The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
64
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structure length |
64
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Chain Sequence |
PLGSSDLGITAIALYDYQAAGDDEISFDPDDIITNIEMIDDGWWRGVCKGRYGLFPANYVELRQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Lysozyme contamination facilitates crystallization of a heterotrimeric cortactin-Arg-lysozyme complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Lysozyme C
|
| molecule tags |
Hydrolase, protein binding
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| source organism |
Gallus gallus
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| total genus |
13
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| structure length |
64
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| sequence length |
64
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-11-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1B3Q A; 1Y57 A; 2D8H A; 2FPF A; 4CC7 A; 2FRY A; 2ENM A; 4HXJ A; 1T3L A; 1EFN A; 4JJC A; 2KBT A; 4AFS C; 1AOJ A; 1WLP B; 2DIL A; 2X3W D; 1RLQ C; 5IHK A; 2B86 A; 4JZ3 A; 3EG0 A; 5EC7 A; 4AFU C; 1BBZ A; 1NLP C; 1WDX A; 1BK2 A; 3I5R A; 2F2X A; 1FYN A; 1I1J A; 1K76 A; 1PHT A; 2V1R A; 3ZL7 C; 2DRK A; 4LUE A; 5GJV B; 1SRL A; 3I35 A; 2JMC A; 2AKK A; 3I5S A; 1ABQ A; 1UFF A; 3EGU A; 1UHF A; 4RTV A; 4RTT A; 2YUQ A; 3EG2 A; 3UF4 A; 1UE9 A; 1U3O A; 4OMO A; 1X2Q A; 2F2W A; 2KXD A; 2W10 A; 3RNJ A; 4RTY A; 2EGA A; 2JM9 A; 2DL3 A; 2D0N A; 4F16 A; 2EW3 A; 1PNJ A; 1CKA A; 1HSQ A; 2J6O A; 1G2B A; 4LN2 A; 2RNA A; 1K0X A; 3JV3 A; 2BTT A; 1QKX A; 1K1Z A; 1QWF A; 4J9G A; 4J9F A; 2L2P A; 1VYV A; 2J06 A; 3VRY A; 1A0N B; 1UG1 A; 1SRM A; 4LE9 A; 3VS0 A; 2ROT A; 4HVW A; 3U23 A; 2O2O A; 3M0R A; 1YWP A; 4J9D A; 2L0A A; 4OMM A; 2AKL A; 3UAT A; 2X3X D; 2NWM A; 4IIM A; 1K9A A; 2YUP A; 2DA9 A; 1NG2 A; 4J9I A; 4LUD A; 1OOT A; 1BU1 A; 1NLO C; 2FRW A; 1NYF A; 4AFQ C; 3TVT A; 3SEM A; 4JJB A; 4RTU A; 2GTJ A; 2NUZ A; 1WX6 A; 2JS2 A; 1AWO A; 2PNI A; 1ZBJ A; 3VS7 A; 2BZX A; 