The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
74
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structure length |
74
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Chain Sequence |
VTTEFLSDIIGKTVNVKLASGLLYSGRLESIDGFMNVALSSATEHYESNNNKLLNKFNSDVFLRGTQVMYISEQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The 3.8 angstrom structure of the U4/U6.U5 tri-snRNP: Insights into spliceosome assembly and catalysis
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor 8
|
| molecule tags |
Transcription
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| total genus |
11
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| structure length |
74
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| sequence length |
74
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| e | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4PJO G; 4M77 D; 4M77 C; 5GAM g; 4V2S A; 3JCM c; 4M7D A; 3JB9 D; 3BY7 A; 4C92 E; 4XU1 A; 1M8V A; 4C8Q E; 2EAY A; 1BIB A; 3JCM X; 3QHS A; 4NOY A; 4M7D D; 4M7D C; 5GAM f; 4M78 B; 3V8L A; 4F7U A; 1B34 A; 5LJ3 d; 5LJ5 j; 3JCM b; 3VU3 C; 4XU3 A; 4EMK A; 4M75 A; 3JCM e; 2EJ9 A; 4C92 F; 1BIA A; 4PJO E; 4XU2 A; 1I8F A; 4C8Q F; 3JCM g; 5GAN d; 4EMK C; 4M75 D; 3FB9 A; 3HFN A; 2EWN A; 4M75 C; 4MML A; 3RKX A; 4XTU A; 3V8K A; 5LJ5 e; 3V7R A; 4HA8 A; 2DTH A; 5GAM j; 2YLC A; 3JCM Q; 5GMK h; 3JCM W; 3JCM f; 4J6W A; 1JRI A; 2ZGW A; 4EMG A; 4PJO F; 4HT9 A; 4C92 B; 5CAI A; 1JBM A; 2VXE A; 4C8Q B; 4M7A G; 5GAM e; 2DEQ A; 4QVC A; 5GAN 2; 5GMK i; 5DY9 A; 2EJF A; 3EFS A; 3JCM V; 3QO3 A; 4PJO B; 2E65 A; 4M77 G; 5GAN 8; 1M5Q 1; 2FB7 A; 4NL2 A; 3JB9 G; 2FYK A; 2I2L A; 2VXF A; 1WQ7 A; 5LJ3 g; 2HNI A; 4PNO A; 3JB9 J; 4MMK A; 4M7A E; 5GMK m; 3RER A; 4M7D G; 4M78 A; 1H64 1; 4J5Y A; 4XQ3 A; 2Y90 A; 5LJ3 f; 3FIF A; 3RIR A; 3JCM h; 5GAN g; 2DXT A; 3EFR A; 4XU0 A; 4Y91 A; 4A53 A; 4M78 D; 4M78 C; 3HSB A; 3SWN B; 4F7U G; 4M77 E; 4XTV A; 5I21 A; 2JN0 A; 4J6X A; 5GAN 5; 4M7A F; 2RB6 A; 3BFM A; 5GAN 6; 5GAN f; 5GAO m; 5GMK l; 1U1S A; 4M75 G; 