The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
|
sequence length |
58
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structure length |
58
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Chain Sequence |
GKELVLALYDYQEKSPDEVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKLD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Understanding the polymorphic behaviour of a mutant of the alpha-spectrin SH3 domain by means of two 1.1 A structures
rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Gallus gallus
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| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
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| total genus |
12
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| structure length |
58
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| sequence length |
58
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-03-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OMN A; 1YCS B; 1AWW A; 5HCK A; 1UEC A; 2DL7 A; 1NLO C; 2G6F X; 4J9B A; 1QWE A; 2RNA A; 1G83 A; 3NMZ C; 4JZ4 A; 2A28 A; 3VRY A; 4JPB W; 1WDX A; 2AZS A; 2OI3 A; 4JJC A; 1Y0M A; 2FRY A; 2D1X A; 1NEB A; 3EHQ A; 1PRL C; 2NUZ A; 2VWF A; 4Y92 A; 5L23 A; 2RQW A; 3VS1 A; 1NYG A; 1UE9 A; 1JQQ A; 3GBQ A; 1UDL A; 3EGU A; 1M27 C; 4AG2 C; 4CC3 A; 2JMA A; 2PZ1 A; 3VS4 A; 3EG0 A; 2F2X A; 2K9G A; 1NM7 A; 3M0R A; 2GTJ A; 1SHG A; 2CUD A; 1CKA A; 2ROL A; 2JMC A; 5IXB A; 2C0I A; 4HVU A; 2DMO A; 1X43 A; 2EYY A; 2KYB A; 2J6K A; 2RPN A; 2DX1 A; 4K11 A; 2D8H A; 2FEI A; 4RTW A; 1KJW A; 1GFC A; 1UHF A; 1WXT A; 2J6O A; 2EGE A; 2DL5 A; 2GGR A; 3NPF A; 1MV3 A; 1CSK A; 1UJY A; 1W6X A; 1OPK A; 2LMJ A; 2YUP A; 2EQI A; 3ULR B; 3I35 A; 1YP5 A; 2AKK A; 3UA6 A; 2K6D A; 1M3A A; 1K4U S; 2SRC A; 5I22 A; 1VYV A; 3I5R A; 1QKW A; 1WLP B; 2O9V A; 4QT7 A; 1M8M A; 2KT1 A; 1J3T A; 