The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
76
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structure length |
76
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Chain Sequence |
MIPPINFIFKLLQQHTPVSIWLFEQTDIRLQGQIRGFDEFMNIVLDDAVQVDAKNNKRELGRILLKGDNITLIQAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
|
| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor spp42
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| publication title |
Structure of a yeast spliceosome at 3.6-angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| total genus |
8
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| structure length |
76
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| sequence length |
76
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| chains with identical sequence |
m
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-08-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| H | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1WNL A; 2RB6 A; 2DXU A; 4M7A A; 3JCM X; 2FYK A; 1I4K 1; 5GAN g; 4PJO F; 5LJ5 d; 1MGQ A; 4JLI A; 4C8Q A; 4EMH A; 4M77 A; 4XTX A; 2E1H A; 2RM4 A; 4M75 G; 3V8J A; 4M7A D; 5GMK m; 3L1A A; 3JCM g; 4MMK A; 5GMK j; 4M78 A; 3RER A; 4XU1 A; 4V2S A; 4C8Q D; 3JCM P; 4M7A C; 3VU3 C; 5GAO l; 3JCM W; 5GMK e; 1LOJ A; 3JCM e; 5GAN h; 2EJF A; 4RCB A; 2VC8 A; 4C8Q C; 4M77 C; 3RES A; 2EWN A; 3RKX A; 2QTX A; 4XU2 A; 4C92 F; 1TH7 A; 3JB9 G; 2HNI A; 2DVE A; 5GMK h; 4HT9 A; 4JRI A; 4DQ2 A; 4M78 C; 3JCM h; 1M8V A; 4M7A B; 3V8K A; 5GAO q; 1B34 B; 4PJO A; 5GAM g; 5GAN 2; 2DTH A; 4M75 F; 3V8L A; 2VXE A; 4C8Q B; 1HK9 A; 4M77 B; 5GAM j; 4F7U E; 4M7D A; 5GAM e; 1BIA A; 1BIB A; 5I21 A; 3M4G A; 2YLC A; 4J6Y A; 1KQ2 A; 4EMK A; 1D3B A; 2VXF A; 4HA8 A; 3SWN A; 4PJO C; 4M7D D; 5GAM h; 4XTU A; 3JB9 F; 4J6W A; 4NL2 A; 5GAN j; 3RIR A; 1N9S A; 4C92 A; 5GAO m; 2YLB A; 3FJP A; 5GAO p; 4M7D C; 1N9R A; 2ZGW A; 1LJO A; 5DY9 A; 3JCM f; 5GAN e; 5GAO n; 4J6X A; 4EMK C; 4F7U F; 5LJ3 g; 4NL3 A; 4M77 D; 3SWN C; 4PJO B; 4QVD A; 4M75 A; 