The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
88
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structure length |
77
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Chain Sequence |
MLPLYLLTNAKGQQMQIELKNGEIIQGILTNVDNWMNLTLSNVTEYSEESAAVKLNEIYIRGTFIKFIKLQDNIIDK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The 3.8 angstrom structure of the U4/U6.U5 tri-snRNP: Insights into spliceosome assembly and catalysis
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor 8
|
| molecule tags |
Transcription
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| total genus |
12
|
| structure length |
77
|
| sequence length |
88
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| h | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1M5Q 1; 2QTX A; 2DZC A; 1LNX A; 4M77 G; 4PNO A; 4EMK A; 1WQ7 A; 4WF2 A; 3HFO A; 4M77 D; 4PJO B; 3FIF A; 1JBM A; 2DVE A; 4C8Q G; 2DTH A; 5GMK j; 4F7U B; 3M4G A; 4M75 G; 3JCM d; 3JB9 G; 1U1S A; 4C8Q D; 3V8L A; 5CAI A; 5GAN 8; 4M7A E; 4J6W A; 5GAO m; 4M75 D; 3JB9 D; 4X9D A; 3SWN A; 1HXD A; 2DXU A; 3JB9 I; 5GAN 3; 3BW1 A; 4PJO F; 3JCM e; 4JLI A; 1BIB A; 5LJ3 f; 4N0A C; 5GAN j; 4HT8 A; 2RD1 A; 4EMK B; 5GMK e; 2VC8 A; 4RCC A; 3JCM c; 4F7U F; 3RKY A; 1I4K 1; 5GAN d; 4M78 D; 4HA8 A; 1I5L A; 4XTV A; 5GAO l; 2VXE A; 2FB7 A; 4M7D A; 2E1H A; 4M77 C; 5GMK m; 4M75 E; 1N9R A; 4XTW A; 4C92 A; 4M7A A; 3V8K A; 4PJO G; 2DTI A; 5GAO r; 5GAN e; 5LJ3 g; 3QHS A; 3JCM P; 3AHU A; 4C8Q C; 5LJ3 h; 2DJZ A; 4QVD A; 3L1A A; 1TH7 A; 1X01 A; 3SWN B; 4F7U G; 1KQ2 A; 4M75 C; 4PJO D; 4NL3 A; 4M78 E; 2DZ9 A; 3V7C A; 4A53 A; 5LJ5 f; 4HT9 A; 4DQ2 A; 1LOJ A; 2Y90 A; 3JCM b; 1YCY A; 3HFN A; 4M7D B; 4M78 C; 2YLC A; 1MGQ A; 5GAN h; 2I2L A; 3JB9 J; 1LJO A; 4M77 E; 4NOY A; 4XU1 A; 4PJO E; 4C92 B; 4M7A B; 3HSB A; 5LJ5 g; 4QVC A; 5GAN 2; 4F7U E; 5LJ3 j; 4C8Q E; 1H64 1; 4XU2 A; 2YHT A; 4M7D F; 5LJ3 d; 2EJ9 A; 3FJP A; 2EAY A; 4OP0 A; 5GAM f; 4PJO C; 4N0A A; 2EJF A; 5GMK i; 1HK9 A; 2RA2 A; 4C92 F; 3EFS A; 4M7A F; 2EWN A; 1KQ1 A; 