The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
|
sequence length |
56
|
structure length |
56
|
Chain Sequence |
ELVLALYDYQEKSPDEVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKLD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Understanding the polymorphic behaviour of a mutant of the alpha-spectrin SH3 domain by means of two 1.1 A structures
rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Gallus gallus
|
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
|
| total genus |
12
|
| structure length |
56
|
| sequence length |
56
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-03-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DIL A; 1HJD A; 2J6O A; 1X6G A; 1BB9 A; 1WYX A; 4IIO A; 2FPD A; 2KT1 A; 2X3W D; 3H0H A; 2RPN A; 3EGU A; 4D8K A; 1T3S A; 2ED0 A; 2DLP A; 2DL5 A; 3GBQ A; 1M3B A; 1HD3 A; 4OMQ A; 2OJ2 A; 4RTW A; 2C0T A; 5ECA A; 2EBP A; 2EKH A; 3VS2 A; 3NHN A; 1K0X A; 2DM1 A; 2XMF A; 2RQR A; 4AG1 C; 4Z88 A; 1RUW A; 1JQQ A; 2BZX A; 2DBM A; 1IO6 A; 1MUZ A; 1YP5 A; 2KT8 A; 2O2O A; 2DRM A; 2KYM A; 2OAW A; 1ZSG A; 1NLO C; 4M4Z A; 2LNH B; 1RLP C; 2NWM A; 1ZLM A; 2DYB A; 3C0C A; 1QKW A; 1NLP C; 1WXB A; 5IHK A; 1XOV A; 4LUD A; 2B86 A; 1K76 A; 1K4U S; 2O88 A; 4OMP A; 1SRM A; 2ROL A; 2RNA A; 2P4R A; 4QT7 A; 1E6H A; 2YUO A; 2EPD A; 1J3T A; 2LMJ A; 3UA6 A; 2LJ1 A; 1W1F A; 4JJC A; 4EIK A; 1SEM A; 1UDL A; 1KSW A; 4ORZ A; 1M3C A; 5FW9 A; 1OOT A; 4IIM A; 5FWB A; 1RI9 A; 2FPE A; 4OML A; 1AEY A; 3VS0 A; 2FRW A; 4AFZ C; 4F14 A; 4F17 A; 1Y57 A; 1AZG B; 2L3S A; 2CUD A; 4OMO A; 1OEB A; 2DL8 A; 1GCQ A; 2AZV A; 2J05 A; 1ABO A; 4JJD A; 1H3H A; 2RF0 A; 4RTZ A; 3SHW A; 3PVL A; 1CKB A; 2FO0 A; 1GRI A; 1NYG A; 1PKT A; 2O9V A; 4J9F A; 3TSW A; 3VS1 A; 1UTI A; 1VYV A; 1A0N B; 2LZ6 B; 2ROT A; 5GJV B; 1ABQ A; 1NG2 A; 2YUP A; 1NEB A; 2RQW A; 