5LJ5 h; 2RA2 A; 1MGQ A; 1B34 B; 4M7D E; 1N9R A; 2RM4 A; 4XTZ A; 5LJ3 j; 2DZC A; 3V7C A; 2E1H A; 1D3B B; 1LJO A; 5GAN 3; 4M77 F; 3V7S A; 4C92 A; 5GAM h; 3GIB A; 3JB9 F; 4F7U E; 4M7A B; 4C8Q A; 5GAO l; 4NL3 A; 5GAN j; 2CGH A; 1Y96 B; 4HT8 A; 4X9D A; 4C92 D; 4M75 E; 2DXU A; 4C92 C; 5LJ3 e; 5GAO p; 3JCM P; 4C8Q D; 4C8Q C; 4DQ2 A; 4M7D F; 1TH7 A; 2QTX A; 3FJP A; 3RUX A; 3V8J A; 1WNL A; 4RCC A; 2E10 A; 4M77 B; 3SB2 A; 5GAN e; 3RKY A; 4F7U F; 2DZ9 A; 2RD1 A; 4N0A A; 4PJO A; 3JB9 I; 3JB9 H; 1LOJ A; 1KQ2 A; 1I4K 1; 4JUV A; 4M75 F; 4PJO C; 4PJO D; 4M7D B; 4N0A C; 4JLI A; 4XTX A; 4XTY A; 2YHT A; 2DVE A; 4RCB A; 1X01 A; 1KQ1 A; 5GAM d; 4JRI A; 3QSU A; 4M78 G; 4F7U B; 3SWN A; 2E41 A; 4EMK B; 4M75 B; 1I5L A; 3L1A A; 3RKW A; 4X9C A; 4OP0 A; 4A54 A; 5GMK j; 3SWN C; 5GAO r; 1WPY A; 3INZ A; 3BDU A; 3HFO A; 1YCY A; 1I81 A; 2VC8 A; 2DTO A; 3BW1 A; 4EMH A; 1D3B A; 2E64 A; 4J6Y A; 2DTI A; 2EJG A; 3AHU A; 4M78 E; 3JCM d; 3RES A; 2DKG A; 4JRK A; 5GMK e; 4M7A A; 5LJ3 h; 1Y96 A; 1U1T A; 2K57 A; 4C92 G; 3PGG A; 4QVD A; 1WQW A; 1HK9 A; 4C8Q G; 4M7A C; 2YLB A; 4XTW A; 5LJ5 g; 1HXD A; 5LJ5 d; 4M7A D; 5GAN h; 3JCM J; 1N9S A; 4M78 F; 4M77 A; 4WF2 A; 5GAO q; 2DJZ A; 5GAN 7; 1LNX A; 3QUI A; 5GAN 4; 3M4G A; 5LJ5 f; 3L2Z A; 5GAO n; #chains in the Genus database with same CATH topology 4V2S A; 4LE9 A; 1UUE A; 3X28 B; 5KYW B; 4JJC A; 1VQ8 T; 4Z88 A; 2EYQ A; 2KT1 A; 3A8O B; 2CP6 A; 2CRE A; 2DL3 A; 3JCM Q; 1TSF A; 1MV0 B; 2D0N A; 4CC4 B; 2DER A; 5GAM e; 1XOV A; 5FLX E; 4ATO A; 4ELZ C; 2P0K A; 2F5T X; 4IIO A; 1YJW A; 4O5V A; 3EG2 A; 3QZ9 B; 3CCQ A; 2BKD N; 4J9F A; 3JB9 J; 1BCM A; 3GOX A; 3NHN A; 5KYW A; 2R5A A; 1W2B A; 4XU0 A; 2EIF A; 3CBO A; 3EGD B; 3FEO A; 4OMM A; 2KK4 A; 2ZPB B; 3MEW A; 1W1F A; 4DBQ A; 1VQP A; 2BZ8 A; 1ZLM A; 2VGM A; 1VQM A; 2NUP B; 4JPB W; 3OW2 S; 4X1V A; 4M7D F; 1VQL T; 2CT3 A; 1BKB A; 1XJW B; 3GLX A; 3O5Z A; 5FW9 A; 2EBP A; 1JQQ A; 4JUV A; 1HJD A; 1PCX A; 2HDA A; 2XKO C; 3I55 A; 4RCB A; 1M1G A; 3RDV A; 3EGD A; 1OQK A; 2KY9 A; 4C0Z A; 4OP0 A; 5GMK j; 3BDU A; 4J6Y A; 4FT4 