4XTW A; 3JCM d; 3INZ A; 4M78 D; 4C92 C; 1I5L A; 2E41 A; 4M7D B; 5GAN d; 4WF2 A; 1U1T A; 1U1S A; 3RKY A; 5GAO r; 3SB2 A; 4XQ3 A; 1D3B B; 3SWN B; 5LJ3 h; 4QVC A; 3JCM J; 3BDU A; 3FB9 A; 4JRK A; 3BW1 A; 4M75 C; 4RCC A; 1KQ1 A; 1WPY A; 2Y90 A; 2YHT A; 4XTZ A; 4F7U G; 3PGG A; 4C92 B; 2DZC A; 4J5Y A; 5GAM f; 4M7A E; 2K57 A; 2JN0 A; 3V7R A; 4OP0 A; 3JB9 J; 4PJO D; 4C8Q E; 2DEQ A; 4M77 E; 4M78 B; 3HSB A; 4XU3 A; 3GIB A; 3JB9 H; 3JCM b; 2DTO A; 3BFM A; 4M78 E; 4M75 B; 4XTV A; 1Y96 A; 4A53 A; 5GAN f; 1M5Q 1; 5GAM d; 4M7A F; 1I8F A; 4N0A A; 5GAN 6; 4C92 D; 3QO3 A; 3RUX A; 4Y91 A; 5LJ3 j; 3RKW A; 2E65 A; 2RD1 A; 3BY7 A; 1I81 A; 1X01 A; 5LJ5 g; 5LJ3 e; 4PJO E; 3HFO A; 1H64 1; 5LJ5 j; 2DTI A; 1JBM A; 2EAY A; 3QSU A; 4M75 D; 4N0A C; 3QUI A; 3FIF A; 4NOY A; 4EMK B; 5LJ5 e; 5GAN 7; 1YCY A; 4M7A G; 4M7D E; 4X9D A; 1Y96 B; 2CGH A; 3L2Z A; 2DKG A; 5LJ3 d; 4C8Q G; 4M77 G; 5GAN 5; 2FB7 A; 5LJ5 h; 5GAN 3; 1B34 A; 4XTY A; 3AHU A; 3JCM Q; 4C92 E; 3JB9 D; 4M78 G; 4F7U A; 2DJZ A; 5GAN 8; 2EJG A; 5GMK i; 1WQW A; 3HFN A; 2E64 A; 1HXD A; 1JRI A; 2DZ9 A; 2RA2 A; 5CAI A; 4M7D F; 4M75 E; 3JCM V; 3EFR A; 5GMK l; 2EJ9 A; 4PNO A; 5LJ3 f; 4PJO G; 4C8Q F; 4HT8 A; 4M77 F; 2E10 A; 3V7S A; 4JUV A; 4XU0 A; 4M78 F; 5LJ5 f; 3EFS A; 2I2L A; 3V7C A; 5GAN 4; 4MML A; 4M7D G; 4F7U B; 4EMG A; 3JCM c; 1LNX A; 4A54 A; 3JB9 I; 2DXT A; 3QHS A; 4X9C A; 4C92 G; 1WQ7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1AD5 A; 3QZ9 B; 1D0X A; 2DRM A; 4BDZ A; 2HZY A; 4M7A D; 4HCB A; 1ZA2 B; 2LQK A; 2EQU A; 1KSW A; 3HL8 A; 4C8Q D; 4M7A C; 4OGE A; 4C8Q C; 2VV5 A; 5HCK A; 2BKD N; 4C92 F; 1Y07 A; 4M7A B; 1Q81 U; 2L8D A; 5GAN 2; 5KE2 A; 2EGE A; 4C8Q B; 1OX9 A; 2EYQ A; 3C12 A; 3LLR A; 2JJ9 A; 2BZY A; 3CPW A; 4J6W A; 5GAN j; 4RTY A; 3H9N A; 2A36 A; 1SRL A; 4PK4 A; 3R6O A; 3VS3 A; 3OYC A; 1Q86 C; 1K4U S; 4DOV A; 1N8R U; 2KNB B; 2MPX C; 1BI2 A; 2CP6 A; 1SF9 A; 3CMA Q; 1F1B B; 2YSQ A; 2E3I A; 2AKK A; 1M2V B; 1KJW A; 2QGG A; 2EKO A; 3HFO A; 3QSU A; 4M75 D; 1YCY A; 1Y96 B; 2EFI A; 2Y4Y A; 5GAN 5; 3M53 A; 3Q1J A; 4MDX A; 4L59 A; 1WHJ A; 