2DF6 A; 2JXB A; 2MCN A; 3QWY A; 2RQV A; 1SSH A; 1WXT A; 3UAT A; 1X69 A; 2L0A A; 2I0N A; 4AG2 C; 2K6D A; 2QDL A; 3VS4 A; 1KFZ A; 4GLM A; 2RQT A; 1MV0 B; 3PVQ A; 5IHN A; 3M0Q A; 1GCQ C; 4CC4 B; 1I07 A; 2EYZ A; 4LNP A; 5GJW B; 3VRY A; 2DL3 A; 2M51 A; 3CQT A; 4D8D A; 5L23 A; 2KYB A; 2DA9 A; 2DE0 X; 2EGE A; 2DL4 A; 4Z8A A; 1JEG A; 1E7O A; 2H8H A; 1HSQ A; 1WXU A; 4J9D A; 3VS6 A; 1TG0 A; 2K3B A; 1M30 A; 4CC7 A; 4A63 B; 2KNB B; 2GNC A; 2O31 A; 1GFD A; 2SEM A; 2NUZ A; 2VVK A; 2ED1 A; 1EFN A; 2KRM A; 2LQN A; 2KR3 A; 1SRL A; 3UF4 A; 1AOJ A; 2GBQ A; 4DEX A; 1WFW A; 1UJ0 A; 3ZL7 C; 2RQU A; 1ZBJ A; 1X43 A; 1M3A A; 1UG1 A; 1Y0M A; 3QWX X; 1QWF A; 2AZS A; 3NMZ C; 4RTV A; 2FEI A; 3TVT A; 1PRM C; 2A28 A; 2F2V A; 2YUQ A; 1S1N A; 1U5S A; 4JZ3 A; 4K11 A; 1FYN A; 1U3O A; 2K2M A; 4J9E A; 2HBW A; 2KGT A; 1QCF A; 1MV3 A; 2KRS A; 2CH4 A; 2LQW A; 3RBB B; 2JTE A; 2YDL A; 3I35 A; 1ZX6 A; 2G6F X; 1G83 A; 1BU1 A; 2KRO A; 2EW3 A; 1GCP A; 1X2K A; 4X1V A; 1QWE A; 1ARK A; 2JW4 A; 2KXD A; 1OV3 A; 1UFF A; 4R0K A; 4RTT A; 2MIO A; 1H8K A; 2JS2 A; 1G2B A; 4HVW A; 1QLY A; 2K79 A; 2M0Y A; 2HEQ A; 2YT6 A; 1I1J A; 4LE9 A; 3I5R A; 2KBT A; 1Z9Z A; 3LH5 A; 4OMN A; 2DMO A; 2JMC A; 2EYW A; 1WI7 A; 3M0R A; 1BK2 A; 2J06 A; 2RN8 A; 2SRC A; 2DBK A; 1JXM A; 3H0F A; 5EC7 A; 2CDT A; 4AFS C; 2PNI A; 2V1R A; 1V1C A; 4HVV A; 5I22 A; 1WDX A; 1UHC A; 4E6R A; 2DVJ A; 2O9S A; 4J9H A; 2J6K A; 1B07 A; 2BZY A; 4GBQ A; 5IH2 A; 4HCK A; 4DEY A; 2CH4 W; 2L2P A; 4WCI A; 1AZE A; 3EG0 A; 3EHR A; 2CSI A; 1VYT A; 1AD5 A; 2E5K A; 2LJ0 A; 1B3Q A; 2CSQ A; 2D1X A; 1CKA A; 4JPB W; 4LN2 A; 1UJY A; 1TUD A; 2K7A A; 2W0Z A; 2A08 A; 3M0S A; 2VKN A; 3VRZ A; 2DX1 A; 1SHG A; 2JM9 A; 2L3P A; 3H0I A; 2FPF A; 4RTY A; 1X6B A; 2D8H A; 1W6X A; 3I9Q A; 1PNJ A; 3SEM A; 2JT4 A; 4LUE A; 1SPK A; 1CSK A; 4F16 A; 2EYX A; 5FWC A; 4ESR A; 2W10 A; 4J9B