The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
76
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structure length |
76
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Chain Sequence |
MIPPINFIFKLLQQHTPVSIWLFEQTDIRLQGQIRGFDEFMNIVLDDAVQVDAKNNKRELGRILLKGDNITLIQAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a yeast spliceosome at 3.6-angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor spp42
|
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
|
| total genus |
8
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| structure length |
76
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| sequence length |
76
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| chains with identical sequence |
m
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-08-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| H | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2FB7 A; 4XU0 A; 5CAI A; 4M78 B; 5GMK h; 3GIB A; 2EJ9 A; 2DZ9 A; 4M77 G; 2E65 A; 1JRI A; 4M77 A; 4OP0 A; 2DTI A; 3JCM g; 4C8Q E; 4F7U G; 4M75 E; 4F7U A; 5GAM g; 3AHU A; 3RKY A; 3RKX A; 4PJO E; 2DZC A; 5LJ3 d; 3RUX A; 5GAN 6; 5GAM h; 3JCM h; 1M5Q 1; 2CGH A; 4XTY A; 5DY9 A; 3BY7 A; 4M7A G; 4M7A A; 1I5L A; 5GMK m; 2DTH A; 3EFS A; 3JCM W; 5GMK i; 5LJ3 e; 5GAO n; 4M7D D; 2DXT A; 4C92 B; 1BIA A; 3JCM b; 4M78 G; 4M78 A; 4XU3 A; 4M7D C; 4C8Q D; 3V8J A; 4WF2 A; 4M75 D; 4J6W A; 4M7A F; 3SB2 A; 1D3B B; 3JCM c; 4C8Q C; 5GAN 3; 4XQ3 A; 2RM4 A; 4M75 C; 2DXU A; 4PJO D; 2RB6 A; 5GAN 7; 1TH7 A; 4EMG A; 4PJO C; 3JCM J; 1BIB A; 1WNL A; 1WQ7 A; 2EWN A; 3JCM V; 4JUV A; 4M78 F; 1LNX A; 5LJ3 g; 2JN0 A; 1MGQ A; 2Y90 A; 4A54 A; 4M7A E; 2EJF A; 5LJ3 f; 5GAN e; 2ZGW A; 4HA8 A; 3L2Z A; 5LJ3 h; 1Y96 B; 4C92 G; 4C92 A; 4EMK C; 4V2S A; 2YLB A; 4HT8 A; 5GAN 8; 1HK9 A; 4M77 F; 1D3B A; 3SWN C; 4RCC A; 4C8Q B; 4F7U F; 3PGG A; 4Y91 A; 4QVD A; 3FIF A; 4M75 B; 4EMH A; 3V7C A; 4J6Y A; 3V7S A; 3M4G A; 2DEQ A; 3INZ A; 4RCB A; 4PJO B; 4MMK A; 3RIR A; 3BFM A; 3QO3 A; 1N9S A; 1KQ1 A; 2DTO A; 2VXF