The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
|
sequence length |
57
|
structure length |
57
|
Chain Sequence |
KRYRAVYDYSAADEDEVSFQDGDTIVNVQQIDDGWMYGTVERTGDTGMLPANYVEAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Human SH3 domain of protein LASP1
rcsb |
| molecule keywords |
LIM and SH3 domain protein 1
|
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
15
|
| structure length |
57
|
| sequence length |
57
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-06-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZUK A; 1GBR A; 4DEY A; 1M30 A; 1WDX A; 1FYN A; 4LUD A; 2KT8 A; 1E7O A; 1UDL A; 3TSZ A; 2FRW A; 2YSQ A; 1YWP A; 4QT7 A; 5IXB A; 2DYB A; 1UJY A; 2CUD A; 1TUD A; 2DMO A; 3M0S A; 1BB9 A; 1PKS A; 1NYG A; 2GTJ A; 4OMP A; 4OMQ A; 2YUO A; 1NLO C; 4HXJ A; 2OJ2 A; 2JW4 A; 1UFF A; 2FPD A; 2PTK A; 3M0R A; 2CSQ A; 2K79 A; 2F2W A; 1NLP C; 1M27 C; 1B07 A; 2D8J A; 3O5Z A; 2DX1 A; 2AZS A; 2KRN A; 5HCK A; 1UEC A; 4AG1 C; 3M0Q A; 1WXU A; 3VS5 A; 1XOV A; 2MCN A; 4E6R A; 1SHG A; 1ZLM A; 1T3L A; 1M8M A; 4OMN A; 4JZ4 A; 2DL3 A; 2JXB A; 1I07 A; 2RPN A; 4HCK A; 1MV0 B; 2ROT A; 2A37 A; 1RI9 A; 4HVW A; 2YUN A; 2RQT A; 1V1C A; 1WFW A; 1UGV A; 1GFD A; 4CC3 A; 3VS0 A; 3VS2 A; 3THK A; 2V1R A; 1U06 A; 4RTV A; 2HEQ A; 1NEG A; 5I22 A; 2JM8 A; 2GBQ A; 2KYM A; 2CUB A; 1GFC A; 1J3T A; 5IXF A; 2CRE A; 3KFV A; 2RQW A; 1SRM A; 1GRI A; 2JTE A; 3PE0 A; 2LJ0 A; 1U3O A; 1WIE A; 4RUG A; 3NMZ C; 1EFN A; 3SEM A; 1X2K A; 2A28 A; 1HJD A; 1WA7 A; 5FWB A; 1W1F A; 3VS4 A; 1AVZ C; 2AK5 A; 2KYB A; 5FW9 A; 1K9A A; 2DBM A; 2EYY A; 4HVU A; 3TSW A; 2J6K A; 1RUW A; 1CKA A; 2YUQ A; 2XMF A; 1KIK A; 2DVJ A; 2ECZ A; 2BZY A; 1GCP A; 1YCS B; 4JJD A; 4D8K A; 1ABQ A; 2B86 A; 3IQL A; 4RTU A; 2K2M A; 4JPB W; 1UHC A; 3H0F A; 1QWF A; 1TUC A; 1H92 A; 3ULR B; 3EG0 A; 2ENM A; 1M3C A; 3REB B; 1WLP B; 2EYZ A; 3C0C A; 1BU1 A; 1OV3 A; 4R0K A; 2KGT A; 1AWO A; 1Y0M A; 3VRZ A; 3CQT A; 5ECA A; 2DL4 A; 2IIM A; 2VVK A; 1TG0 A; 4J9I A; 