The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
SKQPDKQRKSQRRAPLHERHKQVRATLSADLREEYGQRNVRVNAGDTVEVLRGDFAGEEGEVINVDLDKAVIHVEDVTLEKTDGEEVPRPLDTSNVRVTDLDLEDEKREARLESEDDSA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
23S RIBOSOMAL RNA
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| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
30
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-09-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| S | PF00467 | KOW | KOW motif |
| S | PF16906 | Ribosomal_L26 | Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VQK T; 3J7A F; 3CCR T; 3P8B B; 4YTL A; 3G6E T; 1VQ4 A; 3DB3 A; 3HKS A; 5HY6 A; 5LL6 S; 1M1G A; 1KD1 U; 4TVR A; 1YJW T; 1JJ2 A; 1VQ6 T; 3LGF A; 1YJ9 T; 1Q82 C; 1YJW A; 1VQ6 A; 3CCJ A; 1NPR A; 1NJI U; 1YIJ T; 5J26 A; 3CMA T; 1RL2 A; 3CD6 T; 1N8R U; 2OTJ T; 1YIJ A; 2MWO A; 2JOY A; 3I56 A; 2LVM A; 1VQP T; 1S72 A; 3J81 E; 1K8A C; 1VQ5 A; 3CC2 A; 3KBG A; 3CCU T; 1VQM T; 1YIT T; 1Q86 U; 1YHQ T; 2E6Z A; 1Q81 C; 4RG2 A; 1VQ9 T; 3CCS T; 1VQN T; 1VQK A; 1QVG S; 3CCR A; 3A5Z B; 1VQ9 A; 1M1K U; 3G6E A; 3CME T; 1VQN A; 3CPW S; 3CCM T; 3CCQ T; 1UEB A; 3I55 T; 1K73 U; 3CCM A; 1IZ6 A; 3CPF A; 3JAM E; 4ZN1 A; 3I55 A; 1YJ9 A; 1KC8 U; 2MI6 A; 1Q7Y C; 2KDS A; 1QVG A; 2EIF A; 3DB4 A; 5A2Q E; 1Q82 U; 2QEX T; 3CCV T; 2LQ8 A; 1K9M U; 3CMA A; 3CPW A; 4CRI A; 2QA4 T; 3CD6 A; 3OYY A; 4X34 A; 2QEX A; 2OTJ A; 3PIO A; 3G4S T; 1VQP A; 3CCU A; 2QA4 A; 3CC4 A; 1VQM A; 1YJN T; 3ER0 A; 1YIT A; 1YHQ A; 1M90 U; 1KHI A; 1VQ7 T; 3PIP A; 2MWP A; 1N8R C; 1VQO T; 1NZ9 A; 3CCS A; 2JVV A; 1VQ7 A; 3CCL T; 1KQS S; 1Q81 U; 5DM7 R; 1SSF A; 3OW2 S; 2JUF A; 4QQD A; 3CME A; 5J3B A; 1W2B S; 1Q86 C; 2OTL T; 3CCL A; 3CCQ A; 2L3R A; 2OTL A; 1XNI A; 1VQL T; 2LCL A; 2XHC A; 2G3R A; 1XTD A; 1M1K C; 3G71 T; 1X6O A; 1KD1 C; 5IAY A; 3CXC S; 1KQS A; 3OW2 A; 2IG0 A; 3CCV A; 1Q7Y U; 3G71 A; 1K73 C; 3LH0 A; 1W2B A; 1NPP A; 1KC8 C; 3G4S A; 1K8A U; 1NJI C; 5DLQ E; 3TRE A; 3CCJ T; 3CCE T; 1YJN A; 1QVF S; 2DO3 A; 3J80 E; 3DLL A; 1VQ8 T; 1K9M C; 3CXC A; 2KVQ G; 3CCE A; 2CKK A; 5FLX E; 1YBY A; 1VQO A; 3CC7 T; 1BKB A; 4ZN3 A; 1VQ8 A; 3I56 T; 3CC4 T; 1S72 T; 3CC2 T; 1VQ5 T; 3CC7 A; 2JNG A; 1YI2 T; 1JJ2 S; 1M90 C; 5IT9 E; 2E70 A; 1EIF A; 1YI2 A; 1QVF A; 3LGL A; 1VQL A; 1VQ4 T; #chains in the Genus database with same CATH topology 1QLY A; 3OYE A; 1GCQ C; 4PJO E; 1Y0M A; 1YNZ A; 4LE9 A; 4PJO B; 3U23 A; 2DIG A; 2EQJ A; 5FU7 B; 3M4G A; 1UG1 A; 3ASK A; 3V7R A; 2L3S A; 3S3M A; 3C94 A; 3TCJ A; 1NG2 A; 2L89 A; 2I0N A; 1A0N B; 1M8V A; 1RUW A; 3RIR A; 3CC4 A; 2JOY A; 1K8A C; 3JCM J; 3UWN A; 3JB9 F; 3H41 A; 1UGP B; 4BD3 A; 1VQN T; 1FX7 A; 1QVG S; 3NHN A; 3CBP A; 1D1C A; 3TU4 K; 3HTR A; 4M77 E; 4M77 B; 4MZP A; 3ULR B; 2DD5 A; 4C92 E; 1NLO C; 2DYB A; 2LMJ A; 5LJ5 g; 3CC7 Q; 3L2R A; 3X20 B; 1OYX A; 3CD6 A; 2K5L A; 1IGQ A; 2P0K A; 2ZPI B; 2CZ1 B; 2I2L A; 1YP5 A; 2YDL A; 2HSE B; 1YJN T; 4CC7 A; 1PNJ A; 4XK8 E; 3CME A; 1NYF A; 1N8R R; 3CCL A; 2X9H A; 3A8H B; 1UE9 A; 3L2Z A; 3VS6 A; 1Q86 R; 1I81 A; 4HCB A; 4XTY A; 3LWH A; 2A36 A; 1KJW A; 2O9V A; 5IAY A; 1LPL A; 4CC2 A; 1G2B A; 1LVK A; 5LJ3 f; 5KYX A; 3AT1 B; 2ED1 A; 3A1P A; 1IB8 A; 4Y92 A; 5I2S A; 3CCS Q; 4HKE A; 1TUD A; 3CCE A; 1XQH A; 3VUZ A; 4PJO G; 3FJP A; 2K6D A; 2YUP A; 1LCK A; 1VQ5 T; 1PWT A; 1BB9 A; 2FYK A; 1VQ4 A; 4M7D C; 5EG2 A; 3RNJ A; 2X35 A; 2BZY A; 2HKQ B; 4ELY C; 3E2U A; 2M0O A; 4C8Q F; 3OYL A; 2FZC B; 4B9X A; 2M0Y A; 2CYZ B; 2MWO A; 3CC2 A; 1VQP T; 5HK3 A; 1X69 A; 1ZSZ A; 4M7A A; 3QYH B; 4M77 G; 2P84 A; 2JTE A; 3JCM h; 1BCM A; 1M4Z A; 2DL3 A; 4A4F A; 4XU1 A; 2O31 A; 9ATC B; 5LJ3 g; 4KUL A; 4E7I A; 3CCQ T; 2VKN A; 1GCP A; 2KMT A; 3LLR A; 4PL6 A; 2FZG B; 3HL8 A; 3FIF A; 3M0P A; 3I55 A; 4RKU E; 1ARK A; 4AFZ C; 4FW2 A; 1Q82 U; 2GQI A; 3VS0 A; 4PLI A; 3OB9 A; 4FL6 A; 1N5Z A; 1G8X A; 2QEX A; 1YI2 Q; 4PNO A; 5IH2 A; 2YRV A; 3RDV A; 3ER0 A; 2IIM A; 3PMT A; 1VQ7 T; 2MWP A; 4M75 C; 1VQ6 Q; 4II1 A; 5KE3 A; 2VYT A; 5GAN 7; 2OX7 