The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
53
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structure length |
53
|
Chain Sequence |
SEFQINEQVLACWSDCRFYPAKVTAVNKDGTYTVKFYDGVVQTVKHIHVKAFS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
PHF20 is an effector protein of p53 double lysine methylation that stabilizes and activates p53.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Medulloblastoma antigen MU-MB-50.72
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
12
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| structure length |
53
|
| sequence length |
53
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-10-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF18115 | Tudor_3 | DNA repair protein Crb2 Tudor domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3MET A; 2MWO A; 4PLL A; 5D6X A; 2XK0 A; 3BDL A; 3OYN A; 2QQS A; 3ASK A; 2PQW A; 4QW2 A; 4II1 A; 2BUD A; 2RI5 A; 4N4G A; 2M16 A; 3PMT A; 3L2V A; 2RHY A; 3OYI A; 5C0M A; 4EDU A; 4QQG A; 4FU6 A; 2LDM A; 5IN1 A; 4BE1 A; 4E7H A; 3OYC A; 5FRO A; 1WJS A; 2VYT A; 3MP8 A; 4QVZ A; 3S3O A; 3F70 A; 1OZ3 A; 3OQ5 A; 3LYI A; 2BKD N; 4PLI A; 2MWP A; 2RJC A; 4QQD A; 4BD3 A; 2XDP A; 4A4F A; 3MEA A; 3LH0 A; 5C6S A; 3MP1 A; 1H3Z A; 2QQR A; 2HQE A; 2IG0 A; 4HCZ A; 3ZEH A; 4B9X A; 4C5E A; 3OS2 A; 2LVM A; 3FLG A; 3OYB A; 2L3R A; 4Q5W A; 4C5H A; 2RJD A; 2K3Y A; 2RJE A; 2GF7 A; 3OYJ A; 3OYA A; 5KH6 A; 3L2R A; 5M9O A; 4BDY A; 2DAQ A; 1WGS A; 3OYK A; 2X35 A; 3OYE A; 3KUF A; 1OI1 A; 2GFU A; 4C5I A; 1WJR A; 4B9W A; 4BAC A; 3MEU A; 3LGF A; 2R58 A; 4GY5 A; 1G5V A; 2DIG A; 5CIU A; 2EFI A; 4Z02 A; 3UWN A; 4E7I A; 2EQM A; 2NLU A; 3OY9 A; 2RJF A; 4E7J A; 4ZTJ A; 2YRV A; 3MO8 A; 3OYM A; 3C4S A; 4QQ6 A; 3FC3 A; 5IAY A; 1MHN A; 2CKK A; 3DLM A; 3SD4 A; 1WJQ A; 2BIV A; 3PFS A; 5KCO A; 4L59 A; 1N27 A; 4A4E A; 4CRI A; 3H8Z A; 5FRM A; 2HQX A; 3Q1J A; 2RI2 A; 5D6Y A; 4BDZ A; 4IUP A; 5D6W A; 3S3N A; 5KE3 A; 2L89 A; 3L42 A; 3L2W A; 2DIQ A; 4BE0 A; 3MEV A; 3P8D A; 3S6W A; 