The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
74
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structure length |
74
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Chain Sequence |
VTTEFLSDIIGKTVNVKLASGLLYSGRLESIDGFMNVALSSATEHYESNNNKLLNKFNSDVFLRGTQVMYISEQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The 3.8 angstrom structure of the U4/U6.U5 tri-snRNP: Insights into spliceosome assembly and catalysis
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor 8
|
| molecule tags |
Transcription
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| total genus |
11
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| structure length |
74
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| sequence length |
74
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| e | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3JB9 J; 1WNL A; 5GMK m; 4M75 C; 3JCM P; 2DXT A; 2Y90 A; 4J6W A; 4X9D A; 3RUX A; 5GAM d; 3JCM e; 1WQ7 A; 5GMK e; 4M75 F; 2DZ9 A; 3JCM f; 1TH7 A; 3BY7 A; 4C8Q A; 5GAO n; 2RM4 A; 2DTO A; 2I2L A; 5GAO r; 5LJ5 g; 1X01 A; 4XTZ A; 3JCM Q; 4HT8 A; 1BIA A; 3JB9 H; 3PGG A; 3L2Z A; 4M7D D; 2E41 A; 2EWN A; 3RES A; 5GAN 2; 4Y91 A; 5LJ3 h; 3INZ A; 4C92 G; 4F7U E; 4M75 A; 1M5Q 1; 2VC8 A; 2VXF A; 5I21 A; 5LJ3 j; 4M7D E; 5LJ5 e; 1KQ1 A; 5LJ5 f; 5GAO p; 2CGH A; 2ZGW A; 4M77 G; 4JLI A; 5GAN 7; 4XTX A; 4F7U G; 3RKX A; 3BW1 A; 3HSB A; 4M7D G; 4XTV A; 1U1S A; 5GAN h; 5GMK l; 3SWN B; 3JCM d; 5GAN 5; 5GAN j; 4M7A D; 1I81 A; 1Y96 A; 4NL2 A; 4M7D B; 5GAM h; 4M7A C; 2YLC A; 5LJ3 g; 4M7A B; 2EAY A; 4C92 D; 4M7A E; 2FYK A; 1LNX A; 4EMG A; 2DVE A; 4JRI A; 3JB9 D; 4C92 C; 4M77 D; 4C92 B; 4C92 E; 4V2S A; 1WQW A; 2DJZ A; 1MGQ A; 2DTI A; 4A53 A; 4XU3 A; 1YCY A; 4M7A G; 4M7A F; 4M77 C; 4M78 G; 2K57 A; 4M77 B; 4M77 E; 4RCB A; 4RCC A; 5LJ3 e; 5LJ3 f; 2VXE A; 5LJ5 d; 2QTX A; 5GAN g; 2RD1 A; 4C92 F; 2EJ9 A; 4F7U B; 3JCM X; 1I4K 1; 4MMK A; 1LOJ A; 4XU0 A; 4QVD A; 3V7R A; 4M7D C; 1WPY A; 5GAN 8; 3JB9 G; 2JN0 A; 4JUV A; 4OP0 A; 1N9S A; 3JB9 F; 