM A; 2C0I A; 2EYZ A; 1E7O A; 4Y92 A; 2JM9 A; 1OEB A; 2LNH B; 2FPD A; 2ED1 A; 1E6G A; 5I22 A; 1GRI A; 1LCK A; 1W1F A; 1GBQ A; 2JTE A; 2QDL A; 1G2B A; 2CSI A; 2JM8 A; 2MIO A; 1SPK A; 2NWM A; 1PNJ A; 2YUN A; 3EGU A; 1OV3 A; 1KFZ A; 2O88 A; 1AZG B; 2FPF A; 1W70 A; 3VS0 A; 3M0T A; 2HDA A; 2YUQ A; 1GCQ C; 1UJ0 A; 3H41 A; 1VYV A; 3VS7 A; 2CRE A; 2L3S A; 2EGE A; 4LE9 A; 1BB9 A; 4ZNX A; 1NM7 A; 2ECZ A; 3CQT A; 1UDL A; 1RLQ C; 2F2W A; 4IIM A; 2BZX A; 1X2K A; 2LZ6 B; 2M0Y A; 1AEY A; 1BU1 A; 2A36 A; 2P4R A; 2V1R A; 3TSZ A; 1PRM C; 1GCQ A; 2HBW A; 1ZUY A; 2PZ1 A; 1SRL A; 1JXM A; 1ZUU A; 1ZBJ A; 2DL7 A; 4OML A; 3EHQ A; 2BTT A; 2RQV A; 3M0U A; 4J9D A; 5IHI A; 3RNJ A; 3ZL7 C; 2GBQ A; 3EG0 A; 1ZUK A; 3LH5 A; 2FRY A; 2K79 A; 2HSP A; 1ZSG A; 4JZ4 A; 2M51 A; 2RQR A; 1X69 A; 4J9E A; 1MV0 B; 1UJY A; 2LQW A; 4ORZ A; 3NMZ C; 2FG0 A; 2RF0 A; 2MCN A; 1JU5 C; 5IXF A; 3SEM A; 2RPN A; 1UTI A; 4JZ3 A; 1AWJ A; 4HVU A; 2D8H A; 2D1X A; 2ABL A; 2W0Z A; 2EW3 A; 1JEG A; 2DL5 A; 1Y57 A; 1NEG A; 1M8M A; 4Z88 A; 2X3X D; 2EVR A; 4DEX A; 2RN8 A; 5IHK A; 2YT6 A; 1VYU A; 2LX7 A; 3KFV A; 4AFZ C; 2KRS A; 1UHC A; 2VKN A; 1UGV A; 4AFS C; 3A98 A; 2KGT A; 4JJD A; 1G83 A; 1ZLM A; 1K1Z A; 1TG0 A; 3THK A; 3VRY A; 2EYX A; 3VS4 A; 5IXB A; 1KSW A; 2C0T A; 1GL5 A; 3C0C A; 4J9H A; 2JT4 A; 3NHN A; 2GNC A; 5FWB A; 1JXO A; 3EG1 A; 1SRM A; 1BBZ A; 2FRW A; 2CT3 A; 4GBQ A; 1T0H A; 1KJW A; 3PE0 A; 2K3B A; 1V1C A; 2D8J A; 4D8K A; 1WA7 A; 2K6D A; 1AD5 A; 3M0R A; 1WX6 A; 2FEI A; 4AFQ C; 2YSQ A; 2DF6 A; 1AWW A; 4HVV A; 1X2Q A; 2KXD A; 2LCS A; 2O9V A; 2DLP A; 1RLP C; 2J6K A; 1WDX A; 4RUG A; 2GTO A; 2L3Q A; 3U23 A; 1W6X A; 1I1J A; 2DVJ A; 5GJW B; 3QWX X; 4LN2 A; 4OMM A; 1OPL A; 2CSQ A; 2EGC A; 2L2P A; 4QT7 A; 3VS2 A; 2KE9 A; 4LNP A; 5L23 A; 2YUO A; 2DIL A; 4RTZ A; 2LJ0 A; 1GFD A; 1TUC A; 2GGR A; 1X43 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1PWT A; 2ZZD A; 1AT1 B; 3FLG A; 3OYK A; 2B86 A; 4CC2 A; 1ABQ A; 2WSE E; 3G6E Q; 4E7I A; 3UA7 A; 3M5A A; 1UEB A; 2DXT A; 2DZC A; 2JTF A; 4OGE A; 3OBY A; 4BDZ A; 3CXC P; 4C92 C; 1I0C A; 1F1B B; 2RNA A; 2BIV A; 2MMP A; 2QQ9 A; 2V8K A; 5CVI A; 2E6N A; 1X27 A; 5EG2 A; 4PFZ A; 1OU8 A; 2XID A; 3CMA T; 1WFW A; 3LGL A; 4C92 D; 1VQ4 A; 2RA2 