2CRE A; 5GJV B; 1UTI A; 2CH4 W; 1E6H A; 2KRM A; 1NEG A; 1ZBJ A; 5GJW B; 1GBQ A; 1M3B A; 1SSH A; 3I9Q A; 2DF6 A; 3I5S A; 4GLM A; 4OML A; 1JU5 C; 2LNH B; 1AZG B; 1RLQ C; 1QLY A; 4LUD A; 4LUE A; 2PNI A; 4EIK A; 2DRK A; 1JO8 A; 1SRM A; 2YUO A; 1UHC A; 3LH5 A; 4Z88 A; 2L3P A; 1V1C A; 1H3H A; 2F2V A; 2BTT A; 1SEM A; 3QWX X; 1WIE A; 2O9S A; 1TUC A; 3RBB B; 2EYX A; 1NLP C; 4DEX A; 1WI7 A; 1X27 A; 2J6F A; 2LJ3 A; 1GCQ C; 2KYM A; 4E6R A; 1MV0 B; 1WA7 A; 2EYW A; 1YN8 A; 2RQR A; 3H0H A; 1Y57 A; 2D8J A; 2B86 A; 1U06 A; 2JS2 A; 1ZUK A; 2QDL A; 1QWF A; 4AFS C; 1AWX A; 4LNP A; 1YNZ A; 2DIL A; 2EYZ A; 2KNB B; 4OMQ A; 2MOX A; 2RMO A; 3C0C A; 2JXB A; 4FSS A; 3THK A; 3ZL7 C; 1U5S A; 2HEQ A; 3IQL A; 2W0Z A; 1M3C A; 4D8D A; 2C0O A; 4AG1 C; 1W1F A; 2ESW A; 1FMK A; 2FPF A; 4D8K A; 3SEM A; 4Z89 A; 1GBR A; 1UGV A; 1TUD A; 2L2P A; 2LP5 A; 4CC4 B; 2HBW A; 3REB B; 3VRZ A; 2LCS A; 1T0H A; 2DL4 A; 4RTV A; 1YWO A; 2EGA A; 2DBK A; 2BZ8 A; 4J9G A; 4R0K A; 1NYF A; 1X6B A; 1KSW A; 2LZ6 B; 1MUZ A; 3REA B; 3M0T A; 1U3O A; 2KT8 A; 1CKB A; 2JTE A; 4AFU C; 2H8H A; 2ROT A; 2LQW A; 1ABO A; 2A37 A; 1ZUY A; 1K0X A; 1HD3 A; 2DLP A; 4JZ3 A; 3KFV A; 1UG1 A; 2FPE A; 2LJ1 A; 1UFF A; 2YSQ A; 2A36 A; 3A98 A; 1OV3 A; 2JT4 A; 1ZUU A; 3UA7 A; 1H8K A; 1ABQ A; 2DL3 A; 1GFD A; 2KE9 A; 1HSQ A; 2RN8 A; 4RUG A; 4J9F A; 2SEM A; 3PVL A; 2I0N A; 4A63 B; 1K76 A; 2CUB A; 4OMO A; 2KXC A; 1X2K A; 2KRN A; 1PWT A; 1FYN A; 1GCP A; 1W70 A; 3VS7 A; 2OJ2 A; 4HVV A; 3VS6 A; 2ED1 A; 1HJD A; 2J7I A; 2CSQ A; 1PKS A; 4RTZ A; 4HVW A; 1T3L A; 1Z9Z A; 2DRM A; 2M51 A; 3QWY A; 4KRT A; 1T0J A; 4F14 A; 2EPD A; 2DYB A; 2JS0 A; 2KXD A; 1OOT A; 5EC7 A; 4JJD A; 5IHK A; 3TSW A; 4ORZ A; 1I07 A; 1Z9Q A; 2V1Q A; 1M30 A; 2VVK A; 2L0A A; 1KFZ A; 2HSP A; 2DE0 X; 4Z8A A; 2DL8 A; 5IHI A; 1JXO A; 5FWB A; 1AD5 A; 3M0Q A; 1WXU A; 1X2Q A; 1SHF A; 1KIK A; 1ZX6 A; 5IXF A; 1YWP A; 2XMF A; 2CH4 A; 4RTU A; 