The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
82
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structure length |
82
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Chain Sequence |
MKLVRFLMKLTNETVSIELKNGTIVHGTITSVDMQMNTHLKAVKMTVKGREPVPVETLSIRGNNIRYYILPDSLPLDTLLID
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a yeast spliceosome at 3.6-angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
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| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor spp42
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| total genus |
10
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| structure length |
82
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| sequence length |
82
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| chains with identical sequence |
f
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-08-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| F | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VC8 A; 3BDU A; 3QO3 A; 3FJP A; 3V8K A; 1WPY A; 3JCM V; 4M7A B; 3JB9 F; 3V7S A; 3BW1 A; 1WQ7 A; 4M7A D; 4XTZ A; 4F7U B; 3JB9 J; 1U1S A; 5LJ3 d; 1LNX A; 2DVE A; 3BFM A; 2RM4 A; 3EFS A; 4RCC A; 4EMK A; 1MGQ A; 1H64 1; 4XU1 A; 3SWN A; 1B34 A; 3V7C A; 5I21 A; 3GIB A; 4QVC A; 2QTX A; 4XTY A; 3RKY A; 4XU0 A; 4PJO C; 4PJO G; 4OP0 A; 4EMG A; 4C8Q B; 4M7D C; 4M7A E; 1LJO A; 4C8Q D; 4M7D G; 2RA2 A; 2RD1 A; 5GMK h; 3VU3 C; 4F7U E; 5GAN h; 4XTV A; 5GAN 4; 4XU3 A; 3JCM W; 1I5L A; 4XTW A; 4QVD A; 4M7A A; 4DQ2 A; 4F7U A; 5LJ5 j; 5GAM h; 3QSU A; 2DTH A; 3JCM h; 4M7A F; 4M77 C; 1YCY A; 4M77 G; 5LJ3 g; 5GAN 6; 4F7U F; 5DY9 A; 4C8Q E; 2E1H A; 5CAI A; 3EFR A; 4M78 C; 5LJ3 e; 4M78 G; 3JCM b; 3JB9 H; 5GAO p; 4X9C A; 5LJ5 d; 2EJF A; 2K57 A; 3V7R A; 4C8Q A; 2EWN A; 2YLB A; 4M75 C; 4M75 G; 5GAO l; 4JRI A; 4C8Q F; 3JB9 I; 2DZ9 A; 3JCM P; 5GAN f; 4HT8 A; 2DTO A; 5GAN 3; 5GAO m; 5GMK l; 4M7D A; 1D3B B; 4M78 B; 2EAY A; 4J5Y A; 2VXE A; 4PNO A; 3JCM Q; 3V8L A; 1N9R A; 5GAM f; 2CGH A; 1JRI A; 3JCM