The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
|
sequence length |
78
|
structure length |
78
|
Chain Sequence |
GSSGSSGRRAKALLDFERHDDDELGFRKNDIITIISQKDEHCWVGELNGLRGWFPAKFVEVLDERSKEYSIASGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of mouse RUN and TBC1 domain containing 3
rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Mus musculus
|
| molecule keywords |
RUN and TBC1 domain containing 3
|
| total genus |
8
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| structure length |
78
|
| sequence length |
78
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NEB A; 3LH5 A; 1GL5 A; 2EGA A; 3NPF A; 1N5Z A; 2GQI A; 2L3P A; 5L23 A; 1PNJ A; 3UA6 A; 2KRS A; 2D8J A; 1Z9Z A; 2ED1 A; 2HSP A; 2QDL A; 1SRL A; 2P4R A; 1M27 C; 1I07 A; 2DBM A; 2DM1 A; 4RUG A; 2F2X A; 4J9I A; 1UG1 A; 2CUD A; 2RQR A; 2DL5 A; 5FWC A; 1YCS B; 2ED0 A; 2KE9 A; 2A28 A; 2JW4 A; 2ECZ A; 1TG0 A; 2JM8 A; 3NMZ C; 4LNP A; 4LUE A; 2SRC A; 4JPB W; 3VS5 A; 2H8H A; 4GBQ A; 1ZX6 A; 1UGV A; 2FG0 A; 1CKB A; 2FO0 A; 1GBQ A; 2VKN A; 2RPN A; 1UE9 A; 3VS6 A; 1PKT A; 2K9G A; 2JM9 A; 3JV3 A; 1W1F A; 2C0T A; 2O9V A; 2BZY A; 4J9B A; 5IH2 A; 2KXC A; 1J3T A; 1WIE A; 2JS2 A; 2DIL A; 3PE0 A; 2JTE A; 2DL8 A; 3TSZ A; 3H0H A; 2FRY A; 1UTI A; 1QWE A; 2FPE A; 2RN8 A; 3C0C A; 2RF0 A; 2YUQ A; 2LQN A; 4F14 A; 2O2O A; 2RMO A; 2DL4 A; 2AZS A; 1AD5 A; 2KRM A; 2CT3 A; 2HCK A; 2OI3 A; 1QCF A; 1S1N A; 2LMJ A; 1K1Z A; 3IQL A; 4EIK A; 1SEM A; 3ULR B; 2LQW A; 4Z8A A; 5FW9 A; 2JS0 A; 2LJ3 A; 4FSS A; 2W0Z A; 1WX6 A; 2YUP A; 1PKS A; 4HVU A; 1E7O A; 1WXB A; 1Z9Q A; 4OML A; 2LX7 A; 1YP5 A; 2B86 A; 3REA B; 2KYB A; 1X2Q A; 2OAW A; 1T0H A; 1ZUY A; 4F17 A; 2KNB B; 1JEG A; 3VS2 A; 1VYV A; 1X27 A; 2LNH B; 2M0Y A; 1V1C A; 3M0T A; 1NG2 A; 2EGE A; 2K79 A; 1QKW A; 1TUC A; 2M51 A; 3VS3 A; 1H3H A; 1X43 A; 