A; 2D8J A; 3R6N A; 2KRN A; 2ESW A; 2F2W A; 2EQI A; 4J9I A; 1AVZ C; 1N5Z A; 1QKX A; 1JU5 C; 2AKL A; 3NGP A; 4J9C A; 5IXB A; 4ZNX A; 2EGA A; 3PE0 A; 1GBR A; 2MOX A; 2DL7 A; 4RUG A; 1X27 A; 3KFV A; 2A37 A; 1UHF A; 2PZ1 A; 4HXJ A; 1PHT A; 2FG0 A; 2KXC A; 3M0T A; 4J9G A; 2HSP A; 4JJB A; 1E6G A; 2GTO A; 2YUN A; 5I11 A; 1UUE A; 2DJQ A; 1M27 C; 2ECZ A; 1WA7 A; 2CT4 A; 2DRK A; 4RTU A; 1H92 A; 3H41 A; 1YWO A; 2YSQ A; 2BTT A; 2RMO A; 2X3X D; 2EGC A; 1ZUY A; 3I5S A; 2LJ3 A; 3RNJ A; 3EG1 A; 1GFC A; 2JS0 A; 1GBQ A; 2D0N A; 1I0C A; 1AWO A; 1FMK A; 4RTX A; 1T0H A; 1ZUU A; 1T0J A; 1K0S A; 4CC2 A; 1KIK A; 2L3Q A; 1NM7 A; 2LP5 A; 3U23 A; 1AWJ A; 4JZ4 A; 2A36 A; 2GTJ A; 1T3L A; 2CUB A; 3VS7 A; 1YN8 A; 1Z9Q A; 5IXF A; 2C0I A; 1AWW A; 1U06 A; 2J7I A; 1NEG A; 2GGR A; 1UEC A; 2OI3 A; 2PTK A; 4AFU C; 3EG2 A; 2BZ8 A; 2KEA A; 2AKK A; 2KE9 A; 3M0P A; 3VS3 A; 1TUC A; 3O5Z A; 3FJ5 A; 5HCK A; 2DNU A; 5IHI A; 1JO8 A; 1PWT A; 1PRL C; 1OPK A; 2LCS A; 2GQI A; 2HCK A; 2EYY A; 2AK5 A; 1SHF A; 2F2X A; 1PKS A; 2CRE A; 1JXO A; 1W70 A; 1WX6 A; 1KJW A; 3EG3 A; 2IIM A; 1BBZ A; 2VWF A; 1YNZ A; 3VS5 A; 2JMA A; 3JV3 A; 3UA7 A; 2EVR A; 3IQL A; 1OPL A; 1VA7 A; 1VYU A; 1UGV A; 2CT3 A; 1GL5 A; 1X2Q A; 2ABL A; 1YWP A; 2C0O A; 3A98 A; 2K9G A; 1WIE A; 1WLP B; 3NPF A; 3M0U A; 1K9A A; 1YCS B; 2HDA A; 1AWX A; 1ZUK A; 4HVU A; 3ULR B; 3THK A; 4Z89 A; 2JM8 A; 2LX7 A; 4AFQ C; 2FRY A; 1LCK A; 3EHQ A; 4OMM A; 4CC3 A; 3REA B; 3TSZ A; 1RLQ C; 1NYF A; 4FSS A; 4KRT A; 1UE9 A; 2V1Q A; 2ENM A; 3REB B; 2J6F A; 1K1Z A; 1M8M A; 4Y92 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4C92 G; 1SG5 A; 2DIL A; 1ZA2 B; 1WYX A; 5LJ3 d; 5HK3 A; 2FPD A; 2RJC A; 3CC2 Q; 3OW2 S; 4IUT A; 4ZN3 A; 1W2B A; 2FZC B; 4JLG A; 1FMW A; 5CK9 A; 2DL5 A; 3GBQ A; 3G4S Q; 4OMQ A; 3EH1 A; 2OJ2 A; 1TS9 A; 2PUO B; 1Y96 A; 2LT1 A; 4GLK A; 2EFI