The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
57
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structure length |
57
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Chain Sequence |
KELVLVLYDYQEKSPRELTVKKGDILTLLNSTNKDWWKIEVNGRQGFVPAAYLKKLD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
High-resolution structure of an alpha-spectrin SH3-domain mutant with a redesigned hydrophobic core.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Gallus gallus
|
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
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| total genus |
11
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| structure length |
57
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| sequence length |
57
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-06-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3SHW A; 2DA9 A; 2KRS A; 4Z8A A; 2A37 A; 2J6O A; 1AEY A; 1K0S A; 4DEY A; 1QKX A; 1YWP A; 3EG0 A; 1QCF A; 1ZX6 A; 2CRE A; 2QDL A; 1M27 C; 2JM9 A; 2KRO A; 5IH2 A; 1M3A A; 4ZNX A; 1GCQ A; 1VYT A; 2KBT A; 2XMF A; 2G6F X; 1T3S A; 4J9F A; 1K0X A; 2RQT A; 1T0J A; 1GL5 A; 2RF0 A; 2ESW A; 2W0Z A; 1GCP A; 2I0N A; 4OML A; 4JZ4 A; 3REB B; 4RTX A; 2J06 A; 4HVU A; 1I0C A; 2NUZ A; 5FWC A; 2SEM A; 4LUD A; 3LH5 A; 4HXJ A; 1TG0 A; 3I5S A; 1PKT A; 1KSW A; 2VWF A; 1X2Q A; 3NHN A; 3M0R A; 2K9G A; 2RQR A; 1SSH A; 2IIM A; 3PVL A; 2F2X A; 4M4Z A; 4EIK A; 3VS0 A; 2O2O A; 2KXD A; 2LJ3 A; 2HCK A; 1RLQ C; 4RTU A; 3NMZ C; 5IHI A; 2FRY A; 5IXF A; 1VYU A; 2W10 A; 4RTV A; 1FMK A; 2X3W D; 2FPE A; 5IHK A; 1I07 A; 1QWF A; 4DEX A; 1PKS A; 1Z9Z A; 2EYY A; 4CC7 A; 3QWX X; 4HVW A; 2LNH B; 2CSI A; 2RNA A; 1WXU A; 1QWE A; 2DL5 A; 4OMN A; 3TVT A; 3M0U A; 1WX6 A; 2GNC A; 2KRM A; 1KJW A; 2GQI A; 2ABL A; 2AZV A; 3QWY A; 1NLP C; 2AZS A; 1T0H A; 2LJ0 A; 1SHF A; 2F2V A; 