The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
84
|
structure length |
72
|
Chain Sequence |
MVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIKEDVEKKILLKGDNITLITSA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The 3.8 angstrom structure of the U4/U6.U5 tri-snRNP: Insights into spliceosome assembly and catalysis
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor 8
|
| molecule tags |
Transcription
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| total genus |
7
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| structure length |
72
|
| sequence length |
84
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| chains with identical sequence |
Y
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| V | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4M7A A; 2YLB A; 5GAN h; 5GAM e; 3V8L A; 5GMK i; 3RER A; 4V2S A; 5GAM f; 3JB9 I; 5LJ5 h; 1B34 B; 5LJ3 j; 4PJO A; 2E64 A; 3QO3 A; 4M7A B; 5GAN 8; 3JB9 F; 5LJ5 j; 4M7A F; 3JCM f; 5GAO l; 3V8J A; 1WPY A; 2RD1 A; 3JCM e; 3V7S A; 5GMK h; 1MGQ A; 4XTZ A; 3JB9 J; 3RES A; 4J5Y A; 3FJP A; 4EMH A; 3BFM A; 2HNI A; 4EMK C; 3INZ A; 2YHT A; 3JCM J; 1TH7 A; 2DXT A; 4MMK A; 4M7D C; 3VU3 C; 4C92 E; 1KQ1 A; 1Y96 A; 5GAO m; 2JN0 A; 2DZC A; 4J6Y A; 4C92 G; 5GAO q; 4M78 C; 1M5Q 1; 2DTO A; 4PJO C; 3EFR A; 5GAN f; 3BDU A; 1N9S A; 4NL2 A; 4RCC A; 2FB7 A; 5LJ3 f; 5GAN 7; 4M7A E; 4M7D G; 5LJ5 f; 5GAN e; 3JCM W; 5LJ3 e; 3JCM P; 2DXU A; 4EMK A; 5GAO p; 4OP0 A; 3JB9 G; 5LJ5 e; 4M7D A; 5GAN 6; 2DZ9 A; 4C92 B; 4C92 F; 2QTX A; 3QSU A; 4PJO E; 4WF2 A; 4M75 D; 4PJO G; 4EMK B; 4M7D B; 4M7D F; 4X9D A; 4JUV A; 4NL3 A; 1WNL A; 1X01 A; 4M78 A; 2EJF A; 1LNX A; 4EMG A; 5GAN j; 3M4G A; 4M77 D; 4HT8 A; 3L1A A; 1HXD A; 3L2Z A; 4M78 B; 4M78 F; 4X9C A; 4PJO B; 1I8F A; 4PJO F; 3RKX A; 1WQW A; 2K57 A; 2DVE A; 2E1H A; 5GMK j; 5GAN 2; 4MML A; 2VXE A; 2RA2 A; 2DTH A; 4N0A C; 5DY9 A; 3FB9 A; 4HT9 A; 3RKW A; 5GAO n; 5GAO r; 1D3B A; 4XU1 A; 2E65 A; 4M7D E; 4A53 A; 2EAY A; 1KQ2 A; 1Y96 B; 3EFS A; 1D3B B; 2EWN A; 4JRK A; 2DEQ A; 4C8Q C; 3JB9 H; 3BY7 A; 2CGH A; 2Y90 A; 2EJG A; 4M75 C; 3HFN A; 1JBM A; 4M78 E; 2E41 A; 4N0A A; 1YCY A; 4XTX A; 4C8Q D; 4M78 G; 1LJO A; 4M77 C; 4XU0 A; 3HFO A; 3V7C A; 4F7U A; 5GMK e; 1I4K 1; 4DQ2 A; 2ZGW A; 3V7R A; 4C8Q A; 5GAM d; 4F7U B; 4XQ3 A; 4F7U F; 3RUX A; 4M75 A; 4XU2 A; 1H64 1; 2YLC A; 3JCM b; 5GAM g; 4C8Q B; 3V8K A; 4C8Q F; 4HA8 A; 3RIR A; 4M75 B; 4XU3 A; 4M75 F; 2RB6 A; 3RKY A; 5GAN 3; 4M7A D; 3QUI A; 4M77 A; 4QVD A; 3JCM d; 4XTY A; 4Y91 A; 1WQ7 A; 3JCM g; 1I81 A; 1N9R A; 3QHS A; 4M77 F; 4M77 B; 4NOY A; 2EJ9 A; 4XTV A; 4JRI A; 3SWN C; 3JCM V; 2DTI A; 5CAI A; 3JCM c; 5GAN 5; 3JCM X; 2DJZ A; 4XTW A; 5LJ3 h; 4F7U E; 1M8V A; 4F7U G; 4RCB A; 4C8Q E; 5GAN d; 4QVC A; 5LJ3 d; 1U1T A; 2DKG A; 1BIB A; 3JCM Q; 4M75 E; 4A54 A; 5GAM h; 5LJ5 d; 4C92 C; 4C8Q G; 4J6W A; 4J6X A; 5GAN g; 5GAM j; 4M75 G; 3BW1 A; 5LJ3 g; 3SWN A; 2RM4 A; 4JLI A; 5LJ5 g; 4C92 D; 3FIF A; 1U1S A; 2FYK A; 4M77 E; 3SB2 A; 5I21 A; 4XTU A; 4PNO A; 3PGG A; 3SWN B; 3JCM h; 5GMK l; 4M7D D; 4M77 G; 5GAN 4; 1I5L A; 4M7A C; 3GIB A; 3HSB A; 3JB9 D; 2I2L A; 4C92 A; 2VC8 A; 2VXF A; 2E10 A; 4M78 D; 3AHU A; 4PJO D; 1HK9 A; 4M7A G; 1JRI A; 1LOJ A; 5GMK m; 1BIA A; 1B34 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2O88 A; 5GAN h; 5GMK i; 4OVA A; 1Q86 R; 1I07 A; 1RUW A; 1UJ0 A; 1VUB A; 3BDL A; 1WPY A; 1VQ7 T; 3NFC A; 3JCM J; 1VIE A; 1Q81 U; 4C92 E; 5CQY A; 4C0F A; 4J7I A; 3MCA B; 2HAX A; 3TU4 K; 2P84 A; 4RKU E; 2BE9 B; 3OYN A; 3BDU A; 5LJ3 f; 3CC4 A; 2CT3 A; 4M7A E; 5GAN e; 3ER0 A; 1KHC A; 2JMA A; 2K3X A; 3G6E Q; 1M1G A; 1D09 B; 5LL6 S; 1K0X A; 4M78 A; 4PJL A; 4MDX A; 5FW9 A; 4X9C A; 1ZSZ B; 4PJO B; 1TSF A; 2DVJ A; 2EGE A; 2ZPF B; 2BZ8 A; 3FB9 A; 3THK A; 2GQV A; 1WHH A; 1Y0M A; 3I5S A; 3I35 A; 1QLY A; 1QCN A; 1JJ2 P; 3HFN A; 4TVR A; 1YJ9 Q; 3GF5 A; 3MPU B; 2KXC A; 1VQK T; 2K6D A; 3CCL A; 2P0Q A; 1OU8 A; 3M0P A; 2FO0 A; 3L2R A; 3JCM b; 1OX8 A; 1W70 A; 4XU3 A; 1SPK A; 2RK2 A; 3L2Q A; 1VQL T; 2DYB A; 1O75 A; 4GLM A; 4J9D A; 3EGX A; 1QVG P; 4JRI A; 1N27 A; 