The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
ETRLNVVLRGIAFGARPGAVIEEGGKQQVYLQGERLDSHNAVIEEINRDHVMLRYQGKIERLSLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and functional studies on the interaction of GspC and GspD in the type II secretion system.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TYPE 2 SECRETION SYSTEM, GSPC
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| molecule tags |
Protein transport
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
9
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| structure length |
65
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| sequence length |
65
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-09-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LNV A; 2Y4X A; 2IVW A; 3OSS C; 2LC4 A; 2Y4Y A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4ORZ A; 1TOV A; 2HL3 A; 2JTF A; 1Z9Z A; 2CGH A; 1B7T A; 2EYY A; 3I56 T; 4E7I A; 2AIR B; 2ECZ A; 1YI2 T; 3GNF B; 3OYY A; 4HT8 A; 1AWJ A; 3DB4 A; 3ZFJ A; 3MPU B; 3OYA A; 3M55 A; 1YJN A; 3I35 A; 1TUC A; 1D0X A; 5I2S A; 5LJ5 h; 3RMS A; 5LJ3 d; 5GAO m; 3PMT A; 1NEB A; 3MCA B; 4PJL A; 3TU4 K; 2EBP A; 3CME T; 2B86 A; 1ZSZ A; 2E41 A; 2E70 A; 5GJV B; 2COW A; 3I9Q A; 3PIP A; 4FL6 A; 3FDR A; 1V76 A; 3EFO B; 3S6W A; 2DAQ A; 4B9X A; 1JRI A; 1N27 A; 1M8M A; 2MMP A; 5GAM h; 3CC7 A; 3GF5 A; 3E1S A; 1K1Z A; 1OZ2 A; 2BTT A; 1PKT A; 2MWO A; 3VS4 A; 3UT1 A; 3P8D A; 3E9G A; 3EGX B; 4KGZ B; 1W1F A; 5D6X A; 2PVO B; 1UGR B; 1WDX A; 3KFV A; 4B9W A; 2FPE A; 1EZZ B; 3VS1 A; 5C0M A; 2EYX A; 1PSE A; 1OX9 A; 2BIV A; 2QA4 Q; 2O88 A; 2RK2 A; 1RAB B; 4JJN K; 2E4H A; 1S72 Q; 1N8R R; 3QXE B; 2W10 A; 2P0Q A; 1ZUK A; 1WJS A; 1WHJ A; 2DXC A; 2O2O A; 2DXB A; 3L2V A; 2VGM A; 3JCM Q; 2HSE B; 2R58 A; 1ARK A; 1VQO A; 1OEB A; 3OY9 A; 5CKB A; 4JZ3 A; 3RIR A; 4YTL A; 1M1K U; 4LE9 A; 3LGF A; 2OTJ T; 3OW2 S; 1N9R A; 1Y57 A; 2EQU A; 4N0A C; 2ZAE A; 4OMM A; 2EPD A; 1AEY A; 2E65 A; 3T9N A; 1P92 A; 3OYI A; 1BIB A; 2DTO A; 2F2V A; 2VXF A; 3CCL