4M77 F; 2DTH A; 4X9C A; 4JRK A; 3RKW A; 2YHT A; 5GAO q; 1U1T A; 5CAI A; 4F7U F; 3V8J A; 2RA2 A; 1B34 B; 5GAN e; 4J6Y A; 3L1A A; 5GAN 3; 3VU3 C; 5GMK i; 5GAN f; 4M7D F; 3JCM b; 3SWN C; 4C92 A; 3HFN A; 3HFO A; 3RIR A; 3JCM h; 2E65 A; 5GMK h; 4XTY A; 4M78 D; 4PJO G; 1N9R A; 2E64 A; 4A54 A; 4HA8 A; 3AHU A; 5GAM j; 4M78 C; 4F7U A; 2E1H A; 4M78 E; 4M78 B; 4XTW A; 4XU2 A; 4M7D A; 4C8Q D; 2DZC A; 3GIB A; 3FB9 A; 5LJ3 d; 3EFS A; 3RKY A; 3QUI A; 4DQ2 A; 4C8Q E; 4C8Q B; 3QHS A; 4M78 F; 1H64 1; 1B34 A; 2YLB A; 4EMK C; 4N0A C; 5GAO m; 4EMK B; 3QSU A; 2FB7 A; 4J5Y A; 4M75 D; 3SWN A; 2EJF A; 3V8K A; 1HK9 A; 1KQ2 A; 3QO3 A; 3FIF A; 3JCM c; 4C8Q G; 3JB9 I; 2EJG A; 5GAN d; 5GAN 6; 3JCM W; 1LJO A; 4PJO D; 2DKG A; 4M75 E; 4M75 B; 4PNO A; 5GAM g; 4NL3 A; 1BIB A; 4NOY A; 4M7A A; 2HNI A; 4PJO C; 4WF2 A; 4M78 A; 4PJO B; 4PJO E; 1M8V A; 2DEQ A; 2DXU A; 3BDU A; 4M75 G; 1D3B B; 2RB6 A; 4EMH A; 1HXD A; 3BFM A; 2E10 A; 4MML A; 5GAM e; 5GAN 4; 4PJO F; 3EFR A; 4M77 A; 5GAM f; 4XU1 A; 5GMK j; 3V8L A; 3JCM V; 4N0A A; 4EMK A; 1Y96 B; 3V7C A; 1JBM A; 4HT9 A; 3M4G A; 4QVC A; 4XTU A; 4C8Q C; 1JRI A; 4J6X A; 3RER A; 4XQ3 A; 4PJO A; 5DY9 A; 3V7S A; 1I8F A; 3SB2 A; 5LJ5 h; 5GAO l; 3JCM J; 5LJ5 j; 1I5L A; 1D3B A; 3FJP A; 3JCM g; 4C8Q F; #chains in the Genus database with same CATH topology 4LUD A; 5GMK m; 4OMO A; 4KRT A; 2WSC E; 2E3I A; 3E9F A; 1XNI A; 2K5F A; 2RPN A; 1QMC A; 1OV3 A; 4JLG A; 3CD6 T; 4PFZ A; 5J26 A; 2AT1 B; 2QTV A; 5IXF A; 2QK0 A; 1QVF S; 1RAA B; 1YNZ A; 2J05 A; 3MP8 A; 4RMO A; 2DFU A; 1H8K A; 4PK4 A; 4AFZ C; 5A0D A; 5FU7 C; 2RMO A; 2ZPH B; 2MWP A; 4J8O A; 2HBW A; 1EFN A; 2K5L A; 5KE3 A; 2RK2 A; 5KCH A; 2YRV A; 4E2F B; 2Y4X A; 4M7A G; 3ME9 A; 2EIF A; 4QT7 A; 3R6N A; 1JXM A; 1VQP T; 2EPD A; 3NPF A; 5ECA A; 1VQ5 T; 4DOW A; 4IUU A; 5FWC A; 5GAO n; 2CYZ B; 1WDX A; 2QA4 A; 1C0M A; 4N4G A; 1UGP B; 1Y0M A; 3LH0 A; 1GL5 A; 3CEY A; 4C8Q D; 3OYK A; 4IUR A; 4XAX B; 5IH2 A; 2JM9 A; 3TSW A; 3CCS Q; 1WA7 A; 2NUT B; 5KYX B; 4RTW A; 4PJO E; 1M8V A; 1M90 U; 2KRN A; 1JJ2 P; 2RHI A; 3UA7 A; 3LW5 