1N5Z A; 2LJ0 A; 3H0H A; 2CH4 W; 2IIM A; 2KYM A; 2O9S A; 5IHN A; 4AG1 C; 2DL5 A; 3R6N A; 2KGT A; 2DMO A; 3NGP A; 5I11 A; 3VS1 A; 1WXT A; 2EVR A; 1UJ0 A; 3H0F A; 2M51 A; 1ZUY A; 1G83 A; 4X1V A; 1GCP A; 1I0C A; 2JMA A; 4GBQ A; 2L3Q A; 1E6H A; 2EKH A; 2JXB A; 4RUG A; 2EYX A; 3VS6 A; 2BZY A; 1GBR A; 1JEG A; 2CT4 A; 4E6R A; 4ZNX A; 1VYU A; 3I9Q A; 1PRL C; 1UTI A; 2EYZ A; 3O5Z A; 2I0N A; 1JU5 C; 1S1N A; 1AZE A; 1MV0 B; 5HCK A; 2LQW A; 2ESW A; 3M0S A; 3EHR A; 2ROL A; 2KNB B; 3IQL A; 1X6G A; 3VRZ A; 2QDL A; 1CKB A; 2FEI A; 4JZ4 A; 4AG2 C; 2DL7 A; 2DX1 A; 2M0Y A; 2FG0 A; 2JT4 A; 1SHF A; 1W1F A; 1M3B A; 5IH2 A; 2C0I A; 2J6F A; 2DVJ A; 4RTZ A; 2K3B A; 3LH5 A; 2CT3 A; 1X6B A; 3M0T A; 4KRT A; 3C0C A; 2JM8 A; 3KFV A; 1KFZ A; 2LQN A; 2H8H A; 2LZ6 B; 2HBW A; 4LNP A; 2K6D A; 2MIO A; 1M30 A; 3VS5 A; 4WCI A; 2VVK A; 1YWO A; 2KT8 A; 5IXF A; 1AWX A; 1PRM C; 1AWJ A; 2O9V A; 4FSS A; 1QCF A; 1PWT A; 2DYB A; 2GNC A; 1SEM A; 1X43 A; 2LCS A; 1K4U S; 2SRC A; 3M0P A; 2W0Z A; 3QWY A; 1IO6 A; 2KR3 A; 2AZS A; 2KT1 A; 2AZV A; 3RBB B; 2O31 A; 3PVQ A; 1RI9 A; 1M3C A; 1V1C A; 2DNU A; 4OMQ A; 1TUC A; 2RF0 A; 2XMF A; 3THK A; 3H0I A; 1U5S A; 1FMK A; 3SHW A; 1WYX A; 1H92 A; 1VYT A; 2RQU A; 1KJW A; 5I22 A; 2D1X A; 2DJQ A; 2KYB A; 2K9G A; 1T3S A; 2LP5 A; 3UA7 A; 4CC4 B; 2J6K A; 1UGV A; 2A37 A; 1AD5 A; 2A36 A; 1GL5 A; 1OEB A; 1HJD A; 1ZUU A; 2CRE A; 2GTO A; 1BB9 A; 1GFC A; 2FPE A; 1WXU A; 1K0S A; 2DL8 A; 4F14 A; 1UJY A; 2SEM A; 2GBQ A; 4J9H A; 3NHN A; 3QWX X; 1YN8 A; 2JS0 A; 5IXB A; 2RN8 A; 1HD3 A; 1T0J A; 4K11 A; 2AK5 A; 2E5K A; 4DEX A; 3TSW A; 2OI3 A; 1AVZ C; 1UHC A; 1JXM A; 2YT6 A; 2EGE A; 1TG0 A; 2L3P A; 2ED0 A; 2LX7 A; 1H8K A; 1XOV A; 2O88 A; 3REA B; 2CSQ A; 1GFD A; 5GJW B; 2DE0 X; 1I07 A; 2F2V A; 4ESR A; 1JO8 A; 3TSZ A; 1Z9Z A; 2DBK A; 1GCQ C; 3EG1 A; 2K2M A; 3VS3 A; 4AFZ C; 4Y92 A; 1RUW A; 1W6X A; 1NEG A; 2V1Q A; 4ORZ A; 2YDL A; 2J7I A; 2YUO A; 1X27 A; 2GQI A; 1W70 A; 2MCN A; 2VKN A; 3M0U A; 3PE0 A; 1MV3 A; 2PTK A; 1T0H A; 2CDT A; 4Z89 A; 4JPB W; 3A98 A; 4M4Z A; 2G6F X; 2RQT A; 2JW4 A; 4EIK A; 1AWW A; 