The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
0
|
sequence length |
49
|
structure length |
49
|
Chain Sequence |
SYNTPWGKVIINAAGQPTMNGTVMTADNSSMVPYGRGFTRVLNSLVNNP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein transport/toxin
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| source organism |
Escherichia coli
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| publication title |
Structural Evidence That Colicin A Protein Binds to a Novel Binding Site of TolA Protein in Escherichia coli Periplasm.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein tolA
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| structure length |
49
|
| sequence length |
49
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-01-19 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3QDR B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HZY A; 5FRM A; 3VS5 A; 2JN0 A; 1OQK A; 4DEY A; 1VQK A; 4DBF A; 1VIF A; 3CQT A; 2RK1 A; 3PVQ A; 2L0A A; 1VQP A; 2OTL A; 5I11 A; 4OMP A; 4E2F B; 5HKC A; 1N8R R; 5GAM g; 3M0Q A; 3P8B B; 1X01 A; 3G4S A; 1UTI A; 1ZLM A; 2L3Q A; 4JRI A; 3C95 A; 4F7U B; 1BBZ A; 1K0X A; 5CKF A; 4BE1 A; 1I5O B; 1QQJ A; 4OMN A; 2DIQ A; 4BE2 A; 2KK4 A; 4L59 A; 2FHD A; 3VS6 A; 2DIL A; 4BUG A; 5GAN g; 4M75 G; 2COW A; 2LNH B; 4Q5W A; 1UHC A; 4A53 A; 1YHQ T; 4HA8 A; 1WYX A; 5L8R E; 2DZ9 A; 2VGN A; 3CC4 A; 4N4I A; 3CCJ T; 4E7J A; 1BI2 A; 4M7D C; 3GNG A; 3OYA A; 5FWC A; 2M51 A; 3OYD A; 4PKC C; 2CZ0 B; 3G7Z A; 1AEY A; 4OB1 B; 3CPW S; 4RTX A; 2L2P A; 3MET A; 3EGU A; 1K8A U; 2O88 A; 3DB4 A; 1D1A A; 4J9F A; 1YIT A; 2JMA A; 3QBY A; 1T0H A; 3MP1 A; 1LCK A; 1VQO Q; 4ZGJ B; 1IB8 A; 2E64 A; 4ZGE B; 2KYB A; 5I2M A; 3DKM A; 5I2S A; 3HP9 A; 3KXT A; 3FJP A; 1ZSZ B; 2VXE A; 4RCB A; 2FPF A; 3X28 B; 2W0Z A; 3I55 Q; 1YI2 A; 4C8Q E; 5A2Q E; 3OYJ A; 1QVG P; 4ZTF A; 4R56 A; 3EFS A; 2Z0W A; 1SHF A; 1Q86 R; 2QA4 T; 2LC4 A; 1YNZ A; 2HBW A; 4M77 E; 3UDC A; 1PWT A; 2DXT A; 2NLU A; 4C92 F; 1D09 B; 1VQ9 T; 4AT1 B; 3O5Z A; 1NYG A; 1WJQ A; 4M7A C; 