A; 3QBY A; 2NUP A; 4FSS A; 2JJ9 A; 1LPL A; 1YIT T; 2YLB A; 1QVG P; 2AT1 B; 2XK0 A; 4LN2 A; 1QVF A; 2O01 E; 4PFP A; 3G71 A; 4LXC A; 4FM4 B; 4XU1 A; 3M0Q A; 2HBW A; 4QVZ A; 1G3W A; 2EAY A; 1WHL A; 1SSH A; 3G4S T; 3HL8 A; 1EX4 A; 4XU3 A; 2RHX A; 2QQA A; 1MNE A; 1IRE B; 4XU2 A; 1VYU A; 3RR6 A; 1VQ5 Q; 5LJ5 e; 3V7R A; 3FJ5 A; 2PVG B; 1VQ6 T; 2GTJ A; 3CMA Q; 2A28 A; 4M7A G; 1RAH B; 4KBM B; 5CQY A; 1VQ9 A; 2DL5 A; 2CYZ B; 3FRN A; 2BTT A; 1TTH B; 2KEA A; 3CC7 A; 4IKF A; 1Y0M A; 3HRT A; 2YUN A; 3JB9 G; 5ECA A; 5CKF A; 2ABL A; 2YXY A; 2O9S A; 3JCM h; 2DXT A; 1VQ8 A; 3E19 A; 1UFF A; 1X6O A; 2QQB A; 4M75 G; 1WJR A; 2CP3 A; 2FPD A; 4RG2 A; 3QDR B; 3NFC A; 3V7C A; 2KDS A; 4F04 B; 1D3B B; 3UA7 A; 5A0L A; 2KI7 A; 2LCC A; 1YI2 A; 1WX6 A; 1KQS P; 3HTR A; 4MDW A; 1QQJ A; 1T0H A; 1M1K R; 4CRI A; 1ZBJ A; 2DK3 A; 4FW1 A; 1YJW Q; 2RD1 A; 2MCN A; 4OMF B; 4PJO D; 3L2R A; 2HBP A; 4PLI A; 4R0K A; 3OA6 A; 3IQL A; 1X01 A; 3VS5 A; 1ACM B; 1QWE A; 3I5S A; 4B9X A; 3SHW A; 2ESW A; 1W70 A; 3R6O A; 3A98 A; 1PC0 A; 3UDC A; 1VYT A; 3HRU A; 1D3B A; 1VQP Q; 3CQT A; 2LJ0 A; 1VQM Q; 3VS6 A; 1TXQ A; 4C8Q G; 4JS4 A; 5D7U A; 2J6K A; 3MP8 A; 1M27 C; 3VRZ A; 5GAO q; 4OMP A; 2HQE A; 3NPF A; 2V8J A; 2JTM A; 1WIE A; 3UA6 A; 3CPW S; 2FO0 A; 4HKE A; 3I55 Q; 1Q7Y R; 3CCJ T; 4Y92 A; 2RI2 A; 1NPR A; 2KRM A; 4EPC A; 2P4R A; 3QXE B; 2FRY A; 2M02 A; 2LJ3 A; 5KYX B; 4A4H A; 1IGQ A; 3F70 A; 5FRO A; 2VXE A; 3AT1 B; 1AD5 A; 1ZUK A; 2FZG B; 4DA4 A; 5IXB A; 2KE9 A; 2G6F X; 1YJ9 A; 2LQK A; 1QVP A; 4LDU A; 2IPO B; 2EJF A; 4JS5 A; 1YIT A; 3HP9 A; 2QA4 T; 4M77 G; 3G71 Q; 1QMC A; 1WLP B; 2RHY A; 3H9N A; 3U23 A; 2A3L A; 4IUT A; 5GMK m; 1MMA A; 2EQK A; 5KCH A; 2QQ9 A; 4Y91 A; 4M78 D; 4GY5 A; 3G4S A; 1VIF A; 2WAC A; 3M59 A; 1ZSZ B; 5FU6 B; 3X26 B; 4EDU A; 1VYV A; 4JRP A; 1M90 C; 4JDS A; 1YN8 A; 2EGA A; 2ZPF B; 5HKC A; 2MK5 A; 5KYX A; 7AT1 B; 1AWX A; 4BUG A; 3KUF A; 5GAN j; 1WHJ A; 2CGH A; 4E7Z A; 1VQ6 A; 2MF2 A; 5LJ3 e; 1D1C A; 3ZEH A; 2MPX C; 1VQ9 Q; 4HVV A; 3CC7 Q; 1WHM A; 1WJS A; 1WHH A; 4J7I A; 1JJ2 P; 3OYY A; 