The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
101
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structure length |
101
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Chain Sequence |
MQFKVYTYKRESRYRLFVDVQSDIIDTPGRRMVIPLASARLLSDKVSRELYPVVHIGDESWRMMTTDMASVPVSVIGEEVADLSHRENDIKNAINLMFWGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of CcdB, a topoisomerase poison from E. coli.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
CCDB
|
| molecule tags |
Ccdb
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
28
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| structure length |
101
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| sequence length |
101
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-04-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01845 | CcdB | CcdB protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5CKE A; 3JSC A; 2MF2 A; 5CKB A; 5CKD A; 4ELY C; 1NE8 A; 5CCA A; 4VUB A; 2VUB A; 3JRZ A; 3NFC A; 4HKE A; 4MZT A; 1UB4 A; 5CKH A; 4MZM A; 2KMT A; 5CQX A; 5CO7 A; 5HK0 A; 5CK9 A; 1X75 C; 4ME7 A; 4MDX A; 5CQY A; 4ELZ C; 4MZP A; 3G7Z A; 5HKC A; 4OF1 A; 3VUB A; 3HPW A; 3TCJ A; 1M1F A; 5HK3 A; 1VUB A; 5CR2 A; 5DLO A; 2C06 A; 5CKF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2X4W A; 4ZGJ B; 5FRM A; 2D0Q B; 1M3A A; 3L2W A; 3E9G A; 1K9M R; 1W4S A; 2QEX Q; 3CCL A; 2XDB A; 5GMK l; 4PK4 A; 2EYY A; 2EIF A; 4PJO F; 2DAQ A; 2HL3 A; 1YJN A; 4HCK A; 3MP8 A; 4JJB A; 1VQ5 A; 1EX4 A; 4FYV B; 1K4U S; 3D7S B; 2YLC A; 2ATC B; 3HRT A; 4BI4 A; 4F16 A; 5FW9 A; 2LTO A; 2FZK B; 1KG1 A; 1G2B A; 4M7A D; 1M5Q 1; 3OS0 A; 3L42 A; 1VQK T; 3R6O A; 2EJG A; 5CQY A; 1EFN A; 2KGT A; 4MZP A; 4FCY A; 4DBH A; 2EQI A; 1IRX A; 5M9O A; 2WAC A; 2X4Y A; 3QJY A; 3RER A; 2GNC A; 2YUQ A; 3CCM Q; 2O2O A; 2LJ1 A; 1GCP A; 2DZ9 A; 4F7U B; 2NUT B; 2VXE A; 1WHJ A; 1GL5 A; 4A4F A; 4AFS C; 1H64 1; 2DRM A; 2BE9 B; 5LL6 S; 5LJ3 d; 2CSI A; 4ELZ C; 4Y28 E; 1X6G A; 2F2V A; 2A36 A; 2WSC E; 4BD3 A; 1N6A A; 2CUB A; 1W2B A; 4M7D C; 1YJW Q; 3JV3 