A; 3G71 T; 1X6O A; 2BTT A; 3JCM V; 3PT9 A; 1VOM A; 3M0R A; 1UGS B; 1BCO A; 4HT9 A; 2KSS A; 2QTV A; 1YJN A; 2HMA A; 3D7S B; 2KVQ G; 2KE9 A; 4Y91 A; 3OYG A; 4M78 F; 3EH1 A; 1WQW A; 3CCM Q; 4OB2 B; 3RBB B; 5CCA A; 4IUR A; 4LDU A; 1NE8 A; 2CT3 A; 1QVF A; 1J3T A; 3GF5 A; 3OW2 P; 1NBE B; 4IUT A; 1K1Z A; 1N27 A; 1QQJ A; 2DMO A; 3E9G A; 1YJW T; 1U8R A; 1JJ2 A; 2V26 A; 2L3Q A; 2CP6 A; 2KGT A; 5L23 A; 1B07 A; 4HCZ A; 3FJ5 A; 1VQ5 A; 2RJE A; 3GBQ A; 3UA6 A; 4Z89 A; 4EMG A; 2LZ6 B; 3M55 A; 3JB9 J; 3QII A; 3HRT A; 2JXB A; 2IPO B; 2X51 A; 2DNU A; 2QDL A; 3H9N A; 3SWN A; 3HPW A; 1G3T A; 2FPE A; 3EG1 A; 3EGX B; 4N0A C; 2YRD A; 2HBW A; 3JCM c; 3QBY A; 2DL4 A; 2K3B A; 1Z9Z A; 4E7L A; 3HRU A; 1B34 B; 3URG A; 1V29 B; 1FWZ A; 2WSC E; 2JTM A; 1OPK A; 1VQP A; 1M1F A; 2KYB A; 4WTO B; 4EDU A; 3RKX A; 1W6X A; 4R56 A; 3JCM f; 4OB1 B; 4LDV A; 4BAC A; 3NFC A; 4QT7 A; 2E3I A; 3JCM W; 1Q81 U; 2EFI A; 3JB9 G; 1UJY A; 1ZA1 B; 1AZG B; 3CCQ A; 3A8O B; 2Z0W A; 1JQQ A; 4C8Q B; 2V8I A; 2R5M A; 1KD1 C; 4PK4 A; 4ZTJ A; 3WXM B; 3DKM A; 3P8H A; 2RHI A; 2JMC A; 8ATC B; 2KI7 A; 2RF0 A; 3N5B B; 1K73 R; 3CCJ T; 3QHS A; 1VQ8 T; 3CXC A; 4J9I A; 2CKK A; 3EAE A; 4J9E A; 3EG9 A; 3OYJ A; 1I4K 1; 1T3S A; 3GNF B; 1FMK A; 1M90 C; 2DF6 A; 4OGE A; 2EAY A; 1QWF A; 3LGL A; 2CRE A; 4XTW A; 1K76 A; 3J7A F; 2CUD A; 2FB7 A; 4IUV A; 1I5L A; 2QA4 Q; 4R0K A; 2E12 A; 5LL6 S; 1NYG A; 3OMC A; 4M7D D; 3LX7 A; 3OA6 A; 4JJN K; 3JCM g; 2JW4 A; 1X43 A; 1CKA A; 2FZK B; 2V8J A; 2CP3 A; 3PE0 A; 4OMN A; 2DTI A; 3M0T A; 2H3J A; 1Q82 R; 3JCM d; 2DL5 A; 3PVQ A; 1R8O B; 2D1X A; 4BE0 A; 4OB0 B; 4M7A E; 1ZSZ B; 4J9C A; 3FC3 A; 2EJG A; 2NUP B; 4XU2 A; 4AG2 C; 4Z8A A; 3S6W A; 1M1K U; 2L5Q A; 3WVD B; 2QDY B; 1TOV A; 3JB9 I; 2DBM A; 1MMD A; 2MMP A; 4M78 B; 5FRO A; 4CC4 B; 2P0Q A; 4HA8 A; 3CC4 Q; 2G6F X; 1MMN A; 2XMF A; 1YCS B; 4F16 A; 5GMK j; 4C8Q G; 1RAG B; 3TEE A; 1D1B A; 4M77 A; 3THK A; 2FRY A; 3NMZ C; 2KT1 A; 4M75 D; 1JO8 A; 4Z88 A; 2BIV A; 3VRY A; 3CD6 Q; 4DOV A; 