The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
64
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structure length |
64
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Chain Sequence |
PLDQPSCKALYDFEPENDGELGFREGDLITLTNQIDENWYEGMLHGQSGFFPLSYVQVLVPLPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the SH3 domain of rat endophilin A2
rcsb |
| molecule tags |
Endocytosis
|
| source organism |
Rattus norvegicus
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| molecule keywords |
Endophilin-A2
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| total genus |
11
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| structure length |
64
|
| sequence length |
64
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-01-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EKH A; 2IIM A; 1W70 A; 2RQT A; 5L23 A; 1X2K A; 3ULR B; 2EPD A; 2LQN A; 1ZX6 A; 3LH5 A; 2DL8 A; 5GJV B; 2JT4 A; 4ZNX A; 1KFZ A; 1JXO A; 5FWC A; 3GBQ A; 2P4R A; 1G83 A; 2K7A A; 2YUQ A; 4K11 A; 1K0X A; 1X27 A; 3RNJ A; 2L2P A; 2KBT A; 3VS5 A; 3SHW A; 2SRC A; 4AFS C; 2VWF A; 1RLQ C; 1ZLM A; 2LX7 A; 1PRM C; 3O5Z A; 4WCI A; 2EYY A; 3NPF A; 4Z88 A; 2OAW A; 1AZE A; 2J6O A; 1T0H A; 2J05 A; 2EYZ A; 1GFD A; 2A37 A; 2ENM A; 2F2W A; 2KEA A; 2KRM A; 4RTV A; 5IHI A; 2G6F X; 5IXB A; 4J9F A; 1UUE A; 2RQV A; 2KT8 A; 2B86 A; 1OPK A; 2EYX A; 4FSS A; 1TUD A; 2OI3 A; 3NHN A; 2A08 A; 2CDT A; 2CH4 A; 1LCK A; 1ZBJ A; 2LCS A; 1SHF A; 2YDL A; 4LUE A; 3M0U A; 2KR3 A; 1CKA A; 2X3X D; 1GCQ A; 1GFC A; 1A0N B; 1NEB A; 3JV3 A; 1CSK A; 1AWO A; 2DIL A; 4RTU A; 2BZX A; 3IQL A; 1VYU A; 3VRZ A; 2YUP A; 1BK2 A; 4LUD A; 1Y0M A; 3CQT A; 1QCF A; 2J6K A; 2PTK A; 1QWF A; 1AWJ A; 4KRT A; 1N5Z A; 2AK5 A; 2BZY A; 3FJ5 A; 3EG0 A; 2L3P A; 3EG1 A; 2JM9 A; 1AZG B; 2DRM A; 1KIK A; 4OMQ A; 1PHT A; 2KT1 A; 3REA B; 2AKL A; 4RUG A; 2I0N A; 2L0A A; 1K76 A; 3UA7 A; 2PZ1 A; 1I0C A; 1HJD A; 3UAT A; 1PKS A; 2HDA A; 2JW4 A; 2FRW A; 4R0K A; 2F2V A; 4GBQ A; 4E6R A; 1UE9 A; 2BZ8 A; 3THK A; 4EIK A; 2KRN A; 2FPE