The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
62
|
structure length |
62
|
Chain Sequence |
VTLFVALYDYEARPNRPLDLSFHKGEKFQILNWWHVRGDWWEARSLTTGETGYIPSNYVAPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
BETA-SECRETASE 2
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
11
|
| structure length |
62
|
| sequence length |
62
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-01-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4EIK A; 1U3O A; 2VWF A; 2X3W D; 1GCQ A; 1GCP A; 1GL5 A; 1NG2 A; 2RNA A; 2ENM A; 2YUP A; 3NMZ C; 5IXB A; 2L3P A; 1ZUY A; 2CSQ A; 4RTZ A; 5EC7 A; 1B07 A; 2B86 A; 2GNC A; 4R0K A; 2CH4 A; 2DL5 A; 1NYG A; 1RLP C; 4RTU A; 1E6H A; 1A0N B; 2JMC A; 5L23 A; 2G6F X; 2LZ6 B; 2DIL A; 2RQW A; 1AWO A; 1IO6 A; 2J06 A; 2KYM A; 5FW9 A; 5GJW B; 4RTV A; 1CSK A; 3H41 A; 1X6B A; 4Z89 A; 3TVT A; 2EBP A; 2L2P A; 1AWX A; 5IHK A; 2ESW A; 2C0T A; 1NM7 A; 1ZUU A; 2RQV A; 4D8D A; 1X2Q A; 1WDX A; 2BZ8 A; 1G2B A; 3I5S A; 2NWM A; 2JS2 A; 2KE9 A; 3SHW A; 3TSW A; 2KNB B; 1QCF A; 3EG0 A; 1QWF A; 1GCQ C; 4DEX A; 2V1R A; 1JO8 A; 1LCK A; 4CC4 B; 4E6R A; 1AZE A; 4LUE A; 3TSZ A; 2JT4 A; 2C0I A; 2D8J A; 1KJW A; 1SHG A; 2KEA A; 2RQU A; 1AWJ A; 3REB B; 3M0U A; 2VKN A; 2A28 A; 1K1Z A; 1PNJ A; 4AFZ C; 1OEB A; 1H3H A; 1PWT A; 3VRZ A; 1WFW A; 2K2M A; 1I0C A; 2DVJ A; 2KT1 A; 3A98 A; 2P4R A; 3VS4 A; 1WX6 A; 1TUD A; 2HCK A; 1HJD A; 2KYB A; 1SEM A; 1OPK A; 4RTY A; 3FJ5 A; 2LQW A; 1PHT A; 1RUW A; 2LMJ A; 1JXM A; 3GBQ A; 2O2O A; 1GFD A; 2DMO A; 1NLO C; 2FEI A; 4OML A; 1YNZ A; 4OMO A; 2D0N A; 2DLP A; 2DBM A; 2RN8 A; 2RQT A; 1UDL A; 4AG2 C; 3SEM A; 2L3S A; 4J9F A; 1K9A A; 4LN2 A; 4A63 B; 3UA7 A; 2HEQ A; 1T3S A; 3VS5 A; 1WA7 A; 2AK5 A; 1H92 A; 3VS3 A; 1GBR A; 2ROT A; 2D1X A; 2DL7 A; 2KRS A; 4JZ3 A; 1V1C A; 2EYY A; 1YWO A; 4OMN A; 1T0J A; 2RF0 A; 1W6X A; 1YCS B; 4Y92 A; 2DA9 A; 2O88 A; 2K9G A; 1E6G A; 3O5Z A; 1ARK A; 2EKH A; 4OMP A; 3RBB B; 3LH5 A; 2YUN A; 4FSS A; 2O9V A; 2HDA A; 