2DJQ A; 1BK2 A; 2PTK A; 4RTT A; 3SHW A; 5IH2 A; 4J9I A; 1BB9 A; 2CT3 A; 2FG0 A; 2AKL A; 1JXM A; 4LE9 A; 1SRL A; 2MIO A; 2V1R A; 4CC7 A; 2GQI A; 2DNU A; 2NWM A; 2FRW A; 2KRS A; 2DVJ A; 3RNJ A; 1RI9 A; 2LQN A; 2K79 A; 2M0Y A; 5FWC A; 1E6G A; 3UAT A; 4RTY A; 3VS0 A; 2K2M A; 2JM8 A; 3U23 A; 3TVT A; 1JEG A; 2LJ0 A; 1I1J A; 2DBM A; 3CQT A; 2BZX A; 1H92 A; 1AZE A; 1E7O A; 2K3B A; 3H41 A; 2HCK A; 2C0T A; 1PNJ A; 2RQV A; 3EHR A; 2JM9 A; 2GTO A; 1TG0 A; 5FW9 A; 4IIO A; 4M4Z A; 1X69 A; 1SPK A; 2F2W A; 4OMM A; 2JW4 A; 4GBQ A; 2X3X D; 4ESR A; 3EG3 A; 2YUQ A; 1AWJ A; 1RLP C; 1IO6 A; 1N5Z A; 1UJ0 A; 2KGT A; 2HDA A; 1GCQ A; 2J06 A; 4J9E A; 4J9C A; 3R6N A; 4J9D A; 2EBP A; 1GL5 A; 1X6G A; 2OAW A; 3NGP A; 1I0C A; 3NHN A; 1G2B A; 3EG2 A; 2GBQ A; 1S1N A; 2O2O A; 1PRM C; 2YDL A; 2EKH A; 3M0P A; 4AFZ C; 2ABL A; 1B07 A; 2E5K A; 2MCN A; 4DEY A; 2RF0 A; 2DM1 A; 2EVR A; 2RQU A; 2ECZ A; 1EFN A; 3M0U A; 1VYT A; 4OMP A; 1QKX A; 2L3Q A; 2YT6 A; 4J9H A; 1K0S A; 4WCI A; 3UF4 A; 1B3Q A; 1RUW A; 2YUN A; 1WFW A; 1K9A A; 3H0F A; 1ZSG A; 2X3W D; 5I11 A; 3TSZ A; 1WX6 A; 2KR3 A; 2CDT A; 2KEA A; 2DA9 A; 1VYU A; 3PVQ A; 1AOJ A; 2K7A A; 2RQT A; 2CSI A; 2CT4 A; 2O31 A; 1QCF A; 5ECA A; 1OPL A; 1VA7 A; 2FO0 A; 2J05 A; 4F16 A; 1PHT A; 2GNC A; 2LX7 A; 1K1Z A; 2L3S A; 1OEB A; 1AWO A; 4X1V A; 1UUE A; 2BZY A; 2FPD A; 4HXJ A; 4JJB A; 3JV3 A; 1ARK A; 1PKT A; 1T3S A; 2KBT A; 1XOV A; 2EW3 A; 2D0N A; 3PE0 A; 1AVZ C; 1ZLM A; 1BU1 A; 3VS3 A; 1A0N B; 2ENM A; 4HCK A; 4CC2 A; 3EG1 A; 2W10 A; 2P4R A; 1WYX A; 2AZV A; 1AEY A; 2VKN A; 2KRO A; 2AK5 A; 1NG2 A; 4F17 A; 5IHN A; 3FJ5 A; 3VS2 A; 3VS5 A; 4AFQ C; 1BBZ A; 2ED0 A; 2EGC A; 4RTX A; 3O5Z A; 4LN2 A; 4IIM A; 3M0S A; 2IIM A; 3H0I A; 2A08 A; 1GRI A; 1WXB A; 4ZNX A; 1LCK A; 2O88 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4M77 E; 5KYY B; 3CCU A; 1AWW A; 4XU0 A; 3JCM J; 2G6F X; 1G83 A; 3NMZ C; 2HSE B; 5J3B