2BZX A; 1IO6 A; 2VVK A; 4RTX A; 1RUW A; 1NLP C; 4JJD A; 1OEB A; 2KRO A; 1M30 A; 3I5S A; 2O88 A; 1TUD A; 2DLP A; 2EW3 A; 2AK5 A; 3I35 A; 2EYY A; 1QKX A; 1GCQ A; 1OOT A; 2V1Q A; 3UAT A; 4LUD A; 2PNI A; 1YWO A; 3EG2 A; 3VRZ A; 4RTY A; 4J9G A; 3O5Z A; 2DE0 X; 3GBQ A; 3PVQ A; 5IHK A; 2GGR A; 1WFW A; 2YUN A; 2MOX A; 4WCI A; 1AOJ A; 1GCP A; 3SHW A; 2L0A A; 4X1V A; 1GCQ C; 1NYF A; 5GJV B; 1AWO A; 1JQQ A; 2F2W A; 1PRM C; 2CSI A; 1W6X A; 2D0N A; 4JJC A; 1M3A A; 2K6D A; 3M0P A; 2DRK A; 4KRT A; 2RQU A; 5IHN A; 3M0R A; 1NM7 A; 1NYG A; 1B3Q A; 1X6G A; 2IIM A; 1VA7 A; 2HBW A; 3THK A; 3EG3 A; 2XMF A; 1MV0 B; 2DMO A; 1Y57 A; 2KYM A; 1JXM A; 3I5R A; 2DYB A; 3TSW A; 1WA7 A; 1K9A A; 2AKK A; 3NHN A; 1GFD A; 2J6F A; 2CRE A; 2AZV A; 4D8K A; 4JJB A; 2FEI A; 1ABO A; 2ESW A; 1W70 A; 4OMQ A; 1M3B A; 1UHF A; 2L3Q A; 3PVL A; 3EG0 A; 1OPL A; 2EYX A; 2YDL A; 3VS0 A; 1UFF A; 2JMC A; 3A98 A; 5HCK A; 2G6F X; 3H0I A; 3H41 A; 4J9H A; 1PWT A; 2RNA A; 4DEY A; 4JZ3 A; 1YN8 A; 2C0I A; 2J6K A; 2CDT A; 2FPD A; 2KBT A; 1UEC A; 1ZBJ A; 4AG2 C; 1UDL A; 2D1X A; 1PHT A; 4J9F A; 2J7I A; 1X69 A; 1RI9 A; 1AZG B; 2JT4 A; 1UUE A; 3CQT A; 2EYW A; 1B07 A; 4CC7 A; 1K0X A; 1AWW A; 2CH4 W; 1MUZ A; 2GTJ A; 2KGT A; 1WXT A; 2ABL A; 2DBK A; 4OMN A; 1GBR A; 3I9Q A; 1YWP A; 4AG1 C; 4CC4 B; 5IHI A; 2LCS A; 2EPD A; 2LP5 A; 1QLY A; 1KSW A; 1K76 A; 2GBQ A; 1H8K A; 2DF6 A; 1H92 A; 1VYT A; 5EC7 A; 4HXJ A; 1T3L A; 1ARK A; 4RTU A; 1ZLM A; 5GJW B; 1SHF A; 1AVZ C; 1M3C A; 1KFZ A; 3R6N A; 4AFU C; 4Z89 A; 2KR3 A; 3EG1 A; 3ZL7 C; 1SHG A; 2BTT A; 1HSQ A; 1SSH A; 2L3S A; 2EQI A; 2GNC A; 1JU5 C; 3EHR A; 2KXD A; 1EFN A; 2EVR A; 1FMK A; 1NEG A; 2K7A A; 2CH4 A; 1ZUK A; 2OJ2 A; 2O9S A; 2JMA A; 2L2P A; 2KRN A; 1T0J A; 1YNZ A; 1Y0M A; 1PRL C; 1SPK A; 1GFC A; 1ZUU A; 1G83 A; 4GLM A; 2EBP A; 2MCN A; 4HVV A; 3SEM A; 2CUB