3H0F A; 2KR3 A; 5ECA A; 2RMO A; 1KIK A; 2FPD A; 1S1N A; 2MIO A; 3I35 A; 1UJY A; 4WCI A; 2X3X D; 1UHF A; 2ABL A; 4KRT A; 4X1V A; 2GGR A; 2EGA A; 2RPN A; 1M27 C; 4GBQ A; 4J9D A; 2HBW A; 4CC2 A; 3QWX X; 2NUZ A; 2CH4 W; 2KRN A; 2W0Z A; 2FG0 A; 5FWC A; 1JEG A; 2D8H A; 1SHF A; 1E7O A; 1WYX A; 4DEY A; 1YP5 A; 2OAW A; 1UE9 A; 2EPD A; 2CSI A; 1SPK A; 2PNI A; 3EGU A; 3I5R A; 3M0R A; 2K79 A; 1VA7 A; 5IHN A; 1ZUK A; 1ZX6 A; 4J9C A; 1ZBJ A; 2F2X A; 2V1Q A; 1U5S A; 4CC3 A; 2O9S A; 2A37 A; 2KRO A; 1OPL A; 3EHR A; 4RTT A; 3VS6 A; 3VS0 A; 3ULR B; 1WXU A; 2KT8 A; 4ZNX A; 3H0H A; 2MCN A; 1WIE A; 2EYX A; 1NEB A; 2JXB A; 4HCK A; 4Z88 A; 1I1J A; 1UFF A; 2EYW A; 1UG1 A; 2BTT A; 4F17 A; 2KBT A; 1PKS A; 1SSH A; 1UUE A; 3M0P A; 4F16 A; 2J7I A; 1QKX A; 1CKA A; 5IXF A; 4IIM A; 5GJV B; 1NEG A; 1ABQ A; 2PTK A; 1K4U S; 5HCK A; 1ZLM A; 2BZY A; 2EYZ A; 3NHN A; 1K0X A; 2ROL A; 1M3B A; 2LP5 A; 2AZV A; 1X27 A; 1MUZ A; 1SRL A; 1TUC A; 2M51 A; 2DL4 A; 4LNP A; 3C0C A; 1GRI A; 2K7A A; 2EQI A; 2JTE A; 2QDL A; 1PKT A; 1ABO A; 4OMQ A; 2YSQ A; 1WI7 A; 3VRY A; 4F14 A; 2FRY A; 2YDL A; 1WLP B; 1AZG B; 4JJB A; 3UAT A; 5FWB A; 4HVU A; 1X69 A; 2CUD A; 2J6K A; 3EG3 A; 1M8M A; 2K6D A; 1RI9 A; 1WXB A; 2JMA A; 4AG1 C; 2A36 A; 2A08 A; 1BK2 A; 1FMK A; 2DYB A; 2J05 A; 1AOJ A; 1OOT A; 1NLP C; 1PRM C; 2GQI A; 1VYV A; 1WXT A; 2YUQ A; 2J6F A; 1UTI A; 1UGV A; 2M0Y A; 2OI3 A; 3H0I A; 1X2K A; 3IQL A; 3CQT A; 3RNJ A; 2DRK A; 3THK A; 2DL3 A; 4JJC A; 4RTW A; 2DBK A; 2KGT A; 3PVQ A; 2FPF A; 2KXC A; 3U23 A; 1VYT A; 1RLQ C; 1M30 A; 1W1F A; 3I9Q A; 2RQR A; 2SRC A; 1FYN A; 3M0T A; 2BZX A; 2VVK A; 2DE0 X; 3NGP A; 2ED0 A; 2I0N A; 3PE0 A; 2KRM A; 1GFC A; 2E5K A; 2F2V A; 1Z9Q A; 2LNH B; 1K0S A; 4JJD A; 2DM1 A; 4K11 A; 2F2W A; 2DF6 A; 1Z9Z A; 4J9G A; 1QKW A; 1MV3 A; 1AWW A; 2EVR A; 4HVW A; 2IIM A; 4LUD A; 3KFV A; 4ESR A; 1X6G A; 2H8H A; 1HD3 A; 3PVL A; 4GLM A; 3ZL7 C; 1EFN A; 1VYU A; 3EHQ A; 5I11 A; 2JW4 A; 2PZ1 A; 2DX1 A; 3M0Q A; 1BU1 A; 1KSW