A; 1D09 B; 1BK2 A; 2ZPH B; 1CKA A; 3M0Q A; 3M0S A; 1HD3 A; 3M53 A; 3GNF B; 4LE9 A; 2XI9 A; 1MV0 B; 2DF6 A; 2YT6 A; 1W2B S; 1GBQ A; 1VQM A; 1FMW A; 1LVK A; 3MKD A; 3CCR A; 4IUT A; 2XHC A; 1YJ9 A; 2E3I A; 1NYG A; 3A8L B; 3SWN A; 4XU0 A; 2KI7 A; 1WHM A; 1MV3 A; 2OAU A; 1WJQ A; 4ESR A; 1JBM A; 8AT1 B; 4X9D A; 1Y07 A; 3QKJ A; 4O5V A; 2X9H A; 4HVW A; 5GMK m; 1K9M C; 1KSW A; 4IUV A; 3ULR B; 3EG9 B; 2QEX T; 1UEC A; 4PJO E; 3CPW P; 3JCM d; 2RQR A; 4GBQ A; 2FEI A; 2E6N A; 4HXJ A; 2RA2 A; 1M27 C; 3JB9 I; 3CXC A; 3UA7 A; 2M0Y A; 4J83 A; 3QPH A; 3V7C A; 3PGG A; 1GBR A; 2JN0 A; 4PL6 A; 1I5O B; 4AFZ C; 4C8Q C; 4O6J A; 1GRI A; 2J6F A; 2XMF A; 2AT1 B; 4BAC A; 2VV5 A; 2EGE A; 2JW4 A; 1YI2 Q; 3M55 A; 2OAW A; 3G7Z A; 4ZGE B; 1QVF A; 4E7J A; 2DKG A; 5GAO p; 1WZO A; 2KRS A; 4KT0 E; 2EYX A; 4XTY A; 4M77 D; 4RKU E; 3WXM B; 4R0K A; 2PQW A; 4PJN A; 4X1V A; 4XU1 A; 5KCO A; 3JRZ A; 3A1P A; 1TTH B; 2DRK A; 5KYU A; 1QVG S; 3MEA A; 1G83 A; 3CCM T; 4KGZ B; 3CCJ Q; 1VQ4 Q; 7AT1 B; 4XTV A; 4B6M A; 4XU3 A; 5LJ5 e; 1QVP A; 2RK2 A; 4OMM A; 1I81 A; 2RJF A; 2QYZ A; 5ECA A; 2OTL A; 2JXB A; 2EQU A; 3M58 A; 1Y0M A; 1FYN A; 3OW2 P; 1RUW A; 4M7D B; 3MEV A; 3OBW A; 1V76 A; 4DOW A; 4A4G A; 2RI5 A; 2DM1 A; 2NUZ A; 1M90 R; 2ESW A; 2X3W D; 1PRM C; 2QA4 Q; 1G8X A; 5CKB A; 1WXT A; 2EAY A; 4HVV A; 2HSE B; 1KHI A; 2K5F A; 5FWB A; 3G4S A; 1G3W A; 1ZUY A; 3QUI A; 3G71 Q; 2J06 A; 3CMA T; 1SSH A; 2DO3 A; 2DVJ A; 2JS2 A; 3H8Z A; 4UC4 A; 4YTL A; 1VQ6 T; 3TCJ A; 3NGP A; 2LC4 A; 5J39 A; 2B8A A; 4E7H A; 2E5Q A; 2K6D A; 2EKO A; 1SSF A; 1WPY A; 4PLL A; 2BUD A; 4ZNX A; 2VWF A; 1WXB A; 3HFO A; 4Z88 A; 2RK1 A; 3VS1 A; 4MZM A; 1D0Z A; 5CK9 A; 2K4Y A; 1U06 A; 1M1K U; 2LCL A; 4NS5 A; 2LQ8 A; 3I35 A; 3MEU A; 2GTO A; 2VAS A; 4J9D A; 4KGX B; 4BDY A; 1ACM B; 4C8Q B; 2CZ6 B; 1YIT T; 1YI2 T; 2MF2 A; 2YUP A; 4PLI A; 3QG1 A; 4RMO A; 2QQ9 A; 1X2K A; 3IQL A; 1D3B A; 8ATC B; 2OTJ A; 1WHG A; 2DJQ A; 3CCE T; 2HKQ B; 4X34 A; 4C8Q G; 2XDP A; 4QVZ A; 1GFC A; 4QQ6 A; 6AT1 B; 2CP5 A; 4R55 A; 2PZ1 A; 4AG2 C; 5DLQ E; 1JJ2 A; 4C92 C; 3TRE A; 