f; 4V2S A; 3RUX A; 5GMK m; 4C92 G; 2YHT A; 2JN0 A; 4NL3 A; 3INZ A; 1KQ1 A; 2Y90 A; 3JB9 G; 2E65 A; 5LJ5 g; 4HT9 A; 4NOY A; 3JCM J; 3AHU A; 4M78 E; 2E10 A; 5LJ5 e; 4XQ3 A; 4XTX A; 4PJO B; 5LJ3 h; 5GAN 8; 4PJO D; 4M7D B; 3JCM c; 2EJ9 A; 2DTI A; 2RB6 A; 4M7D D; 1D3B A; 3L2Z A; 4M78 A; 4N0A C; 3QHS A; 4JUV A; 3SWN C; 4A54 A; 3RIR A; 4MMK A; 5GAN 2; 4J6W A; 3QUI A; 4EMH A; 3HSB A; 3V8J A; 5GAO q; 4M77 B; 1I4K 1; 3RES A; 4HA8 A; 2YLC A; 4M77 D; 1U1T A; 1BIB A; 4PJO E; 1I8F A; 4M7D E; 5GMK j; 5GAN j; 2I2L A; 4M78 D; 4M7A C; 2E64 A; 4M7A G; 4PJO A; 4NL2 A; 4X9D A; 4M75 B; 4F7U G; 5GAO n; 2DEQ A; 2DXU A; 4M75 D; 3L1A A; 4C92 C; 5GAM j; 4PJO F; 5LJ3 f; 4XTU A; 4JRK A; 5GAN d; 4J6Y A; 2VXF A; 3SB2 A; 3PGG A; 3M4G A; 4M77 E; 5GMK i; 4M7D F; 2DXT A; 1M5Q 1; 3RKX A; 5LJ5 h; 2E41 A; 2DZC A; 3RER A; 5GAM d; 1WQW A; 2DKG A; 3JCM d; 4C8Q C; 4M77 A; 4Y91 A; 1TH7 A; 4C8Q G; 2HNI A; 3HFN A; 1JBM A; 3RKW A; 4M75 E; 2FB7 A; 1Y96 B; 4M77 F; 4MML A; 4N0A A; 4C92 B; 4EMK C; 4C92 D; 3BY7 A; 4JLI A; 3HFO A; 5GAO r; 4M78 F; 1BIA A; 1KQ2 A; 3JB9 D; 4M75 A; 1I81 A; 3JCM X; 1M8V A; 2FYK A; 4RCB A; 1X01 A; 4M75 F; 4WF2 A; 5GAN 7; 5GAN g; 4A53 A; 1LOJ A; 4XU2 A; 4EMK B; 4C92 E; 5GAN e; 5GMK e; 4J6X A; 2DJZ A; 3SWN B; 5LJ5 f; 1B34 B; 5GAM g; 3FIF A; 3JCM g; 2EJG A; 2ZGW A; 5GAN 5; 1Y96 A; 4C92 A; 5GAM e; 3JCM e; 1WNL A; 1N9S A; 1HXD A; 5LJ3 j; 3FB9 A; 4C92 F; 1HK9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1MNE A; 2DA9 A; 1VIE A; 2KYB A; 3E19 A; 1WXU A; 2GF7 A; 1WA7 A; 3H8Z A; 5AYF A; 3VS7 A; 1H64 1; 2X4W A; 3VUB A; 4FU6 A; 4PJO G; 4M7A E; 4M7D G; 5GAN h; 1K4U S; 2DM1 A; 2PVG B; 2D0Q B; 3MP8 A; 3N5B B; 4QVD A; 4DQ2 A; 2EW3 A; 1N8R R; 1Q82 C; 2E1H A; 1QCN A; 1QVG P; 4DBH A; 2QA4 Q; 3V7R A; 1MUZ A; 4B6M A; 1FX7 A; 1G83 A; 1JJ2 A; 1MMG A; 3DB3 A; 1K73 U; 1AZE A; 8AT1 B; 3A98 A; 1VQ9 Q; 1D3B B; 1S1N A; 3I56 T; 3OYB A; 1NE8 A; 1IGQ A; 2QYZ A; 1O9S A; 2RQT A; 3UA7 A; 5FWC A; 1JXO A; 3TU4 K; 2A28 A; 3DLL A; 2MI6 A; 3CC4 A; 3OYE A; 3I55 Q; 2NLU A; 1M2V B; 5GAO q; 4HKE A; 4JJB A; 4ZN1 A; 2QK0 A; 3CCU T; 