A; 4LN2 A; 2EYZ A; 4JZ4 A; 1U3O A; 1M8M A; 4CC2 A; 1ABQ A; 1FYN A; 2BZ8 A; 2J05 A; 4HCK A; 2ROT A; 2V1R A; 1RLQ C; 1KJW A; 2HEQ A; 4F16 A; 2NWM A; 4OMO A; 2W10 A; 1AEY A; 2A37 A; 4Y92 A; 2YSQ A; 1K0S A; 1AWX A; 3UF4 A; 1K4U S; 1AWJ A; 2DJQ A; 2FRW A; 1E6H A; 5I11 A; 2YT6 A; 4AFQ C; 3VS4 A; 4D8D A; 1VYU A; 1HD3 A; 1GRI A; 1AZE A; 2DVJ A; 5IXF A; 4OMM A; 5IXB A; 1XOV A; 2NUZ A; 2LJ0 A; 2ROL A; 2E5K A; 4AFS C; 4K11 A; 3KFV A; 4J9D A; 1BBZ A; 1BB9 A; 2DRM A; 4J9C A; 4ZNX A; 3VS1 A; 1U5S A; 1QWF A; 2FPF A; 2LZ6 B; 3RNJ A; 4M4Z A; 4RTW A; 1RLP C; 3U23 A; 2EGC A; 1HJD A; 2JXB A; 3RBB B; 1NLO C; 1CKA A; 3EGU A; 4HVW A; 1X2K A; 2DNU A; 2CSQ A; 2D8H A; 2ENM A; 2PZ1 A; 2MIO A; 5ECA A; 4QT7 A; 1WDX A; 1WYX A; 2A08 A; 2RQW A; 3VRY A; 1E6G A; 2I0N A; 2DL3 A; 4ESR A; 1T3S A; 2SEM A; 2X3W D; 2X3X D; 5FWB A; 4R0K A; 2O31 A; 1I0C A; 1MV3 A; 1A0N B; 4CC3 A; 1U06 A; 3FJ5 A; 2EKH A; 1LCK A; 1X6B A; 3H0F A; 4IIM A; 2DX1 A; 1OPK A; 1I1J A; 4LE9 A; 3QWX X; 3UA7 A; 2K3B A; 2DL7 A; 2AKL A; 4AFZ C; 2VWF A; 1CSK A; 3M0S A; 4ORZ A; 2KEA A; 2C0O A; 2J06 A; 4E6R A; 2PTK A; 1WLP B; 4DEX A; 2K2M A; 1ZSG A; 2F2V A; 2RQT A; 4RTV A; 4A63 B; 1JXO A; 3M0U A; 2J6O A; 2KT8 A; 2HDA A; 4OMP A; 4Z88 A; 5I22 A; 2KT1 A; 1G2B A; 3QWY A; 1JO8 A; 2CT4 A; 3TVT A; 1OV3 A; 4J9E A; 1UJY A; 3VS7 A; 1BK2 A; 2YUO A; 1KIK A; 2GTO A; 4RTZ A; 4RTT A; 1SRM A; 3M0Q A; 2DA9 A; 2A36 A; 2LJ1 A; 1UJ0 A; 1WXU A; 3REB B; 3EHQ A; 3NGP A; 1UHC A; 4IIO A; 2RQV A; 1BU1 A; 1WI7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3LH5 A; 4F7U E; 3JCM f; 1GL5 A; 1N5Z A; 2GQI A; 5CK9 A; 5EG2 A; 7AT1 B; 2BUD A; 3V8J A; 1K73 C; 2QDL A; 2OX7 A; 1I07 A; 1WJS A; 5A0D A; 3CD6 Q; 1HK9 A; 4J9I A; 1UGR B; 2RB6 A; 4KGX B; 3CXC S; 4M78 G; 2DL5 A; 2X35 A; 2QTV A; 1VQP Q; 2RHX A; 3H9N A; 3BFM A; 4LUE A; 1VQ8 Q; 4ME7 A; 2H8H A; 3QYH B; 1M1K C; 4OMF B; 1ZX6 A; 4BE0 A; 2QI2 A; 4KBM B; 3JSC A; 4PJO D; 4PJM A; 4EMK B; 4QQD A; 4WTO B; 3G4S T; 1VQL A; 2LDM A; 2C0T A; 2HSE B; 3ZEH A; 2X4J A; 2LX9 A; 3H6Z A; 2CYZ B; 3RKX A; 3CCE Q; 1OU9 A; 2KXC A; 2LVM A; 1J3T A; 2OAU A; 3M58 A; 2FZK B; 5CKH A; 3TSZ A; 2FPE A; 1P92 A; 3X24 B; 5KE3 A; 4PFZ A; 2RF0 A; 2CZ1 B; 3ME9 A; 1VQ4 Q; 2YUQ A; 1R77 A; 4IUT A; 4OB1 B; 3I55 A; 1Q81 U; 4RMO A; 3AHU A; 2DL4 A; 1PM3 A; 1PSE A; 4NL3 A; 1OX9 A; 2HCK A; 4PFP A; 5GAM f; 1QCF A; 2LTO A; 1K1Z A; 3DB4 A; 5FRM A; 4JLG A; 1JJ2 S; 2MWP A; 3JCM g; 5LJ5 j; 2LJ3 A; 2W0Z A; 1VIF A; 2YUP A; 2IG0 A; 2M16 A; 4A4E A; 4C5E A; 3VUZ A; 4NL2 A; 4A53 A; 1Z9Q A; 1QVP A; 4OML A; 3SB2 A; 2B86 A; 2YRD A; 2A7Y A; 3J80 E; 3CCQ Q; 2KYB A; 1MMN A; 1X2Q A; 2OAW A; 4F17 A; 1Y96 A; 1D1C A; 4XTZ A; 3OYH A; 2KNB B; 2DD4 A; 1IRE B; 1KQS S; 4ZTF A; 4JUV A; 1XJW B; 3LWI A; 4FM4 B; 1JB0 E; 2K79 A; 1QKW A; 3NTK A; 3SD4 A; 4M7A B; 4KGV B; 3V8L A; 3RMQ A; 1KQS P; 3FLG A; 4TVR A; 4L59 A; 2X4X A; 1IO6 A; 2OTJ T; 1QMC A; 1RUW A; 5A0L A; 4JJD A; 1OEB A; 2D9T A; 1BKB A; 4C8Q C; 2X4Y A; 3OYG A; 1VQK T; 5D6X A; 1TUD A; 1ZQ1 A; 2QK0 A; 2F5K A; 9ATC B; 5KYX A; 1YWO A; 3HFO A; 5GAN g; 2GF7 A; 4C0Z A; 1NJI R; 4J6Y A; 3CCL Q; 5IHK A; 4M7D G; 2YUN A; 1VQM Q; 3QZ9 B; 1Q86 U; 3LX7 A; 2OTL Q; 4LDV A; 3A8M B; 1S72 T; 2X4W A; 1ZSZ A; 3URG A; 4PJN A; 4BE1 A; 4MZP A; 5GAM g; 4X1V A; 4ZN1 A; 5GJV B; 4DBF A; 2EAY A; 4IUP A; 1UB4 A; 5KYY A; 2ZPH B; 4KRT A; 4OGC A; 1NYG A; 4C92 B; 2IIM A; 1IRX A; 3CD6 A; 3C4S A; 1G3S A; 4M7D A; 4ATO A; 3CPW S; 1KQ2 A; 4AMC A; 5GAN 6; 2Y4Y A; 1GFD A; 2J6F A; 2RK1 A; 3TRE A; 1VQ8 A; 5CKE A; 3CPW P; 3EGX A; 1M3B A; 3CCM Q; 2G3R A; 1UHF A; 2L3Q A; 3A8H B; 2YDL A; 3OYM A; 1UFF A; 3LLR A; 3O8V A; 2QXF A; 2M02 A; 2G6F X; 3PIP A; 2RNA A; 4JZ3 A; 1EX4 A; 2V8I A; 5GAO