3M58 A; 1OUL A; 2KXC A; 1RI0 A; 4F17 A; 2HKN A; 2YRD A; 3M9Q A; 3PTA A; 3QZ5 B; 3OS0 A; 1VQ8 Q; 4A54 A; 3ZL7 C; 1SRL A; 1ZSZ A; 2GF7 A; 3A1P A; 2D1X A; 4J83 A; 3UT1 A; 4E6R A; 1VA7 A; 1YI2 Q; 4C92 G; 2L89 A; 1K73 C; 4XTW A; 1U3O A; 1Y71 A; 4ME7 A; 1K9M C; 2QG9 B; 4A4G A; 3PE0 A; 5CIU A; 4X34 A; 3UAT A; 2A7Y A; 5GAM g; 3ZBD A; 1VQ4 A; 2X4X A; 4NOY A; 2EQI A; 1X27 A; 2CS7 A; 3V8L A; 1CKB A; 3LGL A; 3H41 A; 1HD3 A; 3CCE A; 1BCO A; 3OYF A; 1OPK A; 1K1Z A; 4RG8 A; 2RQR A; 1XQH A; 3TSZ A; 3VS4 A; 2FPE A; 1HYO A; 4Z89 A; 2EPD A; 2CH4 W; 2KRS A; 2COY A; 1C0M A; 2HSP A; 1BI1 A; 5CR2 A; 5GJV B; 2YUP A; 4E47 A; 2KQW A; 3EG3 A; 3KBG A; 2QGG A; 2DIG A; 1NLP C; 2IG0 A; 3OS5 A; 2C0I A; 2VUB A; 4MDX A; 1PKT A; 5IAY A; 3NTH A; 1QCF A; 2JN0 A; 1K9M R; 1U1S A; 3CCL A; 2J6O A; 3CPW A; 1NYG A; 2FG0 A; 2V8K A; 3LLR A; 3I5R A; 4F7U E; 2H3E B; 4X9D A; 1GCP A; 3M0T A; 1IXD A; 1TH7 A; 2QTX A; 2Y4Y A; 1YJ9 Q; 1KC8 C; 1KQ2 A; 2QA4 A; 2ZPH B; 5DLQ E; 1WDX A; 1OEB A; 3REA B; 2DVJ A; 4BI8 B; 4ORZ A; 1KSW A; 1PRL C; 3RNJ A; 4EMK B; 3CMA T; 3RKW A; 2XMF A; 2D0Q B; 4FYW B; 3G4S Q; 2VB6 A; 3QJY A; 1Q81 C; 4R55 A; 1WXT A; 2KNB B; 4BE2 A; 1ZSZ C; 5FU6 C; 5A0G A; 2YUO A; 5GMK e; 3QYG B; 2LVM A; 5LJ5 g; 2LDM A; 3X20 B; 3A8G B; 2FEI A; 1LNX A; 1T0J A; 3M4G A; 3L2Z A; 2L3Q A; 1ABO A; 1S72 A; 3OY9 A; 3PMT A; 3CBM A; 3QYH B; 1GCQ A; 1TOV A; 2ATC B; 2L2P A; 3VS7 A; 4M7D D; 4OB3 B; 4TVR A; 4AFZ C; 2RQV A; 2DMO A; 3RMS A; 4EMK A; 2LQW A; 4LDV A; 2RQW A; 1Z9Z A; 2RHZ A; 3JCM g; 3NGP A; 3CEY A; 1KC8 R; 4Y28 E; 4CC3 A; 2DTH A; 2LCL A; 1YJW T; 2LX9 A; 5CAI A; 2BE7 D; 1RAG B; 3KXT A; 3L2Q A; 2RJE A; 1FMK A; 3CXC A; 3C0C A; 4PJO B; 1C1A A; 1Q81 R; 2FYK A; 2E12 A; 3A8H B; 1VQ4 Q; 1VQP T; 2QTV A; 1IHW A; 5GAN 6; 1JO8 A; 2ROL A; 5FWB A; 3CCE Q; 2DAQ A; 3JV3 A; 2PVD B; 2QAS A; 5CKE A; 2OAW A; 3V7S A; 4OMO A; 3GIB A; 2DBM A; 1D1A A; 2JTE A; 5GAO l; 2DLP A; 5J26 A; 1WYX A; 2Z0W A; 3E9F A; 1X6G A; 4JZ4 A; 3I55 T; 3DKM A; 2J06 A; 2YUQ A; 5EG2 A; 4PJO A; 4PL6 A; 4F7U F; 3CME T; 2ZPE B; 4GBQ A; 4LUE A; 3THK A; 