A; 2LJ3 A; 2GF7 A; 2MYS A; 1NLP C; 1QCN A; 2ED0 A; 3C95 A; 1YJW T; 4PL6 A; 3JB9 J; 3C4S A; 2C0O A; 3VS6 A; 1YI2 T; 3EH1 A; 1UEC A; 2D9T A; 3M9Q A; 4FU6 A; 4M78 D; 3NPF A; 1NBE B; 1M1F A; 4F16 A; 2HL5 C; 1Q81 C; 3AHU A; 2QGF B; 1BK2 A; 3J81 E; 3JCM b; 1J3T A; 2K4Y A; 2J6F A; 1B34 A; 5IHN A; 2JVV A; 3MEU A; 4BD3 A; 2XKO C; 4M7A C; 3VUB A; 3SFM A; 3CME A; 1AVZ C; 4X9D A; 3JB9 F; 2DYB A; 4FL6 A; 1PHT A; 1RAH B; 2A0F B; 2WSF E; 2R5M A; 2HAX A; 4M7A D; 3VYH B; 1YHQ T; 2XU8 A; 2QEX Q; 4E7L A; 5LL6 S; 3GPL A; 1FX7 A; 4EPC A; 5HCK A; 1M4Z A; 4FSX A; 5KYN A; 1OUL A; 1KHI A; 2CT4 A; 3I35 A; 1RAD B; 3LH0 A; 3JSC A; 1FMK A; 5FU7 B; 3CCV Q; 2OJ2 A; 1AHJ B; 1CSK A; 1TXQ A; 4O5V A; 1K9M U; 4A54 A; 4DOV A; 1Z9Q A; 2AZS A; 1KIK A; 4N4H A; 4RTU A; 4OMO A; 5FU6 C; 5CAI A; 1S72 A; 3MKD A; 3I56 T; 3OW2 P; 1PKT A; 2VV5 A; 3PMT A; 1Q86 R; 1UG1 A; 3V7R A; 5GAM g; 1U3O A; 4EMK A; 2CUD A; 2F2X A; 2DXC A; 2NUP A; 2BZY A; 5LJ3 h; 3CEY A; 1D1C A; 3VRZ A; 2EPD A; 3MJX A; 1VQ7 T; 4RTY A; 2A37 A; 3M0P A; 4MDW A; 4C8Q G; 4DA4 A; 2VGM A; 1X75 C; 3PT9 A; 1T0J A; 4F17 A; 2DAQ A; 4BE0 A; 1M9S A; 2KT1 A; 4RG8 A; 3TCJ A; 1SHG A; 2HL3 A; 1MV3 A; 2CP2 A; 2F5T X; 4C0F A; 5GMK e; 1YP5 A; 2K57 A; 1NJI U; 1ZSZ B; 1D0X A; 2EBP A; 3HPW A; 2O9S A; 4MZT A; 1RUW A; 1EZZ B; 1RAG B; 1Z9Z A; 2IVW A; 1K9A A; 4R0K A; 4A4F A; 3NGP A; 2EAY A; 4EMH A; 4C8Q F; 4X9C A; 2ZPF B; 4OB2 B; 4HXJ A; 2OAW A; 3SHW A; 2JS0 A; 3CPW P; 2RD1 A; 2XI9 A; 2H8H A; 1UE9 A; 3RR6 A; 3GP8 A; 4J7F A; 1W2B P; 3Q1J A; 3CCQ Q; 3S3M A; 1YN8 A; 3QPH A; 3CXC A; 4XTW A; 3QWY A; 1VQ5 Q; 3G4S A; 2LC4 A; 2KT8 A; 4RTT A; 1KQ2 A; 4AG1 C; 2DBK A; 3LWI A; 3J7A F; 3CCR Q; 4M75 G; 1LJO A; 1N9S A; 3LLR A; 1K4U S; 4BY6 C; 1H3H A; 2JMA A; 1OI1 A; 5L8R E; 4JRP A; 2EQI A; 2VYT A; 3I9Q A; 3ULR B; 3CCM Q; 4Y28 E; 4M78 G; 2RJD A; 3X26 B; 3CD6 T; 2CKK A; 1YWO A; 4PLL A; 5KYW B; 3EGX A; 2I0N A; 3SWN A; 4RTW A; 1WHL A; 4EIK A; 3UPU A; 4C92 F; 1AOJ A; 2YRC A; 4AFU C; 4AMC A; 2LVM A; 1GFC A; 5GAN h; 5KCH A; 4IIO A; 4EMK C; 4PJO E; 1WPY A; 2F69 A; 1K9M R; 1KD1 U; 1Q86 C; 2GFA A; 5GAO p; 4LDX A; 3HSB A; 1UGP B; 4A4E A; 3GNG A; 3REB B; 2CUB A; 1LNX A; 4M75 B; 2QXF A; 1C1A A; 4M7D A; 1VQL A; 3E9F A; 3OMG A; 3CCJ A; 1VQO A; 