4AFS C; 1NYF A; 2JMA A; 4OMO A; 4OMP A; 1X6G A; 1ABO A; 1WXB A; 4R0K A; 4D8D A; 4LN2 A; 2C0O A; 1PHT A; 2DIL A; 1BK2 A; 1Y57 A; 1CKA A; 3C0C A; 1GFD A; 2EGE A; 2JW4 A; 1JEG A; 1SEM A; 2EPD A; 2LJ1 A; 1VYV A; 1WLP B; 1X27 A; 1LCK A; 2RMO A; 4HVV A; 1UE9 A; 3VS4 A; 2DX1 A; 4RUG A; 2ED1 A; 1OEB A; 2HBW A; 1U06 A; 3FJ5 A; 2RQU A; 2YUN A; 2ROT A; 4RTY A; 1EFN A; 1SHG A; 4X1V A; 2GGR A; 2D8J A; 2JS0 A; 1AWO A; 1WFW A; 1X6B A; 2YUO A; 2MCN A; 3M0Q A; 2BZ8 A; 2BZX A; 2K3B A; 3VS3 A; 1ZUU A; 2HDA A; 2KYB A; 2YT6 A; 4AFU C; 2M0Y A; 2HEQ A; 2DBM A; 1SRL A; 1WXT A; 4HCK A; 4ORZ A; 2YDL A; 2EYW A; 3H0I A; 1ARK A; 2L3Q A; 3VS2 A; 4KRT A; 2CUB A; 2DNU A; 3R6N A; 3UF4 A; 2FG0 A; 3UAT A; 2D1X A; 2ED0 A; 2M51 A; 3U23 A; 3I35 A; 1NYG A; 4JPB W; 3I5R A; 1OPK A; 2RPN A; 3RNJ A; 2LX7 A; 1MV0 B; 1UUE A; 1XOV A; 4RTT A; 1E6H A; 1IO6 A; 4J9D A; 1SPK A; 1G83 A; 1PWT A; 3IQL A; 1AOJ A; 4D8K A; 2C0T A; 1PNJ A; 1QKW A; 1X43 A; 3VS6 A; 2DL3 A; 2YSQ A; 2CUD A; 1WA7 A; 2MOX A; 1UJY A; 3M0S A; 1RLP C; 2DL4 A; 4Z88 A; 4CC3 A; 1M30 A; 2OAW A; 1VA7 A; 1B07 A; 3ULR B; 2EKH A; 2KXC A; 3TSW A; 1GBR A; 1RUW A; 5GJV B; 2CH4 A; 4J9E A; 2P4R A; 1GFC A; 1HSQ A; 1BB9 A; 2LMJ A; 3EGU A; 2K6D A; 2JMC A; 1RI9 A; 1UGV A; 3TSZ A; 1AD5 A; 1QLY A; 1T3L A; 3EHR A; 1JO8 A; 3H41 A; 1AWX A; 3RBB B; 2CH4 W; 2A28 A; 2OI3 A; 1JXM A; 2LP5 A; 2SRC A; 1PRM C; 2A08 A; 1UHF A; 2DL8 A; 4JZ3 A; 1U3O A; 2EVR A; 4F17 A; 5GJW B; 2O88 A; 1S1N A; 1NG2 A; 1KIK A; 3EG1 A; 1MV3 A; 1Y0M A; 3EG3 A; 2EW3 A; 1K76 A; 3ZL7 C; 2LQW A; 4IIM A; 2O9S A; 2J6F A; 4RTZ A; 2FPD A; 5I22 A; 5IXB A; 2GTJ A; 5L23 A; 2J6K A; 1CKB A; 2HSP A; 1FYN A; 1WIE A; 1K4U S; 3PE0 A; 3O5Z A; 1YNZ A; 2RN8 A; 1OPL A; 1YCS B; 4RTW A; 2DF6 A; 3VS5 A; 2DMO A; 1E6G A; 2JTE A; 2KT8 A; 4A63 B; 5EC7 A; 4OMM A; 2LCS A; 1H3H A; 2JXB A; 3NGP A; 1UTI A; 2K79 A; 2DBK A; 4JJC A; 2KNB B; 1AWJ A; 4CC4 