4ELZ C; 3RKX A; 1YJ9 T; 2CSI A; 1FX7 A; 1MMG A; 1Z9Q A; 2DJQ A; 4O6J A; 7AT1 B; 2IIM A; 3QJY A; 1Q81 R; 2QQR A; 4KRT A; 2GGR A; 4LDX A; 3OYE A; 5GAN h; 5GAN 5; 2K2V A; 2LX9 A; 1K9M U; 4LDU A; 1PKT A; 3OS5 A; 5KE3 A; 3CC2 Q; 4GLK A; 2RN8 A; 4BI3 A; 3M55 A; 1JEG A; 5CCA A; 5A0G A; 5A0D A; 3MP6 A; 1UEB A; 4XAX B; 5DM7 R; 2EBP A; 2XDD A; 2AK5 A; 4C92 G; 4J6Y A; 4OP0 A; 1VQM A; 2K3X A; 2ZPG B; 3OS0 A; 3VS4 A; 2CP0 A; 2RQU A; 1QW1 A; 3CD6 T; 3CC7 Q; 2M9U A; 1MND A; 3LH0 A; 4HCZ A; 1WPY A; 2RNA A; 2YUO A; 5GAO p; 4C8Q B; 3EH1 A; 3PT9 A; 1RAC B; 2VVK A; 2DO3 A; 2DL7 A; 3MHX A; 5GJW B; 2O9S A; 1W6X A; 1RUW A; 3EFO B; 3MEU A; 1PHT A; 2DTO A; 5EC7 A; 2OX7 A; 4HKE A; 3CCU A; 3DLL A; 2BZ8 A; 3G6E A; 3CPF A; 3FLG A; 2WSE E; 2LP5 A; 5GAM j; 4MZP A; 3TEE A; 2RJF A; 3NTI A; 2VUB A; 4A54 A; 3QG1 A; 1WQ7 A; 5LJ5 e; 1Z9Z A; 2OTJ T; 5KYW A; 1D1B A; 1D0X A; 2R58 A; 3NMZ C; 2OJ2 A; 3H0H A; 4JZ3 A; 1SF9 A; 2E6N A; 3H0I A; 2JM8 A; 2X4X A; 3QXE B; 1PC0 A; 4B9X A; 3VS7 A; 5FU6 C; 2PTK A; 4PJO A; 1SKU B; 4M75 C; 4J7I A; 2OTL T; 2ZZD A; 2O31 A; 2EGA A; 2YRC A; 4LDY A; 3G4S T; 4A4H A; 1EFN A; 3EGD A; 3J81 E; 1VQ8 Q; 1N8R U; 3SWN A; 2DD5 A; 1GCP A; 4RG2 A; 4JJC A; 3DLM A; 1TG0 A; 2CT4 A; 4ATO A; 4JRK A; 1O75 A; 4FT4 A; 1UGQ B; 2EQI A; 2GBQ A; 3EGX A; 5GAO q; 2L5Q A; 4BAC A; 1S72 A; 4KBM B; 3CCE A; 3JCM P; 1RAB B; 2G6F X; 3CC4 T; 4KGZ B; 4F7U G; 1GFD A; 4JLG A; 1VYT A; 1U1S A; 1HJD A; 3VUZ A; 1PG5 B; 3LYI A; 4LUD A; 5LJ3 e; 1V76 A; 5LJ5 j; 3FIF A; 2H8H A; 2BE9 B; 4RTU A; 3C94 A; 2AKL A; 3JCM d; 4BY6 B; 2B86 A; 1YIT T; 1SRM A; 2A0F B; 2KAF A; 1ZA1 B; 1QVG A; 4KH0 B; 2D0Q B; 1KHI A; 1O9S A; 2V1R A; 4PJO D; 3OW2 P; 4FYV B; 1MMN A; 4EMK C; 4Y92 A; 1WHJ A; 2FZG B; 3SD4 A; 4RCC A; 1WNL A; 2V1Q A; 3H9N A; 4FYW B; 2MWP A; 2L89 A; 1PD0 A; 1ZQ1 A; 1G5V A; 3OYK A; 4Z89 A; 1YI2 T; 3JCM c; 1HSQ A; 2QXF A; 3OMG A; 1JXM A; 3G1J A; 2PU9 B; 1VQ4 Q; 2KI7 A; 2CZ1 B; 3TRE A; 2DL8 A; 2MWO A; 3OYH A; 2KDS A; 1QLY A; 2O4X A; 1TU0 B; 1OOT A; 1WHH A; 4A4F A; 1M27 C; 4ZN3 A; 2QQ9 A; 2K7A A; 4PJM