1UGP B; 2DX1 A; 1QVP A; 4IUT A; 1PSE A; 3X20 B; 1SRM A; 2KEA A; 2LCL A; 4PFP A; 4QT7 A; 1T3S A; 4C92 C; 1WXU A; 1M3B A; 3BW1 A; 3SWN A; 3LH0 A; 1SSH A; 1U1S A; 1UG1 A; 1NJI R; 3VS3 A; 1GBQ A; 4M7A C; 3SDZ A; 1I5L A; 2LT4 A; 2QQS A; 1WHG A; 5KH6 A; 5CKF A; 3HKS A; 3CCQ T; 2DPP B; 4ZGD B; 2V1R A; 3RR6 A; 4KGV B; 1IXD A; 1CKB A; 1WIE A; 2LJ3 A; 3M4Y A; 3CCL Q; 5FU6 B; 4HKE A; 5GAO l; 1ZUK A; 1C0M A; 3M0T A; 4J7F A; 2SEM A; 4J5Y A; 2W0Z A; 3I56 T; 1MHN A; 1VQ9 T; 2JS2 A; 1KQS S; 2J6O A; 3CME T; 1YJW T; 1MMD A; 2VWF A; 2FL7 A; 1VQN A; 2DXU A; 2GTO A; 4PK4 A; 3UF4 A; 3GOX A; 3G7Z A; 4K11 A; 2CP6 A; 1PC0 A; 1VIF A; 1OV3 A; 3M4G A; 1VQM A; 3J81 E; 2F2V A; 1IZ6 A; 4PJO F; 4J8O A; 2BE7 D; 4BB7 A; 4N0A C; 1D1A A; 1OUL A; 4IUV A; 2JTF A; 3CC2 A; 4AG2 C; 5ECA A; 2HL5 C; 5AT1 B; 5IHK A; 2Y90 A; 2DE0 X; 2R57 A; 3CMA A; 2FHD A; 2RPN A; 1ZA2 B; 1YCY A; 2LCC A; 3PFS A; 5I11 A; 4WTO B; 3CXC S; 2V8J A; 5GMK e; 2EGA A; 2DNU A; 2KQW A; 3CCV Q; 2CUB A; 4FYV B; 3M0S A; 1W2B A; 4OB2 B; 1E6H A; 2ROT A; 1T0H A; 2RHU A; 4JZ3 A; 3LX7 A; 4XTY A; 2PU9 B; 2DAQ A; 3EH1 A; 2L8D A; 3JCM g; 2JMC A; 1AWJ A; 2EJ9 A; 2EGC A; 1Y71 A; 5GAN 5; 2E5K A; 2XK0 A; 1VQ8 T; 3HRT A; 3QWY A; 3OW2 A; 1VYU A; 3G4S T; 5LJ3 d; 1Y07 A; 1W4S A; 2DL8 A; 1VQM Q; 1UFF A; 4QKU A; 4M7D D; 3CC2 Q; 2RI5 A; 1QQJ A; 1VQ7 A; 1EIF A; 3CMA Q; 4QQD A; 3CC7 T; 1YI2 T; 4KUD K; 1TXQ A; 1BCM A; 3NTI A; 2DMO A; 4CC2 A; 4M7A B; 1H3H A; 2YRC A; 4CC7 A; 2L3S A; 1S72 Q; 2F2X A; 2IVW A; 1WXB A; 4MMK A; 4OMF B; 2LCS A; 4PJM A; 3TSZ A; 5GAO q; 2VUB A; 1OYX A; 2FVU A; 1YFN A; 2QTX A; 1K9M R; 2E6N A; 3ZBD A; 4O5V A; 2HQE A; 4BI3 A; 2KYM A; 1UUE A; 1WNL A; 2XDD A; 4EMG A; 1LNX A; 3LYI A; 2DXC A; 2WAC A; 1WFW A; 4BAC A; 2PQW A; 1PNJ A; 5GMK j; 3WVD B; 1QVF S; 2KK4 A; 3J7A F; 1BYM A; 4M4Z A; 2GQI A; 3NTK A; 1VQK A; 1D3B A; 3M56 A; 1M2O A; 1PHT A; 1VQ7 Q; 3EFS A; 1WX6 A; 1WHM A; 4LDX A; 5KCH A; 4M78 E; 1RL2 A; 2D0N A; 2O4X A; 1VQL A; 4F7U A; 1AZE A; 2JJ9 A; 2LX9 A; 4ZN1 A; 4M75 A; 1WHJ A; 4ZGJ B; 1YWP A; 3HTR A; 4NS5 A; 5CKE