The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
4
|
sequence length |
81
|
structure length |
81
|
Chain Sequence |
GSSGSSGDSIVSAEAVWDHVTMANRELAFKAGDVIKVLDASNKDWWWGQIDDEEGWFPASFVRLWVNQEDEVEEGSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain from Rho guanine nucleotide exchange factor 9
rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Rho guanine nucleotide exchange factor 9
|
| total genus |
4
|
| structure length |
81
|
| sequence length |
81
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5GJV B; 1M30 A; 2PZ1 A; 1G2B A; 1NM7 A; 4OMM A; 4ORZ A; 5I22 A; 2JW4 A; 5I11 A; 1AWJ A; 1GCQ A; 1IO6 A; 4E6R A; 4ESR A; 4J9B A; 4AFZ C; 1TUC A; 2CRE A; 1UUE A; 3M0T A; 1X43 A; 1FYN A; 5IHN A; 1I0C A; 2LCS A; 1UJY A; 1J3T A; 2L3P A; 1HSQ A; 2A36 A; 1K4U S; 1UJ0 A; 4RTX A; 3EHQ A; 1NYF A; 1WA7 A; 3H0I A; 2EGA A; 2I0N A; 2SRC A; 1ZSG A; 1BK2 A; 1UFF A; 2RQT A; 4D8K A; 2DL3 A; 2JXB A; 3EHR A; 2HCK A; 1AD5 A; 1SRL A; 3M0S A; 5IH2 A; 4CC3 A; 2KXC A; 1ZBJ A; 1NYG A; 2AK5 A; 3VRZ A; 1NG2 A; 2JM9 A; 1PKT A; 2FEI A; 2GQI A; 3VS0 A; 4JJD A; 2DL7 A; 2VWF A; 4RTU A; 2MCN A; 3I5R A; 5IXB A; 2AZS A; 2L0A A; 1SEM A; 2JS2 A; 4OML A; 2O88 A; 1PRM C; 1MV3 A; 3REB B; 1NLO C; 2ESW A; 1JEG A; 2VVK A; 2F2X A; 1VYU A; 1W70 A; 2DBK A; 3EG1 A; 1AZG B; 2LMJ A; 1CSK A; 1UE9 A; 1KJW A; 1WX6 A; 2B86 A; 2FG0 A; 1EFN A; 1MV0 B; 4IIM A; 3ULR B; 2LNH B; 4JZ3 A; 2DF6 A; 4F16 A; 5IXF A; 3M0R A; 2K79 A; 5FW9 A; 4RTY A; 1VYV A; 2KBT A; 1OOT A; 3THK A; 2D0N A; 3A98 A; 4JPB W; 2ROT A; 4QT7 A; 2BZ8 A; 2O9S A; 4LN2 A; 3VS6 A; 2K3B A; 2KYB A; 3EG2 A; 2DRK A; 2LJ0 A; 3RNJ A; 3EG3 A; 1BU1 A; 2MOX A; 2ED1 A; 1OV3 A; 1RLQ C; 2DA9 A; 2KGT A; 1UHF A; 1VYT A; 5FWB A; 2KXD A; 3REA B; 1WFW A; 1JO8 A; 4J9C A; 2KRS A; 1ZUU A; 1HD3 A; 5EC7 A; 2CT4 A; 2DL4 A; 4AFU