3M9Q A; 3QII A; 4RG2 A; 3QJ6 A; 3P8H A; 3LX7 A; 2JTF A; 3QKJ A; 3OYH A; 3GOX A; 3H6Z A; 3CEY A; 3E9G A; 2FHD A; 3LGL A; 4UC4 A; 2LRQ A; 4IUQ A; 3OS0 A; 3L2Q A; 3S3M A; 2EQU A; 4FL6 A; 4C5G A; 3E9F A; 3FDR A; 3NTK A; 3OMC A; 3MEW A; 4X34 A; 3UT1 A; 5KCH A; 3OB9 A; 3L2U A; 2E6N A; 2D9T A; 2M0O A; 2X4Y A; 5KE2 A; 3OA6 A; 1OYX A; 2L8D A; 2EQJ A; 2P0K A; 2RHU A; 2M1H A; 4A4H A; 3OYF A; 3OYD A; 3OMG A; 2EQK A; 1XNI A; 2EKO A; 2RO0 A; 4NS5 A; 3PMI A; 4E7K A; 3NTI A; 4ZTF A; 5J26 A; 2F5K A; 2R5A A; 4A4G A; 2RHX A; 5FRN A; 2JZ2 A; 2X4W A; 2LTO A; 3OYG A; 5J39 A; 2O4X A; 4IUT A; 3ME9 A; 3FEO A; 4N4I A; 3DB4 A; 2R57 A; 3DB3 A; 4IKF A; 1SSF A; 4IUU A; 4PL6 A; 2LCC A; 4IUR A; 3PNW C; 1RI0 A; 2RHZ A; 3NTH A; 2E5Q A; 3MP6 A; 3QBY A; 2O4X B; 2WAC A; 4N4H A; 1OZ2 A; 1KHC A; 4IUV A; 3OS1 A; 3LLR A; 4BE2 A; 2RI3 A; 2G3R A; 2GFA A; 2R5M A; 4OVA A; 3O8V A; 4LD6 A; 3OYL A; 2RHI A; 2X4X A; 2K3X A; 2B8A A; 3EAE A; 4E7L A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CME A; 1HSQ A; 1VQ5 A; 1YIJ A; 1BI1 A; 1M1K R; 2PUO B; 1VQK Q; 4PJO G; 2NUT A; 2FRY A; 1M90 C; 2KT1 A; 1TUC A; 5GAO r; 4PJO E; 4LDY A; 4EMK B; 2BKD N; 4BD3 A; 5KYY A; 3OS2 A; 1K4U S; 2LC4 A; 3E1S A; 3EGD B; 1K9M C; 4NL3 A; 2E70 A; 3M0R A; 1M3B A; 1ZBX A; 4FW1 A; 3VYH B; 3CD6 T; 4RTY A; 2DAQ A; 3FRN A; 3KUF A; 3QYH B; 2LNH B; 3EG9 B; 4CC3 A; 4WTO B; 2QA4 Q; 2NWM A; 2D8J A; 5CIU A; 4EPC A; 1X2Q A; 3CCS T; 2QXF A; 3EHR A; 5LJ3 e; 1S72 T; 2O01 E; 2L3Q A; 1LPL A; 3PFS A; 3CC7 T; 1JBM A; 1RAD B; 2DA9 A; 1KD1 R; 2VKN A; 3GPL A; 4J6Y A; 1VQN T; 5IT9 E; 3I56 T; 3TRE A; 1GBQ A; 3S6W A; 2J06 A; 1Q81 R; 3H6Z A; 1RAI B; 1IGQ A; 4JRQ A; 3VS0 A; 1ZSZ B; 4F7U G; 2E6N A; 4JRK A; 1EIF A; 2ZPF B; 4Y28 E; 3AT1 B; 4NS5 A; 4ZTF A; 2YT6 A; 2X4W A; 1QCO A; 3ME9 A; 1K73 R; 1WX6 A; 4DEY A; 4E2F B; 3DB3 A; 4IUR A; 2C0T A; 3NTH A; 2E4H A; 2O4X B; 2K5L A; 2F2V A; 3CCL A; 3C0C A; 4A4K A; 1N8R C; 2VC8 A; 5D7U A; 1OOT A; 1UG1 A; 2DX1 A; 1VQ9 T; 2LQW A; 2V8K A; 5GAM f; 2LMJ A; 4QW2 A; 1W1F A; 2BUD A; 2E64 A; 2RQR A; 