The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
DSGLPSVRQVQLLIKDQTPVEIKLLTGDSLFGTIRWQDTDGLGLVDDSERSTIVRLAAIAYITPR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cyanobacteria contain a structural homologue of the Hfq protein with altered RNA-binding properties.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Ssr3341 protein
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| molecule tags |
Rna binding protein
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| source organism |
Synechocystis sp. pcc 6803
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| total genus |
15
|
| structure length |
65
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| sequence length |
65
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-05-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4C92 G; 4M77 C; 4M7A C; 2DKG A; 3QO3 A; 3EFS A; 3BFM A; 4M77 D; 2EJ9 A; 4M7A D; 1U1S A; 4PJO A; 3L1A A; 4M7D E; 3JCM e; 5GAM f; 4M78 A; 5GAN f; 1D3B B; 5LJ3 h; 4XQ3 A; 3L2Z A; 2DTI A; 4M7D G; 4M7D B; 1I8F A; 4C92 A; 3FB9 A; 4QVD A; 4JLI A; 5GAO l; 5GAN g; 1I4K 1; 4Y91 A; 1LOJ A; 4M77 E; 4M7A E; 4A53 A; 1BIA A; 1WNL A; 1I5L A; 1M8V A; 5GAM e; 5GAN e; 5LJ3 j; 2E41 A; 4M77 B; 4M77 G; 5DY9 A; 4M7A B; 5GMK j; 4M7A G; 4M7D F; 4OP0 A; 5LJ3 d; 5GAO r; 4EMH A; 4J6X A; 3V7C A; 3HFN A; 1WPY A; 5GAN 6; 3RIR A; 3RKX A; 1LJO A; 1Y96 A; 1MGQ A; 4M77 F; 4RCC A; 5GMK m; 3JB9 D; 4M7A F; 4MML A; 3JCM V; 3HSB A; 4XTZ A; 4EMK A; 3V8J A; 2E65 A; 4C8Q C; 4DQ2 A; 5LJ5 h; 5LJ5 e; 5GAO p; 4C8Q D; 3SWN A; 4M75 B; 3V8L A; 3RKY A; 4A54 A; 3GIB A; 3JCM h; 2Y90 A; 2FB7 A; 5LJ5 j; 5GAO q; 3BW1 A; 4HA8 A; 3AHU A; 2EWN A; 3PGG A; 2DEQ A; 5GAN 4; 3INZ A; 3JB9 G; 1M5Q 1; 3JCM c; 4MMK A; 4C8Q E; 4N0A C; 5GAM h; 5GAN h; 4M75 C; 4C8Q B; 2DJZ A; 4C8Q G; 3JCM d; 1D3B A; 2VXF A; 4M75 D; 1KQ1 A; 4M7D A; 5GAN 7; 