q; 1G3Y A; 5DY9 A; 2ZAE A; 2DEU A; 1ZBJ A; 1NBE B; 1F1B B; 1PHT A; 1K8A R; 2AT1 B; 4J9F A; 4LDX A; 2JT4 A; 4M75 D; 1VQ4 A; 1VQL T; 1GXI E; 4BI4 A; 1K0X A; 1PD1 A; 1MUZ A; 4M77 G; 1BCM A; 4OMN A; 4E7S A; 3PNW C; 1YWP A; 2R57 A; 3OBY A; 1QLY A; 3I55 T; 2KDS A; 1H92 A; 4LD6 A; 2DXT A; 1VOM A; 1T3L A; 1UGQ B; 1M3C A; 3R6N A; 3CCQ A; 3EG1 A; 3ZL7 C; 1SHG A; 2BTT A; 3OYB A; 2L3S A; 1JU5 C; 2KXD A; 3M54 A; 3CCR A; 3M4Y A; 2EVR A; 1FMK A; 1BI0 A; 2PU9 B; 4C5H A; 2RK2 A; 4L6V 5; 2RA2 A; 1YNZ A; 4M77 A; 4KH0 B; 5J26 A; 3OA6 A; 4PJO E; 1G83 A; 2IPO B; 4OF1 A; 3SEM A; 2DJZ A; 2CUB A; 3CBP A; 1M8M A; 1FYN A; 3OY9 A; 2K3Y A; 3JCM P; 2JVV A; 2HEQ A; 4F16 A; 1YJ9 A; 2A3L A; 1AEY A; 1VQM A; 2AIR B; 5J3B A; 5GMK e; 3EFS A; 1AWJ A; 2CP3 A; 4BE2 A; 2OTL A; 1E6H A; 4UC4 A; 1MGQ A; 4D8D A; 1Q82 U; 1AHJ B; 1HD3 A; 4BD3 A; 4KUL A; 5IXB A; 1XOV A; 4AFS C; 2GQV A; 4J9C A; 3VS1 A; 2COY A; 2DTI A; 3P8H A; 2PVO B; 4XTV A; 1XNI A; 4M77 F; 4RTW A; 1RLP C; 1HJD A; 1LJO A; 2XIC A; 4M75 F; 3MP8 A; 1WHK A; 1X2K A; 2CSQ A; 5HK3 A; 2XKO C; 3OSV A; 2M9U A; 1TSF A; 2DD5 A; 5ECA A; 1B7T A; 3QZ5 B; 1WYX A; 1M8V A; 1E6G A; 2DL3 A; 1T3S A; 3CC2 Q; 1IZ6 A; 1N8R C; 3L2Q A; 1KD1 R; 4J6X A; 3M5A A; 1W2B A; 3OW2 A; 2X3X D; 5FWB A; 4ZTJ A; 3E9G A; 3CCM A; 3CD6 T; 2CP6 A; 1K73 U; 1X6B A; 5FLX E; 2DX1 A; 4LE9 A; 2KSS A; 3QWX X; 5LJ3 d; 4E7H A; 1VQ8 T; 4DBR A; 3CCJ Q; 1KQ1 A; 1W4S A; 4AFZ C; 2ZPG B; 3SFM A; 3M0S A; 3HPW A; 2DKG A; 3SWN B; 5GMK i; 1WJQ A; 5CO7 A; 5KCH A; 1KC8 C; 2DK3 A; 1R0C B; 1M1K U; 1WLP B; 1VQ7 Q; 3L2V A; 2K2M A; 3EG9 B; 1ZSG A; 4IUU A; 3QJY A; 4A63 B; 5DLO A; 2J6O A; 5GAN 4; 2HAX A; 4DQ2 A; 4A4F A; 2KT1 A; 3HFN A; 1VQ4 T; 2CT4 A; 4E7I A; 3R6O A; 1BK2 A; 1WHL A; 1SRM A; 1K9M C; 2A36 A; 1UJ0 A; 5GAO l; 1YJW A; 4EMK A; 1WXU A; 2HMA A; 5CR2 A; 2E5Q A; 3EHQ A; 3OSS C; 