The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
SKQPDKQRKSQRRAPLHERHKQVRATLSADLREEYGQRNVRVNAGDTVEVLRGDFAGEEGEVINVDLDKAVIHVEDVTLEKTDGEEVPRPLDTSNVRVTDLDLEDEKREARLESEDDSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Mutations outside the anisomycin-binding site can make ribosomes drug-resistant.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
50S ribosomal protein L2P
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| total genus |
31
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-02-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| T | PF00467 | KOW | KOW motif |
| T | PF16906 | Ribosomal_L26 | Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3G6E T; 1QVG A; 5DM7 R; 1VQM T; 4CRI A; 1VQ6 A; 4YTL A; 3TRE A; 3CC7 A; 1VQ5 T; 1RL2 A; 1X6O A; 1YIT T; 1Q82 U; 1S72 A; 2MI6 A; 3A5Z B; 1XTD A; 2E6Z A; 2LQ8 A; 3I56 T; 1IZ6 A; 1NJI U; 1YJ9 A; 1YIJ A; 1JJ2 A; 1QVF A; 5A2Q E; 3OYY A; 3DB4 A; 3CCS A; 1KHI A; 1YI2 A; 3G71 A; 1VQ7 T; 1VQN T; 1W2B S; 3CCR A; 1KC8 U; 2QA4 T; 3CCV A; 1VQP A; 1SSF A; 2XHC A; 2QEX T; 3CXC S; 1YJW T; 1VQ8 A; 3CMA T; 1VQ9 T; 2JNG A; 3P8B B; 2MWP A; 1K73 C; 2OTJ A; 1M90 U; 1YBY A; 1XNI A; 2OTL A; 1VQM A; 1QVG S; 1UEB A; 5FLX E; 1Q86 C; 3CC2 A; 3LGL A; 1KD1 C; 5IAY A; 2DO3 A; 1VQK A; 2JUF A; 1JJ2 S; 1QVF S; 3G4S A; 3CCU A; 3CCQ A; 1VQ7 A; 3CC4 A; 1VQO T; 1VQ4 T; 1KQS A; 2IG0 A; 3KBG A; 2QA4 A; 1K9M C; 3CCL T; 1NPP A; 4X34 A; 5HY6 A; 3CCJ T; 3J7A F; 2LVM A; 1YHQ T; 5J3B A; 1K8A C; 2JOY A; 3JAM E; 3CCE T; 3PIP A; 2CKK A; 2EIF A; 3CD6 T; 2LCL A; 5LL6 S; 3CME A; 1N8R C; 3G6E A; 1Q86 U; 3CPW A; 2JVV A; 4QQD A; 1VQ5 A; 3J80 E; 3J81 E; 5IT9 E; 4ZN3 A; 3CC7 T; 3DLL A; 3LH0 A; 1YIT A; 2KDS A; 3OW2 A; 1S72 T; 1Q82 C; 3I56 A; 1BKB A; 1M1K C; 1YIJ T; 1NZ9 A; 1VQO A; 3PIO A; 3CCS T; 1VQN A; 3G71 T; 1KQS S; 3CCL A; 3ER0 A; 3DB3 A; 2KVQ G; 3HKS A; 4ZN1 A; 1YJW A; 4RG2 A; 2QEX A; 3CMA A; 3CCV T; 1VQ9 A; 1M1G A; 3CCE A; 1YJN T; 1K73 U; 3I55 T; 2MWO A; 1Q7Y C; 3CD6 A; 3CPF A; 