A; 5DLQ E; 1ACM B; 2GQV A; 3X26 B; 3CCL A; 4HCB A; 5KYU A; 2OAU A; 2BZY A; 5LJ3 j; 1FXX A; 4E7K A; 2QDY B; 3CCV Q; 2RA2 A; 1IO6 A; 4IIM A; 3QDR B; 1K73 C; 2RQW A; 4LDV A; 4HT9 A; 1WIE A; 1K8A C; 1YCY A; 1YFN A; 3G71 A; 3VS0 A; 1R0C B; 2VAS A; 4MZM A; 2DEU A; 2HEQ A; 1JB0 E; 4NL3 A; 4MZT A; 1OUL A; 2K9G A; 4PJO C; 3M56 A; 2MOX A; 1ZX6 A; 1YHQ Q; 4M7D F; 1WLP B; 3VS3 A; 1QP2 A; 2FG0 A; 3VUB A; 3GOX A; 4JRQ A; 1M1F A; 3CCJ Q; 2BIV A; 5GAM d; 3CCR T; 4FT2 A; 1Q82 R; 1VQ6 A; 3OYY A; 3SWN C; 1TH7 A; 2AZV A; 1QVF S; 4JRP A; 4IUT A; 3P8H A; 2HD0 A; 1BYM A; 1WXB A; 3QUI A; 1W70 A; 1NJI R; 5GAN 3; 1NEB A; 2HCK A; 4N4H A; 4VUB A; 3RER A; 4BD3 A; 3HSB A; 1KK7 A; 1VQ7 A; 2YLC A; 1KC8 R; 2A7Y A; 1UEC A; 1V1C A; 2NUZ A; 1VUB A; 2KVQ G; 1W2B S; 3CCQ A; 1JJ2 P; 1M90 R; 4JS4 A; 1TWB A; 2GTO A; 3NTK A; 5DY9 A; 2C0T A; 3I5S A; 4OB2 B; 2DYI A; 4C8Q G; 4OMF B; 3U23 A; 2WAC A; 1K0S A; 2RQR A; 4ELY C; 1M2V A; 1BCO A; 2E3H A; 2KYM A; 2E12 A; 1Q7Y C; 3FB9 A; 2JW4 A; 5KCH A; 3HRS A; 4KT0 E; 3QYH B; 4M7A F; 3X24 B; 3VRZ A; 1VQ9 Q; 2K57 A; 3PFS A; 3JAM E; 3CMA A; 4FYY B; 2FRW A; 2LQN A; 1YJ9 Q; 1YJN A; 1GBR A; 4L5G A; 1I81 A; 1X27 A; 4B9W A; 1PM3 A; 4PFZ A; 2RM4 A; 2YLB A; 3JCM g; 2P0P A; 5AYF A; 5KYW B; 4MDX A; 3E9F A; 1OPK A; 2EW3 A; 3QPH A; 3PMI A; 4DA4 A; 1GXI E; 3GPL A; 3VYH B; 4FCY A; 5IHK A; 5A0L A; 3LGL A; 1S72 T; 4XQ3 A; 3I35 A; 1M3B A; 4PLL A; 4WTO B; 1ABO A; 3V7S A; 4PJO B; 2DKG A; 4M77 A; 4ZGD B; 1KD1 R; 2DJZ A; 1XJW B; 4OGE A; 1I07 A; 2DYB A; 1IGQ A; 2SRC A; 3OW2 A; 2OI3 A; 3X20 B; 4PLI A; 2RQV A; 3CD6 Q; 5FU7 B; 1YJW A; 2L3P A; 4J9C A; 2GFU A; 4IUU A; 4NS5 A; 4N0A C; 2JS0 A; 2QEX A; 3M4Y A; 1TUC A; 4XU1 A; 3JCM V; 3JV3 A; 2RHU A; 2LQW A; 1ZSZ C; 2YUQ A; 1BB9 A; 4GLM A; 3CXC S; 2ED1 A; 3CCS A; 1ZBJ A; 2MYS A; 4QKU A; 3CBO A; 1K1Z A; 1N8R C; 2LJ0 A; 5IAY A; 4PJJ A; 1NYF A; 1OPL A; 2EKO A; 2JOY A; 5KYY A; 3A8G B; 2HMA A; 1GCQ A; 4HVV A; 4D6W A; 4LNP A; 4WCI A; 4M75 F; 5LJ3 f; 2J6K A; 4C8Q D; 4Y91 A; 5I21 A; 1X6O A; 1SHG A; 1FMV A; 3E19 A; 2DRM A; 1T3S A; 