4NL2 A; 5J26 A; 3EH1 A; 4HVV A; 2HBP A; 1W6X A; 3EG9 A; 1PD0 A; 4JRK A; 1VQ7 A; 5GMK i; 3M4G A; 4LDX A; 3OYI A; 2RQV A; 5A0L A; 1NEB A; 1TH7 A; 2B86 A; 1GFC A; 1K8A U; 2X3W D; 2M1H A; 3JCM X; 2LC4 A; 3OS2 A; 3OYM A; 2K5I A; 2HMA A; 2EQI A; 2XDB A; 4QQG A; 4ME7 A; 2H3E B; 2YUP A; 1YJW Q; 3JCM e; 1E6G A; 1QWF A; 2GCX A; 5KE2 A; 2C0T A; 3VS0 A; 3LWI A; 4B9W A; 2CZ6 B; 3NFC A; 1MGQ A; 2VWF A; 3Q1J A; 2DMO A; 3MET A; 1V76 A; 2YRD A; 2A0F B; 3EGX A; 3GOX A; 3QYG B; 2IVW A; 2FPD A; 3IQL A; 3VRZ A; 5IT9 E; 4RTV A; 2RHU A; 2E6Z A; 3CCV T; 2ZCF B; 2ZPB B; 4PL6 A; 3I5R A; 5I2M A; 1I07 A; 2KXD A; 4E7S A; 3RMS A; 5LJ3 e; 3CCS A; 7AT1 B; 2YLB A; 3PE0 A; 1W70 A; 3G7Z A; 2DXB A; 3JCM P; 4MZM A; 5GAO m; 1IRE B; 3OY9 A; 2DER A; 4ZTF A; 2YHT A; 1YHQ A; 1VOM A; 4HT9 A; 2DL7 A; 2LNV A; 4HVW A; 2JT4 A; 1YIJ T; 1XQH A; 4PJO B; 2DNU A; 4UC4 A; 5KYY A; 4M7D B; 1MV3 A; 2KDS A; 3I56 Q; 2MAM A; 3X28 B; 1NJI R; 4KGV B; 1U8R A; 2O01 E; 1VQ8 T; 2L5Q A; 3ZFJ A; 2WSC E; 5GMK j; 1QCO A; 4ELZ C; 1X2K A; 4DBF A; 5CQY A; 2O31 A; 4DA4 A; 2DXU A; 4M75 D; 4CC2 A; 4A4K A; 4XTU A; 2QQB A; 3PVL A; 2VXF A; 3PGG A; 2QQR A; 3MEV A; 1NBE B; 1GBR A; 2RF0 A; 1I1J A; 1PNJ A; 2MMP A; 1AZG B; 1M1K C; 1FMK A; 2CH4 W; 3CCU Q; 2LJ1 A; 2X4X A; 4JPB W; 4PK4 A; 3JB9 D; 1ZBJ A; 2FO0 A; 2YRC A; 1V29 B; 4RTY A; 1LOJ A; 1GBQ A; 3JV3 A; 1MV0 B; 1RLP C; 1Y96 A; 4HCK A; 2OTJ A; 5GAM e; 1YJ9 T; 3RMQ A; 1T3L A; 2PUK B; 2MCN A; 3LYI A; 3FJP A; 4II1 A; 1YIT A; 4BE0 A; 5I22 A; 3CC2 T; 1TOV A; 2XHC A; 1WLP B; 1VQ5 T; 1T3S A; 2F5K A; 1PRM C; 4PJO C; 4OP0 A; 2GTO A; 1XOV A; 2X4J A; 4M7D C; 5GAN 4; 1I5L A; 4M7A A; 2ZZD A; 3DKM A; 3KFV A; 3MO8 A; 1TUC A; 5HK0 A; 1BYM A; 5DY9 A; 2CUD A; 4IUV A; 3EFR A; 1K9M R; 3M56 A; 3HPW A; 4PJJ A; 4JRI A; 1BU1 A; 2COZ A; 4KUI A; 3T9N A; 2QA4 A; 3CCV Q; 5GMK l; 2IG0 A; 2FZG B; 1KK7 A; 2CT4 A; 3M57 A; 2K5L A; 3H6Z A; 2CGH A; 3ME9 A; 3LGF A; 1U06 A; 1OYX A; 4E7J A; 4NS5 A; 2BTT A; 4JLG A; 4XAX B; 1GCQ A; 1AWJ A; 2QAZ A; 1UDL A; 4FYW B; 3QBY A; 2DTI A; 3EG9 B; 1GFD A; 2K79 A; 4MDX A; 3UDC A; 2DIL A; 3I55 A; 3A8L