2ZCF B; 1UHC A; 4IIO A; 1WI7 A; 2QA4 Q; 1NEB A; 3UT1 A; 2EGA A; 1MMG A; 1BI1 A; 2L3P A; 3OYL A; 2RI5 A; 5KCO A; 2E12 A; 2WAC A; 2HSP A; 2QAS A; 3CMA Q; 2DBM A; 4DOW A; 5LJ5 h; 4FSX A; 2DM1 A; 4RUG A; 3CCQ T; 2CUD A; 2KAF A; 5FWC A; 2CP7 A; 1YBY A; 2ECZ A; 3CCR T; 5GAN j; 3EFO B; 2JTF A; 4JPB W; 3PGG A; 4GBQ A; 3HTR A; 3CEY A; 4C5G A; 2FG0 A; 4N4H A; 4B9W A; 2VKN A; 2RPN A; 1U8R A; 2K9G A; 3JV3 A; 2YXY A; 2K5L A; 4ZGE B; 4J7I A; 2P0Q A; 2BZY A; 5GAM j; 3V7S A; 4J9B A; 4M75 E; 4O5V A; 5IH2 A; 1KD1 C; 1V29 B; 2JS2 A; 3FDR A; 1M1G A; 2DIL A; 2JTE A; 4JS4 A; 2FRY A; 2FZG B; 2RN8 A; 2DZ9 A; 3C0C A; 1VQ9 Q; 2E6N A; 1QCO A; 5A0G A; 1YJ9 T; 4F14 A; 4M7A A; 2ZZD A; 3MJX A; 1VQM T; 4JDS A; 1QVG P; 2CZ7 B; 2EQK A; 2NLU A; 2OTL T; 1PD0 A; 2KRM A; 3RKW A; 2FL7 A; 1SKU B; 2FB7 A; 3C95 A; 5LJ5 d; 4C92 D; 1D0Z A; 5CAI A; 5CIU A; 4ZGD B; 3BE3 A; 1O75 A; 2DTO A; 3QG1 A; 3L42 A; 2JJ9 A; 4M78 C; 4XU0 A; 4EDU A; 1E7O A; 3E1S A; 1YP5 A; 1MND A; 4NS5 A; 3VUB A; 2DXC A; 3F70 A; 3CCU Q; 3MPU B; 1KHC A; 2QEX A; 1OU8 A; 1O9S A; 5GMK l; 2CS7 A; 1VYV A; 2M0Y A; 1V1C A; 2EGE A; 4XTU A; 1TUC A; 2LQK A; 1H3H A; 3RUX A; 2RJF A; 4A4G A; 4PJJ A; 3CCJ A; 2VVK A; 4RTX A; 2EQU A; 3PFS A; 4R55 A; 3CCM T; 4M7A F; 3I5S A; 2EWN A; 1B34 B; 1YIT Q; 4CI0 C; 3I35 A; 4E2F B; 2VUB A; 1OOT A; 2V1Q A; 3UAT A; 4C0D B; 2WSE E; 2HKQ B; 2DO3 A; 2HKN A; 1M2V B; 2PNI A; 3EG2 A; 3TCJ A; 2DIG A; 2O01 E; 1QW1 A; 2EQM A; 1W2B S; 2GGR A; 1WFW A; 3OW2 S; 2MOX A; 4VUB A; 1TU0 B; 2V26 A; 2BIV A; 4N4G A; 2YRC A; 1YI2 Q; 1FXX A; 2VB6 A; 4MDX A; 1LVK A; 3JCM b; 2K57 A; 3MHX A; 3CXC P; 1PRM C; 4CRI A; 2K6D A; 2EKO A; 3H8Z A; 1PG5 B; 3HP9 A; 1Y71 A; 1YJN Q; 4RG2 A; 2RQU A; 5IHN A; 3CMA A; 5FRO A; 2DEQ A; 4BDZ A; 3GIB A; 2HBW A; 1ZSZ C; 1YJW T; 1KK7 A; 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