A; 1SEM A; 4QQG A; 2RJD A; 1EFN A; 2X4X A; 1M90 R; 2QQ9 A; 2IPO B; 1KJW A; 3CCR T; 1MUZ A; 1ABQ A; 3CCQ A; 1R0C B; 3M0R A; 2P4R A; 5LJ5 g; 1N8R R; 4ZGE B; 3SB2 A; 3JSC A; 3DLL A; 4AFQ C; 3EFO B; 2HCK A; 1NYF A; 1JQQ A; 2E3H A; 3NPF A; 2H8H A; 3I56 A; 5GAM f; 4GY5 A; 1VQ9 A; 2VV5 A; 1E6G A; 2DF6 A; 2FPD A; 3CME A; 1JJ2 S; 1YJW A; 1QP2 A; 4M7A F; 4KT0 E; 9ATC B; 3I5R A; 1YCS B; 1GRI A; 1H8K A; 2VYT A; 2XDB A; 3LGL A; 4C92 G; 2JT4 A; 3CQT A; 1CKA A; 4M78 C; 1M5Q 1; 4FL6 A; 4PLL A; 3CPW P; 2RK1 A; 5A0L A; 3S3M A; 2F2W A; 3EG0 A; 3NGP A; 1D1B A; 1Y7X A; 4OGC A; 5GAN 6; 2XU8 A; 2KI7 A; 2PZ1 A; 1QVG S; 2C0T A; 1K73 R; 5KYY A; 4L6V 5; 1UHC A; 3QZ5 B; 2P0K A; 3TQ7 P; 1Q86 C; 1WQW A; 2J06 A; 1TTH B; 5DY9 A; 2OTL Q; 3NHN A; 1WGS A; 2JOY A; 3WVE B; 4VUB A; 1KQ2 A; 2HKQ B; 3KFV A; 3RMQ A; 4HXJ A; 4JRK A; 5CKD A; 4HCB A; 4MZM A; 2FZK B; 3G1J A; 1VQ9 Q; 2E41 A; 3D7S B; 5EC7 A; 3RDV A; 2P4T A; 3H0H A; 1YJW Q; 3A8M B; 2ECZ A; 1OPK A; 4IKF A; 1AZG B; 2EFI A; 1RAF B; 1VQ8 A; 3TRE A; 1U06 A; 5IAY A; 3G4S A; 4GLK A; 3HRS A; 2FRY A; 4FYW B; 3ZFJ A; 3SWN C; 4E47 A; 1TOV A; 1P92 A; 4D8D A; 4FT2 A; 3MEV A; 2DRM A; 4CRI A; 2L3R A; 4JJC A; 2CDT A; 3EAE A; 2CP3 A; 4RG8 A; 2JZ2 A; 1VQ6 T; 3QDR B; 1ACM B; 1VA7 A; 3CC7 A; 1YI2 A; 5CIU A; 3PGG A; 4B9W A; 1JO8 A; 1WDX A; 2KSS A; 3TEE A; 4QVZ A; 3EG3 A; 1MND A; 1RAE B; 2GCX A; 4ZTJ A; 4IUR A; 3VS5 A; 2AZV A; 2KBT A; 3RER A; 4Y92 A; 3PMI A; 5D7U A; 1RAC B; 2OI3 A; 4DA4 A; 2HNI A; 1UGS B; 5FRN A; 3KUF A; 3OYA A; 2FG0 A; 4E7I A; 1Y96 A; 3QBY A; 4DOV A; 1GCQ A; 5GAN f; 4RCC A; 2CP7 A; 2D8J A; 2LNV A; 1VOM A; 2ZPG B; 1YBY A; 1AWO A; 2JVV A; 4ZTF A; 4P5N A; 2ENM A; 1X75 C; 4BDY A; 2AHJ B; 2LJ0 A; 2EJF A; 4CC3 A; 3OBY A; 1HXD A; 3L2Z A; 4M78 B; 1KC8 U; 1I8F A; 1W6X A; 3ASK A; 1YI2 Q; 2E1H A; 5GAN 2; 1KQS A; 2QAZ A; 2VKN A; 2VXE A; 5DM7 R; 4C5I A; 3OYC A; 4PFO A; 4J9I A; 4F04 B; 2CGH A; 3R6N A; 2CYZ B; 4XTX A; 3L2W A; 5KYX A; 1M30 A; 1X6G A; 3HFO A; 2CZ0 B; 1ZA1 B; 2QGG A; 2DFU A; 5GAM d; 3FDR A; 2IIM A; 1LPL A; 4KGX B; 3QZ9 B; 