3BDU A; 3JB9 F; 4XU3 A; 3QHS A; 3V7S A; 4F7U E; 2CGH A; 2DXU A; 2YLB A; 4JRI A; 3JCM Q; 5GAM j; 2EJF A; 1B34 B; 4C8Q F; 5GAN j; 4F7U B; 3BY7 A; 4F7U G; 5I21 A; 1YCY A; 2DVE A; 2RB6 A; 2JN0 A; 4M77 A; 2E64 A; 5GAM d; 5GAO m; 2FYK A; 2VXE A; 5LJ3 g; 4XU0 A; 4M7A A; 2ZGW A; 4M75 E; 4PJO C; 1X01 A; 4NOY A; 4PJO D; 4HT8 A; 4XTX A; 4M75 G; 3SB2 A; 3RUX A; 1HXD A; 4F7U F; 4XU2 A; 4M78 D; 3RES A; 4NL2 A; 4C92 C; 4J6W A; 4JUV A; 1TH7 A; 4C92 D; 5GAN 2; 4JRK A; 3JCM b; 4M75 F; 4NL3 A; 1I81 A; 5LJ5 d; 5GAN 3; 1JBM A; 3JB9 J; 4M75 A; 4PJO E; 3V8K A; 2VC8 A; 5GAN 5; 1N9S A; 2EJG A; 2YHT A; 3QUI A; 4PJO B; 4PJO G; 1LNX A; 2EAY A; 1U1T A; 4C92 E; 4M78 B; 3QSU A; 1KQ2 A; 1HK9 A; 1JRI A; 4XTV A; 2YLC A; 2DTH A; 5LJ3 f; 2E10 A; 4C92 B; 3RKW A; 3JCM J; 3V7R A; 2RM4 A; 4PJO F; 3JCM g; 4EMK C; 4WF2 A; 3M4G A; 2DZ9 A; 4PNO A; 4C8Q A; 4EMG A; 2HNI A; 5GAN 8; 4M78 F; 5GAN d; 4X9D A; 3FJP A; 3SWN C; 4J5Y A; 4XTU A; 3EFR A; 3RER A; 2QTX A; 4XTW A; 4C92 F; 2DXT A; 4X9C A; 5GMK h; 5LJ3 e; 2E1H A; 5GMK e; 4M78 C; 5GMK l; 3JCM P; 5GMK i; 1B34 A; 5GAM g; 4F7U A; 5CAI A; 2K57 A; 1Y96 B; 2RA2 A; 1BIB A; 3JCM W; 5GAO n; 1WQW A; 4N0A A; 4EMK B; 3FIF A; 4XU1 A; 5LJ5 f; 3JCM X; 4HT9 A; 4M7D C; 4V2S A; 4RCB A; 3SWN B; 2RD1 A; 4M78 E; 3JB9 I; 4XTY A; 2DZC A; 4M7D D; 4J6Y A; 3JB9 H; 1H64 1; 2DTO A; 3VU3 C; 1WQ7 A; 3JCM f; 4M78 G; 5LJ5 g; 4QVC A; 3HFO A; 1N9R A; 2I2L A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CH4 W; 2LX9 A; 2R58 A; 1QWF A; 1TUG B; 3PVQ A; 3GP8 A; 2A37 A; 3CCJ T; 1Y7X A; 5FU6 B; 4ZGD B; 4E7J A; 1UE9 A; 3M0T A; 1WI7 A; 3VV0 A; 4LDU A; 1BB9 A; 2JZ2 A; 2PVG B; 4WCI A; 3ME9 A; 4FT2 A; 4C8Q C; 1Y71 A; 4LDV A; 2PVD B; 4A54 A; 4J7I A; 3FJ5 A; 3I56 Q; 2DXC A; 2PZ1 A; 1X27 A; 4LUE A; 3A8H B; 4M7D A; 1K4U S; 2CUD A; 4GLM A; 1UJY A; 2YUO A; 3P8B B; 2EGE A; 1YJN T; 4KUL A; 2E64 A; 1YWO A; 2A0F B; 