A; 4JZ3 A; 3REB B; 2KYM A; 4D8K A; 4ORZ A; 4AFQ C; 2KXD A; 1VYV A; 1T3L A; 1TUC A; 3EHR A; 2RNA A; 3R6N A; 4OMO A; 1NG2 A; 1I1J A; 1AVZ C; 4HCK A; 5GJW B; 4F16 A; 2JXB A; 3H41 A; 3I5R A; 2DBM A; 1GCP A; 2CRE A; 2LJ1 A; 3I9Q A; 4LNP A; 3KFV A; 3TSZ A; 4JJB A; 2ECZ A; 3C0C A; 1M3A A; 5I11 A; 4RTT A; 1YNZ A; 2L3S A; 2M0Y A; 4X1V A; 3H0F A; 1ABQ A; 1UGV A; 2RQU A; 1FMK A; 1AEY A; 1WI7 A; 3QWX X; 5IH2 A; 2V1R A; 4DEX A; 1MV3 A; 1JQQ A; 1JO8 A; 4GLM A; 3ZL7 C; 2D1X A; 2YSQ A; 3M0Q A; 1ARK A; 4Z89 A; 4IIM A; 4D8D A; 1YWO A; 1GBR A; 1WXU A; 1Z9Z A; 3H0I A; 1M3C A; 2AZV A; 1SRL A; 1NEG A; 2DM1 A; 4JPB W; 2EGC A; 2EGA A; 2RF0 A; 4CC4 B; 2GBQ A; 2J6F A; 1K9A A; 4IIO A; 1GCQ C; 2FRY A; 2KXC A; 3M0T A; 1Z9Q A; 1G2B A; 1UJY A; 1X6G A; 1OV3 A; 1QKX A; 1SHG A; 1X6B A; 2DMO A; 4JZ4 A; 5FW9 A; 5I22 A; 1SPK A; 1UFF A; 4J9G A; 4J9I A; 1FYN A; 2E5K A; 4A63 B; 1OEB A; 2DLP A; 2O9S A; 2EBP A; 2YT6 A; 4HVU A; 2A28 A; 2AZS A; 2FEI A; 2JTE A; 1RLP C; 2DYB A; 1PWT A; 1ZUK A; 4AG1 C; 1JU5 C; 1ZUY A; 2M51 A; 5FWB A; 4CC2 A; 1SSH A; 1WA7 A; 1Y57 A; 1M27 C; 1ZSG A; 3I5S A; 1JEG A; 2KRO A; 1UEC A; 1VA7 A; 1M30 A; 3TSW A; 1WYX A; 1X2Q A; 2C0T A; 2K6D A; 2O9V A; 3EG3 A; 4Z8A A; 2RMO A; 2DRK A; 1V1C A; 4AFU C; 4LN2 A; 2V1Q A; 1KSW A; 1UHF A; 2KGT A; 4RTW A; 1WIE A; 2KYB A; 3M0S A; 2ED0 A; 1YP5 A; 1WFW A; 3QWY A; 2LJ0 A; 2LNH B; 2CSI A; 2HEQ A; 1K1Z A; 1H92 A; 2EW3 A; 4OMM A; 2L3Q A; 1IO6 A; 2GTJ A; 1QKW A; 2DE0 X; 2K2M A; 1UG1 A; 1NYF A; 5IHK A; 1CKB A; 3VS2 A; 1EFN A; 1B07 A; 2H8H A; 2AKK A; 1ABO A; 2LP5 A; 4F14 A; 1HD3 A; 2EVR A; 1E6G A; 1U3O A; 1AD5 A; 1YCS B; 2C0I A; 2GNC A; 2KNB B; 2FO0 A; 2DF6 A; 2VKN A; 1XOV A; 5HCK A; 2SEM A; 1RUW A; 1K0S A; 1NLP C; 1NYG A; 4RTX A; 2JMA A; 1GBQ A; 4JJD A; 2DVJ A; 1E7O A; 3NMZ C; 2EGE A; 3U23 A; 1K4U S; 1B3Q A; 2ESW A; 1WXT A; 2NWM A; 3M0R A; 1OPL A; 2BTT A; 4OMP A; 2J7I A; 2CSQ A; 1W1F A; 1OOT A; 4J9D A; 4CC3 A; 4JJC A; 4Y92 A; 2JS0 A; 2D8H A; 1TG0 A; 5IXF A; 3VS4 A; 3H0H A; 5ECA A; 1X69 A; 2JS2 A; 2PNI A; 1H8K A; 4CC7 A; 3EGU A; 