A; 2ED1 A; 2DRM A; 2GTO A; 1M3A A; 1T3L A; 2EW3 A; 2LQN A; 4HXJ A; 2LJ1 A; 2EGE A; 1JQQ A; 3VS7 A; 2AKK A; 3QWY A; 2L0A A; 1Y0M A; 2J6O A; 2OJ2 A; 1YN8 A; 2ECZ A; 4LE9 A; 1SRM A; 4D8K A; 2CRE A; 1BBZ A; 2JS0 A; 4CC7 A; 2CDT A; 3NPF A; 1GBQ A; 2LJ0 A; 1NYF A; 1QLY A; 1I07 A; 2CUB A; 2JM8 A; 1T0H A; 2CT3 A; 3JV3 A; 1OV3 A; 2FO0 A; 2FPE A; 2K3B A; 1Y57 A; 3VS2 A; 1UEC A; 1TG0 A; 1N5Z A; 1M3C A; 1MV0 B; 1UJ0 A; 2W10 A; 4IIO A; 1U06 A; 1W70 A; 4RTX A; 2DL8 A; 2LX7 A; 2YUO A; 1J3T A; 4RUG A; 1HSQ A; 4AFU C; 1K76 A; 2XMF A; 2EGC A; 3EG2 A; 1BB9 A; 2O31 A; 4QT7 A; 4J9I A; 5IH2 A; 1CKB A; 3VS1 A; 1AEY A; 2KXD A; 1H8K A; 1AVZ C; 3M0S A; 2MOX A; 2C0O A; 1JXO A; 2FRW A; 2GBQ A; 1KFZ A; 4Z8A A; 2CT4 A; 2DNU A; 4J9B A; 2SEM A; 1G83 A; 1YWP A; 2AKL A; 2YT6 A; 3UA6 A; 3R6N A; 1XOV A; 5I22 A; 4JPB W; 2HSP A; 2LCS A; 4ORZ A; 1JU5 C; 4HVV A; 4M4Z A; 4JZ4 A; 1PRL C; 5IHI A; 2GTJ A; 1ZSG A; 1UHC A; 1AD5 A; 4J9H A; 4AFQ C; 1QWE A; 1B3Q A; 2LJ3 A; 3UF4 A; 4AFS C; 2AZS A; 4OMM A; 2L3Q A; 1X43 A; 4J9E A; 2DJQ A; 2JM9 A; 3EG1 A; 3REA B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1M90 R; 2K5L A; 1D3B A; 3L2W A; 2EJ9 A; 2NUT B; 1GL5 A; 4JRI A; 3MEA A; 1NG2 A; 3CCV T; 1K8A R; 4RTZ A; 4XTY A; 2GNC A; 3UT1 A; 4R0K A; 2CH4 A; 2ZPF B; 3INZ A; 2CGH A; 5CKD A; 1NYG A; 1RLP C; 3EFO A; 4IUU A; 1E6H A; 1QVF P; 5L23 A; 1R77 A; 2DIL A; 5FRN A; 5FU7 C; 2KYM A; 3HHT B; 5KE2 A; 2VV5 A; 4N4H A; 3TVT A; 3BFM A; 1RAA B; 3G1J A; 2GF7 A; 2ESW A; 4M78 F; 3OW2 A; 1NM7 A; 1ZUU A; 2CP5 A; 2FZK B; 5C6S A; 1WJS A; 3QDF A; 2QEX T; 1X2Q A; 2BZ8 A; 2ATC B; 1EZZ B; 3SHW A; 3TSW A; 1YHQ Q; 4AT1 B; 1I4K 1; 4M78 A; 4DEX A; 2V1R A; 1MGQ A; 4E6R A; 3JCM X; 1AZE A; 3OS0 A; 2D8J A; 5GAO q; 1VQN A; 2QAS A; 4ZTF A; 2KEA A; 2RQU A; 3CCL T; 1K1Z A; 1PNJ A; 1H3H A; 4C5G A; 2K2M A; 5DY9 A; 3P8H A; 2P4R A; 3VS4 A; 4F7U E; 2QGG A; 2LQW A; 1YIT A; 4Y91 A; 1JXM A; 2YLB A; 4DOV A; 4PK4 A; 1BI0 A; 2HD0 A; 1GFD A; 4J7I A; 2P0K A; 4E7H A; 