4R56 A; 1O75 A; 1CKA A; 2KQW A; 2A28 A; 1XJW B; 3OYC A; 1OV3 A; 1HD3 A; 5LJ5 d; 3OQ5 A; 2P0P A; 4QQD A; 3NFC A; 3VUZ A; 4BI8 B; 2DMO A; 3JCM b; 1VQL T; 1VQM Q; 3OBW A; 2XG8 D; 4D6W A; 3VV0 A; 1Y7X A; 1IHW A; 2OJ2 A; 3MKD A; 1YCY A; 4M78 E; 1WJR A; 1NE8 A; 3BE3 A; 5EG2 A; 3LH5 A; 2KT8 A; 1K8A C; 1VQ6 A; 2WSC E; 2NLU A; 2RJF A; 2FZC B; 2ESW A; 1T0J A; 2DXU A; 3JB9 I; 4A4E A; 4JRI A; 1WI7 A; 3CC4 A; 2COW A; 4BDZ A; 2E12 A; 1AEY A; 1Q82 U; 1RLQ C; 3QII A; 1OPK A; 2CZ1 B; 4RTU A; 3VS5 A; 2GTO A; 3QKJ A; 2MK5 A; 4C8Q F; 3GOX A; 4C92 A; 4X9C A; 3E9G A; 4PJN A; 1VQK T; 4PJO C; 3OSS C; 4X34 A; 1NLO C; 1M2V B; 2EQJ A; 3OW2 A; 1JEG A; 3MCA B; 3WVE B; 3HFO A; 4KRT A; 4A4H A; 1BI2 A; 5CO7 A; 3JCM W; 3QXE B; 4ZN1 A; 5FRN A; 5GAN 7; 3PIO A; 2X3X D; 3M0U A; 2CS7 A; 2HL5 C; 1SSF A; 1VA7 A; 2QQ9 A; 4D8K A; 2V1R A; 3MP6 A; 2WAC A; 1MGQ A; 1T0H A; 4ATO A; 1VOM A; 2K4Y A; 2ZPG B; 3NPF A; 3LLR A; 4XQ3 A; 2GQI A; 1QVF P; 4JPB W; 4LD6 A; 2RHI A; 1JXM A; 2DJQ A; 3R6N A; 2CP0 A; 5D6X A; 2DZ9 A; 4LN2 A; 3JB9 D; 1QP3 A; 5I2M A; 1LOJ A; 2F1L A; 3A8O B; 4EMK A; 1VYT A; 2RHY A; 2VXF A; 2VYT A; 3EGD A; 1YIT Q; 1NEB A; 2J7I A; 2DER A; 2K57 A; 2JN0 A; 1UGQ B; 3EG9 A; 2PTK A; 2LJ0 A; 3CC2 Q; 3EH1 A; 5LJ3 f; 3OYA A; 3A8G B; 1D0X A; 3OW2 P; 2E5K A; 4MZM A; 1NPR A; 4OB1 B; 3FJP A; 1G5V A; 4M7A D; 1G3Y A; 2H3E B; 3OY9 A; 2DYI A; 2DJZ A; 2CH4 A; 4R55 A; 1UGS B; 4RTX A; 4VUB A; 2RQW A; 1T3L A; 2QA4 A; 3CCU T; 1QVG S; 1X01 A; 1UFF A; 3S3N A; 5KE3 A; 4PJO B; 3VS3 A; 1AVZ C; 3CMA A; 1KG1 A; 3CBP A; 1ZSZ A; 1YJW Q; 2EYZ A; 1A0N B; 3JCM g; 2VUB A; 2KVQ G; 1R8O B; 3CCR A; 4JLG A; 4QT7 A; 1ZSG A; 2EGA A; 2FPD A; 3J80 E; 2F69 A; 1V29 B; 1WNL A; 3UA7 A; 3WVD B; 2RO0 A; 3H0H A; 3JB9 G; 2LT1 A; 4M78 C; 2CRE A; 2ZGW A; 4J7F A; 1QLY A; 2CP6 A; 2O4X A; 1PSE A; 4N4I A; 1W6X A; 2OX7 A; 1D1A A; 3RDV A; 4J6X A; 1JJ2 S; 4IIO A; 3M56 A; 4OF1 A; 3JRZ A; 2JTE A; 3SB2 A; 1BI0 A; 2SRC A; 2V1Q A; 3PVL A; 4IUV A; 4E7S A; 1NZ9 A; 1KFZ A; 5CKH A; 4OMQ A; 3V7S A; 3QJY A; 2ROT A; 5IHK A; 2K9G A; 1VQP