C; 2A08 A; 5HCK A; 2NUZ A; 3TVT A; 4ZNX A; 1UGV A; 1WXU A; 1W1F A; 1QCF A; 1X6G A; 1WYX A; 1T0H A; 2EYX A; 1KIK A; 2FO0 A; 1U5S A; 2PTK A; 1YP5 A; 1ZX6 A; 1E6H A; 2CT3 A; 2EYY A; 2DBM A; 1GBR A; 2KNB B; 3SEM A; 1WDX A; 1CKB A; 2JM8 A; 3VS7 A; 1QWE A; 2FPF A; 2DLP A; 1JU5 C; 2EYW A; 3M0P A; 2JMA A; 2O9V A; 3PVQ A; 2DRM A; 2KT1 A; 2JT4 A; 4Z8A A; 2C0I A; 2J06 A; 2J6K A; 2LP5 A; 3UF4 A; 2CSI A; 1U3O A; 2KRN A; 1X27 A; 2EQI A; 2HBW A; 3UA6 A; 2V1Q A; 4K11 A; 1T3L A; 1NEG A; 2FPE A; 4JJC A; 1K0S A; 3UAT A; 1WI7 A; 4AG1 C; 2GBQ A; 2GTJ A; 4RUG A; 4Z88 A; 1X2K A; 1K1Z A; 3C0C A; 2RF0 A; 2J7I A; 2LX7 A; 2YT6 A; 2GNC A; 1WXB A; 2G6F X; 2M0Y A; 3KFV A; 4HCK A; 2QDL A; 2EW3 A; 2EVR A; 1Y0M A; 3SHW A; 1GCQ C; 3PVL A; 4RTZ A; 2DM1 A; 2KE9 A; 1PNJ A; 1QKW A; 4LUD A; 1U06 A; 4F14 A; 2RQR A; 1UHC A; 2CH4 W; 2D1X A; 1MUZ A; 2LJ3 A; 4CC2 A; 2XMF A; 2YSQ A; 5IHK A; 4LUE A; 2BZY A; 1X2Q A; 1XOV A; 1JXO A; 4EIK A; 1M8M A; 1M27 C; 2GTO A; 1N5Z A; 2CH4 A; 2EKH A; 3LH5 A; 1OPL A; 1JQQ A; 1H92 A; 2K2M A; 1K76 A; 2KRO A; 2SEM A; 4FSS A; 4RTT A; 2KT8 A; 5IHI A; 4X1V A; 1Y57 A; 2M51 A; 1T0J A; 3VS3 A; 2AKK A; 3TSW A; 2DL5 A; 4JJB A; 2ENM A; 1V1C A; 2L2P A; 1H8K A; 4OMO A; 4F17 A; 4IIO A; 1YWO A; 1SHF A; 1ABO A; 1GFC A; 1H3H A; 2EBP A; 4Y92 A; 1BBZ A; 1JXM A; 2K7A A; 2DYB A; 3VS1 A; 2X3X D; 2RNA A; 2LQW A; 1ZUK A; 1E6G A; 1AWX A; 1B07 A; 1YN8 A; 1ZLM A; 2H8H A; 3NHN A; 2EYZ A; 3IQL A; 1BB9 A; 4J9I A; 4CC4 B; 2J05 A; 3I35 A; 3NMZ C; 2CSQ A; 3U23 A; 1Z9Q A; 1NLP C; 2BTT A; 2DE0 X; 2DMO A; 3I5S A; 2MIO A; 3H0H A; 1QWF A; 1LCK A; 2J6F A; 4LE9 A; 4HVU A; 3JV3 A; 4LNP A; 1W6X A; 4WCI A; 4Z89 A; 3PE0 A; 1X69 A; 4HXJ A; 1I1J A; 1ZUY A; 2F2W A; 4A63 B; 2DL8 A; 1UTI A; 1GCP A; 2DX1 A; 4J9G A; 1RI9 A; 2KR3 A; 1OPK A; 1AEY A; 3GBQ A; 3VRY A; 4KRT A; 5ECA A; 1X6B A; 