A; 2A28 A; 2OI3 A; 2FRY A; 1NEB A; 2VV5 A; 1PRL C; 1Y96 A; 1IXD A; 1UE9 A; 1JQQ A; 1C6V X; 4BB7 A; 4ZTJ A; 2QEX A; 4M78 A; 4LXC A; 2XU8 A; 2JMA A; 4MZP A; 2PZ1 A; 3VS4 A; 4KUI A; 4Q5W A; 3CC7 T; 3E1S A; 2CUD A; 1K9M U; 2M9U A; 4C5G A; 4M75 C; 4M7D E; 3M53 A; 1OQK A; 3V7R A; 4ZGJ B; 2OTL Q; 2RPN A; 4K11 A; 2JTF A; 4PJM A; 1LVK A; 3OA6 A; 3I56 Q; 3MP8 A; 1M2O A; 3OYL A; 3CCQ T; 2J6O A; 1PD0 A; 2EGE A; 5LJ3 j; 3JCM d; 1K73 C; 1CSK A; 3OYI A; 2CP5 A; 2DEQ A; 3CC2 T; 2NUT A; 2LMJ A; 2EQI A; 3X26 B; 1WHJ A; 5KE2 A; 3OY9 A; 4MDX A; 3FC3 A; 4E7Z A; 3JB9 G; 3I5R A; 1QKW A; 1N27 A; 3CCE Q; 1JJ2 A; 2D9T A; 1D0Y A; 5I2M A; 1UTI A; 3S6W A; 1VQ6 A; 2MYS A; 4OB2 B; 3I55 Q; 1I5L A; 3BY7 A; 3EFO B; 5GJW B; 3I9Q A; 3EGD A; 2DF6 A; 2F69 A; 2GCX A; 4GLM A; 5LJ5 d; 1JU5 C; 2DZC A; 2JNG A; 2RK1 A; 4ATO A; 4LDU A; 1F1B B; 1G3T A; 4ME7 A; 4MDW A; 4Z88 A; 1VQN Q; 3CCJ T; 3G6E A; 1IGU A; 4M78 F; 2BTT A; 4XQ3 A; 1IB8 A; 5GAM j; 1SEM A; 3QWX X; 4O5V A; 2BE7 D; 8ATC B; 3TCJ A; 1KQS A; 2EYX A; 2XIC A; 3CBM A; 3O8V A; 5A0D A; 1MV0 B; 1WA7 A; 4PJO G; 1UGS B; 4AFS C; 1VQM A; 3CCR A; 4JDS A; 2KNB B; 2L89 A; 4JLG A; 2RMO A; 3A1P A; 2R57 A; 3CEY A; 2JXB A; 1Y71 A; 1U5S A; 1TSF A; 4AG1 C; 4M7A A; 2ESW A; 1FMK A; 3WVE B; 3CMA Q; 1M8V A; 2NUT B; 3JRZ A; 1GBR A; 4OB0 B; 2L2P A; 1Q81 R; 1JJ2 P; 3VRZ A; 1Q86 R; 2DL4 A; 1YWO A; 3BE3 A; 2OTJ T; 2C06 A; 1FWZ A; 4JRK A; 2LZ6 B; 3REA B; 3M0T A; 1HXD A; 4RCB A; 2JTE A; 1SG5 A; 1ZSZ A; 2COW A; 2QYZ A; 4F7U E; 1NPP A; 3EGD B; 4C0D B; 4PJO B; 2EIF A; 1M1F A; 2A37 A; 2KSS A; 3OYA A; 3CCV Q; 1UG1 A; 2FPE A; 2LJ1 A; 1IRE B; 1JRI A; 2DEU A; 2P0K A; 1KQS P; 2JT4 A; 2RI2 A; 2V8J A; 2PUO B; 4RUG A; 2XK0 A; 1YJW A; 3PVL A; 3G7Z A; 3DLM A; 2GFA A; 1DJ7 B; 3CME T; 2HMA A; 2KXC A; 1SSF A; 1KQ1 A; 1TOV A; 1YI2 Q; 1MHN A; 4J6Y A; 2VXF A; 3PMT A; 4HVV A; 3OYH A; 3VS6 A; 2RHI A; 3A8M B; 1Q81 U; 4QVD A; 4RTZ A; 