3BY7 A; 3VU3 C; 4MML A; 4EMH A; 2E64 A; 1JRI A; 4M77 A; 3QO3 A; 5GMK l; 5LJ3 e; 3QSU A; 4RCB A; 5GAM g; 1B34 A; 4X9C A; 4M7D G; 3QUI A; 4XQ3 A; 3RES A; 5GAM h; 1Y96 A; 4MMK A; 4C8Q A; 4EMK C; 2JN0 A; 5LJ5 j; 2HNI A; 4M7D D; 2DTO A; 1BIA A; 2E41 A; 4M78 B; 4M75 A; 2ZGW A; 4C92 G; 3JCM Q; 5LJ5 d; 4M7A G; 4V2S A; 5GAN 7; 4XTU A; 5DY9 A; 4XTY A; 3V7S A; 3JB9 F; 3BDU A; 4C92 D; 3V7R A; 5GAO q; 1U1T A; 5LJ5 h; 4NL2 A; 2RM4 A; 4XU0 A; 3JCM f; 3JCM X; 4M78 A; 5LJ5 e; 4M77 B; 4JRK A; 2YLB A; 3RKW A; 1D3B A; 3SB2 A; 1WNL A; 4M78 F; 3SWN C; 5I21 A; 4Y91 A; 4M7D E; 3L2Z A; 1B34 B; 1N9S A; 5GAN 5; 4J6Y A; 3RER A; 1I8F A; 3EFR A; 1Y96 B; 4XU3 A; 4EMG A; 5GAO p; 4C8Q B; 2VXF A; 2E10 A; 3RKX A; 5GAM j; 4XTZ A; 4J5Y A; 4C92 E; 3JCM g; 3JCM W; 5GAM d; 4M75 B; 4XTX A; 2DXT A; 3JCM h; 5GAN f; 3GIB A; 4M7D C; 3JCM J; 3JB9 H; 1WPY A; 3JCM V; 4PJO A; 3RIR A; 4M77 F; 3RUX A; 3V8J A; 5GMK h; 2DEQ A; 2CGH A; 4JRI A; 4JUV A; 4M78 G; 2RB6 A; 4F7U A; 5GAO n; 4C92 C; 2E65 A; 4M7A C; 1M8V A; 2K57 A; 2DKG A; 5GAM e; 4C8Q F; 5GAN 6; 1D3B B; 3FB9 A; 4A54 A; 5GAN g; 4M75 F; 1I81 A; 4J6X A; 5GAN 4; 3BFM A; 2FYK A; 4M7A D; 2EJG A; 1WQW A; 3INZ A; 3PGG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5FU6 C; 3MEW A; 4A4H A; 3C12 A; 1IRE B; 3M0T A; 1MHN A; 1IRX A; 1VQ9 T; 2DL7 A; 4C8Q D; 4KUD K; 1VQK A; 1UDL A; 4PJN A; 3G4S A; 1X43 A; 4X9D A; 4RG8 A; 1H3Z A; 3JCM e; 2JOY A; 4IIM A; 5LJ3 f; 1G3T A; 5FWC A; 1I5L A; 2HSP A; 2FRW A; 4HA8 A; 2FB7 A; 2MPX C; 3OMC A; 1W1F A; 2OJ2 A; 1S72 A; 2GQI A; 4PJO G; 3CCV A; 3EGU A; 3QHS A; 1ZQ1 A; 1UJ0 A; 1SG5 A; 2JMC A; 3MET A; 3DLM A; 1VUB A; 4JRQ A; 2BE9 B; 2LJ3 A; 1BU1 A; 2ED0 A; 4J83 A; 2IPO B; 2CSQ A; 3CQT A; 1Q7Y C; 2I0N A; 1M1K C; 3THK A; 4E7K A; 4E7I A; 1M1G A; 1VQ6 Q; 1VQM T; 3OMG A; 3CBO A; 5CVI A; 1YIT T; 4JJB A; 4BY6 B; 1BI1 A; 1VIE A; 2LCC A; 2CS7 A; 1QWF A; 3QUI A; 2GBQ A; 1K9M R; 4BB7 A; 4AFS C; 1BIA A; 3EG3 A; 3OY9 A; 3CCJ Q; 3M0Q A; 3CCR Q; 3GLX A; 1VQ5 Q; 2M9U A; 5DM7 R; 4JRK A; 3ME9 A; 3EFO B; 2ESW A; 1G8X A; 