The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
|
sequence length |
57
|
structure length |
57
|
Chain Sequence |
KRYRAVYDYSAADEDEVSFQDGDTIVNVQQIDDGWMYGTVERTGDTGMLPANYVEAI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| publication title |
Human SH3 domain of protein LASP1
rcsb |
| molecule keywords |
LIM and SH3 domain protein 1
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| total genus |
15
|
| structure length |
57
|
| sequence length |
57
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-06-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2AKK A; 2AZS A; 2CH4 A; 2M0Y A; 2CUB A; 4CC3 A; 2SRC A; 4OML A; 3H0F A; 4DEX A; 2D1X A; 5GJV B; 1BB9 A; 1W6X A; 3H41 A; 1SSH A; 2CDT A; 2H8H A; 2EQI A; 2OAW A; 1AEY A; 2LMJ A; 1G2B A; 1NEB A; 1SRL A; 4R0K A; 1YN8 A; 5L23 A; 2ABL A; 2FEI A; 2EKH A; 2JS0 A; 1I0C A; 4F14 A; 2QDL A; 2NWM A; 1E6G A; 1Z9Z A; 2CRE A; 2FG0 A; 1NLO C; 2FRY A; 2CH4 W; 2RF0 A; 2VKN A; 1TUC A; 2JW4 A; 4X1V A; 1UUE A; 2YSQ A; 1JXO A; 4IIM A; 1FYN A; 1MUZ A; 1U06 A; 1X6B A; 1HSQ A; 2BZX A; 2CT4 A; 4CC4 B; 1IO6 A; 1YCS B; 4J9G A; 1H8K A; 2VVK A; 2GTO A; 4EIK A; 2KEA A; 2C0O A; 1UG1 A; 2C0T A; 4JJB A; 1K0X A; 1OPK A; 3A98 A; 4M4Z A; 1Z9Q A; 2BZ8 A; 2KXC A; 2YDL A; 2KT1 A; 1ABQ A; 2OJ2 A; 5IHI A; 3LH5 A; 1X43 A; 2EVR A; 2YUN A; 2F2V A; 3PVQ A; 1NYF A; 1K0S A; 1H3H A; 2YUO A; 1YP5 A; 1PKS A; 3VS2 A; 2CT3 A; 3REB B; 2KNB B; 4HCK A; 3NPF A; 2ROL A; 1UTI A; 1Y0M A; 5HCK A; 1G83 A; 4J9C A; 1ZSG A; 1QCF A; 3EG2 A; 2GGR A; 3QWY A; 3I9Q A; 1GCQ A; 4F16 A; 4OMQ A; 3REA B; 1M3B A; 5IXB A; 4WCI A; 4Y92 A; 3VS1 A; 1PKT A; 2A28 A; 3M0R A; 3UAT A; 1AZG B; 1X6G A; 2BTT A; 2HSP A; 1ABO A; 2KR3 A; 1WIE A; 1M8M A; 2AK5 A; 2GNC A; 2DVJ A; 5IH2 A; 2KYB A; 1ZUK A; 2F2W A; 2X3W D; 1JO8 A; 1W1F A; 4JZ3 A; 2O2O A; 2RNA A; 