A; 1K0X A; 4PJN A; 2D0Q B; 1RUW A; 2BZX A; 4E7K A; 1YP5 A; 3N5B B; 3BY7 A; 1JBM A; 4RCB A; 1Q81 U; 4JRK A; 2LNH B; 1BI2 A; 2X4W A; 4FM4 B; 3EH2 A; 3LX7 A; 3OSV A; 2K3X A; 1LOJ A; 1M1K R; 1WXB A; 4KBM B; 1K73 C; 1XOV A; 1TUG B; 3TQ7 P; 2ROL A; 1E6H A; 4NL2 A; 3OYG A; 2EPD A; 3MET A; 1TOV A; 5CAI A; 1VQN A; 3OYA A; 2X4J A; 1SEM A; 1UDL A; 1YIT Q; 4JRQ A; 1BIB A; 3CCM T; 1AT1 B; 4FSX A; 4EMG A; 1JJ2 S; 4AFZ C; 3CCE Q; 2P0Q A; 2OTL Q; 3I55 A; 3JCM b; 1OEB A; 4KUL A; 1ABO A; 2RF0 A; 2DIG A; 3RIR A; 2MMP A; 4PJO C; 3M59 A; 2FO0 A; 4JUV A; 2O9V A; 2YHT A; 3VS1 A; 1QVG S; 1UTI A; 5A2Q E; 5GAN 3; 3E2U A; 4M7A F; 2ROT A; 5GJV B; 1VQ9 T; 2HD0 A; 3DB4 A; 3CCV T; 4PFZ A; 2L0A A; 1H3Z A; 2AT1 B; 3PVQ A; 4L59 A; 3OS5 A; 2EQK A; 2P4T A; 3OS0 A; 2LCC A; 1GCQ C; 3GNG A; 2QXF A; 4LNP A; 4D8D A; 2DL3 A; 3V8K A; 4M75 B; 1VOM A; 4FYX B; 3M53 A; 3CCJ Q; 2DK3 A; 3MP8 A; 5L23 A; 3P8H A; 4KUD K; 2QEX Q; 2DE0 X; 2D9T A; 2XDP A; 3PIP A; 2YRV A; 4Z8A A; 1E7O A; 4C0G A; 1VQO A; 1WXU A; 4J6X A; 3HTR A; 3OA6 A; 4M77 E; 1M30 A; 2RD1 A; 4HCZ A; 4A63 B; 3LWI A; 2QGF B; 2RHI A; 4Z02 A; 3UT1 A; 4MML A; 8AT1 B; 2EKO A; 2O31 A; 1GFD A; 2SEM A; 5KYU B; 2NUZ A; 2VVK A; 2ED1 A; 2CZ1 B; 1VQK T; 2KRM A; 3VYG A; 1K73 R; 3QII A; 1AHJ B; 3E19 A; 3EFO B; 3FB9 A; 5FLX E; 1UJ0 A; 3ZL7 C; 1ZBJ A; 1N9R A; 2JNG A; 3EGX B; 3QWX X; 4JRP A; 1NJI C; 3RDV A; 2LDM A; 3X25 B; 5GAO n; 1N8R C; 4M7D D; 2OTJ T; 2A28 A; 2YUQ A; 1S1N A; 5LJ3 j; 2RO0 A; 4WTO B; 2VB6 A; 3MP1 A; 1U3O A; 1YI2 T; 1X6O A; 3L2V A; 4C8Q F; 4ME7 A; 1YJ9 A; 2HBW A; 5DY9 A; 2KGT A; 3LGL A; 2RH2 A; 1C6V X; 4M78 E; 5LJ3 e; 2JTE A; 2Y4Y A; 3MP6 A; 3OYJ A; 4QQ6 A; 1GCP A; 3P8B B; 1HYO A; 1B7T A; 4PK4 A; 1ARK A; 2JW4 A; 2KXD A; 2AIR B; 2GF7 A; 3DLL A; 1OV3 A; 5CCA A; 2ZCF B; 4HCB A; 1KC8 U; 4NOY A; 3CCV A; 3JB9 J; 4IUP A; 3HRU A; 4JJN K; 2KBT A; 