1Y07 A; 3OBY A; 4C92 E; 3QJY A; 4AG1 C; 4EPC A; 1Q82 U; 1BI0 A; 3OQ5 A; 2CGH A; 2KBT A; 3OS0 A; 4C92 C; 1RLQ C; 1U8R A; 2QGG A; 1WHM A; 2LP5 A; 2XU8 A; 1VQ6 A; 1MMD A; 4A4K A; 4FL6 A; 3CC4 T; 4M77 G; 1B07 A; 4IUQ A; 1SEM A; 2DVE A; 1MUZ A; 4BI8 B; 2HSE B; 3ER0 A; 2K6D A; 2DJQ A; 2XG8 D; 5KH6 A; 3VV0 A; 2A0F B; 1FXX A; 2YUN A; 3D7S B; 3CCJ A; 5KYY B; 3MP8 A; 3CCR A; 4JLI A; 3LWI A; 2HQH A; 2ZAE A; 1RI9 A; 3VS1 A; 5J39 A; 2FEI A; 2CUD A; 5IH2 A; 4C92 A; 3L1A A; 2GTJ A; 3PT9 A; 1Y0M A; 2H8H A; 3KUF A; 2JS2 A; 2L3P A; 1UFF A; 1NZ9 A; 2NUP A; 4OMF B; 4M7D B; 4FT2 A; 5D6X A; 3UWN A; 2JW4 A; 3MP6 A; 4LUE A; 2LT4 A; 2D8H A; 1YIJ Q; 3SHW A; 2OTL Q; 1YN8 A; 2DFU A; 3UA7 A; 2C06 A; 2LNH B; 5CKH A; 3OS2 A; 1I1J A; 2KNB B; 3F70 A; 1U06 A; 4XQ3 A; 4MMK A; 1GBQ A; 3OYB A; 2BUD A; 4Z02 A; 4IIO A; 5CQY A; 2DMO A; 4CC7 A; 2PU9 B; 4C0D B; 4XTY A; 3V7S A; 4C92 D; 1UEB A; 2VGN A; 4ELZ C; 3LGL A; 4IKF A; 2YLB A; 3OYY A; 5KE3 A; 5GAN 5; 2JM8 A; 2DX1 A; 1EIF A; 4J5Y A; 3JCM g; 3JCM h; 3LLR A; 1Y7X A; 3RUX A; 2GCX A; 2KY9 A; 2KYM A; 2RB6 A; 4M7A C; 1RL2 A; 4N4G A; 3TEE A; 2DER A; 1YIJ A; 1BB9 A; 4LUD A; 3M5A A; 1KFZ A; 4ZNX A; 4OGE A; 3VS5 A; 2HAX A; 2DO3 A; 4PNO A; 3QWY A; 2X3W D; 2QTV A; 3OYD A; 4C8Q G; 1W6X A; 1X75 C; 3X26 B; 5CQX A; 4L5G A; 1T3S A; 5CCA A; 2R57 A; 4PJO F; 2QI2 A; 3CCM A; 1ARK A; 2L3S A; 4HVW A; 4OGC A; 4BI3 A; 5GAO l; 2J7I A; 2M16 A; 2DPP B; 1MMA A; 4M7A A; 3OYJ A; 2PUK B; 5GAO r; 2VWF A; 4DEX A; 2LJ0 A; 2LQK A; 1Z9Z A; 5KYU A; 2OX7 A; 3EHQ A; 1MGQ A; 4IUV A; 2GNC A; 4II1 A; 5FU7 C; 2E5Q A; 2EIF A; 3QJ6 A; 5A0G A; 2R5M A; 5LJ3 j; 2QGF B; 3E19 A; 1KD1 C; 4JS5 A; 4RUG A; 1WHJ A; 3OYE A; 3L42 A; 2KGT A; 5CO7 A; 1BI2 A; 3CC7 Q; 1VQK T; 1PRM C; 1ABO A; 4PJM A; 3EGX A; 3G4S T; 4EDU A; 3NTK A; 1LVK A; 2OTJ A; 4HCZ A; 5C6S A; 1ABQ A; 4HVV A; 3VRY A; 4DBQ A; 1S72 T; 3RER A; 1VQM Q; 3CCV T; 2O4X A; 1YCS B; 1H3H A; 4XTZ A; 5GAM d; 3CCE Q; 5GAN f; 3JB9 H; 3CCU Q; 1LPL A; 4M77 F; 4ANJ A; 1OOT A; 3OYI A; 4HCC A; 2DE0 X; 3G7Z A; 1ZBJ A; 1KC8 R; 4CI0 