2FL7 A; 4C92 C; 4FIB A; 4HCK A; 4F7U A; 4JRK A; 3QXE B; 4J6W A; 2BZX A; 4ELZ C; 2R58 A; 5LJ5 h; 3CME Q; 2QTX A; 5KYU A; 3MJX A; 2KRM A; 2JJ9 A; 4XTU A; 5CKH A; 3MPU B; 3UAT A; 3CBM A; 2WSE E; 4X9D A; 2DM1 A; 3JV3 A; 1PC0 A; 2M02 A; 4ZTF A; 1AZE A; 1IRE B; 3TSZ A; 2RMO A; 2ECZ A; 1QVP A; 3A8G B; 4OMP A; 4DOW A; 5GAM e; 2EYZ A; 2RQU A; 4RTU A; 1ZHI A; 3CCJ A; 1I5O B; 2J6K A; 1Y96 B; 4JUV A; 2CP5 A; 3EFS A; 1BI1 A; 1UGV A; 1N8R U; 4ORZ A; 4JDS A; 5GAM j; 1QVF P; 2MOX A; 1S1N A; 1SRL A; 1YIT T; 1Z9Q A; 1Q86 U; 3M54 A; 3VJP A; 2PZ1 A; 3OYD A; 1IHW A; 4O6J A; 4M78 G; 3OMG A; 1WGS A; 5CR2 A; 1LNX A; 1JJ2 P; 4F7U F; 4FYW B; 1Q81 R; 4C5G A; 3LH5 A; 2LQN A; 2DET A; 5GAO l; 3SWN B; 2QGF B; 1SG5 A; 2GF7 A; 1OV3 A; 3VS2 A; 4PKC C; 1R77 A; 3VS3 A; 3C0C A; 3CC2 Q; 2A7Y A; 4RTY A; 3CPW A; 1GXI E; 4RTW A; 2RQW A; 1ZX6 A; 5CKE A; 1RLP C; 2QI2 A; 2L8D A; 2LJ3 A; 1PM3 A; 4LXC A; 1I07 A; 4A4K A; 1T0J A; 4MML A; 3CCL T; 4JRQ A; 1KQS S; 2K5F A; 4XAX B; 2RQT A; 2CT4 A; 4L59 A; 1AWX A; 1XNI A; 5GJW B; 2K3Y A; 1YWP A; 2KEA A; 2AK5 A; 1X6G A; 1Q7Y U; 5FU6 C; 3S3N A; 2E5K A; 1B3Q A; 2FRW A; 4WF2 A; 2KAF A; 4AG1 C; 3TRE A; 2SRC A; 5GAN 5; 3CCE T; 1UGR B; 4PLL A; 1VQN Q; 2DZ9 A; 3L2Q A; 2A0F B; 1IO6 A; 2ZAE A; 1PG5 B; 3O5Z A; 2MAM A; 3H0I A; 1UTI A; 3EG9 B; 1UHC A; 2LDM A; 3MEW A; 4V2S A; 2RJF A; 2X4X A; 1WJR A; 1VQ4 T; 4OMO A; 2QAS A; 2GNC A; 5I11 A; 2YLC A; 1R0C B; 2LT1 A; 1C1A A; 1YJN Q; 1LOJ A; 4IUQ A; 2DKG A; 2DZC A; 2EWN A; 3CXC P; 3CBO A; 1ZA2 B; 2VAS A; 4EIK A; 1UDL A; 5HCK A; 1NJI U; 3JCM P; 4EMK C; 2AKK A; 3OQ5 A; 5LJ5 f; 5GAN 4; 2NUT B; 2OTJ T; 1RAH B; 4FW1 A; 2O9S A; 3Q1J A; 1E7O A; 2V1Q A; 1H3H A; 3FRN A; 3MEA A; 3A5Z B; 1VQ9 A; 4O5V A; 1C0M A; 3M59 A; 3R6O A; 3I55 T; 1YFN A; 5GAO r; 2IVW A; 2EBP A; 5D6W A; 1BBZ A; 3DB4 A; 2QEX T; 3CCV T; 1X2Q A; 1VQ5 Q; 2ROT A; 3MO8 A; 4DEX A; 1M2V B; 5CK9 A; 2EW3 A; 4Q5W A; 2FPD A; 3RES A; 1TH7 A; 1SPK A; 1Y07 A; 1AOJ A; 3OYI A; 3QZ9 B; 1YIT A; 3EGX A; 2ED0 A; 2EYQ A; 