Q; 2GTO A; 4M78 A; 3ME9 A; 3QO3 A; 3CCS Q; 1GBQ A; 4M75 A; 4JDS A; 3NHN A; 1Z9Q A; 3TCJ A; 1JU5 C; 1QCO A; 4HCZ A; 2X51 A; 4F7U A; 2R57 A; 2DD5 A; 3BE3 A; 3M0P A; 3CCM Q; 1RAI B; 1TSF A; 1VQ6 A; 4XU3 A; 4E2F B; 2CT3 A; 4C92 A; 4DOW A; 3QJY A; 2CP5 A; 3CCE T; 3EG3 A; 2EIF A; 3CCQ T; 2CZ6 B; 3H0I A; 1UGS B; 2LZ6 B; 3VYG A; 4C0G A; 5CKE A; 2JVV A; 1D1A A; 2M16 A; 2VWF A; 3MO8 A; 2LP5 A; 2H8H A; 2JTE A; 4DOV A; 2CZ1 B; 2X4J A; 2DKG A; 3I5R A; 2DNU A; 1OQK A; 4BAC A; 2KRS A; 1SHF A; 3LWH A; 3G6E T; 1QVF P; 1ACM B; 1Q7Y C; 2CH4 A; 4M7D D; 1SSF A; 4RCB A; 1RAH B; 1YNZ A; 3S3M A; 5I11 A; 2QA4 A; 1S72 A; 1NM7 A; 1WHK A; 3EHQ A; 1WA7 A; 2KMT A; 4QT7 A; 1QVG A; 4F14 A; 1UHC A; 5GAO q; 4BI4 A; 4C92 D; 3M0R A; 1KQS S; 1B34 A; 3EG0 A; 3L2U A; 2XKO C; 3ULR B; 4HVV A; 5GAM g; 3DKM A; 3QYH B; 1MV0 B; 2EGE A; 2LJ3 A; 1NYG A; 1UGP B; 3JB9 G; 3R6O A; 2EW3 A; 2GNC A; 4M77 C; 1YN8 A; 1KC8 U; 4J5Y A; 5FLX E; 1O75 A; 4FT2 A; 4F04 B; 1SEM A; 2KRN A; 4KH1 B; 5CQY A; 4UC4 A; 3C0C A; 3CCM A; 2EAY A; 1SKU B; 2RJE A; 2LCL A; 2QK0 A; 1WNL A; 1I5L A; 1UGV A; 2K9G A; 2BZX A; 4XAX B; 2AZS A; 4N4I A; 3LYI A; 2RK1 A; 4BI3 A; 4C8Q G; 1H92 A; 4KUL A; 4ATO A; 2RHU A; 1BI0 A; 5A0D A; 2VYT A; 2HEQ A; 2OTL T; 2A36 A; 2DF6 A; 2ATC B; 1R0C B; 4KUD K; 2A3L A; 1IGU A; 2JMA A; 2FVU A; 4HT9 A; 1NEG A; 3VS2 A; 3OYH A; 3INZ A; 1VQM A; 3OYC A; 4A4H A; 1J3T A; 5GMK e; 2HSP A; 4X1V A; 4LD9 K; 2RM4 A; 1QVG P; 5CAI A; 1K9M U; 2BZY A; 1WZO A; 1KHC A; 4JJC A; 2HAX A; 2LQW A; 2YUO A; 2DBM A; 5GAN 3; 2E5K A; 2HBW A; 4C5G A; 3RKX A; 2QQS A; 2J6K A; 4KGV B; 1PD1 A; 1VYT A; 4M7D C; 2ENM A; 2FRW A; 2CZ0 B; 4M78 G; 4WF2 A; 2DZ9 A; 3UA6 A; 2LQK A; 1TWB A; 4M75 G; 3OSV A; 3J81 E; 1NJI R; 2ZPF B; 1VQ5 T; 2LT4 A; 2P4R A; 3GPL A; 2CP0 A; 1WPY A; 3OQ5 A; 3G71 Q; 4QKU A; 1M8V A; 5GMK j; 2DXT A; 2RQW A; 5GAO n; 3PT9 A; 3UAT A; 4EMK C; 5GAN 6; 2PU9 B; 3V8L A; 2QEX T; 1ZLM A; 4LDU A; 2XIC A; 4J9G A; 3KXT A; 2LJ1 A; 4E7S A; 1LNX A; 1N9S A; 3NTH A; 2GBQ A; 1X6G A; 5LJ5 f; 4LUE A; 4O5V A; 2L3R A; 3BW1 