C; 2X4W A; 2RJC A; 3J81 E; 2YRC A; 1UHF A; 2HBP A; 4HKE A; 3M0R A; 4JJC A; 3GOX A; 2IVW A; 4RTV A; 1T0H A; 3CC7 A; 2LCS A; 2K3Y A; 2OAW A; 4KH0 B; 1A0N B; 3FEO A; 1NLO C; 3M58 A; 1O75 A; 1K9A A; 1UGR B; 3JCM c; 4OB0 B; 1NJI C; 4J9I A; 3OYF A; 1UGS B; 3S3O A; 4M75 E; 1N9R A; 1IB8 A; 3CCE A; 1K8A R; 3CC4 Q; 3CCU A; 1VYT A; 4J9E A; 5GJV B; 3HKS A; 4QVD A; 1VQP A; 4M75 C; 5AYF A; 2HQX A; 5DLQ E; 2RI2 A; 2Y90 A; 3CPW S; 3JCM b; 1YCY A; 1YI2 A; 3HFN A; 3QYH B; 1GL5 A; 1R0B G; 2K2V A; 4M77 E; 5A0D A; 5FRO A; 3DLL A; 1VQ6 T; 4F7U E; 1VQO A; 2F2W A; 4RG2 A; 2JM9 A; 4JJN K; 1XOV A; 1QVF P; 2JMA A; 4EMH A; 1HYO A; 4DA4 A; 2ROL A; 2NUT B; 2Y4Y A; 2JN0 A; 2QEX A; 1RAI B; 4C92 G; 2E41 A; 4M75 A; 3CBM A; 3CCJ T; 3CCR T; 1QQJ A; 1PWT A; 2E4H A; 3MEA A; 5HK3 A; 4PFP A; 2CZ1 B; 3OYG A; 2A36 A; 3SB2 A; 5I2S A; 2F1L A; 2CSI A; 4EMG A; 1M3C A; 3Q1J A; 1GCP A; 4QQ6 A; 3VS3 A; 1IO6 A; 2HL3 A; 1BK2 A; 1N6A A; 3CPW A; 3QII A; 4F7U A; 1XQH A; 2PVD B; 5GAM e; 4C8Q F; 2KR3 A; 2CZ6 B; 2KRS A; 1M3A A; 2LNV A; 3OYL A; 2QTX A; 1HJD A; 1OUL A; 4Y92 A; 3HFO A; 3PNW C; 4PJO B; 3FRN A; 2RI5 A; 2BZ8 A; 2JT4 A; 2SRC A; 1NBE B; 3I35 A; 4ZN3 A; 4M75 D; 2V1R A; 1M27 C; 4MZM A; 1KG1 A; 4MZT A; 3PVL A; 2P84 A; 1M4Z A; 1X27 A; 1QW1 A; 2RK1 A; 2CH4 W; 2COY A; 4JJD A; 4JS4 A; 3LH5 A; 9ATC B; 3R6N A; 2FHD A; 4GLM A; 1OV3 A; 2K3B A; 4AT1 B; 3SWN B; 2DZ9 A; 4BD3 A; 2H3J A; 3VUB A; 2DEU A; 2YRD A; 2EKO A; 2K7A A; 1C0M A; 1UG1 A; 1MMG A; 1TUG B; 2EQK A; 3JB9 J; 2HMA A; 4IUU A; 1Q82 C; 4C0F A; 3GNF B; 4MZP A; 4DBR A; 4C8Q E; 1YIJ T; 2MIO A; 3M0U A; 2DD5 A; 2J06 A; 2EWN A; 4WCI A; 3VU3 C; 4OVA A; 3VS6 A; 3QDF A; 2CP0 A; 3C0C A; 4MDW A; 1AT1 B; 1AEY A; 3AT1 B; 4RCB A; 1H8K A; 3VYH B; 4OF1 A; 1Y96 A; 2P0P A; 2KAF A; 4CC3 A; 1OX9 A; 4M7A G; 3H0H A; 5LJ5 d; 2GF7 A; 4XTU A; 4GBQ A; 1GBR A; 4FSS A; 4FM4 B; 3JCM f; 4GLK A; 4PJJ A; 3X20 B; 1ZX6 A; 3JSC A; 5KYX B; 1PC0 A; 1VA7 A; 4M77 B; 3RKW A; 1FMW A; 1IGU A; 1B34 B; 2XK0 A; 5EC7 A; 5GAO p; 2R58 A; 2DNU A; 2CYZ B; 2YDL A; 4PKC C; 3EH2 A; 