1PKT A; 3VRY A; 1GL5 A; 2W10 A; 3VS0 A; 2DL7 A; 2K79 A; 4ESR A; 2FG0 A; 4DEY A; 2CUB A; 3VS7 A; 1AWX A; 2ED1 A; 1WDX A; 3M0P A; 3PE0 A; 5EC7 A; 1BU1 A; 2O31 A; 3VS3 A; 1VYT A; 2A36 A; 2DA9 A; 2X3W D; 1JXM A; 1PRL C; 1SRM A; 3TVT A; 2LJ3 A; 1YWP A; 2LZ6 B; 1AOJ A; 2JM8 A; 4AFZ C; 3UF4 A; 2FPF A; 2O2O A; 1J3T A; 2KE9 A; 2OJ2 A; 3VS1 A; 2RN8 A; 4RTY A; 3PVQ A; 1QWE A; 3RBB B; 3A98 A; 1M3B A; 2J06 A; 2HSP A; 3EG2 A; 1SEM A; 2ABL A; 1E6H A; 1MV0 B; 4LE9 A; 2GGR A; 1GRI A; 2GTO A; 1U5S A; 4J9B A; 2MCN A; 2YUO A; 4J9E A; 4RTZ A; 2DBK A; 2CUD A; 2EYW A; 2K9G A; 2DL5 A; 1YN8 A; 4AG2 C; 3UA6 A; 4OML A; 1MUZ A; 4J9C A; 4F17 A; 2K3B A; 2NUZ A; 1WX6 A; 2MOX A; 1ZUU A; 3I35 A; 2CT3 A; 2JMC A; 2DX1 A; 2LMJ A; 1HSQ A; 2ROT A; 5IHN A; 2DJQ A; 1AWW A; 1RI9 A; 2D8J A; 2RQR A; 2GQI A; 4HVV A; 2RQW A; 2CH4 W; 2HCK A; 1NM7 A; 1U06 A; 2FPD A; 3SEM A; 2ROL A; 4M4Z A; 2F2X A; 2DL3 A; 2MIO A; 1I07 A; 2KRS A; 1PNJ A; 1T0J A; 1UHC A; 1BB9 A; 1QLY A; 2DL4 A; 2XMF A; 1T3S A; 1KJW A; 2CT4 A; 2W0Z A; 1UDL A; 1H3H A; 3VS6 A; 1NLO C; 3PVL A; 1X43 A; 2HBW A; 4HVW A; 2QDL A; 4HXJ A; 3EHQ A; 4J9H A; 1UTI A; 1M8M A; 1W6X A; 2EQI A; 1WLP B; 4OMN A; 2LQW A; 3NGP A; 1BBZ A; 2C0O A; 1UJ0 A; 1S1N A; 2DNU A; 2VVK A; 4QT7 A; 2O88 A; 1WXB A; 2RPN A; 2YUN A; 2D0N A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2EKH A; 4RMO A; 3QDF A; 5CAI A; 2EPD A; 2QXF A; 3LH5 A; 1UEB A; 5GJV B; 2JT4 A; 1KFZ A; 4C92 E; 1D1A A; 3M5A A; 3EH2 A; 3JCM e; 2NLU A; 2QDY B; 1X27 A; 3OYI A; 4RCB A; 3SHW A; 3TRE A; 3S3O A; 2LX7 A; 3O5Z A; 4JUV A; 1X75 C; 4LDX A; 4LDW A; 4BI4 A; 2J05 A; 1VQ9 T; 4MMK A; 2CZ0 B; 4F7U E; 4FYW B; 5GAM e; 4DBR A; 3CPW P; 1N27 A; 4MML A; 2E3I A; 5CIU A; 2C06 A; 3MEA A; 2P84 A; 5IXB A; 4J9F A; 3M56 A; 1IGQ A; 2DPP B; 2RQV A; 2KMT A; 1OPK A; 1M90 C; 4DOW A; 2CH4 A; 4N4H A; 4PLL A; 5KYU A; 2LCS A; 1SHF A; 2YDL A; 4E7S A; 3M0U A; 4KT0 E; 4IUP A; 1Y96 A; 1Q86 U; 3OBW A; 4RCC A; 4FCY A; 4PFP A; 2ZPI B; 2IG0 A; 2YUP A; 1BK2 A; 3MHX A; 4M77 E; 1FXX A; 3I55 A; 1BIA A; 2FL7 A; 2MYS A; 