The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
75
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structure length |
73
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Chain Sequence |
VPVNPKPFLQGLIGKPVLVRLKWGQEYKGTLQSVDSYMNLQLLNAEELVDGVKTGDLGEILIRCNNVLWVGEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a yeast spliceosome at 3.6-angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor spp42
|
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
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| total genus |
10
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| structure length |
73
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| sequence length |
75
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| chains with identical sequence |
n
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-08-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| I | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4C92 D; 5I21 A; 2DTH A; 4M77 G; 5GAO n; 4M7A D; 4XU3 A; 3QUI A; 3BY7 A; 1B34 A; 4X9D A; 3JCM f; 2DTO A; 4M77 A; 4M75 F; 4XQ3 A; 3JCM Q; 1X01 A; 2DTI A; 5GAM h; 2QTX A; 2Y90 A; 1HXD A; 1WQW A; 3RKX A; 3JB9 D; 4F7U B; 3JCM d; 2DVE A; 4M75 G; 3JB9 J; 3FJP A; 4XU2 A; 4QVC A; 2EJG A; 4RCB A; 3JCM b; 5GAN 2; 4HA8 A; 5GMK e; 4XTZ A; 5GAN 7; 4M75 A; 4F7U E; 3BFM A; 4C8Q D; 2DXU A; 4XTX A; 3INZ A; 4DQ2 A; 3JCM W; 4EMK A; 4M78 G; 3JCM g; 5GMK l; 5GAN 4; 3AHU A; 3HSB A; 5GMK m; 4M7D F; 1YCY A; 2I2L A; 3BDU A; 3HFN A; 3RKY A; 4J6W A; 2DZC A; 4M78 A; 4M7D G; 1JBM A; 3RUX A; 3M4G A; 2EWN A; 4MMK A; 1LOJ A; 5GAN 8; 2YHT A; 5DY9 A; 4Y91 A; 1I5L A; 4NL3 A; 5GAO m; 4M7D A; 3V8J A; 4PJO A; 1WQ7 A; 3V7R A; 5GMK h; 4C92 B; 1Y96 B; 4M7A B; 3RER A; 2FB7 A; 3SB2 A; 3RES A; 1M5Q 1; 1MGQ A; 2VC8 A; 3SWN B; 4PJO D; 4XTY A; 4M77 D; 4NL2 A; 3V7C A; 5LJ3 h; 1M8V A; 5GAN f; 3JCM P; 4C92 E; 1KQ2 A; 3JCM e; 3JCM X; 4M7A E; 4F7U F; 5LJ5 h; 3V8L A; 1BIB A; 2E65 A; 5GAN 3; 4A54 A; 4EMG A; 2RA2 A; 5GAN j; 5GAN d; 3JB9 F; 4F7U G; 5GAM g; 1TH7 A; 4M75 D; 