4CC7 A; 2RN8 A; 1CKB A; 1UEC A; 4HVW A; 2BZY A; 4ESR A; 1KSW A; 4GBQ A; 2CSQ A; 2DX1 A; 2M51 A; 3VS3 A; 1PHT A; 1RI9 A; 2ROT A; 3I5R A; 4K11 A; 2MCN A; 1V1C A; 2LP5 A; 2EYW A; 1QLY A; 1UFF A; 2CSI A; 2DJQ A; 4RTZ A; 2MOX A; 2EW3 A; 4LN2 A; 2K9G A; 3ZL7 C; 1VYU A; 3EG3 A; 2K7A A; 2K2M A; 1NLP C; 1EFN A; 1BBZ A; 1WXU A; 2JM9 A; 3QWX X; 2P4R A; 1S1N A; 1X2K A; 2C0I A; 2DL7 A; 3O5Z A; 4Z8A A; 2MIO A; 3NGP A; 2NUZ A; 1UHF A; 1JU5 C; 4ZNX A; 2KXD A; 1AD5 A; 2DM1 A; 3IQL A; 2K3B A; 3CQT A; 3NHN A; 1MV3 A; 4J9I A; 1WFW A; 4J9F A; 1E6H A; 1SEM A; 2VWF A; 4RTW A; 1M3C A; 2GBQ A; 3VRZ A; 1JQQ A; 3TSW A; 4AFS C; 2EYX A; 1AWW A; 2A37 A; 3VS0 A; 4LNP A; 1X69 A; 3RBB B; 1GCP A; 2RQU A; 2JM8 A; 2O9V A; 1K9A A; 1LCK A; 3KFV A; 1M27 C; 1AVZ C; 3PVL A; 1YWO A; 2ENM A; 2EBP A; 1B07 A; 2DL8 A; 4D8D A; 4E6R A; 2G6F X; 4HXJ A; 3I35 A; 1GBQ A; 2ED1 A; 1BU1 A; 2EGE A; 2D8J A; 3EG0 A; 1GL5 A; 4ORZ A; 4IIO A; 1B3Q A; 2YUQ A; 1AZE A; 3NMZ C; 2EGA A; 2DL3 A; 3JV3 A; 3H0H A; 1ZUU A; 2EYY A; 1OV3 A; 2DA9 A; 1PNJ A; 4J9B A; 1PRM C; 2B86 A; 1A0N B; 4JJD A; 2LX7 A; 3M0T A; 1GFC A; 3C0C A; 3EHQ A; 1U3O A; 2ECZ A; 3TVT A; 2AZV A; 1M3A A; 2RMO A; 3VS5 A; 2EPD A; 2ED0 A; 1UE9 A; 1E7O A; 4RUG A; 2OI3 A; 2JT4 A; 2DL4 A; 2KYM A; 1SRM A; 1AWO A; 3VS6 A; 4AFQ C; 3VRY A; 4DEY A; 1NEG A; 1WX6 A; 2A36 A; 1I1J A; 2DYB A; 1UJY A; 4RTX A; 2LJ3 A; 5IHN A; 5I11 A; 2DF6 A; 4GLM A; 4AG2 C; 3I5S A; 2V1Q A; 2J06 A; 2LNH B; 3UF4 A; 2YUP A; 2LJ1 A; 2W0Z A; 4F17 A; 2ESW A; 1T0J A; 4FSS A; 3EHR A; 1NYG A; 1WDX A; 1PRL C; 2KRN A; 1QKX A; 2LCS A; 1WXT A; 2DRM A; 2HDA A; 5IHK A; 2KRM A; 1KFZ A; 2LZ6 B; 1NM7 A; 2J6O A; 3M0P A; 4OMN A; 2L3S A; 1CKA A; 1OOT A; 1HD3 A; 1CSK A; 1GCQ C; 2DBK A; 2W10 A; 2PZ1 A; 3SHW A; 3THK A; 1ARK A; 1YNZ A; 1T0H A; 3U23 A; 1GBR A; 3EGU A; 5FWB A; 1GRI A; 2JMA A; 2LQN