2H3E B; 1AEY A; 1VQ7 Q; 5GMK i; 2RA2 A; 1WXU A; 2FZC B; 5CCA A; 3EFR A; 2AHJ B; 4J9B A; 1P92 A; 1M1F A; 3PE0 A; 1NLP C; 4HVU A; 4K11 A; 2FG0 A; 4A54 A; 1X2Q A; 4HXJ A; 2JS0 A; 2QQS A; 1TUG B; 4PFP A; 1Q82 R; 1KD1 R; 2LNV A; 1MGQ A; 2P84 A; 2MWO A; 2YRD A; 5A2Q E; 2HL3 A; 1WI7 A; 1QWF A; 1LOJ A; 2VC8 A; 2EWN A; 1PKT A; 3RKX A; 4PJJ A; 3I35 A; 2DPP B; 3OS1 A; 1NYF A; 2MI6 A; 2LCC A; 1K9M U; 3KUF A; 4L6V 5; 2VXE A; 2QEX T; 2ZPB B; 3S3O A; 1NEG A; 2COY A; 3MJX A; 4M4Z A; 2ABL A; 2VXF A; 3G71 T; 4XTU A; 1N9S A; 5GAO m; 3VJP A; 2C0T A; 1VQL Q; 3PFS A; 3E19 A; 1ZBX A; 2NUT B; 1QKW A; 4ANJ A; 2V1Q A; 2QEX A; 4OMO A; 3INZ A; 4DBR A; 5GAN d; 2PU9 B; 4LN2 A; 1QKX A; 1D3B B; 3G71 A; 1SHG A; 4JRK A; 3FB9 A; 2FPF A; 1N8R C; 1BK2 A; 2BZ8 A; 3LH5 A; 2K57 A; 3V7R A; 4C0F A; 2JTE A; 1IO6 A; 2JUF A; 2VGN A; 2LVM A; 4J7F A; 4OB2 B; 3HRS A; 1RL2 A; 2ZPI B; 4JJD A; 1QVP A; 3OYD A; 2LT4 A; 3C94 A; 3H0H A; 1RLP C; 1UHF A; 4X1V A; 1S1N A; 3CBP A; 5FW9 A; 2DX1 A; 2FZG B; 2KRN A; 4BUG A; 2OI3 A; 5FU6 C; 1WJS A; 1UUE A; 2L5Q A; 1YIJ T; 2HQX A; 5GAN 8; 2V8J A; 1YJN T; 4M7D F; 4LD9 K; 5FU6 B; 4M75 E; 2LP5 A; 4OB0 B; 2NUP A; 2ED1 A; 2FPE A; 2MWP A; 4IUR A; 5LJ5 f; 2CSQ A; 2I2L A; 3V7C A; 1OU9 A; 4AFZ C; 2GFU A; 1YIJ A; 2PVO B; 3JCM c; 3A8G B; 3CCJ Q; 1YJN A; 4Z89 A; 3OB9 A; 1VA7 A; 3OYM A; 4BE1 A; 1FMV A; 2VGM A; 1WJR A; 2J7I A; 1NLO C; 2MAM A; 1G3S A; 3TU4 K; 2I0N A; 2J6K A; 2K5I A; 3CD6 Q; 3VS6 A; 3RES A; 5GMK h; 4M78 C; 4CC7 A; 2L3P A; 1IXD A; 1AHJ B; 2EVR A; 3GBQ A; 2D6F A; 3CC4 Q; 1VQ9 Q; 1C6V X; 1K9M C; 4J6Y A; 6AT1 B; 1QVF P; 2DYB A; 1AWW A; 1D0Y A; 2DD4 A; 3JB9 F; 1PNJ A; 3FJP A; 4HKE A; 3X20 B; 1JJ2 A; 3EFO A; 4FSX A; 1QP3 A; 2L3S A; 1K8A R; 2HCK A; 2CSI A; 2QQR A; 1KFZ A; 2HD0 A; 2X3W D; 3QII A; 1VQ6 Q; 3JCM d; 5KYU B; 3PGG A; 2VVK A; 4OP0 A; 3CCM T; 2KBT A; 3I55 Q; 4ZN1 A; 3QXE B; 1R0C B; 3JCM b; 3TQ7 P; 2DTO A; 2QI2 A; 5GAN f; 2C0O A; 1KD1 U; 1Q82 U; 1JXM A; 3OYI A; 2KRM A; 1WYX A; 4J9E A; 1GRI A; 5A0L A; 1W2B P; 3CCM A; 1I1J A; 4N0A C; 4M7D E; 5GAN 3; 1YJ9 Q; 1GCQ A; 4ZGD B; 1VQM