3S3O A; 4C0F A; 1YNZ A; 1Y96 B; 5D6W A; 3CC2 Q; 4RKU E; 3CBO A; 3QYG B; 2LNV A; 2RQT A; 3ZBD A; 1WHJ A; 4M78 C; 2D0Q B; 1T3S A; 3VS5 A; 1WA7 A; 2E3I A; 2I2L A; 2PU9 B; 2FZC B; 4M77 G; 3L42 A; 2EWN A; 2KRS A; 2MI6 A; 1V1C A; 1LJO A; 2EYY A; 1VIE A; 1YWO A; 3QSU A; 4OMN A; 1T0J A; 2RF0 A; 3RER A; 4BI4 A; 3LWH A; 3S3N A; 3E9G A; 3LH5 A; 4OGE A; 4FSS A; 2KR3 A; 3CXC S; 2K57 A; 2A7Y A; 2KI7 A; 1N8R R; 3I35 A; 1VQ5 A; 2R5M A; 1RAI B; 2BE7 D; 3QXE B; 4PJM A; 5DLQ E; 4HA8 A; 2GGR A; 2EGA A; 1M90 U; 1VQN T; 2X9H A; 5GAN 2; 3PTA A; 3HKS A; 3QWX X; 2NUZ A; 4PNO A; 4PKC C; 1K8A U; 1G3W A; 3S3M A; 4X34 A; 2W0Z A; 3OMG A; 5GAN 5; 4KBM B; 3PT9 A; 2CP2 A; 2YRV A; 1YP5 A; 3LX7 A; 1YIT T; 1UGS B; 4M75 F; 2VC8 A; 4RCB A; 5KCO A; 1VA7 A; 1IZ6 A; 5LJ5 g; 4PLI A; 4EMH A; 2D6F A; 4E47 A; 4GLK A; 3ASK A; 3FLG A; 3MPU B; 3VS6 A; 2E64 A; 4M75 A; 4Z88 A; 4EMK B; 3A8H B; 1I1J A; 1IHV A; 4IUR A; 4XU1 A; 5LJ3 g; 1QKX A; 1W2B A; 3OMC A; 4IIM A; 5GJV B; 3JCM d; 5IAY A; 1XNI A; 4E7I A; 1K4U S; 2K4Y A; 5GAN 6; 5AT1 B; 2EQM A; 1M3B A; 3MKD A; 2AZV A; 4HT9 A; 3HFO A; 4ATO A; 3DLM A; 1BYM A; 3CC7 Q; 4JRP A; 5FU7 B; 3OYM A; 4XTX A; 1VQ5 T; 3QDR B; 2A3L A; 4A4E A; 5CCA A; 2RK1 A; 2JTE A; 4OMF B; 3UPU A; 3SB2 A; 1WI7 A; 3VRY A; 3CCJ A; 4OP0 A; 1YI2 A; 3CCR A; 2Y90 A; 2YDL A; 1KD1 R; 1AZG B; 1M90 C; 3UAT A; 1QVG A; 1YFN A; 2H3J A; 1R0C B; 3JB9 J; 3JB9 H; 1K8A C; 4C92 E; 1M8M A; 2QXF A; 1Q7Y R; 1WXB A; 1YJ9 Q; 4AG1 C; 3FB9 A; 2A08 A; 4JRQ A; 3A8G B; 2DIG A; 1BK2 A; 2RI5 A; 2J05 A; 4OB1 B; 1TWB A; 1RAG B; 4IUV A; 1VQM A; 3CCM Q; 3OW2 S; 2FHD A; 1UGR B; 2M02 A; 1KC8 U; 1UTI A; 4J6X A; 3VV0 A; 5GAM d; 1TTH B; 3BDU A; 3CXC P; 2LQK A; 5LJ5 h; 2ZPG B; 4M77 C; 2KGT A; 3AHU A; 3PVQ A; 2KXC A; 1LVK A; 3P8B B; 1VQL A; 4ZGD B; 4C8Q F; 4XQ3 A; 2FVU A; 1M30 A; 4DBQ A; 4N4I A; 3M0T A; 3V7S A; 2EIF A; 2A0F B; 2M9U A; 2X4Y A; 2I0N A; 4OGC A; 2KRM A; 2F2V A; 5D6Y A; 3OYF A; 1YJW A; 2DM1 A; 4C8Q A; 4KH0 B; 5LJ3 h; 3T9N A; 3NFC