4FT4 A; 2E65 A; 1VIF A; 2DKG A; 4X1V A; 2F5K A; 2BE7 D; 3PIP A; 2EKH A; 1VQK Q; 1PD1 A; 2KMT A; 1D3B B; 7AT1 B; 2ZZD A; 1WQW A; 2DRM A; 1YP5 A; 4LE9 A; 3DB4 A; 5I2M A; 1GFC A; 1YHQ Q; 2EBP A; 5HCK A; 4WF2 A; 4LDV A; 1OYX A; 2F5T X; 3LWH A; 3M53 A; 3PIO A; 3I56 A; 2DVJ A; 4LXC A; 4QVZ A; 1AOJ A; 1TOV A; 1YJ9 A; 5GMK j; 5HY6 A; 1AD5 A; 3CCQ A; 1S72 Q; 1AZE A; 1Z9Q A; 5GAO m; 2QQS A; 3BW1 A; 3OYN A; 5GAN j; 1I4K 1; 2LQW A; 1B3Q A; 2EYY A; 2VXE A; 2FPD A; 4J9G A; 8AT1 B; 1O9S A; 2E1H A; 4PJL A; 2OTJ T; 2LQ8 A; 4BDZ A; 1PKT A; 3OA6 A; 4C0G A; 2CDT A; 3V7C A; 4BAC A; 1SSF A; 1VQ8 A; 4E6R A; 3HPW A; 1OZ3 A; 2ROT A; 2MOX A; 4B9X A; 1YHQ A; 1RAG B; 4NOY A; 3EGD A; 4KBM B; 4XU2 A; 2DF6 A; 2YHT A; 3MEU A; 1NYF A; 4AG2 C; 1JXO A; 4C92 F; 1YFN A; 3ZFJ A; 4MML A; 3H0I A; 2E6N A; 3M0P A; 3OYC A; 3CC7 T; 1J3T A; 4N4I A; 4BE2 A; 3RR6 A; 3L2U A; 5GAM g; 5GAM h; 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3OYH A; 4V2S A; 3TRE A; 3BDU A; 2A37 A; 2OAU A; 3CD6 Q; 3V7R A; 2EYZ A; 2XDP A; 3JRZ A; 3CXC S; 2VYT A; 3GPL A; 1WI7 A; 1YJW A; 2RHX A; 1UUE A; 1WJS A; 1WFW A; 4A4G A; 1Q86 C; 2VXF A; 3RKX A; 4L6V 5; 2VB6 A; 3REA B; 1R77 A; 4DBF A; 2B86 A; 3RIR A; 4OMQ A; 1K73 R; 4JUV A; 4M78 G; 3L2R A; 2RO0 A; 3SDZ A; 2HKQ B; 2RJD A; 1I81 A; 5GAN 4; 3INZ A; 2XHC A; 2JTF A; 1LNX A; 4ZGE B; 3CCM Q; 3CPW P; 1N27 A; 3HL8 A; 3FIF A; 4HCK A; 1X6B A; 3CEY A; 3I55 A; 1VYU A; 4M7A E; 3TCJ A; 1OPK A; 3CD6 A; 1YWP A; 3HTR A; 3LYI A; 1M2V A; 2J6K A; 3RMS A; 4RCC A; 2DL3 A; 5J26 A; 4A4E A; 4GY5 A; 2CH4 A; 2LRQ A; 3URG A; 2YWW A; 4E7Z A; 5IXF A; 3CXC A; 1KQS S; 2NYS A; 1SHG A; 3AHU A; 1RAF B; 2P4R A; 2R5A A; 4RTX A; 4IUP A; 4R55 A; 4NL3 A; 4OMP A; 4DOV A; 3FDR A; 2L3R A; 3A98 A; 2FL7 A; 2MMP A; 2F2X A; 2K9G A; 3SFM A; 1WIE A; 4QQG A; 4C92 B; 1SKU B; 5LJ5 g; 3TVT A; 2WSE E; 2DXB A; 1NM7 A; 2RHZ A; 5IHN A; 5KCO A; 1JXM A; 2NUP B; 2OTJ Q; 1WGS A; 2RMO A; 3I56 T; 5L23 A; 1YJ9 T; 1WYX A; 3RES A; 2D6F A; 4FW1 A; 4EMK C; 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