E; 4PJO F; 1TTH B; 3CBO A; 3CCE A; 4GBQ A; 4VUB A; 1WIE A; 1AOJ A; 2BKD N; 3OYI A; 2COW A; 2PVO B; 3MKD A; 4PJO A; 1K1Z A; 2R5A A; 2Z0W A; 4C5G A; 1BCO A; 2DXT A; 4LNP A; 2EGA A; 2PTK A; 5GAM d; 2LCL A; 2COZ A; 1HSQ A; 3A8O B; 2RI2 A; 3CCL Q; 2IPO B; 2OJ2 A; 2C06 A; 3CPW A; 3FLG A; 3CCQ A; 1MUZ A; 2RNA A; 3CCR Q; 1WLP B; 3G4S A; 2L8D A; 5J3B A; 2DIG A; 3OYF A; 4KH0 B; 5FWB A; 2LCS A; 3OYA A; 4PL6 A; 3C95 A; 4OMF B; 1S72 Q; 1KD1 C; 1YJ9 Q; 4C0Z A; 3PNW C; 2ZCF B; 1RAI B; 3EGU A; 2VKN A; 4V2S A; 4QQ6 A; 2RK1 A; 3M0U A; 3CCS T; 2GBQ A; 2QDL A; 5LJ5 d; 1D0Y A; 2V8I A; 4IIO A; 5GAN g; 3M9Q A; 2L5Q A; 2M9U A; 1WPY A; 2XID A; 1PSF A; 3ER0 A; 1YJN Q; 4F7U F; 1MHN A; 4BE1 A; 4AFS C; 4LE9 A; 1BBZ A; 1SF9 A; 4ME7 A; 4WCI A; 1X75 C; 2F69 A; 4F7U A; 2EQI A; 4C0G A; 1VQ8 A; 2K3Y A; 4E6R A; 2M51 A; 4DQ2 A; 1YFN A; 2BE7 D; 2RQU A; 4FSS A; 4OMM A; 3QSU A; 2X3W D; 4E7H A; 4M75 D; 3LYI A; 3GIB A; 3HRU A; 1AVZ C; 1ZBX A; 4C0F A; 2GCX A; 3TU4 K; 2ED0 A; 2HNI A; 1OU8 A; 1XTD A; 4MDW A; 2DEQ A; 3CCL T; 3CXC A; 1M3B A; 2KXD A; 2RJE A; 4BY6 C; 3CC4 Q; 3EFR A; 2A3L A; 4HCB A; 5KYW B; 2RI3 A; 3CCR T; 1KSW A; 1NG2 A; 3NMZ C; 2DLP A; 1W2B A; 2CT3 A; 2X4J A; 3OY9 A; 3OS0 A; 5LJ5 h; 1OPL A; 1S72 T; 2J6F A; 1YJ9 T; 2X4W A; 3LWH A; 2QEX A; 5KYU B; 3CXC P; 2BTT A; 2QAZ A; 1QQJ A; 4X9D A; 3FC3 A; 2H3J A; 1K76 A; 2CUB A; 2BIV A; 4CC2 A; 1A0N B; 1VUB A; 2NUT A; 5KYX A; 1ZHI A; 1W2B P; 3E9G A; 1M30 A; 2MMP A; 3OYD A; 3NFC A; 1KQ1 A; 1RAF B; 5GAN 7; 3BW1 A; 1UTI A; 2KMT A; 3QZ5 B; 3QZ9 B; 3C94 A; 1TOV A; 1E7O A; 3CC2 T; 4QVZ A; 2EAY A; 1D1A A; 2DO3 A; 4OB3 B; 3EGX B; 4C92 E; 2K2M A; 1VOM A; 1YCY A; 2MOX A; 1M90 C; 4M77 B; 4C92 F; 1VA7 A; 2EVR A; 3P8H A; 3TRE A; 1MNE A; 2JN0 A; 3M53 A; 5GAO q; 3V8J A; 2JVV A; 4M7D F; 3PE0 A; 2VYT A; 2DER A; 5IAY A; 2DYI A; 4C92 A; 1SRL A; 2PUO B; 2E5K A; 4XTY A; 3G71 Q; 4PLL A; 4OMN A; 4M78 E; 4AT1 B; 4IUV A; 2RJC A; 4M7D A; 2LZ6 B; 2JTE A; 3KFV A; 3QUI A; 3CME Q; 4M78 F; 4ZGJ B; 1RL2 A; 5AYF A; 4HVV A; 3UAT A; 3N5B B; 3FIF A; 4OF1 A; 2A08 A; 3EH2 A; 