2ROL A; 2RQV A; 2W0Z A; 3VS4 A; 2AZV A; 1GBQ A; 2EGE A; 3QWY A; 1S1N A; 2JTE A; 4J9D A; 1UDL A; 2FRY A; 1SPK A; 2HSP A; 1YNZ A; 2YUN A; 1QLY A; 2ABL A; 4DEY A; 4OMN A; 2KEA A; 2HEQ A; 1TG0 A; 2ED0 A; 1SSH A; 1HJD A; 1AOJ A; 2RQU A; 4R0K A; 3RBB B; 4J9H A; 1KSW A; 1PHT A; 2D8J A; 2X3W D; 1GL5 A; 4JZ4 A; 3QWX X; 3EG0 A; 2OI3 A; 1RLP C; 3UA7 A; 1YCS B; 3TSZ A; 1Z9Z A; 2BZX A; 1UEC A; 5L23 A; 1FMK A; 1PRL C; 2VKN A; 2A37 A; 3H0F A; 4GBQ A; 2P4R A; 3M0U A; 4OMQ A; 2DNU A; 2YUQ A; 2V1R A; 4M4Z A; 2RQW A; 1AVZ C; 1PWT A; 3M0Q A; 1GRI A; 1AWO A; 1UG1 A; 2KRM A; 1YWP A; 3VS2 A; 2O31 A; 2D8H A; 2CUD A; 1SHG A; 2GGR A; 3I9Q A; 2FPD A; 2O2O A; 1SRM A; 2C0T A; 2YUP A; 5GJW B; 2W10 A; 2F2V A; 1M3A A; 1PKS A; 4J9E A; 3O5Z A; 1KFZ A; 2NWM A; 2K9G A; 3H41 A; 4HVW A; 1OEB A; 1B3Q A; 3FJ5 A; 1NEB A; 1T3S A; 1I07 A; 2CDT A; 4GLM A; 1G83 A; 2JMC A; 2JS0 A; 2YDL A; 3CQT A; 1ARK A; 1CKA A; 1AZE A; 1M3C A; 5FWC A; 1VA7 A; 4J9F A; 2LJ1 A; 2K6D A; 2PNI A; 3R6N A; 1TUD A; 2L3S A; 2KYM A; 2DVJ A; 1K0X A; 2IIM A; 2LQN A; 2LZ6 B; 1GFD A; 3NGP A; 2EGC A; 2J6O A; 1WIE A; 4D8D A; 2DJQ A; 4RTW A; 2DIL A; 1WXT A; 2OAW A; 3ZL7 C; 2RN8 A; 3EGU A; 4HVV A; 4AG2 C; 4AFS C; 4OMP A; 3VS5 A; 2HDA A; 1AWW A; 1ABQ A; 2AKL A; 2OJ2 A; 2L3Q A; 1WLP B; 1A0N B; 4RTV A; 2EPD A; 1QKX A; 2YUO A; 3NPF A; 4CC7 A; 1K9A A; 4AFQ C; 2RPN A; 2A28 A; 2C0O A; 1M3B A; 2ECZ A; 2FRW A; 1E7O A; 4DEX A; 2RMO A; 2E5K A; 2CUB A; 1RUW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4F7U E; 5GAN 3; 1M30 A; 2PZ1 A; 5I22 A; 4ORZ A; 3RDV A; 3RR6 A; 2P0P A; 5A0G A; 4E6R A; 4ESR A; 2PUK B; 3JCM W; 1H64 1; 1RAH B; 3M0T A; 1QVF S; 1FYN A; 5IHN A; 1WJS A; 3CPW A; 3D7S B; 1J3T A; 3R6O A; 3QYG B; 4MZM A; 4PFO A; 1LJO A; 1K4U S; 2YHT A; 5LJ3 h; 1NYF A; 3H0I A; 4FW1 A; 1OYX A; 3E2U A; 2SRC A; 1MNE A; 