A; 1K4U S; 1ZUY A; 1KJW A; 2GTJ A; 1ZLM A; 2DBM A; 2A08 A; 1QKW A; 2KRS A; 1HJD A; 4LE9 A; 2J6F A; 1I07 A; 1KIK A; 2GQI A; 4D8K A; 2FPD A; 3M0S A; 2K6D A; 1AWX A; 2DE0 X; 1VA7 A; 4CC2 A; 4QT7 A; 2K79 A; 2JTE A; 2DLP A; 1OEB A; 1M30 A; 1MV0 B; 2RQT A; 2E5K A; 1H92 A; 1QWF A; 4RTV A; 2HBW A; 1X2Q A; 4JPB W; 1QWE A; 1VYV A; 3VS4 A; 1YWP A; 4OMM A; 2J6K A; 2J7I A; 1AOJ A; 2I0N A; 2RPN A; 1T3L A; 1U5S A; 4HVV A; 5IXF A; 1WXB A; 3M0U A; 4J9E A; 1RLP C; 1T3S A; 4AG1 C; 5I22 A; 2L2P A; 2HEQ A; 4RTU A; 2RQR A; 2FO0 A; 1ZX6 A; 2FRW A; 2LJ0 A; 2PNI A; 1VYT A; 2YT6 A; 4A63 B; 2KGT A; 4RTY A; 2LQW A; 2JXB A; 2SEM A; 2XMF A; 1SHF A; 1X27 A; 1J3T A; 2KBT A; 4LUE A; 1WI7 A; 1WYX A; 2CUD A; 2EYZ A; 1W70 A; 1ZBJ A; 1K1Z A; 2F2X A; 4J9H A; 4JZ4 A; 2IIM A; 3PE0 A; 3RNJ A; 1SPK A; 2DMO A; 4OMO A; 2HCK A; 3H0I A; 2L3P A; 1BK2 A; 2DIL A; 3SEM A; 3TSZ A; 2AKL A; 2PTK A; 1UHC A; 3UA6 A; 2DRK A; 2DNU A; 2V1R A; 5EC7 A; 5FWC A; 1UGV A; 2O88 A; 3R6N A; 4AFU C; 1WA7 A; 1AWJ A; 2O31 A; 2L3Q A; 1N5Z A; 5ECA A; 3EG1 A; 1RLQ C; 4Z89 A; 1XOV A; 2KRO A; 1RUW A; 2DL5 A; 1JEG A; 4LUD A; 1FMK A; 3VS7 A; 1OPL A; 1PWT A; 3UA7 A; 2FPE A; 2KT8 A; 1NG2 A; 1SHG A; 4HVU A; 4KRT A; 3FJ5 A; 1TG0 A; 2RQV A; 1K76 A; 3M0Q A; 2L0A A; 1TUD A; 2JMC A; 2FPF A; 2D8H A; 4JJC A; 3GBQ A; 4J9D A; 4RTT A; 2D0N A; 3ULR B; 2EGC A; 5GJW B; 5FW9 A; 2JS2 A; 1UJ0 A; 4OMP A; 1UDL A; 1JXM A; 4AFZ C; 2KE9 A; 2X3X D; 2RQW A; 1WLP B; 1GFD A; 4Z88 A; 2J05 A; 1Y57 A; 2O9S A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2AZS A; 2CH4 A; 4L59 A; 2VAS A; 3HL8 A; 2M0Y A; 4MZM A; 4CC3 A; 2SRC A; 5CKH A; 1BB9 A; 4DOW A; 1N8R C; 2EQI A; 1ZBX A; 2NYS A; 1AEY A; 3A8L B; 1YHQ A; 2ABL A; 2A7Y A; 3M53 A; 2E6N A; 2FEI A; 3CEY A; 3INZ A; 4C92 D; 2DD4 A; 1WHJ A; 2Y4Y A; 4M7A C; 2RI2 A; 2CRE A; 4KGZ B; 2FRY A; 3D7S