A; 3CCJ Q; 1G5V A; 2X3X D; 3H9N A; 1VQL T; 1MMG A; 3VU3 C; 3ZBD A; 2NYS A; 1RAG B; 2J6O A; 2K5F A; 1VQ8 T; 3OYL A; 2RD1 A; 3CXC P; 2F1L A; 4KGX B; 3PGG A; 4HCK A; 3I56 Q; 2Y90 A; 1KC8 C; 3CBP A; 2QXF A; 4LN2 A; 1YI2 Q; 2L2P A; 1NLP C; 3LW5 E; 1ZA2 B; 3JV3 A; 2O9V A; 3OYD A; 3UPU A; 4IIO A; 1IHV A; 2FO0 A; 4FYW B; 1ZQ1 A; 3OYF A; 4M77 B; 4LD6 A; 1MHN A; 3CC4 T; 1BIA A; 4X9D A; 4EPC A; 1E6H A; 3JRZ A; 2X4W A; 2GGR A; 3DLL A; 1PNJ A; 3JCM c; 2CH4 W; 4MMK A; 2JM9 A; 3L2Z A; 4E7L A; 2ZPB B; 1OOT A; 3BDL A; 3CME Q; 1R77 A; 2KSS A; 2WAC A; 1E7O A; 2AZV A; 1FMK A; 4OP0 A; 3QSU A; 4XQ3 A; 2J05 A; 2KT8 A; 3G71 A; 3JCM W; 4E6R A; 1UUE A; 1YJ9 T; 3V7R A; 4PNO A; 2QGF B; 1X43 A; 1TU0 B; 1RLP C; 1M4Z A; 4JUV A; 1JXO A; 2DM1 A; 4C8Q E; 1K9M C; 5M9O A; 1OI1 A; 4DBR A; 1RUW A; 5ECA A; 1GBR A; 2HQE A; 5CKH A; 3PNW C; 1QMC A; 3A8L B; 3C12 A; 4ZGD B; 2YSQ A; 3CCJ A; 4KH0 B; 4M7A C; 1W6X A; 4M7D B; 1RAA B; 1UE9 A; 1QVP A; 4JJB A; 5LJ3 e; 5LJ5 j; 1F1B B; 2QQA A; 1K0X A; 3M58 A; 2RI3 A; 4QQ6 A; 2OTJ Q; 2YRC A; 1IB8 A; 2RQU A; 1VQ4 T; 4PL6 A; 4C8Q F; 5GMK h; 1YI2 A; 4HA8 A; 3OYB A; 2CSQ A; 1QP3 A; 1HXD A; 1D1B A; 2A0F B; 3QDR B; 2DXU A; 2NUT B; 1D1C A; 1QCN A; 1TS9 A; 3OYM A; 1GFD A; 4FYY B; 3H0H A; 4DQ2 A; 4EMK B; 2PZ1 A; 1BCO A; 5GAM j; 2JXB A; 3SEM A; 4OML A; 4AFU C; 2SEM A; 1C6V X; 1M90 U; 3A1P A; 2YRV A; 1PG5 B; 2YUQ A; 1Q7Y R; 3CME A; 1K4U S; 1VQ7 T; 1H64 1; 1BI1 A; 2EVR A; 1XNI A; 3CCQ Q; 2K2M A; 3CCR T; 2IIM A; 1TTH B; 3U23 A; 1KQ2 A; 2JM8 A; 3JSC A; 1I07 A; 3MEU A; 2K3Y A; 3CEY A; 1Q82 U; 2V26 A; 1VUB A; 4TVR A; 1QVF S; 1MND A; 1WI7 A; 2K7A A; 2L0A A; 1KFZ A; 3MP6 A; 1ZUY A; 2NUZ A; 3JCM b; 4LNP A; 3OSS C; 2E10 A; 1NPP A; 2D9T A; 1ZA1 B; 4MZT A; 5GAN d; 3L2W A; 2DMO A; 3G6E Q; 5HY6 A; 4JRQ A; 1I4K 1; 3EG9 B; 1E6G A; 1N5Z A; 1M2V B; 1M1G A; 4OGE A; 4XTV A; 1LPL A; 4EIK A; 1YIJ T; 3HFO A; 1VQ9 T; 1M27 C; 2I0N A; 3PMI A; 1XTD A; 2CUD A; 1WXT A; 4FYV B; 3EFR A; 5CVI A; 2E12 A; 2OAW A; 3N5B B; 3X28 B; 4MZM A; 1UEB A; 1U8R A; 2A08 A; 2OTJ A; 2LCC A; 