4HT8 A; 4F7U F; 1TH7 A; 1JBM A; 2GF7 A; 3NHN A; 4J9B A; 1M1K C; 5KYW B; 2XHC A; 4J8O A; 4J9C A; 2K2M A; 1OU8 A; 1VQ8 T; 3UPU A; 3JRZ A; 5C0M A; 3VJP A; 2RK2 A; 3GF5 A; 1JJ2 P; 5I2M A; 4PJO F; 3X20 B; 4PNO A; 3QJY A; 3G6E T; 4PLL A; 4RKU E; 2RI2 A; 2DIQ A; 2AK5 A; 3E9F A; 2HCK A; 2RA2 A; 1ZSG A; 5EG2 A; 2H8H A; 1WQW A; 1YJW T; 3OW2 S; 9ATC B; 1BI2 A; 2FRY A; 1D1C A; 1TWB A; 2KT1 A; 5GJW B; 2YUN A; 2JTM A; 4JS5 A; 3Q1J A; 4BY6 B; 3OYJ A; 1M3A A; 2ZPI B; 2DK3 A; 2P4R A; 2X35 A; 3L2V A; 1B7T A; 1S72 Q; 4M7D E; 1M1G A; 3JCM e; 4M78 A; 1N8R U; 2OTJ T; 1IGU A; 3OW2 P; 3HL8 A; 2C0I A; 3MHX A; 1WHL A; 4DBH A; 1M1F A; 2CP6 A; 1UGV A; 5A0L A; 3A1P A; 1K8A C; 1VQ5 Q; 3VS0 A; 4O5V A; 3CCM Q; 2OX7 A; 4MDX A; 1AHJ B; 1WHJ A; 2FPD A; 2K3X A; 1QVP A; 3CC4 T; 3H8Z A; 2WAC A; 4A4K A; 1WXT A; 3OYD A; 2RQR A; 2VUB A; 1VQO T; 2RN8 A; 1NJI U; 2ENM A; 3CCU A; 2H3E B; 3PFS A; 1KD1 U; 1GL5 A; 3G71 T; 2X3X D; 4F7U G; 3E19 A; 4WTO B; 4DA4 A; 1MMN A; 2QQR A; 2GNC A; 1KC8 R; 4PJO D; 1Q86 U; 1LCK A; 4J6W A; 2JM8 A; 2BZX A; 4HKE A; 3O5Z A; 4AG2 C; 2KI7 A; 1QVG S; 1PSF A; 1I07 A; 3MET A; 4PJO G; 3OYM A; 2P0K A; 4F04 B; 1VQN Q; 5LJ3 f; 3M9Q A; 4WF2 A; 4XK8 E; 3OS5 A; 2HNI A; 2XIC A; 5GAN d; 2A36 A; 3VS4 A; 4C0D C; 2BZY A; 3I55 A; 4X9C A; 1ZUK A; 2G6F X; 1QVG P; 1B34 A; 3M54 A; 2PQW A; 1Y96 B; 2CSQ A; 1BIB A; 3EFO B; 1R77 A; 1ZBJ A; 1RAC B; 1ZA2 B; 2CH4 A; 3L2U A; 2J06 A; 3PMT A; 1H64 1; 3VU3 C; 1QVF S; 2LC4 A; 1JXM A; 1VQ4 Q; 1Q7Y U; 2A3L A; 4AFU C; 2JM9 A; 2OAW A; 1GXI E; 1X2K A; 1X75 C; 1YN8 A; 4JPB W; 2MK5 A; 4L5G A; 2DER A; 1UGP B; 1R8O B; 4KUI A; 2NUT B; 2CKK A; 1IGQ A; 2QI2 A; 1EFN A; 1UDL A; 2P84 A; 3MEU A; 3TQ7 P; 5GMK j; 4J9D A; 2E5K A; 1IRE B; 2XDP A; 4J6X A; 4PFZ A; 4JLG A; 4DBR A; 5IHK A; 3QII A; 1YFN A; 2YWW A; 3CCE T; 2QAZ A; 3CQT A; 3M0U A; 4RTU A; 2A28 A; 3EGX A; 1JXO A; 2VB6 A; 2JTE A; 2QDL