B; 3NPF A; 2B86 A; 4F16 A; 1BBZ A; 4AG1 C; 1ZUY A; 2PTK A; 4CC2 A; 2KR3 A; 1W70 A; 4J9G A; 2DLP A; 2AKK A; 1G2B A; 1NM7 A; 1H92 A; 3EHQ A; 4AG2 C; 1UEC A; 4AFZ C; 2DVJ A; 4K11 A; 2J05 A; 3VRY A; 2EQI A; 4OMQ A; 1JXO A; 2H8H A; 2E5K A; 1K9A A; 2JT4 A; 1YN8 A; 2FEI A; 1GCQ C; 1MUZ A; 2ENM A; 1NEB A; 2O31 A; 1AZE A; 2J7I A; 1Z9Q A; 2DRM A; 1NEG A; 2AK5 A; 4J9C A; 3THK A; 4AFQ C; 1AWW A; 1YWO A; 2C0I A; 2LZ6 B; 1PRL C; 3M0T A; 1U5S A; 1I1J A; 2FPF A; 2NWM A; 2CT4 A; 2YUQ A; 4F14 A; 2PNI A; 2OJ2 A; 2DE0 X; 1W1F A; 5IHN A; 2CT3 A; 3VRZ A; 4J9B A; 2VKN A; 1SRM A; 3H0H A; 2EGA A; 2D0N A; 1UG1 A; 1HJD A; 1CSK A; 2VVK A; 1KFZ A; 5ECA A; 1J3T A; 2CSQ A; 1JQQ A; 1B3Q A; 1M3B A; 2BTT A; 4GBQ A; 2MIO A; 1OV3 A; 1H8K A; 2D8H A; 1UDL A; 1BU1 A; 1ZUK A; 5FWB A; 3VS1 A; 4Z89 A; 1UJ0 A; 4LNP A; 5HCK A; 2DL7 A; 4ESR A; 2PZ1 A; 4LUE A; 2KRN A; 2AKL A; 4JJD A; 2K7A A; 1AVZ C; 1GBQ A; 1TUC A; 3PVQ A; 2A36 A; 2EGC A; 3I9Q A; 1WDX A; 2RQV A; 3REA B; 4Y92 A; 3VS7 A; 3GBQ A; 3M0P A; 2L3P A; 1GRI A; 1M3C A; 1OOT A; 2DRK A; 2EYZ A; 2F2W A; 2L0A A; 5I11 A; 3UA6 A; 4J9H A; 1WI7 A; 3UA7 A; 3A98 A; 2RQW A; 2L2P A; 3KFV A; 2BZY A; 2KE9 A; 1ZLM A; 3H0F A; 1ZBJ A; 1ZSG A; 2L3S A; 1NLO C; 2X3X D; 3CQT A; 1TUD A; 1E7O A; 2KYM A; 2JS2 A; 1ABQ A; 2YUP A; 1X69 A; 1K1Z A; 2EBP A; 3JV3 A; 2ROL A; 2ECZ A; 4LE9 A; 3SEM A; 2FRW A; 1HD3 A; 1YP5 A; 2KT1 A; 2K2M A; 2V1R A; 1V1C A; 1AZG B; 1W6X A; 2GBQ A; 2V1Q A; 2KGT A; 2FO0 A; 2DM1 A; 1M8M A; 2DJQ A; 4GLM A; 4FSS A; 4QT7 A; 2KEA A; 1UFF A; 1JU5 C; 4JJB A; 2DYB A; 2LQN A; 1UHC A; 2CDT A; 1N5Z A; 2GTO A; 2EYX A; 4IIO A; 5FW9 A; 1A0N B; 2O9V A; 4WCI A; 2JM8 A; 3EG2 A; 1WYX A; 4E6R A; 4J9I A; 1X2K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2QGG A; 5GAO q; 4DBR A; 1Q81 C; 4Z8A A; 2A37 A; 2J6O A; 1AEY A; 4DEY A; 3OYB A; 3EG9 A; 4PJO E; 4M75 D; 2OTJ A; 1N8R C; 1M3A A; 2X51 A; 