3PVL A; 4M78 A; 3ASK A; 3OYB A; 2EGE A; 5HY6 A; 3TVT A; 2K3B A; 1D3B B; 4MML A; 3CCJ T; 5GAM f; 3GBQ A; 3J80 E; 2COY A; 1QCO A; 2YT6 A; 1MMD A; 5J39 A; 3HRS A; 1D0X A; 2DD4 A; 1FMV A; 3DKM A; 1WXU A; 3QII A; 2D9T A; 2IG0 A; 3A5Z B; 2KNB B; 2JW4 A; 1YI2 A; 2QYZ A; 1HJD A; 1I07 A; 1WNL A; 1U8R A; 3OBW A; 1AWO A; 1VYU A; 3DB3 A; 2VGN A; 5LJ5 f; 2CGH A; 3H41 A; 2AHJ B; 2L3Q A; 1YIJ A; 4A4H A; 2EKH A; 2DET A; 1NE8 A; 1ZSZ C; 2KBT A; 2KYM A; 1VQL T; 2X4X A; 2B86 A; 3CCV Q; 3G71 T; 1VQ9 Q; 5GMK l; 2RO0 A; 3JCM d; 1M1F A; 3ZFJ A; 4DEX A; 1TU0 B; 2JMA A; 3NGP A; 1VQM Q; 2LC4 A; 4M7A B; 3CME T; 5CKH A; 3JB9 D; 1LCK A; 4K11 A; 3UWN A; 1QVG A; 1WHK A; 1UGQ B; 2DBK A; 4KGV B; 4KUI A; 1J3T A; 2QQS A; 3MJX A; 1WZO A; 4X9C A; 1M3C A; 1YIT A; 2DMO A; 2YHT A; 4ZNX A; 1EIF A; 4R0K A; 1WXB A; 3DLM A; 1TS9 A; 2LJ1 A; 4DBH A; 1VQK A; 4ATO A; 2YUQ A; 3CPF A; 1QVG P; 2DL7 A; 1QP3 A; 1WX6 A; 2FZC B; 2DZC A; 3CC7 A; 4N4H A; 1BU1 A; 3VKI A; 4N0A C; 4EMK B; 4FW2 A; 2GGR A; 1GCQ C; 1LJO A; 3C0C A; 2YWW A; 4J7I A; 4PJJ A; 4Q5W A; 4CC7 A; 1VQN A; 2KRO A; 4M77 A; 2L89 A; 2QA4 Q; 4PKC C; 3V7C A; 2BZY A; 3I9Q A; 1AT1 B; 2EW3 A; 3CPW S; 1K8A C; 1OX9 A; 5DY9 A; 1VQ4 Q; 4JJN K; 1VQ9 T; 3CCV T; 3GNG A; 1FMW A; 3VUB A; 3G6E Q; 1WJR A; 4J9F A; 1VQM T; 2YSQ A; 4Z88 A; 1W4S A; 2D8J A; 2AIR B; 5IT9 E; 4J9H A; 2K5I A; 1KHI A; 1CSK A; 2ESW A; 4PJN A; 5GAO r; 4XTZ A; 1WYX A; 3ZL7 C; 1NPP A; 2HAX A; 3QWY A; 1KFZ A; 5I21 A; 1GBQ A; 1Z9Q A; 3CCE Q; 3M0R A; 2YXY A; 3VJP A; 3GNF B; 2LJ0 A; 5CKE A; 3KBG A; 2LX9 A; 3AT1 B; 2EYQ A; 4F17 A; 2K79 A; 3CCM A; 2M02 A; 2GFU A; 2FZG B; 2HQH A; 4ELZ C; 1U3O A; 4LN2 A; 1ZSG A; 2PVD B; 2LMJ A; 4KT0 E; 2DX1 A; 2XIC A; 1NBE B; 3EGD B; 5IN1 A; 3RNJ A; 3CCQ Q; 3I55 A; 3M57 A; 5CAI A; 3G4S Q; 5GAN e; 1V29 B; 5GMK i; 3E2U A; 4EDU A; 2QA4 T; 2RQW A; 2CT4 A; 2QI2 A; 3L2V A; 3CXC S; 3OYM A; 4BE0 A; 3AHU A; 5GAM j; 2I0N A; 5LJ3 d; 5I2M A; 2CZ0 B; 2KR3 A; 3EG0 A; 5CQY A; 4CC4 B; 1FWZ A; 2FB7 A; 1W2B S; 1TWB A; 3G6E T; 2OX7 A; 2VUB A; 4NL3 A; 1QKW A; 3VS1 A; 4E7L A; 4M7A A; 