1Q86 U; 1RL2 A; 1LOJ A; 4HVW A; 3QWY A; 4M77 A; 3FIF A; 2DYB A; 1OOT A; 2RK2 A; 1WJR A; 2ZPG B; 1MNE A; 4M7A F; 2VVK A; 3P8B B; 1WJQ A; 2OTL A; 2NUP A; 3MET A; 4FYY B; 4C8Q C; 1JXO A; 1VQN T; 1KIK A; 3I56 A; 2KK4 A; 2LT1 A; 2YLB A; 2RHU A; 2DJQ A; 4RTU A; 3A8L B; 1VQ9 Q; 4V2S A; 1BB9 A; 4HT8 A; 1VQO T; 2AKL A; 4C92 D; 2V1R A; 4CC7 A; 2CP2 A; 2DNU A; 3ZEH A; 2Y4Y A; 2DTH A; 3L2R A; 1ZSZ B; 2NWM A; 2FRW A; 2DVJ A; 2K57 A; 4PKC C; 4N0A A; 3L2W A; 2LQN A; 2K79 A; 1KD1 R; 2M0Y A; 1E6G A; 4NL3 A; 1JJ2 S; 2AT1 B; 3I55 A; 3T9N A; 2K2M A; 1RAH B; 1EZZ B; 4PL6 A; 4L5G A; 2XD0 A; 1I1J A; 2BKD N; 3CQT A; 4DOW A; 2K3B A; 2HCK A; 1VQK A; 4R56 A; 3UDC A; 1BI2 A; 3LWH A; 1PCX A; 2YRC A; 1Q82 U; 3RDV A; 2CZ6 B; 3M58 A; 5FU7 C; 5GMK h; 2LQK A; 3G4S A; 2EQJ A; 2JW4 A; 3RUX A; 4GBQ A; 5KYU A; 1W4S A; 1KQS S; 1WZO A; 3MJX A; 2YUQ A; 1RLP C; 1IO6 A; 1N5Z A; 1M90 C; 1W2B A; 4AT1 B; 1WHK A; 3R6N A; 1IHV A; 2EBP A; 4BI4 A; 1VUB A; 1G2B A; 5KCO A; 3L2V A; 3RKY A; 3JCM X; 4E7J A; 1S1N A; 1KC8 C; 1YI2 T; 1B7T A; 3M0P A; 1UEB A; 3CD6 T; 2E5K A; 3OB9 A; 4M7D B; 3URG A; 5C6S A; 1RAB B; 2XDD A; 3MKD A; 1QKX A; 2YT6 A; 2QDY B; 3CC4 T; 1K0S A; 1M2V B; 2XHC A; 1RUW A; 3DB4 A; 2X51 A; 3OS1 A; 2RO0 A; 2X3W D; 4NOY A; 5C0M A; 2KR3 A; 2QAZ A; 1VQ5 Q; 5KH6 A; 5KYW B; 4M78 E; 3M56 A; 1ZA2 B; 3CCU Q; 3PVQ A; 4XU3 A; 2K7A A; 1VQ9 T; 3OQ5 A; 1VA7 A; 1M4Z A; 2F5T X; 2VAS A; 2FO0 A; 1PHT A; 2LX7 A; 1XJW B; 3QPH A; 2EW3 A; 5KYU B; 1AVZ C; 4RKU E; 2D0Q B; 5GAN g; 4KUD K; 2EJF A; 4HCK A; 3EG1 A; 2O4X A; 2P4R A; 3UWN A; 4C92 E; 2AZV A; 2VUB A; 2KRO A; 2LDM A; 2L8D A; 1OZ3 A; 2RM4 A; 3QO3 A; 4F17 A; 3NTH A; 3L2Q A; 2A0F B; 3SWN B; 4AFQ C; 3JCM Q; 2PUK B; 3O5Z A; 2XID A; 3MHX A; 1H64 1; 3H0I A; 3OSS C; 3TQ7 P; 4M75 D; 4F7U G; 4ZNX A; 3GOX A; 2O88 A; 1S72 Q; 5GAN f; 1YCS B; 5GAN h; 2DL7 A; 4MZM A; 1NLO C; 5D6X A; 2CP3 A; 5HK3 A; 3VRY A; 4JPB W; 1WDX A; 