A; 1I81 A; 3FB9 A; 2YLC A; 4M7A D; 2VXE A; 5GAN 4; 4M77 E; 4F7U E; 3FJP A; 2RD1 A; 4JLI A; 5LJ3 j; 3V8L A; 5LJ5 d; 4XTZ A; 5GAN d; 4M7A C; 4N0A A; 1Y96 A; 4JRI A; 4MML A; 4PNO A; 2DKG A; 4QVC A; 5GAO q; 3JB9 G; 1X01 A; 5GAM d; 5GMK e; 3JCM d; 3VU3 C; 4C8Q A; 3SWN B; 4C8Q G; 5GAO l; 2E64 A; 4M75 G; 2EJG A; 4M75 A; 4DQ2 A; 2YHT A; 5LJ5 e; 4NL3 A; 4J5Y A; 4XU1 A; 3JCM X; 4PJO G; 3QUI A; 4X9C A; 3JB9 I; 4XU2 A; 1U1S A; 4PJO A; 1B34 B; 3JB9 H; 3HFN A; 4XTV A; 4M7D B; 5GAM e; 3HFO A; 1HXD A; 3JCM e; 3JB9 F; 4M78 E; 3RKW A; 4M77 D; 5GAO r; 2QTX A; 3EFR A; 5GAN 2; 3BDU A; 5GAN j; 4JRK A; 1KQ2 A; 3QHS A; 4M77 C; 4M75 F; 1M8V A; 3L1A A; 5GAN 5; 1JBM A; 3QSU A; 4C92 F; 1WQW A; 1N9R A; 2RA2 A; 5LJ5 g; 5GAN g; 4NL2 A; 1LJO A; 1I8F A; 2DJZ A; 5GAN f; 5LJ5 f; 3SWN A; 3JCM P; 2E41 A; 3JB9 J; 2I2L A; 5LJ5 h; 1H64 1; 2E10 A; 2E1H A; 3V8K A; 5GAN h; 5GAO p; 4X9D A; 1I4K 1; 5GAM f; 1B34 A; 3JCM f; 4EMK B; 4M7D A; 4M7D G; 4C92 E; 4M78 D; 3HSB A; 3RES A; 4J6X A; 4XTW A; 4M78 C; 5GAO m; 4M77 B; 4F7U B; 2HNI A; 5GMK l; 4A53 A; 2FYK A; 4N0A C; 5GMK j; 3JB9 D; 4M7D F; 4HT9 A; 3V7R A; 1LOJ A; 5LJ5 j; 2DVE A; 4C8Q F; 4M7A B; 5I21 A; 1WPY A; 4XTU A; 4PJO F; 1U1T A; 2EAY A; 3BW1 A; 2VC8 A; 4XTX A; 1YCY A; 4C92 D; 4EMK A; 5GAM j; 3RER A; 4C92 C; 4NOY A; 3JCM Q; 4M7D E; 2K57 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4F7U A; 1JRI A; 2KVQ G; 3G4S T; 4RTX A; 3OSV A; 1QKX A; 1U5S A; 5L23 A; 1G3Y A; 3OSS C; 2RI5 A; 4QW2 A; 4C5G A; 1M8M A; 2JMC A; 4LNP A; 1RAA B; 2D1X A; 4M7D C; 1C6V X; 1D3B B; 5CCA A; 3C95 A; 2O9V A; 4PJL A; 4EMG A; 1ZSZ B; 1WIE A; 4PJJ A; 2X9H A; 4M7A E; 4OMO A; 3GNF B; 4FCY A; 2L3R A; 3E9G A; 2XDD A; 3A8M B; 4Z88 A; 4M75 B; 1OOT A; 2CP2 A; 4E47 A; 3VS4 A; 4FYV B; 3FB9 A; 2VXF A; 2QEX A; 4JRQ A; 4HKE A; 4JLI A; 2ED1 A; 3CXC A; 4KH0 B; 3HPW A; 4MML A; 3OYY A; 2HBP A; 3REA B; 3M4Y A; 3VU3 C; 4HVV A; 2FPF A; 2L8D A; 3C12 A; 4FW2 A; 4JDS A; 2FHD A; 3VS6 A; 2VAS A; 3JB9 F; 4M77 D; 2ZPB B; 1UUE A; 3S3O A; 3L1A A; 2QEX Q; 3OBY A; 3QYH B; 1WZO A; 2M1H A; 3I5S A; 