4PJO B; 1RLP C; 2J6K A; 2P0Q A; 2ABL A; 3M55 A; 5CK9 A; 2EYY A; 4DBF A; 3VYH B; 3EFO A; 3CBM A; 1D1C A; 3HP9 A; 2JJ9 A; 1BI0 A; 3CCE T; 3F70 A; 3WXM B; 2Y4Y A; 3MEU A; 2J6O A; 3JRZ A; 4C8Q C; 3I56 A; 5LJ5 j; 2CP0 A; 2ZZD A; 2EQM A; 1BK2 A; 2M16 A; 2M0Y A; 2CZ6 B; 3H6Z A; 2HZY A; 1KC8 C; 3X24 B; 3MEW A; 4J6W A; 1AEY A; 3JCM f; 4HVW A; 3BY7 A; 2NUP B; 3GLX A; 1UGV A; 2GQI A; 1M2V A; 2ENM A; 1W6X A; 4D6W A; 3LGL A; 3CCQ T; 3MP6 A; 5LJ3 h; 3OB9 A; 2NYS A; 2EYW A; 3VUZ A; 3G4S T; 2KY9 A; 1ZBJ A; 3ZBD A; 3REA B; 5IHI A; 2XDD A; 2RF0 A; 1G3S A; 5GAN 5; 2MK5 A; 3M4Y A; 3NTH A; 1SPK A; 2WAC A; 4PLI A; 2SEM A; 2FRW A; 4MZT A; 4F7U B; 2FPF A; 4GLK A; 3V7R A; 2XK0 A; 2KT1 A; 4ZTJ A; 2V1R A; 3P8D A; 4L5G A; 2AKK A; 3PFS A; 2K6D A; 3QXE B; 1GCP A; 4DOV A; 1UDL A; 2LQW A; 1VQ8 T; 4J9D A; 2KDS A; 4RTU A; 4AFQ C; 3A8G B; 2RQR A; 3M0Q A; 1SSF A; 5D6X A; 3QO3 A; 1CKB A; 1QP2 A; 1AD5 A; 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2X9H A; 3BDL A; 2DE0 X; 3MEA A; 3CC2 Q; 3VS3 A; 3L2Q A; 1LPL A; 1JU5 C; 3OMC A; 1BYM A; 1MMG A; 2DPP B; 4HCK A; 3CC7 Q; 4KUD K; 1NJI R; 4P5N A; 4J9B A; 1YI2 T; 3RMQ A; 1ABO A; 4RTT A; 4C5E A; 1C1A A; 3OYN A; 3FEO A; 5CCA A; 1C6V X; 1B7T A; 1GFD A; 1ZQ1 A; 4FYW B; 1W70 A; 3JB9 H; 3S3N A; 1VQN Q; 1WHM A; 3L2Z A; 1NM7 A; 2E12 A; 1VQ5 A; 1U5S A; 1M8M A; 4FYY B; 2KXC A; 1YIJ T; 4IKF A; 5KYY A; 3QWX X; 2QGF B; 3M56 A; 2XDB A; 3IQL A; 4M7A C; 1BB9 A; 2FYK A; 3I5R A; 1M2O A; 1TUC A; 4M77 D; 4OGE A; 4J7F A; 3CCJ Q; 1HYO A; 2LQN A; 3X26 B; 2CDT A; 4RG2 A; 1MV3 A; 4MMK A; 1LOJ A; 4XU0 A; 5CKD A; 1H3H A; 5DLO A; 2RQV A; 3MPU B; 1LVK A; 4RUG A; 4ZN3 A; 4BUG A; 4E7K A; 2F2W A; 1K8A U; 4HA8 A; 2EGC A; 2JOY A; 4KUL A; 4CRI A; 3CC7 T; 4C8Q E; 2X3X D; 1YN8 A; 2YLB A; 4EMK C; 2HDA A; 2FO0 A; 2GF7 A; 1NEB A; 2HSE B; 3SWN A; 3T9N A; 4BD3 A; 2KGT A; 2YRD A; 3JCM W; 1FX7 A; 1Y07 A; 5GAM g; 2R57 A; 2FZK B; 1K0X A; 1RLQ C; 2XDP A; 1YJW A; 5I2S A; 1RAD B; 1KC8 R; 1ZLM A; 2DM1 A; 2GFA A; 1VQL Q; 2RHZ A; 3HTR A; 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