B; 5CAI A; 2RF0 A; 2VKN A; 2M0O A; 1UUE A; 5KE2 A; 2YSQ A; 4C8Q E; 1M90 U; 1MUZ A; 3C12 A; 1U06 A; 1HSQ A; 1IO6 A; 1O9S A; 1YCS B; 4PJO C; 4A4E A; 5LL6 S; 2KEA A; 4OP0 A; 1K9M C; 2ZPG B; 3R6O A; 2BZ8 A; 2KXC A; 3JB9 F; 3LH5 A; 4F7U E; 5GMK i; 3FLG A; 1RAA B; 2NUT A; 1BI2 A; 1PD0 A; 4HT8 A; 3QZ5 B; 4TVR A; 1RAB B; 2E3I A; 1HYO A; 1H3H A; 2YUO A; 4C8Q C; 2LRQ A; 1KC8 U; 5FU7 B; 2CT3 A; 2LNV A; 1NJI C; 1Q81 C; 5HK0 A; 2QQA A; 1G83 A; 4J9C A; 5AYF A; 1ZSG A; 3HKS A; 3HRT A; 1LOJ A; 3HSB A; 1D1C A; 2KVQ G; 4A4H A; 2GGR A; 3QWY A; 4FT4 A; 2AT1 B; 3QJ6 A; 4E2F B; 4HT9 A; 5IXB A; 2M9U A; 4Y92 A; 3OYD A; 1YJ9 T; 5KYY B; 2DIG A; 2BTT A; 3BDU A; 4FW2 A; 4MZP A; 3OS0 A; 1Q82 C; 2R58 A; 1BIB A; 3P8B B; 1RI0 A; 1M1K C; 2EAY A; 2LX9 A; 5IH2 A; 2O2O A; 4NL2 A; 3OYK A; 3X20 B; 1QW1 A; 4XTW A; 2MF2 A; 3I5R A; 5GAN 2; 1UFF A; 2CSI A; 2R57 A; 2WSC E; 2KI7 A; 2MOX A; 2BE7 D; 1NPR A; 2QGG A; 3ZL7 C; 2RJF A; 1KD1 C; 3CPW P; 1TH7 A; 4WTO B; 2QG9 B; 1YCY A; 3SD4 A; 4MML A; 1M9S A; 3QWX X; 3ER0 A; 2DL7 A; 4Z8A A; 2QXF A; 3NGP A; 2NUZ A; 4ZNX A; 1QVG P; 1JJ2 P; 1QVF P; 4FM4 B; 1QCO A; 1KQ2 A; 1VQ4 Q; 5C6S A; 4J9I A; 5KYY A; 2JZ2 A; 1E6H A; 5GAN g; 2DJZ A; 3H8Z A; 3LW5 E; 2DER A; 2MMP A; 1Q86 C; 3QYH B; 2EYX A; 1D1A A; 2OTL T; 3VS0 A; 1X69 A; 3RBB B; 4J6Y A; 4VUB A; 4M7D G; 1YJ9 A; 3JCM b; 1GCP A; 4EMK C; 2X4Y A; 5I2S A; 1G3S A; 2O9V A; 1VQ5 T; 5GAM g; 3RKW A; 2ENM A; 4LDY A; 2DTI A; 4BI8 B; 2EBP A; 1X6O A; 4RG2 A; 1VOM A; 2E5Q A; 2DL8 A; 4R56 A; 5KYN A; 4C92 A; 1EIF A; 5CQY A; 5FLX E; 4HXJ A; 1QP2 A; 1GBQ A; 3A8G B; 1BU1 A; 4JDS A; 3PIO A; 4QQG A; 3EG0 A; 3RR6 A; 2YUQ A; 2WSF E; 3NMZ C; 1V76 A; 2EGA A; 1LJO A; 3DLL A; 3H0H A; 4BY6 C; 3DLM A; 2DA9 A; 1PNJ A; 4J9B A; 1TSF A; 3OYY A; 3MEA A; 3CC7 Q; 3HPW A; 2CP6 A; 2DXC A; 3O8V A; 4E47 A; 2LX7 A; 2CP2 A; 2HBP