A; 1G5V A; 3CCV Q; 2EVR A; 4HVW A; 1X6G A; 5A2Q E; 1HD3 A; 4GLM A; 5FLX E; 1VYU A; 3EHQ A; 4QVC A; 2JW4 A; 4RG2 A; 4MZP A; 1YI2 T; 5HK0 A; 2ZZD A; 2NUT A; 1G3Y A; 1KSW A; 1M3A A; 2LQN A; 2M16 A; 2XID A; 5A0G A; 2V8K A; 3JCM V; 2DEQ A; 2JTM A; 2WAC A; 1AHJ B; 4HXJ A; 3I55 A; 3QWY A; 2L0A A; 3LLR A; 1YN8 A; 4KUL A; 1BBZ A; 4CC7 A; 5GAM e; 2RI2 A; 2CDT A; 1I8F A; 4PJO C; 4HCC A; 2QTV A; 5GMK i; 2XU8 A; 4HCB A; 4A53 A; 3HRS A; 2C06 A; 3JV3 A; 1WNL A; 5LJ5 j; 3GLX A; 4C8Q C; 1VQM T; 1UEC A; 1TG0 A; 4IUT A; 1UGQ B; 1KC8 C; 4E2F B; 5DLO A; 5KH6 A; 4J6W A; 1I5O B; 2ZPB B; 1MMD A; 2O31 A; 4QT7 A; 1CKB A; 4XTZ A; 1RAB B; 4M75 E; 5LJ3 j; 2QQS A; 2CP7 A; 3OYE A; 2E5Q A; 1AVZ C; 1KFZ A; 1WHH A; 2DNU A; 1YJW T; 1JB0 E; 3CD6 A; 1YIJ T; 3V8K A; 2AKL A; 2YT6 A; 2F5T X; 3QUI A; 4O5V A; 4A54 A; 2LT4 A; 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2QDY B; 4HCZ A; 4EMK A; 2LMJ A; 3GBQ A; 4J6Y A; 2QQ9 A; 2OTJ Q; 5LJ5 e; 2HL5 C; 2FEI A; 1F1B B; 2ZGW A; 4C92 G; 2DXT A; 2RN8 A; 1KHC A; 8ATC B; 3OYK A; 7AT1 B; 2DD5 A; 4J9F A; 1QMC A; 3UA7 A; 1VQ5 Q; 3C94 A; 2O4X B; 4C5H A; 2D9T A; 5KE3 A; 1WJQ A; 2ROT A; 5LJ3 e; 2HAX A; 3CCS T; 3L2Q A; 4PJO B; 2QQB A; 3DB3 A; 3CPF A; 1Q81 U; 3OBY A; 4N0A C; 2R57 A; 5GAN h; 2HKN A; 2DFU A; 1VQ4 A; 3SDZ A; 1VQ7 Q; 3O5Z A; 4OB3 B; 5GAM f; 3QG1 A; 4QW2 A; 5CQY A; 5J26 A; 4DBR A; 4OMP A; 2Y4Y A; 1VQ6 A; 2O9V A; 2LDM A; 2MPX C; 5ECA A; 2KVQ G; 5KYU B; 1JRI A; 3JRZ A; 1N9S A; 2ZAE A; 1M9S A; 2RA2 A; 1VQK A; 4DOW A; 3ER0 A; 4OB0 B; 4M7A C; 4A4G A; 4KRT A; 1W2B P; 1R0B G; 1M27 C; 1OX9 A; 3JSC A; 4BDZ A; 3E9F A; 2HBW A; 3G4S A; 2KRN A; 3OYB A; 4KH1 B; 4D6W A; 2K5F A; 1QW1 A; 3HSB A; 3OYG A; 1WYX A; 1EIF A; 3KUF A; 4DEY A; 3RKW A; 2EKO A; 2DTO A; 2CSI A; 4R55 A; 3AT1 B; 2K79 A; 3ZFJ A; 1SG5 A; 1AT1 B; 4J9C A; 2F2X A; 1IB8 A; 1QP2 A; 1U5S A; 4CC3 A; 1N6A A; 3O8V A; 5L8R E; 2O9S A; 2KRO A; 3HPW A; 1OPL A; 4KGZ B; 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