1OPK A; 1YNZ A; 1ZX6 A; 2GGR A; 4DEY A; 2LMJ A; 2RQW A; 2A28 A; 4CC3 A; 2OJ2 A; 2RQV A; 1X2K A; 3NPF A; 4HVV A; 1ZUK A; 1NYG A; 2FPD A; 1QLY A; 1WI7 A; 2D8J A; 4CC2 A; 1WXB A; 1TUD A; 2ECZ A; 2RQR A; 1ZSG A; 2J05 A; 1MUZ A; 3EG3 A; 1WIE A; 4HCK A; 2RPN A; 5IHI A; 2EPD A; 2LJ1 A; 3NMZ C; 1SPK A; 3M0Q A; 3H41 A; 1Z9Q A; 1B07 A; 1GCQ A; 1SSH A; 3UA6 A; 2YSQ A; 2EYW A; 1WFW A; 4HVU A; 2KXC A; 2KRS A; 1ARK A; 2LNH B; 1YP5 A; 1J3T A; 4D8K A; 2CUB A; 2KRO A; 2EQI A; 3VS2 A; 5ECA A; 4Z88 A; 1LCK A; 2HCK A; 2K7A A; 2L3S A; 1UEC A; 2EYY A; 2PZ1 A; 1KSW A; 4RTW A; 2FO0 A; 2CUD A; 1H3H A; 2DBM A; 2K79 A; 1M8M A; 2KRM A; 4R0K A; 1JQQ A; 1ZLM A; 2DLP A; 3VS4 A; 2CSI A; 2MOX A; 1X69 A; 2EGC A; 1E7O A; 4Z8A A; 2C0O A; 4OMP A; 4D8D A; 2DL4 A; 2HEQ A; 1ABO A; 1PKS A; 4JJD A; 1M3A A; 2ED1 A; 1CSK A; 1UUE A; 2HSP A; 5L23 A; 3CQT A; 1YCS B; 2DM1 A; 2BZ8 A; 1GRI A; 4A63 B; 4QT7 A; 2ABL A; 4IIO A; 2KEA A; 2HDA A; 1WA7 A; 1VA7 A; 2EBP A; 2C0T A; 1AZG B; 1QKW A; 1RLP C; 2P4R A; 1OV3 A; 4RTX A; 4F17 A; 2KRN A; 2DRM A; 1M27 C; 2OAW A; 1QWE A; 1SHG A; 3PVL A; 1GBQ A; 2YUN A; 1KIK A; 2CH4 A; 2RMO A; 2KE9 A; 5FWB A; 5FWC A; 1UDL A; 4J9C A; 2VWF A; 1NM7 A; 1AEY A; 1Y0M A; 3EHQ A; 2A08 A; 4J9B A; 2LJ3 A; 4OML A; 2DF6 A; 1U06 A; 3FJ5 A; 3REB B; 1NEB A; 1JXO A; 1OPL A; 3ULR B; 4J9E A; 1E6G A; 1PKT A; 3GBQ A; 4GLM A; 4OMN A; 5FW9 A; 2JTE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2EYQ A; 4OB2 B; 1OZ2 A; 2MPX C; 2PQW A; 3S3M A; 2X4X A; 3QJY A; 3RIR A; 2RK1 A; 3SWN B; 3GLX A; 4PJN A; 1RL2 A; 1VQL A; 1AOJ A; 1VQ9 T; 1QP3 A; 5CCA A; 2RK2 A; 2X3W D; 5CKE A; 2B86 A; 1YI2 T; 3NTH A; 3G7Z A; 5GAM g; 3CCE T; 1WHH A; 1I1J A; 3I35 A; 2HBP A; 1ABQ A; 5FU7 B; 3V7C A; 3S6W A; 5GAN 5; 1IRE B; 2JN0 A; 4XU0 A; 3QUI A; 1V29 B; 2YUQ A; 1PD1 A; 2O4X A; 4PJO G; 3UF4 A; 5CK9 A; 2GFA A; 2F2W A; 3LLR A; 4X34 A; 4RTY A; 1YHQ T; 1XJW B; 2RHY A; 1W4S A; 1LPL A; 2DL3 A; 4F16 A; 3I55 Q; 3RER A; 2V8I A; 4ME7 A; 2J6O A; 4XTY A; 1RAF B; 1N9S A; 3CCR Q; 1N8R R; 2V8K A; 4PJJ A; 3JAM E; 3SB2 A; 2J06 A; 2FVU A; 1A0N B; 2E65 A; 