3OYA A; 1VQ7 T; 4BAC A; 4L59 A; 4MZT A; 1QQJ A; 2AK5 A; 4XTV A; 3EG1 A; 2JM9 A; 1AZG B; 2HSE B; 2KSS A; 1PHT A; 3REA B; 3QJ6 A; 2DET A; 2NYS A; 3EG9 A; 3I55 Q; 3CCM A; 2ZAE A; 1D3B B; 3QBY A; 5GAN d; 8ATC B; 1I4K 1; 4M77 B; 3Q1J A; 3PFS A; 1TUC A; 3E2U A; 1NG2 A; 4HCK A; 2QI2 A; 5GMK l; 3NFC A; 1QVG A; 2JN0 A; 3GPL A; 3H41 A; 2DBM A; 3PT9 A; 3A1P A; 5A0D A; 3DLM A; 1K73 C; 3PIO A; 4JJB A; 4XU2 A; 4D6W A; 2CS7 A; 3HRS A; 4PJO C; 2RQU A; 4B6M A; 4EMK B; 4XTZ A; 1MV3 A; 3ZL7 C; 2D1X A; 2X51 A; 2X4W A; 4L6V 5; 3M0Q A; 2H3J A; 3MEW A; 1W2B S; 4Z89 A; 1Z9Z A; 3BFM A; 3H0I A; 5KE2 A; 1VUB A; 2ZPF B; 3L2W A; 2RHY A; 5LJ3 g; 2EGC A; 2EGA A; 1PM3 A; 4DQ2 A; 1RAH B; 2QG9 B; 2DTH A; 3G6E A; 1UJY A; 1X6G A; 5FW9 A; 5I22 A; 2EYQ A; 1UFF A; 3UDC A; 3CCQ T; 4C8Q F; 4J9I A; 1PC0 A; 4E7H A; 4M77 G; 2EJ9 A; 2A28 A; 3QUI A; 1VQM A; 2JTE A; 1NPP A; 1K73 R; 4AG1 C; 2RHZ A; 3BE3 A; 4QW2 A; 3G6E Q; 1WA7 A; 3BW1 A; 5FRO A; 4BDZ A; 1VQL T; 2HBP A; 1ZSZ C; 2HKQ B; 3T9N A; 5GAN 2; 1M1K U; 2C0T A; 4JRP A; 4Z8A A; 2K3X A; 4LD9 K; 3QZ5 B; 1VQM Q; 1WJR A; 3HSB A; 1XTD A; 3I56 T; 2E3H A; 2ED0 A; 1ZA1 B; 1WFW A; 3QWY A; 4FSX A; 1K1Z A; 2YLB A; 2E6N A; 5IN1 A; 4QVC A; 2GTJ A; 3FDR A; 2K2M A; 2F5T X; 1YHQ A; 1CKB A; 5GAN 6; 3PNW C; 4F14 A; 2MWP A; 1RAD B; 2QQB A; 2MK5 A; 2C0I A; 1AD5 A; 1YCS B; 4BY6 C; 4XTX A; 1XOV A; 2SEM A; 4MZM A; 4QQD A; 4DOV A; 2DVJ A; 1E7O A; 3NMZ C; 1WNL A; 3U23 A; 3SFM A; 1KQS A; 3S3N A; 3G71 T; 4C92 A; 1U1T A; 5HK0 A; 5GAO r; 1JB0 E; 4M75 B; 3CCU A; 3VYG A; 3S3M A; 2CSQ A; 3L2V A; 1OOT A; 1JJ2 P; 4CC3 A; 1IB8 A; 5IXF A; 2PVO B; 1VQK A; 3H0H A; 1X69 A; 1H8K A; 4F7U A; 4M78 F; 5D6Y A; 2LT1 A; 3LWI A; 3CCU Q; 3EFO B; 3VS0 A; 1U1S A; 5KYW B; 3GNF B; 3KBG A; 1OQK A; 5GAN 4; 5FRM A; 1QVP A; 3HFN A; 5M9O A; 2VV5 A; 3KXT A; 1VQK Q; 3OYY A; 5IT9 E; 2LQ8 A; 1R0C B; 2YWW A; 2XDD A; 3PE0 A; 2CZ1 B; 2A36 A; 4O5V A; 3TVT A; 2R58 A; 3SWN B; 2D0Q B; 2LZ6 B; 4MZP A; 3JSC A; 1AOJ A; 1OX8 A; 4M7A E; 4AFZ C; 2V8I A; 2QEX T; 3OW2 A; 4NL2 A; 3WVD B; 2COZ A; 5GAN 3; 1B34 