A; 3EHQ A; 3C0C A; 1U3O A; 2ECZ A; 3RMQ A; 2AZV A; 2CP0 A; 2CZ1 B; 1VQ8 T; 2HQE A; 1UE9 A; 4PL6 A; 1E7O A; 2JTF A; 5A0L A; 2ZCF B; 4RUG A; 3T9N A; 4C5I A; 2KYM A; 5GAN f; 1M90 C; 4DEY A; 3CCJ Q; 1WX6 A; 1I1J A; 3CCQ Q; 1WHM A; 2JOY A; 2LJ3 A; 5I11 A; 3EH1 A; 2COZ A; 2OTL A; 4A4F A; 3OBY A; 3I5S A; 2V1Q A; 3N5B B; 3M57 A; 1YJN Q; 1YJW Q; 2LJ1 A; 4FSS A; 1VQ5 A; 2RD1 A; 4J6X A; 5C0M A; 3G71 T; 4M78 F; 3L2V A; 1U1T A; 5GAN 4; 4OF1 A; 2DRM A; 3E1S A; 5D6X A; 2KK4 A; 1KC8 C; 2YLC A; 5IHK A; 4E7L A; 2VB6 A; 3JCM Q; 4M77 E; 3M0P A; 1CKA A; 2W10 A; 3SHW A; 1ARK A; 3KBG A; 3JCM W; 2KSS A; 1GBR A; 3ZFJ A; 1WHK A; 1W2B S; 1GRI A; 3LLR A; 4M7D F; 2X4X A; 3CCR Q; 4FYX B; 2GTJ A; 1VUB A; 1QKW A; 1I8F A; 1R0C B; 4M77 C; 1KIK A; 1S72 T; 1Q7Y U; 4PFO A; 1C6V X; 2JN0 A; 3JB9 J; 1VQ8 A; 2RO0 A; 1IHW A; 4ZN1 A; 1M5Q 1; 3L2R A; 4M7D D; 2EJF A; 2DZ9 A; 2H3E B; 1ZA1 B; 4IUR A; 1H92 A; 2HBW A; 4JPB W; 3FC3 A; 3OA6 A; 4AMC A; 1QCN A; 1VYV A; 2FL7 A; 1YWP A; 2J6K A; 5LJ3 d; 2J7I A; 1AOJ A; 2I0N A; 4E7I A; 2V8J A; 3VUB A; 4HVV A; 2JVV A; 5IXF A; 3OW2 P; 1VQ9 Q; 5EG2 A; 3M0U A; 5HKC A; 5GAO n; 5LJ3 e; 3I55 Q; 4M78 E; 3G71 A; 2HEQ A; 4RTU A; 3M59 A; 3MP1 A; 5IT9 E; 2DYI A; 4GY5 A; 1VYT A; 3VKI A; 1KK7 A; 4RTY A; 2JXB A; 4DBF A; 1PM3 A; 2CUD A; 2EYZ A; 1W70 A; 1K1Z A; 3L42 A; 2CP5 A; 3CCL Q; 2HCK A; 3UDC A; 4IKF A; 4M78 C; 2L3P A; 1ZHI A; 1VQ6 Q; 3BDL A; 4LD6 A; 3SEM A; 3TSZ A; 2ZGW A; 4N4H A; 3CD6 T; 1UB4 A; 1S72 A; 4ELZ C; 1N8R U; 4KT0 E; 2R5A A; 3SDZ A; 1UGV A; 4OGC A; 2O31 A; 3OQ5 A; 4J6W A; 2LDM A; 3EG1 A; 1UEB A; 5GAO l; 1XOV A; 4PLI A; 2GCX A; 3QKJ A; 1MMN A; 2M1H A; 1OU9 A; 2PU9 B; 1PWT A; 2QA4 T; 3JCM P; 5GAN 7; 1SHG A; 4D6W A; 4HVU A; 2HL5 C; 4OB1 B; 4LD9 K; 3X25 B; 2RHU A; 1TG0 A; 4OMF B; 4JS4 A; 2JMC A; 1D3B A; 3ULR B; 4ZGJ B; 1JBM A; 3CC2 Q; 4OMP A; 