5IH2 A; 2O31 A; 3QYH B; 4PLI A; 2R5M A; 4O6J A; 3CCR A; 1WQ7 A; 4F16 A; 5KCO A; 2K2M A; 2CZ6 B; 5CVI A; 2CSI A; 3EGX B; 2KAF A; 4F7U E; 4HVU A; 3CEY A; 1K8A R; 5D6X A; 4M75 E; 3OYI A; 2MF2 A; 5LJ3 g; 2RM4 A; 5IN1 A; 2CUD A; 1NEB A; 4PNO A; 3SWN B; 4F17 A; 1MMG A; 2K5I A; 1YJN T; 5CKB A; 2E3I A; 4ESR A; 1U8R A; 3H8Z A; 2RMO A; 4AFU C; 1Q7Y R; 2X9H A; 1B34 A; 1JXM A; 2ATC B; 2OJ2 A; 3E1S A; 3C12 A; 2EQU A; 2ROL A; 1PM3 A; 1IHW A; 1UEC A; 1AWW A; 3JB9 J; 2COY A; 2NUT A; 2MYS A; 2KYB A; 3EG2 A; 2DL7 A; 3OS2 A; 1BCO A; 1VQP T; 1ABO A; 1QKX A; 1PCX A; 4NL2 A; 2ZAE A; 1VYT A; 4DEX A; 3JCM W; 2M0Y A; 1YWO A; 4BDZ A; 4MDW A; 2ZCF B; 2DK3 A; 3CBP A; 2LVM A; 4EPC A; 4M77 D; 2CH4 A; 4M78 F; 2NLU A; 6AT1 B; 5FU7 C; 5IT9 E; 4HT9 A; 2L0A A; 4KRT A; 4ME7 A; 3GNF B; 2CT4 A; 4M75 C; 4RUG A; 3EGU A; 4M78 G; 3TCJ A; 4ELZ C; 1N6A A; 2VB6 A; 1I4K 1; 1OZ3 A; 2Z0W A; 2WSF E; 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2O4X B; 1TG0 A; 2NYS A; 1ZHI A; 4DBH A; 4F7U B; 2HSE B; 4XU2 A; 1H64 1; 1NG2 A; 1K73 C; 3OMG A; 4M75 B; 3L2U A; 4FM4 B; 5A2Q E; 3Q1J A; 3H0F A; 4AT1 B; 5LJ3 h; 1M27 C; 2HZY A; 4IUQ A; 1YJN A; 1TUD A; 3RBB B; 2EYZ A; 3PMT A; 1MV0 B; 5FWB A; 1WJQ A; 2A28 A; 2BZY A; 4ANJ A; 4LUE A; 4KUL A; 5KYU A; 3FJ5 A; 3GIB A; 2YWW A; 2DD5 A; 3M58 A; 3OYK A; 2E10 A; 4PJO D; 1F1B B; 1VQN Q; 4E7K A; 1WJR A; 3I55 T; 3J80 E; 3OYF A; 4V2S A; 2QG9 B; 4IUU A; 1VQP A; 4PJO A; 1GCQ C; 4MZP A; 4HCZ A; 5FRO A; 1PRL C; 2EYY A; 2ZPI B; 3BFM A; 4OB1 B; 1TH7 A; 5CO7 A; 2HD0 A; 3LGF A; 5J3B A; 2MAM A; 3VKI A; 4BE2 A; 3CCE T; 2DL4 A; 1FXX A; 4M7D G; 4RTT A; 4EMK A; 2PVO B; 4M7D A; 2EQM A; 3HL8 A; 4C92 B; 3QSU A; 1UHF A; 3UT1 A; 4WF2 A; 2HMA A; 1YJN Q; 3JRZ A; 4X9D A; 1M1F A; 1AD5 A; 3OS5 A; 4JJN K; 1C1A A; 3L2V A; 2JTE A; 5KYY B; 2DER A; 2LC4 A; 2VAS A; 1J3T A; 4C0G A; 2DA9 A; 2RQR A; 4MML A; 1G8X A; 5GAO n; 2KVQ G; 2X4W A; 2YRV A; 2GF7 A; 1X6O A; 2FPF A; 3UWN A; 4N4I A; 5C6S A; 2RHI A; 4C0Z A; 1G3Y A; 1VQP Q; 4XU0 A; 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