The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
96
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structure length |
96
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Chain Sequence |
SLCIKLLHETQGHIVTMELENGSTYRGKLIEAEDNMNCQMRDISVTARDGRVSHLDQVYIRGSHIRFLIVPDMLRNAPMFKVGPGRSVPLPTRGRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a yeast spliceosome at 3.6-angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
|
| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor spp42
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| total genus |
13
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| structure length |
96
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| sequence length |
96
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| chains with identical sequence |
Z
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-08-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| D | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4N0A A; 4M7D C; 1N9S A; 2Y90 A; 3JCM h; 4J5Y A; 4MML A; 4M78 E; 2DEQ A; 2YHT A; 2K57 A; 1HK9 A; 2RB6 A; 2VXF A; 3EFS A; 4XU2 A; 4XTY A; 2DZ9 A; 2RD1 A; 4XU3 A; 3JB9 G; 4M78 D; 4X9D A; 5GAO m; 4V2S A; 3BY7 A; 4M78 A; 3V8J A; 3V8K A; 4M77 F; 4XU0 A; 3SB2 A; 4C92 C; 3JCM P; 4C8Q B; 1D3B A; 4M75 C; 4XQ3 A; 5LJ5 d; 4Y91 A; 5DY9 A; 4RCC A; 2E64 A; 2DJZ A; 4HT9 A; 4JLI A; 4F7U F; 4M7A G; 5GMK j; 4M7A E; 4RCB A; 1YCY A; 5GAO p; 3JCM c; 5GAN d; 2EJ9 A; 3VU3 C; 1KQ2 A; 1H64 1; 4PJO F; 2JN0 A; 3RKY A; 2DXU A; 4NOY A; 4M7A A; 3JCM V; 4J6X A; 3JB9 H; 4XTX A; 4M78 C; 3HFN A; 4XTU A; 3L1A A; 5GAM j; 3QHS A; 2EAY A; 4M77 C; 4X9C A; 4M7D B; 1B34 A; 5GAM h; 1BIB A; 3JCM e; 5GAM g; 3JCM W; 5LJ3 d; 5GMK i; 3HSB A; 3BDU A; 5GAM e; 2EJF A; 1I5L A; 4C8Q G; 3INZ A; 5CAI A; 5GAO n; 4C8Q E; 3HFO A; 4M78 F; 4EMH A; 4HT8 A; 3AHU A; 4HA8 A; 1WQ7 A; 4PNO A; 2DTI A; 2YLB A; 1HXD A; 3M4G A; 4C92 B; 4EMK C; 2CGH A; 3JB9 D; 4PJO C; 4C8Q D; 2E1H A; 4C8Q A; 5GAN 8; 4M75 B; 3SWN C; 3JB9 J; 1Y96 B; 3JCM Q; 2QTX A; 5LJ5 g; 2RA2 A; 4WF2 