5LJ5 g; 3PIP A; 3G4S A; 1Q7Y R; 2DF6 A; 2EBP A; 1BKB A; 1AWJ A; 1AWO A; 2HL5 C; 3EG1 A; 1SG5 A; 4J9F A; 1VQK T; 3VYH B; 4M78 D; 1I07 A; 5CKD A; 4O5V A; 2KDS A; 1ZLM A; 1K8A R; 1AZG B; 1YWP A; 2XU8 A; 3GBQ A; 1Q86 C; 3G4S Q; 2DVE A; 2FZC B; 4PKC C; 4M7A B; 4AG2 C; 4R56 A; 4KH1 B; 3ZFJ A; 3M0R A; 1N5Z A; 4B9X A; 4DBR A; 2FB7 A; 3CPF A; 4E7L A; 2JM8 A; 4ME7 A; 1PNJ A; 1YJN T; 2XID A; 3RBB B; 3CQT A; 4A4E A; 1GRI A; 2RQW A; 1NYG A; 2BKD N; 4B6M A; 1U3O A; 3EAE A; 4IUQ A; 1M2V A; 3VYG A; 3SD4 A; 4BDY A; 1BU1 A; 2D8H A; 2KXC A; 4RMO A; 4FSX A; 4PL6 A; 2K2V A; 3X25 B; 2JVV A; 2X51 A; 3M53 A; 1E6G A; 2KEA A; 2CT3 A; 3J80 E; 1RI0 A; 1OV3 A; 2O9S A; 2DET A; 1VQN T; 1TUC A; 3URG A; 4DOW A; 1KHI A; 4M77 F; 3GF5 A; 3SWN C; 2E70 A; 2A37 A; 4A4K A; 5C6S A; 3FRN A; 1VQM T; 1PD0 A; 1VQK A; 2YLC A; 1KQS S; 1P92 A; 5GAN 4; 2PUK B; 5EC7 A; 3FJP A; 5CQX A; 1YIT Q; 2RH2 A; 2RQT A; 2XHC A; 3FJ5 A; 2YRC A; 2D0Q B; 3RMQ A; 1VOM A; 1NM7 A; 2DIL A; 2E64 A; 4M75 G; 5LJ5 e; 1VQ6 T; 2J05 A; 3OBW A; 4J7I A; 1ZBJ A; 8ATC B; 1VQ5 T; 2OI3 A; 3OS0 A; 4J9G A; 1MHN A; 3EH1 A; 1X6G A; 1M1K C; 4M77 C; 1OX8 A; 1D1B A; 5IN1 A; 1I0C A; 2K3Y A; 1N9R A; 1YJN A; 1WJR A; 2LTO A; 4JS5 A; 4RTT A; 5GAN f; 1NLP C; 4ZGD B; 1PHT A; 3H8Z A; 1K1Z A; 1S72 Q; 4X34 A; 4C92 E; 2DVJ A; 3A8L B; 4M78 C; 2KR3 A; 2QXF A; 4ANJ A; 3V7R A; 1YJN Q; 4OGC A; 3CC2 T; 3IQL A; 1R77 A; 3BDL A; 1U1T A; 3U23 A; 1X2Q A; 1VQN A; 2MWP A; 2RQV A; 2M0O A; 1QCF A; 4LDX A; 1NJI C; 1BB9 A; 1K0X A; 2DIQ A; 2DAQ A; 1VYT A; 2FVU A; 3ME9 A; 2JOY A; 4M7A G; 1VQM A; 2RHY A; 1MND A; 2CSI A; 2CKK A; 5IXF A; 2JS2 A; 1WDX A; 1VQN Q; 4OGE A; 2ZPI B; 2CDT A; 1VQ6 A; 2F2V A; 2K9G A; 1BIB A; 3UA6 A; 4JUV A; 1VQ5 A; 4DBH A; 2NUT A; 2KBT A; 2A36 A; 2QQS A; 1VQM Q; 2D8J A; 3NTI A; 2CS7 A; 4V2S A; 3F70 A; 3M0P A; 1C0M A; 1TWB A; 4IUP A; 4RCB A; 3EGX A; 1VQ9 T; 1Q82 R; 2RF0 A; 1VQ6 Q; 1PSF A; 1VQ5 Q; 1LCK A; 2Y4Y A; 2K5F A; 3THK A; 4E7H A; 1I1J A; 3OW2 S; 1JXM A; 3CC2 A; 4FW1 A; 2JXB A; 3PNW C; 2DD4 A; 2HQX A; 2JW4 A; 4J83 A; 1GXI E; 3PMI A; 1JJ2 S; 