B; 1I8F A; 2LCC A; 2JM9 A; 2DIG A; 2RH2 A; 2VV5 A; 4QW2 A; 1M1G A; 1YIJ Q; 4M7A G; 4RMO A; 2F69 A; 2HL5 C; 5IHN A; 1M3C A; 3OSS C; 5GAN d; 5KYN A; 6AT1 B; 1VQ8 Q; 2GGR A; 3NHN A; 4ZTJ A; 1VQ7 T; 2FB7 A; 2D9T A; 2AZS A; 4X34 A; 4AFZ C; 2NWM A; 3G71 T; 3LH0 A; 5KH6 A; 3L2R A; 2CUB A; 1KC8 R; 1YI2 T; 4FYV B; 1UGV A; 2LJ3 A; 1WX6 A; 5EG2 A; 2GQI A; 4JJD A; 3EGX B; 2E6N A; 2RHY A; 1X6O A; 2RI3 A; 1M90 R; 2PQW A; 1Y57 A; 2YUO A; 2MYS A; 4KBM B; 1WHH A; 3SWN A; 3J80 E; 2OAW A; 1KQS P; 3CD6 T; 1ZUY A; 1YJ9 Q; 3PMI A; 1VQO T; 1WHJ A; 3H0F A; 5GMK h; 2LX7 A; 3JCM W; 3HTR A; 4BAC A; 2L89 A; 4E7H A; 3S3N A; 4LUD A; 1PRL C; 2HKN A; 3CC2 Q; 1NLO C; 1PC0 A; 4F7U F; 1H3Z A; 2FL7 A; 1VQ5 Q; 2XDD A; 4X9C A; 2D1X A; 2L3P A; 3FEO A; 1OU8 A; 2KXC A; 2DE0 X; 5A2Q E; 5KYY B; 2FRW A; 2EIF A; 2HAX A; 2XIC A; 1N9R A; 2DJQ A; 2VUB A; 4FL6 A; 5FRM A; 2E10 A; 1IO6 A; 4BI4 A; 3OS5 A; 2EQU A; 3OYF A; 1JQQ A; 3GPL A; 4ATO A; 3EG1 A; 3QUI A; 2NUZ A; 3I56 A; 4A4F A; 2RMO A; 1I5O B; 1QP2 A; 3VRY A; 3CCR T; 4FYX B; 4L5G A; 1RAA B; 4OB2 B; 4C0D C; 1PG5 B; 1MMD A; 1K76 A; 3D7S B; 1KD1 C; 4AMC A; 4C92 C; 4J8O A; 2KRO A; 3OMG A; 3QWX X; 3SB2 A; 2EGE A; 2E41 A; 2X3X D; 4Z88 A; 3ER0 A; 4DOV A; 3LW5 E; 2E70 A; 4M75 E; 1Y96 B; 4M77 F; 2KK4 A; 1GRI A; 3OYH A; 3CCU A; 1I81 A; 4KRT A; 3S6W A; 2HL3 A; 2VKN A; 1KD1 U; 5I2S A; 3QPH A; 2P0Q A; 1VQ7 Q; 2EJG A; 4Y28 E; 1QKW A; 2V1Q A; 3G71 Q; 4O6J A; 2OX7 A; 4M7A B; 4BI8 B; 2DD4 A; 4Z89 A; 1YI2 Q; 1WIE A; 1B34 A; 4JJN K; 4XU0 A; 1YIT T; 4LDU A; 2K2M A; 2OTL T; 2CSQ A; 2GFU A; 4DBR A; 2EPD A; 1NG2 A; 2Y4Y A; 2AKK A; 2J7I A; 3CD6 Q; 1WHK A; 1VQO Q; 4QQD A; 3OYA A; 1AD5 A; 1KHC A; 4C8Q F; 3OYY A; 4C5G A; 5GAN 3; 2L3R A; 1ACM B; 4CC4 B; 1KIK A; 3CCV A; 2CT3 A; 5AT1 B; 1Q95 G; 1EX4 A; 2X9H A; 3OMC A; 3CBM A; 5LJ5 g; 1PWT A; 4ZGE B; 1NYF A; 2JVV A; 4J9E A; 2L3Q A; 4PFO A; 4KUL A; 1K73 R; 1D1A A; 5GAN 2; 1JU5 C; 1Y0M A; 2GFA A; 5ECA A; 1AWO A; 3C95 A; 5J3B A; 2COW A; 1MND A; 4M7A C; 3GNF B; 1YIJ A; 2HKQ B; 2YUQ A; 2QG9 B; 4E7Z A; 3CCR Q; 1NZ9 A; 2DKG A; 3M0Q A; 4Y91 A; 4C0G A; 