4M78 A; 1GCQ A; 3GP8 A; 1VQ8 T; 1JJ2 S; 3PNW C; 4PJO B; 1T3S A; 1K0X A; 2RQT A; 1GL5 A; 1TOV A; 2ESW A; 2I0N A; 3MO8 A; 4OML A; 5I21 A; 4RTX A; 1I0C A; 2NUZ A; 3CEY A; 2HAX A; 4M7D E; 4QW2 A; 3I5S A; 4C8Q F; 1PKT A; 5FU6 B; 4EMK B; 3MHX A; 3M0R A; 2K9G A; 1U8R A; 3PGG A; 4M7D B; 3GLX A; 4EIK A; 5GAN 4; 2O2O A; 4FIB A; 3KXT A; 3SWN B; 2HCK A; 2QG9 B; 2EQK A; 3NMZ C; 3ZEH A; 5AYF A; 5LJ5 h; 2LVM A; 3VKI A; 4XTW A; 1YIT A; 3PTA A; 3HRS A; 4DEX A; 2CS7 A; 2RI5 A; 3S3M A; 2HBP A; 3QWX X; 1MHN A; 2CSI A; 2ZGW A; 4OMN A; 3TVT A; 2K3X A; 1WX6 A; 2GNC A; 2KRM A; 2WSC E; 1KJW A; 2GQI A; 2ABL A; 2AZV A; 3CCV Q; 3EGD A; 5FU7 C; 4J6Y A; 1VUB A; 3M59 A; 4C0D B; 4AFS C; 1VOM A; 4MZT A; 1ABO A; 4RG2 A; 4ME7 A; 3QUI A; 4D8D A; 1VQL A; 2AIR B; 4M7A D; 1YJW Q; 2C0O A; 1LPL A; 1PHT A; 3CCL Q; 1CKA A; 1VQM Q; 3OB9 A; 1SEM A; 2EPD A; 3SFM A; 2LJ1 A; 4DBF A; 1WLP B; 2ZCF B; 2RMO A; 5GAO l; 3CCV T; 1Y71 A; 2DX1 A; 4OB1 B; 4M75 E; 1OEB A; 3MJX A; 1QVG P; 2COY A; 1WHH A; 2YUN A; 5LJ3 h; 4F7U G; 5GAN e; 3GOX A; 3OY9 A; 2E64 A; 1D3B B; 3JCM W; 2GGR A; 2JS0 A; 4M75 B; 5FRO A; 2MCN A; 1OX9 A; 5C6S A; 1PD1 A; 2K5F A; 5IN1 A; 3VS3 A; 2KYB A; 2XDB A; 2HEQ A; 1QVG S; 3FC3 A; 2YDL A; 3OSS C; 3HSB A; 1ARK A; 4KRT A; 2A7Y A; 5CCA A; 2BKD N; 2LTO A; 3CCJ A; 2D1X A; 2ED0 A; 2QAS A; 3U23 A; 4C5G A; 4PJO G; 3JCM e; 2VC8 A; 2CZ0 B; 1QP2 A; 1UUE A; 3MPU B; 3OYG A; 1E6H A; 1U1S A; 3X25 B; 3CC4 Q; 1G83 A; 3PFS A; 2IG0 A; 4IUR A; 2G3R A; 1PNJ A; 2CUD A; 4X9D A; 2HKQ B; 3SB2 A; 1KQS P; 2H3E B; 2MOX A; 3CCU A; 1RLP C; 3FEO A; 1YJ9 A; 2PU9 B; 1M1F A; 3CC4 T; 2P0P A; 2DTI A; 3ULR B; 2KXC A; 1RUW A; 5GJV B; 2CH4 A; 3LW5 E; 3L2W A; 1GFC A; 1WHL A; 2VGM A; 4M7A B; 3EGU A; 4E7H A; 1KQS S; 3CC7 A; 4FYX B; 1G8X A; 3KUF A; 3QZ9 B; 1YJN A; 1Y96 B; 4Q5W A; 5I2M A; 1JO8 A; 4XAX B; 2CH4 W; 4XU1 A; 4HT8 A; 3OSV A; 1V76 A; 1BCM A; 2LP5 A; 2SRC