3QZ9 B; 4PJN A; 2EIF A; 1I8F A; 4CC2 A; 4QQ6 A; 5CIU A; 3VUZ A; 2NUP B; 2M9U A; 2J6F A; 2EGC A; 3ULR B; 1BI2 A; 1ZA1 B; 4QQD A; 1VQL T; 2RHU A; 1Z9Z A; 4N4H A; 3CC2 Q; 3UA7 A; 4XTW A; 2KRN A; 1M1K U; 3OYI A; 3NTH A; 3QBY A; 3CCV T; 1PKT A; 1QVF P; 3DLL A; 3LWH A; 1OPL A; 2EYZ A; 3X28 B; 5CKE A; 4EMK A; 3EFO B; 2J06 A; 3BW1 A; 2QDY B; 3QII A; 1LVK A; 1Y57 A; 4RUG A; 1W2B S; 1M3B A; 2EQU A; 3X24 B; 4BUG A; 2AZS A; 3M5A A; 2DXB A; 3G6E Q; 1VQ9 A; 2DE0 X; 5GAO n; 4ZGJ B; 1RUW A; 2LC4 A; 4ZGE B; 2KE9 A; 4C8Q D; 4QT7 A; 1UJ0 A; 2RHI A; 1WHL A; 2IPO B; 2DO3 A; 2PU9 B; 1NJI U; 2JUF A; 2OTL Q; 1X6B A; 1SHG A; 2JN0 A; 2EJF A; 2ZGW A; 1G3T A; 3VRZ A; 2CP3 A; 1VQ9 Q; 5LJ3 h; 5IHI A; 3VS0 A; 3PIO A; 2E4H A; 3PTA A; 1QP3 A; 5FU6 C; 1GCQ C; 4Y91 A; 2LCC A; 1KQS A; 4PJO B; 2CT4 A; 1ZBX A; 1KQ1 A; 1I81 A; 2KAF A; 2YUQ A; 1VQL A; 2PZ1 A; 3J7A F; 5LJ5 d; 1TSF A; 2ZPF B; 2F5T X; 2X4Y A; 2WSC E; 1Y71 A; 4LN2 A; 1WGS A; 2KNB B; 2LNV A; 3QYG B; 3CCV A; 4J5Y A; 3P8B B; 4X9C A; 3CD6 T; 1HXD A; 4FYW B; 4FT2 A; 2V8I A; 5GAN j; 5A0G A; 3TEE A; 1JO8 A; 1VQL Q; 1WXU A; 1KSW A; 1U06 A; 2DJZ A; 2SRC A; 3M59 A; 3QG1 A; 5D7U A; 3SWN A; 4OVA A; 1H64 1; 5GAO p; 1N6A A; 2LP5 A; 1TUG B; 4UC4 A; 1K4U S; 1GL5 A; 2EQK A; 1QVG S; 1S1N A; 1ZA2 B; 5GAO m; 3DB3 A; 4F7U B; 2CP5 A; 1WHH A; 2E12 A; 3X20 B; 2PTK A; 3DB4 A; 1UHC A; 4C8Q F; 4ELZ C; 2DYI A; 3H9N A; 2H3J A; 2HSE B; 1Y07 A; 3RMS A; 1FMW A; 3A8O B; 4M77 A; 1O75 A; 3OS5 A; 3MP1 A; 3QPH A; 1EZZ B; 5D6Y A; 1ACM B; 2XDB A; 2RNA A; 3MEW A; 5GAN 6; 2KMT A; 2V8J A; 2NLU A; 4PFO A; 2DL8 A; 4MZM A; 1MUZ A; 2DXC A; 3E9F A; 3CCR T; 1FX7 A; 2PVO B; 2LRQ A; 4WCI A; 2LJ0 A; 1GFD A; 4M78 A; 2KYM A; 4EIK A; 4C8Q C; 5GAN 3; 2QK0 A; 1D0X A; 1MMN A; 2QYZ A; 3JCM V; 2R57 A; 4F16 A; 3CD6 A; 1TG0 A; 2JNG A; 1WXT A; 3C94 A; 2IIM A; 1MNE A; 2HQE A; 1NPR A; 3JCM X; 2FPD A; 4L6V 5; 3C0C A; 2RJF A; 3M0T A; 4EPC A; 3PVL A; 4M7A D; 1YBY A; 4J7F A; 3CD6 Q; 3PE0 A; 5LJ3 j; 2WSE E; 1HD3 A; 1Y96 A; 2CRE A; 4C0D C; 3LH0 A; 2EJG A; 2KT8 A; 1RAI B; 1OX9 A; 2Y4X A; 2M51 A; 