A; 4N0A C; 2VC8 A; 4XU1 A; 5GAN 6; 5LJ5 h; 3QSU A; 1N9R A; 2HNI A; 1I81 A; 1WNL A; 5LJ5 e; 3JCM d; 5GAN g; 4M7A D; 4QVC A; 5GAM f; 4M7D G; 3BW1 A; 4M7D E; 3RUX A; 2E41 A; 3EFR A; 5GAN 7; 4M7D D; 1X01 A; 1M5Q 1; 4M77 B; 3V7C A; 4NL3 A; 4M7D A; 2ZGW A; 5GMK l; 2DVE A; 3V7R A; 3RES A; 2DTO A; 1LJO A; 1LOJ A; 4C92 G; 2FYK A; 3L2Z A; 4JUV A; 5LJ3 h; 4C92 E; 3QO3 A; 4F7U B; 5LJ3 g; 5I21 A; 5GAN 4; 1M8V A; 4M75 G; 2VXE A; 4JRK A; 4M75 E; 2YLC A; 4XTV A; 5LJ5 f; 3JCM J; 3JB9 F; 5LJ3 e; 5GAN 2; 4C92 D; 4C8Q F; 5GAN 5; 4EMK B; 4M7A C; 1U1T A; 4C92 A; 5LJ5 j; 5GAO q; 4PJO B; 3FIF A; 2E10 A; 4M75 D; 3SWN B; 3FJP A; 3GIB A; 3RER A; 4M75 A; 5GAN f; 3V7S A; 1JBM A; 3FB9 A; 5GAN j; 5GAM d; 2EWN A; 1B34 B; 5GAO r; 5GAN h; 4M7A F; 3JCM g; 5GAN 3; 4J6Y A; 4M78 G; 4M77 G; 4XTW A; 4NL2 A; 5GAN e; 4M77 E; 1BIA A; 2FB7 A; 4M78 B; 1JRI A; 1WPY A; 1KQ1 A; 5GMK m; 5LJ3 f; 4JRI A; 4M7D F; 1D3B B; 1U1S A; 4M77 D; 4OP0 A; 4C8Q C; 3RKX A; 2EJG A; 4F7U G; 4M77 A; 2DZC A; 3QUI A; 4F7U E; 5LJ3 j; 5GAO l; 4A54 A; 2DXT A; 1LNX A; 2RM4 A; 1WQW A; 4XTZ A; 4PJO G; 2I2L A; 4PJO E; 4F7U A; 2E65 A; 4A53 A; 2DKG A; 4C92 F; 3PGG A; 4J6W A; 4MMK A; 1I8F A; 1TH7 A; 3RKW A; 3V8L A; 5GMK h; 3JB9 I; 2DTH A; 4M7A B; 4M75 F; 4EMK A; 3JCM b; 4PJO A; 4PJO D; 1Y96 A; 3RIR A; 3JCM f; 3SWN A; 4DQ2 A; 1MGQ A; 4QVD A; 5GMK e; 4EMG A; 3JCM X; 3BFM A; 1I4K 1; #chains in the Genus database with same CATH topology 2AZS A; 4J5Y A; 2KQW A; 1V1C A; 2EW3 A; 3VV0 A; 4IUP A; 4DBH A; 3JCM e; 2VXF A; 2BE9 B; 2RD1 A; 1JU5 C; 2JS0 A; 3V8J A; 4C92 C; 4MDX A; 2W10 A; 2IVW A; 3E9G A; 1BBZ A; 1UJY A; 2DJZ A; 3FDR A; 1RAG B; 2LCL A; 5KCH A; 1UGR B; 1H64 1; 1QKX A; 2X4X A; 4RTW A; 1QP3 A; 2YUN A; 3O5Z A; 3OYN A; 1TUC A; 4M78 C; 4ESR A; 3QHS A; 1W4S A; 5GAM e; 5CK9 A; 2LQW A; 3N5B B; 5FU7 B; 3G6E Q; 2DL5 A; 1Q86 U; 1N8R U; 3HHT B; 4C8Q D; 2HL5 C; 3F70 A; 3ZFJ A; 3SWN C; 1WJS A; 1Y96 B; 3R6O A; 5GAN 6; 1I1J A; 4C0D B; 1VQ4 A; 3QSU A; 4FSS A; 3RDV A; 2NUZ A; 3EGX A; 2MI6 A; 2VGN A; 2QA4 T; 5DLO A; 3G4S Q; 2AKK A; 3H41 A; 1N27 A; 1ZQ1 A; 1E6H