T; 2EGE A; 4HVU A; 4N0A C; 3BDL A; 4IIM A; 4M7A G; 4E7H A; 4M7A E; 1VQO A; 2FG0 A; 3TVT A; 2OTL T; 3EFS A; 1YCS B; 2Y4X A; 5C6S A; 1K0S A; 4JJB A; 3JAM E; 2J6O A; 3OYB A; 2RJD A; 4AFU C; 1KC8 U; 1YJN A; 2EIF A; 4XU3 A; 2HBP A; 1FWZ A; 3I55 Q; 3QWX X; 4M7D D; 1X27 A; 2BTT A; 3LWH A; 1CKB A; 1EX4 A; 2L3P A; 3KBG A; 1MMG A; 4JS5 A; 1Q7Y R; 2VXE A; 2HBW A; 5KCO A; 3SD4 A; 2K7A A; 1YHQ A; 4LUD A; 5LJ5 j; 4PJM A; 2YUP A; 2P4T A; 3PE0 A; 2K79 A; 3JCM h; 2KNB B; 2FZK B; 1M2V A; 5AT1 B; 4XTX A; 2I0N A; 2PVG B; 3L2Z A; 2VVK A; 4KGX B; 1M2O A; 3S3M A; 2JS2 A; 3E9F A; 3MEW A; 2MIO A; 1KQS S; 2X3W D; 4M78 B; 4OP0 A; 3CCQ A; 3G4S T; 5KE2 A; 2F2W A; 1YIT T; 3JCM c; 3G1J A; 2E6Z A; 1M8M A; 4KUI A; 1I8F A; 1WFW A; 2D6F A; 3JCM X; 1PG5 B; 3OBY A; 3CC2 T; 4M77 D; 2O9V A; 4E47 A; 2R57 A; 2QTX A; 2ZPB B; 1X6G A; 3FIF A; 1NJI C; 1ZUY A; 4OMM A; 4FT4 A; 3U23 A; 4JZ3 A; 2NUP B; 4NL2 A; 1BB9 A; 2GFA A; 2LCL A; 2FZG B; 1M1F A; 1WXT A; 5FWC A; 4F7U F; 3RES A; 4M7D G; 4DBH A; 1TUD A; 3CD6 Q; 3VU3 C; 2CYZ B; 4ZNX A; 1Q86 C; 1TTH B; 1D09 B; 4PLL A; 1X6B A; 5GAM g; 1OU9 A; 2VGN A; 1OQK A; 5GAN h; 2FYK A; 3OYI A; 3JSC A; 2DK3 A; 2YUO A; 4BE1 A; 5GJV B; 2OI3 A; 1LJO A; 1TU0 B; 3CCS Q; 4QVC A; 1S72 Q; 1HJD A; 3CC7 Q; 4C5E A; 1M1K C; 4M75 D; 4C5H A; 1VQN Q; 2RJE A; 3CCE Q; 2DD5 A; 2EJG A; 2CP5 A; 1OPL A; 5CQY A; 3I56 Q; 4PJJ A; 2FPF A; 3L2R A; 2BE7 D; 1WGS A; 5GAM d; 2JM8 A; 2D0N A; 1UEC A; 2EVR A; 2EQM A; 2CZ0 B; 1WZO A; 3VS1 A; 4PJO A; 3P8B B; 2W0Z A; 1R0B G; 2E3H A; 4M77 G; 5FRM A; 4F17 A; 5A0D A; 4C0D B; 1VQ7 Q; 2ATC B; 3O5Z A; 3P8D A; 4LDU A; 4PKC C; 4KGZ B; 2RNA A; 4B6M A; 1KQ2 A; 3P8H A; 2JS0 A; 3RR6 A; 1U1T A; 4AT1 B; 1BYM A; 3NTK A; 1ACM B; 1KD1 C; 1BIA A; 2D9T A; 2QAS A; 2X4Y A; 2DKG A; 4MZT A; 3OMG A; 1WXB A; 1XNI A; 2EQK A; 4CC2 A; 4Y91 A; 5J26 A; 3V8L A; 1Q81 C; 1IO6 A; 4Y92 A; 3VS4 A; 4C0Z A; 1ABO A; 2CP2 A; 2PVD B; 1X69 A; 3QPH A; 4NOY A; 4F16 A; 2EQI A; 1V76 A; 2GQV A; 3M4G A; 3CME T; 4HA8 A; 3OS1 A; 4M75 G; 2RQU A; 1YIJ T; 5HK3 A; 2MI6 A; 1K73 C; 