2DJQ A; 5IHI A; 2LJ3 A; 3JV3 A; 2O9V A; 1K1Z A; 2EGE A; 2L2P A; 2I0N A; 2RNA A; 4RTZ A; 2EGA A; 2W0Z A; 2J6F A; 3I35 A; 4ESR A; 1KSW A; 2RN8 A; 5IH2 A; 2KE9 A; 2O2O A; 3NPF A; 1K0S A; 2RQU A; 1YN8 A; 3LH5 A; 3REA B; 4A63 B; 2O88 A; 1WX6 A; 3H41 A; 1NG2 A; 1CKB A; 1T3S A; 2LQN A; 3UF4 A; 1AEY A; 2RQR A; 4JZ3 A; 4WCI A; 4CC2 A; 2EKH A; 2HCK A; 2GTO A; 2NWM A; 4D8D A; 4ORZ A; 2LNH B; 1UUE A; 3M0U A; 3PVQ A; 1ABO A; 4Z89 A; 2L3S A; 1AOJ A; 3RNJ A; 4J9H A; 4LNP A; 1K0X A; 1QKW A; 4ZNX A; 2EGC A; 2PZ1 A; 4FSS A; 1PKT A; 1G83 A; 2FPF A; 2P4R A; 2KR3 A; 1W70 A; 2H8H A; 2GNC A; 4LE9 A; 2JS2 A; 2ESW A; 3A98 A; 2O9S A; 2SEM A; 2SRC A; 2DF6 A; 4OMM A; 1AWX A; 2G6F X; 2M51 A; 2DL8 A; 2LQW A; 1AZE A; 2DE0 X; 2DM1 A; 2HSP A; 2LMJ A; 4AFU C; 4J9E A; 4JJC A; 3R6N A; 4AFS C; 3VS7 A; 2K6D A; 2JMA A; 2CDT A; 4JJB A; 1X6G A; 4EIK A; 2DA9 A; 2DLP A; 1QCF A; 1UE9 A; 3I5S A; 2DRM A; 4GLM A; 2FRY A; 1NYF A; 3H0H A; 4RTY A; 2CH4 W; 2ABL A; 2KNB B; 4AFZ C; 2YDL A; 2LZ6 B; 5GJV B; 1OOT A; 2EQI A; 2L3Q A; 2FG0 A; 1JO8 A; 4LUE A; 4GBQ A; 1U5S A; 1X2Q A; 3I5R A; 2EPD A; 1JU5 C; 2CSI A; 2EYW A; 2AKK A; 2AZV A; 1B3Q A; 2KT1 A; 1W6X A; 1ZUU A; 5FWC A; 1SHF A; 1T0J A; 1Y57 A; 2FPE A; 1MUZ A; 2RMO A; 3UA6 A; 2DL7 A; 4RTX A; 1UTI A; 2KRS A; 2VWF A; 3M0P A; 5IHN A; 1VYT A; 2FEI A; 1LCK A; 1PWT A; 1OPK A; 4K11 A; 1UG1 A; 2EYX A; 1UJ0 A; 1YNZ A; 2JS0 A; 1NEB A; 1S1N A; 2X3W D; 2BZ8 A; 2EVR A; 2KRM A; 2W10 A; 1ZX6 A; 2D8H A; 4F16 A; 2J6O A; 2DRK A; 2KRO A; 2K3B A; 2OAW A; 2ED1 A; 4DEX A; 2VKN A; 1E6G A; 5L23 A; 1NM7 A; 1QWE A; 3ZL7 C; 1N5Z A; 4AG2 C; 3EGU A; 3VS1 A; 2L0A A; 2ROL A; 2HBW A; 1A0N B; 2KBT A; 2YT6 A; 1GBQ A; 2E5K A; 2JMC A; 2RQV A; 2L3P A; 1ZSG A; 1RLP C; 3EHQ A; 2LP5 A; 1JEG A; 3EHR A; 3SHW A; 2JM9 A; 1BK2 A; 1VYU A; 4HVV A; 4LN2 A; 1KJW A; 3NHN A; 1X43 A; 2J06 A; 1AWJ A; 4CC7 A; 1JXM A; 1RLQ C; 1HD3 A; 1X6B A; 2BTT A; 2KEA A; 3UAT A; 2MIO A; 1WXT A; 1SRL A; 1GCQ C; 1WI7 A; 3VRY A; 2CT4 A; 3TVT A; 5I11 A; 5IHK A; 