5IAY A; 4A4E A; 4FW2 A; 3CC7 A; 3VS0 A; 2ROT A; 3U23 A; 2L0A A; 3QG1 A; 3UAT A; 3M54 A; 3HHT B; 4IIM A; 4LD6 A; 3CPW S; 4PJO C; 2RHU A; 2XDD A; 4LUD A; 2DA9 A; 1NG2 A; 4HT9 A; 2FRW A; 4HA8 A; 4AFQ C; 1Q81 C; 4JJB A; 2GTJ A; 1HXD A; 2CGH A; 2XIC A; 1AWO A; 2PNI A; 2FYK A; 2H3E B; 3VS7 A; 5GAN 3; 2LJ0 A; 3OSV A; 2O9S A; 3CCU A; 2DL5 A; 1LNX A; 4KT0 E; 5CVI A; 2DMO A; 3UWN A; 1R8O B; 5M9O A; 4X1V A; 3QBY A; 1GCP A; 1I0C A; 1E6H A; 2EKH A; 2JXB A; 3PMT A; 4RCC A; 3JCM h; 4HCC A; 4M7A G; 1JEG A; 2CT4 A; 2QAZ A; 4IKF A; 4WF2 A; 3OSS C; 2EYZ A; 2WSE E; 1BI2 A; 1RAI B; 1AZE A; 1JU5 C; 1Q82 R; 2LQW A; 2ESW A; 1VQP T; 2ROL A; 4BI8 B; 2DIQ A; 1WGS A; 2FEI A; 2RJD A; 2MK5 A; 4C8Q A; 4AG2 C; 2M0Y A; 1Q81 R; 3G4S T; 4PJO D; 4KUI A; 5AT1 B; 2JT4 A; 1C0M A; 4QW2 A; 4M75 G; 4JRQ A; 1OZ3 A; 3C0C A; 1PSF A; 3X25 B; 2JM8 A; 3KFV A; 2PU9 B; 1K9M C; 2LQN A; 4M7A C; 2H8H A; 4JUV A; 2LZ6 B; 4LNP A; 4F7U B; 1TWB A; 1M30 A; 2RH2 A; 3WVD B; 2QI2 A; 2X9H A; 4C0D C; 4N0A C; 2KSS A; 5GMK h; 3BE3 A; 1VQ6 Q; 2QQS A; 4XTZ A; 4M7D B; 1AWX A; 1AWJ A; 2D9T A; 2P0Q A; 5DM7 R; 4FSS A; 3G71 T; 1QCF A; 3CC4 A; 1K4U S; 3LWI A; 2SRC A; 3CPF A; 2QA4 A; 1VQM A; 1VQ5 A; 3QWY A; 2KR3 A; 4M75 C; 4FCY A; 1IHV A; 4C92 G; 2AZS A; 2R5A A; 3QYH B; 2ZZD A; 4KUD K; 1VQ9 A; 5DLO A; 3A8O B; 5KYY A; 2QAS A; 2RF0 A; 2XMF A; 1YI2 A; 2GCX A; 1Q86 U; 3OBY A; 4LDY A; 1MMG A; 4B6M A; 3CCE A; 1FMK A; 3SHW A; 3CC2 A; 1H92 A; 2E4H A; 4OGE A; 2DZ9 A; 5I22 A; 1K9M R; 1YFN A; 3G1J A; 3CPW A; 2JVV A; 3CXC P; 1Y7X A; 4A53 A; 1KC8 U; 2K5L A; 4M7A D; 4ELZ C; 5LL6 S; 2J6K A; 4P5N A; 5J3B A; 1M1K U; 2LQ8 A; 5GAN f; 2HMA A; 2KDS A; 5LJ3 d; 1ZUU A; 2YWW A; 1BB9 A; 1GFC A; 3JCM W; 1NJI U; 3L2V A; 4F14 A; 1UJY A; 3VJP A; 3EAE A; 1UB4 A; 1YN8 A; 3OS0 A; 2COZ A; 5HK3 A; 2JS0 A; 4M78 E; 4Q5W A; 3M4Y A; 5IXB A; 3A8G B; 1S72 T; 2HL5 C; 1T0J A; 2AK5 A; 3TSW A; 5CQX A; 4M75 D; 2YT6 A; 1M2V B; 4QQD A; 1FXX A; 2EGE A; 2L3P A; 4PJO A; 1KQ2 A; 1VQ8 Q; 2XD0 A; 4ESR A; 5GMK e; 3V8L A; 3CCL T; 1BI1 A; 2K2M A; 3MEA A; 2X4J A; 3OY9 A; 3VS3 A; 2QTX A; 3OYD A; 