4EIK A; 4L6V 5; 3ZL7 C; 1QKX A; 2COZ A; 2DTH A; 3QHS A; 3C4S A; 3M53 A; 4M77 D; 4NL2 A; 2G3R A; 1M2O A; 5IXF A; 1EX4 A; 2E65 A; 4LN2 A; 3JCM h; 2P4T A; 1WXT A; 2F2V A; 3X25 B; 4LD6 A; 1N9S A; 1CSK A; 3I56 T; 4J9E A; 3R6O A; 1YCS B; 4AFQ C; 2FZK B; 5CKB A; 2PVO B; 2O4X B; 1KQ2 A; 1QVP A; 1QCF A; 2FL7 A; 1NLP C; 2A28 A; 4QT7 A; 2VGM A; 2KXD A; 4XU2 A; 1RAH B; 4KUL A; 1I4K 1; 4XTZ A; 2JT4 A; 3A98 A; 5KH6 A; 5HCK A; 5KYU B; 2QAZ A; 3JCM b; 2L8D A; 4OML A; 2BUD A; 1PNJ A; 2EYX A; 1K73 U; 3HKS A; 1B34 A; 1Q82 U; 1ZA2 B; 1JJ2 A; 3OMC A; 3PGG A; 2QG9 B; 2CP2 A; 1VQN T; 1RLQ C; 3LWH A; 4C8Q C; 4FM4 B; 1GRI A; 1UGV A; 2Y4Y A; 1Y96 B; 4ORZ A; 1H3H A; 2EKH A; 1KQS P; 1X6G A; 2EJ9 A; 1VQ7 T; 2FPD A; 4M78 E; 2EGE A; 4QW2 A; 4BDY A; 1Q86 C; 1TOV A; 2HQX A; 4A4E A; 4F14 A; 3QO3 A; 1KC8 U; 1VQL T; 2XDP A; 1ZBX A; 2HNI A; 2VC8 A; 3OYI A; 3A8L B; 1DJ7 B; 1RLP C; 5LJ5 g; 2PVD B; 4IUV A; 3M9Q A; 4MML A; 2XU8 A; 2F1L A; 3SFM A; 1KJW A; 2CUB A; 3MO8 A; 1M90 U; 1X43 A; 2RJC A; 2KRS A; 1VQO A; 5J3B A; 1XNI A; 2RI5 A; 3H41 A; 1Q81 C; 4KGX B; 4OB3 B; 2VWF A; 2K79 A; 4HCK A; 4AFZ C; 1JO8 A; 4II1 A; 4J6W A; 5GAM h; 2RHZ A; 3J80 E; 2RMO A; 3I55 A; 3OBW A; 1N6A A; 1IRX A; 2EYQ A; 2C06 A; 5CQY A; 3OA6 A; 1IHW A; 2PQW A; 4PJL A; 2QGG A; 2PVG B; 3GLX A; 4JZ4 A; 2NUP A; 3S3M A; 1QWE A; 5HK3 A; 1GCQ C; 3PVL A; 4E7S A; 1RL2 A; 2RB6 A; 3L2U A; 2VXF A; 4OGC A; 1JBM A; 5GAN 2; 3GF5 A; 3TU4 K; 2LJ1 A; 1M2V B; 3OYN A; 1Q7Y U; 9ATC B; 2GNC A; 3MKD A; 3BFM A; 1GL5 A; 2P0K A; 2AKK A; 1T3L A; 2YRD A; 1XOV A; 5C6S A; 3CCR Q; 5CR2 A; 1BIB A; 5LJ3 g; 4RMO A; 3VYG A; 2X51 A; 4D8D A; 1BI1 A; 4BY6 C; 2CP7 A; 2P84 A; 2MMP A; 1GFC A; 4QQ6 A; 4GY5 A; 3M4G A; 1YJW T; 3ZEH A; 4E7I A; 2M0O A; 4FW2 A; 1WGS A; 5IT9 E; 3PE0 A; 3H0F A; 3CC2 A; 4FSX A; 5GAN e; 3WVD B; 2LT1 A; 4PJO G; 4M7A E; 4PL6 A; 5LL6 S; 2F5T X; 3VKI A; 3CPW P; 3C0C A; 4J6X A; 4XTX A; 2BKD N; 1IXD A; 1C0M A; 1OZ3 A; 3JSC A; 1BU1 A; 2XKO C; 3CC7 A; 5GAO r; 1VQ5 T; 4M77 B; 5GMK h; 3CCM T; 2KMT A; 3M57 A; 1U3O A; 1HXD A; 1EIF A; 1K9A