4N0A A; 1D3B B; 2VXE A; 3HFO A; 4PNO A; 3GIB A; 3L1A A; 3JCM c; 4C8Q B; 3PGG A; 4V2S A; 4XU0 A; 2E10 A; 4C92 C; 4EMH A; 5GAO r; 4M7A C; 2DJZ A; 2VXF A; 2DKG A; 4RCC A; 4XTV A; 3SWN C; 5GAN g; 1WPY A; 1I8F A; 4M78 D; 5GAM f; 5GAN 6; 4C8Q E; 4MML A; 5GAO l; 4HT8 A; 4HT9 A; 2CGH A; 3JCM h; 5LJ3 f; 1H64 1; 3L2Z A; 3FIF A; 3V8K A; 1LJO A; 2EJ9 A; 2E64 A; 4M77 C; 4M7D D; 3RKW A; 2RD1 A; 5GAM j; 5LJ5 f; 4C92 F; 3JCM V; 5GAM d; 4JRK A; 4M7A F; 2EAY A; 1B34 B; 4J5Y A; 4NOY A; 4X9C A; 5GAM e; 4WF2 A; 2DXT A; 5LJ3 d; 4PJO B; 2YLB A; 1KQ1 A; 1N9S A; 4OP0 A; 4C92 G; 4M77 B; 1HK9 A; 4M7A G; 1U1S A; 3QHS A; 4C8Q C; 5LJ5 d; 5GAO q; 3JB9 H; 1I4K 1; 4XTW A; 4PJO E; 1Y96 A; 4M7A A; 3V7S A; 5GAN e; 4M77 E; 3SWN A; 4EMK C; 5LJ3 g; 4JRI A; 2YLC A; 3JB9 G; 4F7U A; 1U1T A; 3BW1 A; 4M75 B; 2DEQ A; 2HNI A; 5LJ5 g; 2EJF A; 1N9R A; 4JUV A; 4M78 C; 4C8Q F; 5GMK i; 2RM4 A; 4J6X A; 4QVD A; 3VU3 C; 4EMK B; 3QO3 A; 1BIA A; 3FB9 A; 4M75 E; 4C8Q G; 4M7D C; 4PJO C; 2DZ9 A; 3RIR A; 5GMK j; 1D3B A; 4M78 B; 3JCM J; 3JB9 I; 4J6Y A; 4C8Q A; 4M78 F; 1WNL A; 5GAN h; 2E41 A; 2FYK A; 5LJ3 j; 4M7D B; 4A53 A; 2ZGW A; 5GAN 5; 1I81 A; 3EFR A; 4M78 E; 4JLI A; 1LNX A; 2RB6 A; 2JN0 A; 3EFS A; 5LJ3 e; 5GAO p; 5LJ5 j; 4PJO F; 2E1H A; 4XU1 A; 5CAI A; 4M75 C; 4M77 F; 5LJ5 e; 4M7D E; 1JRI A; 4C92 A; 2K57 A; 4XTU A; 3QSU A; 4N0A C; 4PJO G; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DEX A; 2RF0 A; 3JCM f; 2DTO A; 3CCJ T; 2BKD N; 1XOV A; 3CCV Q; 1KC8 C; 4OMF B; 1RAD B; 2D8H A; 1JEG A; 3EFO B; 4XTZ A; 2R5M A; 2DER A; 4DBH A; 4PLI A; 1V76 A; 1Q86 R; 2GFA A; 1RUW A; 1SPK A; 4Y28 E; 1A0N B; 2LCC A; 2YUO A; 3O5Z A; 1M4Z A; 2HQE A; 2PVO B; 1QP2 A; 2XU8 A; 1RAB B; 2V8K A; 1M1K C; 3SEM A; 4F7U F; 4RTT A; 2F2X A; 5IXB A; 1TH7 A; 2EKH A; 5I2S A; 4Y92 A; 5HY6 A; 1RAC B; 3CXC P; 3M4Y A; 4ZGJ B; 1M3C A; 5KYX B; 4RMO A; 2X51 A; 1VQK Q; 5CKE A; 2ZPH B; 3CCE A; 3RKW A; 3H8Z A; 1B34 B; 5GAM e; 2PVD B; 2MAM A; 3OYY A; 3VS5 A; 3PFS A; 2QK0 A; 2D8J A; 4M7A A; 2K5I A; 3A5Z B; 4EMK C; 4JRI A; 1PSE A; 4FW2 A; 4KGX B; 3X20 B; 1M9S