1PM3 A; 1Y96 A; 1YCS B; 2X4Y A; 2HQH A; 2VGN A; 3LX7 A; 2X3W D; 1H3Z A; 2YUN A; 1VOM A; 1VQN T; 1SPK A; 1NYF A; 1Y07 A; 4QQG A; 2DTH A; 1Q86 U; 3CC2 T; 4OVA A; 4RUG A; 2LC4 A; 2FPD A; 4M7A B; 3CCQ A; 4PJO C; 5DM7 R; 3DB3 A; 2DIQ A; 5KYU B; 5CO7 A; 2PQW A; 1OUL A; 2RJD A; 2OTL Q; 2KE9 A; 4RTV A; 2JJ9 A; 2RNA A; 1TXQ A; 4ZN1 A; 1MUZ A; 5HK3 A; 1QVG S; 5GMK m; 3L42 A; 4C0D C; 1ZBX A; 1Q81 U; 4JRI A; 5J39 A; 2FL7 A; 4D8D A; 2FZC B; 3FEO A; 3G6E A; 4XTX A; 4MDX A; 2D6F A; 4IUU A; 1M90 C; 3WXM B; 2PVG B; 3HRS A; 4Z88 A; 3A5Z B; 2ABL A; 2DE0 X; 4BB7 A; 2XDD A; 4FT4 A; 1D0Y A; 2DVE A; 2O9S A; 3EH1 A; 4L59 A; 1PD0 A; 4DA4 A; 5LJ3 h; 3PFS A; 5FU7 C; 1VQ5 Q; 1G3W A; 2K5L A; 3TVT A; 1Q82 C; 2RHY A; 4ZTF A; 4M77 A; 4C8Q A; 3JCM d; 1KHI A; 3M4G A; 2HKN A; 5A0G A; 1DJ7 B; 4E7H A; 3VRZ A; 1Y7X A; 2CS7 A; 4ME7 A; 3VS7 A; 3M56 A; 1GCQ C; 2LX7 A; 2O31 A; 4AT1 B; 3JB9 D; 5D6W A; 2DK3 A; 2QEX Q; 4Z8A A; 1CSK A; 2VUB A; 2X4X A; 2Z0W A; 5GAN 2; 3ASK A; 4ELY C; 2A28 A; 3RKY A; 4AFS C; 4X9C A; 2EGC A; 4R56 A; 1WIE A; 4DEX A; 2BE9 B; 3OB9 A; 1VQL Q; 4JLI A; 1X75 C; 3CXC S; 1UTI A; 5IN1 A; 4RG2 A; 2NWM A; 1WHM A; 2WSF E; 2M0O A; 3CCV T; 1VQ8 Q; 2ZPG B; 4J9I A; 2OTL A; 3CD6 T; 3M53 A; 2F5T X; 1M1F A; 4IKF A; 2E64 A; 3JCM J; 5GAN g; 3PVQ A; 1WJR A; 1VQP T; 2RJC A; 2MIO A; 4Z89 A; 1M3B A; 3OS2 A; 3VRY A; 3EG2 A; 1G2B A; 4IUP A; 2LMJ A; 3GP8 A; 2V8I A; 4ESR A; 3G1J A; 3TSW A; 3FLG A; 2RN8 A; 4II1 A; 1AT1 B; 3EFS A; 3SD4 A; 1FWZ A; 2ROT A; 1K9M R; 1G3Y A; 2K6D A; 2O4X A; 2LJ0 A; 5FU6 B; 4A4G A; 4BDZ A; 1M5Q 1; 3RKW A; 4LUD A; 2X35 A; 3DLM A; 4BE2 A; 4BD3 A; 1O9S A; 5CKD A; 4P5N A; 3GBQ A; 1MMN A; 2CP2 A; 1WHL A; 1VQ5 A; 4M78 D; 3X26 B; 2KGT A; 1JJ2 A; 4M75 D; 4EMK A; 2DIL A; 1AWW A; 2K2V A; 4PJO B; 1ZUU A; 2GF7 A; 4GLM A; 3CMA T; 1YJW T; 1ABO A; 1Q81 C; 2E3I A; 3GOX A; 1K8A U; 3H6Z A; 3RUX A; 5CCA A; 1SF9 A; 1RAE B; 5GAO r; 1YHQ T; 1X6O A; 1YBY A; 4C0D B; 1RL2 A; 4XTZ A; 3QZ9 B; 1M9S A; 3CC7 T; 2QEX A; 3A98 A; 5L8R E; 2SRC A; 3SWN C; 1ZSZ C; 2FZG B; 2ZPE B; 