1Z9Z A; 2K2V A; 3E9G A; 3CCR T; 4M75 D; 1VQ7 A; 3M4G A; 2JMC A; 1WI7 A; 3S3N A; 2RN8 A; 4QW2 A; 2CZ0 B; 2CDT A; 2DYI A; 3L2Z A; 4F7U A; 3CME Q; 1V1C A; 4HVV A; 1WDX A; 4E6R A; 2YWW A; 1SF9 A; 4HT9 A; 1VQ4 A; 3DLM A; 1U1T A; 4N0A A; 5IH2 A; 4MMK A; 2F69 A; 4DEY A; 3GF5 A; 2L2P A; 2VUB A; 4E2F B; 3LGF A; 1FX7 A; 4JPB W; 3JCM h; 1TUD A; 2W0Z A; 5GAN h; 3M0S A; 2LCL A; 1H64 1; 4PJO E; 3L2W A; 4V2S A; 3EGD A; 5I2M A; 4YTL A; 3RMS A; 1M2V B; 1MNE A; 1PC0 A; 2DZC A; 3CMA A; 3CCL A; 1YHQ Q; 1KHI A; 1M5Q 1; 4M78 A; 1W6X A; 2MK5 A; 2OTJ A; 4EMK C; 4LUE A; 1VQ8 T; 1SPK A; 2EYX A; 2W10 A; 3V8L A; 2D8J A; 4E7H A; 1N8R R; 4J8O A; 2ESW A; 1M9S A; 1K8A C; 1KD1 U; 3QUI A; 4LXC A; 5EG2 A; 3G6E A; 4J9C A; 1PG5 B; 1OQK A; 2HMA A; 3VYH B; 3PE0 A; 1SKU B; 5KYW B; 4OF1 A; 2JTM A; 1VQL A; 4L6V 5; 4M7A B; 2E10 A; 3CC4 T; 1R8O B; 2XU8 A; 4C0Z A; 4R56 A; 1Q7Y U; 1RL2 A; 1KQS P; 1PHT A; 3FJP A; 2EYQ A; 4FYV B; 2QA4 Q; 2FG0 A; 3BE3 A; 3I56 Q; 4QVD A; 3FLG A; 1UUE A; 4FCY A; 3O8V A; 1VQ5 Q; 1H92 A; 3QKJ A; 2ZGW A; 2X3X D; 4PJO F; 2QDY B; 2V8I A; 5KE2 A; 2YRD A; 2RJD A; 1I0C A; 2P0K A; 1ZUU A; 1ZBX A; 2CZ7 B; 4OP0 A; 4CC2 A; 1NM7 A; 4MDX A; 1XTD A; 3U23 A; 2H3E B; 2FHD A; 1WGS A; 4ELY C; 2HQH A; 1M8V A; 2GTJ A; 2EJG A; 5CQX A; 1Z9Q A; 1DJ7 B; 3INZ A; 3A8L B; 3ZBD A; 1NEG A; 2AHJ B; 1UEC A; 2PTK A; 4AFU C; 3R6O A; 1FMV A; 4XTW A; 2B8A A; 4B6M A; 2DER A; 5HCK A; 3ZEH A; 5HKC A; 1NZ9 A; 3RKY A; 1UGQ B; 1OPK A; 2HCK A; 5M9O A; 2EYY A; 4C8Q B; 2F2X A; 1JXO A; 3S3O A; 1W70 A; 5GAM d; 3VS5 A; 1KQS A; 2EVR A; 1VYU A; 1UGV A; 2CT3 A; 4BAC A; 4M7A D; 1YWP A; 1WIE A; 1WLP B; 4BUG A; 1K9A A; 1YCS B; 4Y91 A; 1D0X A; 2LQ8 A; 1K8A R; 2XKO C; 3PMI A; 3QYH B; 3JB9 G; 2QI2 A; 9ATC B; 3THK A; 3MEU A; 4Z89 A; 2JM8 A; 2LX7 A; 3CCQ Q; 5J39 A; 5LJ5 g; 1LCK A; 1WJS A; 1OZ3 A; 4A4F A; 1RAB B; 1VQ6 Q; 