A; 2XHC A; 1IXD A; 2DL8 A; 4JZ3 A; 5KCO A; 5CK9 A; 4F7U F; 2Y4Y A; 4J6X A; 4C8Q D; 2HSE B; 4BY6 C; 4RCC A; 2O88 A; 1NG2 A; 3G4S Q; 2CP6 A; 2FPD A; 2GTJ A; 1CKB A; 2HSP A; 1N6A A; 1K4U S; 1YNZ A; 2RN8 A; 1YCS B; 2D0Q B; 3VS5 A; 4O6J A; 3JB9 I; 4B6M A; 1P92 A; 1ZA2 B; 1VQ4 Q; 4OMM A; 3HFO A; 3A8O B; 3SD4 A; 1KC8 U; 1ZSZ B; 5KYX A; 2DBK A; 2WSE E; 3G4S T; 4CC4 B; 1QVF P; 1BBZ A; 4F04 B; 1ZUY A; 1F1B B; 2RJF A; 4J9G A; 1M90 R; 1I81 A; 2QYZ A; 1QVP A; 4A4H A; 2RJE A; 1H92 A; 4II1 A; 3EHQ A; 1M2O A; 2MYS A; 5CR2 A; 1KC8 R; 2DO3 A; 3ZFJ A; 2E6N A; 1YI2 Q; 4KT0 E; 4M77 A; 4OMQ A; 1JJ2 A; 2H8H A; 1QVF S; 1ACM B; 4ELZ C; 4PJN A; 2EFI A; 3HPW A; 2ENM A; 5CKH A; 2CP5 A; 3NFC A; 4FSX A; 3LH0 A; 1RAF B; 5L8R E; 2DFU A; 3L2R A; 1IRE B; 2J7I A; 2DRM A; 2KQW A; 2AK5 A; 1AWW A; 1TTH B; 1OYX A; 2RHI A; 1VQO A; 2CZ6 B; 3RUX A; 4F14 A; 5LJ5 f; 2CT4 A; 2E3I A; 1W1F A; 1D1A A; 5LJ5 g; 3DLM A; 5IHN A; 1BYM A; 3M58 A; 2YRV A; 1MGQ A; 1TUG B; 2DXB A; 1WHM A; 2EGA A; 2IVW A; 1UG1 A; 5CKB A; 5FRN A; 2VVK A; 3A1P A; 5ECA A; 5EG2 A; 5GAO n; 4ANJ A; 1YIJ Q; 4RMO A; 2QTV A; 3ASK A; 4C8Q E; 4HCB A; 1M3B A; 2JOY A; 4FW2 A; 3QO3 A; 2MIO A; 3F70 A; 1H8K A; 2HL5 C; 4ATO A; 4LNP A; 2XDD A; 2X4W A; 4C92 G; 4C8Q B; 3QYG B; 3ER0 A; 1TWB A; 2KDS A; 2CP3 A; 2CZ1 B; 1WGS A; 1GBQ A; 1TUC A; 3RKX A; 4A4G A; 1YHQ Q; 3P8B B; 2EGC A; 4E47 A; 3GBQ A; 1YIJ T; 1OOT A; 3UA6 A; 3OW2 P; 1WHG A; 3HL8 A; 1VQ5 T; 3M4Y A; 2BZY A; 1Q86 U; 5LJ3 f; 5LJ3 g; 2D6F A; 1VQ7 Q; 1YHQ T; 3EFO A; 1FXX A; 4HKE A; 1E7O A; 2KYM A; 2JS2 A; 3P8H A; 2O4X A; 4BD3 A; 2RD1 A; 4PNO A; 3OW2 S; 3PMI A; 4J8O A; 2OTJ T; 3LLR A; 1Q86 R; 2QEX Q; 2K2M A; 1B34 B; 2V1R A; 1V1C A; 5D7U A; 1H3Z A; 2DJQ A; 4QT7 A; 4HCC A; 4LD6 A; 4HT9 A; 1V29 B; 2DTO A; 3S6W A; 1QVG A; 4C92 C; 1M9S A; 3ZBD A; 1W2B P; 2DTH A; 2GTO A; 2EYX A; 5KYY A; 1HXD A; 3NTK A; 3QDF A; 3CCS Q; 2LDM A; 