2MOX A; 2DEQ A; 2K5I A; 4OMO A; 1HSQ A; 1WHG A; 4PJO E; 1AZG B; 2L8D A; 4XU2 A; 1VQL A; 1RI9 A; 3CCL A; 5LJ3 g; 3CCS A; 3MJX A; 4E7J A; 1UEC A; 1VYV A; 1N8R U; 2I2L A; 4C5I A; 4FIB A; 4HXJ A; 5A0L A; 5FU7 B; 2R5A A; 2EYW A; 3EG9 A; 4RTY A; 3CPW A; 4DEY A; 5FWC A; 1VQ4 Q; 1LVK A; 1R0B G; 2BE7 D; 2K3B A; 5KYW B; 3OYG A; 2E6N A; 2QQB A; 2GFA A; 1M1K C; 4M77 G; 2KY9 A; 4FW2 A; 5IXF A; 2OX7 A; 4E47 A; 3X25 B; 5IHN A; 3OBY A; 5FWB A; 4CC4 B; 5AYF A; 1YFN A; 2DRK A; 4OMQ A; 5GMK i; 1V1C A; 4PJO F; 3ZL7 C; 5CK9 A; 1M3A A; 1OV3 A; 1VQ7 Q; 3JCM g; 2RQR A; 1BYM A; 5D7U A; 1HYO A; 1NBE B; 2LCS A; 3CCR Q; 1U06 A; 2DL4 A; 1B3Q A; 3JCM P; 5EG2 A; 4PJN A; 2B8A A; 1VQ6 T; 4M78 C; 4HVW A; 2D8J A; 4AMC A; 1ZBJ A; 5IAY A; 1YIT T; 1T0J A; 1T3S A; 2QAS A; 3QWX X; 2XDP A; 4RG8 A; 1WX6 A; 4M7A A; 3RMQ A; 3NGP A; 4RTT A; 1PRL C; 5KYU A; 2WSE E; 4C92 C; 3PTA A; 1A0N B; 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2DIG A; 2RHZ A; 3OMG A; 4PFO A; 1AHJ B; 3JAM E; 4NL3 A; 4Q5W A; 1VQM T; 4M77 E; 4L5G A; 4KBM B; 1YIJ A; 5DLQ E; 3M54 A; 3M4Y A; 2BKD N; 1VQ9 A; 2AHJ B; 1ZX6 A; 3ER0 A; 7AT1 B; 3CCU A; 3D7S B; 3QKJ A; 2YDL A; 2EYQ A; 4JLG A; 3JB9 I; 2D1X A; 1MGQ A; 3SB2 A; 2Y4Y A; 3IQL A; 1NJI U; 2DPP B; 2RB6 A; 4XU1 A; 4M78 B; 4C5H A; 2QQ9 A; 3EG1 A; 2KK4 A; 1TUD A; 3BY7 A; 4NS5 A; 4F7U B; 2V8J A; 2MWP A; 1IRE B; 2IPO B; 3CPF A; 1IGQ A; 3QG1 A; 1VQN A; 3BFM A; 1T3L A; 4PJO A; 5C6S A; 4IUT A; 2CT4 A; 4M77 F; 3I56 A; 4C92 B; 2E5Q A; 3E19 A; 3V7S A; 2EQJ A; 2JT4 A; 4PJJ A; 4JS4 A; 4M7A G; 2E3H A; 1R8O B; 2KDS A; 4E7K A; 2QDY B; 4GY5 A; 1TH7 A; 3VUB A; 2R5M A; 5FRN A; 2LQ8 A; 4A4E A; 4CC7 A; 4M7D E; 2QG9 B; 3CD6 Q; 5I2M A; 3O8V A; 2EQI A; 3LGL A; 2F69 A; 2CP3 A; 5IXB A; 4J7I A; 2X9H A; 2XD0 A; 4BDY A; 3GIB A; 1VQP Q; 1I81 A; 4CRI A; 5LJ3 j; 1MMD A; 1W4S A; 2PUO B; 4LXC A; 3CCE Q; 5FW9 A; 3NPF A; 1Q95 G; 3JCM e; 1Q81 R; 2M02 A; 2QQR A; 4D6W A; 4EMH A; 2EFI A; 2AK5 A; 1MNE A; 1AZE A; 3UWN A; 3LH0 A; 2DX1 A; 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