A; 5HY6 A; 1YNZ A; 5GJV B; 4HCK A; 1VIF A; 1K73 U; 3CCQ T; 2KT8 A; 1Q82 R; 1VQP Q; 2WSC E; 2XDB A; 2LNV A; 3VS7 A; 1MUZ A; 3I56 A; 1X6O A; 3V7S A; 4FCY A; 3G4S A; 2YLB A; 2ABL A; 3MP6 A; 5GAN j; 2Y4X A; 3M0P A; 1SEM A; 3RBB B; 5GAM d; 4M7A A; 2FYK A; 1NBE B; 1I0C A; 2ZGW A; 4M75 E; 4PJO C; 4NOY A; 4DOV A; 2JJ9 A; 2M16 A; 5FRO A; 1D1A A; 2LX7 A; 5M9O A; 1YIJ Q; 3A8O B; 5GAN 3; 1PNJ A; 1N9S A; 3CCL T; 2JS0 A; 1OX9 A; 2K4Y A; 2KBT A; 4PFO A; 3TRE A; 4XTV A; 2DLP A; 1EIF A; 4J9H A; 3UDC A; 3M4G A; 2DM1 A; 3SWN C; 1WIE A; 5I2S A; 2V8K A; 2EYX A; 3BE3 A; 5GMK h; 1YJ9 Q; 5GMK e; 3WXM B; 2L89 A; 2VYT A; 2XDD A; 1CSK A; 5CAI A; 4OVA A; 2RF0 A; 3VUZ A; 4II1 A; 5J3B A; 4IUU A; 2HKN A; 5KE3 A; 2OI3 A; 3JCM f; 2BKD N; 3CME T; 2DL8 A; 3OS1 A; 2E3H A; 2YUQ A; 4J9G A; 4OML A; 4BAC A; 1K1Z A; 4RTT A; 2RJC A; 5CKB A; 4M7D B; 3OW2 A; 3FB9 A; 3UAT A; 2RMO A; 1YIT T; 2LQN A; 1S72 A; 3O8V A; 1X69 A; 4RTZ A; 2OTL T; 4M7A E; 4A53 A; 1I5L A; 4RG2 A; 5GAN e; 2RQW A; 5GAO r; 4HCB A; 3HFN A; 3P8D A; 3RIR A; 4M77 F; 3CC2 T; 2O9V A; 2E3I A; 1VQ5 A; 4QW2 A; 3CCM A; 1C6V X; 2J7I A; 1VQ7 T; 2FB7 A; 1UFF A; 3S3O A; 4MZP A; 4JS4 A; 1IHV A; 1GFD A; 2JTF A; 1BI3 A; 2E6Z A; 1XOV A; 3NTK A; 1ZX6 A; 2RQV A; 2MF2 A; 2LTO A; 4GY5 A; 2QEX T; 2FHD A; 2ZPH B; 4ZTF A; 4KGZ B; 2JN0 A; 1K9M U; 3M57 A; 2XID A; 1Z9Q A; 1VYT A; 4D8K A; 4F16 A; 2KQW A; 4XU2 A; 2NUP A; 5KYX A; 2PTK A; 4AT1 B; 3CD6 Q; 4BI3 A; 1RAD B; 1VQ6 T; 4IUV A; 4HCC A; 2DBK A; 2EJG A; 2IIM A; 2HQX A; 1WJR A; 4M78 B; 1N6A A; 3MJX A; 3OYN A; 4KH0 B; 1Y0M A; 4LNP A; 4DOW A; 1D0Z A; 4PL6 A; 1FXX A; 1VQN A; 3FJP A; 2D1X A; 4C92 F; 2DXT A; 1OQK A; 2JT4 A; 3OYI A; 1QVG A; 1WXU A; 4CC3 A; 2KK4 A; 3EG0 A; 1FWZ A; 3NTH A; 1Q81 U; 3FIF A; 1VQ9 Q; 1RI9 A; 1AOJ A; 2Y4Y A; 4PJL A; 5D6Y A; 1WQ7 A; 2JMC A; 4JJC A; 1YI2 Q; 1XQH A; 2DKG A; 2MYS A; 3EFS A; 2AIR B; 3DKM A; 