2OTJ T; 1N8R U; 1M90 C; 2OTL T; 3CPW S; 3CCM T; 1VQL T; 1Q81 C; 1NPR A; 3CC2 T; 1KD1 U; 1VQ6 T; 3OW2 S; 1M1K U; 1VQK T; 2E70 A; 3G4S T; 3CCU T; 3CCQ T; 1YJ9 T; 1NJI C; 3CC4 T; 1VQ4 A; 1YI2 T; 1K9M U; 3LGF A; 1W2B A; 3CCR T; 1EIF A; 1KC8 C; 1YJN A; 5DLQ E; 5J26 A; 3CCJ A; 1Q7Y U; 3I55 A; 1YHQ A; 3CXC A; 2L3R A; 1VQP T; 1K8A U; 1VQ8 T; 4TVR A; 3CCM A; 2G3R A; 3CME T; 1Q81 U; 1VQL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5GAN 3; 3NFC A; 2R5M A; 4V2S A; 4C8Q B; 5GAN d; 2OTL Q; 2DIQ A; 3GNG A; 1IZ6 A; 2YLB A; 3CC2 Q; 4JDS A; 1OPK A; 1I5O B; 1AT1 B; 3NGP A; 4X9D A; 6AT1 B; 5KYN A; 4O5V A; 4FM4 B; 3VYH B; 4F04 B; 1N9S A; 2BZ8 A; 2K2V A; 3G7Z A; 3PVQ A; 4RUG A; 1M4Z A; 3OS5 A; 4KUD K; 2FPE A; 1UEB A; 2QQA A; 2LTO A; 4OMN A; 4RTY A; 2ED1 A; 3QJ6 A; 5GMK e; 3MEV A; 1X2K A; 2RQV A; 2EWN A; 1JJ2 S; 4JJN K; 3NTI A; 1JRI A; 3RR6 A; 1M3A A; 4M77 A; 4FCY A; 4J9C A; 2LJ3 A; 4OMQ A; 3PNW C; 2CGH A; 1KQS A; 2A08 A; 3RES A; 4X34 A; 2LVM A; 4B9W A; 2DXB A; 4JJD A; 5FU7 B; 2LCL A; 1PRM C; 5LJ5 f; 4F7U F; 3VS2 A; 4AT1 B; 3J80 E; 1YIT A; 2FB7 A; 4XU2 A; 4MDX A; 2D8J A; 1QKW A; 3QO3 A; 2K5L A; 2D6F A; 3RER A; 2M9U A; 1N8R R; 1WFW A; 1AHJ B; 2NYS A; 2JXB A; 4C92 G; 2MWO A; 1MNE A; 3CD6 A; 1I81 A; 1PM3 A; 1M5Q 1; 2RQW A; 1WHL A; 3CPW S; 1JJ2 P; 1M8V A; 2CP2 A; 2KRN A; 2K3Y A; 3OYC A; 4CC7 A; 1X75 C; 2DTO A; 4L6V 5; 2AZS A; 3UF4 A; 2CDT A; 2B8A A; 3E1S A; 1YJ9 Q; 1D0Z A; 5AYF A; 1EIF A; 1FMV A; 5DLQ E; 1Q7Y U; 2EYY A; 4M75 G; 2K3B A; 2E41 A; 2QG9 B; 2PUK B; 5DLO A; 1BB9 A; 1RLQ C; 2DXT A; 3OQ5 A; 4PJO G; 2KSS A; 2LRQ A; 5LJ3 j; 1Q81 U; 1R0B G; 3X28 B; 4YTL A; 1E6G A; 3PMT A; 4EMH A; 1G3S A; 1TOV A; 2NUZ A; 3PVL A; 2C0T A; 5A2Q E; 4E47 A; 1WLP B; 4OB3 B; 2MPX C; 2QA4 T; 1UGR B; 1VQ8 A; 1QKX A; 4DBF A; 3CPW P; 5A0L A; 1YBY A; 2F5K A; 4WF2 A; 4XTU A; 5CR2 A; 2J7I A; 2L3P A; 5FLX E; 2LQW A; 3RBB B; 4C0Z A; 2IPO B; 4M78 E; 1VQK A; 4OML A; 2X35 A; 4HCB A; 3VS0 A; 2R5A A; 1VQO T; 4Y92 A; 1ARK A; 2CRE A; 4J9H A; 3L1A A; 4C0G A; 