1E6G A; 2DXC A; 4PLL A; 4II1 A; 3QSU A; 1EFN A; 1ZQ1 A; 4PKC C; 1QVF S; 2RN8 A; 2X3X D; 5CCA A; 3TRE A; 4J9I A; 2CZ7 B; 2RPN A; 3QG1 A; 1QCN A; 3CCL Q; 1H92 A; 1I1J A; 3G71 T; 3RMQ A; 1IO6 A; 3C4S A; 2RJC A; 3ASK A; 2JS2 A; 2PTK A; 2K3B A; 2K3X A; 1TWB A; 2MWO A; 2MAM A; 3GPL A; 1TUG B; 2QA4 Q; 4ANJ A; 2FHD A; 5FRN A; 5FU7 B; 4M78 B; 1SSF A; 5CK9 A; 1B34 A; 2ZPI B; 1GCQ C; 2AIR B; 1YCS B; 4PJM A; 2X4J A; 4EMK C; 2HAX A; 3HFN A; 2BUD A; 3RKX A; 2MMP A; 4HA8 A; 4BI4 A; 2DET A; 3CC7 T; 2OTJ A; 3VS3 A; 1AVZ C; 1M90 U; 4FCY A; 1GXI E; 5GMK i; 3EFS A; 1WXU A; 3QII A; 2RF0 A; 3VS2 A; 4PK4 A; 2VXF A; 4RTU A; 5LJ3 g; 1S72 Q; 4M7A E; 1K0X A; 1VQO A; 4M78 A; 4OB1 B; 2AK5 A; 1RLQ C; 1NJI C; 3VKI A; 2YRC A; 1HSQ A; 1YI2 T; 3ULR B; 1G2B A; 1PNJ A; 1RAD B; 2F1L A; 1OPL A; 2K79 A; 1R77 A; 5HK3 A; 5GAN 3; 3OW2 P; 2X4W A; 1OV3 A; 3CCU Q; 5GAM h; 5D6W A; 1N5Z A; 2F2V A; 4M75 E; 5IHI A; 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1M3A A; 1SF9 A; 4M75 F; 2D9T A; 1ZUY A; 4M7D B; 4XAX B; 1QVG S; 2DVE A; 1VQO Q; 1YJN A; 2V1R A; 1D0Z A; 1QP2 A; 2NUT B; 2OI3 A; 4WTO B; 3OYG A; 1QKW A; 3L1A A; 1VUB A; 3H0F A; 4LD9 K; 1WXB A; 4LDX A; 2OX7 A; 2JM8 A; 8ATC B; 2OTL A; 1ZA2 B; 3EGX A; 3L42 A; 3UF4 A; 1VQ4 T; 2P0Q A; 2ZAE A; 3EHQ A; 3PVL A; 4KUD K; 4WF2 A; 2R58 A; 1OX8 A; 3OS2 A; 4E2F B; 1M2V B; 1NBE B; 3EFO B; 3CCE T; 4M7D A; 4C92 E; 3JRZ A; 1UB4 A; 3E1S A; 4RUG A; 1I0C A; 2NUT A; 2DX1 A; 3N5B B; 2K9G A; 4L6V 5; 1Q82 C; 1IZ6 A; 1OX9 A; 4C8Q F; 1ZHI A; 1O9S A; 2LT4 A; 4A4F A; 2MYS A; 3CCS A; 1QKX A; 1OU8 A; 4XK8 E; 3VUZ A; 1G3Y A; 2XDB A; 2SEM A; 4QW2 A; 4ZN3 A; 2D8J A; 3QJ6 A; 1K8A C; 4QVC A; 4HVU A; 1M2V A; 2I2L A; 1ZA1 B; 3CME Q; 3CCL T; 4GLM A; 4XQ3 A; 1VQN A; 3SDZ A; 1G83 A; 4OGE A; 2YT6 A; 2RB6 A; 3A5Z B; 2AZS A; 1N27 A; 3G1J A; 2ENM A; 2HQX A; 2RQT A; 1G5V A; 4M77 F; 3TVT A; 3CCV A; 5I2M A; 4J9G A; 3JCM P; 2QDY B; 3CCM A; 1YHQ Q; 2KR3 A; 2P0P A; 3CD6 A; 1WJQ A; 1IGU A; 4XTX A; 1BI3 A; 1X43 A; 4JRI A; 3OYD A; 3JSC A; 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