1NEG A; 4HCZ A; 5A0D A; 4HCB A; 4Y91 A; 2PVO B; 2YUO A; 2GQI A; 1WHG A; 3VYH B; 4PJL A; 4CI0 C; 1T0H A; 1OX8 A; 2G6F X; 4KH0 B; 1OPK A; 5LJ5 f; 3M55 A; 4L5G A; 3OYL A; 4DEY A; 3CCJ A; 2EJ9 A; 2RQW A; 2A28 A; 2DVE A; 4C92 D; 2RQV A; 3NPF A; 2QQR A; 1ZUK A; 1NYG A; 1D3B B; 4IUV A; 4JJN K; 1QLY A; 2OTL A; 2VXE A; 4C5H A; 5GAN 4; 1M1K C; 2RQR A; 4M75 F; 4ANJ A; 1YJW T; 2PUK B; 3MO8 A; 4HCK A; 4ELY C; 2BUD A; 2X51 A; 2M1H A; 1MND A; 4N4H A; 3CME Q; 1SSH A; 4FT2 A; 2KXC A; 1ARK A; 2E3I A; 4NOY A; 4E2F B; 7AT1 B; 4D8K A; 2CUB A; 2LQK A; 3VS2 A; 3PGG A; 2EQM A; 3GF5 A; 4UC4 A; 5GAN h; 2K7A A; 2VAS A; 1UEC A; 4BDZ A; 4M7A A; 3QDF A; 4EDU A; 2PZ1 A; 2GQV A; 3CCS Q; 4TVR A; 3UDC A; 5FU6 C; 1VQ6 T; 1OU9 A; 2QXF A; 5KCO A; 2CYZ B; 4PK4 A; 3FJP A; 3VS4 A; 1E7O A; 3OMC A; 4LDW A; 1YIT Q; 4A4F A; 4OB0 B; 4OMP A; 4D8D A; 2DL4 A; 1ZHI A; 2HEQ A; 1PKS A; 4MDX A; 3G71 A; 2ED1 A; 3TRE A; 1M5Q 1; 2DFU A; 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1QWF A; 4J9G A; 4EMK B; 2L2P A; 1JJ2 S; 1VYV A; 5GAO m; 1I5L A; 2HAX A; 2ZAE A; 5KYX B; 1OUL A; 3LW5 E; 2HL3 A; 2YUP A; 4DBQ A; 3GP8 A; 5KYU A; 1TTH B; 2CP2 A; 4KH1 B; 1OOT A; 1EZZ B; 2KK4 A; 5LJ5 e; 1NYF A; 4OB3 B; 3TVT A; 1B34 B; 3MPU B; 4C8Q C; 2NUZ A; 1WX6 A; 3CCM Q; 2D0Q B; 1YJW A; 3KXT A; 2LC4 A; 2JS2 A; 1ZBJ A; 4M77 G; 1M4Z A; 3X20 B; 1UGP B; 3H0H A; 4AG1 C; 2VV5 A; 3LH0 A; 3R6N A; 2KGT A; 5I11 A; 2QQA A; 3JCM b; 3ME9 A; 3FC3 A; 1ZQ1 A; 4BY6 C; 1WXT A; 3DLM A; 4RMO A; 2EVR A; 1UJ0 A; 3H0F A; 5LJ5 g; 3CCQ Q; 1ZUY A; 2JMA A; 3DB3 A; 1FMV A; 4GBQ A; 3H8Z A; 3VS6 A; 1W2B P; 1WNL A; 2VGM A; 3VUB A; 4C0D B; 1QVG A; 4A54 A; 3LGL A; 1VYU A; 3E9G A; 2JUF A; 5CKD A; 3QKJ A; 1Q82 U; 5GAM e; 3G6E Q; 3O5Z A; 1OX9 A; 1S1N A; 4FSX A; 2RA2 A; 3EHR A; 2R57 A; 1WHK A; 4A4G A; 3IQL A; 4M77 C; 1Q81 U; 1N8R C; 3OB9 A; 4II1 A; 2DX1 A; 4HKE A; 2J6F A; 2QYZ A; 3JCM X; 2K3B A; 1G3T A; 4F7U E; 2CT3 A; 1X6B A; 4C8Q D; 2E1H A; 2EQK A; 3M0T A; 3CBO A; 4XQ3 A; 2RD1 A; 2CKK A; 1KFZ A; 4M7D E; 4PLI A; 4LXC A; 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