4QKU A; 2PNI A; 1QKX A; 1NZ9 A; 2ESW A; 1OEB A; 1SSF A; 4OMF B; 1B34 A; 1KQ2 A; 1HJD A; 2M9U A; 3UF4 A; 2OTL A; 2GGR A; 1RAI B; 2E1H A; 2G3R A; 2EPD A; 3ZEH A; 4HCC A; 5M9O A; 4BY6 B; 1IXD A; 4J9G A; 2XK0 A; 1W2B A; 1VQP Q; 5ECA A; 5LJ5 d; 1B7T A; 5DLQ E; 4C92 D; 1BIA A; 1KG1 A; 1RAA B; 5FRN A; 3O8V A; 1WJQ A; 4JJB A; 4F7U E; 3SFM A; 4CC3 A; 4F7U B; 1O75 A; 3EHQ A; 3RKW A; 4A53 A; 4C8Q A; 3I56 T; 1WDX A; 3CCQ Q; 3A8L B; 1F1B B; 2VXF A; 2XG8 D; 3QKJ A; 2K3X A; 3OS5 A; 2DA9 A; 5KYU B; 1G3Y A; 1HK9 A; 2DXU A; 4F04 B; 4L6V 5; 1MV3 A; 3G6E T; 4JZ3 A; 2QK0 A; 3GPL A; 1IRX A; 4PFP A; 2F2V A; 2C06 A; 2QQS A; 2RHZ A; 1SEM A; 1VQ7 Q; 2QYZ A; 1TWB A; 4RTX A; 2J6O A; 3JCM Q; 5EC7 A; 2X4J A; 1PD1 A; 2PVO B; 2C0O A; 1TTH B; 5IHK A; 2OI3 A; 3H6Z A; 1Y7X A; 5I2M A; 4C5H A; 3G71 Q; 3H0H A; 1VIE A; 3SB2 A; 1HXD A; 2ATC B; 5CVI A; 3M5A A; 1K73 U; 7AT1 B; 1K4U S; 1V76 A; 2ZZD A; 1QVG A; 2EIF A; 5A2Q E; 3PGG A; 3E19 A; 1Q7Y R; 1OU8 A; 1RAD B; 5CIU A; 2OTJ A; 3VUB A; 3KUF A; 1XJW B; 3VKI A; 2K4Y A; 2NUP A; 1PKT A; 3MEV A; 3P8D A; 2K79 A; 2J7I A; 1AWW A; 3CQT A; 2CUB A; 2A37 A; 2DTH A; 4BE2 A; 4M7A C; 1ZSZ C; 1YJW Q; 4M78 A; 2DLP A; 3EG3 A; 3F70 A; 4DBH A; 2RJC A; 5LJ3 d; 4C0F A; 2JTF A; 1T0H A; 2K7A A; 2BUD A; 4F7U G; 1MV0 B; 1NEB A; 3CPW P; 1SHF A; 2K5I A; 3CCV A; 1V1C A; 3OY9 A; 4BI3 A; 2DO3 A; 1KC8 R; 1JEG A; 3VS5 A; 2JMA A; 4M7D F; 4XTV A; 1NJI R; 3SD4 A; 1RAC B; 1YWO A; 1I1J A; 3VS1 A; 2JNG A; 4EMH A; 4DBR A; 2JM8 A; 1EIF A; 4FSS A; 2B86 A; 2GQV A; 5GAN e; 2O88 A; 5GAM h; 2DYI A; 3OSV A; 2JS2 A; 4E7S A; 2E41 A; 3DB3 A; 3HKS A; 1TU0 B; 5HY6 A; 2HSP A; 2FVU A; 2LX9 A; 1H92 A; 1D0X A; 1OX9 A; 2R5A A; 3NTI A; 5GAN j; 4MDW A; 4EPC A; 4DA4 A; 1FMV A; 5DY9 A; 3CMA T; 1RL2 A; 1EZZ B; 1ZQ1 A; 3M0Q A; 3I56 A; 1YIJ A; 2D0N A; 4C0Z A; 3BW1 A; 1YHQ T; 1UFF A; 3UT1 A; 2FHD A; 2GTO A; 3FLG A; 1T3L A; 3G6E A; 3X24 B; 4C0D B; 2KBT A; 1N9S A; 1Y96 A; 1UGQ B; 4BDY A; 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