4M77 D; 4QQG A; 2LCC A; 2COZ A; 4OMF B; 2RH2 A; 3D7S B; 2LQW A; 1VQ4 A; 3UA7 A; 1OPK A; 1AVZ C; 2EVR A; 1SKU B; 4M77 G; 1QVF A; 4OP0 A; 1UEB A; 2MCN A; 4OGC A; 3CCV T; 2R5A A; 2X51 A; 4N4G A; 1TUC A; 2L3P A; 1JO8 A; 4XTZ A; 3V8J A; 4OMQ A; 1KC8 C; 4RTV A; 3LGL A; 1K9A A; 4XAX B; 3OY9 A; 3BW1 A; 4BDZ A; 2D8J A; 2DEQ A; 4AFQ C; 3CMA T; 1VQM A; 4B9X A; 2J6O A; 1RUW A; 1RAA B; 2QA4 Q; 1WFW A; 1YWP A; 1QKX A; 1VQP A; 1E7O A; 1PG5 B; 4FSX A; 1B34 B; 1JU5 C; 1X01 A; 4GBQ A; 2ZCF B; 2DBM A; 2JXB A; 3LYI A; 3JV3 A; 3SB2 A; 1HXD A; 1WXB A; 1H8K A; 3OMC A; 3L2W A; 1W2B S; 4C92 D; 5GAN 2; 1I1J A; 2E6N A; 3KXT A; 3JCM b; 4AMC A; 4Y92 A; 4M4Z A; 3H0F A; 5KYN A; 1YIJ A; 3HRU A; 2EQM A; 3UF4 A; 2E10 A; 3C4S A; 1ZA1 B; 3F70 A; 5A0G A; 2DRK A; 4JDS A; 2DYI A; 3CEY A; 3NMZ C; 3EG3 A; 2FG0 A; 5A2Q E; 3ZL7 C; 1WHK A; 4ZNX A; 1N8R R; 1M1K U; 1BKB A; 6AT1 B; 5KYY A; 1B07 A; 1KK7 A; 1QMC A; 3SHW A; 3QWX X; 4HT9 A; 2XI9 A; 2HQH A; 4XTY A; 1RAF B; 1BCO A; 4BDY A; 3EGX B; 1OU9 A; 3MP8 A; 4M77 C; 3CCJ Q; 1W6X A; 2QDY B; 5KCO A; 5GAN f; 2QGF B; 3VS6 A; 5LJ3 h; 2K7A A; 2IVW A; 4HVW A; 2QYZ A; 1Q82 C; 1EX4 A; 1WNL A; 4RTY A; 3OYF A; 3CCU T; 2FRW A; 4M7A B; 1W4S A; 2G3R A; 3QZ5 B; 1X6G A; 1NJI R; 4VUB A; 1U8R A; 4EMH A; 2FPF A; 5FWB A; 2K5L A; 5D6W A; 1KD1 R; 3GBQ A; 1MMG A; 4AFZ C; 4PFP A; 2KR3 A; 2FO0 A; 4B9W A; 1KHI A; 1Q86 R; 3OYG A; 2ROT A; 2EWN A; 3PGG A; 4TVR A; 2DO3 A; 2X4J A; 4CC2 A; 4N0A C; 2ED0 A; 4ELY C; 2LCS A; 4AG1 C; 2EQK A; 4JRI A; 3TCJ A; 1OYX A; 1QW1 A; 3J81 E; 3EH2 A; 3I55 T; 5AYF A; 1O75 A; 4LD9 K; 5IHI A; 4C92 C; 1Q95 G; 4KBM B; 3LX7 A; 2DET A; 2NWM A; 4NL3 A; 1VQ8 Q; 1G83 A; 3CD6 A; 1NLP C; 4OMM A; 3OYE A; 5FWC A; 2LCL A; 3G6E Q; 2EYY A; 2R57 A; 2F69 A; 2VV5 A; 1ZSZ A; 3OYB A; 3S6W A; 3GLX A; 1O9S A; 2CP2 A; 3OS2 A; 1Q7Y R; 1TG0 A; 1UGQ B; 3HRS A; 5CR2 A; 5GMK i; 1IXD A; 3THK A; 