B; 3JCM W; 3E9F A; 4ZN3 A; 3L1A A; 1BYM A; 1QWE A; 3CD6 A; 3JB9 I; 4M75 G; 2XD0 A; 1M1F A; 2L89 A; 2HSP A; 4OVA A; 3LYI A; 3EG2 A; 4LD6 A; 1QP3 A; 1MV0 B; 4KH1 B; 1VQP A; 3CCS A; 1GRI A; 2GTO A; 3OYC A; 4J9B A; 2MCN A; 4J9E A; 3CD6 Q; 1WHK A; 4A4E A; 3OY9 A; 3EH1 A; 1XJW B; 1MMD A; 4AG2 C; 3UA6 A; 2QGF B; 4J9C A; 4OML A; 4F17 A; 4E7J A; 2K3B A; 2NUZ A; 4EDU A; 3P8B B; 3VJP A; 3CPW S; 3CC2 T; 1HSQ A; 2ROT A; 1VQP Q; 1RI9 A; 2HZY A; 3DLL A; 3GLX A; 3CCS Q; 3OYG A; 2RQR A; 3QDR B; 2HCK A; 1NM7 A; 3SEM A; 2DTI A; 3G4S T; 2ZPB B; 2DL3 A; 3QXE B; 2MIO A; 2QTX A; 4M7D C; 4PFZ A; 1BB9 A; 5GAM j; 2B8A A; 1Y96 B; 4HVW A; 5LJ5 g; 2QDL A; 1VQ9 A; 4C8Q C; 2PQW A; 4OMN A; 1EX4 A; 2VVK A; 4J6Y A; 4J7F A; 1HXD A; 4RG8 A; 1IHW A; 1N6A A; 3LH0 A; 4FU6 A; 1O9S A; 3HL8 A; 2V8J A; 3M58 A; 2RQT A; 5IAY A; 1LJO A; 3TCJ A; 5L23 A; 1ZX6 A; 2DL8 A; 1VQ9 Q; 5GMK e; 3GOX A; 4ZNX A; 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4D8K A; 2DVE A; 3CC7 T; 4AFQ C; 4BE2 A; 2RI2 A; 2XDP A; 4F16 A; 2JXB A; 3BY7 A; 3A8M B; 1N9R A; 4FT2 A; 3HTR A; 1GCP A; 4XTY A; 2CRE A; 2LJ1 A; 2DXC A; 3C4S A; 4ZGJ B; 3I9Q A; 2XIC A; 4B9W A; 3CCQ A; 2DK3 A; 3KFV A; 3TSZ A; 5A0L A; 1JRI A; 5LL6 S; 1NPR A; 5I11 A; 1M3A A; 1YNZ A; 1ABQ A; 4R56 A; 2VYT A; 3QYG B; 2QA4 Q; 5C6S A; 4N0A A; 1JBM A; 2KAF A; 1QCN A; 4DEX A; 3CXC S; 4QQG A; 1ARK A; 2E70 A; 3E19 A; 3SD4 A; 1WZO A; 4IIM A; 1K8A R; 3CCQ Q; 1QVF A; 3QII A; 5DY9 A; 2DEU A; 2DXB A; 4M7A A; 2QQ9 A; 3CBO A; 3RER A; 3CCL T; 1VQL A; 4C5E A; 3WVE B; 1P92 A; 2DM1 A; 3H6Z A; 5GAN h; 5FU6 C; 3M53 A; 1KC8 U; 3CCR Q; 3OYK A; 4CC4 B; 5D6W A; 2J6F A; 2CP0 A; 4IIO A; 1IHV A; 3I56 A; 2FVU A; 1YJN T; 4BB7 A; 1Q81 R; 1OV3 A; 4C92 B; 1PD1 A; 1SPK A; 4J9G A; 3OBY A; 5J3B A; 1BI3 A; 2E5K A; 4A63 B; 1VQL Q; 1QVF P; 5KYY A; 1YCY A; 2YT6 A; 4HVU A; 4BE0 A; 1JJ2 S; 4PJO E; 1MGQ A; 2M16 A; 2QYZ A; 1JU5 C; 5FWB A; 4FYX B; 3I56 Q; 3CMA T; 2NUT A; 3I5S A; 3M4Y A; 4OF1 A; 1JEG A; 2XID A; 3CCJ T; 3LWH A; 3TQ7 P; 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