1QVG A; 1VQK T; 5D6Y A; 1QVF A; 5LJ3 h; 4ELY C; 2KE9 A; 2X3X D; 4KH0 B; 1LVK A; 4Z88 A; 2J05 A; 1Y57 A; 2AKK A; 4IUT A; 1MND A; 2AIR B; 3L2U A; 4BD3 A; 1NJI U; 3CMA Q; 4OML A; 4DEX A; 3OYE A; 4X34 A; 1W6X A; 2MI6 A; 3H41 A; 3PNW C; 4KGX B; 4C0D B; 1RAH B; 2CS7 A; 1NEB A; 1SRL A; 5J39 A; 2LVM A; 5L23 A; 2EKH A; 2JS0 A; 3GNF B; 3CD6 A; 2XID A; 2QDL A; 2XK0 A; 3VJP A; 4F7U G; 2PQW A; 1UGR B; 2DIQ A; 2E10 A; 5IN1 A; 1TUC A; 3HP9 A; 1Q82 U; 1MMG A; 4M75 B; 3CCM T; 1G3Y A; 2ATC B; 4P5N A; 3MPU B; 1FYN A; 5CQX A; 3OB9 A; 1U8R A; 2EYQ A; 3VYH B; 5A0G A; 5D6W A; 1H8K A; 2DD5 A; 4EIK A; 2X4W A; 3S3O A; 4Y91 A; 5GMK j; 3M58 A; 4JJB A; 1RAD B; 4M7D A; 1N9S A; 2EFI A; 2QA4 A; 1Y71 A; 1VQ4 T; 2RK2 A; 3QPH A; 1VIF A; 3QBY A; 2E65 A; 1TU0 B; 5KYX B; 2G3R A; 2QI2 A; 2XHC A; 2ZPI B; 1NYF A; 4N0A C; 4BB7 A; 1H3Z A; 1YP5 A; 4ME7 A; 4XAX B; 2Y4X A; 4FSX A; 4UC4 A; 1VQK A; 2DZC A; 3NPF A; 2ROL A; 3KXT A; 4FL6 A; 1Y0M A; 2BUD A; 5KCH A; 2D9T A; 1N27 A; 1I5L A; 4XU1 A; 5GAM j; 1I81 A; 1GCQ A; 1DJ7 B; 3MET A; 4F16 A; 4OMQ A; 2K5I A; 3TEE A; 3VS1 A; 2A28 A; 3M0R A; 2A0F B; 1Q86 U; 4ZN3 A; 1WIE A; 1M8M A; 4PLL A; 4OGE A; 1M2O A; 2XIC A; 3FIF A; 2DVJ A; 2KYB A; 2RK1 A; 4E7J A; 2X3W D; 4F04 B; 1W1F A; 4JZ3 A; 1Y7X A; 2QQS A; 3CCM A; 2RN8 A; 5KYX A; 4HVW A; 4C0G A; 2BZY A; 1VQL Q; 3CC7 T; 2DX1 A; 2PUO B; 2JNG A; 2M51 A; 3NTK A; 4RKU E; 1PHT A; 2ROT A; 1VQM T; 2XDP A; 4K11 A; 1VQ7 Q; 3GF5 A; 3CC4 Q; 4II1 A; 2DJQ A; 3JCM c; 1D09 B; 2EWN A; 2QQB A; 1VQ4 A; 1IHV A; 3CCE Q; 1VYU A; 2K7A A; 3E9F A; 1BBZ A; 1WXU A; 2MIO A; 5LJ5 j; 1B7T A; 2DM1 A; 4PJO E; 2K3B A; 1BCM A; 1YJW T; 3VYG A; 4IUU A; 2VWF A; 4RTW A; 1W4S A; 3P8D A; 1JQQ A; 3TSW A; 2ZPE B; 3DB4 A; 4OB0 B; 1AWW A; 5CKE A; 4LNP A; 4IUQ A; 3MO8 A; 1IXD A; 2COY A; 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