1VA7 A; 1QKX A; 2J05 A; 4Z88 A; 3RBB B; 1ARK A; 2O31 A; 2GQI A; 3VS3 A; 1AZG B; 2K9G A; 2DBK A; 4X1V A; 1CSK A; 2K7A A; 1JXO A; 1ZBJ A; 2LJ1 A; 1OEB A; 1HSQ A; 4Z8A A; 4M4Z A; 1QLY A; 1X27 A; 2DNU A; 3UA7 A; 2PNI A; 3H0I A; 1ZUY A; 1K76 A; 3U23 A; 2DL5 A; 3FJ5 A; 2NUZ A; 2KXD A; 2A08 A; 1WXB A; 1SEM A; 2FO0 A; 2JT4 A; 1K4U S; 4J9C A; 1FMK A; 1PRL C; 2GGR A; 1AD5 A; 2LX7 A; 2D0N A; 4KRT A; 2EBP A; 2MOX A; 4OML A; 1JQQ A; 4RTT A; 1X69 A; 4Y92 A; 2LCS A; 1PRM C; 2M0Y A; 3EG3 A; 4RTW A; 1G2B A; 3NGP A; 4IIO A; 5GJW B; 1YP5 A; 3GBQ A; 4CC4 B; 1I0C A; 4J9B A; 1AWW A; 1PNJ A; 3VS6 A; 1BBZ A; 1Z9Q A; 3PVL A; 1MV3 A; 2QDL A; 1GCQ A; 2HDA A; 3EG1 A; 1Z9Z A; 4J9F A; 1H3H A; 1WYX A; 1E6H A; 2OI3 A; 2RF0 A; 1KFZ A; 4IIM A; 2F2V A; 2C0I A; 4J9D A; 1I1J A; 1SPK A; 2AKL A; 4J9G A; 1T0H A; 2A36 A; 1OPL A; 1PHT A; 2CT3 A; 1H8K A; 3EG2 A; 1YWO A; 2J7I A; 2C0O A; 2CH4 A; 2YUP A; 1SSH A; 4F14 A; 3I9Q A; 1GL5 A; 1M3B A; 2F2X A; 3QWX X; 1IO6 A; 3M0T A; 4OMO A; 5EC7 A; 1M3A A; 4F17 A; 1VYV A; 2X3X D; 3QWY A; 2BZX A; 2EW3 A; 2KXC A; 4AFQ C; 2V1Q A; 2DIL A; 2ED0 A; 1UHF A; 2C0T A; 2D1X A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3DB3 A; 1ZUK A; 3RIR A; 4M7A A; 4LUD A; 2BKD N; 2KT8 A; 1E7O A; 2X4W A; 2BE7 D; 4JRK A; 3OYN A; 3A8L B; 1MGQ A; 1KC8 R; 2H3E B; 2B8A A; 2CUD A; 2EQU A; 1MHN A; 3OMC A; 3CCM A; 2M0O A; 3R6O A; 1RAD B; 4DOW A; 2M9U A; 2VAS A; 5A0D A; 4PJM A; 3PTA A; 1Q86 C; 2VYT A; 2HBP A; 4A54 A; 3D7S B; 1NLO C; 1X75 C; 3WVD B; 3I55 T; 3PIP A; 4QVD A; 5LJ3 j; 2LRQ A; 3M0R A; 2DD4 A; 4X9C A; 2CSQ A; 1N9R A; 1K9M C; 2EJ9 A; 3VKI A; 1NLP C; 4FL6 A; 4BI3 A; 5HCK A; 1WXU A; 3VS5 A; 1ZSZ B; 3TU4 K; 3FDR A; 3PT9 A; 1VQ5 T; 2VXF A; 5HY6 A; 1VQO A; 5KYU A; 2DL3 A; 1D3B B; 2CP2 A; 2RPN A; 1I07 A; 2PU9 B; 1N8R R; 2ROT A; 3S6W A; 1YJN T; 1VQO Q; 2MF2 A; 4M77 D; 4HVW A; 4OMF B; 1V1C A; 1M1K R; 2PUO B; 1VQK T; 4O5V A; 3RDV A; 4CC3 A; 1U06 A; 1OX8 A; 1N27 A; 4RTV A; 4Z02 A; 1BKB A; 4JRQ A; 4YTL A; 2GBQ A; 2ZAE