4FW2 A; 3L2Z A; 3CCJ T; 3J7A F; 1MGQ A; 1YJW Q; 1RAD B; 1RAA B; 1PKS A; 3UA6 A; 4LUD A; 4OB2 B; 1VIE A; 4EMK B; 2LNV A; 3HSB A; 2M1H A; 1YIJ T; 4HKE A; 2DBK A; 3JCM Q; 3G71 T; 2JTF A; 3ER0 A; 2KE9 A; 1K0X A; 1ZSZ C; 3NTH A; 2YRC A; 2FG0 A; 3I55 T; 4M7D D; 4C92 B; 5KYU A; 4QW2 A; 1WNL A; 2J6O A; 3IQL A; 5KYY B; 1IGQ A; 3EGX A; 3M5A A; 1BCO A; 1PD1 A; 4RTZ A; 1SPK A; 1NPR A; 5GAO l; 3SFM A; 3RIR A; 1KD1 U; 1YCY A; 1D09 B; 2LT4 A; 2O2O A; 1OZ3 A; 3L2W A; 4ZTF A; 3JCM f; 1SRM A; 1SKU B; 1WHK A; 2A0F B; 2KGT A; 3SWN A; 2WSF E; 2QQ9 A; 4PJN A; 2FO0 A; 1PD0 A; 4M75 B; 4N4G A; 4JZ4 A; 3CCV Q; 4PFO A; 1SHF A; 2G3R A; 4PJO B; 2KXD A; 4J6W A; 4X9C A; 2LT1 A; 3WVE B; 2JJ9 A; 1VQ5 T; 2RI2 A; 4DA4 A; 1WQW A; 2VYT A; 4XQ3 A; 3KXT A; 2CT4 A; 3OBY A; 1JEG A; 2V8K A; 1M1F A; 1SRL A; 3TEE A; 1IHW A; 4F14 A; 2QA4 Q; 5GMK m; 2K3X A; 1BI0 A; 4KUI A; 3HFO A; 1I5L A; 1GCP A; 1Q86 C; 1OU9 A; 2P4R A; 3FIF A; 5IAY A; 4J5Y A; 1QCF A; 4LDU A; 2QQS A; 4C5E A; 3EGX B; 2RJF A; 2IG0 A; 1QCO A; 2A3L A; 4CC2 A; 1G83 A; 1VQO Q; 1W6X A; 4P5N A; 1YHQ T; 5J3B A; 4M7A D; 3OY9 A; 4E7J A; 4XTX A; 1K1Z A; 2DL7 A; 1H64 1; 3UT1 A; 3DLM A; 4R56 A; 1UGP B; 3H8Z A; 2M0Y A; 4FW1 A; 3CBO A; 4A54 A; 1QMC A; 3O8V A; 3SDZ A; 3EFS A; 1G3Y A; 5FU6 C; 2DVE A; 3DB3 A; 4CC3 A; 3HKS A; 2XID A; 4GLK A; 2ZZD A; 2RMO A; 1NLO C; 3I55 Q; 1O75 A; 2CP0 A; 1M1K R; 2EGE A; 1LOJ A; 2DXU A; 3EGU A; 1GL5 A; 4LD9 K; 2XDD A; 2E6N A; 1B3Q A; 3CCQ T; 1IGU A; 4BAC A; 2E10 A; 3R6N A; 3CCJ A; 1K8A U; 2D1X A; 3EG9 A; 3EG2 A; 4DBH A; 4BY6 C; 2HEQ A; 4ELZ C; 5GAN f; 4BDY A; 1VQL A; 1RAB B; 1VQ6 A; 1Y96 B; 2RNA A; 1N5Z A; 5CKB A; 2RPN A; 1BYM A; 2R57 A; 1RLP C; 1SSH A; 1YIJ A; 4A4H A; 2EGC A; 2LX9 A; 3G71 A; 3G4S Q; 1D1B A; 2A36 A; 5GAM h; 1YP5 A; 3BY7 A; 1BIA A; 2HKQ B; 2QAS A; 1K9A A; 4A4G A; 2GBQ A; 4BDZ A; 1NEG A; 1FMK A; 5CKE A; 4N4I A; 1TSF A; 4ANJ A; 1VOM A; 3EHQ A; 4AFS C; 1Y57 A; 1AD5 A; 5LJ3 g; 4PJO D; 3H6Z A; 2RJC A; 4QVD A; 3QBY A; 3CCL T; 1JQQ A; 1YFN A; 5HY6 A; 2EPD A; 3MKD