A; 1VIE A; 3TQ7 P; 2EQI A; 3RR6 A; 4C92 E; 1D0X A; 1S72 T; 1KD1 U; 1UUE A; 2CKK A; 3CCR Q; 4C8Q F; 4EMK B; 1OX8 A; 4UC4 A; 5LJ5 j; 3QYG B; 5GAN f; 4CI0 C; 3QWX X; 3VS3 A; 2FPF A; 1TUD A; 4HCZ A; 3OS2 A; 2GQI A; 3TCJ A; 4P5N A; 2VWF A; 3CCV A; 4QQD A; 2DXB A; 4D6W A; 2MYS A; 1VQK A; 2ZPH B; 2HAX A; 1YN8 A; 1WI7 A; 2M02 A; 1NLP C; 1F1B B; 5LJ3 j; 4BI3 A; 3X25 B; 2LJ3 A; 1WQW A; 5C6S A; 3H6Z A; 4GLM A; 2H3E B; 4WTO B; 2A0F B; 3JCM b; 3VRZ A; 3LYI A; 5LL6 S; 1R8O B; 1YHQ A; 2BIV A; 2QQ9 A; 3JB9 G; 1TWB A; 2D9T A; 1UDL A; 2KRO A; 3OYD A; 1VYT A; 3GNF B; 3I5R A; 3QWY A; 1UG1 A; 1WJQ A; 1NJI U; 3EGX B; 3VU3 C; 5I2M A; 2JN0 A; 1VQ7 T; 4LXC A; 1AHJ B; 2K2M A; 2MWO A; 1XNI A; 1QW1 A; 2X4J A; 1M2V A; 1QP2 A; 3CCL T; 1FMK A; 4M77 C; 3G6E A; 3OW2 S; 1B34 A; 1W2B A; 2O4X A; 2R58 A; 4L6V 5; 1RAD B; 2L3S A; 1VYV A; 1X43 A; 3M9Q A; 4DEY A; 2KBT A; 2A08 A; 3JV3 A; 2QEX T; 2EGA A; 5LJ5 e; 4AFZ C; 4OMQ A; 1KK7 A; 3G4S A; 4FW1 A; 1K9M C; 2FVU A; 2F1L A; 2RK2 A; 2KSS A; 1X01 A; 4ZTJ A; 3CCR A; 4A4K A; 1I0C A; 2DVJ A; 4KUI A; 5LJ3 e; 1HSQ A; 4M7A C; 1U1T A; 5GAO q; 2YWW A; 4RUG A; 4M75 A; 2KXC A; 1IHV A; 1SSF A; 5GAO r; 3VS6 A; 2DAQ A; 1WJR A; 2LNH B; 1AZE A; 2K5L A; 4M77 E; 1VQM T; 5DLQ E; 2OAW A; 2P0K A; 3NTK A; 1Q7Y R; 1P92 A; 2RM4 A; 5KYX A; 3BE3 A; 1KJW A; 1RAF B; 1QQJ A; 1X27 A; 4FSX A; 3C12 A; 1M2V B; 5KYY B; 2LJ0 A; 3C4S A; 2O4X B; 1PSF A; 1HYO A; 2K57 A; 4XU2 A; 2GTJ A; 2EYZ A; 5FU7 C; 3VS7 A; 2FL7 A; 2OTL T; 2YXY A; 2XDD A; 2VB6 A; 3NFC A; 4ANJ A; 1O9S A; 3JSC A; 1HD3 A; 3CC2 A; 2E3I A; 2J06 A; 4C0D C; 4M7A E; 2EJ9 A; 1ZSZ A; 3EAE A; 3GP8 A; 3ME9 A; 1IO6 A; 1YJW T; 1VQL Q; 1Q82 U; 4CC7 A; 1VQ8 T; 5GAM g; 4IUV A; 1Q7Y C; 2D8J A; 3HP9 A; 2JM9 A; 4X34 A; 4HT8 A; 1K0S A; 4EMK C; 2RI3 A; 2EQM A; 5L8R E; 4M75 B; 2X51 A; 1QVG A; 5GJW B; 1WNL A; 2M0Y A; 4QVC A; 3LLR A; 1WXT A; 3QII A; 4N4H A; 2FZC B; 4NL3 A; 2E3H A; 2PQW A; 3E19 A; 4C92 G; 5KYX B; 1R77 A; 3C95 A; 5I21 A; 1M90 R; 1T3S A; 2VXE A; 2QQB A; 1M2O A; 5D6X A; 1ZSG A; 1QCN A; 1BKB A; 1UHC A; 4J9D A; 1PG5 B; 3M55 A; 1OQK A; 