2RH2 A; 1BK2 A; 3A8H B; 4D8K A; 3MHX A; 3EHR A; 3OYL A; 1U1S A; 2HCK A; 4IUT A; 1AD5 A; 3M0S A; 4CC3 A; 3QJY A; 4O6J A; 2HNI A; 1ZBJ A; 2KXC A; 4LDY A; 2DKG A; 1PKT A; 1RAD B; 2FEI A; 1IRE B; 4RTU A; 3RUX A; 2R58 A; 1OUL A; 1PD1 A; 2JS2 A; 2O88 A; 2CZ1 B; 1QQJ A; 4M77 B; 3G4S T; 1PRM C; 1Y07 A; 1MV3 A; 2RK1 A; 3OYJ A; 2A7Y A; 2ESW A; 3JCM P; 4EMG A; 1QP2 A; 2JTF A; 2K5I A; 1G3Y A; 1VYU A; 4CRI A; 2DVE A; 1FX7 A; 2ZAE A; 3FEO A; 4M7A B; 3ULR B; 2LNH B; 4JZ3 A; 1KD1 U; 4E47 A; 2K79 A; 3UT1 A; 1IHW A; 3CCQ T; 1VQ8 Q; 1O75 A; 1Q86 C; 4C8Q E; 4JPB W; 3QG1 A; 4PJN A; 3X25 B; 2MF2 A; 4LN2 A; 2JJ9 A; 1K73 U; 1PG5 B; 3H8Z A; 1VQL Q; 2DRK A; 5GAM g; 2HKN A; 5GAN 4; 2IPO B; 2LJ0 A; 2XI9 A; 2CKK A; 1LPL A; 4JS5 A; 3EG3 A; 4M75 G; 1Q81 R; 3BE3 A; 1RLQ C; 2DA9 A; 2KGT A; 3A1P A; 1UHF A; 2LX9 A; 5CO7 A; 1VYT A; 2KXD A; 2DO3 A; 1VQO T; 4E2F B; 1VQM T; 1WHM A; 4Y28 E; 1VQK A; 4Z02 A; 2A08 A; 4M77 C; 3TVT A; 2COZ A; 4HT9 A; 4DQ2 A; 1M5Q 1; 3JCM d; 5GAN 2; 3X24 B; 1X6G A; 1WYX A; 4N0A C; 1YIJ Q; 4M7A C; 1KIK A; 2VUB A; 1YP5 A; 1ZX6 A; 4XK8 E; 5D6Y A; 1QCO A; 2JM8 A; 1QWE A; 4XTY A; 3JCM f; 4BDZ A; 3OBY A; 4QW2 A; 2QYZ A; 1S72 T; 2J6K A; 2CSI A; 4JDS A; 4A4G A; 3MEV A; 4FYX B; 2V1Q A; 4K11 A; 3KBG A; 1NEG A; 2OTL Q; 3VUZ A; 4M7D G; 2CP7 A; 4AG1 C; 2GBQ A; 4RUG A; 3UWN A; 5GMK h; 2YT6 A; 4C92 A; 3LW5 E; 1VQP A; 1WHH A; 1MGQ A; 2CP3 A; 4LUD A; 2XK0 A; 1M1K R; 3CPF A; 3I55 T; 5GAO q; 3AT1 B; 2QA4 Q; 1OZ2 A; 3CBO A; 1OX8 A; 2LJ3 A; 4CC2 A; 2XMF A; 1N9S A; 1VQ5 A; 1X2Q A; 2LNV A; 3I56 A; 3OYC A; 2RJE A; 2MK5 A; 3PGG A; 3L42 A; 2CH4 A; 2EKH A; 3LH5 A; 1OPL A; 3TRE A; 2RA2 A; 2FZG B; 1K76 A; 1TTH B; 1IRX A; 1K9M R; 5IHI A; 2ZPF B; 1G3S A; 3OB9 A; 1RAF B; 4AT1 B; 3CCE A; 5HY6 A; 1V1C A; 3C4S A; 2L2P A; 4OMO A; 1VIF A; 4XTW A; 3PFS A; 2M0O A; 2NUT A; 1SKU B; 1GFC A; 4F7U A; 2EFI A; 5HK0 A; 4MDX A; 2EBP A; 4JUV A; 1VQ7 Q; 1BBZ A; 2E4H A; 4BE2 A; 2E6Z A; 2JNG A; 3OYA A; 3OS5 A; 1ZSZ A; 2DER A; 5A2Q E; 3VUB A; 4IUU A; 1ZLM A; 2CP0 A; 4JRK A; 3NHN A; 5I2S A; 2FZK B; 4OB2 B; 1D1B A; 3OW2 A; 2DEQ A; 5GMK l; 2DMO A; 1TSF A; 5FRM A; 2LTO A; 2MIO A; 4XQ3 A; 5KCH A; 3H0H A; 5LJ3 j; 4E7K A; 3QUI A; 1LCK A; 4HVU A; 2E41 A; 5L8R E; 4PNO A; 4PJO G; 1I1J A; 4CI0 C; 2FHD A; 2E64 A; 2DX1 A; 1GCP A; 4J9G A; 1KC8 C; 2DEU A; 2PQW A; 1RI9 A; 3GBQ A; 3JCM X; 5ECA A; 1X6B A; 2V26 A; 2W0Z A; 3OS1 A; 3OYD A; 4NS5 A; 3VS4 A; 2EIF A; 2AZV A; 3QWY A; 1S1N A; 2JTE A; 1VQK T; 3G7Z A; 3CC4 A; 1ZHI A; 2YUN A; 1QLY A; 2ABL A; 4DEY A; 4OMN A; 4PJJ A; 1H3Z A; 1YBY A; 1ZA1 B; 1YI2 A; 3ZBD A; 4XTV A; 2HAX A; 1QMC A; 3JCM Q; 2RQU A; 4R0K A; 4B9X A; 3CCR Q; 3OYH A; 2RM4 A; 5FU6 B; 1PHT A; 1GL5 A; 2HZY A; 2YXY A; 1BI1 A; 2OI3 A; 4BDY A; 3UA7 A; 3TSZ A; 1PRL C; 1QVP A; 2L3R A; 2A37 A; 1VQN Q; 2XD0 A; 4OMQ A; 2L8D A; 2XIC A; 2GCX A; 4X34 A; 2DNU A; 2MYS A; 3OSS C; 2V1R A; 1TOV A; 2E70 A; 2COY A; 1C1A A; 4L6V 5; 1PWT A; 1GRI A; 2OTJ A; 1AWO A; 1UG1 A; 3VS2 A; 1YWP A; 2FZC B; 4JRP A; 3PMT A; 2GGR A; 2XKO C; 3I9Q A; 2FPD A; 2O2O A; 1D0Z A; 4PLI A; 1SRM A; 1YJ9 T; 2C0T A; 2YUP A; 2W10 A; 1VQP T; 2F2V A; 3PIO A; 1M3A A; 4J9E A; 1KFZ A; 1LOJ A; 4M75 F; 4J6W A; 1OEB A; 2XID A; 3CCJ Q; 2Y4Y A; 1AHJ B; 2X4Y A; 1PM3 A; 5LJ5 j; 4M75 D; 3UDC A; 2CP6 A; 5KYY B; 1Y96 B; 2DTI A; 2IG0 A; 2HMA A; 2K5L A; 4NOY A; 2GQV A; 1G83 A; 5FRO A; 3CCU Q; 4E7L A; 3CQT A; 5FU6 C; 3BY7 A; 1ARK A; 1CKA A; 3I56 T; 3RKW A; 1D3B B; 3CC7 Q; 4ZGJ B; 1K0X A; 1I5O B; 2DVJ A; 2KYM A; 2PUO B; 4QKU A; 2P84 A; 1GFD A; 4RCB A; 2J6O A; 3HRT A; 3UPU A; 3CCE T; 4D8D A; 1PCX A; 1M2O A; 3FC3 A; 3PT9 A; 4RTW A; 4A4K A; 1R8O B; 2RN8 A; 2X51 A; 4JJN K; 5GMK m; 3EH2 