Q; 2LRQ A; 4PJL A; 3GP8 A; 3EHQ A; 2QQ9 A; 1G83 A; 2DM1 A; 2EJ9 A; 1D1B A; 1OUL A; 1WHM A; 1YWO A; 4IUV A; 3PT9 A; 1IGQ A; 4ME7 A; 3V7S A; 4EIK A; 1W2B S; 4AG1 C; 2G6F X; 1G3T A; 3JRZ A; 1QLY A; 2M51 A; 3HRT A; 3MEW A; 2XDD A; 4X9C A; 3LX7 A; 2HSP A; 1V29 B; 1HJD A; 4RUG A; 2K9G A; 3FEO A; 3SDZ A; 3QJY A; 2ZZD A; 4E7Z A; 4M75 G; 1X2K A; 5D6X A; 5IXB A; 3FJ5 A; 1BKB A; 1PSF A; 3UA7 A; 4M77 C; 1KHC A; 3HRU A; 1M1K R; 2B8A A; 1R77 A; 4M77 B; 2G3R A; 2PUK B; 3EGD A; 1SG5 A; 5IT9 E; 3HPW A; 3SWN A; 3J81 E; 4PL6 A; 2ZPH B; 4E7I A; 4ZGJ B; 1BI3 A; 3UAT A; 2EYX A; 4WTO B; 3CCS T; 1BI0 A; 4J9F A; 3RNJ A; 4HVV A; 5GAO n; 3M0S A; 4JLG A; 4EMK C; 3CC2 Q; 1NM7 A; 4M75 A; 3MCA B; 1MMA A; 2LC4 A; 1AT1 B; 2JT4 A; 5IHK A; 2D0Q B; 4XQ3 A; 2X4Y A; 3QWY A; 1KQ1 A; 2YHT A; 2ATC B; 4J5Y A; 3CCS A; 2EQJ A; 5IAY A; 3ER0 A; 5KYW B; 3HSB A; 3P8D A; 2NYS A; 3CQT A; 1T3L A; 4QQG A; 4A53 A; 4J8O A; 1YJN Q; 2AT1 B; 5GAM d; 3KXT A; 1QCF A; 5KYX A; 1CKB A; 1AOJ A; 1KD1 C; 1Q82 C; 4HCK A; 2E65 A; 2HL5 C; 3BY7 A; 5CKF A; 2DBK A; 1JBM A; 1BBZ A; 1E6H A; 3MHX A; 4BI8 B; 1EFN A; 3WXM B; 1BCO A; 2E4H A; 3SHW A; 2F2X A; 4TVR A; 3A8M B; 3UDC A; 2DZ9 A; 2JMA A; 1XJW B; 4F16 A; 4BB7 A; 1RUW A; 1VIE A; 2DXB A; 4KT0 E; 1QWE A; 1IZ6 A; 4JUV A; 4M7D G; 1K8A U; 2DXT A; 2D8H A; 3CMA T; 3NPF A; 3OYF A; 3A98 A; 4ZN3 A; 4QQD A; 2GBQ A; 1JU5 C; 3HKS A; 3WVE B; 2XD0 A; 5KH6 A; 4XU1 A; 2JXB A; 3VS7 A; 1TS9 A; 1YFN A; 3CMA A; 2LJ3 A; 2A28 A; 4A4E A; 1SKU B; 1M8V A; 2ED0 A; 3REA B; 3V8L A; 4M7D A; 1X27 A; 4DEX A; 2VAS A; 1VYV A; 1VQ7 T; 1K0S A; 3PIP A; 4OGC A; 5LJ3 g; 1S72 A; 4XTW A; 4QKU A; 1YWP A; 4F14 A; 5CIU A; 2OAU A; 1VQ7 A; 3TSZ A; 4JS4 A; 2DEU A; 1YJW Q; 2P4T A; 3I5S A; 1NYG A; 4PJO D; 3CCV T; 4ELY C; 3BFM A; 4XTV A; 4BI4 A; 4QQ6 A; 1Y7X A; 3L2V A; 1CKA A; 3C95 A; 2MMP A; 3OW2 P; 5IH2 A; 1GFD A; 2LTO A; 1G2B A; 4R0K A; 4X34 A; 1OPL A; 2AKL A; 1VQN Q; 3EH1 A; 4ESR A; 2EAY A; 1E6G A; 3CCV A; 1OZ2 A; 2CT4 A; 2DA9 A; 2VYT A; 1M1K U; 1XNI A; 2FB7 A; 3C0C A; 3I9Q A; 1OX8 A; 2PVD B; 3BE3 A; 2YT6 A; 2PNI A; 2KMT A; 1RAI