1PD0 A; 2KQW A; 1LNX A; 1UG1 A; 2EWN A; 3CCJ T; 3EAE A; 4M78 F; 3PMT A; 1EZZ B; 2OI3 A; 1Q95 G; 4C0F A; 2ED1 A; 3TSZ A; 2P84 A; 3RBB B; 5GAN d; 5I22 A; 1KIK A; 3KBG A; 2EW3 A; 4HVU A; 2D6F A; 4E47 A; 2KNB B; 2LP5 A; 1M3C A; 3CD6 Q; 2VVK A; 1X6O A; 2AHJ B; 1M90 C; 2CZ7 B; 4PJL A; 4F7U F; 5LJ5 h; 4CRI A; 5LJ5 g; 3KXT A; 3O5Z A; 2XD0 A; 1HSQ A; 1YFN A; 2FZC B; 4BI8 B; 1IGU A; 3G71 T; 5LJ3 h; 3VJP A; 4PJO A; 2EKH A; 5LJ3 g; 1S72 A; 2PUK B; 4KUI A; 2DET A; 1B34 B; 2QAS A; 2VYT A; 2DMO A; 2KRO A; 1IRE B; 3UT1 A; 3QDR B; 3NHN A; 2KT8 A; 1YCS B; 3VS4 A; 5IXB A; 5CKH A; 1PKS A; 2E4H A; 2I0N A; 1OPL A; 4MDW A; 3EH1 A; 5KYX A; 1C1A A; 1T0H A; 3JB9 F; 1VQP A; 4ZGD B; 3DKM A; 2CSQ A; 1N8R U; 4BY6 C; 1OV3 A; 1HXD A; 4FSS A; 4N0A C; 3G6E Q; 1IZ6 A; 2EFI A; 4GY5 A; 1K73 R; 4DQ2 A; 5FU6 C; 2E5K A; 4JZ4 A; 1V1C A; 4PFZ A; 3GPL A; 1MUZ A; 3CC4 Q; 4M75 F; 3CME A; 1BI3 A; 3ASK A; 1X69 A; 1W70 A; 2L3R A; 5CAI A; 3SDZ A; 1IHW A; 1VUB A; 5IHN A; 3M0T A; 3EFO A; 3REB B; 2E10 A; 1OI1 A; 2KE9 A; 3JCM h; 4JRQ A; 3JCM g; 1WHK A; 5I21 A; 5LJ3 j; 3CCV T; 2LZ6 B; 1VQO A; 1K73 U; 4CC2 A; 3X24 B; 4ZN3 A; 1NG2 A; 1TU0 B; 2DYI A; 3AT1 B; 2X51 A; 2NUP A; 4LUE A; 1RAG B; 4M77 C; 3OBY A; 3CBM A; 4D8D A; 4C92 B; 3M54 A; 1VQ8 A; 5A0L A; 3OYG A; 1VQ5 Q; 5IXF A; 3M5A A; 4L5G A; 2K2M A; 2CP7 A; 1LPL A; 3OYK A; 1XOV A; 4M7A G; 4QKU A; 2H8H A; 1PHT A; 4J6X A; 1BI1 A; 3M57 A; 4KGV B; 2X35 A; 4E2F B; 1UHC A; 2LQK A; 2LVM A; 4F7U E; 2DL5 A; 2O4X A; 3GBQ A; 2RHX A; 1V29 B; 2BZ8 A; 3TSW A; 2HQX A; 1OU8 A; 2V8K A; 3L1A A; 2PVG B; 4JRI A; 3M4Y A; 3CC2 A; 4OMO A; 1FXX A; 5CIU A; 3OS1 A; 1I4K 1; 1KFZ A; 2DL4 A; 2LT1 A; 2V1R A; 1QKX A; 3PVL A; 1VQ7 A; 4Q5W A; 1SHG A; 2FZG B; 3P8B B; 3DB3 A; 4NOY A; 3JCM W; 1PWT A; 3GF5 A; 1FX7 A; 4OB0 B; 1VQL Q; 4FW2 A; 1VQK Q; 4J5Y A; 4EMG A; 1U8R A; 3X20 B; 2O01 E; 4LDX A; 2FRW A; 3BDL A; 1WFW A; 1C6V X; 3FIF A; 1M30 A; 9ATC B; 4EPC A; 3G6E T; 1FWZ A; 4BY6 B; 1K73 C; 3KFV A; 4OMQ A; 1JRI A; 4D8K A; 5HK3 A; 1B07 A; 1VYU A; 1AWJ A; 3CCU A; 5FRO A; 1YCY A; 4PJO D; 3CC4 T; 