3ER0 A; 2HBP A; 2ESW A; 2YT6 A; 3CPF A; 1GCQ C; 1PC0 A; 3CPW S; 5GAO n; 1VIE A; 4A4G A; 2DJQ A; 1PD0 A; 2CS7 A; 4CC4 B; 4V2S A; 2RD1 A; 2LQK A; 2DZC A; 3QBY A; 2DTO A; 5A0D A; 1SRL A; 1PM3 A; 3CCR T; 1BK2 A; 1VQ9 A; 3C94 A; 2OTJ Q; 2BE9 B; 2V1Q A; 3BFM A; 3MEV A; 1YI2 A; 3G1J A; 3CPW P; 3GOX A; 3L2Z A; 4A4E A; 1AD5 A; 1BBZ A; 2FPE A; 4QVD A; 5GAN g; 1K73 R; 2E41 A; 3EG2 A; 1PD1 A; 3G4S T; 3QG1 A; 3LGF A; 3CCS T; 3S3N A; 2NUP B; 5KYX B; 4BE1 A; 3CC4 Q; 1AEY A; 3H0I A; 4EMK A; 1VQL T; 1YCS B; 3DB3 A; 5HK0 A; 2KGT A; 3FC3 A; 1NLO C; 2V8J A; 3GIB A; 3JCM h; 1ACM B; 1JB0 E; 1BU1 A; 3PIO A; 1BCM A; 2HZY A; 4E6R A; 3AHU A; 2ATC B; 3LH5 A; 4IUT A; 4K11 A; 5DLQ E; 3UWN A; 1YHQ A; 1D3B A; 3G71 Q; 2KVQ G; 3JB9 F; 1IRX A; 2GQI A; 1UGR B; 2YSQ A; 2COW A; 2JS2 A; 3REA B; 2QA4 A; 2VGM A; 3BDL A; 4XU0 A; 2ZPB B; 5HKC A; 1M8M A; 4R56 A; 3FLG A; 1WX6 A; 1HSQ A; 3WVD B; 2FZK B; 1D1B A; 5CKE A; 3RKW A; 4O6J A; 1W2B A; 1MV0 B; 1RI0 A; 2ZPG B; 4CC7 A; 2HL5 C; 4BY6 C; 2KRN A; 5GAM g; 1M90 U; 3PTA A; 2EBP A; 4ATO A; 1KHC A; 2DF6 A; 2RHX A; 2HD0 A; 2DL4 A; 1M3B A; 4M78 E; 2IPO B; 2LMJ A; 3NFC A; 2WSE E; 3L1A A; 3U23 A; 4KT0 E; 1FMK A; 3CCJ A; 2I0N A; 3CBO A; 1LOJ A; 1T3L A; 4M7D F; 2QG9 B; 4ME7 A; 2NUZ A; 1UHC A; 3CCE Q; 3FRN A; 2EYZ A; 2RK1 A; 3DB4 A; 2O01 E; 3C0C A; 3JB9 D; 2MMP A; 3PT9 A; 5ECA A; 1QCF A; 4J9F A; 4IKF A; 4QKU A; 1K9M R; 2F1L A; 2MWO A; 5IXB A; 2DNU A; 3JB9 G; 2X9H A; 3M0S A; 3OYH A; 5KH6 A; 3M53 A; 1KIK A; 1QVF P; 2L3R A; 1WHH A; 1ZHI A; 1SHG A; 4CI0 C; 1ZBX A; 3JCM Q; 1T0J A; 3QPH A; 1G3Y A; 3CC7 T; 1WHM A; 4QT7 A; 5KYY B; 2XK0 A; 3VS1 A; 5CKD A; 1N8R C; 4R55 A; 2YRV A; 4JUV A; 2DX1 A; 2A7Y A; 2EYQ A; 2JNG A; 1G2B A; 3PVL A; 2HEQ A; 2YHT A; 3QDF A; 1Q81 R; 1GBQ A; 1AWW A; 2DRM A; 1VQ8 A; 3T9N A; 1G3T A; 3RNJ A; 1GBR A; 5DLO A; 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