3P8B B; 4M78 G; 4A4H A; 4RKU E; 2K4Y A; 1VOM A; 5GAN e; 4NL2 A; 2HMA A; 3M54 A; 4HVW A; 3CCM A; 2EYX A; 4X1V A; 1Q81 U; 2CUB A; 3PVQ A; 1RAA B; 5FU6 B; 1D1C A; 2D8H A; 5D7U A; 4QQ6 A; 4OMO A; 4EPC A; 5IAY A; 1JJ2 S; 4RG8 A; 1QVG P; 3ZL7 C; 1BI2 A; 3CCU T; 1ZSZ B; 1UTI A; 4FIB A; 3MCA B; 3BFM A; 3NPF A; 2DFU A; 4E6R A; 1MUZ A; 3X28 B; 4AT1 B; 2EBP A; 5GAO m; 3VYG A; 2KT1 A; 3BY7 A; 4M78 A; 3R6N A; 4DEX A; 2O88 A; 4Y91 A; 1PHT A; 2F2X A; 4F7U F; 1YI2 Q; 4J9C A; 4JZ3 A; 3VJP A; 3OS1 A; 2PVD B; 3A8G B; 3LH5 A; 3OYJ A; 4OB2 B; 5FRN A; 1KC8 U; 2QGG A; 1NM7 A; 2M1H A; 2QG9 B; 2MCN A; 2KR3 A; 2RMO A; 4C5H A; 4RMO A; 2XHC A; 5HY6 A; 3I56 T; 1WHL A; 3HPW A; 5LJ5 g; 2RA2 A; 2R5M A; 1E6G A; 4HVV A; 1JQQ A; 4BAC A; 1C6V X; 5GAM f; 4B9X A; 2LCC A; 1ZA2 B; 3BW1 A; 4ZGJ B; 1C0M A; 4PFZ A; 3MP1 A; 5CIU A; 4BI4 A; 1X2Q A; 2ZZD A; 3PIP A; 5LJ3 g; 2KDS A; 4JJB A; 2EGC A; 1Q86 R; 1N8R R; 1J3T A; 2FPE A; 3NTI A; 1IRX A; 4OGE A; 1FMW A; 3EH1 A; 5HK3 A; 6AT1 B; 3GNG A; 1OYX A; 2XMF A; 3U23 A; 2DL4 A; 3EGD A; 3MEA A; 2DK3 A; 4M77 G; 4M78 B; 2LQN A; 3L42 A; 4JRI A; 5KYU A; 1QVF A; 2JVV A; 1NYG A; 4OMF B; 4A63 B; 2QYZ A; 2NUT B; 4PJO D; 3RMQ A; 2AT1 B; 2FG0 A; 5L23 A; 2GFA A; 5CVI A; 3M0T A; 5AYF A; 3TU4 K; 1ZHI A; 2VYT A; 4PJM A; 3JCM h; 1S72 Q; 2E5K A; 2DX1 A; 4XU3 A; 1OZ2 A; 1JXM A; 4X9D A; 1Q86 C; 2DIG A; 1N8R C; 3M0Q A; 2L5Q A; 1EIF A; 1YI2 A; 2RK1 A; 4CC4 B; 3CCQ A; 1K73 U; 4M75 C; 4ZGE B; 5KYW A; 4ATO A; 1EFN A; 4E7S A; 1WGS A; 4M7A G; 2AHJ B; 5KCO A; 2I0N A; 4PJO F; 2DXU A; 3H8Z A; 4ME7 A; 5GAM h; 2P4T A; 1QVF P; 4KGZ B; 5IT9 E; 1OPK A; 1KD1 C; 2R5A A; 1WQ7 A; 1K76 A; 3S3M A; 3A8O B; 5IHI A; 1HXD A; 2KRM A; 2JJ9 A; 1NJI R; 2XU8 A; 1YWP A; 1T3L A; 3UT1 A; 2QTV A; 3EGD B; 2D0Q B; 4J9F A; 1IHW A; 2RHU A; 5EC7 A; 1VQ5 A; 1Y7X A; 1KSW A; 2KEA A; 5KYU B; 4Z88 A; 4WCI A; 2K3X A; 3QYH B; 5FU6 C; 4L59 A; 3CCJ A; 2O9S A; 2JS2 A; 4JRK A; 4M75 E; 1UGS B; 5LJ5 f; 1ZSZ C; 3HRT A; 3M0R A; 1U8R A; 1VQ7 Q; 1GBR A; 3CCL Q; 1Z9Z A; 3M5A A; 4E2F B; 1MNE A; 2NYS A; 3NMZ C; 3VS0 A; 2D6F A; 2BZX A; 3CPF A; 