A; 1KFZ A; 1VQN Q; 3N5B B; 4II1 A; 2HBW A; 1JXM A; 2YT6 A; 3QJY A; 4Y28 E; 4M7A C; 2PUO B; 1QP2 A; 4HVW A; 3A8H B; 4ORZ A; 3OYK A; 1VQ5 A; 4M78 F; 4RTT A; 3HL8 A; 3OYL A; 1S72 T; 1Q82 C; 3HFN A; 1NZ9 A; 1B07 A; 3M53 A; 2RHU A; 2VV5 A; 2K57 A; 5CCA A; 1VYT A; 2WSE E; 3M0P A; 1WYX A; 4QQ6 A; 4RTW A; 3RKX A; 1SEM A; 4JJB A; 3UPU A; 2QQR A; 4DOW A; 2BIV A; 1EX4 A; 2RJE A; 3OYB A; 1HK9 A; 3CCU T; 2CH4 A; 1AWJ A; 4IUT A; 3TQ7 P; 2EVR A; 1ZSZ A; 2K6D A; 4L59 A; 3CCS Q; 1JU5 C; 3RNJ A; 1N9R A; 1HJD A; 1YHQ A; 5GAO n; 2GFU A; 2QDY B; 4C8Q E; 2CP7 A; 4FL6 A; 3L42 A; 4JLG A; 1Q82 R; 1UE9 A; 1RL2 A; 3LLR A; 4MZT A; 5C0M A; 2D0N A; 2BKD N; 1P92 A; 1JJ2 A; 2E6Z A; 1XJW B; 2YLC A; 4OP0 A; 4OF1 A; 3C12 A; 2JN0 A; 5FWC A; 4MZM A; 1QQJ A; 1UJ0 A; 1UJY A; 1MHN A; 3A8O B; 1VQ9 T; 2HQH A; 1IHV A; 2RN8 A; 4KRT A; 1KHC A; 2E1H A; 2RH2 A; 4HXJ A; 1BK2 A; 1D0X A; 2RHY A; 3NPF A; 2DO3 A; 4RTU A; 2KYM A; 1WJR A; 2RD1 A; 2ED0 A; 3CCQ A; 5LJ3 e; 4LDW A; 5GAN j; 3MEA A; 4KT0 E; 2EW3 A; 2MAM A; 4Z8A A; 2FL7 A; 1QWE A; 4ESR A; 2KK4 A; 5GMK h; 5I11 A; 4AG1 C; 3OBW A; 3JAM E; 3CCL Q; 1X43 A; 3CD6 T; 1WA7 A; 5CKH A; 2EJG A; 3M54 A; 1Q86 U; 3CPW A; 2AHJ B; 2QYZ A; 1ZSZ B; 2GF7 A; 3RKW A; 1KQ2 A; 4M7D G; 4R55 A; 3ZEH A; 4BE0 A; 1SG5 A; 1PSF A; 3M58 A; 3VUZ A; 1ZUY A; 4JS4 A; 2DL5 A; 2YXY A; 2J05 A; 1MMN A; 3CCE A; 1RAI B; 4A4F A; 4XU1 A; 3H0H A; 2O9V A; 2D8H A; 3QDF A; 3PTA A; 2X4J A; 3EG1 A; 4HT9 A; 2FPD A; 1TWB A; 3X24 B; 4Z02 A; 1I07 A; 4QKU A; 4M77 E; 3GP8 A; 1WHG A; 3FJ5 A; 3QWY A; 2RQR A; 2GQV A; 2QGG A; 5GAO m; 3S3O A; 1VQ8 T; 2ZGW A; 1OI1 A; 4M7D A; 2F2W A; 2HCK A; 4HT8 A; 1PNJ A; 2DE0 X; 1TH7 A; 1BBZ A; 4IUQ A; 3A8L B; 1S72 A; 4JRI A; 2DXC A; 2DX1 A; 4PKC C; 1ZUK A; 3OSV A; 3CCR A; 2KMT A; 4ZGE B; 2AKL A; 3JCM W; 2QEX T; 3WXM B; 2YWW A; 4UC4 A; 2GNC A; 4OB0 B; 4AFQ C; 1JXO A; 2M0O A; 2C0I A; 2YUO A; 1VQM A; 3SHW A; 2CYZ B; 1SF9 A; 1X69 A; 2D0Q B; 4LXC A; 1I4K 1; 4KH0 B; 1VIF A; 3CQT A; 4J9G A; 3CCU A; 4M7A G; 3MET A; 1VQ7 A; 4J9E