A; 2CRE A; 1VQ8 T; 2A7Y A; 3BE3 A; 2FZC B; 4M7A G; 1UGP B; 2LQK A; 2ZPG B; 5DLO A; 3M54 A; 4M7A E; 3A8M B; 3VS4 A; 4M75 D; 3M4Y A; 1KC8 U; 1AVZ C; 2PQW A; 4J7F A; 3KUF A; 2QA4 A; 5GAM g; 1OX9 A; 2DBM A; 3EFO A; 3X26 B; 3O8V A; 1RUW A; 4O6J A; 4LDW A; 2YUQ A; 1XJW B; 2XMF A; 3BDU A; 4C92 B; 5A2Q E; 1YCS B; 2MK5 A; 2QA4 Q; 4D8K A; 4II1 A; 2B86 A; 4XTX A; 3CCU T; 1OU8 A; 1UHC A; 4XU2 A; 2XDD A; 4QQG A; 2EQM A; 4R0K A; 1AWO A; 3OYB A; 1Y0M A; 2JVV A; 2M1H A; 2NUT A; 2LCC A; 1TG0 A; 2LJ3 A; 3JV3 A; 3CC4 A; 4NL2 A; 1K1Z A; 5EG2 A; 2DKG A; 5LJ5 g; 2JOY A; 2L2P A; 4LDU A; 2J6F A; 1N8R U; 3JCM d; 1BCO A; 2VXE A; 5IH2 A; 4E7K A; 3OSS C; 1YJW A; 2RQU A; 3REA B; 3GP8 A; 5GMK i; 2DER A; 1TH7 A; 4PJO C; 3QBY A; 2LQN A; 3QZ9 B; 4GLK A; 4WTO B; 1YJ9 T; 3QG1 A; 3A8H B; 2NWM A; 3PMT A; 2L89 A; 3M0U A; 1ABO A; 4Z89 A; 4BDZ A; 3ZBD A; 1EX4 A; 1KQS A; 4JDS A; 5GAO m; 1Y96 A; 1AOJ A; 5CK9 A; 4A4K A; 1VQ7 T; 5GAN f; 4FSS A; 1PKT A; 2KR3 A; 4Y91 A; 2H8H A; 2ZGW A; 4LE9 A; 1BI2 A; 5DM7 R; 2OTJ Q; 2QDY B; 3INZ A; 2XI9 A; 1U1T A; 1QVF S; 2EWN A; 2HSP A; 2ATC B; 4C8Q C; 4XQ3 A; 4XU3 A; 2DZ9 A; 2RHU A; 3OYK A; 2E12 A; 4JJB A; 4FU6 A; 2DA9 A; 2DLP A; 1Q7Y C; 1VQL T; 1QCF A; 3CCJ A; 5LJ3 f; 1PD0 A; 2DRM A; 2RJF A; 4GLM A; 2FRY A; 3CCL A; 1GXI E; 1VQ6 A; 1HYO A; 4FW2 A; 2YDL A; 3OBW A; 3CCV Q; 2L3Q A; 3CCJ Q; 2FG0 A; 2P4T A; 4HT8 A; 4C5E A; 1JO8 A; 4LUE A; 3CCR A; 2EPD A; 3G6E Q; 4NS5 A; 4J8O A; 1ZUU A; 2LVM A; 3CCR Q; 3PNW C; 1UEB A; 1SHF A; 1Y57 A; 2FPE A; 4C92 F; 2DL7 A; 8AT1 B; 2VWF A; 4OGE A; 5CR2 A; 3RKX A; 4N0A C; 5KYU B; 1B7T A; 1VYT A; 2FEI A; 3J7A F; 1PWT A; 3OYF A; 1D1C A; 4K11 A; 5J3B A; 4M77 A; 2EYX A; 5GAN e; 5GAO r; 1YNZ A; 3CME Q; 2LQ8 A; 2EQJ A; 3MCA B; 3CMA T; 2X3W D; 2E3I A; 3JB9 I; 3GOX A; 3RMQ A; 4F16 A; 3JCM c; 2RHY A; 3G4S A; 4QVZ A; 3CCQ A; 2KRO A; 2FHD A; 2VKN A; 3PFS A; 1B34 B; 1QWE A; 5KYX A; 3FRN A; 3TRE A; 1VOM A; 4AG2 C; 4BY6 B; 3EGU A; 3L1A A; 2MWP A; 2X9H A; 2YRV A; 1A0N B; 1RI0 A; 1GBQ A; 2E5K A; 3WXM B; 2RQV A; 2L3P A; 2JM9 A; 1BK2 A; 4M7D C; 4M78 C; 1YCY A; 2DEU A; 5LJ3 e; 3CD6 A; 1G3S A; 4M75 A; 1AWJ A; 3CPW S; 2R57 A; 1XQH A; 1HD3 A; 3CD6 Q; 4LDX A; 1WXT A; 3EFO B; 1VIF A; 4DBQ A; 2CT4 A; 5FU6 B; 4BB7 A; 4IUQ A; 4MML A; 3EH1 A; 1I8F A; 7AT1 B; 2GQI A; 3A1P A; 5D6Y A; 2V8J A; 1VIE A; 3VU3 C; 4X1V A; 2K7A A; 5GAM d; 1ZBJ A; 4BE0 A; 2LJ1 A; 3A5Z B; 4M4Z A; 2P0Q A; 4RMO A; 4JRI A; 5GAN h; 2QEX A; 5CKH A; 3JB9 F; 2NUT B; 3G71 A; 1K76 A; 3U23 A; 2DL5 A; 2ZPB B; 4ME7 A; 2KXD A; 1WXB A; 1H64 1; 4PJN A; 4BDY A; 1FMK A; 3S3O A; 5CKF A; 4IUR A; 4ZN3 A; 4OGC A; 4M7A D; 2DVE A; 2K5I A; 5CO7 A; 3SD4 A; 4Y92 A; 4MZT A; 3CCS A; 2E64 A; 1PRM C; 3E2U A; 3P8H A; 3QYH B; 4IIO A; 4EMK B; 1PNJ A; 2GFA A; 3LW5 E; 3CCS Q; 1YHQ A; 1VQ9 T; 1QMC A; 2KK4 A; 1D0Z A; 2EAY A; 1P92 A; 2HDA A; 4Y28 E; 1Z9Z A; 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2CP6 A; 2NUP B; 4E7J A; 3VYG A; 1WJS A; 1G5V A; 2D6F A; 1NEG A; 2JM8 A; 1J3T A; 2CUB A; 2MMP A; 4J7I A; 5KH6 A; 2RQW A; 4KH1 B; 4M75 B; 2DD5 A; 1XTD A; 1SRM A; 1GRI A; 2JTE A; 5KYW A; 3CC7 Q; 1DJ7 B; 2PVO B; 2KSS A; 1PCX A; 4Q5W A; 1N6A A; 2E1H A; 2VGN A; 1O9S A; 1EFN A; 2IPO B; 2LX9 A; 4OB2 B; 3I56 Q; 1PD1 A; 4JLI A; 1WA7 A; 2VGM A; 1W1F A; 1D09 B; 3FLG A; 2YRC A; 2K57 A; 2XDB A; 2AK5 A; 2KYB A; 3RUX A; 2GF7 A; 5FW9 A; 1RAG B; 5J39 A; 2XDP A; 1CKA A; 2OTJ T; 5GAN 7; 2YWW A; 1YFN A; 1GCP A; 1QP3 A; 4JJD A; 1WHJ A; 4RTU A; 3HP9 A; 1C0M A; 1Y71 A; 1Q95 G; 2K2V A; 4MDW A; 3OYE A; 1C1A A; 3F70 A; 5FRM A; 2ENM A; 3JCM Q; 5AT1 B; 1M3C A; 2EYZ A; 3C0C A; 1BU1 A; 2KGT A; 4V2S A; 1I81 A; 1Q82 R; 4BUG A; 2ZPI B; 2C06 A; 1KHI A; 3M5A A; 3JCM f; 2VVK A; 3CCV T; 1F1B B; 2DJQ A; 5IHI A; 3LGL A; 3CPW A; 4QQ6 A; 4FT4 A; 2I0N A; 2RNA A; 4RTZ A; 2W0Z A; 3I35 A; 3ZFJ A; 4HCZ A; 3G6E T; 1FWZ A; 1H3Z A; 4XAX B; 1TXQ A; 1HK9 A; 3CCR T; 5LJ5 j; 2O2O A; 3NPF A; 3CCM Q; 1YN8 A; 1RAB B; 2O88 A; 3MEA A; 1WX6 A; 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