1Q7Y U; 4JJC A; 3H8Z A; 2JN0 A; 2ZPF B; 5L23 A; 2RQW A; 1NYG A; 1G3S A; 3GBQ A; 2RD1 A; 4EMK A; 2M16 A; 4OP0 A; 4CC3 A; 2P0P A; 2K9G A; 2EQM A; 2MK5 A; 2GTJ A; 2R58 A; 2K5I A; 2ROL A; 1VIF A; 4KH1 B; 3PNW C; 3SFM A; 2C0I A; 5FRM A; 4HVU A; 8AT1 B; 2ZPH B; 4FU6 A; 3MCA B; 5CK9 A; 3GF5 A; 5DLO A; 1ZBX A; 3E9G A; 4RG2 A; 1I81 A; 1M1K R; 3MP1 A; 4KT0 E; 2FHD A; 2FEI A; 4KGZ B; 4PK4 A; 2ZZD A; 4C0D C; 1KJW A; 1GFC A; 4F7U B; 1RAD B; 3C94 A; 3JCM V; 2RH2 A; 4NL2 A; 3VUZ A; 1YFN A; 4WTO B; 2QGF B; 1UJY A; 3VUB A; 4M7A E; 2DER A; 1WHH A; 3I35 A; 4XAX B; 4C0F A; 2KAF A; 1M3A A; 3HPW A; 2X4Y A; 2QQ9 A; 1VQM Q; 1WPY A; 3CCR Q; 1TTH B; 3TRE A; 2XI9 A; 3ASK A; 2DIQ A; 3J80 E; 1E6H A; 4WF2 A; 1NEG A; 1NJI C; 1ZBJ A; 1YIJ T; 4A53 A; 1W2B S; 1FMW A; 4KBM B; 2HD0 A; 2R5A A; 2GF7 A; 1D09 B; 2E70 A; 4QKU A; 4C8Q F; 2QEX T; 4IUV A; 5FU6 C; 4LUD A; 2ZPB B; 4OVA A; 4LUE A; 1VQ8 A; 4EIK A; 3GPL A; 4LD6 A; 2YXY A; 3PFS A; 1SRM A; 1UHC A; 3GNG A; 1WHL A; 1V76 A; 2ZPI B; 3LH5 A; 1PSF A; 1K9M R; 4BDY A; 1H3H A; 3M59 A; 2K5F A; 2O9S A; 2MAM A; 4OB3 B; 1NLP C; 4X34 A; 4BI8 B; 2J6F A; 4IUR A; 3QHS A; 2KYM A; 4FYX B; 4P5N A; 4E6R A; 4QQ6 A; 1Y57 A; 2CP0 A; 1U06 A; 1ZUK A; 1QWF A; 1AWX A; 3OSV A; 7AT1 B; 1VQ5 A; 1YNZ A; 2EYZ A; 4OMQ A; 3THK A; 3ZL7 C; 1QP2 A; 1YJW Q; 2EJ9 A; 3JCM g; 3GLX A; 2C0O A; 3QBY A; 3GP8 A; 3HFO A; 1UGV A; 2LP5 A; 4CC4 B; 1K8A C; 4B9X A; 3RES A; 2ZPE B; 1VQ6 T; 2LCS A; 4D6W A; 3JB9 J; 3CCL Q; 2BZ8 A; 4J9G A; 1NYF A; 1KSW A; 3H9N A; 1U3O A; 2A7Y A; 1FX7 A; 4B6M A; 4HCC A; 3QDR B; 3JCM h; 3JCM f; 4LDV A; 5LJ5 g; 3G6E T; 4HCZ A; 3VKI A; 3DLL A; 1K0X A; 3E9F A; 2DLP A; 2JZ2 A; 1C0M A; 4E7I A; 3BFM A; 5L8R E; 2HZY A; 3L2Z A; 4JLI A; 1QQJ A; 2COY A; 4FIB A; 3OMG A; 3UA7 A; 4M78 G; 2DL3 A; 1XQH A; 1S72 A; 3E2U A; 2JOY A; 4C92 A; 2I0N A; 4C8Q D; 1VOM A; 5GMK i; 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