A; 1KK7 A; 1M2V B; 2WAC A; 2V8J A; 3MO8 A; 2QAZ A; 5GMK j; 3LWI A; 4M78 A; 1OI1 A; 1F1B B; 2OJ2 A; 2L3Q A; 3CMA Q; 3ER0 A; 3FIF A; 1NJI R; 3LWH A; 2EPD A; 4M7D F; 2YUO A; 1KQS S; 1K9A A; 1Q81 C; 1WQW A; 4M7D D; 4ZN3 A; 3HRS A; 3ZEH A; 2GF7 A; 4M77 G; 2X4J A; 5GJV B; 4L5G A; 3JB9 J; 1G2B A; 5I11 A; 4M7A G; 4PJM A; 1GCQ A; 1B7T A; 3G6E A; 1UGQ B; 4AFZ C; 1Q82 R; 1C6V X; 3HTR A; 2JOY A; 1I0C A; 2LCS A; 1UJY A; 2M16 A; 4FU6 A; 5GAN 6; 4QQD A; 3CXC S; 3OYI A; 3TCJ A; 4RTX A; 2L89 A; 2EGA A; 2M1H A; 2EJG A; 3G4S Q; 2I0N A; 1ZSG A; 1UFF A; 3WVE B; 3CC4 T; 3JRZ A; 3SWN B; 2DL3 A; 2DTH A; 3E19 A; 2B8A A; 4UC4 A; 4ELZ C; 4EMK B; 2R5M A; 1IXD A; 1BI3 A; 4MZT A; 2EYQ A; 3VRZ A; 1YI2 T; 3NTH A; 5KE3 A; 3F70 A; 1N8R U; 3CCQ Q; 2FVU A; 2DL7 A; 1M90 R; 3PNW C; 2IVW A; 3LX7 A; 4OML A; 3INZ A; 5CKD A; 3GF5 A; 1EIF A; 1NLO C; 3JCM c; 2O4X B; 2VXE A; 1UE9 A; 2V8K A; 2B86 A; 3CCM A; 1EFN A; 4VUB A; 4IIM A; 2XDB A; 4F16 A; 2D9T A; 1M1K C; 5FW9 A; 2OTJ T; 3OSV A; 4XU0 A; 1IHV A; 1P92 A; 3FB9 A; 2JZ2 A; 5FRN A; 1VQO Q; 3CCL A; 2ROT A; 3OYG A; 5CK9 A; 1VQM Q; 4QT7 A; 1Q7Y R; 4R56 A; 2AHJ B; 2O9S A; 5J3B A; 4FIB A; 3MP8 A; 4FYW B; 3JB9 G; 3QZ9 B; 3RNJ A; 3L2U A; 4PJO F; 3V7R A; 1BU1 A; 1K9M C; 1YIT T; 2ZGW A; 1RAB B; 1YHQ Q; 4PJO D; 2RHY A; 3VYH B; 5FWB A; 4J8O A; 3REA B; 1WFW A; 4FYY B; 4LDX A; 1KQS A; 3QHS A; 2JN0 A; 2RHZ A; 2VGN A; 2D0Q B; 1ZUU A; 4Y91 A; 2CT4 A; 2DL4 A; 2E6N A; 3WVD B; 3GOX A; 4ZTJ A; 2PVD B; 4DA4 A; 4YTL A; 4B6M A; 2HQX A; 3RKY A; 1QCF A; 2EYX A; 1T0H A; 1MMG A; 2PTK A; 3QDF A; 2CT3 A; 2E3H A; 2EYY A; 1SF9 A; 2RHX A; 2RJF A; 3MET A; 3OS2 A; 1N6A A; 1WDX A; 5LJ3 e; 1CKB A; 3GIB A; 2MWP A; 3VS7 A; 2EYW A; 3M0P A; 1JJ2 P; 1KHC A; 3VJP A; 2O9V A; 2KT1 A; 3OYF A; 4A4E A; 2C0I A; 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