A; 1KJW A; 4OML A; 2QQA A; 3CCU T; 1JO8 A; 1N8R C; 4PJO C; 1QVG S; 4E7S A; 2GBQ A; 3RIR A; 3L2W A; 4JRP A; 3DLM A; 2YUP A; 1WXT A; 3I9Q A; 3ME9 A; 3CQT A; 2DD4 A; 2MCN A; 3M0R A; 1WFW A; 2X4W A; 4K11 A; 3OYH A; 5C6S A; 5I21 A; 4M7A D; 1K1Z A; 1FYN A; 5HK0 A; 2XD0 A; 5CK9 A; 1YIJ Q; 5A0L A; 2D1X A; 2X3W D; 5DLO A; 2KBT A; 4BAC A; 1M30 A; 1TWB A; 1OU9 A; 1JU5 C; 4ELY C; 1M3A A; 5M9O A; 2V1R A; 2J06 A; 2HZY A; 2HL5 C; 3LYI A; 5LL6 S; 2LJ3 A; 2AIR B; 5ECA A; 4QQ6 A; 3EG9 A; 1VUB A; 2LX7 A; 3VS4 A; 3SB2 A; 3SWN B; 3L42 A; 2KGT A; 2HBW A; 3VKI A; 4OB0 B; 1M90 C; 5KYU B; 2CUB A; 2Y4Y A; 4Z89 A; 3Q1J A; 1SF9 A; 1YJ9 T; 3OS5 A; 2A3L A; 2YRC A; 1QVF P; 3QKJ A; 3H0F A; 3PNW C; 3HRU A; 2DYI A; 5GAN 6; 3EGX B; 2KAF A; 2R5A A; 1VQ5 A; 2BZY A; 2E64 A; 1VQP Q; 1KFZ A; 3S3N A; 4DBQ A; 4N4G A; 4J5Y A; 4X9C A; 3LGF A; 3QHS A; 2M51 A; 1BB9 A; 3LH0 A; 3SD4 A; 2L3P A; 5AYF A; 4XTW A; 2XHC A; 4DOW A; 1KD1 C; 1T3S A; 3JRZ A; 3CME Q; 1YIT Q; 4JUV A; 3TRE A; 5GMK i; 3C12 A; 3PIP A; 2JXB A; 2JTE A; 4OMM A; 5GMK j; 2QEX A; 4BY6 C; 2K79 A; 1W2B A; 4M78 E; 4KT0 E; 2WAC A; 4KGZ B; 3GLX A; 4MDX A; 3OYM A; 4E7H A; 3JAM E; 4M7D E; 4TVR A; 1JRI A; 1Y7X A; 2RHU A; 1VYV A; 5DM7 R; 2QTV A; 5KCO A; 1R0C B; 4OGE A; 4CC4 B; 1Q86 U; 1ZQ1 A; 4X9D A; 2C0T A; 2DTI A; 2LZ6 B; 4WCI A; 1O9S A; 3CD6 T; 1YHQ T; 3CCQ Q; 1OZ3 A; 4HCK A; 1GCP A; 2EQK A; 3CBO A; 2EPD A; 2E4H A; 1PNJ A; 5FU7 C; 1OV3 A; 3G71 A; 3BDU A; 3CMA A; 2DPP B; 4FU6 A; 1JBM A; 4PFP A; 4MZT A; 3G1J A; 2V26 A; 2DK3 A; 4LNP A; 1WGS A; 2JOY A; 1NPR A; 2NUZ A; 1C1A A; 3QJY A; 5D6X A; 5GMK h; 1JJ2 S; 3CCE T; 4JJD A; 1H3Z A; 4PFO A; 2CP2 A; 5GAN f; 1UHC A; 1X2K A; 3OYJ A; 4R56 A; 1I0C A; 3V8L A; 2EFI A; 2HQH A; 3L2Q A; 4BD3 A; 3QZ9 B; 5KE3 A; 1BI1 A; 1VQL Q; 4UC4 A; 2QQR A; 2DJZ A; 4ANJ A; 4C0F A; 4C0Z A; 4C8Q E; 2RK1 A; 1OX8 A; 4F16 A; 4Z8A A; 2GTJ A; 5GAM j; 3JCM V; 4BDY A; 3DB4 A; 1JB0 E; 4M7A G; 2AKK A; 4VUB A; 2YWW A; 1Y96 A; 2LCS A; 4LDV A; 3GF5 A; 1Q95 G; 2YXY A; 1WHG A; 3OW2 P; 3EGU A; 1X27 A; 3VUB A; 1BIA A; 4QQD A; 4JJB A; 1M27 C; 2QYZ A; 2DE0 X; 2WSF E; 4J6Y A; 4RTU A; 3CC2 Q; 2K6D A; 1E6H A; 5GAN 5; 2X9H A; 3EFS A; 3FLG A; 3M59 A; 4LDX A; 3C94 A; 4ZN3 A; 1D1A A; 4C92 A; 1WI7 A; 4LDW A; 5L8R E; 1JXM A; 4GY5 A; 4PK4 A; 2KXD A; 1UGP B; 3QYH B; 2CP3 A; 1VQK A; 2CS7 A; 4EDU A; 3HPW A; 5GAM h; 4IUV A; 4JS5 A; 2KYM A; 1WQW A; 2I0N A; 1MV0 B; 1UGR B; 4PKC C; 2RK2 A; 4RCB A; 2AK5 A; 1TU0 B; 1VIE A; 4M75 A; 1D1B A; 3VS7 A; 2FG0 A; 2K2V A; 4M7D F; 2JS0 A; 2L3Q A; 5FU6 B; 1IZ6 A; 1WX6 A; 3ZFJ A; 3J80 E; 1G3S A; 2WSC E; 2LT1 A; 4FIB A; 5DLQ E; 2V1Q A; 2EQM A; 3VS2 A; 4CRI A; 1VQ5 T; 1GFD A; 5IHN A; 2K5F A; 2QQS A; 5KYW A; 1M8V A; 1UUE A; 3TSW A; 2CP5 A; 4FW1 A; 1K9A A; 4A63 B; 1Q81 R; 4M75 D; 2VXE A; 1J3T A; 2CUD A; 2RMO A; 4C0D C; 3M5A A; 1NJI C; 3EFO A; 1P92 A; 3JCM h; 5KCH A; 1YIJ A; 3AT1 B; 4PJM A; 4XAX B; 5LJ5 f; 4XK8 E; 5GAM d; 5IN1 A; 2JZ2 A; 2P0P A; 6AT1 B; 1VQ6 A; 4PJO B; 1VQ9 T; 3O8V A; 1NLP C; 5I11 A; 1RAE B; 1PWT A; 1N27 A; 3KUF A; 2EYW A; 1N9R A; 4C8Q F; 2NLU A; 3QO3 A; 2DX1 A; 3FB9 A; 4D8D A; 2DZ9 A; 3S3M A; 2NUP B; 2L89 A; 4MZM A; 1AOJ A; 3X25 B; 2QDY B; 2AKL A; 1ARK A; 4ME7 A; 2NYS A; 5KYX A; 1ZSG A; 4XU1 A; 2DL7 A; 2COW A; 3OY9 A; 3G71 T; 3A8H B; 1D0Z A; 5EC7 A; 4OB3 B; 4N0A C; 3CMA T; 2KK4 A; 1GCQ A; 4PJJ A; 1QKX A; 3VS1 A; 1B34 A; 1Q82 C; 2GTO A; 3EG3 A; 3FEO A; 2DL3 A; 2EQJ A; 8ATC B; 2BZ8 A; 2HSE B; 1NBE B; 4HVV A; 4PJN A; 1VQP A; 2M1H A; 2DVE A; 3JCM d; 3WVD B; 2MOX A; 5CO7 A; 2MPX C; 2DRM A; 4BUG A; 1ZSZ A; 2KXC A; 1QLY A; 4RTV A; 3JCM g; 3I35 A; 3RDV A; 3AHU A; 3OYG A; 1YCY A; 1NG2 A; 4ZTJ A; 3UWN A; 2AHJ B; 1KSW A; 2CSQ A; 2E12 A; 3CME A; 1YIT A; 4Y91 A; 5FWC A; 3HHT B; 4KRT A; 3CCV T; 3UA7 A; 2CP0 A; 4NL2 A; 2RJE A; 3G7Z A; 4C92 E; 3QYG B; 3HL8 A; 1KQS P; 1W2B S; 1T0H A; 2J6K A; 3MEV A; 1KHC A; 4QQG A; 3MCA B; 1N8R R; 1U06 A; 1R0B G; 2BUD A; 2O88 A; 1OEB A; 4R55 A; 2FO0 A; 2K2M A; 1VOM A; 3L2Z A; 7AT1 B; 2DA9 A; 2M0Y A; 3G6E Q; 3OYL A; 2QEX Q; 3CCQ A; 2FZC B; 4RKU E; 2H3E B; 3A8O B; 4D8K A; 4LN2 A; 2X3X D; 4M77 B; 4BY6 B; 1UB4 A; 2A28 A; 3KFV A; 1WDX A; 3SWN A; 3A8L B; 3M0S