4PJO G; 4C0F A; 2IG0 A; 2G6F X; 3EFR A; 1PG5 B; 2LT4 A; 1KQ2 A; 4M75 F; 3MEU A; 2QDL A; 4RTU A; 2RA2 A; 5A0D A; 2M02 A; 1Y0M A; 1YJ9 A; 1KC8 C; 1B34 A; 1JEG A; 3CC7 T; 1JXO A; 3CCR A; 1ZSZ C; 1K0S A; 4Y28 E; 1Q95 G; 2HNI A; 5KE3 A; 2E3I A; 4HCB A; 4LD9 K; 1BI3 A; 5KYW A; 1PC0 A; 1M2V B; 1AWX A; 1W2B A; 4JPB W; 1YJ9 Q; 3JCM Q; 5CAI A; 1JB0 E; 2JZ2 A; 2EJ9 A; 4F7U G; 2JTE A; 8AT1 B; 1AOJ A; 4M75 E; 1MMG A; 2H3E B; 3RKY A; 3MP8 A; 3NHN A; 2ENM A; 2H8H A; 1UGR B; 2OX7 A; 2CZ1 B; 1WI7 A; 1IO6 A; 3M58 A; 2ATC B; 5GMK i; 3OYH A; 3M0U A; 3ZBD A; 3GNG A; 2X4X A; 4ESR A; 4M7A F; 1PRL C; 1RAE B; 1V76 A; 3CXC P; 1KG1 A; 2KY9 A; 4D6W A; 2RMO A; 1BCM A; 1R0B G; 4JLG A; 2O4X A; 5FU7 C; 1M2O A; 2CH4 W; 2C0I A; 3PFS A; 2YLB A; 3UDC A; 5GAN 8; 3OYM A; 1CKA A; 4PFP A; 1PSE A; 2RHX A; 1LPL A; 4KGX B; 2GTO A; 4J6Y A; 2DA9 A; 4OF1 A; 1B07 A; 1QW1 A; 3QO3 A; 2COZ A; 3REB B; 1ZUY A; 4GY5 A; 2A7Y A; 3CEY A; 3CC7 A; 4M7A C; 4XTZ A; 4LDU A; 2YDL A; 3H0F A; 4OML A; 1M1F A; 2B86 A; 2R58 A; 1ZQ1 A; 3JB9 I; 2QA4 Q; 2B8A A; 5A0L A; 2RJC A; 3RKW A; 3SEM A; 3OYL A; 4JRK A; 5FRO A; 2XKO C; 4BY6 C; 3O8V A; 3CC7 Q; 1JBM A; 3LX7 A; 4TVR A; 1GCQ A; 1QVG A; 2HQH A; 1MMA A; 3KBG A; 2LCL A; 1K9M C; 2MAM A; 2W0Z A; 3CMA Q; 3A8H B; 4A53 A; 1YIT T; 5HK0 A; 3CCS Q; 4ZN3 A; 1X2K A; 1BYM A; 4L5G A; 2DYB A; 4HCK A; 3CCL T; 4C92 D; 2O01 E; 2BZX A; 3NTK A; 3MPU B; 4HXJ A; 5C0M A; 4AFS C; 3RDV A; 1G8X A; 1TU0 B; 1VYU A; 1AZE A; 1ZX6 A; 3RR6 A; 2NUT B; 1HSQ A; 2YWW A; 1S72 T; 5D6W A; 3JCM b; 4XU3 A; 5KCH A; 1YIJ T; 2DER A; 3SFM A; 3SB2 A; 1VQ4 T; 2X3W D; 2RM4 A; 3I55 Q; 2CH4 A; 3EGX B; 1EX4 A; 2QGG A; 1YWO A; 4FYY B; 5LJ3 g; 3CCQ T; 2YRD A; 5GAN e; 1SEM A; 3PT9 A; 2ABL A; 1D0Y A; 3I5R A; 4N4G A; 4N4I A; 4HT8 A; 3I9Q A; 1UDL A; 2X35 A; 3PGG A; 3ZEH A; 4JRP A; 3LH5 A; 1R0C B; 3RIR A; 4C5E A; 4E7Z A; 1UB4 A; 1UEC A; 3L2W A; 2V1Q A; 4E7J A; 4IUR A; 1OI1 A; 2RQR A; 4QVC A; 1YIT A; 4C8Q A; 3MEA A; 4RG2 A; 2ZZD A; 4P5N A; 3CCL A; 4C0G A; 2RHZ A; 3JCM e; 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