5GAN 6; 4AT1 B; 2QEX T; 3M56 A; 3CMA Q; 4J9I A; 2XK0 A; 4EMG A; 4JUV A; 3CCE Q; 4PJM A; 2DA9 A; 1KD1 C; 1X6O A; 4BI4 A; 4VUB A; 1RAH B; 2Y4X A; 1YWP A; 1W2B S; 3AHU A; 5GAN 7; 2CRE A; 2OX7 A; 3L42 A; 1M27 C; 3TRE A; 3QXE B; 1PSE A; 1IB8 A; 4ZNX A; 2P0Q A; 3MKD A; 2PVG B; 2DAQ A; 2LQ8 A; 2KBT A; 2P0K A; 1Q95 G; 1YIT T; 2NUT B; 3A8H B; 1VQL Q; 1RAE B; 5LJ5 d; 1G3W A; 4HVU A; 4C92 F; 2ZPI B; 5FWC A; 2SEM A; 1M2V B; 5CKD A; 1X75 C; 2DER A; 3X26 B; 2VWF A; 5CQX A; 1X2Q A; 3CCQ Q; 3NHN A; 2RQR A; 3PVL A; 1DJ7 B; 3HHT B; 1VQL T; 2KXD A; 1O9S A; 2DKG A; 3M4G A; 2NUP A; 2OTL Q; 1BI1 A; 3CC2 A; 4RTV A; 5GAM j; 2X3W D; 1VQ6 A; 4JRQ A; 3EH2 A; 2FPE A; 4MZM A; 4A4K A; 4C8Q G; 4JJN K; 4PJL A; 2LNH B; 2YHT A; 3CME A; 1QWE A; 2CZ7 B; 3M0U A; 4JLG A; 3QSU A; 3TEE A; 2AZS A; 2OTL T; 3NTI A; 3A5Z B; 1SHF A; 3RKW A; 2LCC A; 2F2V A; 1NYF A; 2JMA A; 4OMO A; 1M8V A; 1WXB A; 1UGQ B; 5CVI A; 5KYU A; 3R6O A; 2YRD A; 1BK2 A; 3RIR A; 5HKC A; 3JCM b; 2EGE A; 1JEG A; 1N27 A; 1QW1 A; 3JCM c; 3I55 A; 4F7U B; 2HBW A; 3FJ5 A; 3OBY A; 4N0A C; 2D9T A; 5HY6 A; 2CYZ B; 2RK2 A; 3QPH A; 1BI2 A; 1EFN A; 2FZG B; 3E1S A; 1VQ8 Q; 1WJQ A; 1VQN Q; 4IUT A; 3FIF A; 4IUU A; 5A0L A; 3M53 A; 4BUG A; 1RAG B; 2X4Y A; 1QVF A; 3OS2 A; 4MDW A; 2FVU A; 4PFZ A; 2MPX C; 1WXT A; 5LL6 S; 4HCK A; 4ORZ A; 3J80 E; 3H0I A; 1YJ9 T; 1WQW A; 2L3Q A; 2VGN A; 3VS2 A; 3CCR Q; 2CUB A; 1VQN T; 3DB4 A; 4JPB W; 2EWN A; 4BY6 B; 2RPN A; 2DET A; 1NZ9 A; 4HCZ A; 4RTT A; 3MP8 A; 4V2S A; 4GY5 A; 1ZQ1 A; 1SPK A; 1VQ9 A; 2PVD B; 1YJN T; 2XIC A; 5CIU A; 3IQL A; 2AHJ B; 2X35 A; 3VV0 A; 4BE2 A; 2C0T A; 6AT1 B; 3INZ A; 3QJ6 A; 3CCR T; 3EFR A; 3D7S B; 4ZTF A; 1X43 A; 2KI7 A; 2YSQ A; 1WA7 A; 1OQK A; 3QHS A; 3E9F A; 1UJY A; 3FJP A; 5GAM e; 2XID A; 2OAW A; 3TSW A; 2L89 A; 1WJR A; 2LT1 A; 2YLB A; 1BB9 A; 4FYW B; 2LMJ A; 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