B; 2X3X D; 3JCM V; 1VQL T; 2D0N A; 1ABO A; 2AK5 A; 2QA4 Q; 3QDF A; 3MPU B; 5A0G A; 5GAN 4; 1VQ5 Q; 3URG A; 4EMG A; 1QVG A; 5J39 A; 1K8A C; 1ZHI A; 2ENM A; 5L8R E; 1VQL A; 3UPU A; 2E3H A; 2C0I A; 1RI0 A; 4EMH A; 1T0H A; 1AWX A; 3EGX A; 2CH4 A; 5KCO A; 5GMK j; 4MMK A; 2DL3 A; 4JJC A; 1WHK A; 3VKI A; 5I11 A; 1PRM C; 1K76 A; 2M0O A; 2XK0 A; 4KH0 B; 2XHC A; 3M5A A; 1C1A A; 2CUB A; 2CS7 A; 4E47 A; 2ZCF B; 3LGL A; 3OYY A; 2YLC A; 4ELZ C; 4HA8 A; 1YIT Q; 1MND A; 5D6W A; 2OJ2 A; 5CKB A; 1I07 A; 4FT4 A; 1UGP B; 1YP5 A; 1X6O A; 2M1H A; 4C92 C; 4LUE A; 4RTX A; 4ZTJ A; 5GJV B; 2RK2 A; 3TSW A; 1RAB B; 1W1F A; 5LJ3 h; 3CCJ T; 2NWM A; 4C92 B; 4LUD A; 1VYT A; 2JN0 A; 3VS1 A; 4A4G A; 2YUP A; 3L42 A; 3GIB A; 3E1S A; 3JB9 H; 1SEM A; 5CO7 A; 1M90 R; 1SSH A; 1M5Q 1; 4M7A F; 2YXY A; 1I8F A; 3CCJ A; 3A8L B; 1KQS P; 2HQE A; 3CD6 T; 1IGU A; 3RR6 A; 4PJO E; 1UGV A; 3OYK A; 1NPR A; 2GCX A; 2F5K A; 3CC4 T; 1VQ9 T; 1O75 A; 2EKH A; 1M1K C; 3CD6 A; 4LNP A; 2RJC A; 3HFN A; 1MMN A; 2DXC A; 1Y57 A; 3I56 Q; 1X43 A; 4D6W A; 3CXC A; 2DMO A; 1XTD A; 2YUQ A; 1TUD A; 1XOV A; 3CC4 A; 4MZP A; 1NJI R; 1KQS S; 1VQ9 A; 1UEC A; 4FL6 A; 3X25 B; 3KFV A; 1UJY A; 1VQ6 T; 3LW5 E; 4O5V A; 1S72 Q; 4JJN K; 1UJ0 A; 2JNG A; 3I55 T; 2RB6 A; 4Z02 A; 5LJ5 d; 3V8J A; 4II1 A; 1I5O B; 2EQM A; 5M9O A; 3JCM P; 1VQ6 A; 3ZBD A; 1N6A A; 3JCM e; 4HCC A; 1WHG A; 2WSF E; 4PFZ A; 2QTX A; 4FM4 B; 2IG0 A; 2FZK B; 3I55 A; 1VQK Q; 5KYY A; 3V8K A; 1B34 B; 4M75 F; 4B9X A; 2BIV A; 2R58 A; 1YJ9 T; 1KQ2 A; 4RMO A; 3F70 A; 1ACM B; 2K79 A; 3JV3 A; 3CCV Q; 2C06 A; 1VQM T; 3M0P A; 3AT1 B; 2LCS A; 1N9R A; 4YTL A; 4RTW A; 1PC0 A; 2MYS A; 3LWH A; 4QVD A; 1WXT A; 3PMT A; 2VUB A; 1YJ9 A; 1UGQ B; 1ZSZ C; 3NMZ C; 4QT7 A; 2GFA A; 3JCM J; 1VQM A; 1BU1 A; 2DL7 A; 2Y90 A; 2M16 A; 4M7A E; 3RMQ A; 4EDU A; 3MP1 A; 2K5L A; 4C8Q E; 4XU3 A; 4C5I A; 1YBY A; 1UG1 A; 2KE9 A; 4RTU A; 1M3C A; 2A3L A; 4CC3 A; 2O88 A; 3G1J A; 2WSC E; 2EGA A; 4JRQ A; 3OS0 A; 2K2M A; 3UA6 A; 1R8O B; 1PWT A; 4CI0 C; 1LPL A; 4A4K A; 2DTI A; 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