1WJR A; 1VQ8 A; 3HFN A; 4FIB A; 4N0A A; 1ZBX A; 3VYG A; 3OB9 A; 1QVF P; 2BE7 D; 2GBQ A; 1QVP A; 3PT9 A; 1X43 A; 3G4S T; 3WVE B; 5EC7 A; 2CP6 A; 2QEX A; 2MOX A; 1TS9 A; 3SWN B; 2EBP A; 3MJX A; 3FDR A; 2EKO A; 4C92 F; 1SKU B; 2RJF A; 4MDW A; 1K8A R; 1ZSZ A; 1VQ4 A; 3V7S A; 2KRM A; 2JMA A; 3CCJ T; 4N4H A; 4PJL A; 4E47 A; 4AFS C; 1YJ9 A; 4ANJ A; 3QZ5 B; 1B7T A; 2OTJ Q; 5M9O A; 1ABQ A; 3A5Z B; 4KT0 E; 3QSU A; 1WJQ A; 3SFM A; 4OB1 B; 1KHI A; 2ABL A; 4DEX A; 3CC2 A; 1YIT Q; 5GAO p; 2EQJ A; 1VQ5 A; 2WSE E; 2KRN A; 3GLX A; 2OTL Q; 3NTI A; 1BI2 A; 2JZ2 A; 1J3T A; 1YN8 A; 2LCS A; 1S72 T; 1TTH B; 1WHL A; 2O2O A; 2XKO C; 1NEG A; 3PFS A; 2JUF A; 2WSF E; 3ULR B; 4AG2 C; 4M78 E; 3M0T A; 4XTX A; 2LCL A; 5L8R E; 2H8H A; 3SWN C; 1TG0 A; 3U23 A; 4EMH A; 1UJ0 A; 3A8O B; 5FRN A; 1QVF S; 4C5H A; 3EHR A; 3M0P A; 9ATC B; 4BDZ A; 1WHG A; 1Q82 U; 2NUT A; 1M5Q 1; 1QCF A; 2XMF A; 3THK A; 3HP9 A; 3RKW A; 3MHX A; 1X75 C; 2HZY A; 4QKU A; 1HD3 A; 2DPP B; 4M78 F; 4M75 A; 2FYK A; 1SRL A; 3DLM A; 2RK1 A; 1G2B A; 1Q86 C; 5GAN e; 4LNP A; 1B34 B; 1QQJ A; 2RHI A; 2XID A; 1B3Q A; 1PM3 A; 2LT4 A; 2E5Q A; 3ZEH A; 1HK9 A; 3M0S A; 5CIU A; 4E6R A; 3G4S Q; 4D6W A; 3G71 A; 2C0I A; 4HCC A; 3FC3 A; 3TRE A; 4PJN A; 4EMK A; 4N4G A; 1XNI A; 1YI2 A; 5I21 A; 4BD3 A; 3C4S A; 2CP5 A; 2CYZ B; 2RD1 A; 3VU3 C; 2F2W A; 3EHQ A; 4EDU A; 1ZX6 A; 2RHZ A; 3CCJ Q; 2XU8 A; 1VQP T; 1VA7 A; 2CRE A; 3JCM b; 2OAU A; 1GL5 A; 3CD6 A; 4M75 G; 1IHW A; 1VQO A; 4D8K A; 1QVG S; 3QZ9 B; 1RAH B; 2DEU A; 1EFN A; 2QGG A; 2EAY A; 2KAF A; 4WCI A; 2P0P A; 2DL3 A; 2YT6 A; 2GTJ A; 2J6O A; 3JB9 G; 1FMW A; 1H8K A; 4NOY A; 2V1R A; 2VVK A; 1R0B G; 3CPW P; 1S72 Q; 4LD9 K; 2FZC B; 2ZPI B; 3CCM T; 1C0M A; 2KMT A; 2M51 A; 4MMK A; 4RTW A; 1WDX A; 1M3A A; 4FT2 A; 2V8K A; 4HA8 A; 2YLC A; 4M77 D; 5HK3 A; 2KE9 A; 2LJ0 A; 3G6E T; 2Z0W A; 5KYX A; 2XK0 A; 2DEQ A; 1M3B A; 3J81 E; 1I0C A; 2QQS A; 1JB0 E; 3UT1 A; 5IHI A; 1WJS A; 1X6B A; 1QWE A; 2L2P A; 4PLI A; 3CCR A; 5KYU A; 3TEE A; 4E7I A; 2JJ9 A; 4JLI A; 1YP5 A; 1KQ2 A; 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