1WJS A; 1UJY A; 3MJX A; 5C6S A; 1PM3 A; 5FU6 B; 4IUQ A; 2ZZD A; 1IHV A; 4VUB A; 3CC7 Q; 2XK0 A; 3JCM J; 3EGD B; 4FIB A; 3A8H B; 4EIK A; 1WX6 A; 2RQU A; 1BU1 A; 4RG2 A; 4OMP A; 5GJV B; 2IPO B; 1WXU A; 1IXD A; 2H3J A; 2KDS A; 2F2W A; 2F69 A; 1WQW A; 4BB7 A; 2RHI A; 2QAZ A; 5EG2 A; 2J6O A; 1Y71 A; 3VS5 A; 4M77 B; 5IHK A; 3GOX A; 1VQ5 T; 3M56 A; 1UUE A; 1M3B A; 1NLP C; 1CKB A; 4IIM A; 4A63 B; 2QTV A; 3AHU A; 2ZCF B; 1KQS P; 3E9F A; 2E1H A; 5GAO q; 1NJI R; 1VQN A; 2D8J A; 5GAN 8; 2L2P A; 1YIJ Q; 2LJ3 A; 4Z89 A; 2MWO A; 1K9A A; 3EGX B; 3LX7 A; 5GAN 3; 2RH2 A; 1WHH A; 2AK5 A; 2QK0 A; 2CH4 A; 4Z02 A; 1XTD A; 5CQX A; 1T3S A; 1MND A; 4AMC A; 3X26 B; 3CBO A; 4ATO A; 5LJ5 f; 3EFS A; 4M7D E; 4E7I A; 1Y96 B; 2EGC A; 2K3Y A; 5GAN h; 5GAN g; 2P0Q A; 3L2R A; 3V7R A; 1NYF A; 1SPK A; 5LJ3 f; 1K9M U; 3OYF A; 1M1G A; 1IB8 A; 4A4H A; 3CPW A; 2QG9 B; 2KRN A; 4FU6 A; 1VQL T; 3BW1 A; 1TH7 A; 3M4G A; 1UDL A; 5KYW B; 2FHD A; 4V2S A; 3OQ5 A; 3UA6 A; 1OZ3 A; 1D0Y A; 4NL2 A; 2PUO B; 2CYZ B; 2QGF B; 3CPW S; 3M0P A; 1ZSZ A; 4J9C A; 2ZPF B; 1WA7 A; 1YJ9 T; 2DK3 A; 4M78 A; 2Z0W A; 1H8K A; 3CC7 T; 3OYY A; 1UJ0 A; 2O31 A; 1QCO A; 1YP5 A; 3CCS Q; 2M9U A; 1QWF A; 2YLB A; 4PKC C; 3OYH A; 1QKW A; 3TU4 K; 4IKF A; 3HSB A; 1HK9 A; 1M2V B; 1OU9 A; 4C8Q E; 4ZTF A; 2DXB A; 5GAN j; 3H0H A; 3JCM f; 5HK0 A; 3QZ9 B; 3EHQ A; 1HYO A; 1I5L A; 4OMN A; 4F7U A; 1RLP C; 2NUT A; 2EYQ A; 1R8O B; 1IGQ A; 3OW2 A; 2LDM A; 1VOM A; 3CMA Q; 3QJ6 A; 5A0G A; 2KT1 A; 2WSF E; 2W10 A; 1NJI C; 2A08 A; 2COZ A; 2DZC A; 1VQ6 Q; 4J6W A; 3OYC A; 2HMA A; 2LQN A; 4C0D C; 4KBM B; 1YIJ T; 2FPD A; 1RAA B; 2DE0 X; 5CVI A; 2L8D A; 3FLG A; 1KQ2 A; 5KYY B; 2GTJ A; 2HQE A; 4C92 F; 3H0F A; 3OW2 S; 1QP2 A; 3BY7 A; 4XTX A; 1Q82 C; 2DNU A; 3UWN A; 4EDU A; 2K3B A; 3SB2 A; 1Y7X A; 2BTT A; 3OYN A; 2MYS A; 5CO7 A; 2RMO A; 3FJP A; 4XTU A; 1YIT Q; 3LWH A; 2G6F X; 1WIE A; 2GQI A; 3OYJ A; 4A53 A; 4RTV A; 5KE3 A; 2FYK A; 3BE3 A; 2CS7 A; 3I55 A; 3CXC S; 1H92 A; 4M75 A; 3I5R A; 4M75 G; 5IAY A; 4JLG A; 2RQW A; 5KYU B; 4HCZ A; 4QQD A; 5KE2 A; 3L2V A; 3CCE