2PUK B; 2RQV A; 2EWN A; 3CQT A; 3VS2 A; 2CZ0 B; 1E7O A; 2KGT A; 2DM1 A; 4RTX A; 1G3Y A; 1PSE A; 5GMK m; 3FEO A; 5LJ3 f; 4Z89 A; 5GMK i; 3G71 A; 3E1S A; 5A0D A; 5KYW B; 2QEX Q; 1LNX A; 2RF0 A; 1DJ7 B; 3I55 T; 2MPX C; 2A3L A; 1NJI C; 1VIF A; 2RN8 A; 3PGG A; 4OMN A; 2KK4 A; 1Y96 A; 3G1J A; 3OMC A; 1S72 A; 4Y92 A; 4RG2 A; 4MZM A; 4N0A A; 4HKE A; 1N9S A; 3M58 A; 4LDY A; 4CC2 A; 3OQ5 A; 1H3Z A; 3OYI A; 4PK4 A; 4KH1 B; 2DEU A; 3QG1 A; 1IGU A; 3QDR B; 5EG2 A; 2JMC A; 4FCY A; 4PL6 A; 3X20 B; 2H3J A; 2PVO B; 3FJ5 A; 1VQM Q; 1VUB A; 3L1A A; 3CPW P; 1RAB B; 2HQE A; 2L89 A; 2DRK A; 4AMC A; 1PCX A; 1OU9 A; 3AHU A; 4BD3 A; 1X6B A; 2RHX A; 2VV5 A; 2CGH A; 2KYB A; 1RL2 A; 2NLU A; 1NYF A; 5LJ5 h; 1ZBJ A; 1GFD A; 3LGF A; 4JRP A; 2J6O A; 4J8O A; 3QPH A; 1YNZ A; 2QQR A; 2OTL Q; 3HKS A; 3PMI A; 2X4Y A; 2OTJ T; 1V76 A; 4JS4 A; 1Q82 R; 2GGR A; 2DXC A; 1W1F A; 1MV3 A; 1VQ7 A; 1IB8 A; 2DE0 X; 2RI2 A; 5CO7 A; 3LH0 A; 3CCS T; 5LJ3 h; 3QO3 A; 3L2U A; 3CCL A; 1RAI B; 2DJQ A; 2DIQ A; 3X26 B; 2CUD A; 1YJW Q; 1VQ8 Q; 1UEB A; 3M57 A; 1YCS B; 1GFC A; 2DER A; 2LQ8 A; 2KVQ G; 3I5S A; 2QEX A; 1YJN A; 2X9H A; 2V26 A; 2LT1 A; 5GAO l; 2C0O A; 3MET A; 2RHZ A; 1OI1 A; 1YIT T; 1HJD A; 2ROT A; 3CD6 T; 3ASK A; 3M59 A; 3MPU B; 1QCO A; 5HCK A; 4DOV A; 4B9W A; 9ATC B; 2YRC A; 4YTL A; 3CEY A; 3DKM A; 4LDX A; 1ZUU A; 1Q82 C; 3NGP A; 2LC4 A; 4OB3 B; 5FWC A; 1VQP A; 4M78 E; 1R0C B; 1LVK A; 5I2S A; 1GRI A; 2RB6 A; 3OBY A; 2L3R A; 1H92 A; 3FRN A; 1D3B A; 3OYG A; 4QW2 A; 2DD4 A; 4PLI A; 3H0I A; 1M4Z A; 4HT9 A; 2LX9 A; 1VQN T; 2LT4 A; 1GBQ A; 4KBM B; 3JRZ A; 2HD0 A; 1MMA A; 5IH2 A; 2VUB A; 2JM8 A; 5HK0 A; 8AT1 B; 3CMA Q; 3HFN A; 1PD1 A; 2XIC A; 4KGX B; 3JCM W; 1JXO A; 2ABL A; 3CC7 T; 4BDY A; 1K9M R; 1FXX A; 4LUD A; 2DTI A; 1WLP B; 3J80 E; 3PFS A; 1RAC B; 4E7J A; 2IPO B; 3CC4 T; 1AWO A; 2LP5 A; 4DBQ A; 1WXU A; 1D0Y A; 2B86 A; 2ZPF B; 4PJJ A; 1IGQ A; 4FYV B; 4LE9 A; 2FEI A; 2SEM A; 5A0G A; 2LCS A; 1EZZ B; 1GCP A; 3LGL A; 4B6M A; 5KYY A; 5GJV B; 1KC8 R; 2WAC A; 3C94 A; 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