1UGR B; 4M75 E; 5KYX B; 4XU0 A; 1M90 U; 5GAM h; 3QSU A; 2KDS A; 1IGU A; 3MET A; 3EG0 A; 2X4J A; 1PRL C; 1VUB A; 4C8Q C; 1QP2 A; 2CDT A; 3A1P A; 5GAN 2; 1K9M U; 2HKQ B; 4FW2 A; 5FRO A; 4E6R A; 3LWI A; 2AKL A; 5GMK l; 1D3B B; 2ZZD A; 2BZY A; 5DLO A; 1SF9 A; 1Y57 A; 2IVW A; 3E2U A; 3EH2 A; 3AHU A; 1AHJ B; 5CCA A; 5LJ3 g; 3N5B B; 1E7O A; 1FX7 A; 2GFU A; 3JCM P; 2LQ8 A; 3OYY A; 5L23 A; 4MML A; 5GMK j; 3J81 E; 1NLP C; 2COY A; 5GAN f; 3UWN A; 1C6V X; 4L6V 5; 1WJQ A; 4M7A B; 1X43 A; 1HK9 A; 5CR2 A; 2DO3 A; 4PFP A; 3M57 A; 4FYX B; 4M78 A; 4PFZ A; 2ZCF B; 3OYH A; 4RKU E; 1WLP B; 2BE9 B; 2A37 A; 4AMC A; 4C5G A; 3V8K A; 1ZUU A; 1WHL A; 3V7C A; 1MMD A; 3KFV A; 1DJ7 B; 4EIK A; 2K3B A; 2M1H A; 1YJ9 Q; 1GFD A; 4HCB A; 2OTJ A; 1YI2 A; 5I21 A; 2DE0 X; 1GRI A; 1ZUK A; 2EBP A; 2MMP A; 1UEB A; 3CCE T; 1N8R U; 4X1V A; 3FEO A; 4ELY C; 4GLK A; 4N0A A; 3THK A; 2NUP A; 1OEB A; 1AD5 A; 3TEE A; 1U06 A; 4FSX A; 2DL3 A; 1RI9 A; 4HT9 A; 1F1B B; 4C8Q B; 4BE2 A; 1QCF A; 4F7U E; 1E6G A; 2QEX Q; 3O8V A; 2GGR A; 1UJY A; 4BB7 A; 1PM3 A; 2X4X A; 5FU7 C; 3EAE A; 2M02 A; 1YNZ A; 2YXY A; 1U5S A; 3H0I A; 1J3T A; 3JB9 H; 3OYN A; 1VQ7 T; 1SSH A; 4HXJ A; 2JUF A; 3JB9 F; 1G2B A; 3G6E Q; 1JO8 A; 3UPU A; 3HHT B; 1H3H A; 2QQA A; 3CCJ T; 2WSF E; 3S3O A; 3LYI A; 1N9R A; 4A4F A; 3G7Z A; 2RPN A; 1K76 A; 4O5V A; 3CCU Q; 1WXU A; 5LJ3 h; 1K8A U; 2QK0 A; 3CCV Q; 1QVP A; 2DRM A; 3CCM A; 1N9S A; 5HY6 A; 2GBQ A; 1S72 A; 2XHC A; 3CC7 A; 2HDA A; 3ULR B; 2MYS A; 2MCN A; 4M7A F; 2JOY A; 1K0X A; 2MOX A; 2K6D A; 2BIV A; 3M0T A; 5D6Y A; 2QYZ A; 3QUI A; 1QKW A; 4DEX A; 4ZN3 A; 2B86 A; 4J5Y A; 2ZAE A; 1ZHI A; 2XI9 A; 5IXF A; 2QDY B; 1QVF A; 2KXC A; 1W2B A; 2EQU A; 5FWB A; 3UT1 A; 4EMG A; 3EFR A; 1WPY A; 2HAX A; 3ZL7 C; 5GAM j; 2K2M A; 3OYF A; 2K2V A; 5GAN 6; 4RCB A; 2DD4 A; 1D0Y A; 2DTO A; 1VQ8 Q; 1PWT A; 1RAA B; 1VQP Q; 2F5K A; 3QWY A; 2HZY A; 5LJ5 e; 3OYG A; 2KBT A; 3ZFJ A; 2E3I A; 4X9D A; 3TU4 K; 3SWN C; 1VQ9 A; 2HKN A; 3RER A; 4WCI A; 3G71 Q; 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