A; 1K4U S; 2HNI A; 1WJS A; 5KYU A; 3NHN A; 1ZUK A; 1VQK T; 1NE8 A; 3X24 B; 2C0I A; 4OF1 A; 3PMI A; 1Z9Z A; 1G5V A; 2NUT B; 4DBF A; 1NEG A; 1VA7 A; 1S1N A; 4EPC A; 4Z88 A; 1VQN Q; 2LQW A; 5GAO p; 3CPW P; 3EGX A; 2XMF A; 5CAI A; 1YP5 A; 4IUT A; 2P84 A; 1QCF A; 2QG9 B; 3HTR A; 4QKU A; 2ZPB B; 5CKF A; 5FU7 B; 3QUI A; 3BY7 A; 2J7I A; 1C0M A; 2SEM A; 2HDA A; 1FXX A; 3G4S A; 3TEE A; 3RKX A; 2JJ9 A; 4PL6 A; 1VQO Q; 4F7U B; 4M75 G; 3JCM b; 2ECZ A; 5GMK e; 3P8D A; 3NFC A; 1TSF A; 3E9G A; 1PCX A; 1MNE A; 4DQ2 A; 1W4S A; 5GMK l; 2KYB A; 2EKO A; 2FRY A; 3RKY A; 1UEC A; 1Q81 U; 2QA4 Q; 4FSX A; 2EWN A; 2P0Q A; 1TXQ A; 2FRW A; 2EQU A; 4HKE A; 2OAU A; 1YIJ T; 4ESR A; 2O9S A; 4RTX A; 3H9N A; 1UJ0 A; 2CP7 A; 1VQM Q; 1K73 R; 2PNI A; 1VQ6 T; 3CC2 A; 2VV5 A; 3UPU A; 5GAN j; 1MV3 A; 1TOV A; 1D3B B; 2GFU A; 2CKK A; 2HMA A; 5D6Y A; 3MP1 A; 3ASK A; 2FHD A; 2RJF A; 2CT4 A; 1LCK A; 3QDR B; 2HD0 A; 1S72 Q; 1KC8 U; 4OMN A; 5LJ3 f; 1ABQ A; 4C92 F; 1X6B A; 3OMC A; 1NZ9 A; 1X69 A; 2EYX A; 3F70 A; 3DLL A; 1KQ1 A; 3QG1 A; 2ROL A; 1HK9 A; 4C8Q C; 1Y07 A; 2RO0 A; 2O2O A; 4C0G A; 1BCM A; 3P8B B; 3ZBD A; 1U8R A; 4PJL A; 4FT2 A; 1U1T A; 1HD3 A; 1M3B A; 2B86 A; 2EGC A; 2GQI A; 1K8A R; 1CKB A; 4J7F A; 4KBM B; 1VQP T; 3VYH B; 2ZPG B; 3JB9 I; 2P4R A; 2GQV A; 5GAN h; 2E41 A; 2D0N A; 2DIG A; 2YRD A; 4RG2 A; 2JN0 A; 3FC3 A; 1Y71 A; 3U23 A; 4YTL A; 1QKW A; 2PVG B; 4IUP A; 8AT1 B; 2LMJ A; 3EH1 A; 3OSS C; 3PVQ A; 3VJP A; 3CME T; 1YIT T; 4J7I A; 2JTF A; 1O75 A; 2MYS A; 3A8M B; 2MK5 A; 4QW2 A; 3A1P A; 2DLP A; 4KH1 B; 2HAX A; 1SSH A; 3MJX A; 3LH5 A; 1PRM C; 2M16 A; 5GAN 4; 2EVR A; 3S6W A; 5FRO A; 4IUU A; 5A2Q E; 4F17 A; 4FYV B; 2JM9 A; 4JLG A; 2DL5 A; 4C0D B; 3PTA A; 2OI3 A; 2E5Q A; 2E3H A; 4JDS A; 1N8R U; 2F1L A; 1XJW B; 2YUQ A; 2EGE A; 2JVV A; 3CCQ T; 2L0A A; 2F2W A; 3JCM e; 1VQ6 Q; 1CKA A; 5GAN d; 2KQW A; 1MMG A; 2DAQ A; 2QGG A; 2RI2 A; 3CCM Q; 1BBZ A; 1PSF A; 4QT7 A; 2CH4 A; 5GAN g; 1M2V B; 2VAS A; 1YBY A; 1E6G A; 3PIO A; 4DEY A; 3OS1 A; 2A37 A; 2DL4 A; 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