3ME9 A; 5HY6 A; 2RH2 A; 4BAC A; 2DVE A; 1RAA B; 2DIG A; 4CC3 A; 3H6Z A; 5GAM e; 2D6F A; 4ZGE B; 1ZBX A; 3A8L B; 1QCO A; 1X01 A; 3LW5 E; 3CCU T; 4M78 B; 1E7O A; 2JM9 A; 1Y07 A; 1RI0 A; 3OW2 A; 4J5Y A; 1NPP A; 3SD4 A; 1E6G A; 2NUT A; 1RAB B; 5I22 A; 1GRI A; 1B7T A; 1GBQ A; 2JTE A; 4M7A F; 1M5Q 1; 2CSI A; 1NJI R; 1SPK A; 1SSF A; 4NOY A; 1OV3 A; 1GXI E; 3MEA A; 3OBW A; 5GAO r; 1BCO A; 3M55 A; 1GCQ C; 3J80 E; 3M56 A; 5KCO A; 3ZFJ A; 3EFO B; 3OS1 A; 2L3S A; 2MWP A; 4LE9 A; 5GAN 3; 3M4G A; 5FRN A; 1Q95 G; 1NM7 A; 4RCB A; 1VQN T; 2BZX A; 2M0Y A; 2A36 A; 2P4R A; 2DTH A; 2V1R A; 3QKJ A; 3CME Q; 4LDW A; 4E7S A; 1PRM C; 2HBW A; 4A53 A; 3KUF A; 3NFC A; 1ZUU A; 1ZBJ A; 2DL7 A; 5J26 A; 2BTT A; 2QYZ A; 3M0U A; 4PFP A; 4J9D A; 5FLX E; 5IHI A; 4HT8 A; 3RNJ A; 2H3E B; 1ACM B; 2QDY B; 3GIB A; 5GAN 7; 1W2B A; 2FRY A; 1U8R A; 1Y7X A; 2RJC A; 1G5V A; 5LJ3 j; 2A7Y A; 1QP3 A; 1X69 A; 1UJY A; 3G6E A; 3NMZ C; 1JU5 C; 2V8J A; 3DB4 A; 4ZGJ B; 1AWJ A; 3QBY A; 4QQ6 A; 5D6X A; 2NYS A; 2D1X A; 2ABL A; 4QVD A; 2ZCF B; 1K9M C; 3CXC S; 3OYY A; 1VQM T; 3EAE A; 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2LCL A; 5FWC A; 3EG9 B; 1IXD A; 3FJ5 A; 4C92 A; 2DL8 A; 2EKO A; 1UGS B; 2VVK A; 3N5B B; 2DRM A; 1N9R A; 5GAN d; 2XMF A; 4A63 B; 1KD1 C; 1TUG B; 1CKB A; 1PD1 A; 4BDY A; 4QW2 A; 2KYM A; 1VQL Q; 1PKS A; 1VQO Q; 3EHR A; 3JCM Q; 2J06 A; 3L2W A; 4NS5 A; 3KXT A; 3M0Q A; 4N4G A; 4IUU A; 4E47 A; 2VWF A; 2RJE A; 1M1K U; 1M2V A; 5IH2 A; 4BUG A; 4LD9 K; 1YJW A; 2RI5 A; 2COW A; 4JJB A; 2E4H A; 1UHF A; 3P8D A; 2RQU A; 4M7A A; 4OMQ A; 2VB6 A; 3RDV A; 1TS9 A; 1KC8 R; 3X25 B; 2LT1 A; 3L2V A; 2RHZ A; 4DBF A; 1BI3 A; 4M77 F; 4RG2 A; 1M3C A; 3VS3 A; 3SB2 A; 3CCM A; 4M7D G; 3H9N A; 3IQL A; 2FYK A; 1X6B A; 2LDM A; 3JCM J; 2PU9 B; 3REA B; 2K3Y A; 1M27 C; 1WHJ A; 3EG2 A; 4BI3 A; 2V26 A; 2JXB A; 2CS7 A; 4N0A A; 1U06 A; 4IUT A; 5FW9 A; 3BE3 A; 1FYN A; 1QVF A; 1YBY A; 3EGX B; 2QI2 A; 3SWN B; 1KG1 A; 2MF2 A; 3GOX A; 4KH1 B; 2DE0 X; 1NYF A; 1TOV A; 2AZV A; 1UB4 A; 2CH4 A; 4OMP A; 1SEM A; 3A8G B; 4C0D C; 2DMO A; 2DX1 A; 3FRN A; 4HA8 A; 3I56 A; 1ARK A; 1BI0 A; 4C8Q E; 4LDY A; 4KUL A; 2ENM A; 1OQK A; 5LJ3 g; 1OZ3 A; 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