A; 3T9N A; 1M8V A; 1YIJ Q; 4KUI A; 2QQB A; 1YWP A; 1UGP B; 2AHJ B; 3FEO A; 3CME Q; 3UT1 A; 3VJP A; 2K4Y A; 2PUK B; 3URG A; 3UPU A; 1VQK T; 2DER A; 5IH2 A; 4Z88 A; 1U8R A; 2XD0 A; 3REB B; 4F7U F; 4FSS A; 1VQP T; 5KYX A; 2DL3 A; 2FZC B; 3RES A; 5I22 A; 1X75 C; 2WSF E; 1LNX A; 5IHN A; 1Y07 A; 4KGV B; 4KUD K; 5GMK e; 2DBM A; 1RAG B; 4TVR A; 3OY9 A; 4DEX A; 4N4G A; 2XDB A; 2K2M A; 2M16 A; 1QP3 A; 5KYY B; 1TUD A; 1ARK A; 2YSQ A; 5IHI A; 1BI3 A; 1OYX A; 1SG5 A; 1E6H A; 1E7O A; 5FRN A; 2H3E B; 1T0J A; 1KQS A; 1VQ8 A; 2FO0 A; 3OYM A; 2FRY A; 4C0G A; 2KNB B; 3VV0 A; 1RI0 A; 2R5M A; 5L23 A; 2PZ1 A; 1VYU A; 3QYG B; 1TXQ A; 4E6R A; 2DET A; 5CIU A; 2DAQ A; 4IKF A; 1KQ1 A; 1OX9 A; 1A0N B; 1YN8 A; 3LWI A; 3OYC A; 3EHQ A; 1OEB A; 1J3T A; 2LCC A; 4E7H A; 2QGF B; 2PUO B; 1RAA B; 3BE3 A; 3KUF A; 2EYW A; 4JDS A; 2HBP A; 5CO7 A; 2KXC A; 5DLO A; 2CDT A; 2IVW A; 2JM9 A; 1IRE B; 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4C0D B; 3G6E T; 1D3B A; 2EJG A; 4XK8 E; 2X9H A; 2YUN A; 1QCO A; 3F70 A; 2MCN A; 2EFI A; 2IG0 A; 2L3S A; 1NLO C; 1X2Q A; 1LVK A; 1SRL A; 4EMG A; 4R0K A; 2DMO A; 3NTH A; 4LE9 A; 2EAY A; 3ZBD A; 2QA4 Q; 3NFC A; 1M9S A; 1LJO A; 4M77 G; 3HPW A; 1CKA A; 2CS7 A; 5GAN 7; 5GAN 4; 5GAN f; 3KFV A; 3BDL A; 4M78 A; 5LJ5 d; 3M0S A; 2CH4 A; 1G83 A; 1KG1 A; 5GMK l; 3FC3 A; 3QWX X; 4Z8A A; 2E10 A; 2E1H A; 3RR6 A; 1WXU A; 2DTI A; 1LPL A; 1GBQ A; 1Q95 G; 4UC4 A; 2YWW A; 2D8J A; 2YHT A; 4J9B A; 3LH5 A; 2DX1 A; 1Y71 A; 4RTZ A; 1VQ9 A; 1WHM A; 3EG0 A; 4C5G A; 4FW1 A; 1D0Z A; 5GAN 6; 4QVC A; 1SEM A; 2RJE A; 5IXB A; 1YJ9 A; 4M7D A; 2CKK A; 2QK0 A; 3CCE T; 1VQ8 T; 2ZCF B; 5KYX B; 4E7Z A; 2VV5 A; 4C92 B; 1F1B B; 3ME9 A; 1BCM A; 2I2L A; 1K9M R; 3MCA B; 2NWM A; 2HKN A; 2ECZ A; 2VYT A; 2XK0 A; 1JRI A; 3VU3 C; 2LT4 A; 5KE2 A; 2KQW A; 4BE0 A; 3S6W A; 2NYS A; 1H8K A; 4QQD A; 1WA7 A; 2DXC A; 4JJD A; 2DXB A; 3RKY A; 3FJ5 A; 3DB3 A; 1QVF P; 1N9R A; 2K5F A; 4C0F A; 3S3O A; 2RF0 A; 2Y90 A; 3GIB A; 1HK9 A; 2JTE A; 3FDR A; 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