A; 2V8I A; 1YIT Q; 1U5S A; 2RJD A; 1WHJ A; 3V7C A; 2LJ0 A; 2FEI A; 1G2B A; 3M59 A; 1OPL A; 5FU6 B; 2OJ2 A; 3R6O A; 4NOY A; 4C5I A; 1N8R C; 2HSE B; 3CD6 Q; 1AEY A; 3EAE A; 2X4W A; 2DPP B; 4GLM A; 3CC7 T; 3MO8 A; 3LH0 A; 4JRK A; 2K5F A; 4JRQ A; 3JCM g; 1I1J A; 5CK9 A; 2F2V A; 4M7D B; 3PIO A; 3LWI A; 2L2P A; 3FEO A; 1C1A A; 3M57 A; 3VS1 A; 1UGS B; 1VQ9 A; 4IUU A; 2CS7 A; 2CZ7 B; 2PVO B; 4M7A A; 1Y7X A; 2FZG B; 1YNZ A; 2BUD A; 3D7S B; 4CC4 B; 4BY6 B; 2ECZ A; 5CQY A; 1AOJ A; 2V1R A; 1I0C A; 4J9D A; 2KI7 A; 1S1N A; 2E12 A; 1H3Z A; 1YN8 A; 2EYX A; 5CKD A; 1EZZ B; 2VXE A; 2LC4 A; 4IUV A; 4ZGD B; 3FJP A; 1OUL A; 4NL2 A; 2C0O A; 3P8H A; 1LJO A; 3EG0 A; 2AIR B; 2PVD B; 5GAO q; 2Y4Y A; 3VRY A; 1XTD A; 4F17 A; 5FRM A; 1YI2 A; 3DB4 A; 4BI3 A; 4E7S A; 4ZGJ B; 1VQK Q; 3ZBD A; 1QLY A; 3C4S A; 3NTK A; 1MMA A; 1UEC A; 4C8Q F; 4EMK A; 2JS2 A; 1M90 U; 3HRT A; 4ZNX A; 1JB0 E; 3OYG A; 4XU0 A; 8ATC B; 2COZ A; 2DVJ A; 3ZL7 C; 2DL8 A; 4PLI A; 1QWF A; 4C92 A; 4M7A B; 3OSS C; 2EQK A; 4RKU E; 1GCQ C; 5KYY A; 3HRS A; 2PQW A; 5KCO A; 2K79 A; 5D7U A; 2ZCF B; 1NPP A; 1WX6 A; 4D8K A; 4C0F A; 1X6B A; 3BE3 A; 1G3T A; 1I8F A; 5LL6 S; 2X4Y A; 1ABQ A; 1U8R A; 5GMK i; 4JUV A; 2EYW A; 2QK0 A; 3QYG B; 1H3H A; 3MHX A; 1WDX A; 3JCM e; 1BKB A; 3FDR A; 4M75 A; 2HSP A; 2CT3 A; 2KY9 A; 2HNI A; 2HL3 A; 4PJO A; 2FZK B; 1ZA1 B; 4RG2 A; 2QEX A; 4OMO A; 1BU1 A; 1TUG B; 1KG1 A; 2IVW A; 2OTJ T; 2DD5 A; 5GAN g; 4J7I A; 2JZ2 A; 2DJZ A; 4DBR A; 2DL4 A; 2KR3 A; 1VQL T; 5GJW B; 2NLU A; 1VQ6 T; 3AT1 B; 2HQE A; 1PSE A; 1B34 B; 3QXE B; 5HK3 A; 1BIB A; 2IIM A; 1K9M U; 2QI2 A; 1WGS A; 1YJN A; 2L3R A; 3JCM J; 2XI9 A; 4HVU A; 5GAN 7; 2EFI A; 2O01 E; 4LDY A; 1RI9 A; 3CME T; 3NHN A; 3G6E T; 3JB9 F; 5DM7 R; 3OA6 A; 2M16 A; 2KT1 A; 3CC7 A; 1UDL A; 4L5G A; 3GNF B; 2XMF A; 2CP3 A; 2O31 A; 2X9H A; 4IKF A; 3M0Q A; 4M77 F; 4D8D A; 1W2B S; 5CO7 A; 4OMF B; 2OI3 A; 2BZX A; 2YHT A; 1W4S A; 1HD3 A; 2Z0W A; 1GBQ A; 5IXB A; 3GPL A; 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