Q; 4OB2 B; 2ROT A; 4RG8 A; 2ROL A; 1QVF S; 2VB6 A; 5GAN 5; 5GMK j; 2EYW A; 1YWO A; 2DTI A; 1VQ9 A; 3OY9 A; 3SHW A; 3JCM b; 5CKF A; 4J8O A; 1RAB B; 3RMQ A; 2BIV A; 1W2B P; 2QXF A; 1S72 Q; 1OQK A; 2DIQ A; 4OGC A; 3ZBD A; 1RAH B; 4K11 A; 4CC4 B; 3JCM Q; 2HZY A; 1X2Q A; 3CCS T; 2QGG A; 5L8R E; 3QWY A; 1S1N A; 5LJ3 e; 3RKX A; 3VUZ A; 3V8L A; 2DXC A; 2MIO A; 1OX9 A; 2NYS A; 1N27 A; 1AZE A; 4JRP A; 2PVO B; 2K5L A; 1N9R A; 1BCM A; 2ABL A; 1QP3 A; 1BYM A; 5IH2 A; 2F2X A; 2ZPI B; 4HT9 A; 2RF0 A; 1WI7 A; 2COW A; 3A8O B; 2B86 A; 1T0J A; 3FB9 A; 4AFQ C; 3QBY A; 3CCQ Q; 2AIR B; 4JLI A; 2VXF A; 3NPF A; 4OP0 A; 2K7A A; 1YHQ Q; 4M78 D; 4PNO A; 5DLO A; 1M90 U; 3CCM A; 2A0F B; 3RKY A; 5D6Y A; 4C92 E; 2L3Q A; 3GP8 A; 3VS0 A; 2OTJ T; 1SKU B; 2MPX C; 2A7Y A; 4C0D B; 2PVD B; 5A0D A; 3ZFJ A; 1BCO A; 1YN8 A; 5D6X A; 4M77 F; 3QYG B; 1NBE B; 1KJW A; 4MDX A; 3C0C A; 1SF9 A; 1U5S A; 4RTZ A; 5HKC A; 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2QQB A; 1VQ4 A; 4BE1 A; 2XIC A; 4M77 E; 4XTZ A; 4J9E A; 4IUP A; 1T3L A; 2AKL A; 2V1Q A; 1VQO T; 3WVD B; 5AT1 B; 2D8H A; 2RB6 A; 4RUG A; 3VKI A; 3H0I A; 1PRL C; 2R5M A; 4N4G A; 1BKB A; 1TUC A; 2L89 A; 2RJE A; 4C5H A; 1JB0 E; 1VQ8 T; 1UB4 A; 2HKN A; 3FJ5 A; 1WDX A; 2MAM A; 1PSF A; 4DEY A; 3PIO A; 2QA4 A; 1G3T A; 1E6G A; 1Q7Y C; 2C06 A; 1X27 A; 4N4I A; 1UE9 A; 1K0S A; 1Y57 A; 3G71 A; 1AWO A; 2F1L A; 3TQ7 P; 3LWI A; 2HCK A; 1QW1 A; 5FWC A; 2ED0 A; 5GJW B; 2KMT A; 3CCL Q; 4Y91 A; 4FT4 A; 4M7A B; 3E2U A; 3HRS A; 4JJC A; 4C0G A; 1YJN Q; 1I0C A; 3CC2 T; 3EG0 A; 3RR6 A; 2X3X D; 2DBK A; 1VQ7 T; 3PFS A; 2O4X B; 3THK A; 1ZHI A; 2HL5 C; 2O88 A; 4DOV A; 2HSP A; 2EQK A; 1NPP A; 4RTY A; 1AVZ C; 3MP6 A; 5GAN e; 1K8A C; 3S6W A; 3A8G B; 2DD5 A; 2YSQ A; 4EMK A; 3I56 A; 2JTE A; 4N4H A; 2KAF A; 1B3Q A; 2KYB A; 2PTK A; 4LDW A; 3HL8 A; 3HTR A; 3MEW A; 2X4X A; 4C92 A; 5D6W A; 2DX1 A; 3VV0 A; 1KQS A; 3JCM P; 2DL7 A; 1K76 A; 3CCU T; 1AEY A; 4M7D F; 2KEA A; 4E7L A; 4Z8A A; 1OX8 A; 2LJ0 A; 2EVR A; 2AZV A; 4F14 A; 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