2V1Q A; 2ENM A; 4PL6 A; 2RI5 A; 1HK9 A; 4DBQ A; 2FYK A; 1VQP A; 4XU1 A; 2M16 A; 2ZPE B; 1BIA A; 2E1H A; 3A8O B; 4IIO A; 2LX9 A; 2RPN A; 4F7U G; 2ED0 A; 4M7A C; 4BE0 A; 4M75 E; 4E7L A; 1M3B A; 3AT1 B; 3M5A A; 3HFN A; 1C1A A; 2QQS A; 2EBP A; 2KQW A; 2R58 A; 2XMF A; 2WSF E; 3CXC S; 1JQQ A; 1RAF B; 4C5I A; 1MUZ A; 4PFP A; 3CD6 Q; 4E7Z A; 3OS1 A; 2LRQ A; 3SB2 A; 1JB0 E; 2OAW A; 2M9U A; 4M4Z A; 2NWM A; 3X24 B; 1WHK A; 4C5H A; 1ZSZ A; 3C0C A; 4XU0 A; 4C8Q D; 4M7D A; 3CCU Q; 2X35 A; 2NLU A; 4LUD A; 2B86 A; 1U1S A; 1SRM A; 4QT7 A; 3CPW P; 5GMK h; 5KYN A; 1J3T A; 3UA6 A; 4KGV B; 4UC4 A; 1UGS B; 4EIK A; 3X28 B; 4KH0 B; 3QXE B; 1M3C A; 5FW9 A; 3CCM Q; 5DM7 R; 5FWB A; 1RI9 A; 1D1A A; 3RER A; 2CGH A; 3CC7 A; 4ATO A; 2X51 A; 2FRW A; 3OYE A; 5FU7 B; 2WAC A; 1Y57 A; 2E12 A; 4ANJ A; 2A0F B; 2HQE A; 2DL8 A; 2K5I A; 3BFM A; 2DXT A; 4C8Q C; 4XTZ A; 1H3H A; 1ACM B; 4M75 A; 1MMG A; 3OQ5 A; 4RTZ A; 1BI1 A; 4PJO B; 3PVL A; 1CKB A; 1I81 A; 1NYG A; 2JN0 A; 1VQN T; 5GAN 8; 1RI0 A; 1A0N B; 3EG9 B; 1NG2 A; 2YUP A; 1NEB A; 2RQW A; 2DF6 A; 3T9N A; 1VQ9 Q; 2MCN A; 3QWY A; 2QQR A; 1X69 A; 5D7U A; 4LD6 A; 2K6D A; 4PJJ A; 2QDL A; 4JS5 A; 5D6W A; 3I55 T; 4GLM A; 1MV0 B; 2IPO B; 3M0Q A; 5KYU A; 3P8D A; 1QP2 A; 3OSS C; 3A8M B; 1RAD B; 3JCM Q; 3VRY A; 3EFO A; 3OYC A; 1JRI A; 4C92 B; 3OYB A; 3VV0 A; 1PCX A; 4XTX A; 3V7C A; 1VIE A; 2DA9 A; 4XAX B; 1NJI U; 4EDU A; 3C95 A; 5GAM g; 5GAM j; 3CPW A; 1VQM A; 1S72 A; 2EGE A; 2YRC A; 2D6F A; 1OU9 A; 4XTV A; 3L2Q A; 2MWO A; 1Q82 C; 2K3B A; 4CC7 A; 2KNB B; 5GAM e; 3GNF B; 3JCM X; 2GNC A; 3MJX A; 1Y07 A; 2ZPI B; 1VQK Q; 2VV5 A; 4DBF A; 2LQN A; 2KR3 A; 2K57 A; 2GBQ A; 2DJZ A; 3QBY A; 1M3A A; 2QYZ A; 2ATC B; 2WSC E; 2EJ9 A; 2AZS A; 3OMC A; 2FEI A; 2DPP B; 5C6S A; 3TVT A; 4HCC A; 4LDW A; 1I4K 1; 3LH0 A; 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